w sprawie [...] specjalnej strefy ekonomicznej - Dz. U. z 2020 r.
poz. 162), co stanowi [...]% całego terenu realizacji Inwestycji 2, nieruchomości
o łącznej powierzchni [...] ha oznaczone numerami ewidencyjnymi działki [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...],
[...], [...], [...], [...], [...], [...], [...] położone poza granicami specjalnej
strefy ekonomicznej, co stanowi [...]% całego terenu realizacji Inwestycji 2.
Spółka wskazała, że zarówno Zezwolenie, Decyzja 1, jak i Decyzja 2 dotyczą tożsamej działalności gospodarczej polegającej na produkcji warstwowych podłóg, w ramach której produkcja jest zorganizowana w sposób etapowy, a jednocześnie ciągły z funkcjonalnym przypisaniem kolejnych etapów procesu produkcyjnego do określonych części zakładu (np. obróbka jednego z surowców w jednej części zakładu, montaż warstw w innej). Inwestycje współistnieją pod tym samym adresem na pokrywającym się w części terenie i korzystają ze wspólnej infrastruktury (np. instalacje elektryczne i cieplne, elektrociepłownia, infrastruktura transportowa, magazynowa). Położone są na tych samych działkach (działki [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], a w przypadku obu decyzji także działki [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...]) lub przylegających do siebie (działki [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...], [...]) na terenie Strefy. Ponadto większość oznaczeń PKWiU przypisana do poszczególnych Inwestycji jest zbieżna (kody 16.10, 16.21, 16.22, 16.23, 16.24, 16.29, 38.11.5, 52.10, 52.21, 52.29).
Na tle tak opisanego stanu faktycznego spółka zadała następujące pytania:
1) czy dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie Strefy określonej w Zezwoleniu oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, spółka może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych?
2) czy zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej, prowadzonej na podstawie Zezwolenia na terenie Strefy oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, w ten sposób, że:
a) w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwolenia, jako decyzji administracyjnej wydanej najwcześniej,
b) a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający
nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu zwolnionego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana dostępnym limitem wynikającym z kolejnych decyzji tj. Decyzji 1 i Decyzji 2 - w kolejności ustalonej zgodnie z datami
ich wydania?
Przedstawiając własne stanowisko w sprawie spółka wskazała, że:
1) dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności na terenie Strefy określonej w Zezwoleniu oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, spółka może prowadzić jedną wspólną ewidencję dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych;
2) zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać
dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej, prowadzonej na podstawie Zezwolenia
na terenie Strefy oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych,
w ten sposób, że:
a) w pierwszej kolejności wykorzystywany jest limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwolenia, jako decyzji administracyjnej wydanej najwcześniej,
b) a po jego wykorzystaniu, gdy limit pomocy publicznej z niego wynikający
nie jest wystarczający do objęcia całości dochodu zwolnionego zwolnieniem podatkowym, otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana dostępnym limitem wynikającym
z kolejnych decyzji tj. Decyzji 1 i Decyzji 2 - w kolejności ustalonej zgodnie z datami
ich wydania.
W szerokim uzasadnieniu stanowiska sprawie spółka, co do wspólnej ewidencji
dla działalności zwolnionej, powołała przepisy art. 7 ust. 3 pkt 1, art. 9 ust. 1, art. 17 ust. 1
pkt 34 i 34a, art. 17 ust. 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym
od osób prawnych (Dz. U. z 2025 r. poz. 278 ze zm.); dalej: "u.p.d.o.p.", art. 12 ust. 1,
ust. 2, art. 12a ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1604); dalej: "uSSE", a także na § 3 ust. 1 pkt 1,
§ 5 ust. 5, § 7 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 10 grudnia 2008 r. w sprawie
pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia
na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych (Dz. U. z 2019 r. poz. 121); dalej: "rozporządzenie SSE" i art. 3 ust. 1, art. 19 ust. 1 ustawy
z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2024 r. poz. 459);
dalej: "u.w.n.i.".
Według spółki z powyższych regulacji wynika obowiązek prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności prowadzonej w ramach zezwolenia lub na podstawie decyzji
o wsparciu, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Ewidencja zapewniać ma rzetelne określenie kwoty dochodu zwolnionego z podatku dochodowego oraz dochodu podlegającego opodatkowaniu. Przepisy nie wymagają wprost, aby ewidencja prowadzona była odrębnie dla każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Jeśli zaś w drodze wykładni językowej nie da się wyprowadzić obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji, to nie należy nakładać takiego obowiązku z wykorzystaniem wykładni rozszerzającej czy wnioskowania na niekorzyść podatnika.
Zdaniem spółki powinna ona być zobowiązana jedynie do prowadzenia:
- ewidencji rachunkowej dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności opodatkowanej na zasadach ogólnych oraz
- ewidencji rachunkowej dla celów określenia wysokości dochodu (straty) z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej na terenie Strefy określonej w posiadanym Zezwoleniu, Decyzji 1 i Decyzji 2.
Spółka podkreśliła, że zaprezentowana wykładnia jest spójna systemowo z przewidzianym ustawowo chronologicznym rozliczaniem kilku zezwoleń i decyzji o wsparciu (przywoływane art. 12 ust. 2 uSSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i.). Powyższe stanowisko znajduje też potwierdzenie w świetle wykładni funkcjonalnej. Procedury ewidencjonowania i rozliczania pomocy publicznej nie powinny bowiem generować
zbędnych obciążeń dla beneficjentów, lecz powinny być zaprojektowane w sposób,
który czyni je atrakcyjnymi dla inwestorów realizujących inwestycje w priorytetowych obszarach gospodarki.
Dodatkowo spółka zwróciła uwagę na poglądy przedstawione w wyrokach sądów administracyjnych i w wydanych w ostatnim czasie interpretacjach indywidualnych, dotyczących wspólnego rozliczania zezwoleń i decyzji o wsparciu.
Spółka podsumowała, że łączna językowa i systemowa wykładnia wskazanych przepisów, z uwzględnieniem wykładni funkcjonalnej, prowadzi do wniosku,
że brak jest nakazu przypisywania dochodu do poszczególnych zezwoleń lub decyzji
o wsparciu. W konsekwencji spółka powinna dokonać zsumowania przychodów
oraz kosztów (bez wydzielenia poszczególnych Inwestycji) i ustalić łączną sumę
dochodów na podstawie jednej wspólnej ewidencji dla działalności podlegającej
zwolnieniu z CIT (prowadzonej na podstawie Zezwolenia, Decyzji 1, Decyzji 2).
Odnosząc się natomiast do chronologicznego rozliczania pomocy publicznej,
po uwzględnieniu przywołanych przepisów prawa (art. 12 ust. 1, ust. 2 uSSE, § 3 ust. 1 pkt 1, § 7 rozporządzenia SSE), spółka stwierdziła, że limit dostępnej pomocy określany jest jako iloczyn maksymalnej intensywności pomocy publicznej określonej dla danego obszaru i zdyskontowanej wartości kosztów kwalifikujących się do objęcia pomocą.
A co za tym idzie, na przedsiębiorcy prowadzącym działalność na terenie strefy nie ciąży obowiązek wydzielania organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie różnych zezwoleń strefowych, jak również wyodrębniania wyniku podatkowego osiągniętego
w ramach poszczególnych projektów inwestycyjnych, objętych różnymi zezwoleniami.
Według spółki analogiczne regulacje zawiera u.w.n.i. (art. 3, art. 13 ust. 6, ust. 7). Przepisy u.w.n.i. bezpośrednio regulują sytuację, w której przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu. Z ich literalnego brzmienia wynika, że rozliczenie pomocy publicznej "następuje" zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń lub decyzji o wsparciu. Po stronie podatnika nie tyle funkcjonuje więc uprawnienie do rozliczania pomocy publicznej w określony sposób, ale istnieje obowiązek jej rozliczania chronologicznie, zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń lub decyzji o wsparciu. Brak jest przepisów statuujących jednoznaczne wyjątki od reguły chronologicznego rozliczania, nie ma też podstaw do ich domniemania. Takimi przepisami nie są powołane art. 12 ust. 3 uSSE i art. 13 ust. 8 u.w.n.i. o rozliczaniu pomocy w odniesieniu do konkretnej inwestycji, które odnoszą się zasadniczo do sytuacji, gdy tereny prowadzenia inwestycji z kilku zezwoleń lub decyzji nie są tożsame. W tym zakresie spółka odwołała się do poglądów prezentowanych w doktrynie i podkreśliła znaczenie nowelizacji u.p.d.o.p., która weszła w życie od [...] stycznia 2022 r. (uzasadnienie projektu ustawy nowelizującej z dnia [...] października 2021 r., druk nr [...], Sejm IX kadencji). Taki sposób interpretacji jest też zgodny z dyrektywą, aby przepisy odczytywać w sposób nieprowadzący do sprzeczności.
Spółka podkreśliła, że w przypadku analizowanego stanu faktycznego wszystkie Inwestycje położone są na tożsamych lub przylegających do siebie działkach ewidencyjnych na terenie Strefy. Powinien więc znaleźć zastosowanie art. 13 ust. 6,
a nie art. 13 ust. 8 u.w.n.i. Odmienna interpretacja przepisów, skutkująca wymogiem osobnego rozliczania wyniku podatkowego dla każdego zezwolenia lub decyzji o wsparciu, utrudniałaby osiągnięcie celu regulacji. Obciążenie inwestorów koniecznością oddzielnego obliczania dochodu i ustalania odrębnych limitów pomocy publicznej czyniłoby te przepisy mniej efektywnymi stymulowaniu wzrostu inwestycji prywatnych.
Spółka końcowo stwierdziła, że literalna wykładnia wskazanych przepisów, w zestawieniu z wykładnią funkcjonalną oraz wykładnią systemową uwzględniającą pozostałe przepisy, prowadzi do wniosku, że prawidłowym podejściem jest wykorzystywanie limitu pomocy publicznej chronologicznie, tj. zgodnie z kolejnością wydania przyznanych zezwoleń i decyzji o wsparciu. Spółka powołała liczne orzeczenia
sądów administracyjnych prezentujące pogląd o rozliczeniu pomocy publicznej zgodnie
z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu i zwracają uwagę na konieczność lokalizacji inwestycji na obszarze tej samej specjalnej strefy ekonomicznej.
W ocenie spółki za prawidłowe należy uznać podejście, gdzie zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie Strefy na podstawie Zezwolenia oraz na terenie wskazanym w Decyzji 1 oraz Decyzji 2, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystywany będzie limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwolenia, a gdy limit wynikający z Zezwolenia nie będzie wystarczający do objęcia całości dochodu strefowego zwolnieniem podatkowym (lub gdy zezwolenie utraci ważność) otrzymana pomoc publiczna powinna być rozliczana zgodnie z limitem wynikającym z kolejnych decyzji, tj. Decyzji 1 i następnie Decyzji 2, w kolejności ustalonej zgodnie z datami ich wydania.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w ww. interpretacji indywidualnej
stwierdził, że stanowisko spółki w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego
stanu faktycznego w podatku dochodowym od osób prawnych jest nieprawidłowe.
Organ interpretacyjny wskazał, że konstrukcja zwolnienia dotyczącego SSE nie jest analogiczna do wsparcia przewidzianego dla podejmowania nowych inwestycji.
Zdaniem organu wyodrębnienie poszczególnych dochodów w ramach prowadzonej ewidencji ma na celu ustalenie wyniku podatkowego uzyskanego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu i z działalności na terenie
SSE na podstawie wydanego zezwolenia.
W opinii organu niezbędna jest dodatkowa ewidencja/konta, czyli tzw. wydzielenie rachunkowe: kosztów bezpośrednio związanych z przychodami na terenie określonym
w decyzji o wsparciu i poza nią, w zakresie realizacji nowej inwestycji - kosztów bezpośrednio związanych z przychodami z działalności objętej zwolnieniem
oraz kosztów pozostałej działalności, jeżeli taka występuje, pozostałych (innych niż bezpośrednie) kosztów uzyskania przychodów, umożliwiająca ich przyporządkowanie
do przychodów z działalności zwolnionej i do przychodów z działalności opodatkowanej.
Podatnik uzyskujący dochody z działalności gospodarczej, w ramach której realizowana jest nowa inwestycja, określona w decyzji o wsparciu, powinien poprzez odpowiednie zmiany w przyjętych zasadach (polityce) rachunkowości dokonać wyodrębnienia w ewidencji księgowej operacji gospodarczych dotyczących tej działalności. Dokonane zmiany powinny umożliwić uzyskanie informacji, które są wymagane w zakresie rozliczania przychodów, kosztów uzyskania przychodów
oraz dochodu. Zapewnienie ww. wyodrębnionej ewidencji oznacza co najmniej wyodrębnienie operacji gospodarczych w księgach rachunkowych, przykładowo
na kontach ksiąg pomocniczych (str. 50 objaśnień podatkowych).
Analogicznemu wyodrębnieniu powinna podlegać ewidencja przychodów i kosztów działalności prowadzonej na terenie SSE na podstawie wydanego zezwolenia.
Organ stwierdził, że konieczne jest więc prowadzenie ewidencji rachunkowej w taki sposób, aby odrębnie można było ustalić przychody, koszty, dochód/stratę uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE w ramach wydanego zezwolenia i odrębnie w ramach decyzji o wsparciu. Dochody uzyskane z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu.
Organ zwrócił uwagę, że dla działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, jak i dla działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, ustawodawca przewidział odrębne zwolnienia, odpowiednio w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p.
Tym samym, jeśli dochody z obu tych źródeł zwolnionych miałyby być rozliczane łącznie, ustawodawca ustanowiłby podstawy w odpowiednich zapisach u.p.d.o.p., co jednak nie nastąpiło.
Zatem, przychodów z działalności prowadzonej na terenie SSE nie łączy
się z przychodami osiągniętymi z nowej inwestycji, realizowanej na podstawie decyzji
o wsparciu. Natomiast połączenie przychodów i kosztów w tym przypadku umożliwiałoby kompensowanie straty poniesionej na jednej działalności zwolnionej (gdyby taka
wystąpiła) z dochodem z drugiej działalności objętej zwolnieniem. Ponadto powodowałby to nieuzasadnione "bieżące" zmniejszenie wykorzystania przysługującej pomocy publicznej, która pozostawałaby do wykorzystania na kolejne lata.
Według organu w sytuacji, gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie SSE oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Dla właściwego zastosowania art. 13 ust. 6 u.w.n.i. (odniesienia kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w roku podatkowym do limitu określonego w danym zezwoleniu/decyzji) należy zsumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z działalności w SSE - tak ustaloną sumę należy uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej (objaśnienia str. 21, akapit 33). W związku z tym organ uznał także stanowisko w zakresie pytania nr 2 za nieprawidłowe.
W skardze skierowanej do sądu skarżąca zarzuciła mające istotny wpływ na wynik sprawy:
I. błędy wykładni i niewłaściwą ocenę co do zastosowania przepisu prawa materialnego:
1) art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3, art. 9 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12a ust. 1 uSSE i art. 19 ust. 1 u.w.n.i. poprzez błędną interpretację i uznanie, że spółka nie może prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie Zezwolenia oraz na podstawie Decyzja 1 i Decyzja 2;
2) art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 ust. 1 uSSE i art. 13 ust. 6 i 7 u.w.n.i. poprzez błędną interpretacje i uznanie, że dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie Zezwolenia na terenie na terenie Strefy
oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, nie będzie podlegać zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych w sposób chronologiczny, tzn. że limit dostępnej pomocy publicznej nie powinien być rozliczany zgodnie z datami wydania Zezwolenia, Decyzji 1 i Decyzji 2;
II. naruszenie przepisów postępowania, które miały istotny wpływ na wynik sprawy:
1) art. 120 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa
(Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.); dalej: "O.p.", poprzez niezastosowanie przez organ podczas wydawania zaskarżonej interpretacji właściwych przepisów u.p.d.o.p. i u.w.n.i.;
2) art. 121 § 1 w zw. z art. 14h O.p. z uwagi na pominięcie w wydanej interpretacji
przy wykładni przepisów prawa podatkowego powołanych przez spółkę argumentów
oraz stanowisk organów podatkowych i orzecznictwa sądów administracyjnych potwierdzających stanowisko spółki, a tym samym prowadzenie postępowania
w sposób niebudzący zaufania do organów podatkowych;
3) art. 14c § 1 oraz § 2 O.p. poprzez sformułowanie przez organ uzasadnienia prawnego oceny stanowiska spółki w sposób wadliwy;
4) art. 169 § 1 w zw. z art. 14h O.p. poprzez zaniechanie wezwania do uzupełnienia wniosku;
5) art. 2a O.p. poprzez jego niezastosowanie i niedostrzeżenie, że w sprawie
wystąpiły niedające się usunąć wątpliwości związane z wykładnią przepisów materialnoprawnych.
Skarżąca wniosła o uwzględnienie skargi oraz uchylenie zaskarżonej interpretacji w całości i zasądzenie od organu na rzecz spółki kosztów postępowania, tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm prawem przepisanych.
W uzasadnieniu skargi skarżąca ponowiła argumentację zawartą we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej.
W odpowiedzi na skargę, organ wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie z w a ż y ł, co następuje:
Spór w sprawie dotyczy możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, prowadzonej na podstawie posiadanego zezwolenia i decyzji o wsparciu oraz chronologicznego sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej wynikającej z udzielonych zezwoleń i decyzji o wsparciu.
Na wstępie wskazać należy, że w sprawie zgodność z prawem zaskarżonej interpretacji indywidualnej powinna być oceniana przez pryzmat przepisu art. 57a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.); dalej: "p.p.s.a.", który wyznacza granice rozpoznania skargi na interpretację indywidualną przepisów prawa podatkowego.
Zgodnie z tym przepisem, skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Strona skarżąca w skardze do sądu podniosła - obok innych zarzutów - także zarzut naruszenia przepisów postępowania, tj. art. 14c § 1 i § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.); dalej: "O.p.", poprzez sformułowanie przez organ uzasadnienia prawnego oceny stanowiska spółki w sposób wadliwy.
Przepisy art. 14c § 1 i § 2 O.p. stanowią, że interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie (§1); a w razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym (§ 2).
Według sądu analiza stanu faktycznego przedstawionego przez spółkę we wniosku o wydanie interpretacji oraz pytań zadanych w tymże wniosku jak też własnej oceny stanowiska spółki, wskazuje, że organ interpretacyjny dokonał błędnej i niepełnej wykładni przepisów stanowiących podstawę wydanej interpretacji, bowiem stwierdzenie o konieczności prowadzenia dwóch odrębnych ewidencji organ interpretujący wywiódł przede wszystkim z objaśnień Ministra Finansów. W uzasadnieniu organ przywołał brzmienie szeregu przepisów, w tym art. 7 ust. 1 i ust. 2, art. 9 ust. 1, art.17 ust. 1 pkt 34 i 34a i ust.4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2025 r. poz. 278 ze zm.); dalej: "u.p.d.o.p.", art. 12 ust. 1, ust. 2 i ust. 3 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz. U. z 2023 r. poz. 1604); dalej: "uSSE", a także art. 3 i 4, art. 13 ust. 6 - ust. 8, art. 14 ust. 1 i art. 15 ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2024 r. poz. 459); dalej: "u.w.n.i.", jednakże nie wyjaśnił, który z tych przepisów stanowi podstawę do stwierdzenia, że konieczne jest prowadzenie odrębnych ewidencji dotyczących działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia na działanie w SSE i na podstawie decyzji o wsparciu. Nadto, poza zacytowaniem ww. przepisów organ nie przedstawił ich wykładni ani nie powiązał ich ze stanem faktycznym przedstawionym we wniosku o interpretację. Organ przedstawił jedynie niemające znaczenia w sprawie wywody co do charakteru zwolnienia podatkowego i przedmiotu zwolnienia. Organ nie dokonał także wykładni art.13 ust. 6 i ust.7 u.w.ni., chociaż te przepisy miały kluczowe znaczenie dla oceny stanowiska skarżącej co do posiadania zezwolenia na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej (SSE) oraz dwóch decyzji o wsparciu (art. 13 ust. 6), jak też kolejności wykorzystywania pomocy publicznej udzielonej na podstawie zezwolenia na działanie w SSE i decyzji o wsparciu (art. 13 ust. 7 u.w.n.i.). Zatem, w sytuacji, gdy spółka we wniosku powoływała te przepisy, przedstawiła ich własną wykładnię i ocenę co do ich zastosowania w sprawie, to pominięcie ich wykładni i oceny co do zastosowania w sprawie przez organ oznacza, że organ nie dostarczył spółce wyczerpującej argumentacji potwierdzającej nieprawidłowość jej stanowiska.
Taka sytuacja uzasadnia słuszność zarzutu naruszenia przez organ przepisów art. 14c § 1 i § 2 O.p.
Zgodzić należy się także ze skarżącą, że organ interpretacyjny dokonał - aczkolwiek szczątkowej - to jednak błędnej wykładni i niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisów prawa materialnego: art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3, art. 9 ust. 1, art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12a ust. 1 uSSE i art. 19 ust. 1 u.w.n.i. poprzez uznanie, że spółka nie może prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie Zezwolenia oraz na podstawie Decyzja 1 i Decyzja 2, a nadto art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a u.p.d.o.p. w zw. z art. 12 ust. 1 uSEE i art. 13 ust. 6 i 7 u.w.n.i. przez uznanie, że dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie Zezwolenia na terenie na terenie Strefy oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 na terenach w nich wskazanych, nie będzie podlegać zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych w sposób chronologiczny, tzn. że limit dostępnej pomocy publicznej nie powinien być rozliczany zgodnie z datami wydania Zezwolenia, Decyzji 1 i Decyzji 2.
W pierwszej kolejności odnieść się należy do wywodzonego z tych przepisów przez organ obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności objętej Zezwoleniem oraz Decyzją 1 i Decyzją 2 o wsparciu. Nie budzi wątpliwości, że koszty i przychody z działalności gospodarczej wykonywanej w ramach Zezwolenia oraz Decyzji 1 i Decyzji 2 nie są uwzględniane przy obliczaniu dochodu na zasadach ogólnych, co wprost wynika z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 u.p.d.o.p. Obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej, wynikający z art. 9 ust. 1 u.p.d.o.p. zapewnić ma możliwość obliczenia dochodu (straty), kosztów uzyskania przychodów i obliczenie należnego podatku. Nie odnosi się on zatem do ewidencji dotyczącej przychodów i kosztów ich uzyskania, pochodzących ze źródeł, z których dochód podlega zwolnieniu. Nie ma zatem zastosowania do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej zezwoleniem lub prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu.
Nie budzi jednak wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach czy to zezwolenia, czy to na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Obowiązek taki można wyprowadzić z art.12a ust. 1 uSSE oraz z art. 19 u.w.n.i. Przepisy te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu. Obowiązku takiego nie można wyprowadzić także z art. 17 ust. 4 u.p.d.o.p., zgodnie z którym zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Przepis ten odnosi się bowiem do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu rozliczania pomocy publicznej.
Nie ma przy tym także znaczenia w tym zakresie przepis art.17 ust. 6a u.p.d.o.p., który nakazuje organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkość zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Również zatem ten przepis nie odnosi się do prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej.
Nie można także wyprowadzić obowiązku prowadzenia odrębnych ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwoleń i na podstawie decyzji o wsparciu z art. 12 ust. 2 uSSE i art. 13 ust. 6 u.w.n.i. Oba te przepisy nie odnoszą się do sposobu dokumentowania przychodów i kosztów ich uzyskania, a do sposobu rozliczenia pomocy publicznej (jej wielkości i właściwego wykorzystania, zgodnie z zezwoleniem albo decyzją o wsparciu). Jednocześnie art. 12 ust. 2 uSSE i art.13 ust. 6 u.w.n.i. nakazują wykorzystanie pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwolenia lub decyzji o wsparciu, jeżeli w odniesieniu do danego przedsiębiorcy wydano więcej niż jedno zezwolenie lub decyzję o wsparciu. Nie nakazują rozdzielnego jej obliczenia i wykorzystywania pomocy przyznanej odrębnie na podstawie różnych zezwoleń lub decyzji równolegle, ale sekwencyjnie, według kolejności ich wydania. Po wejściu w życie u.w.n.i. zezwolenia na działanie w SSE zachowały ważność w zakresie i przez czas w nich określony (art. 40 ust. 2 u.w.n.i.). Możliwe zatem było prowadzenie działalności gospodarczej przez jednego przedsiębiorcę na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu, a nadto dotyczyć one mogły tego samego rodzaju działalności i na tym samym terenie (np. poprzez zwiększenie zdolności produkcyjnej zakładu - art. 2 pkt 1 lit. a u.w.n.i.). Ustawodawca zachował zasadę, przyjętą w odniesieniu do przedsiębiorców prowadzących działalność tylko na podstawie więcej niż jednego zezwolenia albo tylko na podstawie więcej niż jednej decyzji o wsparciu, stanowiąc w art. 13 ust. 7 u.w.n.i., że w przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 uSSE, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis art. 16 ust. 6 stosuje się odpowiednio. Odpowiednio zatem należy stosować zasadę o rozliczeniu pomocy publicznej zgodnie z kolejnością wydania zezwoleń i decyzji o wsparciu. Przepis ten potwierdza dodatkowo prawidłowość tezy, że w takim przypadku nie ma potrzeby prowadzenia dwóch odrębnych ewidencji. Mimo odmiennych zasad obliczania limitu pomocy publicznej udzielonej z tytułu działalności w SSE i na terenie objętym decyzją o wsparciu, sposób obliczania dochodu, który podlega zwolnieniu w ramach przyznanej pomocy publicznej, jest tożsamy. Nie budzi przy tym wątpliwości, że ewidencja prowadzona przez przedsiębiorcę ma pozwolić zarówno na określenie dochodu, jak i na przypisanie go do działalności prowadzonej na terenie SSE lub terenie objętym decyzją o wsparciu.
W związku z tym, że przy wydaniu zaskarżonej interpretacji doszło do naruszenia zarówno przepisów prawa procesowego jak i materialnego, sąd - na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i lit. c p.p.s.a. - uchylił zaskarżoną interpretację.
Przy ponownym rozpatrzeniu wniosku o udzielenie interpretacji organ podatkowy będzie zobowiązany, na podstawie art. 153 p.p.s.a., do uwzględnienia przedstawionej wykładni przepisów prawa.
O kosztach postępowania sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 4 w zw. z § 2 p.p.s.a. oraz § 2 ust. 6 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 16 grudnia 2003 r. w sprawie wysokości i szczegółowych zasad pobierania wpisu w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2003 r. Nr 221, poz. 2193, ze zm.).
Zasądzony zwrot kosztów postępowania sądowego obejmuje wpis od skargi w wysokości [...] zł oraz koszty zastępstwa procesowego doradcy podatkowego w wysokości [...] zł ustalone na podstawie § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. poz. 1687), a także kwotę [...]zł z tytułu opłaconego pełnomocnictwa (pkt IV załącznika do ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej - Dz.U. z 2025 r. poz. 1154).