Wyrok WSA z dnia 19 listopada 2025, sygn. I SA/Sz 457/25

w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące 2017 r., zostało objęte postępowaniem przygotowawczym prowadzonym przez Prokuraturę Regionalną

w L. o sygn. akt [...] Stosownie do polecenia Prokuratury Regionalnej w L., pismem z [...] lutego 2022 r. (doręczonym spółce [...] lutego 2022 r.) Naczelnik Z. Urzędu Celno-Skarbowego w S. poinformował podatnika, że bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych Skarżącej w podatku od towarów i usług za okres od września do grudnia 2017 r. został zawieszony [...] stycznia 2022 r.

Ponadto, z akt sprawy wynika, że postanowieniem z [...] czerwca 2022 r. sygn. akt [...] Prokuratura Regionalna w L. wszczęła śledztwo w zakresie m. in. posługiwania się w okresie wrzesień - grudzień 2017 r. przez osoby działające

w imieniu spółki fakturami poświadczającymi nieprawdę. Zgodnie z pismem Prokuratury Okręgowej w K. z [...] lipca 2023 r., sygn. akt [...], jednostka ta przejęła do dalszego nadzoru śledztwo Prokuratury Regionalnej w L., uprzednio nadzorowanego pod sygn. akt [...]

Natomiast z pisma Naczelnika Pierwszego M. Urzędu Skarbowego

w W. z [...] grudnia 2024 r. nr [...] wynika, że na dzień [...] grudnia 2024 r. brak było informacji o prawomocnym zakończeniu prowadzonego wobec spółki postępowania karno-skarbowego. Zdaniem organu odwoławczego,

w sprawie nie budzi wątpliwości, że w dacie zaliczeń dokonanych z mocy prawa [...] lipca 2024 r. - w odniesieniu do zaległości z tytułu zobowiązań w podatku od towarów i usług za wrzesień - grudzień 2017 r. nie upłynął termin przedawnienia.

Organ odwoławczy uznał, że prawidłowo Naczelnik Pierwszego M. Urzędu Skarbowego w W., w postanowieniu z [...] sierpnia 2024 r., nr [...], z uwzględnieniem art. 55 § 2 O.p., zaliczył wpłaty

z [...] lipca 2024 r. proporcjonalnie na poczet ww. zaległości w podatku od towarów i usług za wrzesień - grudzień 2017 r. oraz należnych od nich odsetek za zwłokę. Prawidłowo też, w świetle cytowanych wyżej przepisów prawa, organ pierwszej instancji odsetki za zwłokę naliczył od dnia następującego po dniu upływu terminu ich płatności do dnia zapłaty, tj. do [...] lipca 2024 r. z uwzględnieniem przerw w ich naliczaniu, tj. od [...] marca 2023 r. (doręczenie postanowienia o przekształceniu kontroli w postępowanie podatkowe) do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, tj. do [...] maja 2024 r.

Zatem zarzut naruszenia art. 62 § 1 O.p. organ odwoławczy uznał za niezasadny. Przechodząc do rozpatrzenia zarzutu zażalenia dotyczącego nieuwzględnienia przy zaliczeniu wpłat z [...] lipca 2024 r. przerwy odsetkowej za okres prowadzonej kontroli celno - skarbowej, na podstawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., organ odwoławczy zarzut ten uznał za niezasadny.

Skarżąca złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego

w W. na rozstrzygnięcie organu odwoławczego, któremu zarzuciła naruszenie następujących przepisów prawa:

1. art. 62 § 1 O.p. poprzez zarachowanie wpłaty podatnika na poczet błędnie wyliczonych odsetek;

2. art. 121 i art. 122 O.p. poprzez nieustalenie stanu faktycznego sprawy w stopniu uprawniającym do wydania postanowienia w niniejszej sprawie. Organ nie ustalił bowiem okresów bezczynności organów, do których strona się nie przyczyniła. Konsekwencją powyższego jest błędne przyjęcie, że odsetki od zaległości podatkowej należne są za cały okres trwania kontroli celno-skarbowej, podczas gdy w ocenie strony winny być naliczone wyłącznie od dnia powstania obowiązku podatkowego do dnia wszczęcia postępowania kontrolnego prowadzonego pierwotnie przez pracowników UCS, wobec znacznego i - zdaniem skarżącej - niczym nieuzasadnionego przekroczenia terminów procesowych zakreślonych dla czynności kontrolnych organu.

3. art. 210 § 4 O.p. poprzez sporządzenie uzasadnienia postanowienia w sposób uniemożliwiający stronie weryfikację powodów naliczenia odsetek za okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej, której okres wykraczał poza dozwolony okres 3 miesięcy.

4. art. 32 ust. 1 w związku z art. 84 oraz z art. 64 ust. 1 i 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej w związku z obciążeniem skarżącej zobowiązaniem publicznym, którego wysokość została wykreowana przez organ administracji — nie przepis prawa —

w wyniku jego zwłoki w załatwieniu sprawy i przewlekłego postępowania. Naruszono tym samy zasadę równości podmiotów w obciążaniu zobowiązaniami podatkowymi co skutkowało uszczerbkiem na majątku Spółki w postaci obciążenia odsetkami naliczanymi przez okres 4 lat prowadzenia czynności organu kontroli.

Mając na uwadze powyższe, skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia organu odwoławczego w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia temu organowi oraz o zasądzenie na rzecz strony skarżącej kosztów postępowania jak i o przeprowadzenia rozprawy w celu rozpoznania skargi.

W uzasadnieniu skargi powyższe zarzuty zostały uszczegółowione.

Organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie.

Postanowieniem z dnia 21 maja 2025 r., sygn. akt III SA/Wa 946/25 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził swoją niewłaściwość i przekazał sprawę do rozpoznania według właściwości Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu

w Szczecinie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie z w a ż y ł, co następuje:

Skarga nie jest zasadna.

Na podstawie art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U.2024.1267 t.j.) sądy administracyjne kontrolują prawidłowość zaskarżonych aktów administracyjnych, między innymi decyzji ostatecznych, przy uwzględnieniu kryterium ich zgodności z prawem. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U.2024.935 t.j., dalej: "P.p.s.a") lub też naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia nieważności decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 P.p.s.a.).

W myśl art. 134 § 1 P.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.

W wyniku przeprowadzenia kontroli zaskarżonej decyzji stwierdzić należało, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie. Sąd nie znalazł podstaw do stwierdzenia, że zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem przepisów prawa materialnego lub z naruszeniem przepisów postępowania w stopniu uzasadniającym jej wyeliminowanie z obrotu prawnego. Wobec braku naruszeń prawa o takim ciężarze gatunkowym nie było podstaw do uchylenia tej decyzji.

Na wstępie podkreślić należy, iż ustalony w sprawie, na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego, stan faktyczny nie budzi wątpliwości. Sąd przyjął zatem za własne ustalenia faktyczne poczynione przez Organy obu instancji, wobec czego za zbędne uznał ich ponowne przedstawienie.

Kwestią sporną w rozpoznawanej sprawie jest to, czy kwota wpłaty z [...] lipca 2024 r. została prawidłowo zaliczona proporcjonalnie na poczet ww. zaległości w podatku od towarów i usług za wrzesień - grudzień 2017 r. oraz należnych od nich odsetek za zwłokę. W ocenie strony skarżącej, organy błędnie przyjęły, że odsetki od zaległości podatkowej należne są za cały okres trwania kontroli celno-skarbowej, bowiem powinny być naliczone wyłącznie od dnia powstania obowiązku podatkowego do dnia wszczęcia postępowania kontrolnego prowadzonego pierwotnie przez pracowników UCS, wobec znacznego i niczym nieuzasadnionego przekroczenia terminów procesowych zakreślonych dla czynności kontrolnych organu. Uzasadniając swoje stanowisko, strona wskazała na wyrok NSA z 26 września 2016 r., I FSK 1245/16, wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r., SK 2/10 i wyrok WSA w Krakowie z 19 października 2022 r., I SA/Kr 594/22.

Tymczasem, organ odwoławczy stanął na stanowisku, że mając na uwadze art. 55 § 2 O.p., prawidłowe było zaliczenie wpłaty z [...] lipca 2024 r. proporcjonalnie na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za wrzesień - grudzień 2017 r. oraz należnych od nich odsetek za zwłokę. Prawidłowo też, w świetle przepisów prawa, organ pierwszej instancji odsetki za zwłokę naliczył od dnia następującego po dniu upływu terminu ich płatności do dnia zapłaty, tj. do [...] lipca 2024 r., z uwzględnieniem przerw w ich naliczaniu, tj. od [...] marca 2023 r. (doręczenie postanowienia o przekształceniu kontroli w postępowanie podatkowe) do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, tj. do [...] maja 2024 r.

W istocie zatem spór w sprawie sprowadzał się do tego, czy za okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej naliczane powinny być - jak przyjął organ - odsetki, czy też do kontroli tej ma zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 O.p., który określa przerwy w naliczaniu odsetek.

Sąd po rozpoznaniu tak zarysowanej istoty sporu stwierdza, że stosownie do art. 94 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2023 r., poz. 615 ze zm.; dalej: "ustawa o KAS"), obowiązującej od dnia 1 marca 2017 r., "w zakresie nieuregulowanym do kontroli celno-skarbowej przepisy: 1) art. 3e, art. 12, art. 102 § 3, art. 135, art. 138, art. 139 § 4, art. 140 § 2, art. 141-143, art. 165b, art. 165c, art. 175-177; 2) działu IV rozdziałów 1, 2, 3a, 5, 6, 10, 11, z wyjątkiem art. 182-185, art. 189 § 3, art. 190 § 1, art. 193 § 6-8, art. 198 i art. 200, oraz rozdziałów 12, 14, 16, 22 i 23;

3) art. 281, art. 282a, art. 283 § 4 i 5, art. 284a § 5-6, art. 284ab § 1-3, art. 286 § 3, art. 286a § 1 i 2, art. 289, art. 290 § 4-6, art. 291a, art. 291d oraz działu VII - Ordynacji podatkowej stosuje się odpowiednio".

Wobec ww. przepisu nie ma wątpliwości, że do kontroli celno-skarbowej nie ma zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p., bowiem nie został on wymieniony w katalogu przepisów mających odpowiednie zastosowanie w zakresie nieuregulowanym do kontroli celno-skarbowej.

Przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. znajduje się w dziale III rozdziale 6 O.p. i stanowi, że odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.

Ustawodawca nie przewiduje zatem w ustawie o KAS, ani też w O.p., przerw w naliczaniu odsetek za zwłokę za czas trwania kontroli celno-skarbowej.

Sąd zaznacza, że do kontroli celno-skarbowej mają zastosowanie jedynie te przepisy O.p., które wyraźnie zostały wymienione w art. 94 ustawy o KAS, a wśród nich nie ma art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Oznacza to w konsekwencji, że organ podatkowy nie może takiego wyłączenia zastosować. Co istotne ustawodawca odrębnie normuje kontrolę celno-skarbową i postępowanie podatkowe, co nie jest bez znaczenia dla oceny spornej w tej sprawie kwestii odpowiedniego stosowania do kontroli celno-skarbowej przepisu art. 54 § 1 pkt 7 O.p., który jest dedykowany do postępowania podatkowego.

W ocenie Sądu, w niniejszej sprawie nie ma też zastosowania – wbrew wywodom skargi – wyrok TK z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10. Sąd podziela w tym zakresie twierdzenie organu i wskazuje, że wyrok ten zapadł w zupełnie innym stanie prawnym niż mający zastosowanie w tej sprawie.

W wyniku dokonanej, po powoływanym przez Spółkę wyroku TK zmiany regulacji prawnej, obecnie – na mocy art. 63 ust. 1 ustawy o KAS – kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Stosownie do ust. 2 tego przepisu, o każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia. Naczelnik urzędu celno-skarbowego po zakończeniu czynności kontrolnych dokonanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, sporządza wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową.

Stosownie zaś do art. 83 ust. 1 ustawy o KAS, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli: 1) kontrolowany nie złożył korekty deklaracji, o której mowa w art. 82 ust. 3, albo 2) organ nie uwzględnił złożonej korekty deklaracji, albo 3) organ uwzględnił złożoną korektę deklaracji i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub Istnieją przesłanki do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług.

Na gruncie tej regulacji, odmiennie niż w stanie prawnym ocenianym przez Trybunał, obowiązuje zatem nowa procedura kontroli podatników, która zastąpiła poprzednio obowiązującą procedurę postępowania kontrolnego prowadzonego na podstawie ustawy o kontroli skarbowej. Zasadnicza dla sprawy różnica między tymi uregulowaniami jest taka, że w obecnym stanie prawnym, tj. na gruncie ustawy o KAS, naczelnik urzędu celno-skarbowego po zakończeniu czynności kontrolnych dokonywanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, sporządza wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy zatem kontrolę celno-skarbową bez wydania decyzji. Natomiast na gruncie ustawy o kontroli skarbowej, a ściślej zakwestionowanego przez Trybunał art. 31 ust. 1, postępowanie kontrolne prowadzone przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej kończyło się wydaniem decyzji, nie było wyodrębnionego postępowania podatkowego i dlatego sytuacja u kontrolowanych podatników nie była – co zakwestionował Trybunał we wskazanym wyroku – równa, ponieważ wówczas do kontroli tej nie miał zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 O.p.

Wprowadzenie kontroli celno-skarbowej zakończonej jedynie wynikiem i tylko ewentualnym jej przekształceniem w postępowanie podatkowe, zrównało sytuację podatników. W rezultacie, niezależnie od tego, czy kontrolę prowadzi naczelnik urzędu skarbowego czy naczelnik urzędu celno-skarbowego procedury dla kontrolowanego podatnika są zbieżne. W przypadku kontroli podatkowej prowadzonej na podstawie przepisów O.p. kończy się ona sporządzeniem protokołu, a jeśli podatnik nie skorzysta z praw gwarantujących złożenie korekty deklaracji na zasadach określonych w art. 81 i art. 81b O.p., wszczyna się postępowanie podatkowe. Dopiero od momentu wszczęcia postępowania podatkowego przepisy O.p. przewidują możliwość wyłączenia okresu w naliczaniu odsetek.

Z uwagi na wyżej opisaną zmianę normatywną, która wyeliminowała nierówność będącą podstawą orzeczenia Trybunału z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10, nie jest zatem możliwe odnoszenie uwag Trybunału o niekonstytucyjności badanych wtedy przepisów, a to art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, do obecnie obowiązującej regulacji prawnej, czyli art. 94 ustawy o KAS. Sądowi znane są orzeczenia, w których sądy w podobnych sytuacjach procesowych, w aktualnym brzmieniu art. 94 ust. 1 ustawy o KAS dopatrują się podnoszonej przez TK w cytowanym wyroku w odniesieniu do uprzednio obowiązującej ustawy o kontroli skarbowej nierówności podatników, jednak jest to stanowisko nieutrwalone, którego Sąd rozpoznający niniejszą sprawę nie podziela. Zdaniem Sądu, organy słusznie zatem nie zastosowały w sprawie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. do przedłużonego trwania kontroli celno-skarbowej, a zaakceptowanie odmiennego poglądu Spółki byłoby nieuzasadnionym naruszeniem obowiązującego porządku prawnego.

Wprowadzenie kontroli celno-skarbowej, zakończonej wynikiem i dopiero ewentualnym jej przekształceniem w postępowanie podatkowe, zrównało sytuację podatników. W rezultacie, niezależnie od tego, czy kontrolę prowadzi naczelnik urzędu skarbowego czy naczelnik urzędu celno-skarbowego procedury dla kontrolowanego podatnika są zbieżne. W przypadku kontroli podatkowej prowadzonej na podstawie przepisów O.p. kontrola kończy się sporządzeniem protokołu, a jeśli podatnik nie skorzysta z praw gwarantujących złożenie korekty deklaracji na zasadach określonych w art. 81 i art. 81b O.p., to wszczyna się postępowanie podatkowe.

A zatem dopiero od momentu wszczęcia postępowania podatkowego przepisy O.p. przewidują możliwość wyłączenia okresu w naliczaniu odsetek.

Z uwagi na wskazywaną zmianę nie jest możliwe odnoszenie uwag TK o niekonstytucyjności badanych przepisów, a to art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, do obecnie obowiązującej regulacji prawnej, a to art. 94 ustawy o KAS.

Zaakceptowanie zaś poglądu skarżącej stanowiłaby ewidentne naruszenie obowiązującego porządku prawnego, co istotne spełniającego wymogi wyroku TK, to jeszcze właśnie prowadziłoby do sytuacji różnicowania sytuacji podatników, co przecież zakwestionował TK na gruncie poprzednio obowiązującej ustawy o kontroli skarbowej (por. wyroki: WSA w Łodzi z 21 listopada 2023 r., I SA/Łd 769/23; WSA w Kielcach z 30 października 2024 r., I SA/Ke 435/24; WSA w Łodzi z 4 czerwca 2024 r., I SA/Łd 205/24; WSA w Warszawie z 26 czerwca 2024 r., III SA/Wa 918/24; WSA w Szczecinie z 31 stycznia 2024 r., I SA/Sz 563/23; WSA w Białymstoku z 17 kwietnia 2024 r., I SA/Bk 60/24).

Z tych względów Sąd nie podziela stanowiska skarżącej opartego o wyrok WSA w Krakowie z 19 października 2022 r., I SA/Kr 594/22.

Odsetki są automatycznym następstwem powstania zaległości podatkowej. Regułą jest, że są one naliczane bez względu na okoliczności związane z powstaniem zaległości i wolę stron stosunku prawnopodatkowego. Od tej reguły w art. 54 O.p. przepisie przewidziane są wyjątki. Wymienia się tu dziewięć przypadków nienaliczania odsetek w sytuacjach ściśle określonych. Podmioty, na których ciąży obowiązek naliczania odsetek, są zobowiązane je uwzględniać (L. Etel (w:) R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, P. Pietrasz, M. Popławski, W. Stachurski, K. Teszner, L. Etel,Ordynacja podatkowa. Komentarz. Tom I. Zobowiązania podatkowe. Art. 1-119zzk, Warszawa 2022, art. 54.).

Podsumowując stwierdzić należało, że nie ma obecnie podstawy prawnej do tego, aby zapisy art. 54 § 1 pkt 7 O.p. rozciągać na czas trwania kontroli celno-skarbowej. W związku z powyższym argumentacja skarżącej w zakresie naliczenia odsetek za czas trwania kontroli celno-skarbowej, która nie została zakończona w terminie 3 miesięcy, nie znajduje uzasadnienia w obowiązujących przepisach prawa.

W tym stanie rzeczy, w świetle art. 62 § 1 O.p., organy prawidłowo rozliczyły wpłatę skarżącej, a co za tym idzie zarzut naruszenia ww. przepisu prawa należało uznać za bezzasadny.

Ponadto, w świetle przedstawionych wyżej wniosków i ocen także zarzuty dotyczące naruszenia przez organy podatkowe przepisów postępowania, tj. art. 121 § 1, art. 122 i art. 210 § 4 O.p., również uznać należało za nieuzasadnione.

W ocenie Sądu, organy podatkowe podjęły wszelkie możliwe działania w celu dokładnego wyjaśnienia sprawy, zebrały materiał dowodowy wystarczający do podjęcia rozstrzygnięcia, wyczerpująco go rozpatrzyły, a następnie dokonały właściwej oceny zebranych dowodów, zgodnie z zasadami logicznego rozumowania, oraz prawidłowo oceniły prawnie ustalony stan faktyczny, co znalazło odzwierciedlenie w uzasadnieniach podjętych rozstrzygnięć. Nie budzi więc wątpliwości Sądu, że zarówno organ I instancji, jak i organ II instancji właściwie przeprowadziły postępowania, a wydane w ich toku postanowienia odpowiadają prawu.

Mając powyższe na uwadze, Sąd, na podstawie art. 151 P.p.s.a., orzekł, jak w sentencji wyroku.

Orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są w internetowej bazie orzeczeń NSA - http://orzeczenia.nsa.gov.pl.