Odwołując się do orzecznictwa sądowego i przytaczając jego tezy, a także cytując poszczególne fragmenty uzasadnienia zaskarżonego postanowienia, strona skarżąca wypowiedziała się w kwestii okresu prowadzenia postępowania podatkowego, który w istocie jest ograniczony jedynie terminem przedawnienia danego zobowiązania podatkowego. Zaznaczono, że innym regułom podlega uprawnienie organów do naliczania odsetek od zaległości podatkowych za okres prowadzenia postępowania podatkowego. Nie podzielono stanowiska organu w kwestii zastosowanej przez organ 150% podwyższonej stawki odsetek, odwołując się w tym zakresie do uzasadnienia rządowego projektu ustawy o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw, Druk sejmowy Nr 3462, Sejm VII kadencji, dotyczącego regulacji przepisu art. 56b o.p. Podkreślono, że celem wprowadzenia tej regulacji było wzmocnienie, za pomocą narzędzi administracyjnych, prewencji przed uchylaniem się od obowiązków w zakresie podatków pośrednich oraz zwalczanie oszustw podatkowych. Zestawiając wskazany cel przepisu zawartego w art. art. 56b o.p. z zachowaniem skarżącego, w dalszym ciągu nie można wywnioskować, w jaki sposób organ za zasadne uznał zastosowanie stawki 150%. Według skarżącego organ próbuje wykazać zasadność zastosowania art. 54 § 2 o.p., bez konkretnego wskazania podstaw zarówno, w materiale dowodowym, jak i w przepisach prawa.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko wyrażone w uzasadnieniu zaskarżonego rozstrzygnięcia.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu, zważył co następuje:
Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
Niniejsza sprawa została rozpoznana przez Sąd w trybie uproszczonym, na podstawie art. 119 pkt 3 i art. 120 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 935 ze zm. – w skrócie: "p.p.s.a.").
W toku sądowej kontroli zaskarżonego postanowienia, przeprowadzonej na podstawie kryterium zgodności z prawem, w kontekście sformułowanych w skardze zarzutów, kluczową i najistotniejszą sporną kwestią w niniejszej sprawie, jest ocena zasadności stanowiska organu odwoławczego co zastosowania w okolicznościach faktycznych tej sprawy art. 54 § 2 o.p. w związku z art. 54 § 1 pkt 7 o.p. Zdaniem organu odwoławczego organ I instancji zaliczając kwotę zwrotu podatku od towarów i usług za kwiecień 2024 r. na poczet zaległości w tym podatku za sierpień 2019 r. i październik 2019 r., prawidłowo przyjął okres naliczania odsetek za zwłokę, bez uwzględnienia okresów wyłączenia w ich naliczaniu. W ocenie organu odwoławczego analiza podjętych przez organ I instancji czynności pozwala na stwierdzenie, że organ ten podejmował wyłącznie czynności niezbędne do wyjaśnienia stanu faktycznego i wydania rozstrzygnięcia w sprawie, a przeprowadzenie kolejnych dowodów wynikało ze składanych wniosków strony.
Według przeciwnego stanowiska skarżącego, organ nie powinien naliczać odsetek z uwagi na czas w jakim było prowadzone postępowanie podatkowe, a w sprawie nie zachodziły okoliczności o których mowa w art. 54 § 2 o.p., a co za tym idzie, organ błędnie zaliczył części wpłaty dokonanej przez podatnika na poczet zaległości odsetkowych, co w świetle art. 54 § 1 pkt 7 o.p. nie powinno mieć miejsca. Ponadto skarżący stwierdził, że nie było w tej sprawie uzasadnionych podstaw do przyjęcia podwyższonej stawki odsetek 150% (art. 56b pkt 1 o.p.).
Na wstępie rozważań wskazać należy, że sporne między stronami zagadnienie było już przedmiotem rozstrzygnięcia w wyrokach tut. Sądu
z 14 listopada 2025 r., wydanych w sprawach ze skargi skarżącego o sygn. akt:
I SA/Po 575/25, I SA/Po 576/25, I SA/Po 577/25, I SA/Po 578/25, I SA/Po 579/25
i I SA/Po 580/25. Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę w pełni podziela ocenę prawną zaprezentowaną w tych wyrokach i do nich się odwołuje, posługując się zawartą tam argumentacją.
W świetle tak zarysowanego sporu wyjaśnić należy, że zgodnie z art. 54 § 1 o.p., odsetek za zwłokę nie nalicza się:
1) za okres zabezpieczenia, od zabezpieczonej kwoty zobowiązania, jeżeli objęte zabezpieczeniem środki pieniężne, w tym kwoty uzyskane ze sprzedaży objętych zabezpieczeniem rzeczy lub praw, zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowych;
2) za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 227 § 1, do dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy;
3) za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego, jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3;
4) w przypadku zawieszenia postępowania z urzędu - od dnia wydania postanowienia o zawieszeniu postępowania do dnia doręczenia postanowienia o podjęciu zawieszonego postępowania;
5) jeżeli wysokość odsetek nie przekraczałaby trzykrotności wartości opłaty pobieranej przez operatora wyznaczonego w rozumieniu ustawy z dnia 23 listopada 2012 r. - Prawo pocztowe za traktowanie przesyłki listowej jako przesyłki poleconej;
6) (uchylony);
7) za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania;
7a) za okres od dnia następnego po upływie dwóch lat od dnia złożenia deklaracji, od zaległości związanych z popełnionymi w deklaracji błędami rachunkowymi lub oczywistymi omyłkami, jeżeli w tym okresie nie zostały one ujawnione przez organ podatkowy;
7b) za okres od dnia złożenia wniosku o wydanie decyzji określonej w art. 119zfa § 1 do dnia cofnięcia skutków unikania opodatkowania zgodnie z art. 119zfk § 1 lub 2, od zaległości podatkowych związanych z osiągnięciem korzyści podatkowej;
7c) w przypadku niezakończenia kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej w terminie 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia - za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia jej zakończenia;
8) w zakresie przewidzianym w odrębnych ustawach.
Według art. 54 § 2 o.p. przepisu § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu.
Z kolei art. 56b stanowi, że podwyższoną stawkę odsetek za zwłokę w wysokości 150% stawki odsetek za zwłokę stosuje się do zaległości w podatku od towarów i usług oraz w podatku akcyzowym w przypadku:
1) zaniżenia zobowiązania podatkowego, zawyżenia kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku ujawnionych przez organ podatkowy w toku kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego,
2) korekty deklaracji:
a) złożonej po doręczeniu zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, a w przypadkach gdy nie stosuje się zawiadomienia - po zakończeniu kontroli podatkowej,
b) dokonanej w wyniku czynności sprawdzających,
c) złożonej po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej
- jeżeli kwota zaniżenia zobowiązania podatkowego, zawyżenia kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku przekracza 25% kwoty należnej i jest wyższa niż pięciokrotna wysokość minimalnego wynagrodzenia w rozumieniu ustawy z dnia 10 października 2002 r. o minimalnym wynagrodzeniu za pracę (Dz. U. z 2024 r. poz. 1773), obowiązującego w dniu następującym po dniu upływu terminu płatności zobowiązania lub terminu zwrotu;
3) ujawnienia przez organ podatkowy w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego niezłożenia deklaracji, mimo ciążącego obowiązku oraz braku zapłaty podatku.
W orzecznictwie sądów administracyjnych zwraca się uwagę, że przy ocenie, czy przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu w rozumieniu art. 54 § 2 o.p., należy mieć na względzie złożoność sprawy, ilość i rodzaj przeprowadzanych dowodów, a także terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, prawidłowe zorganizowanie postępowania, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwania świadków, czy pozyskania informacji od innych organów). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i uzasadnione były z uwagi na zawiłość sprawy i jej etap oraz z uwagi na konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Jednocześnie podkreśla się, że nie ma podstaw do przypisania stronie przyczynienia się do powstania opóźnienia w załatwieniu sprawy przez organ, jeżeli nie wystąpił związek przyczynowo-skutkowy między działaniami strony, a załatwieniem sprawy przez organ podatkowy pierwszej instancji, co każdorazowo należy odnosić do czasu, jaki przedłużył postępowanie. W tym kontekście stwierdza się także, że podejmowanie działań przez organ, czy to z własnej inicjatywy, czy w związku z wystąpieniem strony, jeżeli jest zgodne z przepisami postępowania podatkowego, nie może być traktowane jak załatwienie sprawy po terminie, z przyczyn leżących po stronie organu, o jakich mowa w poddanym wykładni przepisie. Podobnie korzystanie przez stronę z uprawnień procesowych, w sposób niewskazujący na ich nadużywanie nie może być poczytywane jako przyczynienie się do opóźnienia w załatwieniu sprawy w terminie. Zatem dopiero wykazanie organowi braku działań, czy też nieuzasadnioną przewlekłość lub przyczynienie się (z reguły zawinione) przez stronę oraz wystąpienie związku pomiędzy zachowaniem stron, a powstałym z tego powodu opóźnieniem, umożliwia zastosowanie art. 54 § 2 o.p. Zaznacza się przy tym, że organy podatkowe nie mogą w celu realizacji zasady szybkości postępowania, odstąpić od realizacji obowiązku wyjaśnienia wszelkich okoliczności sprawy w stopniu niezbędnym dla rozstrzygnięcia i zebrania niezbędnych dowodów. Ponadto wykonywanie przez organ nałożonych na niego obowiązków, mając także na uwadze złożony charakter sprawy, konieczności wyjaśnienia wielu faktów, zgromadzenia i przeprowadzenia szeregu dowodów, może być przyczyną niezawinionego przez organ przedłużania postępowania, szczególnie w sytuacji, gdy w sprawie należy przeprowadzić szereg czynności dowodowych, które mają one realny wpływ na długość takiego postępowania. Zauważa się także, że obowiązkiem organu podatkowego jest dobór takich środków lub czynności, w tym dowodowych, które są najbardziej adekwatne do zamierzonego celu, a zarazem najprostsze i najszybsze (np. wyrok NSA z 12 sierpnia 2025 r., III FSK 464/25; i powołane tam orzecznictwo; wyrok ten i orzeczenia powołane w dalszej uzasadnienia dostępne są na stronie internetowej: publ. CBOSA).
Wychodząc z powyższych założeń i nawiązując do zarzutów skargi i ich uzasadnienia Sąd uznał, że ocena biegu postępowania podatkowego i podejmowanych w jego toku czynności dokonana przez organ II instancji, nie budzi zastrzeżeń. Jednocześnie zwrócić należy uwagę, że organ odwoławczy dokonał szczegółowej, wnikliwej analizy podejmowanych czynności, także z uwzględnieniem inicjatywy dowodowej, którą przejawiał skarżący w tamtym postępowaniu (s. [...] – [...] post. II inst.).
Powyższa analiza objęła okres od 1 marca 2023 r., tj. wydania przez organ I instancji postanowienia o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe (postanowienie doręczono pełnomocnikowi skarżącego w dniu 16 marca 2023 r.).
W ocenie Sądu za prawidłową uznać należy ocenę organu, zgodnie z którą, organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania w terminie, o którym mowa
w art. 139 § 1 op., tj. w terminie 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania podatkowego, ponieważ przedłużenie postępowania podatkowego do 14 lipca
2023 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, z uwagi na konieczność doprecyzowania i dodatkowego wyjaśnienia twierdzeń pełnomocnika skarżącego zawartych w piśmie z 27 kwietnia 2023 r. Zasadnie organ stwierdził, że upływ 4 dni roboczych od wpływu do urzędu pisma z 27 kwietnia 2023 r., a wysłaniem wezwania z 5 maja 2023 r. nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Podsumowując dalszy bieg postępowania organ II instancji zasadnie uznał, że nie było możliwe zakończenie postępowania w terminie do 14 lipca 2023 r. Przedłużenie postępowania podatkowego do 14 września 2023 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, z uwagi na konieczność wystąpienia do Sądu Okręgowego w K. w wykonaniu wniosku pełnomocnika skarżącego z 4 czerwca 2023 r. oraz przeanalizowania wniosków zawartych w piśmie z 27 czerwca 2023 r. - zastrzeżeniach do protokołu badania ksiąg. Jak słusznie wskazał organ II instancji, upływ 2 dni roboczych od wpływu do urzędu pisma z 4 czerwca 2023 r. (data wpływu dokumentu: 14 czerwca 2023 r.), a wystąpieniem do Sądu Okręgowego w K. z pismem z 16 czerwca 2023 r. nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Nie budzi zastrzeżeń Sądu stanowisko organu wyrażone w podsumowaniu kolejnego analizowanego okresu prowadzenia postępowania podatkowego. Zasadnie organ uznał, że organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania do 14 września 2023 r., ponieważ przedłużenie postępowania podatkowego do 14 listopada 2023 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, z uwagi na konieczność rozpatrzenia wniosków dowodowych skarżącego zawartych w piśmie z 25 sierpnia 2023 r., w którym wystąpiono o przesłuchanie 5 osób w charakterze świadków. Zauważyć tu należy, że pełnomocnik zgłaszając wniosek dowodowy nie podał ich danych adresowych, o co organ musiał zwrócił się do pełnomocnika w odrębnym wezwaniu.
W wyniku dalszej analizy biegu postępowania organ odwoławczy prawidłowo uznał, że nie było możliwości zakończenia postępowania do 14 listopada 2023 r.,
a przedłużenie postępowania podatkowego do 15 stycznia 2024 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, z uwagi na konieczność rozpatrzenia wszystkich wniosków dowodowych pełnomocnika skarżącego zawartych w piśmie z 25 sierpnia 2023 r. Organ trafnie zauważył, że organ I instancji, niezwłocznie po wskazaniu przez pełnomocnika adresu świadka B. S. wysłał stosowne wezwanie (upływ 1 dnia).
Zasadnie organ odwoławczy stwierdził, że organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania w terminie do 15 stycznia 2024 r., a przedłużenie postępowania do 15 marca 2024 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, z uwagi na konieczność przeprowadzenia dowodu z przesłuchania świadków (data przeprowadzenia dowodów wyznaczona na 1 i 2 lutego 2024 r.) oraz uzupełnienia złożonego przez pełnomocnika skarżącego wniosku dowodowego z 20 grudnia
2023 r. Rację ma organ odwoławczy twierdząc, że upływ:
2 dni od wpływu do organu pisma z 20 grudnia 2023 r., a wysłaniem wezwania
z 5 stycznia 2024 r. do pełnomocnika skarżącego,
- 4 dni roboczych od wpływu do organu pisma z 20 grudnia 2023 r., a wezwaniem wnioskowanych osób w celu przesłuchania w charakterze świadka,
nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Jak wynika z dalszej analizy podjętych przez organ I instancji czynności, na bieg postępowania wpływ miały m.in., brak możliwości przesłuchania świadka K. S. w wyznaczonym terminie, z uwagi na jego stan zdrowia (pismo świadka z 31 stycznia 2024r.). Podobnie świadek R. K. nie stawił się w wyznaczonym terminie, przedkładając zwolnienie lekarskie (przy piśmie z 1 lutego 2024 r.). Z uwagi na powyższe organ zwrócił się do świadków o udzielenie odpowiedzi na pytania, w tym na pytania, o zadanie których zwrócił się pełnomocnik skarżącego. Świadkowie udzielili odpowiedzi w pismach z 9 lutego 2024 i 11 marca 2024 r. Następnie postanowieniem z 15 marca 2024 r. organ powtórnie wyznaczył termin w trybie art. 200 § 1 o.p., przedłużając jednocześnie termin zakończenia postępowania do 15 maja 2024 r., celem umożliwienia pełnomocnikowi skarżącego zajęcia stanowiska w sprawie wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego.
Wobec powyższego zasadnie organ odwoławczy stwierdził, że organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania w terminie do 15 marca 2024 r. Przedłużenie postępowania podatkowego do 15 maja 2024 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, z uwagi na konieczność dochowania terminu wyznaczonego zgodnie z art. 200 § 1 o.p. Prawidłowa jest ocena organu II instancji, że upływ 4 dni roboczych od pisma R. K. z 11 marca 2024 r. do wysłania postanowienia z 15 marca 2024 r. wyznaczającego siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Analizując końcową fazę postępowania podatkowego przed organem I instancji, organ odwoławczy ustalił, że 10 kwietnia 2024 r. wpłynęło pismo pełnomocnika skarżącego z 4 kwietnia 2024 r., zawierające wniosek o wydłużenie terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego w sprawie materiału dowodowego do 12 kwietnia 2024 r., ze względu na ustalenie daty zapoznania z aktami sprawy na 5 kwietnia 2024 r.
W dniu 15 kwietnia 2024 r. wpłynęło kolejne pismo pełnomocnika skarżącego z 8 kwietnia 2024 r., złożone w związku z wyznaczonym siedmiodniowym terminem do wypowiedzenia się w sprawie materiału dowodowego zebranego w postępowaniu podatkowym. W piśmie tym pełnomocnik wniósł o ponowne wezwanie świadka R. K. w charakterze świadka oraz o przesłuchanie w charakterze świadka B. K.- zastępcy głównego księgowego, kadrowej i pracownika administracyjno-biurowego. Jednocześnie w ww. piśmie pełnomocnik wniósł o niepodejmowanie czynności procesowych w niniejszej sprawie przed 26 kwietnia 2024 r. z uwagi na wcześniej planowany wyjazd naukowy.
Postanowieniem z 25 kwietnia 2024 r. organ I instancji odmówił uwzględnienia ww. wnioksów dowodowych, a w dniu 26 kwietnia 2024 r. organ ten wydał decyzję kończącą postępowanie podatkowe w pierwszej instancji.
W ocenie Sądu za prawidłową uznać należy ocenę organu II instancji, według której, analiza decyzji organu I instancji z 26 kwietnia 2024 r. oraz czynności podjętych w trakcie prowadzonego postępowania podatkowego pozwala na stwierdzenie, że organ podatkowy pierwszej instancji podejmował, wyłącznie czynności niezbędne do wyjaśnienia stanu faktycznego i wydania rozstrzygnięcia w sprawie, a przeprowadzenie kolejnych dowodów wynikało ze składanych wniosków Strony. Trafnie organ odwoławczy zaznaczył, że postępowanie podatkowe przedłużono sześciokrotnie, z czego pięciokrotnie - z uwagi na realizację złożonych wniosków dowodowych oraz raz ze względów proceduralnych.
Ponadto nie budzi zastrzeżeń stanowisko organu odwoławczego, w którym stwierdził, że postępowanie podatkowe prowadzone przez organ I instancji należało do tzw. postępowań o znacznym ciężarze dowodzenia. Ustalona chronologia czynności i wynikające z nich tempo czynności procesowych, oceniane w kontekście skomplikowania sprawy, braku pełnego materiału dowodowego umożliwiającego niezwłoczne określenie zobowiązania podatkowego, złożone wnioski dowodowe przez podatnika oraz konieczność ich doprecyzowania przez organ, pozwalają na przyjęcie – jako dopuszczalnych - poszczególnych okresów przeznaczonych przez organ podatkowy na analizę zgromadzonej dokumentacji, czy opracowanie dalszego zakresu postępowania. Zasadnie organ odwoławczy stwierdził, że z uwagi na złożoność sprawy, w toku prowadzonego postępowania organ podatkowy musiał dokonać szeregu czynności wyjaśniających i procesowych m.in., takich jak:
- sporządzenie protokołów badania ksiąg podatkowych z 27 marca 2023 r. i 5 czerwca 2023 r. Jak zaznaczył organ, protokół badania ksiąg podatkowych z 5 czerwca 2023 r. uwzględnił zarzut podniesiony przez pełnomocnika skarżacego w piśmie z 27 kwietnia 2023 r. i został sporządzony, po ponownej analizie materiału dowodowego, w związku ze zmianą ustaleń dokonaną w postępowaniu podatkowym w zakresie transakcji z podmiotem O. S.A.,
- wysłanie wezwania z 5 maja 2023 r. do uzupełnienia wniosku dowodowego zawartego w piśmie z 24 kwietnia 2023 r.,
- wysłanie wezwania z 5 stycznia 2024 r. do doprecyzowania wniosku dowodowego zawartego w piśmie z 20 grudnia 2023 r. oraz przedłożenie brakującego załącznika,
- wystąpienie do Sądu Okręgowego w K. pismem z 16 czerwca 2023 r. o przesłanie dokumentów, o które dopuszczenie wnioskowała strona pismem z 4 czerwca 2023 r.;
- podjęcie czynności związanych z realizacją złożonych wniosków dowodowych o przesłuchanie świadków, o których skarżący wnioskował pismem z 25 sierpnia 2023 r. oraz pismem z 20 grudnia 2023 r. (wezwania kierowane do wskazanych osób oraz do pełnomocnika skarżącego o wskazanie danych adresowych świadka),
- zapoznanie strony z zebranym materiałem dowodowym w trybie art. 200 § 1 o.p.
Wobec powyższego na pełną aprobatę zasługuje konkluzja organu II instancji, że złożoność sprawy, ilość przeprowadzonych dowodów, ich rodzaj oraz celowość odzwierciedlona we wnioskach dowodowych strony pozwalają na uznanie, że postępowanie było zorganizowane w sposób prawidłowy, a przeprowadzone czynności zajmowały odpowiednią ilość czasu. Organ I instancji podejmował czynności dowodowe i wyjaśniające bez zbędnej zwłoki, w kolejności zgłaszanych przez przez skarżącego wniosków dowodowych. Jednocześnie organ każdorazowo informował pełnomocnika podatnika o powodach przedłużeń terminu zakończenia postępowania podatkowego.
Taka ocena w pełni uzasadnia wniosek organu II instancji, że w tej sprawie nie ma podstaw do zastosowania regulacji, o której mowa w art. 54 § 1 pkt 7 o.p. Ponadto zasadnie organ stwierdził, że w okolicznościach tej sprawy nie ma zastosowania przepis art. 54 § 1 pkt 3 o.p., z uwagi na załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3 o.p.
Zdaniem Sądu powyższej oceny nie może skutecznie podważyć, argumentacja zawarta w uzasadnieniu skargi. Odnosząc się do chronologii działania organu I instancji skarżący akcentuje głównie ogólny czas trwania postępowania podnosząc, że wydanie decyzji nastąpiło po czterech latach licząc od dnia wszczęcia kontroli celno-skarbowej i po upływie roku od wszczęcia postępowania podatkowego.
Jak zasadnie wskazał organ odwoławczy, art. 54 § 1 pkt 7 op. odnosi się wyłącznie do postępowania podatkowego i nie obejmuje swym zakresem ani kontroli podatkowej, ani kontroli celno–skarbowej. Do kontroli celno-skarbowej mają zastosowanie jedynie te przepisy Ordynacji podatkowej, które wyraźnie zostały wymienione wart. 94 ust. 1 ustawy z 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2025, poz. 1131). W judykaturze słusznie wskazuje się, że ww. przepis formułuje katalog przypadków, w którym nie nalicza się odsetek za zwłokę i jest to katalog zamknięty. Niedopuszczalna jest rozszerzająca wykładnia tego przepisu, co oznacza, że przy obliczaniu terminu, o którym w nim mowa, nie można łączyć terminów trwania kontroli celno-skarbowej (por. wyrok WSA w Krakowie z 10 stycznia 2018 r., I SA/Kr 1039/17).
Wbrew twierdzeniom skargi, głównym argumentem uzasadniającym zastosowanie art. 54 § 2 o.p. nie była krytycznie oceniana przez organ odwoławczy praktyka odbierania korespondencji przez pełnomocnika skarżącego w drodze tzw. -podwójnego awiza, w ostatnim dniu terminu (s. [...] skargi). Przytoczone wyżej wnioski płynące z dokonanej przez organ odwoławczy analizy podejmowanych przez organ I instancji czynności odnoszą się przede wszystkim do wymienionej w art. 54 § 2 o.p. przesłanki dotyczącej przyczyn niezależnych od organu, nie zaś do przyczynienia się strony do opóźnienia w wydaniu decyzji. Podnoszona przez skarżącego kwestia nie była dla organu kluczową dla rozstrzygnięcia tej sprawy, a swoje stanowisko organ oparł na analizie szeregu niezbędnych czynności wymagających podjęcia przez organ I instancji w celu rozstrzygnięcia tej sprawy. Rację ma natomiast skarżący twierdząc, że odbieranie kierowanej przez organ podatkowy korespondencji w trybie "awizo" jest wyrazem korzystania z ustawowych uprawnień, nie jest naruszeniem zasad postępowania i nie można z tej okoliczności wywodzić negatywnych konsekwencji dla strony postępowania podatkowego.
W ocenie Sądu organy nie naruszyły art. 56b pkt 1 o.p., który przewiduje podwyższoną stawkę odsetek 150 % stosowaną do zaległości w podatku od towarów i usług w przypadku zaniżenia zobowiązania podatkowego, zawyżenia kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku ujawnionych przez organ podatkowy w toku kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Przepis ten jest jasny i nie budzi wątpliwości interpretacyjnych.
Bezsporne w tej sprawie jest, że zaległość w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. powstała na skutek zaniżenia zobowiązania podatkowego ujawnionego w toku kontroli celno- skarbowej, a stwierdzonego w decyzji wymiarowej organu I instancji. Organy prawidłowo ustaliły, że:
- kwota zaniżonego zobowiązania podatkowego za sierpień 2019 r. wyniosła 644.412,00 zł, i stanowi 100% kwoty należnej,
- kwota zaniżonego zobowiązania podatkowego za październik 2019 r. wyniosła: 777.859,00 zł i stanowi 100% kwoty należnej,
- od 1 stycznia 2019 r. minimalne wynagrodzenie za pracę wynosiło 2.250,00 zł. - § 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 11 września 2018 r. w sprawie minimalnego wynagrodzenia za pracę oraz wysokości minimalnej stawki godzinowej w 2019 r. (Dz. U. z 2018 r. poz. 1794), a pięciokrotna wysokość minimalnego wynagrodzenia w roku 2019 r. stanowiła kwotę 11.250,00 zł.
Powyższe uzasadniało zatem zastosowanie przy wyliczeniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku od towarów i usług za sierpień 2019 r. podwyższonej stawkę odsetek w wysokości 150%.
Zdaniem Sądu za zbyt daleko idący uznać należy pogląd skarżącego, że brak jest w tej sprawie podstaw do zastosowania podwyższonej stawki odsetek z uwagi postawę skarżącego, wyrażającą się chęcią dobrowolnej spłaty zobowiązania i współpracy w tym zakresie z organem podatkowym. W analizowanym tu przepisie brak jest takiej przesłanki, warunkującej jego stosowanie. Odmowy zastosowania tego przepisu nie sposób wywieść z powołanej przez skarżącego jego funkcji prewencyjnej, zmierzającej do zminimalizowania ryzyka wyjątkowo nagannych zachowań podatników w podatkach narażonych na nadużycia (w tym zakresie skarżący odwołał się do uzasadnienia rządowego projektu ustawy nowelizacyjnej – s. [...] skargi).
Z tych względów nie można organom skutecznie zarzucić naruszenia
art. 217 § 2 o.p., przez nie rozważenie w uzasadnieniu zaskarżonych postanowień postawy skarżącego w toku postępowania.
Nie można zgodzić się ze skarżącym, że w niniejszej sprawie – “ [...] nie ma klasycznego dla problemów VAT intencjonalnego działania podatnika...". (s. [...] skargi). Jak wynika z wydanego w toku sądowej kontroli zaskarżonych decyzji wymiarowych wyroku Sądu I instancji i z ustalonych przez organy podatkowe okolicznosci faktycznych, skarżący w 2019 r. prowadził jednoosobową działalność gospodarczą, której głównym przedmiotem było budowanie i remont dróg krajowych, produkcja masy bitumicznej oraz produkcja i sprzedaż betonu. Działalność tą zarejestrował w 1994 r. Obok opisanej jednoosobowej działalności gospodarczej skarżący do marca 2019 r. był wspólnikiem spółki S. Sp. z o.o. (dalej także jako: "Spółka"). Drugim wspólnikiem tej Spółki był jego syn P. M.. Skarżący w Spółce pełnił funkcję Prezesa Zarządu (w 2019 r.). Spółka prowadziła działalność gospodarczą w zakresie wykonywanie prac drogowych na rzecz jednostek samorządu terytorialnego - a więc w tym samym zakresie, co skarżący w ramach jednoosobowej działalności gospodarczej. W lutym i marcu 2019 r. Spółka sprzedała na rzecz skarżącego posiadany majątek, tj. nieruchomości i rzeczy ruchome. Doszło też do podpisania umów, w oparciu o które skarżący przejął zobowiązania finansowe Spółki. Dodatkowo ustalono, że Spółka rozwiązała umowy o pracę z pracownikami, przy czym część z nich podjęła zatrudnienie w firmie skarżącego. Realizacja opisanych zdarzeń zbiegła się z zaprzestaniem prowadzenia jakiejkolwiek działalności gospodarczej przez Spółkę - pozbawiona majątku i pracowników została sprzedana na rzecz obywatelki [...] l. R..
Organy podatkowe nie miały tu żadnych wątpliwości, że realizowana przez Spółkę sprzedaż stanowiła zbycie przedsiębiorstwa - w konsekwencji nie mają do niej zastosowania ustawa o podatku od towarów i usług, a podatnik nie miał podstawy do obniżenia podatku należnego z przedmiotowych faktur. Powyższe umożliwiło skarżącemu odliczenie podatku VAT w bardzo dużej kwocie, który to podatek faktycznie nigdy nie został odprowadzony do budżetu państwa. Z ustaleń organów wynikało, że Spółka w lutym i marcu 2019 r. dokonała na rzecz skarżącego sprzedaży składników majątkowych na kwotę brutto ponad 10 milionów zł, wystawiając z tego tytułu faktury VAT, w których wykazała podatek od towarów i usług na kwotę ponad 2 miliony zł. Podatku tego jednakże nie odprowadziła do budżetu państwa, albowiem wykazana w deklaracji VAT za luty 2019 r. kwota, podlegająca wpłacie do urzędu skarbowego, w rzeczywistości nie została uregulowana, a za marzec 2019 r. podmiot ten w ogóle nie złożył deklaracji VAT. Po zmianie nazwy na R. Sp. o.o., spółka ta nie złożyła deklaracji w podatku od towarów i usług za marzec 2019 r. (i nast. miesiące) i została wykreślona z rejestru podatników VAT. Wobec spółki podjęto czynności związane z uzyskaniem wyjaśnień - nie odbierano korespondencji. Pomimo podjętych czynności nie uzyskano też informacji od administracji podatkowej [...].
Analizując czynności zmierzające do sprzedaży Spółki, organ powołał się na pisemne wyjaśnienia skarżącego i jego syna, wskazujące, że ich zamiarem była sprzedaż Spółki, poprzez sprzedaż wszystkich posiadanych w niej udziałów. Dodano przy tym, że prowadzono rozmowy z różnymi podmiotami - bezskutecznie z uwagi na stan finansowy Spółki. Co istotne, z przedmiotowych wyjaśnień wynikało, iż intencją była sprzedaż całej Spółki, wraz z posiadanym przez Spółkę majątkiem.
Z kolei Sąd I instancji stwierdził, że na gruncie tej sprawy organy w sposób wnikliwy przeanalizowały poszczególne działania i detale wiążące się ze zbyciem przedsiębiorstwa – począwszy od zamiaru wspólników, poprzez powiązania między stronami transakcji, przygotowania oraz czynności zbycia kolejnych składników majątku Spółki, porównanie przedmiotu działalności zbywcy i nabywcy przedsiębiorstwa, jak też sytuację Spółki po transakcjach dokonanych ze skarżącym i charakter działalności kontynuowanej przez skarżącego – co finalnie dało podstawy do uznania, że doszło do sprzedaży powiązanych ze sobą składników stanowiących zorganizowaną całość. Ponadto Sąd podkreślił, że znamienne są również okoliczności towarzyszące "działalności" Spółki po zbyciu opisywanych składników. Nie posiadała ona już majątku i pracowników, przejęto jej zobowiązania. Zasadniczo pozbawiona więc została substancji umożliwiającej prowadzenie działalności gospodarczej w dotychczasowym zakresie, a zatem zaprzestała jej prowadzenia. Nie ma śladu funkcjonowania tego podmiotu w obrocie gospodarczym. Udziały Spółki zostały sprzedane obywatelce [...]. Podmiot zmienił nazwę na R. Sp. z o.o. Nie złożył deklaracji w podatku VAT za marzec 2019 r. i następne miesiące, został wykreślony z rejestru podatników VAT. W konkluzji Sąd podzielił stanowisko organów podatkowych, że w sprawie rzeczywiście doszło do sprzedaży przedsiębiorstwa na rzecz skarżącego, co w konsekwencji uniemożliwiało skarżącemu odliczenie podatku z faktur dokumentujących tę transakcję (nieprawomocny wyrok WSA w B. z 9 kwietnia 2025 r., I SA/Bk 30/25).
Mając to na uwadze i w konteście powołanej przez skarżącego funkcji prewencyjnej analizowanego tu przepisu stwierdzić należy, że w niniejszej sprawie zastosowanie podwyższonej stawki odsetek niewątpliwie tę funkcję spełni, minimalizując ryzyko przyjęcia w przyszłości przez innych podatników prawnej kwalifikacji tego rodzaju transakcji, która prowadzi do nieuprawnionego odliczenia podatku naliczonego VAT.
Zdaniem Sądu nie zasługuje na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 127 o.p. w związku z art. 180 o.p., 187 o.p. i art. 122 o.p., w sposób opisany w petitum skargi. W kontekście tego zarzutu podkreślić należy, że organ odwoławczy rozpoznaje sprawę, a nie odwołanie (zażalenie). Wynikająca z art. 127 o.p. zasada dwuinstancyjności oznacza, że w wyniku złożenia odwołania lub zażalenia sprawa podatkowa będzie w całości przedmiotem postępowania przed organem drugiej instancji. Rodzi to obowiązek dwukrotnego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, dwukrotnego ustalenia stanu faktycznego i dwukrotnej wykładni przepisów prawa. Zasada ta nie wyklucza przy tym dokonania odmiennej oceny materiału dowodowego zgromadzonego już w postępowaniu pierwszoinstancyjnym. Organ odwoławczy nie jest bowiem organem stricte kontrolującym prawidłowość rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji, ale samodzielnie, w oparciu o już zgromadzone (ewentualnie uzupełnione) dowody, ponownie rozstrzyga sprawę. Ponowne rozstrzygnięcie sprawy oznacza zatem dokonanie ponownych ustaleń faktycznych, a nie tylko przyjęcie tych, które wynikają z rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji (wyrok WSA w Gdańsku z dnia 13 marca 2013 r., I SA/Gd 1061/12, i powołane tam orzecznictwo).
Uwzględniając powyższe Sąd uznał, że pogląd skarżącego o naruszeniu przez organ odwoławczy zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego jest zbyt daleko idący. W ocenie Sądu nie ma wątpliwości co do tego, że zebrany w sprawie materiał dowodowy pozwalał na rozstrzygnięcie sprawy, także w toku kontroli odwoławczej. Organ II instancji odnosząc się do zarzutów zażalenia przedstawił własną ocenę biegu postępowania podatkowego przed organem I instancji, prezentując w tym zakresie szeroką argumentację. Organ nie prowadził dodatkowego postępowania dowodowego. W ocenie Sądu przebieg postępowania zażaleniowego i zajęte w jego toku stanowisko organu odwoławczego, nie wskazuje na naruszenie art. 127 o.p.
Organy obu instancji nie prowadziły w badanej sprawie postępowania dowodowego sensu stricte, w znaczeniu wynikającym z art. 180 i art. 187 o.p. Stosownie do tych regulacji przeprowadzono w sprawie, mieszczące się w granicach prawa, postępowanie wyjaśniające polegające na analizie działań organów podjętych w sprawie merytorycznej. Zgodnie z przepisem art. 180 § 1 o.p., jako dowód należy dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. Z akt sprawy nie wynika, aby organy dopuściły jakikolwiek dowód sprzeczny z prawem i nie może stanowić naruszenia przepisów procedury podatkowej sama analiza poszczególnych czynności procesowych i pism znajdujących się w dyspozycji organów podatkowych w sprawie dotyczącej podatku od towarów i usług. Rola organów obu instancji w niniejszej sprawie sprowadzała się w istocie do zbadania intensywności czynności i sprawności postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do listoada 2019 r. W ocenie Sądu przebieg postępowania przed organem II instancji i zajęte stanowisko, nie wskazuje na naruszenie przepisów postępowania w stopniu mającym istotny, ani jakikolwiek, wpływ na wynik postępowania, stąd bezpodstawne jawią się zarzuty uchybienia przepisom art. 180, art. 187 i art. 122 o.p.
Z powyżej przedstawionych względów Sąd stwierdził, że zaskarżone postanowienia odpowiadają prawu, a zarzuty sformułowane w skardze nie zasługują na uwzględnienie. W tym stanie rzeczy Sąd oddalił w całości skargę jako bezzasadną, na podstawie art. 151 p.p.s.a., po uprzednim rozpoznaniu sprawy w trybie art. 119 pkt 3 i art. 120 p.p.s.a.