Zdaniem organu, jest on uprawniony do własnej oceny istnienia podatnika, do samodzielnego rozstrzygania o skuteczności dokonanych zgłoszeń aktualizacyjnych.
Organ zwrócił przy tym uwagę na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego sygn. I FPS 3/23.
W przekonaniu organu, "Konsekwencją złożenia skutecznego oświadczenia o wypowiedzeniu udziału w dwuosobowej spółce cywilnej jest bowiem rozwiązanie tej spółki, ponieważ nie może ona istnieć z udziałem tylko jednego wspólnika."
Na rozprawie [...] września 2025 r. sąd dopuścił dowody z dokumentów dołączonych do skargi, dotyczących okoliczności przedstawionych w jej uzasadnieniu (czynności podejmowanych w związku ze śmiercią J. C., działalności spółki, postępowania podatkowego prowadzonego w sprawie odmowy wykreślenia spółki cywilnej z rejestru podatników VAT).
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie zważył, co następuje:
Skarga zasługuje na uwzględnienie, gdyż kontrolowana czynność organu nie jest zgodna z prawem.
Przede wszystkim należy zauważyć, że mocą wyroku z 9 lipca 2025 r. sygn. I SA/Sz 107/25 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie uchylił decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie z [...] grudnia 2024 r. wraz z decyzją organu z [...] lipca 2024 r., odmawiające wykreślenia spółki cywilnej z rejestru podatników VAT. Sąd zwrócił uwagę na istnienie poważnego konfliktu odnośnie do istnienia spółki cywilnej, skutecznego wypowiedzenia udziału w tej spółce przez M. W.. Sąd ocenił, że w zaistniałych okolicznościach organ miał obowiązek zastosować art. 199a § 3 O.p. i wystąpić do sądu powszechnego z powództwem o ustalenie.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Szczecinie złożył skargę kasacyjną od wyroku z 9 lipca 2025 r. sygn. I SA/Sz 107/25.
W świetle powyższego spór o istnienie spółki cywilnej i o istnienie przesłanek do wykreślenia jej z rejestru podatników VAT był przedmiotem postępowania podatkowego i aktualnie jest przedmiotem postępowania sądowego (nieprawomocnego wyroku z 9 lipca 2025 r. sygn. I SA/Sz 107/25).
W takiej sytuacji zaskarżona czynność materialno-techniczna organu z [...] lutego 2025 r. nie może pozostać w obrocie prawnym. Kwestie dotyczące istnienia spółki cywilnej, przesłanek faktycznych i prawnych jej ewentualnego pozostawania w rejestrze podatników VAT bądź wykreślenia z tego rejestru są przedmiotem sądowej kontroli legalności wobec nieprawomocnego wyroku z 9 lipca 2025 r. sygn. I SA/Sz 107/25. Tym samym merytoryczna ocena przesłanek wykreślenia spółki cywilnej z rejestru podatników VAT pozostaje otwarta i wymaga od organu przeprowadzenia prawidłowej weryfikacji.
Na obecnym etapie sprawy nie można wykluczyć ani wcześniejszego ustania bytu prawnego spółki cywilnej przed [...] stycznia 2025 r., ani też jej istnienia i prowadzenia działalności gospodarczej.
Zdaniem sądu, wyłącznie informacja jednego ze wspólników spółki cywilnej - w obliczu głębokiego konfliktu z pozostałymi spadkobiercami zmarłego wspólnika - wymagała wnikliwej i rzetelnej analizy. Wykreślenie spółki cywilnej z rejestru podatników VAT musi mieć konkretne podstawy faktyczne i prawne. Same oświadczenia, deklaracje skonfliktowanych spadkobierców zmarłego wspólnika nie są miarodajne ani na płaszczyźnie faktów, ani prawa, a w konsekwencji nie są wystarczające dla wykreślenia spółki z rejestru podatników VAT.
Na organie spoczywa obowiązek dbania o rzetelność prowadzonego rejestru niezależnie od twierdzeń, oświadczeń skonfliktowanych spadkobierców zmarłego wspólnika.
Co więcej, jak wynika z uzasadnienia decyzji organu wydanej [...] lipca 2024 r., organ już wcześniej na podstawie oświadczenia M. W. (NIP-2, VAT-Z) wykreślił spółkę cywilną, a następnie przywrócił jej rejestrację podatkową. To pokazuje, że nie odpowiada prawu sytuacja, w której organ bazuje na oświadczeniu jednego wspólnika z pominięciem pozostałych osób zainteresowanych. Takie postępowanie organu jest arbitralne, a przez to dowolne. W efekcie organ nie powiązał zaskarżonej czynności z konkretnymi podstawami faktycznymi i przesłankami ustawowymi.
Wymaga podkreślenia, że złożone organowi urzędowe formularze zawierają wyłącznie określone oświadczenia, przekonania, których prawidłowość na gruncie faktów i prawa wymaga analizy, a tej organ nie dokonał.
Z punktu widzenia prawa nie można zaakceptować sytuacji, w której organ zmienia treść rejestru podatników VAT wraz z kolejnymi oświadczeniami poszczególnych osób zaangażowanych w spór o istnienie spółki cywilnej, o prowadzenie przez nią działalności gospodarczej.
Organ nie może pomijać, że ujęcie spółki cywilnej w rejestrze podatników VAT to nie tylko formalność, ale przede wszystkim wykazanie statusu podatnika VAT, informacja dla innych uczestników obrotu gospodarczego, która ma istotne skutki podatkowe.
Dla dalszych czynności organu w pierwszej kolejności kluczowe znaczenie będzie miał prawomocny wynik sprawy sygn. I SA/Sz 107/25.
Niezależnie od powyższego, do organu należy rozważenie, czy istnieją inne przesłanki wykreślenia podatnika z rejestru VAT, których nie wykazał u podstaw zaskarżonej czynności z [...] lutego 2025 r. i których nie objął wyrok z 9 lipca 2025 r. sygn. I SA/Sz 107/25.
W świetle powyższego na obecnym etapie sąd ocenia, że treść zawiadomienia z [...] lutego 2025 r. nie została wywiedziona przez organ ani z ustalonych faktów, ani z adekwatnych przepisów prawa podatkowego. W tym zakresie postępowanie organu nosi znamiona dowolności, arbitralności, pozostaje w sprzeczności z celem prowadzenia rejestru podatników VAT, którym jest przede wszystkim zapewnienie bezpieczeństwa obrotu prawnego, podatkowego.
W konsekwencji do organu należy jednoznaczne, adekwatne do prawdy obiektywnej i obowiązującego stanu prawnego przeanalizowanie, czy i kiedy zaistniała przesłanka do wykreślenia spółki cywilnej z rejestru podatników VAT. W tej mierze postępowanie organu nie może być dowolne z uwagi na istotne skutki prawne takiej czynności oraz bezpieczeństwo obrotu prawnego. W zawiadomieniu z [...] lutego 2025 r. - ściśle rzecz biorąc - organ wymienił zaprzestanie wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu, nie zaś ustanie bytu prawnego spółki cywilnej.
Nawet jeśli organ dokonuje wykreślenia z rejestru podatników VAT, przyjmując formę czynności materialno-technicznej, nie może być to wyłącznie stwierdzenie organu bez nawiązania do faktów i prawa, zwłaszcza w przypadku istotnego sporu o istnienie podatnika, o prowadzenie działalności gospodarczej. W ten sposób organ przecież kształtuje sytuację prawną osoby, czy osób zainteresowanych na gruncie prawa podatkowego (por. też wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej sygn. C-164/24 - system elektroniczny LEX).
Z powodów omówionych wyżej należało stwierdzić bezskuteczność zaskarżonej czynności organu z 11 lutego 2025 r. na podstawie art. 146 § 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U.2024.935 ze zm. - P.p.s.a.).
Orzeczenie o kosztach postępowania sądowego (697 zł) uzasadnia art. 200, art. 205 § 2, art. 209 P.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U.2023.1935 ze zm.). Obejmują one wpis od skargi (200 zł), wynagrodzenie pełnomocnika (480 zł) i opłatę od pełnomocnictwa (17 zł).