Według organu I instancji dokonane oględziny i wyjaśnienia wnioskodawcy wskazują, że mamy do czynienia z rodzajem instalacji technicznej, na którą składają się zbiorniki wraz z oprzyrządowaniem (instalacjami). Nie są to obiekty niewielkich rozmiarów, nie wymagające prac montażowych. Sam wnioskodawca opisuje zbiorniki jako "urządzenia walcowe z osią pionową jedno płaszczowe, z podwójnym dnem i dachem stałym w formie kopuły. Obiekty są wyposażone w króćce technologiczne, właz boczny, właz dachowy, schody i podesty komunikacyjne".
Zdaniem organu podatkowego o zaliczeniu do kategorii obiektów budowlanych nie może także, w świetle ustawy - Prawo budowlane, przesądzać to, czy zbiornik ma charakter samodzielny, czy też jest on elementem pewnej instalacji technicznej. Zwrócić należy uwagę na to, co w przedłożonej przez podatnika Ekspertyzie pominięto, że kategorią budowli wymienioną w art. 3 pkt 3 P.b. są także wolnostojące instalacje przemysłowe.
Reasumując organ I instancji stwierdził, że w jego cenie przedmiotowe zbiorniki wraz z instalacjami stanowią obiekt budowlany w postaci wolnostojącej instalacji przemysłowej.
W zakresie ostatniej części wniosku o nadpłatę (część VII - budowla omyłkowo niewykazana przez Spółkę do opodatkowania), organ I instancji mając na uwadze wyjaśnienia strony oraz dostarczony materiał dowodowy, uznał zasadność stanowiska strony i stwierdził, że w latach 2019-2024 ujawniony obiekt "Magazyn blaszany" winien być opodatkowany jako budowle związane z prowadzeniem działalności gospodarczej, co skutkuje określeniem należnego podatku od wartości tej budowli ({...}zł) za poszczególne okresy.
Od powyższej decyzji Burmistrza Miasta {...}odwołanie wniosła Spółka, w części obejmującej tylko pkt 2 i pkt 3 tej decyzji, w których Burmistrz określił wysokość zobowiązań podatkowych za lata 2019 - XI 2024 i odmówił stwierdzenia nadpłat. Zaskarżonej decyzji Spółka zarzuciła naruszenie przepisów prawa procesowego związanego z dowolna ocena materiału dowodowego a w konsekwencji naruszenie przepisów prawa materialnego skutkujących błędna kwalifikację spornych obiektów budowlanych i bezpodstawne odmówienie jest stwierdzenia nadpłaty za poszczególne lata podatkowe.
SKO w Krośnie opisana na wstępie decyzją z dnia 29 grudnia 2025 r. uchyliło zaskarżoną decyzję organu I instancji i przekazało sprawę do ponownego rozpoznania.
Na wstępie organ odwoławczy wyjaśnił, że nie mógł się w rozpatrywanym przypadku ograniczyć do rozpatrzenia odwołania tylko w odniesieniu do części zaskarżonej decyzji, gdyż istotą postępowania odwoławczego jest ponowne rozpatrzenia sprawy w jej całokształcie. Możliwe jest wprawdzie zaskarżenie odwołaniem tylko części decyzji (w takiej sytuacji część niezaskarżona staje się ostateczna), ale może to mieć miejsce wówczas, gdy część taką podmiotowo i przedmiotowo można w niej wyodrębnić. Taka sytuacja nie występuje jednak w rozpatrywanym przypadku to jest decyzji, która wydana została na podstawie art. 75 § 4a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r. poz. 111 z późn. zm. – dalej:O.p.).
W ocenie Kolegium, w obecnym stanie sprawy, nie można też uwzględnić wniosku odwołującego i orzec co do istoty sprawy na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a O.p.. Na takie rozstrzygnięcie nie pozwala bowiem zgromadzony w aktach sprawy materiał dowodowy, a konieczne dla prawidłowego rozstrzygnięcia jego uzupełnienie wymaga przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego w zakresie przekraczającym uprawnienia organu odwoławczego, określone w art. 229 O.p,
Organ odwoławczy podkreślił, że w świetle zgromadzonego w aktach sprawy materiału dowodowego, nie budzi wątpliwości i nie jest sporne rozstrzygnięcie organu I instancji w zakresie dotyczącym pkt 1, pkt 3 i pkt 4 wniosku Spółki.
W ocenie SKO brak jest także podstaw do zakwestionowania zaskarżonej decyzji w zakresie rozstrzygnięcia odnoszącego się do pkt 6 wniosku Spółki, czyli uznania za nieuzasadnione stanowiska podatnika, że opodatkowaniu nie powinny podlegać obiekty wykazywane dotychczas jako budowle tj. Zbiornik MAGAZ A 72, Zbiornik MAG A 70, Zbiornik MAG A 66 i Zbiornik MAG A 69.
Nie ma jednak powodu zdaniem organu odwoławczego, by sporne obiekty kwalifikować do opodatkowania jako wymienioną w art. 3 pkt 3 P.b. - wolnostojącą instalację przemysłową, skoro zarówno ze zgromadzonego aktach sprawy materiału dowodowego, jak i z rozważań przeważającej części uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, że są to zbiorniki, a więc budowle również wymienione expressis verbis w art. 3 pkt 3 P.b., a podstawę ich opodatkowania w poszczególnych latach podatkowych stanowiły wartości wskazane we wniosku o nadpłatę (str. 12-13 wniosku).
Według Kolegium, jeżeli sporne obiekty mogą być uznane za jedną z budowli wymienionych w art. 3 pkt 3 P.b. (w tym przypadku za zbiorniki), to dla ich opodatkowania nie ma potrzeby doszukiwania się, czy jednocześnie wchodząc w skład linii technologicznej, stanowią część innego obiektu budowlanego (jak wskazał organ I instancji - wolnostojącej instalacji przemysłowej). Dla prawnopodatkowej kwalifikacji tych obiektów nie ma istotnego znaczenia, że stanowią one część instalacji, w ramach której odbywają się procesy technologiczne (w tym przypadku produkcja sadzy). Jeżeli w skład takiej instalacji wchodzą różnego rodzaju elementy nie będące budynkami, to dla oceny które z nich winny podlegać opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości niezbędne jest poddanie każdego z nich analizie pod kątem spełnienia przesłanek pozwalających uznać je za budowle w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz.U. z 2018 r. poz. 1445 z późn. zm. - w brzmieniu obowiązujących w latach 2019-2024 - dalej: u.p.o.l.) w związku z art. 3 pkt 1 i pkt 3 P.b. Powołał się w tym zakresie organ na wyrok NSA z dnia 30 stycznia 2025 r. sygn. akt III FSK 1155/24)
Zaznaczył organ odwoławczy, że przedmiotem wniosku o stwierdzenie nadpłaty są wyłącznie obiekty pod nazwami: Zbiornik MAGAZ A 72, Zbiornik MAG A 70, Zbiornik MAG A 66 i Zbiornik MAG A 69 (a nie instalacje czy urządzenia z nimi połączone), w związku z czym tylko te obiekty winny być poddane analizie, czy spełniają kryteria pozwalające na objęcie ich opodatkowaniem. Nie budzi zaś wątpliwości organu, że przedmiotowe Zbiorniki nie są budynkami w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., skoro podstawowym ich parametrem jest pojemność, na co wskazuje zresztą przedłożona przez podatnika Ekspertyza techniczna nr{...}. Bez znaczenia jest zatem, czy obiekty te posiadają cechy budynku (są trwale związane z gruntem, wydzielone z przestrzeni za pomocą przegród budowlanych, mają fundamenty i dach). Jak bowiem wynika z uchwały 7 Sędziów NSA z dnia 29.09.2021 r. sygn. akt III FPS 1/21 obiekt budowlany, posiadający cechy budynku, o których mowa w art. 1a ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., może być uznany za budowlę, jeżeli jego zasadnicze parametry techniczne od samego początku są wyznaczone przez pojemność (przestrzeń), a nie powierzchnię użytkową. Kwestia te nie jest w rozpatrywanej sprawie sporna, gdyż ani w pierwotnie złożonych deklaracjach, ani też we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatnik nie wskazywał na to, że sporne obiekty mogą być uznawane za budynki.
Organ odwoławczy zwrócił uwagę, że Spółka przedłożyła Ekspertyzę techniczną nr {...}sporządzoną przez biegłych z Ośrodka Rzeczoznawstwa i Techniki Budowlanej Oddziału Warszawskiego Polskiego Związku Inżynierów i Techników Budownictwa, z której to ekspertyzy wynika, iż sporne Zbiorniki są urządzeniami technicznymi posiadającymi części budowlane w postaci tac przeciwrozlewowych, na których są posadowione, a które to tace zostały ujęte oddzielnie do opodatkowania. Przy czym w Ekspertyzie wskazano, iż dla uznania spornych obiektów za urządzenia techniczne istotne jest podleganie pod reżim dozoru technicznego polegający na ich okresowej kontroli przez Urząd Dozoru Technicznego na podstawie przepisów Rozporządzenie Ministra Gospodarki z dnia 16 kwietnie 2002 r. w sprawie warunków technicznych dozoru technicznego, jakim powinny odpowiadać zbiorniki bezciśnieniowe i niskociśnieniowe przez znaczone do magazynowania materiałów trujących i żrących (str. 7 Ekspertyzy).
Organ odwoławczy skonstatował, że poddanie przedmiotowych obiektów reżimowi dozoru technicznego nie ma znaczenia kontekście ich opodatkowania. Do przepisów powołanego w Ekspertyzie Rozporządzenia nie odsyła bowiem ani definicja z art. 1a pust. 1 pkt 2 u.p.o.l, ani też przepisy ustawy Prawo budowlane, a zatem nie współkształtują one definicji budowli w rozumieniu tych ustaw, a tym bardziej nie wyłączają stosowania tych przepisów. Regulacje powołanego przez autorów Ekspertyzy Rozporządzenia, nie mogą więc przesądzać, czy sporne obiekty mogą być uznane za budowlę w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 2 u.p.o.l.
Zauważył przy tym dalej organ, że autorzy Ekspertyzy powołują ww. Rozporządzenie, a dalszej jej części wskazują na magazynowanie w spornych obiektach surowców (olejów) o określonych temperaturach zapłonu (str. 10 Ekspertyzy). W takiej sytuacji bardziej adekwatne wydaje się stosowanie w odniesieniu do spornych obiektów nie tyle przepisów Rozporządzenia powołanego w Ekspertyzie, co raczej Rozporządzenia Ministra Gospodarki z dnia 18 września 2001 r. w sprawie warunków technicznych dozoru technicznego, jakim powinny odpowiadać zbiorniki bezciśnieniowe i niskociśnieniowe przeznaczone do magazynowania materiałów ciekłych zapalnych (Dz. U. Nr 113, poz. 1211 z późn. zm.). Jak zauważył organ, obydwa akty prawne dotyczą natomiast zbiorników przeznaczonych do magazynowania materiałów, co dodatkowo może potwierdzać stanowisko, że nawet autorzy Ekspertyzy uznają w istocie sporne obiekty za zbiorniki nie tylko z nazwy ale też z uwagi na pełnioną przez nie funkcję magazynowania. Takie podejście pozwala z kolei uznać je za obiekty sklasyfikowane w grupie 1 Klasyfikacji Środków Trwałych (zbiorniki, silosy i budynki magazynowe), a nie w grupie 5 tej Klasyfikacji. Sam zaś odwołujący (na str. 14 odwołania) zauważa, iż zaliczenie "zbiorników" go grupy 1 KŚT powodowałoby, że mogłyby one być uznane za budowle.
Ponadto organ odwoławczy podkreślił, że pełnienie przez przedmiotowe obiekty funkcji magazynowania surowców wykorzystywanych w procesach technologicznych (olejów) potwierdzają też w istocie autorzy Ekspertyzy, wskazując chociażby na str. 10 i str. 11, iż są to zbiorniki magazynowe służące do magazynowania olejów, a wraz z pompami i rurociągami są składową układu technologicznego magazynowania i przetwarzania oleju (str. 12 Ekspertyzy). Nawet więc jeżeli sporne zbiorniki są wykorzystywane do procesów technologicznych w ramach których dochodzi do przetwarzania oleju, to nie ulega wątpliwości, że ich cechą jest też magazynowanie tych olejów. W powyższej sytuacji klasyfikacja tych obiektów to zdaniem Kolegium bez wątpienia "zbiorniki" w rozumieniu art. 3 pkt 3 P.b., a więc obiekty budowlane będące budowlami w znaczeniu o którym mowa w art. 1a ust. 1 pkt 2 u.p.o.l..
Oceny tej nie zmienia zdaniem organu podnoszone przez odwołującego i zauważone w Ekspertyzie powstanie zbiorników nie w procesie budowlanym lecz wytwórczym procesie produkcyjnym. W ocenie organu nie ulega wątpliwości, że dla uznania danego obiektu za obiekt budowlany (od czego z kolei, w świetle art. 1a ust. 1 pkt 2 upoi w zw z art. 3 pkt 1 Pb, uzależnione jest stwierdzenie, że jest to budowla), niezbędne jest ustalenie, czy został on wzniesiony z użyciem wyrobów budowlanych.
Ponadto, jeżeli sporne obiekty, jak twierdzi podatnik i co wynika z akt sprawy (w tym z protokołu oględzin z 07.05.2025 r. i opisu zawartego w Ekspertyzie nr{...}), nie były wytwarzane na miejscu, lecz gdzie indziej, ale zostały wykonane ze blach stalowych i pokryte izolacją termiczną - wełną mineralną (wyroby budowlane), a następnie zostały zamontowane na utwardzonym gruncie (na tacach przeciwrozlewowych stanowiących ich fundament) poprzez połączenie z nim (montaż), to należy uznać, że omawiane obiekty zostały wzniesione z użyciem wyrobów budowlanych.
Za niewystarczające uznało Kolegium wyjaśnienia dotyczące zwolnienia z podatku na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., pozostających w użytkowaniu wieczystym Spółki gruntów położonych w {...} obręb{...}, stanowiących działki nr {...}i nr {...}o łącznej pow. {...}m2. Organ przyjął, że zwolnieniu podlegają całe ww. działki, kierując się dotychczasową linią orzeczniczą sądów administracyjnych, w tym wskazaniami Kolegium zawartymi w decyzji z dnia 31 października 2024 r., dotyczącej sprawy stwierdzenia nadpłaty podatku od nieruchomości za 2018 r. (sprawa znak:{...}). Tymczasem jak podkreśliło SKO uchwałą z 8 grudnia 2025 r. III FPS 3/25, NSA przesądził, iż "Sformułowanie zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., zgodnie z którym zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia jedynie tych części gruntu, które zostały zajęte pod budynki i budowle tworzące infrastrukturę kolejową (usytuowane na obszarze kolejowym).’’.
Z w/w uchwały wynika zdaniem Kolegium, że za zwolnione z podatku od nieruchomości niekoniecznie należy uznać całe działki ewidencyjne na których usytuowane są budowle Spółki stanowiące infrastrukturę kolejową, gdyż zwolnieniu winna podlegać tylko ta powierzchnia działek, która została zajęta przez tą infrastrukturę. Za powierzchnię zajętą na obiekty budowlane wchodzące w skład infrastruktury kolejowej uznać więc należy grunty, na których zlokalizowane zostały obiekty wymienione w pkt 1-11 załącznika nr 1 do ustawy o transporcie kolejowym, powiększone o obszar koniecznej obsługi tychże obiektów, jak też części gruntu, które z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową nie mogą być wykorzystane ze względów prawnych do realizacji innych celów. W ocenie SKO na podstawie zgromadzonych przez organ dowodów nie da się stwierdzić, czy za wchodzące w skład infrastruktury kolejowej winny być uznane całe powierzchnie działek nr {...}i nr{...}, czy też zwolnieniem należy objąć tylko część ich powierzchni.
W ocenie Kolegium za niedostatecznie wyjaśnioną uznać należy też kwestię, czy urządzenia i instalacje wskazane w pkt 5 wniosku Spółki, wykazane w pierwotnej deklaracji do opodatkowania jako budowle, są faktycznie elementami wewnętrznej infrastruktury technicznej budynków, niezbędnymi do ich prawidłowego funkcjonowania zgodnie z przeznaczeniem, jak twierdzi podatnik, czy też jak przyjmuje organ I instancji, obiekty te stanowią odrębne od budynków przedmioty opodatkowania, gdyż nie stanowią instalacji służących budynkom w których się znajdują (nie pełnią wobec budynków służebnej roli), lecz są odrębnymi od budynków obiektami - częściami budowli i tym samym podlegają opodatkowaniu jako rurociągi przesyłowe bądź jako elementy sieci elektroenergetycznej zakładu.
Według organu odwoławczego decyzja organu w tym zakresie oparta została na wyjaśnieniach udzielonych przez podatnika (w szczególności w piśmie z dnia 17.01.2025 r.) oraz na ustaleniach dokonanych podczas oględzin przeprowadzonych w dniach 21.02.2024 r. i 07.05.2025 r. W oparciu o te dowody organ wyprowadził wniosek, iż wszystkie 37 obiektów, wymienionych we wniosku Spółki (str. 10-11 wniosku), nie są instalacjami budynków w których się znajdują, głównie z tego względu, że nie pełnią roli służebnej wobec tych budynków (nie służą wyłącznie budynkom, tylko służą procesom produkcji mającym miejsce między innymi w przedmiotowych budynkach), a budynki i pomieszczenia w których się znajdują stanowią jedynie ich osłonę. Obiekty wymienione od nr 1 do nr 6 na str. 15-16 zaskarżonej decyzji to według organu rurociągi przesyłowe, a więc budowle wskazane w kategorii XXVI załącznika do Pb, natomiast obiekty wymienione na nr 7 do nr 37 na str. 17-18 decyzji, to "elementy sieci energetycznej zakładu", służące do produkcji, przesyłu, redukcji napięcia prądu niezbędnego do procesu produkcyjnego.
Dotychczasowe ustalenia organu nie pozwalają, w ocenie organu odwoławczego, na jednoznaczne stwierdzenie, czy wszystkie sporne obiekty (lub niektóre z nich), uznane przez organ za budowle lub części budowli, faktycznie nie stanowią instalacji zapewniających możliwość użytkowania budynków przemysłowych Spółki zgodnie z ich przeznaczeniem. Przyznał bowiem rację odwołującej, że instalacjami zapewniającymi możliwość użytkowania obiektu zgodnie z jego przeznaczeniem, w rozumieniu art. 3 pkt 1 Pb, w przypadku budynków przemysłowych mogą być nie tylko typowe instalacje funkcjonujące w większości budynków (np. instalacja elektryczna, kanalizacyjna, wodociągowa), ale też specjalistyczne instalacje przemysłowe dedykowane konkretnym procesom technologicznym, dla realizacji których wzniesiony został dany budynek. Z akt sprawy i treści zaskarżonej decyzji nie wynika natomiast, by organ I instancji dopuszczał w ogóle możliwość, że budynki podatnika, są budynkami produkcyjnymi, których użytkowanie zgodnie z przeznaczeniem wymaga wyposażenia w specjalistyczne instalacje. Nie można zaś zdaniem organu odwoławczego wykluczyć, że za takie właśnie instalacje należałoby uznać chociażby rurociągi związane z procesem produkcji mającym miejsce w Budynku obróbki sadzy, bo według wyjaśnień Spółki chociażby Rurociąg aspiracji L2, czy Rurociąg pneumatycznego odsysania, służą do odciągania pyłu zarówno z urządzeń produkcyjnych jak i z budynku w którym się znajdują. Instalacje tego rodzaju mogą więc stanowić niezbędne wyposażenie tego właśnie budynku. Rurociągi mogłyby być przedmiotem opodatkowania jako budowle, ale tylko wówczas, gdyby można uznać je obiekty liniowe wymienione w art. 3 pkt 3 P.b., zdefiniowane w art. 3 pkt 3a P.b. Organ I instancji nie dokonał jednak szczegółowych ustaleń odnoszących się do każdego z powyższych obiektów, nie dostrzegając różnic, jakie mogą występować w kwalifikacji Rurociągów i Sieci wody zmiękczonej.
Z podobnych względów nie można zdaniem SKO przesądzić kwalifikacji prawnopodatkowej obiektów wymienionych od nr 7 do nr 37 na str. 17 i 18 decyzji organu I instancji (Agregat prądotwórczy, Podstacja, Rozdzielnie, Transformatory). Oczywistym jest zaś dla organu, że w budynkach produkcyjnych instalacja elektryczna (tj. instalacja zapewniająca możliwość użytkowania takiego budynku zgodnie z jego przeznaczeniem) musi być projektowana z uwzględnieniem odpowiedniego zapotrzebowania na moc oraz zabezpieczona przed przeciążeniami i uszkodzeniami. Nie można więc wykluczyć, iż przynajmniej niektóre ze spornych obiektów stanowią część takiej instalacji wewnątrzbudynkowej, gdyż zarówno z protokołu oględzin z 07.05.2025 r. jak i z wyjaśnień Spółki wynika, że chociażby Rozdzielnie Modan, czy Rozdzielnica elektryczna n/n MCC, wykorzystywane są tylko na potrzeby rozdziału energii dla urządzeń w Budynku obróbki sadzy. Nie wiadomo więc, czy obiekty tego rodzaju nie są w istocie częścią instalacji elektrycznej tego budynku.
Organ odwoławczy podkreślił, że kwalifikacja każdego ze spornych obiektów jako składnika instalacji budynków lub budowli Spółki lub jako odrębnych od tych budynków i budowli obiektów budowlanych, ze względu na ich potencjalny związek z budynkiem, w którym odbywają się specyficzne procesy produkcyjne, jest na tyle skomplikowana, że wymaga wiedzy specjalistycznej. Zdaniem Kolegium rozstrzygnięcie sporu jaki powstał na tle kwalifikacji przedmiotowych obiektów wymaga przeprowadzenia dowodu, o którym mowa wart. 197 O.p., z opinii biegłego (w razie potrzeby biegłych), posiadającego wiadomości specjalne z zakresu projektowania budynków przemysłowych, w tym wyposażania ich w niezbędne instalacje, a także wiadomości z zakresu projektowania instalacji w takich budynkach, czy też z zakresu projektowania sieci energetycznych.
W końcu jako wątpliwe uznało Kolegium określenie przez organ I instancji zobowiązania od budowli - "Magazynu blaszanego", wskazanego w pkt 7 wniosku, jako "Budowli omyłkowo niewykazanej przez Spółkę do opodatkowania". Zauważyło, że organ podatkowy nie odniósł się do tej części wniosku Spółki, w sposób uwzględniający specyfikę rozstrzygnięcia sprawy stwierdzenia nadpłaty na podstawie art. 75 § 4a O.p.. W myśl tego przepisu w decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W postępowaniu podatkowym wszczętym w wyniku złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty organ winien zatem ograniczyć się do przeprowadzenia postępowania dowodowego i orzekania wyłącznie o tym, czy w istocie podatnik zapłacił, z przyczyn podanych we wniosku, podatek nienależnie lub w zawyżonej wysokości (bo nadpłatą, stosownie do art. 72 § 1 pkt 1 O.p. jest kwota nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku). Postępowanie to winno zakończyć się decyzją odnoszącą się wyłącznie do nadpłaty podatku. Organ może uwzględnić żądanie w całości lub w części poprzez stwierdzenie nadpłaty w określonej wysokości, może także odmówić jej stwierdzenia w całości lub w części. W postępowaniu tym nie można jednak określać wysokości zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p. Składając wniosek o stwierdzenie nadpłaty w określonej wysokości podatnik zakreślił bowiem granice i przedmiot postępowania, ograniczający się do zbadania, czy faktycznie wykazał on w deklaracji ze wskazanych w żądaniu przyczyn zobowiązanie podatkowe nienależne bądź w wysokości wyższej niż należna. Przedmiotem tego postępowania nie może być zatem kompleksowa weryfikacja deklaracji podatkowej, gdyż określenie zobowiązania podatkowego może nastąpić wyłącznie w odrębnym postępowaniu, wszczętym na podstawie art. 21 § 3 O.p Poza tym organ odwoławczy zauważył, że określanie przez organ na podstawie art. 75 § 4a O.p zobowiązania od budowli nie wykazywanej dotychczas przez Spółkę do opodatkowania, wydaje się nieuprawnione nie tylko z tego względu, że zastępuje w istocie określenie podatku o którym mowa w art. 21 § 3 O.p. (a to powinno mieć miejsce w odrębnym postępowaniu), ale też dlatego, że doprowadziłoby do niedopuszczalnego obejścia przepisów dotyczących przedawnienia zobowiązania podatkowego, w tym wypadku w odniesieniu do zobowiązania należnego za 2019 r.
W skardze do tut. Sądu na opisaną wyżej decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krośnie z 29 grudnia 2025 r. Spółka, za pośrednictwem fachowego pełnomocnika, zarzuciła:
1. naruszenie prawa procesowego, tj.:
- art. 220 O.p., art. 222 O.p. w zw. z art. 233 § 2 O.p poprzez przekroczenie granic rozpoznania sprawy mimo wyraźnego wskazania przez stronę granic zaskarżenia decyzji I instancji i wydanie decyzji uchylającej w całości decyzję organu I instancji, mimo że w odwołaniu strona zaskarżyła te decyzję jedynie w części dla niej niekorzystnej, podczas gdy brak było uzasadnienia dla uchylenia decyzji organu I instancji w całości (a więc także z części korzystającej z przymiotu ostateczności) - przedmiotem sporu jest bowiem jedynie zaskarżona część decyzji organu I instancji.
- art. 122,125 § 1,127 w zw. z art. 233 § 2 O.p. poprzez wydanie decyzji kasacyjnej powodującej przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia w sytuacji, w której nie wystąpiły przesłanki uzasadniające wydanie rozstrzygnięcia na podstawie art. 233 § 2 O.p, tj. rozstrzygnięcie sprawy nie wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, podczas gdy SKO powinno wydać decyzję merytoryczną na podstawie art. 233 § 1 O.p.,
2. naruszenie prawa materialnego, tj.:
- art. 2 ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 1a ust. 1 pkt 2 u.p.o.l. w zw. z art. 3 pkt 1 i pkt 3 P.b. poprzez błędną wykładnię i w rezultacie niewłaściwe zastosowanie polegające na błędnym uznaniu, że obiekty o nazwach Zbiornik MAGAZ A 72 (nr{...}), Zbiornik MAG A 70 (nr{...}), Zbiornik MAG A 66 (nr{...}), Zbiornik MAG A 69 (nr {...}) stanowią obiekty budowlane i w konsekwencji powinny podlegać opodatkowaniu jako budowle (zbiorniki), podczas gdy przedmiotowe urządzenia techniczne powstały w procesie przemysłowym, a nie budowlanym, a ich ustawienie w miejscu docelowym nie stanowiło budowy, zatem nie stanowią obiektu budowlanego, ponieważ nie zostały wzniesione z użyciem wyrobów budowlanych i nie podlegają opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości;
- art. 1a ust. 1 pkt 2 u.p.o.l w zw. z art. 3 pkt 1 P.b. w zw. z art. 3 pkt 3 P.b poprzez pominięcie znaczenia części art. 3 pkt 3 P.b. stanowiącego, że odrębnymi i samodzielnymi budowlami są części budowlane urządzeń technicznych (kotłów, pieców przemysłowych i innych urządzeń) oraz fundamenty pod maszyny i urządzenia, jako odrębne pod względem technicznym części przedmiotów składających się na całość użytkową, a w konsekwencji nieprawidłowe przyjęcie przez organ, że obiekty sporne stanowią budowle, gdy tymczasem zgodnie z definicją budowlami są wyłącznie części budowlane urządzeń technicznych, a podstawę opodatkowania powinna stanowić wartość jedynie elementów budowlanych i fundamentów pod urządzenia.
Wywodząc powyższe skarżąca wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji oraz o zasądzenie na jej rzecz od SKO zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm prawem przypisanych.
W uzasadnieniu skarg przedstawiono rozwiniecie opisanych wyżej, obszernych zarzutów wspierając je argumentacją zbieżną z dotychczasowym stanowiskiem prezentowanym w toku całego postepowania podatkowego.
W odpowiedzi na skargę SKO w Krośnie wniosło o jej oddalenie podtrzymując z kolei argumentację zawarta w uzasadnieniu skarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie zważył, co następuje;
Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
Na wstępie należy przypomnieć, że stosownie do treści art. 3 § 1 ustawy z 30.08.2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024r., poz. 935; dalej: p.p.s.a.), sąd administracyjny sprawuje kontrolę działalności administracji publicznej i bada legalność zaskarżonego aktu administracyjnego stosownie do przepisu art. 1 § 2 ustawy z dnia 25.07.2002r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) nie będąc w sprawowaniu tej kontroli związany granicami skargi - zarzutami, wnioskami oraz powołaną podstawą prawną (art. 134 § 1 p.p.s.a.). W ramach tej kognicji Sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonej decyzji nie naruszono przepisów prawa materialnego i przepisów postępowania (art. 3 § 2 pkt 1 w zw. z art. 145 p.p.s.a.). Kontrola sądowoadministracyjna sprawowana jest pod względem legalności, tj. oceny działań administracji podatkowej pod kątem przestrzegania przepisów postępowania i prawidłowości stosowanej wykładni przepisów prawa.
Kontrolując w powyżej zakreślonych granicach zaskarżoną decyzję Sąd uznał, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie, bowiem w badanej sprawie nie doszło do sugerowanych przez skarżącą naruszeń przepisów prawa procesowego czy materialnego.
Wpierw należy odnieść się do zarzutu skargi przekroczenia przez organ odwoławczy granic rozpoznania poprzez uchylenie w całości decyzji organu I instancji sprawy pomimo zaskarżenia tej decyzji odwołaniem jedynie w części.
Zaznaczyć należy na wstępie, że zgodnie z treścią art. 234 O.p. organ odwoławczy nie może wydać decyzji na niekorzyść strony odwołującej się, chyba że zaskarżona decyzja rażąco narusza prawo lub interes publiczny. Wprowadzony w tym przepisie zakaz orzekania na niekorzyść strony uznawany jest za jedną z podstawowych gwarancji procesowych. Należy jednakże zauważyć, że zakaz reformationis in peius dotyczy tylko organu odwoławczego, a nie rozpatrującego sprawę ponownie organu pierwszej instancji, do czego aktualnie zmierza postepowanie podatkowe. Świadczy o tym wyraźnie wskazanie ustawodawcy: "organ odwoławczy nie może". Ponadto, co wynika z treści tego przepisu, nie ma charakteru bezwzględnego. Zatem decyzja kasatoryjna, o ile znajduje uzasadnienie faktyczne i prawne, a tak jest w niniejszej sprawie, nie narusza wyrażonego w komentowanym przepisie zakazu.
Należy podkreślić, że z treści art. 220 O.p. nie wynika wprost, że strona może zaskarżyć tylko część decyzji. Skoro zatem przepis art. 220 O.p. nie stanowi wyraźnie o możliwości zaskarżenia tylko części decyzji, ale nie wprowadza również ograniczeń w zakresie prawa strony do wniesienia odwołania co oznacza, że to strona decyduje, czy i w jakim zakresie domaga się kontroli decyzji organu I instancji. W takiej sytuacji rozstrzygnięcie zawarte w decyzji organu I instancji, od którego strona nie wniosła skutecznie odwołania, staje się ostateczne. Niemniej jednak słusznie przyjął organ odwoławczy w uzasadnieniu skarżonej decyzji, że możliwe jest zaskarżenie odwołaniem części decyzji, ale jeżeli część taką podmiotowo i przedmiotowo można w niej wyodrębnić (por. J. Brolik, Komentarz do art. 220 Ordynacji podatkowej, LEX wersja elektroniczna).
Zatem o ile przyjmuje się dopuszczalność zaskarżenia skargą oraz wzruszenia wyodrębnionej części decyzji ostatecznej, jeżeli pozostałe zawarte w takiej decyzji rozstrzygnięcia mogą samodzielne funkcjonować w obrocie prawny, to nie znajduje to zastosowania w niniejszej sprawie. Zgodzić się przychodzi z organem odwoławczym, ze nie można objąć zakresem postępowania odwoławczego tylko części kwestionowanej przez skarżącą decyzji, która wydana została na podstawie art. 75 § 4a O.p. Zgodnie z tym przepisem, w decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. W zakresie, w jakim wniosek jest niezasadny, organ odmawia stwierdzenia nadpłaty. Zatem w sentencji decyzji rozstrzygającej wniosek o stwierdzenie nadpłaty organ ma obowiązek nie tylko stwierdzić nadpłatę, ale też w razie takiej potrzeby określić prawidłową wysokość zobowiązania oraz odmówić stwierdzenia nadpłaty w kwocie, w jakiej uważa wniosek za niezasadny, co sprawia, że żaden z tych elementów decyzji w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty nie może samodzielnie funkcjonować w obrocie prawnym.
W ocenie Sądu w rozpoznawanej sprawie organ odwoławczy prawidłowo wskazał stronom sposób kwalifikacji prawnopodatkowej obiektów Zbiornik MAGAZ A 72, Zbiornik MAG A 70, Zbiornik MAG A 66, Zbiornik MAG A 69 przyporządkowując je do zbiorników w rozumieniu art. 3 pkt 3 u.p.b.. Słusznie zakwestionowano stanowisko skarżącej, jakoby stanowiły one urządzenia techniczne, podlegające opodatkowaniu w zakresie ich części budowlanych, ale i pogląd organu I instancji jakoby podlegały opodatkowaniu jako wolnostojące instalacje przemysłowe. Zatem organ odwoławczy uznał, że obiekty te podlegają opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości jako budowla, w tym zgadzając się z organem podatkowym I instancji, choć inaczej ją kwalifikując. Sąd aprobuje w całej rozciągłości przytoczoną w uzasadnieniu skarżonej decyzji argumentację na poparcie takiego stanowisko, dostrzegając, że odpowiada ona nie tylko stwierdzonym cechom technicznym i konstrukcyjnym analizowanych obiektów wynikających z wizji lokalnej, dokumentacji technicznej ale także do nomenklatury, którą posługuje się sama skarżąca i oferowana przez nią ekspertyza prywatna.
Sąd podziela wyrażane w orzecznictwie sądowoadministracyjnym stanowisko, że przez "zbiornik", o którym mowa w art. 3 pkt 3 u.p.b., należy rozumieć taki obiekt budowlany, który służy gromadzeniu jakiejś substancji nie tylko w celu jej wyłącznego magazynowania (krótko lub długookresowego) w stanie niezmienionym. Może to być również obiekt budowlany, którego cechą charakterystyczną jest objętość (a nie powierzchnia użytkowa), służący do gromadzenia jakiejś substancji również w innych celach, np. separowania, przetwarzania, uszlachetniania, itp. Fakt, że zbiorniki nie służą wyłącznie magazynowaniu, lecz zachodzą w nich określone procesy technologiczne, zmierzające do zmiany fizycznych, chemicznych i innego rodzaju właściwości substancji, a niepozostawienie substancji w niezmienionej formie jak przy magazynowaniu, nie wystarczy do zaprzeczenia, że są one zbiornikami w rozumieniu art. 3 pkt 3 u.p.b. (zob. wyroki NSA z 13.04.2022 r., III FSK 3495-3497/21 i III FSK 4251/21). Dlatego celnie konstatuje organ odwoławczy, że nawet więc jeżeli sporne zbiorniki są wykorzystywane do procesów technologicznych w ramach których dochodzi do przetwarzania oleju, to nie ulega wątpliwości, że ich cechą jest też magazynowanie tych olejów.
Nie można się zgodzić ze stanowiskiem skarżącej, że w tym wypadku nie jest możliwe kwalifikowanie analizowanego jako jednej budowli z uwagi na wyodrębnienie w niej części wzniesionych z różnych materiałów i w odmiennej technice, co ewentualnie pozwalałoby uznać za budowlę jedynie jej części budowlane. Faktycznie elementem definicji obiektu budowlanego wynikającym z art. 3 pkt 1 u.p.b., który stał się przedmiotem sporu, jest wymóg wzniesienia z użyciem wyrobów budowlanych. Pojęcie "wzniesienie" nie zostało zdefiniowane w prawie budowlanym. W językowym znaczeniu tego terminu oznacza "wybudowanie", tj. "stworzenie obiektu przez połączenie różnych elementów", "postawienie czegoś", "wykonanie obiektu posiadającego cechy obiektu budowlanego". Mając na względzie przepisy art. 3 pkt 6 i 7 u.p.b. (definicje budowy oraz robót budowlanych), wzniesieniem jest zarówno wykonanie obiektu budowlanego od podstaw na miejscu, jak też umieszczenie go (po wykonaniu poza miejscem budowy) w danym miejscu (montaż). Biorąc pod uwagę zakres normatywnej (podatkowej) definicji budowli, nie ma znaczenia to, że obiekt został zakupiony i przywieziony w miejsce montażu. "Montaż" jest pracą (robotą) budowlaną. Zgodnie z art. 3 pkt 7 u.p.b., pod pojęciem robót budowlanych należy rozumieć budowę, a także prace polegające na przebudowie, montażu, remoncie lub rozbiórce obiektu budowlanego. Niezależnie zatem od tego czy obiekt budowlany został wzniesiony od podstaw w miejscu przeznaczenia, czy też został w tym miejscu zamontowany (prace budowlane) jako w zasadzie kompletny, wytworzony wcześniej w zakładzie produkcyjnym, spełnia on wymóg "wzniesienia". Przepisy ustawy – Prawo budowlane nie uzależniają kwalifikacji obiektu od tego, jaką metodą jest on budowany. Stanowisko co do uznania czynności montażu gotowego wyrobu za mieszczącą się w pojęciu "wybudowanie" wzmacniają przykłady przytoczone expressis verbis w art. 3 pkt 3 u.p.b. Oprócz obiektów wznoszonych co do zasady w procesie budowlanym, takich jak mosty, estakady, tunele i inne, wymieniono tam również takie budowle, które ze swej istoty nie są wytwarzane na miejscu, lecz gdzie indziej, a następnie montowane, przykładowo - wolnostojące maszty antenowe, tablice bądź urządzenia reklamowe.
Zdaniem Sądu zawężająco postrzega też skarżąca pojęcie "wyrobu budowlanego", o którym mowa w art. 3 pkt 1 u.p.b.. Obejmuje on bowiem przetworzone materiały budowlane stosowane w całości lub części do wykonania obiektów budowlanych, jak też ich remontu bądź modernizacji, przez ich wykorzystanie na stałe w takim obiekcie. Wyrób budowlany stanowią zatem m.in. wyroby metalowe, jak rury, blachy ze stali i innych materiałów, kształtowniki (zob. wyrok NSA z listopada 2023 r., sygn. akt III FSK 4977/21, z 29 kwietnia 2026 r. sygn. akt III FSK 499/25). Należy zauważyć, że w definicji zamieszczonej w art. 2 pkt 1 rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 305/2011 z 9 marca 2011 r. ustanawiającego zharmonizowane warunki wprowadzania do obrotu wyrobów budowlanych i uchylającego dyrektywę Rady 89/106/EWG (Dz.Urz.UE.L 88, s. 5, ze zm., dalej: rozporządzenie 305/2011) wskazano, że "wyrób budowlany" oznacza każdy wyrób lub zestaw wyprodukowany i wprowadzony do obrotu w celu trwałego wbudowania w obiektach budowlanych lub ich częściach, którego właściwości wpływają na właściwości użytkowe obiektów budowlanych w stosunku do podstawowych wymagań dotyczących obiektów budowlanych. Przywołana definicja dowodzi, że o zaliczeniu wyrobu lub zestawu do kategorii wyrobów budowlanych decyduje cel, w którym został wyprodukowany i wprowadzony do obrotu, oraz właściwości wyrobu (zestawu). Celem tym jest trwałe wbudowanie w obiekcie budowlanym. Poza tym warto zaznaczyć, że rozporządzenie 305/2011 wskazuje na grupę wyrobów budowlanych "konstrukcyjne wyroby metalowe i wyroby pomocnicze".
W ocenie Sądu organ odwoławczy prawidłowo stwierdził, że organ I instancji błędnie założył, że zwolnieniu z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.ol., podlegają pozostające w użytkowaniu wieczystym całe działki ewidencyjne nr {...}i nr {...}o łącznej pow. {...}m2. Trafnie w swoim stanowisku organ odwoławczy odwołał się motywów uchwały NSA z 8 grudnia 2025 r. sygn. akt III FPS 3/25. Dodać trzeba, uzupełniając wywód przedstawiony przez organ odwoławczy w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, że zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. przedmiot opodatkowania podatkiem od nieruchomości stanowią grunty, a nie działki ewidencyjne. Skoro przedmiotem opodatkowania w rozumieniu w/w przepisu jest grunt, to z tej perspektywy jego powierzchnia winna wyznaczać zarówno podstawę opodatkowania od nieruchomości, jak też wyłączenie i zwolnienie z tej daniny, w takim zakresie, w jakim ten grunt jest faktycznie związany (zajęty, udostępniany, wykorzystywany) na prowadzenie preferowanej przez ustawodawcę działalności gospodarczej. Za powierzchnię, która związana jest z preferowaną przez prawodawcę funkcją/przeznaczeniem (jest zajęta na obiekty budowlane wchodzące w skład infrastruktury kolejowej) uznać należy grunty, na których zlokalizowane zostały obiekty wymienione w pkt 1-11 załącznika nr 1 do ustawy o transporcie kolejowym., powiększone o obszar koniecznej obsługi tychże obiektów, jak też części gruntu, które z uwagi na istniejącą infrastrukturę kolejową nie mogą być wykorzystane ze względów prawnych do realizacji innych celów. Powierzchnia ta niekoniecznie zatem odpowiadać musi faktycznym granicom geodezyjnym działki gruntu.
Zgodzić przychodzi się zatem z organem, że określenie zakresu zwolnienia na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. wymaga czynienie dodatkowych ustaleń. Brak jakichkolwiek ustaleń w tym względzie uniemożliwiało organowi odwoławczemu rozstrzygnięcie tej kwestii i przekraczało zarazem możliwości ich uzupełnienia we własnym zakresie w ramach postepowania z art. 229 O.p., gdyż pozbawiłoby stronę ewentualnej kontroli instancyjnej.
Sąd podziela także stanowisko organu odwoławczego, że organ podatkowy I instancji w sposób dowolny i arbitralny przesądził, że wszystkie 37 obiektów, wymienionych we wniosku Spółki, nie są instalacjami budynków w których się znajdują gdyż niedostatecznie wyjaśniono okoliczności, które determinują uznanie tych urządzeń i instalacji za niezbędne do ich prawidłowego funkcjonowania budynków zgodnie z przeznaczeniem. Według Spółki urządzenia i instalacje wskazane w pkt 5 wniosku o nadpłatę są elementami wewnętrznej infrastruktury technicznej budynków, niezbędnymi do ich prawidłowego funkcjonowania zgodnie z przeznaczeniem, na co przedstawia obszerną argumentację, w zasadzie do której organ I instancji się nie odniósł. Organ odwoławczy wyłuszczył jakie okoliczności, zostały przez organ I instancji pominięte w procesie kwalifikacji prawnopodatkowej spornych obiektów, eksponowane zresztą w odwołaniu. Pomimo zatem przeprowadzenia obszernego postępowania dowodowego w tym oględzin spornych obiektów, zgodzić się przychodzi z organem odwoławczym, że wyjaśnienia wymaga szereg okoliczności pozwalających na jednoznaczną ocenę jaką funkcję pełnią poszczególne instalacje, różnorodne przecież i liczne, a tym z samym zakres opodatkowania. Nie stanowi zatem naruszenia prawa, stwierdzenie przez organ odwoławczy konieczności uchylenia zaskarżonej decyzji i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania organowi I instancji w celu przeprowadzenie dodatkowego postępowania dowodowego w tym dopuszczenia dowodu z opinii biegłego (biegłych). Nie dysonując wiedzą specjalną np. techniczną, organ odwoławczy nie ma możliwości prawidłowego rozstrzygnięcia sporu co do sposobu wykorzystania i sposobów użytkowania poszczególnych urządzeń technicznych czy też instalacji objętych wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Dopiero prawidłowe ustalenie roli (funkcji) jakie pełnią te obiekty oraz charakteru i sposobu powiązania ich z budynkiem czy budowlą, umożliwi ich objęcie subsumcją prawną i określenie jako części budynku lub budowli. Stwierdzenie tych cech faktycznych jest konieczne gdyż stanowi podstawę do analizy prawnej.
Wykazane powyżej braki postępowania w zakresie wyjaśnienia okoliczności niezbędnych do kwalifikacji prawnopodatkowej w/w 37 obiektów, w tym nierozważenie sięgnięcia po dowód z opinii biegłego z zakresu budownictwa, w tym przypadku musi być uznany za brak wyczerpujący hipotezę przepisu art. 233 § 2 O.p. czyli nieprzeprowadzenie postępowania dowodowego w znacznej części. Pod postacią tej części postępowania może być rozumiany brak dowodu istotnego, znaczącego dla rozstrzygnięcia sprawy. Pomimo przeprowadzenia wielu dowodów, brak tego jednego dowodu stanowić będzie o konieczności uzupełnienia postępowania w znacznej części. Tak musi bowiem zostać ocenione nieprzeprowadzenie nawet jednego dowodu, jeżeli jego znaczenie dla sprawy jest przesądzające, zwłaszcza jeśli się zważy na liczbę i różnorodność obiektów (37), których sposób opodatkowania nadal nie został jednoznacznie wyjaśniony.
Odnosząc powyższe do okoliczności przedmiotowej sprawy stwierdzić przychodzi, że w świetle argumentacji organu odwoławczego przedstawionej w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji dostatecznie wykazano przesłanki do zastosowania takiej formy rozstrzygnięcia to jest konieczności przeprowadzenia przez organ podatkowy I instancji postępowania dowodowego w znacznej części. Wady postępowania przeprowadzonego przez organ I instancji są na tyle poważne, że nie jest możliwe ich sanowanie w trybie postępowania uzupełniającego, o którym mowa w art. 229 O.p. Co za tym idzie uznać należy, ze organ uzasadnił przekonywująco konieczność rozstrzygnięcia sprawy zgodnie z dyspozycją art. 233 § 2 O.p., którego naruszenie bezpodstawnie zarzuca się w skardze.
Wymaga nadto podkreślenia, że Sąd podziela stanowisko organu odwoławczego, że postępowanie o którym mowa w art. 75 § 4a O.p. zainicjowane, tak jak w niniejszej sprawie złożeniem przez podatnika wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest ograniczone treścią wniosku podatnika i zakresem dokonanej korekty. To postępowanie jest postępowaniem odrębnym od wszczynanego z urzędu postępowania w sprawie określenia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 21 § 3 O.p. Dysponentem tego postępowania jest wnioskodawca, a jego celem jest weryfikacja samoobliczenia podatku, zdaniem wnioskodawcy generującego nadpłatę, w zakresie jego żądania. W przypadku, gdy prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) budzi wątpliwości organu podatkowego, w decyzji stwierdzającej nadpłatę organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości, ale tylko w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. Sąd uważa, że jeżeli podatnik we wniosku o nadpłatę, zadeklaruje do opodatkowania przedmiot opodatkowania, w związku z którym nie wiąże powstanie nadpłaty (bo dotychczas nie był opodatkowany, a prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) budzi wątpliwości organu podatkowego to organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości, ale w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego. Naturalnie nie może nim objąć innych elementów konstrukcyjnych zobowiązania podatkowego, w szczególności tych, które dotychczas nie były deklarowane. Celem postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty jest wyjaśnienie wyłącznie kwestii nadpłaty żądanej przez podatnika. Z regulacji art. 75 § 4b O.p. wynika, że określenie wysokości zobowiązania podatkowego w decyzji stwierdzającej nadpłatę nie ogranicza możliwości wydania kompleksowej decyzji wymiarowej (w trybie art. 21 § 3 O.p.) w okresie późniejszym, o czym informuje się adresata w decyzji stwierdzającej nadpłatę (art. 75 § 4a O.p.). To w ramach tego ostatniego postępowania możliwa jest kompleksowa weryfikacja deklaracji podatkowej za dany okres podatkowy (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 kwietnia 2021 r. sygn. akt II FSK 3326/18). Słusznie zatem organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji skonstatował, że określanie przez organ I instancji (w decyzji) na podstawie art. 75 § 4a O.p zobowiązania od budowli nie wykazywanej dotychczas przez Spółkę do opodatkowania, jest nieuprawnione z tego względu, że zastępuje w istocie określenie podatku o którym mowa w art. 21 § 3 O.p. a to powinno mieć miejsce w odrębnym postępowaniu. W związku z tym bezprzedmiotowe są czynione niejako na marginesie rozważania organu odwoławczego, skądinąd słuszne, że sposób opodatkowania tego akurat obiektu (magazyn blaszany) wymagałby dokonania dalszych ustaleń faktycznych.
Reasumując, Sąd doszedł do przekonania, że skarżona decyzja odpowiada prawu i w szczególności nie została wydana z naruszeniem przepisów prawa procesowego czy też materialnego, wskazanych w skardze.
Z tych względów sąd skargę oddalił w myśl art. 151 p.p.s.a.