W skardze na opisaną wyżej decyzję Spółka wniosła o jej uchylenie oraz uchylenie decyzji ją poprzedzającej i zasądzenie na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa według norm przepisanych. Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie:
1. naruszenie prawa materialnego, tj.:
- art. 86 ust. 1 u.p.t..u. przez jego niewłaściwe niezastosowanie i odmowę prawa do odliczenia podatku naliczonego;
- art. 167 i art. 168 pkt a dyrektywy 2006/112 przez jego niezastosowanie oraz art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a u.p.t.u. przez jego niewłaściwe zastosowanie, polegające na odmowie prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony ze względu na nieprawidłowości, jakich dopuściły się podmioty w poprzednich fazach obrotu, podczas gdy w świetle orzecznictwa TSUE nie można odmówić podatnikowi prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej należnego lub zapłaconego od dostarczonych mu towarów z uwagi na to, że faktura została wystawiona przez podmiot dopuszczający się nieprawidłowości na poprzednim etapie obrotu, gdy podatnik nie wiedział lub przy zachowaniu należytej staranności nie mógł wiedzieć, iż rzeczona dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku od wartości dodanej, co miało miejsce w niniejszej sprawie;
- art. 5 ust. 1 pkt 5 w zw. z art. 7 ust. 1 u.p.t.u. przez niezasadne stwierdzenie, że normy z tego przepisu wynikające nie znajdują zastosowania wobec nieuzasadnionego twierdzenia organu odwoławczego, że faktury WDT nie dokumentują rzeczywistych transakcji gospodarczych, co stwierdzono z pominięciem okoliczności dobrej wiary spółki;
- art. 2 Konstytucji, gdyż zaskarżona decyzja nakłada na spółkę konsekwencje w postaci odpowiedzialności zbiorowej za czyny popełnione przez zupełnie innych podatników;
- art. 10 ust. 1 i 2 P.p. w zakresie, w jakim organy obu instancji nie dochowały nakładanego prawem obowiązku założenia, że spółka działała zgodnie z prawem oraz w zakresie, w jakim nie dochowały nakładanego prawem obowiązku rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego na korzyść podatnika, pomimo że wyraźnie zostało to wskazane już przez organ odwoławczy w decyzji z 21 lutego 2020 r.;
2. naruszenie przepisów postępowania mające istotny wpływ na wynik sprawy:
- art. 202 ust. 1 pkt 1 P.u.KAS w zw. z art. 24 ust. 1 i 4 oraz art. 31 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2016 r. poz. 720 ze zm., dalej: "u.k.s.") przez uznanie prawa do kontynuacji postępowania kontrolnego, pomimo że organ odwoławczy postanowieniem z 9 marca 2020 r. nie uchylił i nie przekazał organowi podatkowemu pierwszej instancji sprawy do ponownego rozpatrzenia, jak też ponowne rozpatrzenie nie wynikało z decyzji organu odwoławczego z 21 lutego 2020 r., uchylającej decyzję pierwszoinstancyjną i umarzającej postępowanie;
- art. 24 ust. 4 w zw. z ust. 1 oraz art. 31 u.k.s. w związku z art. 233 § 2 w zw. z art. 212 O.p. przez przyjęcie, że decyzja wydana przez organ pierwszej instancji z 30 08.2019 r., ale nie doręczona skutecznie stronie nie zakończyła postępowania kontrolnego w związku z postanowieniem organu odwoławczego z 09.03.2020 r. o niedopuszczalności złożonego pismem z 07.09.2019 r. odwołania;
- art. 70 § 6 i § 7 oraz art. 70 § 1 O.p. przez ich błędną wykładnię, co spowodowało niezastosowanie przepisów art. 233 § 1 pkt 2 lit. a w zw. z art. 208 § 1 O.p., a w konsekwencji utrzymanie w mocy decyzji organu I instancji określającej wysokość zobowiązania podatkowego (lub nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym) w VAT za okres od maja do października oraz za grudzień 2015 r., pomimo wygaśnięcia zobowiązania na skutek upływu terminu przedawnienia;
- art. 210 § 1 pkt 6 i 9 i § 4 w zw. z art. 127 O.p. przez brak w decyzji ustaleń faktycznych istotnych dla sprawy i ich oceny w powiązaniu z ustaleniami dokonanymi przez organ pierwszej instancji do chwili wydania postanowienia o prawie do wypowiedzenia się w zakresie zebranego materiału (pismo z 17.07.2019 r.), co czyni decyzję organu odwoławczego chaotyczną, lakoniczną i nieodzwierciedlającą stanu faktycznego sprawy;
- art. 120 i art. 121 § 1 oraz art. 127 w zw. z art. 187 § 1 i art. 191 O.p. przez brak rzetelnej oceny dowodów i tym samym niewyjaśnienie, dlaczego okoliczność wydania postanowienia z 9 marca 2020 r. przez organ odwoławczy nie miała wpływu na odmienną ocenę zebranych dowodów;
- art. 120 i art. 121 § 1, art. 127 w zw. z art. 187 § 1 i art. 191 O.p. przez brak rzetelnej oceny materiału dowodowego i skupienie się jedynie na ocenie decyzji organu pierwszej instancji z 30 listopada 2020 r.;
- art. 120, art. 121 § 1, art. 127 w zw. z art. 187 § 1 i art. 191 O.p. w zw. z art. 86 ust. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit a u.p.t.u. przez nieuwzględnienie okoliczności, że materiał dowodowy zebrany w sprawie nie daje podstaw do pozbawienia spółki prawa do obniżenia podatku należnego o naliczony;
- art. 120, art. 121 § 1, art. 191 w zw. z art. 127 O.p. oraz art. 24 ust. 4 i art. 31 u.k.s. w zw. z art. 233 § 2 O.p. przez brak wszechstronnego i pełnego wyjaśnienia podstawy prawnej rozstrzygnięcia (zasadniczo ich brak), a przede wszystkim przez ogólne stwierdzenie, że organ pierwszej instancji był uprawniony do kontynuacji postępowania kontrolnego;
- art. 120, art. 121 § 1, art. 191 w zw. z art. 127 O.p. oraz w zw. z art. 10 ust. 1 i 2 P.p. przez pominięcie, że organ odwoławczy w decyzji z 21.02.2020 r. wskazywał o nakładanego prawem obowiązku rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego na korzyść podatnika;
- art. 191 O.p. przez przekroczenie granic swobodnej oceny dowodów, która przybrała cechy oceny dowolnej w zakresie uznania, że okoliczności, w których działała spółka odbiegały od normalnych stosunków handlowych oraz wskazywały na to, że podatnik wiedział lub mógł mieć świadomość, że jego kontrahenci dopuścili się nieprawidłowości na poprzednich etapach obrotu;
- art. 180 § 1 w zw. z art. 187 § 1 i art. 191 oraz art. 121 § 1 O.p., z uwagi na to, że organ pierwszej instancji nie dopuścił jako dowód wniosku o przesłuchanie świadków, nie zebrał i w sposób wyczerpujący nie rozpatrzył całego materiału dowodowego, tylko wybiórczo i selektywnie interpretował dowody na niekorzyść spółki, z całkowitym pominięciem istniejących wielu elementów wskazujących na jej dobrą wiarę, co w szczególności doprowadziło do wydania rozstrzygnięcia w oparciu o podjętą na początku postępowania tezę, jakoby spółce nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z uwagi na nieprawidłowości, jakich dopuścili się jej kontrahenci, co zostało potwierdzone już w decyzji organu odwoławczego z 21.02.2020 r.;
- art. 121 § 1 w zw. z art. 212 O.p. w zw. z pominięciem art. 10 ust 1 i 2 P.p. z uwagi na zastosowanie wykładni profiskalnej przy rozstrzyganiu sprawy, z pominięciem celu, w jakim zostało wydane przez organ odwoławczy postanowienie z 9 marca 2020 r. o niedopuszczalności odwołania;
- art. 193 § 4 O.p. w zw. z pominięciem art. 121 § 1 O.p. i uznanie ewidencji za nierzetelne;
- art. 21 § 1 pkt 1, §3, § 3a, art. 23 §2 pkt 2, art. 63 § 1, art. 193 § 1, § 2, § 4 i § 6 w związku z art. 207 i art. 211, art. 233 § 2 oraz w zw. z art. 228 § 1 pkt 1 i art. 121 § 1 O.p., z uwagi na zaakceptowanie wydania przez organ pierwszej instancji decyzji z 30.11.2020 r., pomimo że organ ten nie otrzymał postanowieniem z 09.03.2020 r. zwrotu sprawy w zakresie podatku od towarów i usług za 2015 r. do ponownego rozpatrzenia, a jedynie został zobowiązany do prawidłowego doręczenia, wydanej przez organ podatkowy pierwszej instancji decyzji z 30.09.2019 r.;
- zastosowanie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a. O.p. jedynie do części rozstrzygnięcia dokonanego przez organ pierwszej instancji.
W odpowiedzi na skargę, wnosząc o jej oddalenie, Dyrektor IAS podtrzymał stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu wyrokiem z 03.08.2022 r., I SA/Po 997/21, stwierdził nieważność zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika WUCS, a także postanowienia Dyrektora IAS z 09.03.2020 r. nr [...] oraz zasądził zwrot kosztów postępowania.
W uzasadnieniu wskazał, że Dyrektor IAS jest w błędzie sądząc, że decyzja Naczelnika WUCS z 30.08.2019 r. oraz decyzja własna z 21.02.2020 r. nie weszły do obrotu prawnego, ponieważ nie zostały skutecznie doręczone. Skierowanie tych decyzji do skarżącej, wobec której było już otwarte postępowanie sanacyjne, powoduje nieważność obu tych decyzji z mocy art. 247 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej, gdyż zostały one skierowane do osoby nie będącej stroną w sprawie. Od chwili otwarcia postępowania sanacyjnego stroną postępowań w obu instancjach, zakończonych ww. decyzjami, powinien być zarządca masy sanacyjnej i z jego udziałem postępowania te powinny się toczyć oraz jemu (bądź ustanowionemu przez niego pełnomocnikowi) powinny te decyzje zostać doręczone. Tymczasem Organ po ostatecznym zakończeniu wobec Spółki postępowania podatkowego decyzją z 21.02.2020 r., przyjął nieznaną O.p. procedurę postępowania, w której wydał 09.03.2020 r. postanowienie stwierdzające niedopuszczalność odwołania, które już wcześniej rozpatrzył ostateczną decyzją i ją doręczył Spółce, tym samym rażąco naruszając art. 228 § 1 pkt 3 O.p. Wadliwe doręczenie decyzji nie powoduje, że decyzja ta przestaje istnieć, gdyż nie weszła do obrotu prawnego. Organ nie może traktować, że wadliwie doręczone decyzje nie weszły do obrotu prawnego i powrócić do prowadzenia postępowania podatkowego ponownie w pierwszej instancji, wydając przy tym postanowienie o niedopuszczalności rozpatrzonego już odwołania. Nawet spóźnione dostrzeżenie wadliwości zakończonych ostatecznie postępowań, daje organowi podatkowemu możliwość skorzystania z trybu nadzwyczajnego (w zależności od rodzaju wady, którą jest dotknięta decyzja ostateczna). Natomiast w kontrolowanej sprawie Dyrektor IAS z takiej możliwości nie skorzystał, stosując procedurę, dla której brak umocowania w obowiązujących przepisach prawa. Końcowo zaznaczył, że ponownie wadliwie określono w nich stronę postępowania jako M. sp. z o.o. w restrukturyzacji, a nie jako zarządcę masy sanacyjnej tej spółki.
Po rozpoznaniu skargi kasacyjnej Dyrektor IAS, Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 18.03.2026 r., I FSK 209/23, uchylił ww. wyrok WSA w Poznaniu i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania tut. Sądowi oraz zasądził koszty postępowania kasacyjnego.
W uzasadnieniu wskazał w szczególności, że w przypadku czynności doręczenia mamy do czynienia albo z sytuacją gdy doszło do skutecznego doręczenia, albo do takiego doręczenia nie doszło w związku z naruszeniem przepisów regulujących te czynności. Ocena skuteczności doręczenia ma więc charakter "zero-jedynkowy". Wadliwość doręczenia sprawia, że orzeczenie nie wchodzi do obrotu prawnego, a tym samym nie rozpoczyna biegu termin do wniesienia środka odwoławczego. Wyrok WSA jest wewnętrznie sprzeczny, gdyż z jednej strony Sąd uznał, iż pełnomocnictwo udzielone przez Spółkę wygasło, a z drugiej wskazuje, że w przedmiotowym postępowaniu wadliwe doręczenie decyzji (byłemu pełnomocnikowi) spowodowało, że decyzje weszły do obrotu prawnego i są wiążące dla organów podatkowych. Wadliwość doręczenia decyzji z 30.08.2019 r. i z 21.02.2020 r., spowodowała, że decyzje te nie weszły do obrotu prawnego i nie stały się wiążące dla organów podatkowych, a tym samym organ odwoławczy trafnie w tej sytuacji wydał postanowienie z 09.03.2020 r. stwierdzające niedopuszczalność odwołania złożonego przez pełnomocnika M. H. z dnia 07.09.2019 r. od decyzji z 30.08.2019 r. Trafny był również zarzut naruszenia art. 138 P.p.s.a. w związku z art. 311 i art. 66 ust. 2 P.r. polegające na tym, że zaskarżone orzeczenie nie zawiera prawidłowego oznaczenia strony skarżącej, gdyż oznaczenie strony w komparycji zaskarżonej decyzji Dyrektora IAS z 23.03.2021 r. prawidłowo wskazuje zarządcę oraz nazwę podmiotu z dodatkiem "w restrukturyzacji", co znajduje podstawę w art. 311 i art. 66 ust. 2 P.r. (decyzja wskazuje jako stronę E. P. – S. nadzorcę w postępowaniu sanacyjnym M. sp. z o.o. w restrukturyzacji).
Na rozprawie w dniu 19.06.2026 r. pełnomocnicy Spółki i organu wnieśli odpowiednio jak w skardze i odpowiedzi na skargę.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:
Skarga zasługuje na uwzględnienie.
Przedmiotem kontroli, o której mowa w art. 3 § 2 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143, dalej w skrócie "p.p.s.a.") jest w niniejszej sprawie decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z 23.09.2021 r., nr [...], utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. z 30 11.2020 r., nr [...], [...], [...], [...], określającą M. Sp. z o.o. w restrukturyzacji w K. w podatku od towarów i usług kwoty do zwrotu, zobowiązania podatkowe oraz kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za miesiące od maja do grudnia 2015 r.
Sprawa została rozpoznana ponownie, na skutek wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 18.03.2026 r., I FSK 209/23 (dalej jako "Wyrok NSA"), uchylającego wyrok tut. Sądu z 03.08.2022 r., I SA/Po 997/21.
Należy podkreślić, że zgodnie z art. 153 p.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. Przy tym przez "ocenę prawną" rozumie się wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich zastosowania w rozpoznanej sprawie. Pojęcie to obejmuje zarówno krytykę sposobu zastosowania normy prawnej w zaskarżonym akcie, jak i wyjaśnienie, dlaczego stosowanie tej normy przez organ, który wydał dany akt, zostało uznane za błędne, bądź za prawidłowe. Natomiast "wskazania co do dalszego postępowania" dotyczą sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu uniknięcie błędów już popełnionych oraz wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości w postaci np. braków w materiale dowodowym lub innych uchybień procesowych (zob. A. Kabat [w:] B. Dauter, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, LEX/el. 2024, uw. 3 i 5 do art. 153).
W świetle cytowanego art. 153 p.p.s.a. zarówno organ administracji publicznej ponownie rozpoznający sprawę, jak i wojewódzki sąd administracyjny, są – co do zasady – związani oceną prawną i wskazaniami wyrażonymi we wcześniejszym, prawomocnym wyroku. Utrata mocy wiążącej takich ocen i wytycznych następuje jedynie wyjątkowo: przede wszystkim w razie wzmiankowanej w ww. przepisie zmiany stanu prawnego powodującej, że pogląd sądu stanie się nieaktualny, a ponadto w razie zmiany, po wydaniu orzeczenia sądowego, istotnych okoliczności faktycznych, bądź też na skutek wzruszenia orzeczenia zawierającego ocenę prawną w przewidzianym do tego trybie (por. A. Kabat [w:] B. Dauter, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, LEX/el. 2024, uw. 9 do art. 153).
W kontrolowanej sprawie taka sytuacja nie wystąpiła, wobec czego Sąd w niniejszym składzie pozostawał związany ocenami prawnymi i wskazaniami zawartymi w zapadłym uprzednio w tej sprawie prawomocnym Wyroku NSA.
W orzeczeniu tym NSA przesądził w szczególności, że wadliwość doręczenia decyzji z 30.08.2019 r. i z 21.02.2020 r., spowodowała, że decyzje te nie weszły do obrotu prawnego i nie stały się wiążące dla organów podatkowych, a tym samym organ odwoławczy trafnie w tej sytuacji wydał postanowienie z 09.03.2020 r. stwierdzające niedopuszczalność odwołania złożonego przez pełnomocnika M. H. z dnia 07.09.2019 r. od decyzji z 30.08.2019 r. Sprawa nie została rozstrzygnięta inną decyzją ostateczną, bowiem decyzje z 30.08.2019 r. i z 21.02.2020 r. nie miały przymiotu ostateczności, skoro nie weszły do obrotu prawnego z uwagi na wadliwe ich doręczenie stronie (pełnomocnikowi, którego umocowanie wygasło z mocy prawa). Ponadto oznaczenie strony w komparycji zaskarżonej decyzji Dyrektora IAS prawidłowo wskazuje zarządcę oraz nazwę podmiotu z dodatkiem "w restrukturyzacji".
Zauważyć zatem należy, że w tym zakresie zarzuty skargi zostały już prawomocnie ocenione jako niezasadne.
Spór w niniejszej sprawie powstał na tle zakwestionowania przez Naczelnika WUCS prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych przez spółkę S., bowiem wskazane na nich transakcje zakupu przez Skarżącą zestawów iniekcyjnych [...] nie zostały dokonane z uwagi na brak zastosowania nanotechnologii. Nadto organ stwierdził, że w konsekwencji nie zaistniały dostawy w ramach WDT towaru ujętego na fakturach wystawionych przez Skarżącą na rzecz [...] kontrahenta – spółki M., a Spółka powinna wiedzieć o uczestnictwie w oszustwie podatkowym.
W pierwszej kolejności Sąd odniesie się do zarzutów naruszenia przepisów postępowania, bowiem ich uwzględnienie mogłoby uczynić przedwczesnym albo bezprzedmiotowym odniesienie się do zarzutów naruszenia przepisów prawa materialnego (zob. np. wyrok NSA z 29.08.2025 r., I FSK 983/22, z 11.02.2021 r., II GSK 1163/20; wszystkie przytaczane w niniejszym wyroku orzeczenia dostępne są w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, dostępnej pod adresem: publ. CBOSA).
Skarżąca zarzuciła w szczególności naruszenie art. 70 § 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 ze zm.; dalej: "O.p."), zgodnie z pkt 1 którego bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania.
Ocena tej okoliczności ma kluczowe znaczenie dla niniejszej sprawy. Co do zasady bowiem zobowiązanie w podatku VAT za miesiące od maja do października 2015 r. przedawniało się z upływem 31.12.2020 r., zaś za grudzień 2015 r. – z upływem 31.12.2021 r.
W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wskazuje się, że ocena charakteru wszczęcia postępowania karnego skarbowego pod kątem spełnienia przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia określonej w art. 70 § 6 pkt 1 O.p. wymaga także analizy przebiegu tego postepowania i ustalenia jakie czynności zostały podjęte po jego wszczęciu. W ramach tej oceny mieści się także odniesienie się do ewentualnych przerw występujących w postępowaniu karnym skarbowym, którego wszczęcie spowodować miało zawieszenie biegu terminu przedawnienia (zob. wyrok NSA z 28.10.2021 r., II FSK 1014/21).
Co więcej, w przypadkach wątpliwych, w szczególności wówczas gdy moment wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, jest bliski dacie przedawnienia zobowiązania podatkowego, wyjaśnienie tej kwestii powinno znaleźć odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji podatkowej, stosownie do art. 210 § 4 O.p.. Taka informacja jest konieczna, aby z jednej strony zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 § 1 tej ustawy. Z drugiej zaś jej zamieszczenie umożliwi następnie dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy, w kontekście realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania. Przepis art. 70 § 6 pkt 1 O.p. nie może być tak odczytywany, że stanowi on podstawę do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w związku z każdym wszczęciem postępowania karnoskarbowego, jeżeli odwołanie się do wszczęcia postępowania karnoskarbowego, ze względu na okoliczności sprawy podatkowej, nastąpiło z przekroczeniem zasady zaufania do organów podatkowych, o której mowa w art. 121 O.p. Nie ulega wątpliwości, że celem postępowania karnoskarbowego jest doprowadzenie do usankcjonowania zachowania podatnika, z którym ustawodawca wiąże określoną karę. Oznacza to, że postępowanie karnoskarbowe wszczyna się celem udowodnienia popełnienia zarzucanych czynów/dopuszczenia się określonego zaniechania i doprowadzenia do ukarania podatnika przez sąd karny. W sytuacji, gdy wszczęcie postępowania karnoskarbowego następuje jedynie z zamiarem następczego zastosowania art. 70c O.p., a w efekcie zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tylko w celu udaremnienia przedawnienia tego zobowiązania, należy rozważyć, czy organ podatkowy w istocie respektuje zasadę postępowania podatkowego z art. 121 § 1 O.p. – zasadę prowadzenia tego postępowania w sposób budzący zaufanie podatnika do organów podatkowych oraz zasady dobrej administracji. Wszczęcie postępowania karnoskarbowego wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego może niweczyć zaufanie podatników do organów podatkowych. Instytucja przedawnienia w prawie podatkowym, jak i w szeroko rozumianym prawie publicznym została ustanowiona jako wyraz skuteczności prawa oraz pewności jego obrotu, co stanowi konsekwencje prakseologicznej racjonalności prawodawcy (M. Wincenciak, Przedawnienie w polskim prawie administracyjnym, Warszawa 2019, s. 203 i n., zob. także W. Piątek, Przedawnienie w prawie administracyjnym, Poznań 2019, s. 164 i n.). Przepis art. 70 § 6 pkt 1 O.p. nie może być zatem tak odczytywany, że stanowi on podstawę do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w związku z każdym wszczęciem postępowania karnoskarbowego, jeżeli odwołanie się do wszczęcia postępowania karnoskarbowego, ze względu na okoliczności sprawy podatkowej, nastąpiło z przekroczeniem zasady zaufania do organów podatkowych, o której mowa w art. 121 O.p.. Aby Sąd pierwszej instancji mógł skutecznie zbadać, jakimi względami kierował się organ, wszczynając postępowanie w sprawie karnoskarbowej oraz czy jego głównym celem nie była chęć wpłynięcia na przedawnienie zobowiązania podatkowego, czy zapobieżenie wygaśnięciu skonkretyzowanej powinności podatkowej na skutek upływu czasu, okoliczności te winny być szczegółowo przedstawione w uzasadnieniu kontrolowanego rozstrzygnięcia (por. wyrok NSA z 26.10.2021 r., II FSK 821/21).
W kontekście powyższego zauważyć należy, że jak wskazał Dyrektor IAS w zaskarżonej decyzji "z akt sprawy wynika, że w związku z wszczęciem przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w P. w dniu 08.12.2020 r., postępowania sygnatura akt RKS [...] w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 76 § 1 Kodeksu karnego skarbowego w zb. z art. 56 § 2 i § 1 kks w zb. z art. 62 § 2 kks i w zb. z art. 61 § 1 kks w zw. z art. 7 § 1 kks oraz art. 6 § 2 kks i art. 38 § 2 pkt 1 Kodeksu karnego skarbowego polegające na podaniu przez M. sp. z o.o., w krótkich odstępach czasu w okresie od dnia 20.07.2015 do 29.01.2016 w złożonych deklaracjach podatkowych dla potrzeb podatku od towarów i usług za miesiące od maja do września i grudzień 2015 r., z wykorzystaniem tej samej sposobności nieprawdy oraz wprowadzenia w błąd organ podatkowy poprzez posłużenie się 23 nierzetelnymi fakturami VAT wystawionymi przez firmę S. M. oraz wystawienie 13 nierzetelnych faktur VAT na rzecz [...] firmy M. I., został zawieszony bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego M. sp. z o.o. w podatku od towarów i usług za okresy od maja do września i grudzień 2015 r.".
Następnie, odnosząc się do zarzutu odwołania przedstawionego w jego uzupełnieniu, przywoławszy uchwałę NSA z 18.06.2018 r., I FPS 1/18, wyrok TK z 17.07.2012 r., P 30/11, oraz uchwałę NSA z 24.05.2021 r., I FPS 1/21, przedstawił spis czynności karno-procesowych:
1. wpływ zawiadomienia o podejrzeniu popełnienia czynu zabronionego w dniu 13.04.2018 r. z kartami uzupełniającymi w dniach 01.10.2019 r. i 02.10.2020 r. i 03.12.2020 r.;
2. postanowienie o wszczęciu śledztwa o popełnienie przestępstwa skarbowego z 08.12.2020 r.;
3. zawiadomienie 08.12.2020 r. organu podatkowego o wszczęciu śledztwa;
4. wystąpienie 18.12.2020 r. do Prokuratury Okręgowej w C. z wnioskiem o udostępnienie dokumentów z akt śledztwa (postanowień o przedstawieniu zarzutów, protokołów przesłuchania świadków i podejrzanych);
5. wystąpienie do właściwych organów podatkowych dla kontrahentów Spółki z pytaniami o wszczęcie kontroli podatkowych, celno-skarbowych, postępowań podatkowych czy karnych skarbowych;
6. wystąpienie 15.02.2021 r. do Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. z zapytaniem o zakres prowadzonego postępowania karnego skarbowego, które ma związek z prowadzonym śledztwem;
7. pismo do Dyrektora IAS z 19.02.2021 r. z pytaniem o etap postępowania odwoławczego;
8. wykonanie 22.02.2021 r., na polecenie prokuratora nadzorującego, analizy dostaw zestawów iniekcyjnych;
9. wystąpienie 23.02.2020 r. [winno być: 2021] z wnioskami do prokuratora o wydanie postanowienia o żądaniu udzielenia informacji stanowiących tajemnicę bankową co do wszystkich ustalonych rachunków bankowych wskazanych podmiotów;
10. zapoznanie się z dokumentami udostępnionymi przez Prokuraturę Okręgową w C. za pismem z 22.03.2021 r. oraz ich konfrontacja ze zgromadzonym materiałem dowodowym;
11. wystąpienie 12.04.2021 r. do prokuratora z kolejnymi wnioskami o wydanie postanowień o żądaniu udzielenia informacji stanowiących tajemnicę bankową;
12. wystąpienie 26.04.2021 r. do [...] Urzędu Celno-Skarbowego w Ł. o udzielenie pomocy prawnej w postaci przesłuchania w charakterze świadka prokurenta spółki prowadzącej dokumentację księgową Spółki
13. wezwanie 27.04.2021 r. na przesłuchanie 5 świadków
14. przesłuchanie świadka 20.05.2021 r.
W kontekście powyższego należy, w ocenie Sądu, zauważyć, że postępowanie kontrolne w Spółce było prowadzone od 10.10.2016 r., a zakończone wydaniem decyzji podatkowej dopiero 30.11.2020 r. – wcześniej bowiem dwukrotnie decyzje organu I instancji były uchylane z powodu braku dostatecznego wykazania okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy. O prowadzonym przez Prokuraturę Okręgową w C. postępowaniu organy wiedziały co najmniej od 2017 r., gdy Naczelnik WUCS postanowieniami z 26 i 30.05.2017 r. włączył do akt postępowania materiały dowodowe zgromadzone podczas prowadzonego śledztwa pozyskane z Prokuratury Okręgowej w C.. Samo zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia czynu zabronionego w ramach organu I instancji zaistniało 13.04.2018 r. (wpływ z jednego działu do drugiego w ramach Naczelnika WUCS). Jedyny dokument, który wskazał Dyrektor IAS w swojej decyzji to pismo Naczelnika WUCS z 20.07.2021 r. wskazujące chronologiczny spis podjętych w sprawie czynności (k. [...]-[...] akt adm.). Z uzasadnienia i akt sprawy nie wynika, by przez te lata były wykonywane jakiekolwiek czynności w tym kierunku. Pierwszą czynnością procesową jest przesłuchanie świadka 20.05.2021 r. (z decyzji nie wynika, którego i na jaką okoliczność), dokonane niemal pół roku po wszczęciu postępowania o przestępstwo skarbowe, co miało dokonać zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Postępowanie karnoskarbowe zostało wszczęte na około 3 tygodnie przed upływem okresu przedawnienia. Wszystko powyższe oceniane dodatkowo w kontekście okoliczności, w których Dyrektor IAS pierwotnie – decyzją z 21.02.2020 r. – uchylił decyzję organu I instancji z 30.08.2019 r. i umorzył postępowanie w sprawie – świadczy zdecydowanie o instrumentalnym wszczęciu postępowania karnoskarbowego w niniejszej sprawie i naruszeniu zasady zaufania. Należy również zauważyć, że uzasadnienie decyzji organu II instancji nie wyjaśnia tak drastycznej zmiany stanowiska.
Przyjęcie, że poprzez samo wydanie postanowienia o wszczęciu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe nastąpił skutek przewidziany w art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p. stanowiłoby nadużycie tej instytucji, godzące w zasadę zaufania do organów państwa, a także zasadę praworządności, wynikające z art. 2 i 7 ustawy zasadniczej.
Jeszcze raz podkreślić trzeba, że zgodnie z orzecznictwem NSA, okoliczności, które mogą rodzić obawę o instrumentalne wykorzystanie instytucji postępowania karnego-skarbowego to: 1. bliskość upływu terminu przedawnienia; 2. korelacje czasowe między poszczególnymi czynnościami organu podatkowego, a momentem wszczęcia postępowania karnego-skarbowego; 3. brak aktywności organu zmierzającej do realizacji celów postępowania karnego-skarbowego. W związku z tym przyjmuje się, że w sytuacji, w której może zachodzić podejrzenie o instrumentalne wykorzystanie instytucji zawieszenia terminu przedawnienia, uzasadnienie zastosowania art. 70 § 6 pkt 1 O.p. wymaga przedstawienia przez organ podatkowy w uzasadnieniu decyzji okoliczności pozwalających na odniesienie się do tego zarzutu (zob. wyrok NSA z 16.04.2025 r., I FSK 867/23).
Z uwagi na powyższe w ocenie Sądu doszło w niniejszej sprawie do naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 i art. 70c w zw. z art. 121, art. 124 oraz 210 § 4 O.p.
W konsekwencji tak daleko idącego naruszenia przepisów postępowania – rozpoznanie pozostałych zarzutów skargi byłoby, w ocenie Sądu, przedwczesne.
Rozpoznając sprawę ponownie Organ weźmie pod uwagę powyższą ocenę prawną.
W tym stanie rzeczy Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a., uchylił zaskarżoną decyzję (pkt 1 sentencji).
O kosztach postępowania (pkt 2 sentencji) Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a. oraz z § 2 ust. 1 pkt 1 lit. h rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. poz. 1687)