W przypadku skarżącej APA została wydana przez Szefa KAS dopiero po trwającym 51 miesięcy postępowaniu. Wydane w sprawie skarżącej APA potwierdzały rynkowy charakter analizowanych transakcji z podmiotami powiązanymi i - w konsekwencji złożonego na podstawie APA wniosku o stwierdzenie nadpłaty i korekt CIT-8 - skutkowała stwierdzeniem nadpłat CIT w szeregu występujących po sobie lat podatkowych w łącznej wysokości 13 076 744,00 zł. 19 listopada 2025 r. spółka złożyła wniosek, w którym wystąpiła o zwrot m.in. pozostałej, niezwróconej części nadpłaty w CIT za lata podatkowe, pozostałej części należnego spółce oprocentowania nadpłaty, za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu w całości. Spółka wskazała, że mając na uwadze treść art. 78a o.p., uzyskany zwrot pokrył wyłącznie część nadpłaty oraz należnego oprocentowania. Organy nie podzieliły argumentacji przedstawionej przez spółkę. Jednocześnie skarżąca zaznaczyła, że sprawy dotyczące zwrotu nadpłat podatkowych oraz związanego z nimi oprocentowania należą do sfery prawa publicznego i jako takie powinny być rozpoznawane przez organy podatkowe oraz sądy administracyjne. Takie stanowisko znajduje bezpośrednie potwierdzenie w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, Trybunału Konstytucyjnego oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego. W ocenie skarżącej przyznanie prawa do oprocentowania nadpłaty za okres trwania postępowania w sprawie wydania APA jest uzasadnione, ponieważ w realiach art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. uzyskanie decyzji APA stanowiło warunek sine qua non stwierdzenia oraz zwrotu nadpłaty. Postępowanie APA było więc integralną częścią procedury nadpłatowej, a przewlekłość procesu - wbrew terminom wynikającym z art. 97 § 1 ustawy DRM - nie może być przerzucana na podatnika, skoro skutkiem było wielomiesięczne pozbawienie go możliwości dysponowania jego własnym majątkiem, choć inne porównywalne podmioty mogły rozpoznawać poniesione koszty dla celów podatkowych na bieżąco.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko wyrażone w uzasadnieniu zaskarżonego rozstrzygnięcia.
W piśmie procesowym z 16 lipca 2026 r. skarżąca, reprezentowana przez pełnomocnika, uzupełniła argumentację skargi, powołując prawomocne wyroki sądowe, zapadłe w innych, podobnych sprawach dotyczących oprocentowania nadpłaty w związku z przedłużającym się postępowaniem w sprawie uprzedniego porozumienia cenowego. Skarżąca podkreśliła, że w tych wyrokach sądy administracyjne jednomyślnie potwierdzały prawo podatnika do wypłaty oprocentowania nadpłaty za okres od dnia złożenia wniosku o wydanie APA do dnia wydania decyzji APA.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:
Skarga zasługuje na uwzględnienie.
W toku sądowej kontroli zaskarżonej decyzji, przeprowadzonej na podstawie kryterium zgodności z prawem, w kontekście zarzutów skargi, najistotniejszą kwestią sporną okazała się wykładnia zastosowanych przez organy podatkowe przepisów art. 72 § 1 pkt 1 o.p. w związku z art. 73 § 2 pkt 1 o.p., art. 75 § 2 o.p., art. 78 § 1,§ 3 pkt 3 lit c) o.p. oraz art. 78a o.p., w wyniku której organy uznały, że nie ma podstawy prawnej do wypłaty skarżącej oprocentowania od nadpłaty powstałej na skutek wydania przez Szefa KAS powołanej na wstępie decyzji z 29 grudnia 2023 r. (nr [...]), w sprawie jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego. Uzyskanie jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego umożliwiło skarżącej, zaliczenie poniesionych wydatków na nabycie usług wsparcia od podmiotu powiązanego w pełnej wysokości do kosztów uzyskania przychodu bez obowiązku limitowania. Powstałe nadpłaty były zatem wynikiem zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów uprzednio wyłączonych z nich na podstawie art. 15e u.p.d.o.p. wydatków poniesionych na rzecz podmiotu powiązanego.
Zdaniem organów, choć przepis art. 78 § 1 o.p. zawiera generalną zasadę oprocentowania nadpłat, to jednak nie zawsze i nie każda nadpłata podlega oprocentowaniu. W ocenie organu odwoławczego, zaistniała w niniejszej sprawie sytuacja, tj. przedłużające się postępowanie w sprawie wydania decyzji APA, nie została wymieniona w treści art. 77 i art. 78 o.p., które przewidują zwrot nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Oprocentowanie przysługuje jedynie w ściśle określonych przez prawo przypadkach, natomiast art. 78 § 3 o.p. zawiera zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty. Na poparcie stanowiska organ powołał orzecznictwo sądowe zaznaczając, że w stanie faktycznym sprawy nie mamy do czynienia z żadną z okoliczności wymienionych w powołanych powyżej przepisach, skutkujących po stronie organu obowiązkiem wypłaty oprocentowania. Według organów bezspornym w sprawie jest fakt, że w stanie faktycznym sprawy nie zostały spełnione przesłanki określone w art. 78 o.p., a także nie ma w obiegu prawnym orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego które stwierdzałoby taką niezgodność z Konstytucją w odniesieniu do art. 15e u.p.d.o.p.
W ocenie organu II instancji, w okolicznościach tej sprawy nie jest zasadne stosowanie na zasadzie analogii innych przepisów regulujących kwestie dotyczące oprocentowania, a postulowane przez skarżącą stosowanie analogii w rozpoznawanej sprawie byłoby tworzeniem, a nie stosowaniem prawa. Organ stwierdził, że kwestia dotycząca oprocentowania nadpłat powstałych na skutek wniosku podatnika, który w ramach samoobliczenia koryguje swoje zeznanie podatkowe (deklarację) została uregulowana przez ustawodawcę. Brak jest zatem podstaw do ich uzupełnienia w drodze analogii nawet w sytuacji, gdy doszło do wydania decyzji APA z uchybieniem terminowi określonemu w art. 97 ust. 1 ustawy DRM.
Według przeciwnego stanowiska skarżącej spółki, wydana w sprawie decyzja APA potwierdzała rynkowy charakter analizowanych transakcji z podmiotami powiązanymi, a w konsekwencji złożonego na podstawie APA wniosku o stwierdzenie nadpłaty i korekt zeznań CIT-8, skutkowała stwierdzeniem nadpłat podatku w szeregu występujących po sobie lat podatkowych. Spółka podkreśliła, że postępowanie w sprawie wydania jednostronnego porozumienia cenowego powinno zostać zakończone w ciągu 6 miesięcy, natomiast w przypadku spółki decyzja APA została wydana po trwającym 51 miesięcy postępowaniu. Zdaniem spółki, skoro uzyskanie decyzji APA było elementem niezbędnym do odzyskania nadpłaty, to oprocentowanie nadpłaty za okres prowadzenia postępowania w sprawie wydania decyzji APA powinno wynikać z zastosowania przepisów o oprocentowaniu nadpłaty w toku przedłużającego się postępowania w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty. Skarżąca podkreśliła, że postępowanie APA było integralną częścią procedury nadpłatowej, a przewlekłość procesu - wbrew terminom wynikającym z art. 97 § 1 ustawy DRM - nie może być przerzucana na podatnika, skoro skutkiem było wielomiesięczne pozbawienie go możliwości dysponowania jego własnym majątkiem, choć inne porównywalne podmioty mogły rozpoznawać poniesione koszty dla celów podatkowych na bieżąco.
Odwołując się do powołanego w skardze i piśmie procesowym z 16 lipca
2026 r. stanowiska sądów administracyjnych skarżąca podniosła, że nawet w przypadku braku szczegółowej regulacji ustawowej - czyli wystąpienia luki prawnej - konieczne jest stosowanie analogii legis w celu zapewnienia ochronnego i kompensacyjnego charakteru odsetek od nadpłaty.
Na wstępie rozważań wskazać należy, że sporne między stronami zagadnienie było już przedmiotem rozstrzygnięć sądów administracyjnych, m.in. w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 marca 2026 r. wydanych w sprawach o sygn. akt II FSK 1332/25, II FSK 1022/25, II FSK 1023/25 i II FSK 1026/25, wyroku WSA w Krakowie z 15 maja 2026 r., I SA/Kr 171/26, wyrokach WSA w Warszawie z 21 maja 2026 r., III SA/Wa 238/26, III SA/Wa 239/26 i III SA/Wa 240/26, wyrokach WSA w Warszawie z 17 czerwca 2026 r., III SA/Wa 385/26, III SA/Wa 386/26 i III SA/Wa 387/26 (wszystkie orzeczenia powołane w niniejszym wyroku dostępne są na stronie internetowej: orzeczenia.nsa.gov.pl). Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę w pełni podziela pogląd zaprezentowany w tych orzeczeniach i do nich się odwołuje, posługując się zawartą w nich argumentacją.
Mając na uwadze tak zarysowaną płaszczyznę sporu i zastosowane przez organy podatkowe przepisy prawa krajowego, na wstępie rozważań wyjaśnić należy, że zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku.
W myśl art. 77 § 1 pkt 1 o.p., nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania nowej decyzji - jeżeli nadpłata powstała w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji. Z kolei art. 77 § 1 pkt 3 o.p. stanowi, że nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji o zmianie, uchyleniu albo stwierdzeniu nieważności decyzji - jeżeli w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji nie wystąpi obowiązek wydania nowej decyzji.
Ponadto zgodnie z art. 78 § 1 o.p. nadpłaty podlegają oprocentowaniu w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę, o których mowa w art. 56 § 1, pobieranych od zaległości podatkowych.
Według art. 78 § 2 o.p. nadpłaty, których wysokość nie przekracza dwukrotności kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym, nie podlegają oprocentowaniu.
Z kolei art. 78 § 3 o.p. stanowi, że oprocentowanie przysługuje:
1) w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 1 i 3 - od dnia powstania nadpłaty, a jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata nie została zwrócona w terminie - od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji;
2) (uchylony);
3) w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 2 i pkt 6 - od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją):
a) jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę,
b) jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent,
c) jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6, chyba że do opóźnienia w zwrocie nadpłaty przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent;
4) w przypadku przewidzianym w art. 77 § 1 pkt 5 i § 2 pkt 2 i 3 - od dnia powstania nadpłaty, jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie 3 miesięcy od dnia złożenia zeznania lub deklaracji, o których mowa w art. 73 § 2 pkt 1-3, lub od dnia skorygowania zeznania lub deklaracji w trybie art. 274 lub art. 274a;
4a)
w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 5a i § 2 pkt 1 - od dnia powstania nadpłaty, jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie 45 dni od dnia złożenia zeznania, o którym mowa w art. 73 § 2 pkt 1, lub od dnia skorygowania zeznania w trybie art. 274 lub art. 274a.
5) (uchylony);
6) w przypadku przewidzianym w art. 77 § 2a pkt 1 - od dnia wszczęcia lub przejęcia postępowań określonych w art. 119g § 1 pkt 3, jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana albo nadpłata nie została zwrócona w terminie, o którym mowa w tym przepisie, chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji albo zwrocie nadpłaty przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent;
7) w przypadku przewidzianym w art. 77 § 2a pkt 2 - od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie, o którym mowa w tym przepisie, chyba że do opóźnienia w zwrocie nadpłaty przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent.
Zgodnie z art. 78 § 4 o.p. oprocentowanie z tytułu nadpłaty przysługuje do dnia zwrotu nadpłaty, zaliczenia jej na poczet zaległych lub bieżących zobowiązań podatkowych lub dnia złożenia wniosku o zaliczenie nadpłaty na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, z zastrzeżeniem § 5 pkt 2.
W myśl art. 78 § 5 o.p. w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 4 i 4a oprocentowanie przysługuje za okres:
1) od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu - pod warunkiem złożenia przez podatnika wniosku o zwrot nadpłaty przed terminem albo w terminie 30 dni od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części akt normatywny;
2) od dnia powstania nadpłaty do 30 dnia od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części akt normatywny - jeżeli wniosek o zwrot nadpłaty został złożony po upływie 30 dni od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części ten akt.
Zgodnie z art. 15e u.p.d.o.p., obowiązującym w roku 2019, podatnicy są obowiązani wyłączyć z kosztów uzyskania przychodów koszty:
1) usług doradczych, badania rynku, usług reklamowych, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń oraz świadczeń o podobnym charakterze,
2) wszelkiego rodzaju opłat i należności za korzystanie lub prawo do korzystania z praw lub wartości, o których mowa w art. 16b ust. 1 pkt 4-7,
3) przeniesienia ryzyka niewypłacalności dłużnika z tytułu pożyczek, innych niż udzielonych przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe, w tym w ramach zobowiązań wynikających z pochodnych instrumentów finansowych oraz świadczeń o podobnym charakterze
- poniesione bezpośrednio lub pośrednio na rzecz podmiotów powiązanych w rozumieniu art. 11a ust. 1 pkt 4 lub podmiotów mających miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju wymienionym w przepisach wydanych na podstawie art. 11j ust. 2, w części, w jakiej koszty te łącznie w roku podatkowym przekraczają 5% kwoty odpowiadającej nadwyżce sumy przychodów ze wszystkich źródeł przychodów pomniejszonych o przychody z tytułu odsetek nad sumą kosztów uzyskania przychodów pomniejszonych o wartość zaliczonych w roku podatkowym do kosztów uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych, o których mowa w art. 16a-16m, i odsetek.
Według art. 15e ust. 11 u.p.d.o.p. ograniczenie, o którym mowa w ust. 1, nie ma zastosowania do:
1) kosztów usług, opłat i należności, o których mowa w ust. 1, zaliczanych do kosztów uzyskania przychodów bezpośrednio związanych z wytworzeniem lub nabyciem przez podatnika towaru lub świadczeniem usługi;
2) kosztów usług, o których mowa w art. 8 ust. 2a ustawy o podatku od towarów i usług;
3) usług ubezpieczenia świadczonych przez podmioty, o których mowa w art. 15c ust. 16 pkt 6 i 7;
4) gwarancji i poręczeń udzielonych przez podmioty, o których mowa w art. 15c ust. 16 pkt 1-3, 6 i 7.
W myśl art. 15e ust. 12 u.p.do.p., przepis ust. 1 stosuje się do nadwyżki wartości kosztów wskazanych w tym przepisie, z wyłączeniem kosztów, o których mowa w ust. 11, przekraczającej w roku podatkowym łącznie kwotę 3 000 000 zł. Jeżeli rok podatkowy podatnika jest dłuższy albo krótszy niż 12 miesięcy, kwotę tego progu oblicza się, mnożąc kwotę 250 000 zł przez liczbę rozpoczętych miesięcy roku podatkowego podatnika. Z kolei art. 15 e ust. 13 stanowił, że w przypadku podatkowej grupy kapitałowej kwota wskazana w ust. 12 odnosi się do każdej spółki tworzącej taką grupę.
Według art. 15e ust. 14 u.p.d.o.p. ograniczenie, o którym mowa w ust. 1, nie ma zastosowania do kosztów poniesionych przez spółkę tworzącą podatkową grupę kapitałową na rzecz innych spółek z tej podatkowej grupy kapitałowej.
Zgodnie z kluczowym w tej sprawie art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. ograniczenie, o którym mowa w ust. 1, nie ma zastosowania do kosztów usług, opłat i należności, o których mowa w ust. 1, w zakresie, w jakim decyzja w sprawie porozumienia, o której mowa w art. 20a Ordynacji podatkowej, obejmuje prawidłowość kalkulacji wynagrodzenia za te usługi, opłaty i należności w okresie, którego ta decyzja dotyczy. Przepis art. 15e ust. 16 stanowił, że ust. 15 stosuje się również do roku podatkowego, w którym wydano decyzję, o której mowa w tym przepisie, oraz do roku podatkowego poprzedzającego ten rok podatkowy.
Z powołanych przepisów wynika, że art. 15e ust. 1 i ust. 15 u.p.d.o.p. opierały się na następujących założeniach: 1) tylko kwoty odpowiadające warunkom rynkowym mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, 2) stąd, kwoty wypłacane na rzecz podmiotów niepowiązanych (z zasady rynkowe) nie były objęte tą regulacją, 3) z kolei - w odniesieniu do kwot wypłacanych na rzecz podmiotów powiązanych - regulacja przewidywała kwotę, do której wydatki nie podlegały limitowaniu (tj. 3.000.000 zł + 5% podatkowej E. od nadwyżki ponad 3.000.000 zł), natomiast jeżeli kwoty wypłat przekraczały określony ustawowo limit, co do zasady nie mogły być kosztem uzyskania przychodów, chyba że rynkowość warunków wypłaty tych kwot potwierdzi wydana APA.
Wobec krytycznej oceny regulacji zawartej w art. 15e ust. 1, którą skarżąca przedstawiła w skardze w kontekście nie spełnienia kryteriów konstytucyjnych wynikających z art. 31 ust. 3 i art.64 ust. 1 i 2 Konstytucji RP, a także w świetle powołanego w skardze orzecznictwa TSUE (s. 10-12 skargi), Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę w pełni podziela stanowisko zajęte w tej kwestii przez WSA w Warszawie w powołanym wyżej wyroku z 17 czerwca 2026 r. (III SA/WA 386/26), zgodnie z którym, powyższa regulacja nie jest sprzeczna z przepisami prawa unijnego ani z umowami międzynarodowymi, a także z Konstytucją RP. Jak zasadnie wskazał WSA w Warszawie, przewidziane tym przepisem wyłączenie z kosztów uzyskania przychodów miało zapobiegać tzw. agresywnej optymalizacji podatkowej w oparciu o prawa i wartości o charakterze niematerialnym (np. znaki towarowe). Ich brak powiązania z realnie istniejącą substancją, a także zindywidualizowany charakter powodują, iż są one idealnym narzędziem do kreowania "tarczy podatkowej" (sztucznego, nieuzasadnionego ekonomicznie generowania kosztów uzyskania przychodów). Z jednej bowiem strony ich przenoszenie do innych podmiotów ma aspekt czysto formalny, z drugiej – istnieją obiektywne trudności z ustaleniem rynkowej wartości takiego prawa. Możliwość taka odnosi się również do określonych rodzajów usług niematerialnych, w tym m.in. do usług doradczych, zarządzania i kontroli. Usługi te charakteryzują się brakiem faktycznej możliwości powiązania ich ceny z "produktem", który w zamian za tę cenę jest otrzymywany. Usługi takie są często świadczone przez podmioty zagraniczne na rzecz ich krajowych spółek córek, przy czym sposób wynagradzania zagranicznych centrali za ich świadczenia jest ustalany jako procent zaangażowanego w krajową spółkę kapitału (określany w odniesieniu do wysokości przychodów spółki córki). Innym sposobem wykorzystywania usług niematerialnych (np. reklamowych) do pomniejszania bazy podatkowej w podatku dochodowym od osób prawnych jest przenoszenie na krajowe spółki wchodzące w skład grupy o charakterze międzynarodowym części ponoszonych przez grupę wydatków na takie usługi w nieadekwatnej, zawyżonej wysokości (tak P. Małecki, M. Mazurkiewicz [w:] P. Małecki, M. Mazurkiewicz, CIT. Podatki i rachunkowość. Komentarz. Tom II. Art. 15–42, wyd. XIII, Warszawa 2022, art. 15(e)).
Ponadto, jak słusznie zwrócił uwagę WSA w Warszawie, art. 15e u.p.d.o.p. zawierał mechanizmy przeciwdziałąjące dyskryminacji. Ograniczenie nie ma bowiem zastosowania do kosztów usług, opłat i należności, w zakresie, w jakim decyzja w sprawie uznania prawidłowości wyboru i stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej pomiędzy podmiotami powiązanymi obejmuje prawidłowość kalkulacji wynagrodzenia za te usługi, opłat i należności, w okresie, którego ta decyzja dotyczy. Tym samym nie narusza wynikających z Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej zakazu ograniczania swobody przedsiębiorczości (art. 49) oraz zakazu ograniczania swobody świadczenia usług (art. 56). W szczególności naruszenia takiego nie wskazało żadne orzeczenie TSUE. Również uchylenie art. 15e u.p.d.o.p. nie wynikało z niezgodności tej regulacji z przepisami Unii Europejskiej. Przepis ten został uchylony z dniem 1 stycznia 2022 r. przez ustawę z dnia 29 października 2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2021 r., poz. 2105). Przeniesiono natomiast większość zapisów z tego artykułu do wprowadzonego 1 stycznia 2022 r. art. 24ca u.p.d.o.p., dotyczącego "minimalnego podatku dochodowego".
Oceniając kwestię oprocentowania, w kontekście okoliczności faktycznych tej sprawy, należy w tym miejscu przedstawić ogólne zasady uzyskiwania decyzji APA. W 2019 r. Polska implementowała Dyrektywę Rady (UE) 2017/1852 z dnia 10 października 2017 r. w sprawie mechanizmów rozstrzygania sporów dotyczących podwójnego opodatkowania w Unii Europejskiej (dalej: Dyrektywa). Dyrektywa została implementowana przepisami Ustawy. Ustawa wprowadziła nową, alternatywną wobec MAP, procedurę rozstrzygania sporów dotyczących podwójnego opodatkowania dochodów między państwami Unii Europejskiej (Tax Dispute Resolution Mechanisms, dalej: DRM). DRM może zostać przeprowadzona w kwestiach spornych dotyczących dochodów uzyskanych w roku podatkowym rozpoczynającym się po 31 grudnia 2017 r. Zgodnie z art. 83 ust. 1 ustawy o DRM, Szef KAS na wniosek krajowego podmiotu powiązanego wydaje uprzednie porozumienie cenowe dotyczące transakcji kontrolowanej, w dokonaniu której uczestniczy ten krajowy podmiot powiązany. Należy w tym miejscu wskazać, że procedura APA (advance pricing arrangementś) to inaczej formalne porozumienie w sprawach ustalenia cen transakcyjnych między podatnikiem a organem podatkowym. Jest to rodzaj umowy zawieranej między podatnikiem a organem podatkowym, w której organ akceptuje wybór i sposób stosowania metody ustalania ceny transferowej stosowanej w relacjach podatnika i podmiotów z nim powiązanych. Porozumienie takie przybiera formę decyzji administracyjnej, organem właściwym do jego zawarcia jest Szef KAS. I tak, stosownie do art. 83 ust. 2 ustawy o DRM, uprzednie porozumienie cenowe określa w szczególności: transakcję kontrolowaną objętą uprzednim porozumieniem cenowym oraz podmioty powiązane uczestniczące w jej dokonaniu; profil funkcjonalny podmiotów powiązanych uczestniczących w dokonaniu transakcji kontrolowanej, obejmujący w szczególności pełnione funkcje, ponoszone ryzyka i angażowane aktywa; metodę weryfikacji ceny transferowej; sposób kalkulacji ceny transferowej; założenia krytyczne, na podstawie których przyjęto, że metoda wskazana w pkt 3 w dokładny sposób odzwierciedla cenę transferową; zakres indywidualnych informacji do wskazania w sprawozdaniu o realizacji uprzedniego porozumienia cenowego. Natomiast w myśl art. 85 ww. ustawy, uprzedniego porozumienia cenowego nie wydaje się w zakresie transakcji kontrolowanych: 1) zakończonych przed dniem złożenia wniosku; 2) rozpoczętych przed dniem złożenia wniosku, które w dniu złożenia wniosku są objęte postępowaniem podatkowym, kontrolą podatkową, kontrolą celno-skarbową lub postępowaniem przed sądem administracyjnym za okres któregokolwiek z dwóch ostatnich lat podatkowych wnioskodawcy poprzedzających rok podatkowy, w którym złożono wniosek. Zgodnie z art. 86 ustawy o DRM w przypadku, gdy transakcja kontrolowana została zawarta: 1) wyłącznie pomiędzy krajowymi podmiotami powiązanymi, 2) pomiędzy krajowym podmiotem powiązanym a zagranicznym podmiotem powiązanym i krajowy podmiot powiązany nie wystąpił z wnioskiem o porozumienie z właściwym organem zagranicznym – Szef Krajowej Administracji Skarbowej wydaje jednostronne uprzednie porozumienie cenowe.
Ponadto na uwagę w przedmiotowej sprawie zasługuje treść art. 97 ustawy o DRM, zgodnie z którym określa się termin zakończenia postępowania w sprawie wydania uprzedniego porozumienia cenowego. Postępowanie w sprawie wydania jednostronnego uprzedniego porozumienia cenowego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 6 miesięcy od dnia jego wszczęcia. Natomiast postępowanie w sprawie porozumienia dwustronnego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 12 miesięcy od dnia jego wszczęcia. Postępowanie w sprawie porozumienia wielostronnego powinno być zakończone bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 18 miesięcy od dnia jego wszczęcia. Powyższy przepis wskazuje na graniczne terminy do wydania decyzji w sprawie. Z uwagi na skomplikowany charakter przedmiotowego postępowania terminy te znacznie odbiegają od terminów zawartych w przepisach Ordynacji podatkowej. Jednakże warto zaznaczyć, że właściwy organ podatkowy zgodnie z art. 90 ustawy o DRM otrzymuje wniosek spełniający szereg wymogów ustawowych, których spełnienie uruchamia termin do wydania decyzji APA. W myśl art. 98 ustawy o DRM wniosek o wydanie uprzedniego porozumienia cenowego oraz wniosek o odnowienie uprzedniego porozumienia cenowego podlegają opłacie.
Odnosząc powyższe do stanu faktycznego sprawy przede wszystkim trzeba przyjąć, że prowadzenie postępowania przez właściwy organ w niniejszej sprawie przez ponad 51 miesięcy powodujące brak możliwości zaliczenia kosztów uzyskania przychodów w prawidłowej wysokości naruszało wprost przepisy ustawy o DRM i w konsekwencji było niezgodne z zasadami prawa unijnego oraz ogólnymi postulatami zasad konstytucyjnych. Z akt sprawy wynikało, że wydając APA po trwającym ponad 51 miesiące postępowaniu (29 grudnia 2023 r.), Szef Krajowej Administracji Skarbowej potwierdził metodologię kalkulacji cen transferowych w transakcjach zakupu usług wsparcia, a także potwierdził, że do tych transakcji nie stosuje się ograniczenia, o którym mowa w art. 15e u.p.d.o.p. Następnie Spółka dokonała korekt deklaracji CIT-8 za lata 2018-2021 wraz z wnioskiem o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, w której zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów kwoty wyłączone wcześniej na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Na skutek złożonych wniosków skarżąca uzyskała zwrot nadpłat na podstawie art. 75 § 4 op., tj. bez wydawania decyzji.
Mając na uwadze stanowisko organów podatkowych przedstawione w zaskarżonych decyzjach, należy – co do zasady – zgodzić się z organami, że w polskich przepisach podatkowych jak również w samej ustawie o DRM brak jest uregulowań dotyczących wypłaty oprocentowania związanego z powstaniem nadpłaty w wyniku wydania decyzji APA. W szczególności wskazać należy, że przepisem, który – zgodnie z jego gramatycznym brzmieniem – nie ma zastosowania do sytuacji, w jakiej znalazła się skarżąca, jest powołany wyżej art. 78 § 3 pkt 1 o.p. rozpatrywany w związku z art. 77 § 1 pkt 1 i 3 o.p. Z przepisów tych wynika, że w przypadku stwierdzenia sprzeczności z prawem lub nieważności decyzji wymiarowej przez sąd, oprocentowanie należne jest od dnia powstania nadpłaty. Podatnik otrzymując oprocentowanie nadpłaty – za okres liczony od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego). Analiza przepisów Ordynacji podatkowej dotyczących nadpłaty, terminu jej zwrotu oraz oprocentowania nadpłaty wskazuje, że sytuacja zaistniała w niniejszej sprawie nie odpowiada żadnemu ze zdarzeń, od których powstania ustawodawca uzależnił oprocentowanie nadpłaty.
Wobec powyższego Sąd podzielił argumentację skargi, że w zaistniałej sytuacji (brak przepisu dotyczącego oprocentowania nadpłaty w sytuacji, gdy Szef KAS prowadził postępowania zmierzającego do wydania decyzji APA) zastosowanie w tej sprawie winna znaleźć analogia legis, polegająca na ustaleniu podobieństwa między sytuacją uregulowaną wyraźną normą prawa a sytuacją, która nie została uregulowana.
Jak jednolicie wskazuje doktryna i judykatura, w samym wnioskowaniu z analogii legis wyróżnić można trzy podstawowe etapy: (1) ustalenie, że określony fakt nie jest objęty unormowaniem przez przepisy prawne, (2) ustalenie, że istnieje przepis prawny, który reguluje sytuacje pod istotnymi względami podobne do nieunormowanego, (3) powiązanie z faktem prawnym nieunormowanym podobnych lub takich samych konsekwencji prawnych, co z faktem bezpośrednio uregulowanym przez przepisy prawne (tak J. Nowacki, Analogia legis, Warszawa 1966, s. 163, L. Morawski, Zasady wykładni prawa, Toruń 2006, s. 203-204).
W sprawie niniejszej już zostało wykazane, że zaistniały stan faktyczny nie jest objęty unormowaniem przez przepisy prawne, a nadpłata zwracana przez organ powstała w bardzo specyficzny sposób, nie w wyniku jakiejkolwiek pomyłki czy swobodnej decyzji podatnika, lecz w związku z obowiązującym w 2019 r. przepisem art. 15e u.p.d.o.p., przy czym czas oczekiwania na wydanie dokumentu niezbędnego do zawnioskowania o stwierdzenie i zwrot tej nadpłaty (decyzji APA) kilkukrotnie przekraczał 6-miesieczny termin zakreślony przez ustawodawcę. W tym wypadku żaden przepis prawa nie przewiduje wprost oprocentowania tej nadpłaty, które wynagradzałoby szkodę polegającą na tym, że skarżąca nie mogła dysponować swoimi środkami, mimo iż wydanie decyzji APA świadczy, że miała do tego prawo (przedmiotowe wydatki nie były wyłączone z kosztów uzyskania przychodów). Podkreślić należy, że z uwagi na brzmienie art. 15e u.p.d.o.p. skarżąca nie miała swobody decyzji – do czasu wydania przez Szafa KAS decyzji APA nie mogła zaliczać do kosztów uzyskania przychodów części wydatków ponoszonych na rzecz zagranicznego podmiotu powiązanego z tytułu licencji oraz usług zarządczych.
Tym samym uznać należy, że spełniona jest pierwsza przesłanka zastosowania analogii legis.
Przechodząc do kolejnej z tych przesłanek Sąd wskazuje, że przepisem prawnym, który reguluje sytuacje pod istotnymi względami podobne do sytuacji skarżącej, jest art. 78 § 3 o.p. Przepis ten wraz z art. 77 § 1 o.p. przewidują oprocentowanie nadpłaty od dnia jej powstania w przypadku zmiany, uchylenia albo stwierdzenia nieważności decyzji. Oprocentowaniu podlegają nadpłaty jedynie w ściśle określonych sytuacjach, związanych m.in. z podważeniem decyzji organu podatkowego, przekroczeniem przez ten organ terminu wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, terminu zwrotu nadpłaty lub też z wydaniem orzeczenia przez Trybunał Konstytucyjny i Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu. W typowych sytuacjach, np. wykazania nadpłaty w zeznaniu na podatek dochodowy co do zasady nie podlega ona oprocentowaniu, chyba że organ podatkowy nie zwróci jej w terminie. Podobnie jest przy samodzielnym wyliczaniu i opłacaniu podatku przez podatnika w deklaracjach.
W przypadku etapu trzeciego, to jest powiązania z faktem prawnym nieunormowanym podobnych lub takich samych konsekwencji prawnych, co z faktem bezpośrednio uregulowanym przez przepisy prawne, Sąd zwraca uwagę, że przesłanka ta była przedmiotem wnikliwej analizy, dokonanej przez NSA m.in. w powołanych wyżej wyrokach z 4 marca 2026 r. (II FSK 1332/25, II FSK 1026/25 i II FSK 1023/25).
W ocenie NSA uzasadnieniem dla różnicowania tych sytuacji nie może być argumentacja, wskazująca na odmienny charakter prawny wydawanych aktów. Fakt, że Ordynacja podatkowa nie określa terminu zwrotu oprocentowania wskutek długoterminowego opóźnienia w wydaniu decyzji APA nie oznacza w żadnym razie, że takie oprocentowanie nie powinno zostać podatnikowi przyznane (zgodnie z art. 78 § 3 o.p.). Jak już wyżej wskazano treść art. 78 § 3 w zw. z art. 77 § 1 o.p. wskazują na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania, w zależności od konkretnych przyczyn ich powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Regulacja ta nie wskazuje na oprocentowanie nadpłaty powstałej w konsekwencji wydania (z przekroczeniem terminu zakreślonego w art. 97 pkt 1 DRM) porozumienia APA.
Jednak w ocenie Sądu, brak regulacji dotyczącej terminu zwrotu omawianej nadpłaty w art. 77 o.p. i okresu naliczania oprocentowania w art. 78 § 3-5 o.p. wskutek wydania opóźnionego o 51 miesięcy porozumienia APA – nie neguje istnienia uprawnień podatnika do oprocentowanie nadpłaty, tak jak w przypadku wadliwego samoobliczenia podatku przez podatnika. Co istotne, skarżąca pozbawiona była, wskutek działania organów podatkowych, możliwości korzystania ze swoich środków. Podatnik otrzymując oprocentowanie nadpłaty - liczone od dnia jej powstania, a więc od momentu pozbawienia go możliwości dysponowania własnymi środkami pieniężnymi – uzyskuje je bez względu na wysokość poniesionej szkody (tej w znaczeniu prawa cywilnego). Takie stanowisko zostało wyrażone w uzasadnieniu wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 13 grudnia 2017 r., I FSK 128/16 oraz w wyroku z dnia 15 stycznia 2026 r., sygn. akt II FSK 585/23.
Zaznaczyć także należy, że Naczelny Sąd Administracyjny orzekał w sprawach, w których osią sporu była kwestia oprocentowania nadpłaty w podatku powstałej wskutek zastosowania się strony do wadliwej interpretacji podatkowej organu (por. m.in. wyroki NSA: z 4 września 2024 r., II FSK 1441/21; z 5 czerwca 2024 r., II FSK 1135/21; z 5 marca 2024 r., II FSK 1473/23; z 20 kwietnia 2023 r., II FSK 2587/20; z 1 czerwca 2022 r., II FSK 2683/19; z 5 października 2021 r., II FSK 408/19; z 20 stycznia 2015 r., I FSK 2050/13). Wnioski zawarte ww. wyrokach potwierdzają, że nadpłata powstała w wyniku zastosowania się do uchylonej następnie interpretacji indywidualnej podlega - w drodze analogii - oprocentowaniu od nadpłaty na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 o.p. Z orzeczeń tych wynika, że zaistniała sytuacja stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach, którą - w celu urzeczywistnienia tzw. zasady nieszkodzenia, wyrażonej w art. 14k § 1 o.p. - należy uznać za możliwą do usunięcia per analogiam legis. Z kolei w wyroku z 5 marca 2025 r., II FSK 1574/24, Naczelny Sąd Administracyjny zauważył, że brak jest racjonalnych podstaw do różnicowania podatników w zakresie ich prawa do jednakowego sposobu liczenia oprocentowania nadpłaty, wyłącznie w zależności od tego w oparciu o jaki wadliwie podjęty przez organ akt dokonali nienależnej wpłaty podatku.
Tym samym brak wskazania wprost w art. 78 § 3 o.p., że oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania, również w omawianym przypadku, stanowi niezgodną z porządkiem konstytucyjnym lukę w przepisach. Jak stwierdził NSA, lukę tę należy wypełnić w drodze wykładni. Luka ta, zważywszy na jej wyraźny związek z preferowanym przez ustawodawcę systemem wartości, ma charakter luki aksjologicznej i jako taka podlega usunięciu w procesie stosowania prawa przez wnioskowanie z analogii legis. Kwestie powyższe związane są z postulowaną zasadą zupełności systemu prawnego i z zasadą jego niesprzeczności. W ich ramach wskazuje się m.in. ogólne reguły stosowania określonych metod rozumowania prawniczego, służących eliminowaniu luk w prawie, zwłaszcza poprzez wykorzystanie analogii legis. Luka aksjologiczna powstaje z porównania systemu prawa idealnego, postulowanego z systemem istniejącym, obowiązującym. System, który faktycznie obowiązuje, może się różnić od postulowanego tym, że nie zawiera norm, które powinien zawierać ze względu na konieczność zapewnienia ochrony pewnym wartościom, lub też system obowiązujący może zawierać normy, których nie powinien zawierać, jeżeli dane wartości mają być chronione. Jak już wyżej wskazano, wnioskowanie przez analogię w powszechnym rozumieniu polega na stosowaniu jakiegoś przepisu czy normy prawnej do przypadku podobnego, lecz przez przepisy prawa nienormowanego.
Ponadto, jak wskazał NSA w wyroku z 15 stycznia 2026 r. (II FSK 585/23), zakaz stosowania analogii uzależniony jest od istoty konkretnej gałęzi prawa. Zasadnicze znaczenie ma tu fakt, czy dany system ze względu na swoją istotę powinien być systemem zamkniętym o wyraźnie zarysowanych konturach, czy też systemem otwartym. Przyjmowany w polskiej kulturze prawnej zakaz "tworzenia przez analogię" prawnopodatkowych stanów faktycznych dotyczy zaś przede wszystkim rozszerzania zakresu opodatkowania (uchwała NSA z dnia 4 czerwca 2001 r., FPK 6/01) i w tym sensie ma ścisły związek z uregulowaną
w art. 217 Konstytucji RP zasadą wyłączności ustawy przy określaniu istotnych elementów stosunku daninowego. Nie obejmuje natomiast sytuacji, gdy w grę wchodzą gwarancje podatnika znajdujące umocowanie w zakładanej przez system podatkowy aksjologii wynikającej z unormowań Konstytucji RP (wyrok NSA z 20 grudnia 2011 r., I FSK 481/11). Z kolei jak wskazał Sąd Najwyższy w uchwale z dnia 22 września 1995 r., III CZP 119/95 (publ. OSNC 1995 nr 12, poz. 180): "analogia legis stanowi jedną z technicznych metod wykładni prawa sensu largo. Zachodzi ona wówczas, gdy przedmiotem rozstrzygnięcia ma być stan faktyczny nieprzewidziany w ustawie, lecz zawierający elementy podobne do innego stanu faktycznego, uregulowanego ustawą. W takich wypadkach mamy prawo zastosować ustawę do podobnego stanu faktycznego zgodnie z zasadą ubi eadem legis ratio, ibi eadem legis dispositio".
Wobec powyższego przyjąć zatem należy, że w demokratycznym państwie prawnym, o którym stanowi art. 2 Konstytucji RP, jednostka (a zatem - podatnik) nie może ponosić konsekwencji błędów i zaniedbań prawodawcy, w tym zwłaszcza takich, które powodują lukę w prawie naruszającą podstawowe zasady porządku konstytucyjnego. Lukę taką w wyjątkowych przypadkach wypełnić można w drodze analogii. Brak przepisu wyłączającego analogię z procesu interpretacji i stosowania materialnego prawa podatkowego sprawia, że na zasadzie wyjątku można posłużyć się tą metodą dla usunięcia ewidentnych naruszeń porządku konstytucyjnego.
W zakresie zobowiązań podatkowych zasadę tę urzeczywistniają przepisy
art. 77 i art. 78 o.p. nakazujące zwrot nadpłaconych podatków w przepisanych terminach oraz wypłatę oprocentowania od nadpłat podatków. Oceniając te przepisy należy zauważyć, że przyczyną ich wprowadzenia do ustawy – Ordynacja podatkowa była konieczność zapewnienia możliwości odzyskania kwot zapłaconych nienależnie z tytułu zobowiązań podatkowych wraz z odsetkami, jeżeli do powstania nadpłaty lub opóźnienia w jej zwrocie przyczyniły się organy podatkowe.
Mając na względzie te racje uzasadniające wprowadzenie powołanych regulacji, należało stwierdzić, że uzasadniają one w pełni objęcie nakazem wypłaty odsetek także te nadpłaty, które powstały wskutek wydania po ustawowym terminie porozumienia APA. Przyjęcie za zasadne stanowiska odmiennego prowadziłoby do wniosku, że prawo do oprocentowania nadpłaty podatku uzależnione jest jedynie od rodzaju aktu administracyjnego, na postawie którego pobrano nienależne kwoty.
Ponadto aktualne są także wskazania poczynione w uzasadnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 21 lipca 2010 r., SK 21/08 (OTK-A 2010/6/62), zgodnie z którą art. 72 § 1 pkt 1 w związku z art. 77 § 1 i § 2 pkt 1 o.p. w brzmieniu obowiązującym do dnia 4 czerwca 2001 r., w zakresie, w jakim przepis ten przez uznanie za nadpłatę kwoty nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku z pominięciem kwoty nienależnie zapłaconych odsetek za zwłokę, pozbawia podatnika oprocentowania od kwoty wpłaconej na poczet odsetek za zwłokę od nienależnej zaległości podatkowej uiszczonej na podstawie niezgodnej z prawem decyzji podatkowej, jest niezgodny z art. 77 ust. 1 oraz art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 Konstytucji RP.
Podkreślenia wymaga, że jest to wyrok zakresowy i ma zasadnicze znaczenie dla wykładni prokonstytucyjnej przepisów w zakresie oprocentowania nadpłat. Trybunał Konstytucyjny wskazał w nim, że zasadnicze znaczenie ma rozstrzygnięcie zawarte w wyroku TK z dnia 4 grudnia 2001 r., sygn. SK 18/00 (OTK ZU nr 8/2001, poz. 256), w którym sprecyzowano przesłanki konstytucyjnego prawa do naprawienia szkody wyrządzonej przez niezgodne z prawem działanie organu władzy publicznej. Jak wskazuje się w tym wyroku - znaczenie art. 77 ust. 1 Konstytucji RP polega na tym, że w odniesieniu do niezgodnych z prawem działań organów publicznych ustanawia surowsze przesłanki odpowiedzialności odszkodowawczej w porównaniu z ogólnymi zasadami opartymi na przesłance winy. Zaostrzenie to polega przede wszystkim na związaniu odpowiedzialności z obiektywną przesłanką, którą jest niezgodność z prawem zachowania władzy publicznej. Pojęcie "władzy publicznej" obejmuje przy tym wszelkie władze w sensie konstytucyjnym, nazwa "organ" oznacza natomiast instytucję, strukturę organizacyjną, jednostkę władzy, z której działalnością wiąże się wyrządzenie szkody. Szczególną uwagę zwrócono na ratio legis instytucji nadpłaty. W orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego wskazuje się, że podstawowym celem zwrotu nadpłaty jest przywrócenie równowagi, przez powrót tego, co z majątku świadczącego bez podstawy prawnej wyszło lub do niego nie weszło. Instytucja nadpłaty ma doprowadzić do stanu zgodnego z prawem materialnym i obciążenia podatnika tylko w granicach określonych prawem. Konsekwencją zaistnienia nadpłaty jest roszczenie podatnika o jej zwrot. W ten sposób instytucja nadpłaty podatkowej nawiązuje niewątpliwie do fundamentalnej zasady słuszności, która nakazuje, by świadczenie pobrane bez podstawy prawnej zostało zwrócone (por. np. wyroki TK z dnia 6 marca 2002 r., P 7/00 oraz z dnia 10 marca 2009 r., sygn. P 80/08). Wskazany aspekt nadpłaty pozwala stwierdzić, że instytucji tej niewątpliwie przypisać można funkcję restytucyjną - ma ona bowiem na celu przywrócenie stanu zgodności z prawem przez zwrot podatnikowi nienależnie zapłaconego przez niego świadczenia podatkowego na rzecz Skarbu Państwa lub jednostki samorządu terytorialnego.
Z punktu widzenia podatnika, który zrealizował nienależne świadczenie podatkowe, doniosłe znaczenie ma również - występująca obok funkcji restytucyjnej - funkcja odszkodowawcza (kompensacyjna) nadpłaty. W tym znaczeniu nadpłata służy naprawieniu szkody, jaką podatnik poniósł na skutek pozbawienia go środków finansowych w związku z obowiązkiem zapłaty nienależnego podatku (por. wyrok NSA z dnia 20 stycznia 1994 r., SA/Po 2859/93, niepubl.). Realizacji tej drugiej funkcji służy oprocentowanie nadpłaty, które zgodnie z art. 77 § 1 o.p., ma być równe wysokości odsetek za zwłokę pobieranych od zaległości podatkowych (art. 78 § 1 o.p.). Ustawodawca przyjął przy tym założenie, że uzyskanie oprocentowania nadpłaty nie jest uwarunkowane udowodnieniem winy wierzyciela podatkowego lub szkody poniesionej przez dłużnika podatkowego (por. np. postanowienie NSA z dnia 9 marca 1996 r., SA/Ka 26661/94, publ. Lex nr 26642), z zastrzeżeniem, że prawo do oprocentowania nadpłaty przysługuje zawsze, gdy nadpłata jest związana z uchyleniem, zmianą lub stwierdzeniem nieważności decyzji wymienionych w art. 78 § 1 pkt 1 o.p., a zatem zawsze wtedy, gdy przyczyną powstania nadpłaty jest rozstrzygnięcie organów podatkowych. Odsetki naliczane są od dnia dokonania wpłaty na podstawie nieobowiązującej lub zmienionej decyzji. Obowiązek zapłaty odsetek nie jest też uzależniony od zgłoszenia przez uprawnionego żądania ich zapłaty, lecz powstaje ex lege (z mocy art. 77 § 1 o.p.), w związku z zaistnieniem okoliczności przewidzianych w przepisach, a przesłanki jego wystąpienia nie stanowi oświadczenie dłużnika podatkowego w tej sprawie. W istocie więc celem oprocentowania nadpłaty ex lege jest zapewnienie pewności kompensacji. W ocenie Trybunału Konstytucyjnego, skoro oprocentowanie nadpłaty - w słusznym założeniu ustawodawcy - ma niwelować negatywne skutki ekonomiczne związane z brakiem możliwości dysponowania przez podatnika nienależnie wpłaconymi kwotami, zasadne jest, by oprocentowanie - pełniące funkcję odszkodowawczą - obejmowało zarówno należność główną, jak i naliczone od niej odsetki za zwłokę, z których wierzyciel podatkowy w sposób nieuprawniony korzystał. Oprocentowanie nadpłaty podatku stanowi niewątpliwie naprawienie szkody w zakresie utraconych korzyści (lucrum cessans). Utrata korzyści związana jest w tym przypadku bezpośrednio z pozbawieniem podatnika możliwości korzystania ze środków pieniężnych, które musiały zostać przez niego wpłacone na poczet zarówno nienależnego podatku, jak i odsetek. Gdyby nie obowiązek zapłaty, który ostatecznie okazał się nieistniejący, podatnik mógłby dowolnie dysponować tą kwotą i otrzymywać z tego tytułu przychód.
Podkreśla się także, że jakkolwiek zarówno doktryna prawa, jak i orzecznictwo Trybunału Konstytucyjnego dość szeroko ujmują swobodę ustawodawcy w sferze prawa daninowego, to nie ulega wątpliwości, że granicą tej swobody jest m.in. konieczność respektowania konstytucyjnych reguł ochrony praw majątkowych podatników, a zdecydowanie wykraczają poza jej zakres rozwiązania sankcjonujące nienależne pobranie podatków lub innych danin publicznych, bądź też równoznaczne z nimi w skutkach - pominięcia legislacyjne, uniemożliwiające odzyskanie takich nienależnych podatków lub innych danin. Swoboda ustawodawcy w zakresie prawa daninowego nie rozciąga się na sytuacje, w których danina publiczna została pobrana niezasadnie. W orzecznictwie TK można uznać za utrwalony pogląd, że z nakazu ochrony własności oraz innych praw majątkowych statuowanego w art. 64 ust. 1 Konstytucji RP wynikają określone obowiązki dla ustawodawcy zwykłego: obowiązek pozytywny - stanowienia przepisów i procedur udzielających ochrony prawnej prawom majątkowym oraz obowiązek negatywny - powstrzymywania się od regulacji, które owe prawa mogłyby pozbawiać ochrony prawnej lub też ochronę tę ograniczać. Ochrona zapewniana majątkowym prawom podmiotowym musi być ponadto realna. Punktem odniesienia (kryterium weryfikacji tej cechy) musi być skuteczność realizacji określonego prawa podmiotowego w konkretnym otoczeniu systemowym, w którym ono funkcjonuje (m.in. wyroki TK z dnia: 13 kwietnia 1999 r., sygn. K 36/98, OTK ZU nr 3/1999, poz. 40; 25 lutego 1999 r., sygn. K 23/98, OTK ZU nr 2/1999, poz. 25; 12 stycznia 2000 r., sygn. P 11/98, OTK ZU nr 1/2000, poz. 3; 19 grudnia 2002 r., sygn. K 33/02, OTK ZU nr 7/A/2002, poz. 97, oraz 20 stycznia 2004 r., sygn. SK 26/03, OTK ZU nr 1/A/2004, poz. 3).
Mając powyższe na uwadze, Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę stwierdza, że warunki do dopuszczalności stosowania analogia legis zostały spełnione.
Wobec uznania, że skarżącej należy się oprocentowanie nadpłaty w związku brakiem możliwości szybkiego uzyskania zwrotu tej nadpłaty i wiążącą się z tym niemożnością dysponowania środkami pieniężnymi podczas długotrwałego postępowania zmierzającego do wydania decyzji APA, rozważyć należy za jaki okres winno być przyznane oprocentowanie nadpłaty. Sąd podziela wyrażone w powołanych wyżej orzeczeniach stanowisko, zgodnie z którym, właściwe jest przyznanie oprocentowania od chwili złożenia wniosku o wszczęcie procedury wydawania APA. Jednocześnie Sąd uznaje za zasadne ograniczenie okresu naliczania oprocentowania do chwili wydania decyzji APA. Z chwilą bowiem uzyskania decyzji APA podatnik posiadał już niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty. Zdaniem Sądu na podkreślenie zasługuje to, że o ile na tle przedmiotowej sprawy można mówić o roli kompensacyjnej związanej bezpośrednio z korzystaniem z kapitału podatnika przez fiskusa, to powoływanie się na poglądy orzecznictwa unijnego w odrębnych sprawach w zakresie prawa do oprocentowania w związku z wydanymi wyrokami TSUE i ich wpływem na wysokość nadpłaty jest nieuprawnione oraz mogłoby stanowić nadużycie. Ponownie podkreślić tu należy, że z chwilą uzyskania decyzji APA skarżąca posiadała niezbędne uprawnienia procesowe do ubiegania się o zwrot nadpłaty wraz ze stosownym oprocentowaniem.
Przy ponownym rozpoznaniu sprawy, organy uwzględnią przedstawioną wyżej argumentację i dokonają wypłaty oprocentowania za okres wskazany przez Sąd w uzasadnieniu wyroku.
Wobec powyższego, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) oraz art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 143; dalej w skrócie: "p.p.s.a"), Sąd orzekł jak w punkcie I wyroku. Orzeczenie o kosztach postępowania (pkt II wyroku) znalazło podstawę prawną w art. 200 i art. 205 § 2 p.p.s.a oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności adwokackie (Dz. U. z 2015 r., poz. 1800 ze zm.).