Ustosunkowując się do pytania nr 5 wnioskodawcy stwierdzili, że w związku z ponoszeniem wydatków ogólnych, związanych z całościowym funkcjonowaniem Spółki (opisane jako grupa nr 3), Grupie VAT będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT z zastosowaniem proporcji, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, przy zastosowaniu wzoru wskazanego w opisie zdarzenia przyszłego to jest w oparciu o kryterium wartości obrotu.
Podkreślili wnioskodawcy, że w opisanym zdarzeniu przyszłym, gdy Gmina wraz ze Spółką utworzą Grupę VAT, w przypadku wydatków związanych z ogólną działalnością Spółki, możliwe będzie przyporządkowanie czynności do konkretnego członka grupy VAT – czyli do Spółki. W związku z tym wskazany w art. 90 ust. 10d ustawy o VAT mechanizm jednego prewspółczynnika dla całej grupy nie będzie miał w tym przypadku zastosowania. Odliczenia VAT należałoby zatem dokonywać według prewspółczynnika ustalonego dla Spółki.
W związku z powyższym, zdaniem wnioskodawców, w przypadku wydatków zakwalifikowanych do grupy nr 3 znajdzie zastosowanie proporcja, o której mowa w art. 90 ust. 10c ustawy o VAT w zw. z art. 86ust. 2e i 2g ustawy o VAT – tzn. ustalona w oparciu o dane konkretnego członka Grupy VAT (tj. Spółki) i odnosząca się do całokształtu działalności Spółki.
W ocenie wnioskodawcy w analizowanej sprawie mamy do czynienia z członkiem Grupy VAT prowadzącym działalność gospodarczą w kilku całkowicie różnych sektorach działalności. Sektory z uwagi na specyfikę różnią się m.in. zakresem sprzedaży opodatkowanej VAT i pozostającej poza zakresem opodatkowania VAT. Z uwagi na odmienność i różnorodność świadczonych przez Spółkę usług zasadnym i najbardziej racjonalnym podejściem wydaje się wyodrębnienie poszczególnych sektorów działalności skupiających czynności o zbliżonym charakterze i wykorzystujące te same zasoby oraz infrastrukturę ustalenie proporcji odrębnie dla każdego z tych sektorów. Celem wspomnianego wyodrębnienia działalności jest wprowadzenie zasady ustalania wartości proporcji dla poszczególnych sektorów działalności realizowanej przez jednego członka grupy VAT tak, aby jak najbardziej rzetelnie odzwierciedlić wykorzystanie zakupionych towarów i usług do transakcji dających prawo do odliczenia. Wnioskodawca wydzielił pewne sektory działalności Spółki, które charakteryzują się swoistą odrębnością i są od siebie niezależne zarówno pod kątem przedmiotu, jak i zakresu działalności. Wszystkie te sektory są jednak niejako "obsługiwane" przez administrację Spółki która również ponosi szereg wydatków. Nie można tych wydatków przyporządkować do konkretnych sektorów działalności Spółki tak więc w tym przypadku przy ustalaniu zakresu odliczenia podatku naliczonego Spółka korzystać będzie z proporcji wyliczonej jako udział rocznego obrotu netto z całej działalności gospodarczej Spółki (suma całej sprzedaży na rzecz podmiotów zewnętrznych) w rocznym obrocie netto Spółki zawierającym zarówno sprzedaż na rzecz podmiotów zewnętrznych, jak i czynności niepodlegających VAT (co do zasady są to czynności wykonywane na rzecz członków Grupy VAT czyli na rzecz Gminy oraz jej jednostek organizacyjnych).
W przekonaniu Wnioskodawców, prewspółczynnik obliczony w ten sposób dla wydatków z grupy nr 3 spełnia warunki określone w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT, ponieważ obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą (prowadzoną poprzez Spółkę) oraz na cele inne niż ta działalność gospodarcza. Porównanie obrotów z transakcji zewnętrznych do sumy obrotów Spółki (obrotów niepodlegających opodatkowaniu VAT i transakcji zewnętrznych) zdaniem wnioskodawców dokładnie odzwierciedla, jaka jest struktura wykorzystania ponoszonych wydatków do czynności opodatkowanych.
W tym właśnie przypadku znajdują zastosowanie zasady ustalania prewspółczynnika dla całej działalności członka Grupy VAT. Są one bowiem związane z funkcjonowaniem tej jednostki jako całości, a nie z jej konkretnymi działaniami. Tego rodzaju wydatki (np. wydatki na materiały biurowe, środki czystości, media, administrację, księgowość itp.) wykorzystywane są bowiem faktycznie w każdym aspekcie działalności Spółki. W tego typu przypadkach nie ma faktycznej możliwości przyporządkowania poszczególnych wydatków do odpowiadających im rodzajów działalności Spółki. Trudno w tym przypadku o bardziej naturalny sposób ustalania proporcji, która bardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez Spółkę działalności i dokonywanych nabyć o których mowa w grupie nr 3. Taki zaś warunek dla sposobu ustalania proporcji narzuca ustawodawca w art. 86 art. 2a ustawy o VAT.
Podkreślili także autorzy wniosku, że Spółka w tym przypadku nie ma możliwości zastosowania metod ustalania proporcji, o których mowa w art. 86 ust. 2c pkt 1, 2 oraz 4 ustawy o VAT, gdyż nie dysponuje odpowiednimi danymi w zakresie liczby pracowników ani liczby godzin roboczych ani średniorocznej powierzchni przeznaczonych do wykonywania działalności podlegającej opodatkowaniu VAT oraz do czynności innych niż działalność gospodarcza (niepodlegająca opodatkowaniu VAT). W związku z tym ich zdaniem zaprezentowana metoda jest najbardziej reprezentatywna, adekwatna i miarodajna. Zaproponowany sposób wyliczenia proporcji w zasadzie oparty jest na metodzie wskazanej w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT ustalanej w oparciu o roczny obrót podatnika. Grupa VAT (a technicznie Spółka) nie ma również możliwości zastosowania wzoru opisanego w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT ponieważ odnosi się on do całego rocznego obrotu podatnika a nie do rocznego obrotu konkretnego członka Grupy VAT. Spółka bazując właśnie na tym wzorze postanowiła go zmodyfikować, tak aby jak najlepiej można było przyporządkować wydatki związane z prowadzoną przez nią działalnością do uzyskiwanych przez Spółkę przychodów.
Wnioskodawcy zaznaczyli, że Spółka przy konstruowaniu prewspółczynnika nie uwzględniła "dotacji, subwencji i dopłat o podobnym charakterze", bowiem przy wyliczaniu prewspółczynnika w oparciu o dane za 2024 tego rodzaju przychody w działalności Spółki nie wystąpiły. Jeżeli natomiast tego rodzaju przychody by wystąpiły, wówczas zostałyby one uwzględnione w kalkulacji proporcji, zastrzegając, ze w praktyce jest to bardzo mało prawdopodobne. Spółka jest bowiem podmiotem prawa publicznego (spółka z ograniczoną odpowiedzialnością) i utrzymuje się jedynie z własnej działalności gospodarczej. Oczywiście, w zależności od sektora działalności przychody otrzymywane przez nią pochodzą również od Gminy oraz jej jednostek zależnych (np. jednostek budżetowych takich jak szkoły, przedszkola czy ośrodek pomocy społeczne) ale na pewno nie można ich kwalifikować jako dotacji czy subwencji. Są to przychody ze świadczenia usług oraz dostaw towarów i rozliczane są na takich samych zasadach jak inne czynności i transakcje realizowane przez podmioty prowadzące działalność gospodarczą.
W związku z powyższym zaproponowana metoda ustalania proporcji będzie wyliczana w oparciu o przychody Spółki osiągane z realizowanej przez nią działalności w różnych sektorach, a nie w oparciu o przychody całej Grupy VAT, bowiem prewspółczynnik odnosi się wyłącznie do działalności Grupy VAT, która jest realizowana wyłącznie przez Spółkę. Jeżeli zdarzyłaby się sytuacja, że Gmina (lub jej jednostka organizacyjna) poniosłaby wydatek związany z działalnością z grupy nr 3, wówczas dokonałaby odliczenia podatku VAT z zastosowaniem tej proporcji. W związku z powyższym indywidualnie ustalona proporcja w zakresie wydatków zakwalifikowanych do tzw. grupy nr 3 jest proporcją odnoszącą się do całokształtu działalności Spółki (tj. członka Grupy VAT).
W konsekwencji zdaniem Wnioskodawców do odliczenia podatku VAT od wydatków związanych z ogólną działalnością Spółki (grupa nr 3) Grupa VAT będzie mogła zastosować wyżej wskazaną proporcję obrotową. Zaproponowana metoda spełnia bowiem przesłanki określone w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT tzn. zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza.
Analogiczne stanowisko zajęli wnioskodawcy w zakresie pytania nr 6, uznając, że w przypadku wydatków związanych z działalnością całej grupy VAT i brakiem możliwości przyporządkowania poniesionego wydatku do konkretnego członka Grupy VAT oraz braku możliwości przyporządkowania wydatków w całości do konkretnego rodzaju działalności (t.j. do czynności opodatkowanych, zwolnionych i niepodlegających opodatkowaniu VAT), Grupie VAT będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT z zastosowaniem prewspółczynnika wyliczonego w oparciu o udział rocznej sprzedaży netto ze wszystkich rodzajów działalności Grupy VAT które podlegają opodatkowaniu VAT (suma całej sprzedaży podlegającej opodatkowaniu) w rocznej sprzedaży netto ze wszystkich rodzajów działalności Grupy VAT, zarówno tych podlegających opodatkowaniu VAT, jak i czynności które nie podlegają VAT.
W takim przypadku do odliczenia podatku VAT znajdzie zastosowanie prewspółczynnik wyliczony dla całej grupy VAT, o którym mowa w art. 90 ust. 10d w zw. z art. 86 ust. 2g ustawy o VAT.
Dyrektor KIS w skarżonej Interpretacji indywidualnej z dnia 28 listopada 2025 r. uznał stanowisko Gminy przedstawione we wniosku częściowo za prawidłowe (w zakresie pytania nr 1,2,3 i 6 oraz za częściowo za nieprawidłowe (w zakresie pytania nr 4 i 5).
Organ interpretacyjny przytoczył oraz omówił mające zastosowanie w sprawie przepisy ustawy o VAT oraz skonstatował, że w okolicznościach analizowanej sprawy Gmina oraz Spółka będą spełniać warunki wymagane do utworzenia Grupy VAT, w rozumieniu art. 15a ust. 1 ustawy o VAT. Zgodził się także z wnioskodawcami, ze w przypadku utworzenia Grupy VAT – dostawy oraz usługi świadczone wewnątrz Grupy VAT nie będą stanowiły transakcji dla celów VAT, o czym stanowi art. 8c ust. 1 ustawy o VAT. Czyli dostawa towarów lub świadczenie usług wewnątrz grupy nie będą opodatkowane podatkiem VAT. Dostawy towarów i świadczenie usług dokonywane pomiędzy podmiotami należącymi do tej samej Grupy VAT nie stanowią czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT. Oznacza to, że wykonywane pomiędzy członkami Grupy VAT czynności nie podlegają fakturowaniu oraz nie są wykazywane w deklaracjach składanych przez Grupę VAT. W związku z powyższym w przedmiotowej sprawie nie będzie obowiązku wystawiania faktur oraz wykazywania w składanym przez Grupę VAT pliku JPK transakcji dokonywanych pomiędzy podmiotami tworzącymi Grupę VAT.
Organ wyjaśnił, ze Grupa VAT ma prawo do odliczenia podatku naliczonego na zasadach wskazanych w ustawie, tj. w zakresie, w jakim zakupione towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem VAT. Jeśli towary i usługi nabywane przez Grupę VAT są wykorzystywane zarówno do sprzedaży opodatkowanej podatkiem VAT, jak i do sprzedaży zwolnionej od podatku VAT wykonywanej przez tę Grupę VAT, jest ona zobowiązana do przyporządkowywania dokonywanych zakupów do tych dwóch rodzajów (zasada alokacji bezpośredniej).
Podkreślił organ, że jak wynika z wniosku, przed utworzeniem Grupy VAT, Gmina dokonywała odliczania VAT według prewspółczynników, o których mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, ustalonych odrębnie dla poszczególnych jednostek organizacyjnych Gminy – nie było jednego wspólnego (uśrednionego) prewspółczynnika dla Gminy jako jednego podatnika VAT. Jednocześnie, Spółka przed utworzeniem Grupy VAT do odliczenia podatku VAT nie stosowała prewspółczynnika, o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT ani wskaźnika struktury sprzedaży, o którym mowa w art. 90 ust. 2 o VAT. W konsekwencji, przed przystąpieniem do Grupy VAT, Spółka dokonywała pełnego odliczenia podatku VAT od dokonywanych nabyć. Spółka obecnie (tzn. przed przystąpieniem do Grupy VAT) świadczy usługi na rzecz Gminy oraz podmiotów zewnętrznych, które są dokumentowane fakturami. Po utworzeniu Grupy VAT nadal będzie świadczyła te same usługi na rzecz tych samych grup podmiotów.
Analizując przedstawione we wniosku okoliczności sprawy na tle przywołanych przepisów prawa, organ interpretacyjny stwierdził, że przedstawiony przez wnioskodawców sposób określenia proporcji w tym konkretnym przypadku odnoszący się do działalności wodno-kanalizacyjnej (grupa nr 1) może zostać uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć. Wskazana metoda będzie zapewniała dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane. Proporcja ta uwzględnia bowiem dokładną ilość m3 wody dostarczanej i ścieków odprowadzanych z poszczególnych rodzajów działalności. Sposób kalkulacji jest precyzyjny oraz oparty na obiektywnych kryteriach. Tym samym, wskazany sposób kalkulacji prewspółczynnika będzie odzwierciedlał w jakim stopniu Infrastruktura będzie wykorzystywana do działalności gospodarczej, a w jakim do działalności innej niż gospodarcza. Grupie VAT będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków (zarówno inwestycyjnych, jak i bieżących) związanych z działalnością opisaną jako grupa nr 1 za pomocą rzeczywistego prewspółczynnika opartego na kryterium ilości wody dostarczonej oraz ścieków odprowadzonych i oczyszczonych w ramach transakcji zewnętrznych podlegających VAT, w sumie ilości wody dostarczonej oraz ścieków odprowadzonych i oczyszczonych w ramach ogółu wszystkich transakcji/zużyć (tj. zarówno transakcji zewnętrznych podlegających VAT i potrzeb własnych Gminy niepodlegających VAT).
Organ stwierdził, że Spółka realizując czynności w ramach działalności związanej z utrzymaniem czystości i porządku (grupa 2) nie będzie bezpośrednio wykorzystywała ich do wykonywania czynności niepodlegających opodatkowaniu, lecz czynności wchodzące w skład grupy 2 będą służyły tej działalności poprzez wykonywanie tych czynności (niepodlegających opodatkowaniu) przez Gminę. W ten sposób pośrednio również Gmina będzie korzystała z czynności związanych z utrzymaniem porządku i czystości do działalności gospodarczej i do działalności niepodlegającej opodatkowaniu.
Oznacza to, że wydatków ponoszonych na realizację czynności wchodzących w skład grupy 2 nie da się przyporządkować do konkretnego członka Grupy VAT, a zatem w celu dokonywania odliczeń podatku naliczonego od wydatków związanych z działalnością związaną z utrzymaniem czystości i porządku (grupa 2) służącą zarówno działalności opodatkowanej wykonywanej przez Grupę VAT jak i działalności niepodlegającej opodatkowaniu tym podatkiem, należy ustalić prewspółczynnik Grupy VAT. Skoro czynności wykonywane w ramach wskazanej grupy 2 realizowane będą zarówno na rzecz Gminy, jak i na rzecz podmiotów zewnętrznych i jak wskazano powyżej nie będzie możliwości przypisania wydatków do konkretnego członka Grupy VAT (np. Gminy) to należy przyjąć, że zastosowanie powinien znaleźć prewspółczynnik przyjęty dla rozliczeń całej Grupy VAT.
W ocenie organu metody jakie zamierza Grupa VAT stosować w zakresie prowadzonej działalności gospodarczej związanej z sektorem/grupą 2 nie odpowiadają żadnemu wskazanemu przez ustawodawcę wariantowi określonemu w art. 86 ust. 2c ustawy o VAT. Jak zauważył, propozycja z ustawy – zgodnie z art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT – wykorzystuje następujące dane: roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza. Zatem metoda ta obejmuje roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika, przy czym chodzi tu o całą działalność podatnika, tj. całą Grupę VAT a nie jej poszczególne sektory, grupy działalności. Zaproponowany we wniosku wzór do wyliczenia prewspółczynnika dla grupy nr 2 nie będzie obejmować takich przychodów, będzie obejmować obroty/przychody związane z poszczególną grupą/sektorem działalności, a nie całej Grupy VAT.
W konsekwencji, zdaniem organu, sposób określenia proporcji dla Grupy nr 2 zaproponowany we wniosku nie może zostać uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć. Wnioskodawcy nie przedstawili przesłanek pozwalających na stwierdzenie, że przedstawiony sposób będzie gwarantował, że zakres wykorzystywania do działalności gospodarczej nabywanych towarów i usług będzie odzwierciedlony w sposób obiektywny i pełny. Wręcz przeciwnie, przedstawiony sposób nie jest w pełni obiektywny i nie jest w stanie precyzyjnie odzwierciedlić stopnia wykorzystania wydatków do działalności gospodarczej oraz do działalności innej niż gospodarcza. Przedstawiony we wniosku prewspółczynnik pokazuje wyłącznie wartość obrotu z działalności polegającej na utrzymaniu porządku i czystości, który osiąga jeden członek Grupy VAT - Spółka w rocznym obrocie związanym z tą działalnością. Tymczasem, jak już wcześniej wskazano, po utworzeniu Grupy VAT, działalność prowadzona w powyższym zakresie nie może zostać przypisana wyłącznie do Spółki jako członka Grupy VAT, lecz staje się ona działalnością wykonywaną przez Grupę VAT jako całość (Spółkę wraz z Gminą). Niezasadne jest więc uwzględnianie w proponowanym prewspółczynniku wyłącznie obrotów osiąganych przez jednego członka Grupy VAT (Spółkę) a nie przez całą Grupę VAT, która w istocie taką działalność wykonuje.
Zdaniem organu proponowany prewspółczynnik Spółki nie odzwierciedla specyfiki działalności Grupy VAT, a tym samym, nie będzie zapewniać dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej Grupy VAT czynności opodatkowane. Proponowany prewspółczynnik nie odnosi się do całokształtu działalności ani Spółki, ani tym bardziej Grupy VAT. Do wydatków poniesionych w zakresie prowadzonej działalności gospodarczej związanej z grupą 2 (które to wydatki, jak wynika z opisu sprawy, będą służyć do wykonywania czynności opodatkowanych oraz do działalności wykonywanej poza zakresem podatku VAT, a bezpośrednie przyporządkowanie tych zakupów w całości do działalności gospodarczej, nie będzie możliwe oraz jak wskazano powyżej nie będzie możliwości przyporządkowania dokonywanych zakupów do danego członka Grupy VAT) należy stosować prewspółczynnik Grupy VAT.
Podkreślił przy tym organ, że w pierwszym roku funkcjonowania Grupy VAT, w myśl art. 86 ust. 2e ustawy o VAT, Grupa VAT ustala prewspółczynnik szacunkowo i zawiadamia o tym naczelnika urzędu skarbowego. W konsekwencji, nie będzie Grupie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego od wydatków mieszanych (zarówno inwestycyjnych, jak i bieżących) związanych z działalnością opisaną jako grupa nr 2 za pomocą rzeczywistego prewspółczynnika przy zastosowaniu wskazanego we wniosku wzoru.
Odnosząc się natomiast do metody ustalenia prewspółczynnika dla sektora/grupy 3 – działalności ogólnej związanej z funkcjonowaniem Spółki, organ zaznaczył, że we wniosku wskazano, że ta grupa wydatków dotyczy ogólnych kosztów funkcjonowania Spółki, które nie dają się przyporządkować do żadnej z wcześniej wymienionych działalności. Są to wszelkiego rodzaju koszty administracyjne takie jak artykuły biurowe, papiernicze, sanitarne, środki trwałe i wyposażenie pomieszczeń biurowych oraz administracyjnych, media związane z tymi pomieszczeniami oraz wszelkie inne rodzaje wydatków określane jako koszty ogólne (w tym zarząd i księgowość). Tego typu wydatki dotyczą całej działalności Spółki. Są one więc związane zarówno z działalności opodatkowaną, jak i działalnością zwolnioną (jeżeli taka wystąpi) oraz czynnościami, które pozostawać będą poza zakresem ustawy (czynności takie pojawią się po zawiązaniu Grupy VAT). Nie da się więc do nich zastosować alokacji bezpośredniej w przypadku podatku naliczonego i konieczne będzie odliczenie VAT przy zastosowaniu prewspółczynnika.
Organ wyjaśnił, że skoro - jak wskazano powyżej - proponowany prewspółczynnik dla grupy nr 2 nie będzie odzwierciedlał specyfiki działalności Grupy VAT, to prewspółczynnik dla działalności ogólnej związanej z funkcjonowaniem Spółki tym bardziej nie będzie odzwierciedlony w sposób obiektywny i pełny.
Jednocześnie odnosząc się do metody ustalenia prewspółczynnika dla sektora/grupy 3 – działalności ogólnej związanej z funkcjonowaniem Spółki i ponoszenia kosztów ogólnych, tj. koszty administracyjne takie jak artykuły biurowe, papiernicze, sanitarne, środki trwałe i wyposażenie pomieszczeń biurowych oraz administracyjnych, media związane z tymi pomieszczeniami oraz wszelkie inne rodzaje wydatków (w tym zarząd i księgowość), organ zauważył, że tego rodzaju wydatki obecnie ponoszone przez Spółkę są przecież związane z działalnością całej Grupy VAT, a nie tylko Spółki.
Biorąc to wszystko pod uwagę organ stwierdził, że w zaproponowanych we wnioskach sposobach określenia prewspółczynników dla sektorów/grup 2 i 3 istnieje możliwość, że nieuwzględnienie wszystkich rodzajów czynności wykonywanych przez Spółkę spowoduje, iż proporcje te nie będą w możliwie najdokładniejszym stopniu uwzględniać specyfiki działalności Spółki, a tym samym zastosowane proporcje będą nieprawidłowe.
W konsekwencji, sposób określenia prewspółczynników dla sektorów/grup 2 i 3 zaproponowany wniosku, nie może zostać uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć. Wnioskodawcy nie przedstawili przesłanek pozwalających na stwierdzenie, że przedstawione sposoby będą gwarantowały, że zakres wykorzystywania do działalności gospodarczej nabywanych towarów i usług będzie odzwierciedlony w sposób obiektywny i pełny. Wręcz przeciwnie, przedstawione sposoby obliczenia prewspółczynników nie są w pełni obiektywne i nie są w stanie precyzyjnie odzwierciedlić stopnia wykorzystania wydatków do działalności gospodarczej oraz do działalności innej niż gospodarcza.
Proponowane prewspółczynniki nie odzwierciedlają specyfiki działalności Grupy VAT, a tym samym, nie będą zapewniać dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej Grupy VAT czynności opodatkowane.
Proponowane prewspółczynniki dla poszczególnych sektorów/grup Grupy VAT nie odnoszą się do całokształtu działalności Grupy VAT. Do wydatków poniesionych w zakresie prowadzonej działalności gospodarczej związanej z Grupą 2 i 3, należy stosować prewspółczynnik Grupy VAT, a nie pojedynczego jej członka czy sektora/grupy.
Organ zwrócił uwagę, że sposób określenia proporcji wprowadzony przepisami art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, nie przewiduje możliwości odrębnego liczenia współczynnika proporcji dla każdego sektora/grupy działalności prowadzonej przez podatnika. Proponowane ustalenie sposobu określenia proporcji odnoszące się do poszczególnych sektorów/grup działalności utworzonej Grupy VAT mogłoby doprowadzić do sytuacji, w której w ramach jednego podatnika funkcjonowałoby równolegle kilka sposobów określenia prewspółczynnika, a mnogość sposobów określenia proporcji, wykreowanych w sposób przedstawiony we wniosku spowodowałaby, że odliczenie podatku naliczonego byłoby nieczytelne.
Dodatkowo zaznaczył organ, że wnioskodawcy nie wskazali żadnych innych alternatywnych metod liczenia prewspółczynników dla porównania i wskazania różnic, aby móc ocenić zasadność wyboru zaproponowanych prewspółczynników i aby potwierdzić, że zaproponowane metody są najbardziej reprezentatywne i odpowiadają specyfice prowadzanej działalności. Podkreślił, że proponowane metody nie mogą być "najłatwiejsze" do wyliczenia, ale muszą obiektywnie odzwierciedlać zakres, w jakim nabywane towary i usługi są wykorzystywane do działalności opodatkowanej. Zatem, w powyższych przypadkach, ustalając wysokość odliczenia podatku VAT Grupa VAT winna stosować prewspółczynnik przyjęty dla rozliczeń całej Grupy VAT.
Zgodził się natomiast organ z wnioskodawcami co do zakresu prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z działalnością całej Grupy VAT przy braku możliwości przyporządkowania poniesionego wydatku do konkretnego członka Grupy VAT z zastosowaniem prewspółczynnika wyliczonego dla całej Grupy VAT, przy zastosowaniu przedstawionego w opisie sprawy wzoru (pytanie nr 6). Według tego wzoru w liczniku będzie znajdowała się roczna sprzedaż netto ze wszystkich rodzajów działalności Grupy VAT, które podlegają opodatkowaniu VAT (suma całej sprzedaży podlegającej opodatkowaniu), natomiast w mianowniku będzie znajdowała się roczna sprzedaż netto ze wszystkich rodzajów działalności Grupy VAT, zarówno tych podlegających opodatkowaniu VAT, jak i czynności które nie podlegają VAT.
Zgodził się organ z wnioskodawcami, że po utworzeniu Grupy VAT podatek naliczony od zakupów towarów i usług związanych z ogólną działalnością gospodarczą Grupy VAT może być rozliczany prewspółczynnikiem wyliczonym według metody, o której mowa w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT, który będzie wyliczany według przedstawionego we wniosku wzoru i w kalkulacji prewspółczynnika dla ogólnej działalności Grupy VAT będą ujmowane wszelkie czynności zarówno opodatkowane, zwolnione, jak i niepodlegające opodatkowaniu podatkiem VAT, wykonywane przez Grupę VAT (nie ma czynności, które nie byłyby ujmowane w kalkulacji prewspółczynnika) oraz dotacje i subwencje i/lub dopłaty o podobnym charakterze zostaną uwzględnione w kalkulacji proporcji.
Według organu Grupa VAT będzie zobowiązana do stosowania prewspółczynnika VAT, o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy, przyjętego dla rozliczeń całej Grupy VAT (tzw. prewspółczynnika grupowego) oraz proporcji obliczonej dla Grupy VAT, na podstawie art. 90 ust. 1 i następne ustawy o VAT. Tym samym, Grupie będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT z zastosowaniem prewspółczynnika wyliczonego dla całej Grupy VAT z zastosowaniem wzoru wskazanego w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy oraz z zastosowaniem wskaźnika struktury sprzedaży dla całej Grupy VAT wyliczonego, zgodnie z art. 90 ust. 3 oraz ust. 10d ustawy o VAT. Zaznaczył jednakże, że w pierwszym roku funkcjonowania Grupy VAT, będzie ona ustalała ten prewspółczynnik szacunkowo.
W skardze do tut Sądu na opisaną wyżej interpretację indywidualną Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 28 listopada 2025 r. o nr 0114-KDIP4-1.4012.459.2025.2.MK w części uznającej stanowisko własne w zakresie pytań nr 4 i 5 Grupa VAT, za pośrednictwem fachowego pełnomocnika - doradcy podatkowego zarzuciła naruszenie:
1. przepisów prawa materialnego:
1) błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie art. 90 ust. 10c ustawy o VAT w zw. z art. 86 ust. 2e i 2g, oraz z art. 90 ust. 10d w zw. z art. 86 ust. 2e i 2g ustawy o VAT poprzez nieprawidłowe uznanie przez organ interpretacyjny, że działalności wykonywanych przez Spółkę w ramach poszczególnych Grup (2,3) nie da się przypisać do konkretnego członka Grupy VAT, zatem do odliczenia podatku VAT należy stosować prewspółczynnik dla całej Grupy VAT, a nie dla konkretnego członka Grupy VAT;
2) art. 86 ust. 1 w zw. z art. 86 ust. 2a, art. 86 ust. 2b oraz z art. 86 ust. 2c ustawy o VAT poprzez zakwestionowanie prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu sposobu określenia proporcji wskazanego przez skarżącą we wniosku o wydanie Interpretacji i uznanie, że sposób ten jest nieprawidłowy, gdyż m.in.:
- stosowanie zaproponowanych przez podatnika metod odliczenia nie zapewnia obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane czynności opodatkowane,
- proponowane prewspółczynniki Spółki jako członka Grupy VAT nie odnoszą się do całokształtu działalności ani Spółki, ani tym bardziej Grupy VAT,
- organ podatkowy stwierdził, że w analizowanej sprawie nie ma możliwości zastosowania indywidualnego sposobu określenia proporcji (prewspółczynnika) dla poszczególnych sektorów działalności z zastosowaniem kryterium przychodowego, z uwagi na fakt, że zaprezentowane przez podatnika proporcje nie są liczone zgodnie ze wzorem zawartym w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT, przy jednoczesnym zezwoleniu na ustalenie odrębnej proporcji dla działalności wodno-kanalizacyjnej, która to nie jest zgodna z żadną z wymienionych metod w art. 86 ust. 2c ustawy o VAT,
- argumentacja Grupy VAT nie zawiera wskazania dostatecznych powodów, dla których przedstawione metody przychodowe najbardziej odpowiadają specyfice prowadzonej przez skarżącą działalności, wykonywanej za pośrednictwem członka Grupy VAT - t.j. Spółki,
- skarżąca nie przedstawiła wiarygodnych przesłanek pozwalających na stwierdzenie, że przedstawiony sposób będzie gwarantował, że zakres wykorzystywania do działalności gospodarczej nabywanych towarów i usług będzie odzwierciedlony w sposób obiektywny i pełny;
- skarżąca nie wskazała żadnych innych alternatywnych metod liczenia prewspółczynników dla porównania i wskazania różnic aby móc ocenić prawidłowość zasadności wyboru zaproponowanych prewspółczynników, aby potwierdzić, że zaproponowane metody są najbardziej reprezentatywne;
3) naruszenie przepisu art. 86 ust. 2a ustawy o VAT w zw. z art. 173 ust. 2 Dyrektywy 112 poprzez jego błędną wykładnię bowiem organ wskazał, że przepis ten nie przewiduje możliwości odrębnego liczenia proporcji w odniesieniu do różnych sektorów działalności podatnika, podczas gdy jednocześnie organ zgodził się na zastosowanie indywidualnej proporcji dla działalności wodno-kanalizacyjnej;
2. przepisów prawa procesowego:
1) naruszenie przepisu art. 14c § 1 i § 2 oraz art. 121 § 1 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r., poz. 111 - t.j. ze zm., dalej: O.p.):
a. nie odniesieniu się do całości przedstawionej przez skarżącą argumentacji oraz nie dokonaniu wyczerpującego uzasadnienia prawnego oceny stanowiska skarżącej, a w szczególności na całkowitym pominięciu orzecznictwa przytoczonego przez skarżącą w zaskarżonej Interpretacji i nie odniesienie się do niego w żaden sposób;
b. dokonaniu nieprawidłowej analizy zdarzenia przyszłego, co miało istotny wpływ na wydane rozstrzygnięcie, bowiem przyjęte przez organ stanowisko, doprowadziło do nieuprawnionego uznania, że nie będzie możliwości przyporządkowania dokonywanych zakupów związanych z działaniami opisanymi w grupach 2-3 do danego członka Grupy VAT, gdzie we wniosku zostało jasno wskazane, że czynności te wykonywane będą przez spółkę;
c. poprzez dokonanie rozstrzygnięcia częściowo w oderwaniu od przepisów ustawy o VAT będących istotą sporu, a częściowo zaniechaniu dokładnej ich wykładni, czego skutkiem był brak pełnego, sformułowanego zgodnie zobowiązującymi przepisami uzasadnienia prawnego Interpretacji.
Wywodząc powyższe skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej Interpretacji w całości oraz o zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm prawem przepisanych.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor KIS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczas wyrażone stanowisko.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie zważył, co następuje:
Na wstępie należy wskazać, że zgodnie z art. 1 §1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024r. poz. 1267, ze zm.) sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej.
Na mocy art. 3 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2024r. poz. 935 dalej: p.p.s.a.) - sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na pisemne interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach (art. 3 § 2 pkt 4a p.p.s.a.).
Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a.
W myśl art. 57a p.p.s.a. skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Z powyższych przepisów wynika, że sąd administracyjny rozpoznając skargę na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego uprawniony jest jedynie do kontroli interpretacji indywidualnych w aspekcie zarzutów i podstaw zaskarżenia. Zatem może tylko kontrolować, czy wskazane w skardze przepisy zostały naruszone przez organ interpretacyjny i to w sposób określony w skardze. Nie może więc podjąć się z własnej inicjatywy poszukiwania naruszeń prawa, które nie zostały wskazane w skardze. Należy jednak podkreślić, że w świetle art. 145 § 1 p.p.s.a. nie każde naruszenie przepisów prawa materialnego czy procesowego skutkuje uwzględnieniem skargi i uchyleniem zaskarżonego aktu, ale jedynie takie naruszenie tych przepisów, które miało charakter istotny, to jest mający wpływ na treść rozstrzygnięcia.
Istotą interpretacji indywidualnej przepisów prawa podatkowego jest stwierdzenie czy wnioskodawca prawidłowo postrzega, jakie skutki prawnopodatkowe, na gruncie określonych przepisów prawa podatkowego, wywołuje przedstawiony przez niego stan faktyczny/zdarzenie przyszłe. Postępowanie w sprawie wydania interpretacji indywidualnej jest jednak postępowaniem szczególnym, do którego nie mają bezpośredniego zastosowania inne (poza wskazanymi w ustawie) przepisy Ordynacji podatkowej, w szczególności nie obejmuje ono postępowania dowodowego, które może być prowadzone w toku kontroli podatkowej, czy postępowania podatkowego lub czynności sprawdzających. Tym samym organ wydający interpretację indywidualną nie może badać, w sensie merytorycznym, sprawy podatkowej, wynikającej z przytoczonego we wniosku opisu stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego. Postępowanie interpretacyjne może się zatem opierać wyłącznie na stanie faktycznym/zdarzeniu przyszłym wyczerpująco przedstawionym przez wnioskodawcę i tylko w stosunku do tak określonego stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego wyrażana jest ocena prawna, tak przez samego podatnika, jak i przez organ.
Intencją skarżącej składającej wniosek aplikacyjny w niniejszej sprawie w zakresie pytań nr 4 i 5 było potwierdzenie przez organ interpretacyjny prawidłowości proponowanego przez nią indywidualnego sposobu wyliczenia prewspółczynnika do wydatków mieszanych to jest odnoszących się zarówno do czynności opodatkowanych jak i nieopodatkowanych związanych z działalnością opisaną jako grupa/sektor nr 2 (działalność w zakresie utrzymania i porządku czystości) i 3 (wydatki ogólne na poziomie członka Grupy VAT – Spółki) opartego na metodzie obrotowej stanowiącej modyfikacje proporcji wskazanej w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT, ale w odniesieniu do rocznego obrotu w danym zakresie działalności konkretnego członka Grupy VAT to jest Spółki. Jakkolwiek Sąd nie podziela w całej rozciągłości argumentacji wskazanej w uzasadnieniu skarżonego aktu i w tym zakresie należałoby uznać niektóre zarzuty skargi za uzasadnione, niemniej jednak w ostatecznym rozrachunku, Sąd zgadza się z organem interpretacyjnym, że oferowane przez skarżącą sposoby wyliczenia proporcji w zakresie wyodrębnionych grup/sektorów działalności (nr 2 i 3), nie mogą zostać uznane za najbardziej odpowiadające specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć oraz obiektywnie odzwierciedlające stopnia wykorzystania wydatków do działalności gospodarczej oraz do działalności innej niż gospodarcza. Stanowisko organu w tym zakresie, odnoszące do sedna zagadnień przedstawionych przez Wnioskodawcę w pytaniach nr 4 i 5, w ramach zakreślonych wyżej granic kontroli sądowej, należało uznać za prawidłowe w związku z czym skarga podlegała oddaleniu.
Nie jest w sprawie kwestionowane, że Spółka, która w zakresie działalności w ramach grupy/sektora nr 2 prowadziła dotąd wyłącznie działalność gospodarczą na podstawie wyłącznie czynności opodatkowanych, po utworzeniu Grupy VAT z Gminą, w zakresie usług świadczonych na rzecz Gminy będzie wykazywała czynności wewnątrz Grupy VAT, nie podlegające opodatkowaniu. Działalność Spółki, która realizuje zadania własne Gminy o charakterze użyteczności publicznej, zawiera się w ramach dwóch podstawowych, wyodrębnionych segmentach/grupach, to jest w zakresie działalności wodno-kanalizacyjnej (grupa nr 1) oraz utrzymania porządku i czystości na terenie Gminy (grupa nr 2). Organ interpretacyjny zaaprobował (uznał za prawidłowy) przedstawiony przez wnioskodawców sposób określenia proporcji odnoszący się do działalności wodno-kanalizacyjnej. Stwierdził, że oferowana przez skarżąca metoda oparta na kryterium ilości wody dostarczonej oraz ścieków odprowadzonych i oczyszczonych w ramach transakcji zewnętrznych podlegających VAT, w sumie ilości wody dostarczonej oraz ścieków odprowadzonych i oczyszczonych w ramach ogółu wszystkich takich transakcji/zużyć uwzględnia dokładną ilość m3 wody dostarczanej i ścieków odprowadzanych z poszczególnych rodzajów działalności, oparta jest na obiektywnych kryteriach, bo odzwierciedla w jakim stopniu infrastruktura wodno-kanalizacyjna będzie wykorzystywana do działalności gospodarczej, a w jakim do działalności innej niż gospodarcza.
Jednocześnie jednak organ zakwestionował możliwość stosowania odrębnego sposobu proporcji w odniesieniu do działalności Spółki z grupy/sektora nr 2, między innymi w oparciu o argumentację, że przepis art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, nie przewiduje możliwości odrębnego liczenia współczynnika proporcji dla każdego sektora/grupy działalności prowadzonej przez podatnika. Według organu proponowane przez skarżącą ustalenie sposobu określenia proporcji odnoszące się do poszczególnych sektorów/grup działalności utworzonej Grupy VAT mogłoby doprowadzić do sytuacji, w której w ramach jednego podatnika funkcjonowałoby równolegle kilka sposobów określenia prewspółczynnika, a mnogość sposobów określenia proporcji, wykreowanych w sposób przedstawiony we wniosku spowodowałaby, że odliczenie podatku naliczonego byłoby nieczytelne. Z takim stanowiskiem jednak nie można się zgodzić, jest zresztą niespójne z uzasadnieniem organu podanym w części niezaskarżonej tej samej interpretacji indywidualnej, a nawet sprzeczne z nią. Kierując się logiką i argumentacją organu, opartą o założenie dopuszczalności jednego tylko sposobu liczenia proporcji w praktyce danego podatnika (albo członka Grupy VAT) należałoby przyjąć, że zaakceptowany przez organ sposób liczenia proporcji oparty o kryterium dostarczanej wody/odbieranych ścieków powinien być brany pod uwagę przy liczeniu proporcji w odniesieniu do wydatków mieszanych w przypadku pozostałego zakresu prowadzonej działalności ,w tym wypadku działalności w zakresie utrzymania porządku i czystości w Gminie, co oczywiście jest niedorzeczne.
W tym zakresie rację należy przyznać stronie skarżącej, której stanowisko doznaje wsparcia w jednolitym w tej kwestii orzecznictwie sądów administracyjnych. Podkreśla się w nim, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego jest podstawowym i fundamentalnym prawem podatnika, wynikającym z samej konstrukcji VAT, w związku z czym sposób określenia proporcji powinien prowadzić do jak najlepszego odzwierciedlenia tego, w jaki sposób zakupy służące całości jego aktywności służą sprzedaży podlegającej opodatkowaniu, a w jaki sposób - pozostałemu rodzajowi sprzedaży. W związku z tym nie ma przeszkód prawnych, aby w odniesieniu do wydatków na konkretną działalność gospodarczą prowadzoną przez daną gminę, jako podatnika VAT, stosować odrębnie wyliczony współczynnik proporcji odliczeń, jeśli będzie on stanowił bardziej reprezentatywny w danym przypadku sposób określenia owej proporcji. Podkreśla się też, że cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają taką wykładnię art. 86 ust. 2a, ust. 2b i ust. 2h ustawy o VAT, która dopuszcza możliwość określenia proporcji odliczenia podatku naliczonego w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez daną gminę. W obowiązujących od 1 stycznia 2016 r. przepisach ustawy o VAT, dotyczących określania proporcji odliczenia podatku naliczonego w przypadku wykonywania działalności o charakterze mieszanym, ustawodawca – mając na względzie różnorodność czynności dokonywanych przez podatnika – nie narzucił w tym względzie jakichkolwiek rozwiązań czy schematów, których stosowanie miałoby być obligatoryjne. Nawet tam, gdzie ustawodawca dopuszcza możliwość ustalenia konkretnego wzoru w drodze rozporządzenia, podatnikowi (gminie) pozostawiono swobodę i możliwość rozliczenia VAT według proporcji bardziej reprezentatywnej dla prowadzonej przez nią działalności i dokonywanych nabyć towarów i usług. Podejście takie uwzględnia bowiem złożoną strukturę działań realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego i urzeczywistnia jej uprawnienie - jako także podatnika VAT - do wyboru metody najbardziej reprezentatywnej, pozwalając na poszukiwanie klucza odpowiadającego specyfice realizowanej działalności i dokonywanych nabyć, a w rezultacie na odliczenie podatku naliczonego w proporcji możliwie najbardziej odpowiadającej związkowi zakupów z działalnością opodatkowaną (zob. np. wyrok NSA z 18 lipca 2019 r., sygn. akt I FSK 939/18).
Tak więc gminie jako jednostce samorządu terytorialnego i jednocześnie podatnikowi VAT, pozostawiono swobodę i możliwość rozliczenia podatku według proporcji bardziej reprezentatywnej dla prowadzonej przez nią działalności sektorowej i dokonywanych w jej ramach nabyć. Nie oznacza to wszak dowolności w odliczeniu, bowiem metoda ustalenia prewspółczynnika musi bowiem odpowiadać kryteriom przewidzianym w art. 86a ust. 2a-2b ustawy o VAT, które stanowią w istocie odzwierciedlenie i rozwinięcie fundamentalnej dla podatku VAT zasady neutralności w odniesieniu do działalności o charakterze mieszanym.
Wynikające z art. 86 ust. 2b tej ustawy, powiązanie zakresu dopuszczalnego odliczenia podatku z rzeczywistym rozmiarem prowadzonej działalności gospodarczej świadczy o konieczności zapewnienia przy określaniu prewspółczynnika neutralności podatku VAT w możliwie najpełniejszym, w danych warunkach, stopniu. Niezależnie od sposobu sformułowania samych wymogów stawianych proporcji odliczenia, nie można tracić z pola widzenia, że interpretacja analizowanych unormowań musi odbywać się w świetle całej regulacji zawartej w art. 86, która formułuje prawo do odliczenia jako element konstrukcji podatku urzeczywistniający zasadę neutralności VAT. Cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają więc wykładnię ww. przepisów dopuszczającą możliwość określenia proporcji odliczenia w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez gminę. Podejście takie uwzględnia złożoną strukturę działań realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego i urzeczywistnia uprawnienie podatnika do wyboru metody najbardziej reprezentatywnej, pozwalając na poszukiwanie klucza odpowiadającego specyfice realizowanej działalności i dokonywanych nabyć, a w rezultacie na odliczenie podatku w proporcji możliwie najbardziej odpowiadającej związkowi zakupów z działalnością opodatkowaną (zob. np. wyroki NSA z dnia 26 czerwca 2018 r., sygn. akt I FSK 219/18 , z dnia 5 grudnia 2025 r. sygn. akt I FSK 708/25).
Jeżeli zatem dany podmiot prowadzi działalność gospodarczą w kilku różnych sektorach działalności, o zróżnicowanej specyfice, w ramach których występują różne zakresy sprzedaży opodatkowanej VAT i pozostającej poza zakresem opodatkowania VAT jako racjonalne jawi się wyodrębnienie poszczególnych takich sektorów działalności, skupiających czynności o zbliżonym charakterze i wykorzystujących te same zasoby oraz infrastrukturę a następnie ustalenie proporcji odrębnie dla każdego z tych sektorów.
Taki tok rozumowania prowadzi do wniosku, że w sytuacji, gdy dana jednostka organizacyjna prowadzi różne formy aktywności gospodarczej, dla każdej z nich można ustalić stosowny podatek naliczony podlegający odliczeniu w oparciu o stosowny współczynnik (wzór) szczególny dla tej działalności, najbardziej odpowiadający jej specyfice i dokonywanych zakupów (zob. np. wyrok NSA z dnia 30 kwietnia 2021 r., sygn. akt I FSK 1491/18).
Niezależnie jednak od tego, że organ w powyższym zakresie błędnie interpretuje przepisy art. 86a ust. 2a-2b ustawy o VAT co do prawa doboru indywidualnej metody liczenia proporcji w odniesieniu do wyodrębnionej sfery działalności danego podmiotu, to jednak ma rację odmawiając skarżonej prawa do stosowania sposobu liczenia proporcji dedykowane we wniosku do działalności Spółki w ramach grupy/segmentu nr 2 to jest opisanej we wniosku działalności w zakresie utrzymania czystości i porządku w Gminie. Skarżąca zaproponowała sposób liczenia proporcji w odniesieniu do wydatków mieszanych powiązanych z tego rodzaju czynnościami w oparciu o prewspólczynnik stosowany do członka Grupy VAT w tym wypadku Spółki. Organ słusznie wskazuje jednak skarżącej, że działalność w zakresie, w tym samym segmencie, prowadzi także Gmina, chociażby organizując i nadzorując system odbioru odpadów komunalnych i wykonując inne zadania wynikające przykładowo z ustawy z dnia 13 września 1996 r. o utrzymaniu czystości i porządku w gminach (t. jedn. z 2021 r. poz. 888). Zatem tego typu wydatki (w sektorze utrzymania i czystości) dotyczą nie tylko działalności jednego członka Grupy VAT (tu: Spółki), ale całej Grupy VAT bo są to wydatki, związane z całokształtem takiej działalności prowadzonej przez Grupę VAT. Nie można ich przyporządkować do konkretnego członka grupy VAT, w związku z czym zastosowanie znajdzie wskazany w art. 90 ust. 10d ustawy o VAT mechanizm jednego prewspółczynnika dla całej grupy (tzw. prewspółczynnik grupowy).
Poza tym, w ocenie Sądu, nie tylko to błędne założenie świadczy o wadliwości proponowanej przez skarżącą metodologii wyliczenia proporcji w zakwestionowanym przez organ zakresie.
Przypomnieć należy, że myśl art. 86 ust. 2b ustawy o VAT sposób określenia proporcji powinien:
- zapewniać dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane,
– obiektywnie odzwierciedlać część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza,
Stosownie do art. 86 ust. 2c ustawy o VAT przy wyborze sposobu określenia proporcji można wykorzystać w szczególności następujące dane:
1) średnioroczną liczbę osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością;
2) średnioroczną liczbę godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością;
3) roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza;
4) średnioroczną powierzchnię wykorzystywaną do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością.
Jak już wyżej wyjaśniono z treści art. 86 ust. 2a ustawy o VAT nie wynika obowiązek stosowania wyłącznie jednej proporcji, byleby zastosowana proporcja uwzględniała zarówno działalność, do której wykorzystuje nabyte towary i usługi (specyfika działalności), jak i rodzaj tych nabyć (specyfika nabycia). Niemniej jednak specyfikę działalności należy rozumieć szerzej aniżeli pojmuje ją skarżąca. Oczywiście "specyfikę" tę należy w pierwszej kolejności odnosić do konkretnej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika, ale znaczenie ma także w jakich warunkach działalność ta jest prowadzona. W przypadku doboru klucza podziału opartego na kryterium obrotowym znaczenie ma także uzyskiwanie przez podatnika różnych dopłat do tej działalności, co jest specyfiką jednostek samorządu terytorialnego. Tymczasem sytuacja, zwłaszcza finansowo-prawna, Gminy realizującej zadania własne, w tym wypadku związane ze świadczeniem usług w zakresie utrzymania czystości i porządku odbiega od pozycji klasycznego przedsiębiorcy.
W przepisie art. 86 ust. 2c ustawy o VAT ustawodawca przewidział przykładowo obliczane prewspólczynniki dla rożnego rodzaju działalności, oparte na różnych kryteriach (danych). Oferowany przez skarżącą sporny prewspółczynnik do działalności ujętej w grupie 2 nawiązuje do sposobu określonego w pkt 3 w/w przepisu i przewiduje, że przy wyborze współczynnika mogą zostać wykorzystane dane w postaci rocznego obrotu z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza. Co ważne wzór opisany w art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT odnosi się do całego rocznego obrotu podatnika, w tym wypadku całej Grupy VAT, a nie do rocznego obrotu konkretnego członka Grupy VAT.
Ze względu na przyjęte kryterium do kalkulacji prewspółczynnika to jest wykazywany obrót, godzi się zauważyć, że działalność w zakresie utrzymania i porządku prowadzi m.in. w oparciu o zlecenia Gminy (oraz podmiotów zewnętrznych) drugi członek Grupy VAT czyli Spółka, i to ona odnotowuje bezpośrednio przychody z tego tytułu lub wykazuje wielkość obrotu w tym zakresie z Gminą, który pozostaje poza zakresem VAT. Niemniej jednak to nie tylko Spółka wykazuje przychody powiązane z tą sferą działalności Spółki, bowiem Gmina jako jednostka samorządu terytorialnego otrzymuje subwencję ogólną związaną z realizacją jej zadań własnych, w tym w zakresie utrzymania i porządku Gminie. Poza tym to również Gmina może być beneficjentem dotacji związanych z tym zakresem zadań własnych. Przy przyjęciu założonego przez skarżącą kryterium obliczenia proporcji należało uwzględnić taką specyfikę działalności zarówno Gminy jak i Spółki, co oznacza, że skarżąca wadliwie przyjęła możliwość przyjęcia w omawianym zakresie prewspólczynnika indywidualnego w odniesieniu do danego członka grupy VAT to jest Spółki a nie całej Grupy VAT jak słusznie stwierdził organ interpretacyjny i niezasadnie pominęła w mianowniku tej proporcji inne dopłaty takie jak np. subwencje i dotacje.
Tak więc w przedmiotowej sprawie do istoty sporu należy prawo skarżącej do zastosowania prewspólczynnika indywidualnie określonego dla Spółki w zakresie segmentu działań nr 2 kalkulowanego wzorem zawartym we wniosku, opartym na metodzie przychodowej (obrotowej). Proponowana proporcja polega na zestawieniu rocznego obrotu netto Spółki z działalności polegającej na świadczeniu usług w zakresie utrzymania czystości i porządku z podmiotami zewnętrznymi, a więc w ramach działalności gospodarczej do rocznego obrotu netto z całości działalności związanej ze świadczeniem tych usług a więc z podmiotami zewnętrznymi i na rzecz grupy VAT.
Zgodzić się należy z organem interpretacyjnym, że taka metoda kalkulacji pomija możliwość otrzymania innych przychodów związanych z wykonywaniem tych usług, jak wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o takim charakterze, tak jak to przyjmuje przepis art. 86 ust. 2c pkt 3 ustawy o VAT.
Organ słusznie wskazał, że w takim przypadku nie wytłumaczyła skarżąca dlaczego zgłoszona przez nią propozycja proporcji nie uwzględnia właśnie takiego elementu i z jakich powodów oddaje specyfikę prowadzonej działalności lepiej aniżeli wzór przewidziany w tym przepisie.
Należy podkreślić, że istnieje ryzyko, że pominięcie tego rodzaju przychodów w oferowanej przez skarżącą proporcji spowoduje zaniżenie przychodów z działalności nieopodatkowanej (nie podlegającej VAT, wykonywanej na rzecz drugiego członka Grupy VAT), i sprawi, że proporcja ta nie będzie w możliwie najdokładniejszym stopniu uwzględniać strukturę przychodów Grupy VAT.
Należy zauważyć, że w związku z czynnościami wykonywanymi przez Spółkę w omawianym zakresie na rzecz Gminy, co będzie stanowiło realizacje zadań własnych Gminy, otrzymuje ona subwencję, a nie można tez wykluczyć, że otrzyma określoną dotację, które ewidentnie stanowić będą przychód z takiej działalności całej Grupy VAT.
Już tylko zestawienie przez organ interpretacyjny metodologii wyliczenia prewspółczynnika oferowanej przez skarżącą we wniosku o udzielenie interpretacji z treścią metodologii proponowanej przez ustawodawcę w przepisie art. art. 86 ust.2c pkt 3 ustawy o VAT pozwala na uznanie, że metoda oferowana przez skarżąca nie jest najbardziej miarodajna jak tego wymaga art. 86 ust. 2a ustawy o VAT. Ustawodawca w przepisie art. 86 ust. 2c ustawy o VAT w kolejnych punktach od 1 do 4 wskazuje przykładowe klucze podziału podatku naliczonego od wydatków mieszanych między działalność opodatkowaną i nieopodatkowaną i jak już wskazano podatnik może posłużyć się innym kluczem podziału (np. ilość wody dostarczonej/odebranych ścieków). Zdaniem jednak Sądu, decydując się na klucz na konkretny klucz podziału wymieniony w ustawie winien zachować wszystkie wskazane przez ustawodawcę elementy kształtujące taką proporcję. Pewną wskazówką interpretacyjną jest to, że ustawodawca podając jako przykładowy sposób kalkulacji prewspółczynnika w oparciu o kryterium przychodowe wyraźnie przewidział w wartości obrotu rocznego z działalności opodatkowanej i nieopodatkowanej takie właśnie elementy przychodu typowe dla jednostek samorządu terytorialnego. Oczywiście ustawodawca nie wykluczył sięgnięcie po inne metody kalkulacji prewspółczynnika, oparte na innych mierzalnych i obiektywnych kryteriach. Przyjęcie metody przychodowej bez uwzględnienia wskazanych wyżej dopłat do danej działalności realizowanej przez Gminę i Spółkę jako członków Grupy VAT pomija ten swoisty charakter działalności nie tylko Spółki, ale całej Grupy VAT w zakresie działalności z grupy 2. Jeżeli kluczem podziału ma być przychód związany z daną działalnością, to podatnik (w tym wypadku Grupa VAT) stosując prewspółczynnik musi uwzględniać w mianowniku proporcji całkowity obrót związany z danym rodzajem działalności obejmujący wszelkie dopłaty w tym subwencje i dotacje.
Odnosząc się do twierdzeń skargi podkreślenia wymaga, że akceptacja przez organ interpretacyjny indywidualnej metody kalkulacji prewspółczynnika do jednej ze sfer działalności Spółki jako członka Grupy VAT, nie wyklucza odmowy uznania za miarodajną innej metodologii oferowanej przez Wnioskodawcę do innej wyodrębnionej sfery działalności Spółki, opartej na odmiennym kryterium (kluczu podziału).
Już tylko z podanych wyżej względów, to jest braku możliwości przyporządkowania wydatków mieszanych na tę grupę/segment działalności wyłącznie do jednego z członków Grupy VAT, w tym wypadku Spółki, wobec błędnych założeń przy konstrukcji proporcji dla grupy/sektora działalności Spółki opisanej we wniosku jako nr 3, nie można było uznać za prawidłową proporcję oferowaną w stanowisku własnym do pytania nr 5. Adekwatność w tym zakresie zachowują uwagi Sądu co do konsekwencji czy powinności podatnika przy konstruowaniu metody podziału w oparciu o kryterium przychodowe.
Reasumując, Sąd uznał za niezasadne zarzuty naruszenia prawa materialnego wskazane w skardze. W ocenie Sądu organ interpretacyjny pomimo częściowo błędnego uzasadnienia dostatecznie jasno wyjaśnił skarżącej zasadność przesłanek, którymi kierował się w swojej ocenie negatywnej, przedstawiając odpowiednią argumentację.
Sąd nie znalazł także podstaw do uwzględnienia zarzutów naruszenia przepisów procedury związanej z wydawaniem swoistych aktów jakimi sa interpretacje indywidualne przepisów prawa podatkowego. Jeszcze raz podkreślić należy, że obowiązki organu z zakresie zakreślonym przez przepisy art. 121 § 1 w zw. z art. 14h i w zw. z art. 14c § 1 i 2 O.p. sprowadzają się m.in. do przedstawienia oceny stanowiska własnego wnioskodawcy oraz uzasadnienia prawnego tej oceny. Organ powinien więc wyjaśnić wnioskodawcy zasadność przesłanek, którymi kierował się w swojej ocenie, musi przedstawić odpowiednią argumentację, ale tylko w zakresie zakreślonym granicami zagadnienia (pytania) przedstawionego we wniosku. Bynajmniej nie chodzi o to, żeby organ przekonał wnioskodawcę do swoich racji, lecz o danie jej jasnej odpowiedzi na pytanie (zagadnienie) przedstawione we wniosku. Zasady wzbudzania zaufania strony do organów podatkowych nie można rozumieć jako postulatu akceptacji przedstawionego przez nią stanowiska, jeśli organ interpretacyjny powołuje się na argumenty dostatecznie przemawiające za zajęciem przez niego stanowiska odmiennego.
Podstawą oddalenia skargi w części zaskarżonej interpretacji jest przepis art. 151 p.p.s.a.