W kwestii pytania nr 3 wnioskodawca stwierdził, że podstawą opodatkowania VAT z tytułu realizacji czynności opodatkowanych - gdzie wynagrodzenie określone zostało jako podział zysku z komercjalizacji zrealizowanej przez Instytut P. w imieniu MNiSW - będzie wartość środków finansowych w części przypadającej na wnioskodawcę (tj. przypadająca na wnioskodawcę część z 15% środków z komercjalizacji). Wnioskodawca zauważył, że z umowy o dofinansowanie oraz regulaminu komercjalizacji jednoznacznie wynika, że wnioskodawcy - z tytułu sprzedaży zrealizowanej przez wnioskodawcę - przysługiwać będzie część z 15% środków uzyskanych z komercjalizacji zrealizowanej przez Instytut P. w imieniu MNiSW. Wartość ta stanowić będzie określone art. 29a ust. 1 ustawy o VAT "wszystko, co stanowi zapłatę, którą usługodawca ma otrzymać z tytułu sprzedaży od usługobiorcy lub osoby trzeciej.
Odnosząc się do pytania nr 4, wnioskodawca stwierdził, że przekazanie przez niego własności intelektualnej (wyników Zadania Badawczego) - w przypadku, gdy finalnie nie dojdzie do komercjalizacji - nie będzie stanowiło nieodpłatnego świadczenia podlegającego opodatkowaniu VAT, tj. czynności, o której mowa w art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT. Wnioskodawca zauważył, że celem mechanizmu realizacji badań naukowych w ramach wirtualnego instytutu badawczego jest finalna komercjalizacja wyników Zadania Badawczego, tj. docelowa odpłatna sprzedaż praw do wyników badań. Zdarzyć się jednakże może, że Instytut P. uzna, iż z uwagi na obiektywne przesłanki, przekazana przez wnioskodawcę własność intelektualna nie zostanie objęta ochroną prawną (z uwagi np. na zbyt niski potencjał komercjalizacyjny) lub też, mimo najlepszych działań Instytutu P., z przyczyn obiektywnych do finalnej sprzedaży praw nie dojdzie (np. nie znajdzie się chętny aby je nabyć). Wówczas okaże się, że - z przyczyn obiektywnych - świadczenie wnioskodawcy (post factum) zostało zrealizowane nieodpłatnie. Zdaniem wnioskodawcy wówczas nie można uznać, że w ogóle zastosowanie znajdzie hipoteza art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT. Przepis ten znajduje bowiem zastosowanie w sytuacji, gdy czynność od samego początku - z zamiaru wnioskodawcy - ma charakter nieodpłatny. W ww. przypadku sytuacja taka nie ma miejsca. Celem wnioskodawcy jest uzyskanie wynagrodzenia z tytułu zbycia - z założenia - odpłatnego własności intelektualnej (w wysokości 15% środków z komercjalizacji po potrąceniu jej kosztów przez Instytut P.). Jednakże, z ostrożności, nawet przyjmując stanowisko odmienne (że aktywuje się w takiej sytuacji hipoteza art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT), nie będziemy mieli do czynienia z czynnością opodatkowaną VAT. Wykładnia art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT nakazuje bowiem ustalić, w jakim celu dokonane zostaje nieodpłatne przekazanie świadczeń (tutaj usług). Jeżeli w celu niezwiązanym z działalnością wnioskodawcy, wówczas mamy do czynienia z działalnością opodatkowaną VAT. Jako cel niezwiązany z działalnością wnioskodawcy należy uznać cel, z którego korzyści odnosi jedynie podmiot trzeci (uzyskujący prawa), a wnioskodawca nie ma z tego tytułu żadnej wartości dodanej. Podmiot trzeci zamiast nabyć odpłatnie usługę otrzymuje ją w swoim "prywatnym" celu nieodpłatnie. W stanie faktycznym sprawy przedstawionej we wniosku takiej tezy postawić nie można. Wnioskodawca po realizacji Zadania Badawczego (w przypadku jego powodzenia) przeniesie własność intelektualną wyników badań. W wyniku zaś procesu komercjalizacji wnioskodawca (oraz pozostali członkowie konsorcjum) ma otrzymać od MNiSW wynagrodzenie. Tylko w tym celu, tj. aby uzyskać wynagrodzenie z finalnego efektu sprzedaży wyników badań, wnioskodawca będzie przenosił własność intelektualną do wyników Zadania Badawczego. Będzie to jedynie środek prowadzący do dalszego celu pozwalający na finalne uzyskanie przez wnioskodawcę wynagrodzenia z tytułu komercjalizacji. Będzie to więc czynność ściśle związana z działalnością wnioskodawcy (zrealizowana celem uzyskania przyszłych zysków z tytułu realizacji czynności opodatkowanych VAT). Dlatego w przypadku zaistnienia obiektywnych przeszkód, jakie uniemożliwią wskazaną komercjalizację (de facto niezależnych od wnioskodawcy), nie zostanie wypełniona dyspozycja art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT.
Organ, oceniając zaprezentowane stanowisko wnioskodawcy, stwierdził, że jest ono prawidłowe w zakresie uznania środków z tytułu podziału zysku z komercjalizacji zrealizowanej przez Instytut P. za wynagrodzenie za realizację czynności opodatkowanych (pytanie nr 2) oraz co do uznania środków finansowych w części przypadającej na wnioskodawcę (tj. części z 15% wartości środków finansowych uzyskanych z komercjalizacji) za podstawę opodatkowania z tytułu realizacji czynności opodatkowanych (pytanie nr 3). Organ uznał zaś stanowisko wnioskodawcy za nieprawidłowe w zakresie nieuznania za podstawę opodatkowania środków finansowych - w części dystrybuowanej na rzecz wnioskodawcy - otrzymywanych ze środków Funduszu za pośrednictwem Instytutu P. (pytanie nr 1) oraz co do braku uznania przekazania przez wnioskodawcę własności intelektualnej wyników Zadania Badawczego - w przypadku, gdy finalnie nie dojdzie do komercjalizacji - za nieodpłatne świadczenie podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT zgodnie z art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT (pytanie nr 4).
Uzasadniając swoje stanowisko, DKIS przywołał art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1, art. 8 ust. 1 i ust. 2, art. 15 ust. 1 i ust. 2 oraz art. 29a ust. 1, ust. 6 i ust. 7 ustawy o VAT. DKIS wskazał, że z powyższych przepisów wynika, że, co do zasady, podstawa opodatkowania obejmuje wszystko, co stanowi wartość otrzymanego świadczenia, które dostawca lub świadczący usługę otrzymuje lub powinien otrzymać od kupującego. Przepis art. 29a ust. 6 i ust. 7 ustawy o VAT wymienia elementy, które powinny być wliczane bądź nie powinny być wliczane do podstawy opodatkowania. Do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług wlicza się tylko takie dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze, które mają bezpośredni wpływ na kwotę należną (cenę) z tytułu dostawy towaru lub świadczenia usługi. Nie jest więc podstawą opodatkowania ogólna dotacja (subwencja, inna dopłata o podobnym charakterze) uzyskana przez podatnika, niezwiązana z dostawą towaru lub świadczeniem usługi. W przypadku natomiast, gdy podatnik otrzyma dofinansowanie, które będzie związane z dostawą lub świadczeniem usług, jako pokrycie części ceny konkretnego świadczenia lub rekompensatę z tytułu wykonania określonego świadczenia po cenach obniżonych, płatność taka będzie zaliczana do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Odwołując się do orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, organ wskazał, że pojęcie subwencji (dotacji) bezpośrednio związanych z ceną należy interpretować jako obejmujące wyłącznie subwencje, które stanowią całość lub część wynagrodzenia za dostawę towarów lub świadczenie usług, a które są wypłacane przez podmiot trzeci w stosunku do sprzedawcy lub świadczącego. W celu ustalenia, czy dotacja stanowi wynagrodzenie, cena towarów i usług musi, co do zasady, być ustalana nie później, niż w momencie zdarzenia podlegającego opodatkowaniu. Zobowiązanie do zapłaty dotacji dokonane przez osobę, która jej udziela, rodzi korelat, jakim jest prawo beneficjenta do jej otrzymania, ponieważ dokonał on dostawy podlegającej opodatkowaniu. Ten związek pomiędzy dotacją a ceną musi być jednoznacznie widoczny na podstawie indywidualnej analizy okoliczności stanowiących podstawę wypłaty tego wynagrodzenia. Z drugiej strony nie jest konieczne, aby cena towarów lub usług bądź część tej ceny została ustalona. Wystarczy, by możliwe było jej ustalenie. Cena jaką płaci nabywca musi być ustalana w taki sposób, że zmniejsza się ona w proporcji do dotacji przyznanej sprzedawcy towarów lub świadczącemu usługi, co zatem stanowi element ustalenia ceny, jakiej żąda ten ostatni. Zatem, jeżeli otrzymywane dofinansowanie (dotacja) jest w sposób zindywidualizowany i policzalny związane z ceną danego świadczenia (tj. świadczenie dzięki dotacji ma cenę niższą o konkretną kwotę), takie dofinansowanie podlega opodatkowaniu VAT. Jeżeli natomiast związek tego rodzaju nie występuje i równocześnie dofinansowanie nie jest elementem wynagrodzenia związanego z danymi dostawami towarów lub usług, wówczas można - i należy - potraktować je jako płatność niepodlegającą VAT.
Zdaniem DKIS w analizowanej sprawie mamy do czynienia z sytuacją, w której wystąpią skonkretyzowane świadczenia w zamian za określone wynagrodzenie. Środki finansowe, które wnioskodawca otrzyma ze środków Funduszu za pośrednictwem Instytutu P. na realizację Zadania Badawczego należy uznać za otrzymane od osoby trzeciej środki (dotacje, subwencje lub dopłaty o podobnym charakterze) mające bezpośredni wpływ na cenę świadczonych przez stronę usług. DKIS wskazał, że ostatecznym beneficjentem czynności wykonywanych przez wnioskodawcę w związku z realizacją projektu będzie Skarb Państwa - MNISW. Fakt, że strona nie będzie pobierać odpłatności od ostatecznego beneficjenta za wykonanie określonych czynności w ramach projektu, nie oznacza, że ww. świadczenia wykonane zostaną nieodpłatnie. W tej sytuacji zapłatą za te świadczenia będą środki finansowe otrzymane od Instytutu P., nazwane we wniosku dofinansowaniem. Tym samym, realizację Zadania Badawczego określonego w projekcie należy uznać za podlegające opodatkowaniu świadczenie usług. W przedmiotowej sprawie zostaną bowiem spełnione wszystkie przesłanki, aby uznać wykonywane przez stronę w ramach projektu czynności za świadczenie usług w rozumieniu art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, podlegające opodatkowaniu VAT na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT. W analizowanym przypadku będzie istniał bezpośredni związek pomiędzy dokonanym świadczeniem, polegającym na realizacji Zadania Badawczego, w ramach którego zostanie wytworzona własność intelektualna, a otrzymanym w zamian od osoby trzeciej wynagrodzeniem. Zdaniem DKIS istotne jest, że dofinansowanie zostanie przyznane w związku z konkretnym świadczeniem (Zadaniem Badawczym), a nie na ogólną działalność wnioskodawcy. A zatem przedmiotowe dofinansowanie będzie miało związek z ceną świadczonych usług, gdyż bezpośrednio będzie wpływało na cenę świadczenia (beneficjent nie będzie wnosił opłaty za własność intelektualną, którą otrzyma w wyniku realizacji projektu), zatem będzie zwiększało podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, a tym samym będzie podlegało opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT.
DKIS wspomniał, że wnioskodawca zaproponował Instytutowi P. wykonanie określonej usługi, a Instytut P. przyjmie ofertę i zobowiąże się do zapłaty wynagrodzenia w wysokości poniesionych przez stronę kosztów oraz części kwot uzyskanych ze sprzedaży rezultatów projektu. Przy czym należy mieć na uwadze, że w analizowanej sprawie strona będzie zobowiązana, aby przenieść wytworzoną w ramach Zadania Badawczego całość własności intelektualnej na MNiSW. Zatem zarówno dofinansowanie, przeznaczone na realizację Zadania Badawczego i przekazanie własności intelektualnej na rzecz MNiSW, jak i wpływy z komercjalizacji własności intelektualnej wytworzonej w wyniku realizacji Zadania Badawczego, będą stanowiły wynagrodzenie za usługę świadczoną przez wnioskodawcę na rzecz Instytutu P. W analizowanej sprawie nie można rozpatrywać odrębnie procesu realizacji Zadania Badawczego i wytworzonej w jego wyniku własności intelektualnej. Nie można się zgodzić z wnioskodawcą, że przeniesienie własności intelektualnej na MNiSW nie jest konsekwencją otrzymanego dofinansowania. MNiSW nabędzie własność intelektualną wytworzoną w wyniku realizacji Zadania Badawczego niezależnie od tego, czy strona złoży oświadczenie wymagane umową o finansowanie, czy nie. Oznacza to, że przeniesienie własności intelektualnej na MNiSW będzie konsekwencją otrzymanego dofinansowania. Jak wskazano powyżej, strona otrzyma dofinansowanie na ściśle określone Zadanie Badawcze, a jednym ze świadczeń, jakie ma zrealizować w ramach realizacji umowy o finansowanie, będzie przeniesienie na MNiSW własności intelektualnej. W analizowanym przypadku będzie istniał bezpośredni związek pomiędzy dokonanym świadczeniem (realizacją Zadania Badawczego) a otrzymanym od osoby trzeciej wynagrodzeniem w zamian za przeniesienie powstałej jako efekt realizacji Zadania Badawczego własności intelektualnej. Tym samym otrzymane przez wnioskodawcę dofinansowanie oraz środki z komercjalizacji stanowić będą wynagrodzenie za usługę, podlegającą opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT.
W zakresie pytania nr 4 DKIS ocenił, że stanowisko strony było nieprawidłowe, wskazując, że nieodpłatne świadczenie usług - co do zasady - nie podlega opodatkowaniu VAT, z wyjątkiem ściśle określonych sytuacji, wskazanych m.in. w art. 8 ust. 2 ustawy o VAT. Wynika z niego, że aby nieodpłatne świadczenie usług podlegało opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, muszą być spełnione określone warunki:
- w przypadku użycia towarów stanowiących część przedsiębiorstwa - użycie ich do celów innych niż działalność gospodarcza podatnika oraz istnienie prawa do odliczenia w całości lub w części podatku naliczonego m.in. przy nabyciu tych towarów (warunki te muszą być spełnione łącznie),
- w przypadku świadczenia usług - świadczenie ich do celów innych niż działalność gospodarcza podatnika.
Dalej DKIS podał, że jednym z założeń projektu jest przekazanie wartości intelektualnej, wytworzonej w ramach realizacji Zadania Badawczego, na rzecz MNiSW w celu komercjalizacji, tj. sprzedaży praw do własności intelektualnej za pośrednictwem Instytutu P. i przekazania części uzyskanych środków na rzecz wnioskodawcy. Przekazanie praw do wyników działalności naukowej (w tym know-how) na rzecz Instytutu P. (a docelowo – na rzecz MNiSW) i planowana komercjalizacja będą nierozerwalnie związane z procesem wytworzenia wartości intelektualnej w ramach realizacji Zadania Badawczego. Do przekazania praw i komercjalizacji dojdzie tylko wtedy, jeśli własność intelektualna zostanie wytworzona. Jeżeli Instytut P. nie sprzeda praw do własności intelektualnej wytworzonej w projekcie i w konsekwencji strona nie otrzyma swojej części wpływów z komercjalizacji, nie będzie to oznaczało, że świadczenie na rzecz Instytutu P. - przekazanie praw do własności intelektualnej -będzie świadczeniem nieodpłatnym, gdyż zapłatą za to świadczenie będą otrzymane przez wnioskodawcę środki w ramach finansowania Zadania Badawczego. W analizowanej sprawie nie znajdzie zatem zastosowania art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT, gdyż świadczenie realizowane na rzecz Instytutu P. będzie odpłatne nawet pomimo braku komercjalizacji.
Nie godząc się z przytoczoną interpretacją indywidualną, strona wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu. Zaskarżonej interpretacji zarzucono:
1) naruszenie przepisów postępowania, tj. art. 14c § 1 i § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2026 r. poz. 622; dalej: Ordynacja podatkowa, o.p.), poprzez niewłaściwe uzasadnienie prawne zaskarżonej interpretacji polegające na zajęciu stanowiska w oderwaniu od przedstawionego przez Stronę stanu faktycznego, tj. bez uwzględnienia specyfiki konstrukcji jaką wprowadzono w badaniach realizowanych w ramach tzw. wirtualnego instytutu badawczego, gdzie pierwotnie Strona realizuje badanie, którego koszty są finansowane ze środków Funduszu, a dopiero kolejno - po zakończeniu Zadania Badawczego - dokonuje czynności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, tj. sprzedaży praw własności intelektualnej;
2) naruszenie przepisów postępowania, tj. art. 14c § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej, poprzez niewłaściwe uzasadnienie prawne zaskarżonej interpretacji polegające na istnieniu wewnętrznej rozbieżności w treści tego uzasadnienia skutkującej brakiem możliwości jednoznacznego wywnioskowania podstawę opodatkowania jakiej czynności - zdaniem organu - stanowią środki otrzymywane z Funduszu, którymi strona finansuje koszty realizowanego Zadania Badawczego (środki przypadające na rzecz strony z tytułu realizowanych przez stronę w Zadaniu Badawczym czynności);
3) niewłaściwą ocenę co do zastosowania przepisu prawa materialnego, tj. art. 29a ust. 1 ustawy o VAT polegającą na przyjęciu, że przepis ten ma zastosowanie do środków finansowych otrzymywanych przez stronę ze środków Funduszu celem pokrycia wydatków związanych z realizacją Zadania Badawczego, a w rezultacie przyjęcie, że środki te stanowią podstawę opodatkowania po stronie wnioskodawcy, z tytułu realizowanej w przyszłości sprzedaży praw własności intelektualnej;
4) niewłaściwą ocenę co do niezastosowania przepisu prawa materialnego, tj. art. 8 ust. 2 pkt 2 w zw. z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT polegającą na przyjęciu, że w analizowanej sprawie w ogóle nie znajdzie zastosowania art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT, gdyż świadczenie realizowane na rzecz MNiSW będzie odpłatne nawet pomimo braku komercjalizacji.
W uzasadnieniu skargi podniesiono w szczególności, że uzasadnienie zaskarżonej interpretacji zawiera pewne rozbieżności, które nie pozwalają w pełni odkodować, co stanowiło podstawę interpretacji indywidualnej. Istnienie tej rozbieżności nie pozwala bowiem jednoznacznie i bezspornie stwierdzić, czy zdaniem organu podatkowego, w przedstawionym przez stronę stanie faktycznym sprawy istnieje tak naprawdę jedna czy też dwie odrębne następujące po sobie czynności opodatkowane podatkiem od towarów i usług. Trudno także wywnioskować, czy zdaniem organu podatkowego, otrzymane od Instytutu P. finansowanie stanowi wynagrodzenie za usługę (realizowaną na rzecz MNiSW) uiszczane ze środków Funduszu, czy też jest to forma dotacji do ceny tej usługi. Zdaniem strony w warunkach niniejszej sprawy o bezpośrednim związku z ceną moglibyśmy mówić, gdyby Skarb Państwa (w imieniu którego występuje MNiSW) nabywał konkretną usługę, tj. wyniki badań prowadzone przez stronę, po określonej cenie lub płacił określoną cenę za samo prowadzenie tychże badań, a cena za usługę zależałaby od uzyskanej kwoty dofinansowania. W takim przypadku świadczenie strony powinno zostać jednak wycenione (znana winna być cena usługi), a kwota wynagrodzenia za świadczenie powinna być odpowiednio zmniejszona, przy czym to zmniejszenie powinno odpowiadać kwocie otrzymanego dofinansowania. Przede wszystkim jednak, aby twierdzić, że dofinansowanie jest dopłatą do ceny za świadczenie usługi musielibyśmy mieć do czynienia z usługą realizowaną przez stronę. W analizowanym stanie faktycznym strona nie świadczy żadnej usługi, której cena ulegałaby jakiejkolwiek modyfikacji wskutek otrzymanego dofinansowania. Przekazanie dofinansowania, a realizacja Zadania Badawczego i przeniesienie praw własności intelektualnej to dwa niezależne świadczenia, które nie mają ekwiwalentnego charakteru i które służą dwóm różnym celom. Otrzymywane finansowanie ma za zadanie sfinansować prace rozwoje i badania w ramach projektu, nie jest to natomiast zapłatą za zleconą usługę.
Strona podkreśliła, że w we wniosku o interpretację wyraźnie wskazano, że przeniesienie praw własności intelektualnej do powstałych wyników badań będzie odpłatne tylko w przypadku, gdy dojdzie do komercjalizacji tych wyników. W przypadku, gdy uda się zrealizować Zadanie Badawcze, a prawa własności intelektualnej do wyników powstałych w toku jego realizacji zostaną skomercjalizowane, strona otrzyma wynagrodzenie w wysokości 15% przychodów uzyskanych z tej komercjalizacji. Gdy do komercjalizacji nie dojdzie, świadczenie strony pozostanie nieodpłatne. Wysokość wynagrodzenia uzyskanego przez stronę z komercjalizacji będzie przy tym znana dopiero, gdy dojdzie do komercjalizacji. Nie jest ona znana na etapie zawarcia umowy o dofinansowanie (znany jest jedynie procent/udział strony w przychodach z komercjalizacji). Wysokość dofinansowania nie jest więc w żaden sposób zależna od potencjalnej komercjalizacji wyników badań i wysokości uzyskanego w przyszłości dofinansowania. Wynagrodzenie nie było również kalkulowane w oparciu o potencjalny przychód z komercjalizacji, ponieważ taki przychód nie był znany w dacie zawarcia umowy o finansowanie. Mając na uwadze to, że strona nie będzie świadczyła żadnej usługi w ramach umowy o dofinansowanie i nie będzie kalkulowała ceny realizowanych przez siebie świadczeń, która miałaby ulegać zmianie wskutek otrzymania dofinansowania, nie sposób uznać, że dofinansowanie ma charakter cenotwórczy i stanowi przedmiot opodatkowania na podstawie art. 29a ustawy o VAT. Tymczasem DKIS przyjął nieprawidłowe założenie, że realizacja Zadania Badawczego i następujące po tej realizacji przekazanie praw do wyników działalności naukowej celem dokonania przyszłej ewentualnej komercjalizacji stanowią jedną czynność (świadczenie), które jest ze sobą nierozerwalnie związane. Konsekwencją tego założenia jest uznanie, że środki otrzymane celem pokrycia wydatków związanych z realizacją Zadania Badawczego oraz środki z komercjalizacji stanowić będą (łącznie) wynagrodzenie za usługę.
Strona skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej interpretacji oraz zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania według norm przepisanych.
W odpowiedzi na skargę DKIS wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując stanowisko wyrażone w zaskarżonej interpretacji indywidualnej.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej: p.p.s.a.), sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a. W myśl art. 57a p.p.s.a. skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Stosownie do treści art. 146 § 1 p.p.s.a., sąd, uwzględniając skargę na interpretację indywidualną, uchyla tę interpretację. Przepis art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. stosuje się odpowiednio. Odpowiednie stosowanie art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. prowadzi do wniosku, że sąd uchyla interpretację w całości albo w części jeżeli stwierdzi: 1) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy; 2) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego lub 3) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.).
Przechodząc do omówienia motywów rozstrzygnięcia, należy zauważyć, że zasadniczym przedmiotem sporu strony skarżącej z organem pozostaje kwestia, czy przekazane w ramach dofinansowania z Funduszu środki przeznaczone na realizację Zadania Badawczego należy uznać za dotację mającą bezpośredni wpływ na cenę usług świadczonych przez skarżącą, powiększającą postawę opodatkowania zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Zauważenia wobec tego wymaga, że zbliżony problem prawny, tj. kwalifikacji prawnopodatkowej dofinansowania zadań badawczych przez inny podmiot (Narodowe Centrum Badań i Rozwoju oraz Instytut P.), był już przedmiotem wypowiedzi sądów administracyjnych. W tym zakresie ukształtowana została linia orzecznicza kwestionująca stanowisko wyrażane przez DKIS w interpretacjach indywidualnych (zob. m.in.: wyrok NSA z 18 listopada 2025 r., I FSK 814/22; wyrok NSA z 19 maja 2025 r., I FSK 2063/24; wyrok NSA z 3 kwietnia 2024 r., I FSK 1836/21; wyrok NSA z 14 czerwca 2023 r., I FSK 326/19; wyrok NSA z 18 kwietnia 2023 r., I FSK 466/20; wyrok NSA z 31 stycznia 2023 r., I FSK 2058/19; wyrok NSA z 25 stycznia 2023 r., I FSK 1478/19; wyrok NSA z 21 grudnia 2022 r., I FSK 1346/19; wyrok NSA z 16 maja 2022 r., I FSK 274/19; wyrok NSA z 7 października 2021 r., I FSK 217/21; wyrok NSA z 21 marca 2019 r., I FSK 1363/18, a także np. wyrok WSA w Olsztynie z 4 września 2024 r., I SA/Ol 200/24; wyrok WSA w Krakowie z 29 sierpnia 2024 r., I SA/Kr 451/24; wyrok WSA w Warszawie z 16 listopada 2023 r., III SA/Wa 1597/23 – orzeczenia sądów administracyjnych są dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych: orzeczenia.nsa.gov.pl). Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę stanowisko wyrażone w tych orzeczeniach podzielił i przyjął prezentowaną w nich argumentację jako własną.
Idąc dalej, należy wskazać, że na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju. Stosownie do art. 8 ust. 1 ustawy o VAT przez świadczenie usług, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów w rozumieniu art. 7, w tym również: 1) przeniesienie praw do wartości niematerialnych i prawnych, bez względu na formę, w jakiej dokonano czynności prawnej; 2) zobowiązanie do powstrzymania się od dokonania czynności lub do tolerowania czynności lub sytuacji; 3) świadczenie usług zgodnie z nakazem organu władzy publicznej lub podmiotu działającego w jego imieniu lub nakazem wynikającym z mocy prawa.
Natomiast, zgodnie z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, podstawą opodatkowania, z zastrzeżeniem ust. 2, 3 i 5, art. 30a-30c, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5, jest wszystko, co stanowi zapłatę, którą dokonujący dostawy towarów lub usługodawca otrzymał lub ma otrzymać z tytułu sprzedaży od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z otrzymanymi dotacjami, subwencjami i innymi dopłatami o podobnym charakterze mającymi bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika. Przepis ten stanowi implementację art. 73 dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.Urz. UE z 11 grudnia 2006 r. Nr L 347, s. 1 ze zm.; dalej: dyrektywa VAT), zgodnie z którym w odniesieniu do dostaw towarów i świadczenia usług innych niż te, o których mowa w art. 74-77, podstawa opodatkowania obejmuje wszystko, co stanowi zapłatę otrzymaną lub którą dostawca lub usługodawca otrzyma w zamian za dostawę towarów lub świadczenie usług, od nabywcy, usługobiorcy lub osoby trzeciej, włącznie z subwencjami związanymi bezpośrednio z ceną takiej dostawy lub świadczenia.
Z treści art. 29a ust. 1 ustawy o VAT wynika, że do podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług wlicza się tylko takie dotacje, subwencje i inne dopłaty o podobnym charakterze, które mają bezpośredni wpływ na kwotę należną (cenę) z tytułu dostawy lub świadczenia usługi. Elementem zasadniczym wpływającym na objęcie uzyskiwanej przez podatnika dotacji definicją podstawy opodatkowania jest stwierdzenie, że dotacja udzielana jest w celu sfinansowania, czy też dofinansowania, dostawy konkretnych towarów lub świadczenia konkretnych usług. Oznacza to, że podstawa opodatkowania obejmuje dotacje o charakterze przedmiotowym, a nie te, które mają charakter podmiotowy. Z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej wynika, że do podstawy opodatkowania VAT zalicza się, w przypadkach które określa art. 73 dyrektywy VAT, m.in. przyznane podatnikom subwencje bezpośrednio związane z ceną dostawy lub świadczenia. Przepis ten zmierza do obciążenia podatkiem od towarów i usług całej wartości towarów lub usług, a przez to do uniknięcia zmniejszenia przychodu z podatku na skutek przyznania subwencji.
W rozpatrywanej sprawie DKIS przyjął, że dofinansowanie uzyskiwane przez skarżącą na realizację Zadania Badawczego powinno zwiększać podstawę opodatkowania, gdyż wpływa na ostateczną cenę świadczenia. Organ uznał, że istnieje bezpośredni związek pomiędzy dokonanym świadczeniem, polegającym na realizacji Zadania Badawczego, w ramach którego zostanie wytworzona własność intelektualna, a otrzymanym dofinansowaniem. Zdaniem organu dofinansowanie ma związek z ceną świadczonych usług, gdyż bezpośrednio wpływa na cenę świadczenia, wobec czego zwiększa podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, a tym samym podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT (str. 40 zaskarżonej interpretacji). Swoje stanowisko w tym zakresie DKIS wywodził z uznania, że opisana we wniosku chronologia podejmowanych czynności oraz sekwencje opisanych zdarzeń prowadzą do konkluzji, że mamy do czynienia z jednym świadczeniem podlegającym opodatkowaniu VAT. Organ wskazywał (str. 41-42 zaskarżonej interpretacji), że w ramach opisanych umów, mamy do czynienia z następującą sekwencją zdarzeń: 1) ogłoszenie konkursu; 2) przedstawienie Zadania Badawczego i określenie ceny za jego realizację ustalonej na poziomie poniesionych kosztów; 3) otrzymanie dofinansowania z Funduszu; 4) realizacja Zadania Badawczego, w ramach którego powstanie własność intelektualna; 5) przekazanie praw własności intelektualnej na rzecz Skarbu Państwa (MNISW); 6) komercjalizacja wyników badań; 7) partycypowanie wnioskodawcy w podziale wynagrodzenia uzyskanego przez Instytut P. W ocenie DKIS w tak zidentyfikowanym schemacie dofinasowanie z Funduszu jest przekazywane w celu sfinansowania konkretnej czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług (przekazania praw własności intelektualnej wytworzonych w ramach Zadania Badawczego). W analizowanym przypadku, w ocenie organu, istnieje bezpośredni związek pomiędzy dokonanym świadczeniem, polegającym na realizacji Zadania Badawczego, w ramach którego zostanie wytworzona własność intelektualna, a otrzymanym w zamian wynagrodzeniem. Biorąc pod uwagę, że planowana jest komercjalizacja wytworzonej w ramach Zadania Badawczego własności intelektualnej, DKIS uznał, że beneficjent świadczenia realizowanego przez wnioskodawcę uzyska korzyść o charakterze majątkowym, tj. otrzyma prawo własności intelektualnej wytworzonej w ramach Zadania Badawczego. W konsekwencji organ przyjął, że środki finansowe, które otrzymuje wnioskodawca ze środków Funduszu na realizację Zadania Badawczego należy uznać za otrzymane od osoby trzeciej środki (dotacje, subwencje lub dopłaty o podobnym charakterze), mające bezpośredni wpływ na cenę świadczonych przez Wnioskodawcę usług, a tym samym stanowiące podstawę opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.
Oceniając prawidłowość rozumowania organu, Sąd wskazuje, że w tym zakresie orzecznictwo TSUE zwraca uwagę na konieczność istnienia bezpośredniego związku pomiędzy dotacją a świadczeniem usług lub dostawą towarów. Przykładowo w wyroku TSUE z 15 lipca 2004 r., Komisja przeciwko Niemcom, C-144/02, EU:C:2004:444 (wydanym na gruncie poprzednio obowiązującej dyrektywy dotyczącej VAT, ale zachowującym aktualność), wskazano, że subwencja powinna przede wszystkim być przyznawana konkretnie podmiotowi subwencjonowanemu po to, by dostarczał on określonego towaru lub wykonywał określoną usługę. Jedynie w tym przypadku subwencja może być uznana za świadczenie wzajemne względem dostawy towaru lub świadczonej usługi, a w związku z tym podlegać opodatkowaniu (pkt 28). Ponadto należy zbadać, czy nabywcy towarów lub usługobiorcy czerpią zysk z subwencji przyznanej jej beneficjentowi. Należy zatem zbadać, czy okoliczność, że subwencja jest przyznawana sprzedawcy lub świadczącemu usługi, pozwala mu obiektywnie na sprzedaż towarów lub świadczenie usług po cenie niższej od tej, której by żądał, gdyby nie otrzymał subwencji (pkt 29). Powinno być w każdym razie możliwe zidentyfikowanie świadczenia wzajemnego, które stanowi subwencja. Nie ma konieczności, by kwota subwencji odpowiadała dokładnie zmniejszeniu ceny dostarczonego towaru lub wykonanej usługi. Wystarczy, by korelacja istniejąca między tym zmniejszeniem a wspomnianą wyżej subwencją, która może mieć charakter ryczałtowy, była istotna (pkt 30). Podobne stanowisko TSUE zawarł również w wyroku z 22 listopada 2001 r., Office des produits wallons, C-184/00, EU:C:2001:629C-184/00, gdzie wskazano, że subwencje związane bezpośrednio z ceną interpretuje się jako obejmujące jedynie subwencje, które stanowią całość lub część wzajemnego świadczenia za dostawę towarów lub usług i które są płacone przez stronę trzecią sprzedawcy lub dostawcy (pkt 18). Stanowisko takie prezentowane jest również w nowszym orzecznictwie, przykładowo w wyroku z 9 października 2019 r., C (VAT i subwencje rolne), C-573/18, EU:C:2019:847.
W świetle powyższego, kryterium decydującym o uznaniu dotacji za stanowiącą podstawę opodatkowania jest zatem stwierdzenie, czy dotacja dokonywana jest w celu sfinansowania konkretnej czynności podlegającej opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Dotacje niedające się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu VAT nie stanowią podstawy opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Nie ma przy tym znaczenia od kogo dostawca towaru lub świadczący usługę otrzymuje zapłatę – czy od nabywcy czy od osoby trzeciej. Ważne jest, aby było to wynagrodzenie za daną konkretną usługę lub za daną konkretną dostawę. W sytuacji zatem, gdy podatnik dla konkretnej dostawy towarów lub konkretnego świadczenia usług otrzymuje od innego podmiotu dofinansowanie, np. w postaci dotacji stanowiącej dopłatę do ceny towaru lub usługi – tego rodzaju dofinansowanie stanowi uzupełniający element podstawy opodatkowania z tytułu tej dostawy lub świadczenia. Natomiast dotacje mające na celu dofinansowanie ogólnych kosztów działalności, niedające się powiązać z konkretnymi czynnościami podlegającymi opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, a więc nieuzależnione od ilości i wartości dostarczanych towarów lub świadczonych usług, nie stanowią zapłaty w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, a tym samym nie wpływają na podstawę opodatkowania danej czynności.
Należy przypomnieć, że z przedstawionego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej stanu faktycznego wynika, że wnioskodawca wraz z pozostałymi członkami konsorcjum zobowiązuje się wykonać określone prace w ramach opisanego we wniosku Zadania Badawczego. Na podstawie zawartych umów i regulaminu wykonawcy otrzymują środki pieniężne, które mają pokryć koszty ponoszone w związku z pracami objętymi projektem. W związku z otrzymaniem finansowania na rzecz realizacji projektu wnioskodawca zobowiązuje się przenieść na Skarb Państwa całość autorskich praw majątkowych do wszelkich efektów prowadzonych prac.
W ocenie Sądu w opisanych we wniosku o wydanie interpretacji indywidulanej okolicznościach uznać należy, że dofinansowanie przekazane przez Fundusz na rzecz skarżącej ma za zadanie sfinansować prowadzone przez skarżącą badania naukowe w ramach projektu (Zadania Badawczego) ma charakter kosztowy. Organ niezasadnie przyjął (str. 41-42 zaskarżonej interpretacji), że o charakterze cenotwórczym przyznanego dofinasowania przemawia możliwość przeniesienia praw autorskich do własności intelektualnej powstałej w efekcie prowadzonych badań w ramach analizowanego Zadania Badawczego, które mogą finalnie być przedmiotem komercjalizacji, a wnioskodawca będzie uczestniczył w podziale wynagrodzenia otrzymanego z tego tytułu. Sąd zauważa, że w przypadku środków otrzymywanych z Funduszu jednym z podstawowych kryteriów przy rozpatrywaniu wniosków o dofinansowanie jest potencjalna (zakładana) komercjalizacja wyników dofinansowanego Zadania Badawczego. Wynika to m.in. ze szczególnej formy realizacji zadań badawczych w formie tzw. wirtualnego instytutu badawczego, który stanowi w ocenie ustawodawcy właściwą formę zapewniającą realizację określonego zadania badawczego w sposób umożliwiający komercjalizację osiągniętych wyników badawczych (art. 5 ust. 1 i ust. 2 ustawy o FPN). Dodatkowo zobowiązanie do współpracy przy komercjalizacji wyników pracy zespołów badawczych lub know-how związanego z tymi wynikami stanowi jeden z elementów koniecznych umowy o dofinansowanie (art. 11 pkt 4 ustawy o FPN). Inaczej rzecz ujmując, ustawodawca w wyraźny sposób ograniczył możliwość uzyskiwania dotacji z Funduszu do tych projektów badawczych, które z dużym prawdopodobieństwem umożliwią komercjalizację osiągniętych w ich ramach wyników pracy zespołów badawczych i know-how związanego z tymi wynikami. Jednak, zdaniem Sądu, ww. ograniczony zakres przedmiotowy przedsięwzięć badawczych, które mogą uzyskać dofinansowanie z Funduszu nie oznacza, iż uzyskane dofinasowanie z Funduszu ma bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez skarżącą.
Zdaniem Sądu, wobec tego, że właścicielem autorskich praw majątkowych powstałych w wyniku wykonania projektu, o którym mowa w stanie faktycznym przedstawionym we wniosku o wydanie interpretacji indywidulanej stanie się Skarb Państwa, a przeniesienie autorskich praw majątkowych na rzecz Skarbu Państwa nastąpi odpłatnie wyłącznie w razie ich późniejszej komercjalizacji, brak jest podstaw do stwierdzenia, iż dofinansowanie stanowi wynagrodzenie za świadczone usługi. Błędnie w tym zakresie DKIS przyjął, że w opisanym stanie faktycznym można mówić o skonkretyzowanej usłudze na rzecz MNISW, z a którą wynagrodzenie stanowi zarówno kwota przyznanego dofinansowania uzyskanego z Funduszu na realizację Zadania Badawczego, jak i część kwoty uzyskanej ze sprzedaży (komercjalizacji) rezultatów Zadania Badawczego. W szczególności niezasadne jest twierdzenie DKIS, że – wbrew podanemu przez wnioskodawcę opisowi zdarzenia przyszłego – w opisanych okolicznościach przekazanie praw własności intelektualnej na rzecz Skarbu Państwa odbywa się w istocie za wynagrodzeniem, którego część stanowi dofinansowanie z Funduszu. Stanowisko organu było nieuprawnione i błędne, bowiem z opisu zdarzenia przyszłego wynika, że realizacja Zadania Badawczego może zakończyć się bez wytworzenia własności intelektualnej, podlegającej przeniesieniu na Skarb Państwa (MNiSW). Tym samym nieprawidłowo organ argumentował o nierozłącznym związku dofinansowania z Funduszu i przeniesienia praw własności intelektualnej, skoro ten drugi element może nie powstać. Z opisu zdarzenia przyszłego wynika też, że dofinansowanie z Funduszu skarżąca ma przeznaczyć na określone koszty prowadzonych badań i środki te nie będą podlegać zwrotowi w razie niepowstania żadnej własności intelektualnej. To również przeczy tezie organu o tym, że dofinansowanie z Funduszu jest składnikiem ceny. W końcu zaś trudno zgodzić się z organem, że realizacja Zadania Badawczego stanowi świadczenie usługi na rzecz Instytutu P., którą miałaby być możliwość objęcia ochroną prawną wyników Zadania Badawczego i możliwość korzystania z tych wyników (str. 42 zaskarżonej interpretacji). Wobec tego, że owe wyniki Zadania Badawczego mogą nie powstać, rozumowanie organu pozostaje nieuprawnione.
Podkreślenia wymaga, że o bezpośrednim związaniu dofinansowania z ceną można by mówić jedynie wtedy, gdyby Skarb Państwa nabywał, po określonej cenie, wyniki badań wnioskodawcy lub płacił, określoną cenę za samo prowadzenie tychże badań. Następnie, po uzyskaniu dofinansowania z Funduszu, cena, za jaką ostatecznie swoją usługę wnioskodawca sprzedałby Skarbowi Państwa, zależałaby od kwoty dofinansowania. Z wniosku o interpretację nie wynika, aby istniało powiązanie kwoty dofinansowania z ewentualnym, konkretnym wynikiem prac badawczych, które wskazywałoby na to, że dofinansowanie to stanowi dopłatę do ceny praw powstałych w toku prac badawczych, jako pokrycie części ich wartości lub rekompensatę z powodu obniżenia ceny. W niniejszej sprawie nie można zatem twierdzić, że dofinasowanie zostanie przyznane w związku z konkretnym świadczeniem. Wskazać należy, że z wniosku o wydanie interpretacji nie wynika, że dofinansowanie zostało przekazane, aby określony podmiot (Skarb Państwa) mógł nabyć określone świadczenie po obniżonej cenie. Umowa o dofinansowanie nie obliguje skarżącej do osiągnięcia określonego rezultatu, którego zakup miał być dofinansowany. Nie można zatem mówić o dofinansowaniu do ceny nabycia. Co istotne, w momencie przekazania dofinasowania nie wiadomo jeszcze, czy w ogóle zostanie wytworzona jakaś własność intelektualna nadająca się do komercjalizacji. Nie ma to jednak wpływu na rozliczenia dofinansowania z Funduszem. Ponadto środki z Funduszu nie będą stanowić wartości faktycznie przekazanej w zamian za realizację usługi. Skarżąca planuje zrealizować własną tezę badawczą, a nie zleconą czynność. Od Instytutu P. uzyskane zostaną środki na pokrycie kosztów tego badania. Zdaniem Sądu skarżąca (na etapie realizacji Zadania Badawczego) w ogóle nie będzie realizować czynności, które można uznać za świadczenia wykonywane za odpłatnością na rzecz Skarbu Państwa (MNiSW), Instytutu P., czy też innego podmiotu. Nie istnieje także cena jakiegokolwiek świadczenia. Nie występuje powiązanie kwoty dofinansowania z ewentualnym wynikiem Zadania Badawczego. W szczególności, jeśli w ramach realizacji Zadania Badawczego nie powstaną żadne prawa własności intelektualnej albo nie uda się ich skutecznie objąć ochroną prawną lub skomercjalizować – okoliczności te nie powodują obowiązku zwrotu dotacji. Również w przypadku uznania bezcelowości kontynuacji prac badawczych, członkowie konsorcjum nie zwracają dotychczas uzyskanego i prawidłowo wydatkowanego dofinansowania. Nie jest zatem uprawnione twierdzenie, że dofinansowanie z Funduszu stanowi dopłatę do ceny za przeniesienie własności, jako pokrycie części jej wartości lub rekompensatę z powodu obniżenia ceny. Przesądzający w tym względzie pozostaje brak korelacji między dofinansowaniem a konkretnym wynikiem prac badawczych, mogącej wskazywać, że dofinansowanie stanowi dopłatę do ceny praw powstających w ramach prowadzonego projektu.
W ocenie Sądu nie można również uznać dofinasowania z Funduszu za wynagrodzenie za przeniesienie praw własności intelektualnej. Czynność ta będzie bowiem niezależna od faktu otrzymania dofinansowania na pokrycie kosztów realizacji Zadania Badawczego. Nie będzie konsekwencją otrzymanego dofinansowania, a przeprowadzonych prac badawczych. Nie można jej uznać za świadczenie wzajemne realizowane w zamian za dofinansowanie. Przeniesienie własności intelektualnej służyć bowiem będzie innym celom. Będzie niezbędne do przeprowadzenia kolejnej czynności, tj. dokonania przez Skarb Państwa (MNiSW) procesu komercjalizacji wyników badań. Podkreślić również należy, że wysokość przekazanych środków nie ma wpływu na warunki nabycia przez Skarb Państwa praw własności intelektualnej. Również powyższe okoliczności świadczą o braku możliwości uznania, że w rozpatrywanej sprawie zachodzą szczególne okoliczności pozwalające na uznanie tego rodzaju dofinansowania za dotację nie wchodzącą w zakres podstawy opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.
Tym samym Sąd stwierdził, że w opisanym zdarzeniu przyszłym otrzymane dofinansowanie na realizację Zadania Badawczego, pochodzące ze środków Funduszu, nie będzie stanowiło podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, ani nie będzie wynagrodzeniem za świadczoną usługę. Wbrew stanowisku DKIS, opisany ciąg kolejnych zdarzeń nie powoduje, że – z punktu widzenia opodatkowania VAT – mamy do czynienia z jednym świadczeniem (usługą). Otrzymane dofinansowanie nie jest opodatkowana podatkiem od towarów i usług, gdyż nie wpływa bezpośrednio na cenę świadczonych usług. Powyższe sprawia, że dokonana przez organ ocena stanowiska wnioskodawcy, prowadząca do uznania, że kwota dofinansowania z Funduszu będzie wchodziła do podstawy opodatkowania, nie może zostać uznana za prawidłową, a tym samym za zasadne należało uznać podniesione w skardze zarzuty naruszenia art. 29a ust. 1 ustawy o VAT poprzez niewłaściwą ocenę co do zastosowania tego przepisu.
Konsekwencją powyższego jest uwzględnienie również zarzutów dotyczących niewłaściwej oceny co do niezastosowania art. 8 ust. 2 pkt 2 w związku z art. 29a ust. 1 ustawy o VAT w zakresie oceny stanowiska skarżącej co do pytania nr 4. DKIS ocenę stanowiska wnioskodawcy w tej kwestii oparł na założeniu, że skarżąca, realizując Zadanie Badawcze, świadczy odpłatnie na rzecz Instytutu P. usługę (str. 45 zaskarżonej interpretacji). Jak już wywiedziono, założenie to było błędne, a tym samym należało uznać, że ocena DKIS co do niezastosowania art. 8 ust. 2 pkt 2 ustawy o VAT była nieprawidłowa z uwagi na przyjętą przez organ niewłaściwą ocenę co do zastosowania art. 29a ust. 1 ustawy o VAT.
W tym stanie rzeczy Sąd na podstawie art. 146 § 1 p.p.s.a. w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. uchylił zaskarżoną interpretację w części, w której uznano stanowisko skarżącej za nieprawidłowe, o czym orzeczono w pkt I sentencji wyroku.
Ponownie rozpoznając sprawę, DKIS zobowiązany będzie do oceny przedstawionego przez skarżącą zagadnienia z uwzględnieniem wykładni prawa wyrażonej przez Sąd w niniejszym uzasadnieniu wyroku.
W pozostałej części skarga podlegała oddaleniu na podstawie art. 151 p.p.s.a., bowiem po pierwsze Sąd w warunkach związania zarzutami skargi nie odnalazł w skardze żadnych zarzutów wobec zaskarżonej interpretacji w części, w której organ uznał stanowisko skarżącej za prawidłowe (pytania nr 2 i nr 3). Po drugie Sąd nie podzielił zarzutu strony skarżącej co do naruszenia art. 14c § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z tymi przepisami interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. W razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym. Zdaniem Sądu zaskarżona interpretacja zawierała powyższe – prawem wymagane – elementy. Poprzez zarzuty naruszenia art. 14c § 1 i § 2 o.p. można kwestionować kompletność elementów uzasadnienia interpretacji indywidualnej, a nie jej prawidłowość merytoryczną. Natomiast ewentualna wadliwość argumentacji organu, bądź prezentowanie przez stronę innego poglądu niż wskazany w uzasadnieniu interpretacji, nie stanowi o naruszeniu przez DKIS art. 14c § 1 i § 2 o.p. Brak przekonania strony o trafności rozstrzygnięcia sprawy, w tym co do przyjętego kierunku wykładni i oceny co do zastosowania przepisów prawa, której rezultat nie koresponduje z oczekiwaniami wnoszącego skargę, nie oznacza wadliwości uzasadnienia interpretacji, i to w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W tym stanie rzeczy Sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., orzekł jak w pkt II sentencji wyroku.
Zważywszy jednak na uwzględnienie skargi, w pkt III sentencji wyroku orzeczono również o kosztach postępowania na podstawie art. 200 p.p.s.a. oraz art. 205 § 2 p.p.s.a., zasądzając na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw, obejmujący zwrot uiszczonego wpisu sądowego od skargi (200 zł) oraz kosztu poniesionego tytułem opłaty skarbowej od pełnomocnictwa (17 zł), a także wynagrodzenie pełnomocnika strony skarżącej będącego radcą prawnym (480 zł), wynikające z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2026 r. poz. 118).
Reasumując, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu orzekł jak w sentencji.