Stany faktyczne w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty, zostały szczegółowo wskazane w art. 78 § 3 O.p. Zaistniała w niniejszej sprawie sytuacja, tj. przedłużające się postępowanie w sprawie wydania decyzji APA, nie została wymieniona w treści przepisów art. 77 O.p. i art. 78 O.p., które przewidują zwrot nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Oprocentowanie przysługuje jedynie w ściśle określonych przez prawo przypadkach, natomiast art. 78 § 3 O.p. zawiera zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty. Oprocentowanie nadpłaty nie jest zasadą tylko wyjątkiem, a przepisy w tej kwestii są rygorystyczne. Przepis art. 78 § 1 O.p. nie ustanawia generalnej zasady, zgodnie z którą wszystkie nadpłaty podlegają oprocentowaniu.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu K. sp. z o. o. w [...], zastępowana przez tą samą pełnomocnik, wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania. Pełnomocnik zarzuciła naruszenie:
1. art. 78 § 1 i § 3 pkt 1 w zw. z art. 78a Ordynacji podatkowej w zw. z art. 97 ust. 1 ustawy z dnia 16 października 2019 r. o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawieraniu uprzednich porozumień cenowych w zw. z art. 32 ust. 1, art. 77 ust. 1 oraz art. 64 ust. 2 i 3 Konstytucji, poprzez uznanie, że z przepisów tych nie wynika prawo do otrzymania oprocentowania nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych powstałej w wyniku braku możliwości zastosowania przez Spółkę art. 15e ust. 15 pkt 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w związku z uchybieniem przez Szefa KAS terminowi wydania decyzji APA, podczas gdy prawidłowa wykładnia tych przepisów, dokonana w zgodzie z konstytucyjną zasadą równości (art. 32 ust. 1 Konstytucji) i zasadą prawa do odszkodowania (art. 77 ust. 1 Konstytucji) oraz zasadą prawa własności (art. 64 Konstytucji) prowadzić powinna do wniosku, że spółce przysługuje prawo do otrzymania oprocentowania należnego z tytułu powstałej nadpłaty;
2. art. 2a w zw. z art. 78 § 1 i § 3 pkt 1 Ordynacji podatkowej poprzez niezastosowanie zasady rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości na korzyść podatnika i uznanie, że sporny przepis nie obejmuje nadpłat powstałych w związku z błędnym działaniem organów podatkowych innym, niż wydanie wadliwej decyzji wymiarowej, podczas gdy rozdźwięk między literalną treścią art. 78 § 1 i 3 Ordynacji podatkowej, a wskazanymi w zarzucie nr [...] zasadami konstytucyjnymi, a także liczne spory sądowe na gruncie tych przepisów wskazują na występowanie istotnych wątpliwości co do treści przepisu w tym zakresie;
3. art. 78 § 1 i 78a w zw. z 75 § 1 i 4 Ordynacji podatkowej poprzez odmowę określenia nadpłaty wraz z oprocentowaniem w wyniku błędnego uznania, że wnioskowana przez spółkę nadpłata została w całości zwrócona w związku ze złożonym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, podczas gdy kwota ta nie pokrywała kwoty nadpłaty wraz z jej oprocentowaniem, w związku z czym powinna być proporcjonalnie zaliczona na poczet kwoty nadpłaty oraz kwoty jej oprocentowania w takim stosunku, w jakim w tym dniu kwota nadpłaty pozostawała do kwoty oprocentowania.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje.
Zaskarżona decyzja podlega uchyleniu.
Przede wszystkim należy stwierdzić, że sytuacja mająca miejsce w kontrolowanej sprawie nie odpowiada żadnemu ze zdarzeń, od powstania których ustawodawca uzależnił oprocentowanie nadpłaty. Co słusznie zaznaczył Dyrektor IAS w zaskarżonej decyzji, ale co nie oznacza, że obie decyzje wydane w sprawie są zgodne z prawem.
Zgodnie z art. 72 § pkt 1 O.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Na równi z nadpłatą traktuje się część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę, jeżeli wpłata ta dotyczyła zaległości podatkowej (art. 72 § 2 pkt 1 O.p.) Na podstawie art. 73 § 1 pkt 1 O.p. nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej. Z kolei w przepisach art. 78 § 3 O.p. ustawodawca określił przypadki, w których przysługuje oprocentowanie nadpłat podatku w związku z wyeliminowaniem z obrotu prawnego orzeczeń, na podstawie których pobrano podatek i uczynił to przez odwołanie się do sytuacji wskazanych w art. 77 O.p. Stosownie do art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) O.p. oprocentowanie przysługuje, jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty - chyba, że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent. W takim to przypadku termin zwrotu podatku określony został w art. 77 § 1 pkt 6 lit. a), który wskazuje na okres 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją) w przypadkach, o których mowa w art. 75 § 3 tej ustawy.
Z przywołanych przepisów wynika, że w przypadku stwierdzenia sprzeczności z prawem lub nieważności decyzji wymiarowej przez Sąd, oprocentowanie należne jest od dnia powstania nadpłaty. Podatnik otrzymując wówczas oprocentowanie nadpłaty – za okres liczony od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego).
W kontrolowanej sprawie jest poza sporem, że Szef KAS po długotrwałym postępowaniu wydał decyzję APA po czym, na skutek złożonego przez skarżącą wniosku o stwierdzenie nadpłaty - już bez wydawania decyzji - dokonał zwrotu powstałej nadpłaty. Choć po stronie spółki wystąpiła nadpłata, organ odmówił spółce wypłaty oprocentowania niekwestionowanej przez siebie nadpłaty podatku, gdyż przepisy art. 78 O.p. expressis verbis nie przewidują oprocentowania nadpłat powstałych w wyniku długotrwałego procedowania wniosku o wydanie decyzji APA.
Skład orzekający w niniejszej sprawie podziela pogląd Naczelnego Sądu Administracyjnego (wyroki z dnia 04 marca 2026 r.: II FSK 1026/25, II FSK 1022/25 i II FSK 1332/25, dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń i Informacji o Sprawach na stronie internetowej Naczelnego Sądu Administracyjnego, dalej jako CBOSA), że argumentacja wskazująca na odmienny charakter prawny wydawanych aktów nie może być uzasadnieniem dla różnicowania tych sytuacji. Fakt, że ustawa - Ordynacja podatkowa nie określa terminu zwrotu oprocentowania wskutek długoterminowego opóźnienia w wydaniu decyzji APA nie oznacza w żadnym razie, że takie oprocentowanie nie powinno zostać podatnikowi przyznane (zgodnie z art. 78 § 3 O.p.).
Jak już wyżej wskazano, treść art. 78 § 3 w zw. z art. 77 § 1 O.p. wskazuje na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania, w zależności od konkretnych przyczyn ich powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Regulacja ta nie wskazuje na oprocentowanie nadpłaty powstałej w konsekwencji wydania decyzji APA z przekroczeniem terminu zakreślonego w art. 97 pkt 1 ustawy z dnia 16 października 2019 r. o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawieraniu uprzednich porozumień cenowych (Dz. U. z 2019 r., poz. 2200 z późn. zm.-dalej ustawa DRM), w którym to przepisie zastrzeżono, że postępowanie w sprawie wydania jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 6 miesięcy od dnia jego wszczęcia.
Niemniej jednak w art. 78 § 3 i w art. 77 § 1 O.p. przewidziano oprocentowanie nadpłaty od dnia jej powstania, w przypadku zmiany, uchylenia albo stwierdzenia nieważności decyzji. Oprocentowaniu podlegają nadpłaty jedynie w ściśle określonych sytuacjach, związanych m.in. z podważeniem decyzji organu podatkowego, przekroczeniem przez ten organ terminu wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, terminu zwrotu nadpłaty lub też z wydaniem orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny i Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu. W typowych sytuacjach, np. wykazania nadpłaty w zeznaniu na podatek dochodowy co do zasady nie podlega ona oprocentowaniu, chyba że organ podatkowy nie zwróci jej w terminie. Podobnie jest przy samodzielnym wyliczaniu i opłacaniu podatku przez podatnika w deklaracjach.
Skład orzekający w niniejszej sprawie podziela stanowisko wyrażone przez NSA w ww. wyrokach, że brak regulacji dotyczącej terminu zwrotu omawianej nadpłaty w art. 77 O.p. i okresu naliczania oprocentowania w art. 78 § 3-5 O.p. wskutek wydania opóźnionej decyzji APA – nie neguje istnienia uprawnień podatnika do oprocentowanie nadpłaty, tak jak w przypadku wadliwego samoobliczenia podatku przez podatnika.
Co bowiem istotne, to wyłącznie wskutek działania organów podatkowych podatnik pozbawiony był możliwości korzystania ze swoich środków. Podatnik otrzymując oprocentowanie nadpłaty - liczone od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego).
Ponadto, należy zwrócić uwagę, iż Naczelny Sąd Administracyjny orzekał także w sprawach, w których osią sporu była kwestia oprocentowania nadpłaty w podatku powstałej wskutek zastosowania się strony do wadliwej interpretacji podatkowej organu (por. m.in. wyroki NSA: z 04 września 2024 r., II FSK 1441/21; z 05 czerwca 2024 r., II FSK 1135/21; z 05 marca 2024 r., II FSK 1473/23; z 20 kwietnia 2023 r., II FSK 2587/20; z 01 czerwca 2022 r., II FSK 2683/19; z 05 października 2021 r., II FSK 408/19; z 20 stycznia 2015 r., I FSK 2050/13; CBOSA). Wnioski zawarte ww. wyrokach potwierdzają, że nadpłata powstała w wyniku zastosowania się do uchylonej następnie interpretacji indywidualnej podlega - w drodze analogii - oprocentowaniu od nadpłaty na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Z orzeczeń tych wynika, że zaistniała sytuacja stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach, którą - w celu urzeczywistnienia tzw. zasady nieszkodzenia, wyrażonej w art. 14k §1 O.p. - należy uznać za możliwą do usunięcia per analogiam legis. Z kolei w wyroku z 05 marca 2025 r., II FSK 1574/24 (CBOSA) Naczelny Sąd Administracyjny zauważył, że brak jest racjonalnych podstaw do różnicowania podatników w zakresie ich prawa do jednakowego sposobu liczenia oprocentowania nadpłaty, wyłącznie w zależności od tego, w oparciu o jaki wadliwie podjęty przez organ akt dokonali nienależnej wpłaty podatku.
Na tych podstawach Naczelny Sąd Administracyjny zasadnie stwierdził w przywołanych wyrokach z 04 marca 2026 r., że brak wskazania wprost w art. 78 § 3 O.p., że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania również w omawianym przypadku, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach. Lukę tę należy wypełnić w drodze wykładni. Luka ta, zważywszy na jej wyraźny związek z preferowanym przez ustawodawcę systemem wartości, ma charakter luki aksjologicznej i jako taka podlega usunięciu w procesie stosowania prawa przez wnioskowanie z analogii legis.
NSA przyjął, że w demokratycznym państwie prawnym, o którym stanowi art. 2 Konstytucji, jednostka (a zatem - podatnik) nie może ponosić konsekwencji błędów i zaniedbań prawodawcy, w tym zwłaszcza takich, które powodują lukę w prawie naruszającą podstawowe zasady porządku konstytucyjnego. Lukę taką w wyjątkowych przypadkach wypełnić można w drodze analogii. Brak przepisu wyłączającego analogię z procesu interpretacji i stosowania materialnego prawa podatkowego sprawia, że na zasadzie wyjątku można posłużyć się tą metodą dla usunięcia ewidentnych naruszeń porządku konstytucyjnego.
W zakresie zobowiązań podatkowych zasadę tę urzeczywistniają przepisy art. 77 i art. 78 O.p. nakazujące zwrot nadpłaconych podatków w przepisanych terminach oraz wypłatę oprocentowania od nadpłat podatków. Oceniając te przepisy należy zauważyć, że przyczyną ich wprowadzenia do ustawy – Ordynacja podatkowa była konieczność zapewnienia możliwości odzyskania kwot zapłaconych nienależnie z tytułu zobowiązań podatkowych wraz z odsetkami, jeżeli do powstania nadpłaty lub opóźnienia w jej zwrocie przyczyniły się organy podatkowe. Mając na względzie te racje uzasadniające wprowadzenie powołanych regulacji, należało stwierdzić, że uzasadniają one w pełni objęcie nakazem wypłaty odsetek także te nadpłaty, które powstały wskutek wydania po ustawowym terminie decyzji APA.
Przyjęcie za zasadne stanowiska odmiennego prowadziłoby do wniosku, że prawo do oprocentowania nadpłaty podatku uzależnione jest jedynie od rodzaju aktu administracyjnego, na postawie którego pobrano nienależne kwoty.
Skład orzekający w niniejszej sprawie podziela i to stanowisko NSA, że właściwe jest przyznanie oprocentowania od chwili złożenia wniosku o wszczęcie procedury wydawania APA i blokady rozliczania kosztów uzyskania przychodów. Z kolei ograniczenie okresu końcowego naliczania oprocentowania – do chwili wydania decyzji APA. Z chwilą bowiem uzyskania decyzji APA podatnik posiadał już niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty wraz ze stosownym oprocentowaniem.
Skład orzekający Naczelnego Sądu Administracyjnego w ww. wyrokach z 04 marca 2026 r. podkreślił postanowienia art. 77 w związku z art. 8 ust. 2 Konstytucji, że jednym ze standardów demokratycznego państwa prawnego jest to, że każdy ma prawo do wynagrodzenia szkody, jaka została mu wyrządzona przez niezgodne z prawem działanie organów publicznych i żadna ustawa nie może nikomu zamykać drogi sądowej dochodzenia naruszonych przez tą władzę praw jednostki. Zgodnie z powyższym przepisem art. 77 ust. 1 Konstytucji władze publiczne (w tym organy podatkowe) są obowiązane wyrównać obywatelowi szkodę materialną, powstałą na skutek nich niezgodnego z prawem działania. Natomiast z art. 2 Konstytucji, wyrażającego zasadę demokratycznego państwa prawnego wywodzone są również zasady prawidłowej (przyzwoitej) legislacji, które nakazują, aby przepisy formułowane były w sposób poprawny, jasny i precyzyjny, zwłaszcza wówczas, gdy dotyczą praw i wolności jednostki (zob. Trybunał Konstytucyjny w sprawach – K 7/99 i K 24/00). Ponadto zauważył, że także zasada zaufania do organów podatkowych (art. 121 O.p.) jest zakorzeniona w normach konstytucyjnych. Zgodnie z art. 32 Konstytucji dopuszczalna konstytucyjnie jest sytuacja, w której zróżnicowanie nastąpi w obrębie grupy osób znajdujących się w takiej samej sytuacji. Jest to możliwe ze względu na konieczność realizacji zasad konstytucyjnych, o ile ograniczenie zasady równości dokonywane jest z zachowaniem zasady proporcjonalności. Ograniczenie dokonane jest za pomocą środka przydatnego do realizacji zasady konstytucyjnej usprawiedliwiającej to ograniczenie, środek ten jest konieczny, czyli nie ingeruje nadmiernie w równość, oraz zachowana jest proporcjonalność sensu stricto. Wprowadzone zróżnicowanie musi mieć zatem charakter racjonalnie uzasadniony, a kryterium zróżnicowania pozostawać w odpowiedniej proporcji do wagi interesów, które zostają naruszone w wyniku nierównego traktowania podmiotów podobnych. Musi ponadto pozostawać w związku z zasadami, wartościami i normami konstytucyjnymi uzasadniającymi odmienne traktowanie podmiotów podobnych. Wszelkie odstępstwa od nakazu równego traktowania podmiotów podobnych muszą zawsze znajdować podstawę w odpowiednio przekonujących argumentach (por. wyroki Trybunału Konstytucyjnego: z 23 listopada 2010 r., K 5/10, OTK-A 2010 Nr 9, poz. 106; z 19 kwietnia 2011 r., P 41/09, OTK-A 2011 Nr 3, poz. 25; z 18 czerwca 2013 r., K 37/12, OTK-A 2013 Nr 5, poz. 60; z 5 listopada 2013 r., K 40/12, OTK-A 2013 Nr 8, poz. 120 i z 17 czerwca 2014 r., P 6/12, OTK-A 2014 Nr 6, poz. 62; P. Tuleja, Konstytucja R. P., Komentarz wyd. II, WKP 2023).
Mając powyższe na uwadze, argumentacja organów podatkowych dotycząca braku podstaw prawnych do wypłaty oprocentowania należnego skarżącej spółce – jest wadliwa.
Wskazane naruszenia skutkowały koniecznością uchylenia zaskarżonej decyzji, o czym orzeczono na podstawie art. 145 § 1 pkt lit. a) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143; dalej: P.p.s.a.). O kosztach postępowania sądowego orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 P.p.s.a. Na zasądzone koszty składają się: uiszczony wpis od skargi w kwocie 500 zł (k. [...]), stawka wynagrodzenia pełnomocnika w kwocie 480 zł, wskazana w § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. poz. 1687) oraz opłata od pełnomocnictwa w kwocie 17 zł (k. [...]), razem 997 zł.
Ponownie rozpoznając odwołanie Dyrektor IAS uwzględni powyższe uwagi Sądu.