Organ odwoławczy odniósł się również do kwestii oceny, czy zobowiązania podatkowe, których dotyczy decyzja z 26 stycznia 2017 r., nie uległy przedawnieniu. Podniósł, że terminy przedawnienia zobowiązań za lipiec i sierpień 2014 r. powinny bowiem upłynąć 31 grudnia 2019 r. Ale ich bieg uległ zawieszeniu na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej w związku z wszczętym 23 lutego 2017 r. postępowaniem karnoskarbowym, o którego prowadzeniu Spółka została zawiadomiona 20 marca 2019 r. i nie zostało ono dotychczas zakończone; termin ten nadal pozostaje zawieszony, stosownie do art. 70 § 7 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Czynności, jakie podejmowano w toku śledztwa, które zrelacjonowano w decyzji z 15 lipca 2024 r., przemawiają za uznaniem, że nie wszczęto go "instrumentalnie" wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Zostało wszczęte wskutek podejrzenia popełniania przestępstwa karnego skarbowego, a materiały pozyskane z postępowania karno-skarbowego zostały włączone do akt sprawy podatkowej. Okres zawieszenia postępowania wystąpił również w związku z trwającym postępowaniem przed sądem administracyjnym, od 10 czerwca 2019 r. (data nadania skargi) do 8 kwietnia 2024 r. (data zwrotu akt organowi odwoławczemu wraz z odpisem prawomocnego wyroku), a to stosownie do art. 70 § 6 pkt 2 i art. 70 § 7 pkt 2 Ordynacji podatkowej. Bieg terminu przedawnienia odnośnie do zobowiązania za wrzesień 2014 r., z uwagi na przesłankę zawieszenia jego biegu, o której mowa w art. 70 § 6 pkt 2 w zw. art. 70 § 7 pkt 2 Ordynacji podatkowej, upłynie 29 października 2024 r. Na dzień wpłaty (29 sierpnia 2024 r.) zobowiązania podatkowe Spółki nie uległy zatem przedawnieniu.
W skardze wniesionej do tut. Sądu zaskarżonemu postanowieniu zarzucono naruszenie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) w zw. z art. 239 i art. 62 § 1 i 4 Ordynacji podatkowej, przez wadliwe uchylenie postanowienia organu pierwszej instancji z 6 listopada 2024 r. w przedmiocie zaliczenia wpłaty z 29 sierpnia 2024 r. i umorzenia postępowania wskutek uznania, że sprawa tej wpłaty została już rozstrzygnięta ostatecznym postanowieniem z 24 lipca 2019 r., domagając się jego uchylenia.
W przekonaniu Skarżącej, zgłoszone przez nią żądanie powinno być merytorycznie rozpatrzone. Sprawa dotycząca wpłaty z 29 sierpnia 2024 r. jest sprawą odrębną od tej, której dotyczyło postanowienie w sprawie zaliczenia wpłaty z 30 maja 2019 r. Wpłata z 30 maja 2019 r. została jej zwrócona 19 lipca 2024 r. Natomiast 29 sierpnia 2024 r. dokonano nowej wpłaty i w innej wysokości niż wcześniej. Postanowienie wydawane na podstawie art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej dotyczy zaliczenia konkretnej wpłaty. Dlatego wydanie przez organ pierwszej instancji 6 listopada 2024 r. postanowienia w przedmiocie zaliczenia wpłaty było zasadne i nie można go uznać za zbędne. Organ odwoławczy powinien rozpatrzyć zażalenie, a nie umarzać postępowanie. To, jaki wpływ wywiera nadal postanowienie z 24 lipca 2019 r., jest odrębnym zagadnieniem.
W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczas wyrażone stanowisko w sprawie.
Organ odwoławczy wskazał, że o wydaniu przez organ I instancji dwóch tożsamych orzeczeń w tej samej sprawie świadczy to, że uczestnikami obu postępowań zaliczeniowych jest Spółka, przedmiotem obu spraw jest zaliczenie wpłaty na poczet podatku VAT za lipiec 2014 r., zaległości w podatku VAT z tytułu zawyżonego zwrotu za lipiec 2014 r. i zaległości w podatku VAT z tytułu zawyżonego zwrotu za sierpień 2014 r. Stan prawny obu postępowań pozostaje identyczny. W obu postanowieniach ustalony został identyczny stan faktyczny - zobowiązanie w podatku VAT za lipiec i sierpień 2014 r. wynika z decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Rzeszowie z 26 stycznia 2017 r. Obie wpłaty zostały dokonane na poczet tożsamego okresu podatkowego. Nie można zatem zgodzić się ze Spółką, że postanowienia w sprawie zaliczenia dotyczą innych stanów faktycznych. Ponadto, w zaskarżonym postanowieniu nie wskazano, że kwestia wpłaty z 29 sierpnia 2024 r. została rozstrzygnięta w postanowieniu z 24 lipca 2019 r., ale że brak jest możliwości wydania ostatecznego orzeczenia w zwykłym trybie - w przedmiocie zaliczenia wpłaty z 29 sierpnia 2024 r. wynikających z decyzji z 26 stycznia 2017 r., ponieważ w obrocie prawnym istnieje już ostateczne postanowienie z 24 lipca 2019 r. w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości wynikających z decyzji z 26 stycznia 2017 r.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie zważył, co następuje:
Skarga zasługiwała na uwzględnienie, bowiem zaskarżone postanowienie zostało wydane z naruszeniem przepisów postępowania w stopniu mającym istotny wpływ na wynik sprawy w rozumieniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2024 r. poz. 935; dalej: "p.p.s.a.").
Organ odwoławczy uznał, że prowadzenie postępowania w sprawie zaliczenia wpłaty Spółki z 29 sierpnia 2024 r. było bezprzedmiotowe, ponieważ w obrocie prawnym funkcjonuje postanowienie NPUS z 24 lipca 2019 r. o zaliczeniu wpłaty Spółki z 30 maja 2019 r. na poczet zobowiązania podatkowego za lipiec i sierpień 2014 r., określonego w decyzji z 26 stycznia 2017 r. Wydanie postanowienia o zaliczeniu wpłaty z 29 sierpnia 2024 r. naruszyło zakaz ponownego orzekania w sprawie zakończonej ostatecznym rozstrzygnięciem i stanowiłoby podstawę do stwierdzenia nieważności takiego postanowienia na podstawie art. 247 § 1 pkt 4 w zw. z art. 219 Ordynacji podatkowej.
Sąd nie podziela tego stanowiska.
Istota postępowania odwoławczego (zażaleniowego) polega na ponownym rozpatrzeniu i rozstrzygnięciu sprawy podatkowej, która była przedmiotem rozpatrzenia i rozstrzygnięcia organu I instancji. Z przepisów art. 233 § 1 pkt 2) lit. a) w zw. z art. 239 Ordynacji podatkowej wynika, że organ odwoławczy wydaje postanowienie, w którym uchyla postanowienie organu pierwszej instancji w całości lub w części - i w tym zakresie orzeka co do istoty sprawy lub uchylając to postanowienie - umarza postępowanie w sprawie. Rozstrzygnięcie organu odwoławczego o umorzeniu toczącego się postępowania podejmowane jest w związku ze stwierdzoną na etapie postępowania odwoławczego (zażaleniowego) bezprzedmiotowością danego postępowania, w znaczeniu, jaki przyjmuje się na gruncie art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej lub niedopuszczalnością jego wszczęcia (por. art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej). Bezprzedmiotowość postępowania musi łączyć się z brakiem podstaw prawnych lub faktycznych do jego prowadzenia. Oznacza brak któregoś z elementów stosunku materialnoprawnego, skutkujący tym, że nie można załatwić sprawy przez rozstrzygnięcie jej co do istoty.
W stanie prawnym, w którym dokonano 29 sierpnia 2024 r. spornej wpłaty, przepis art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej, w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 26 maja 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 1059) stanowi, że jeżeli na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe z różnych tytułów, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet podatku zgodnie ze wskazaniem podatnika, a w przypadku braku takiego wskazania - na poczet zobowiązania podatkowego o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zobowiązań podatkowych podatnika. W przypadku gdy na podatniku ciążą zobowiązania podatkowe, których termin płatności upłynął, dokonaną wpłatę zalicza się na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności we wskazanym przez podatnika podatku, a w przypadku braku takiego wskazania lub braku zaległości podatkowej we wskazanym podatku - na poczet zaległości podatkowej o najwcześniejszym terminie płatności spośród wszystkich zaległości podatkowych podatnika. Natomiast w myśl art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej, w sprawie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości podatkowych, odsetek za zwłokę oraz kosztów upomnienia organ podatkowy, na wniosek podatnika, wydaje postanowienie, na które służy zażalenie.
Zaliczenie, o którym mowa w art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej, następuje z mocy prawa, z dniem dokonania wpłaty, zgodnie z przepisami obowiązującymi w chwili dokonania wpłaty, także co do odsetek od zaległości podatkowej (zob. art. 53 § 1 i art. 55 § 1 - 2 Ordynacji podatkowej). Postanowienie organu podatkowego, o którym mowa w art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej, ma charakter jedynie deklaratywny (informacyjny; por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego o sygn. II FSK 1439/11, II FSK 1252/15, I FSK 2290/15, II FSK 2452/18). W aktualnym stanie prawnym jest wydawane wyłącznie na wniosek podatnika. Skutki określone w art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej następują także wtedy, gdy postanowienie o zaliczeniu nie zostanie wydane. Wpłata może być zaliczona tylko na poczet zobowiązania/zaległości nieprzedawnionej, którą to okoliczność organ podatkowy obowiązany jest uwzględnić z urzędu.
Jak trafnie zauważono w zaskarżonym postanowieniu, aby nastąpiło zaliczenie, o którym mowa w art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej, muszą wystąpić dwa elementy: 1) wpłata oraz 2) zaległość podatkowa wraz z odsetkami za zwłokę lub odsetki za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek lub koszty upomnienia lub bieżące zobowiązania. Wprawdzie, na co zwrócono uwagę w zaskarżonym postanowieniu, postanowienie Naczelnika Podkarpackiego Urzędu Skarbowego z 30 maja 2019 r. w sprawie zaliczenia wpłaty jest ostateczne i pozostaje w obrocie prawnym, to jednak po jego wydaniu uległy istotnej zmianie okoliczności faktyczne, które stanowiły podstawę jego wydania, które nie mogły pozostać przez organ podatkowy nieuwzględnione. Wpłata Spółki z 30 maja 2019 r. została bowiem jej zwrócona 19 lipca 2024 r., przez co zdezaktualizował się skutek tej wpłaty, o którym mowa w art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej. Funkcjonowanie w obrocie prawnym postanowienia o zaliczeniu wpłaty, która została zwrócona, nie odzwierciedla więc stanu faktycznego i prawnego, w którym zostało wydane, w szczególności w zakresie skutku wygaszającego zobowiązanie podatkowe. Nie ulega bowiem wątpliwości, że taki akt administracyjny potwierdza okoliczności, które nie mają już miejsca. Postanowienie to utraciło swoje znaczenie prawne (nie zaświadcza już o zarachowaniu wpłaty na poczet zobowiązania podatkowego), czego organ odwoławczy – choć prawidłowo określił oba warunki zaliczenia, już nie uwzględnił. Od chwili zwrotu wpłaty zdezaktualizował się jeden z warunków zarachowania wpłaty i ustały skutki prawne związane z taką wpłatą. Natomiast dokonana przez Spółkę 29 sierpnia 2024 r. wpłata wywołała ponownie skutki określone w art. 62 § 1 Ordynacji podatkowej, które – jak już zaznaczono – wystąpiły z mocy prawa. Postanowienie, którego oczekiwała Spółka, miało tylko w deklaratywny sposób potwierdzić skutki dokonanej wpłaty. Nawet gdyby nie zostało wydane, to skutek materialnoprawny określony w przepisach i tak by wystąpił. To, że w obrocie prawnym pozostaje postanowienie organu z 24 lipca 2019 r., nie miało przecież żadnego znaczenia dla istnienia zobowiązania podatkowego Spółki, ani nie miało wpływu na jej prawo do dokonania kolejnej wpłaty nawiązującej do tego zobowiązania i decyzji organu odwoławczego 15 lipca 2024 r. Nie świadczyło ani o bezprzedmiotowości postępowania w sprawie zaliczenia wpłaty, ani o jego dopuszczalności, ponieważ oba ww. warunki ponownie zostały spełnione. Funkcjonowanie w obrocie prawnym postanowienia z 24 lipca 2019 r. nie oznacza, że odnośnie do skutków wpłaty z 29 sierpnia 2024 r. należy przyjąć wystąpienie braku któregoś z elementów stosunku materialnoprawnego skutkującego tym, że nie można załatwić sprawy przez rozstrzygnięcie jej co do istoty i należy je umorzyć na podstawie (w związku z) art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej.
Nie można pominąć prawidłowego wskazania Spółki, że obie wpłaty, choć dotyczą tych samych zobowiązań podatkowych, to jednak zostały zrealizowane w innych okolicznościach faktycznych mających znaczenie prawne, w innym czasie i w innej kwocie. W takich okolicznościach nie można było przyjąć, jak to uczynił organ odwoławczy, że zachodziła tożsamość obu postępowań w sprawie zaliczenia wpłaty, o której mowa w art. 247 § 1 pkt 4 Ordynacji podatkowej. W przedstawionych okolicznościach nie zachodziła bezprzedmiotowość lub niedopuszczalność wydania postanowienia na żądanie Spółki w związku z wpłatą z 29 sierpnia 2024 r. W świetle art. 133 § 1 i art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej, legitymuje się ona interesem prawnym w jego wydaniu. Pojawiła się natomiast, dostrzeżona przez organ odwoławczy, konieczność podjęcia działań prawnych wobec postanowienia z 24 lipca 2019 r., których dotychczas nie podjęto. Jego wyeliminowanie z obrotu prawnego może okazać się również niezbędne z tego powodu, że rozliczając wpłatę Spółki organ pierwszej instancji wypowiedział się już odnośnie do okresów odsetkowych, których nie powinien obecnie - bez wyeliminowania postanowienia z 24 lipca 2019 r. - przyjmować w innych przedziałach czasowych, niż już to uczynił. Spółka w zażaleniu podnosiła bowiem zastrzeżenia odnośnie do okresu związanego z czasem trwania postępowania kontrolnego, o którym mowa w ustawie z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej; regulacja art. 24 ust. 5 ustawy o kontroli skarbowej miała charakter szczególny wobec art. 54 § 1 Ordynacji podatkowej w tym znaczeniu, że przewidywała dodatkowy przypadek wyłączający możliwość naliczania odsetek za zwłokę.
W świetle powyższego zaskarżone postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, jako wydane z naruszeniem art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) w zw. z art. 239 i art. 217 § 2 Ordynacji podatkowej, podlegało uchyleniu przez Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a., ponieważ wskazane przez organ odwoławczy powody nie świadczą o bezprzedmiotowości postępowania w sprawie zaliczenia wpłaty Spółki z 29 sierpnia 2024 r.
Rozpoznając ponownie sprawę w postępowaniu zażaleniowym organ odwoławczy uwzględni stanowisko Sądu wyrażone w uzasadnieniu i rozpatrzy zażalenie Spółki. W razie uznania za konieczne podejmie również niezbędne środki prawne, które pozostają w jego kompetencjach wynikających z art. 248 § 2 pkt 1 i art. 13 § 1 pkt 2 lit. a) i § 3 Ordynacji podatkowej, aby postanowienie z 24 lipca 2019 r. o zaliczeniu wpłaty z 30 maja 2019 r. zostało wyeliminowane z obrotu prawnego z uwagi na to, że istotnej zmianie uległy okoliczności faktyczne, w których je wydano. Rozstrzygnięcie to pozostaje poza granicami sprawy sądowoadministracyjnej, o których mowa w art. 134 § 1 p.p.s.a., więc Sąd w niniejszym postępowaniu nie mógł objąć go kontrolą na podstawie art. 135 p.p.s.a. Dodatkowej analizy wymagać będzie także podniesiona przez Spółkę w zażaleniu kwestia ustalenia okresów, za które nie nalicza się odsetek, ponieważ nie została ona dotychczas przez organy rozważona. Konieczne stanie się również uwzględnienie, z uwagi na treść art. 152 § 1 p.p.s.a., skutków wyroku tut. Sądu o sygn. I SA/Rz 507/24 w kontekście źródła zobowiązania podatkowego Spółki. Decyzja wymiarowa z 15 lipca 2024 r. została bowiem uchylona, a jej skutki prawne wstrzymane. Zobowiązane podatkowe Spółki nie wynika zatem z ostatecznej decyzji, lecz ze złożonych przez Spółkę deklaracji podatkowych (por. art. 99 ust. 1 i 12 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług oraz art. 21 § 1 pkt 1 i §2-3a Ordynacji podatkowej), gdyż decyzja wymiarowa organu I instancji nie podlega jeszcze wykonaniu (por. art. 239a Ordynacji podatkowej), chyba że dobrowolnemu przez podatnika, ponieważ z przedłożonych Sądowi akt sprawy nie wynika, aby decyzji wymiarowej z 26 stycznia 2017 r. został nadany rygor natychmiastowej wykonalności.
O kosztach postępowania, które obejmują zwrot wpisu od skargi w kwocie 100 zł, postanowiono na podstawie art. 200 i art. 205 § 1 p.p.s.a.
Skarga została rozpoznana przez Sąd na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym, stosownie do art. 119 pkt 3 p.p.s.a.