Uzasadnienie
A. Sp. z o.o. (dalej jako: Spółka, Skarżąca) wniosła skargę z 29 stycznia 2026 r. na czynność materialnotechniczną Naczelnika Urzędu Skarbowego Wrocław - Stare Miasto (dalej jako: NUS, Organ) z dnia 10.10.2025 r. - wykreślenia Spółki z rejestru podatników podatku od towarów i usług (VAT i VAT-UE). Skarga został nadana 29 stycznia 2026 r., a datą wpływu do Organu był dzień 03.02.2026 r. Z akt administracyjnych wynika, że Spółka dwukrotnie (wezwania z 17 i 23 września 2025 r. – k. 11-20) była wzywana do przedłożenia wskazanych w wezwaniach dokumentów tj. zestawienia osiągniętych obrotów, związanych ze sprzedażą towarów i usług, podczas odbywających się w dniach 23-24.11.2024 r. targów w Austrii, wykazu (zestawienia) wszystkich obrotów osiągniętych na terytorium Austrii w okresie 02.2022 r.-06.2025 r. W wezwaniach wskazano, że żądane dokumenty należy przekazać Organowi niezwłocznie, w terminie 3 dni od dnia doręczenia wezwań. Wobec braku reakcji Spółki na ww. wezwania, NUS wykreślił Spółkę 10 października 2025 r. z rejestru podatników VAT i VAT UE, uznając że wstąpiła przesłanka takiego wykreślenia, o której mowa w art. 96 ust. 9 pkt 4 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn. Dz. U. z 2025 r., poz. 775) – w skrócie jako uVAT. Zgodnie zaś z treścią powołanego przepisu naczelnik urzędu skarbowego wykreśla z urzędu podatnika z rejestru jako podatnika VAT bez konieczności zawiadamiania jeśli podatnik albo jego pełnomocnik nie stawia się na wezwania naczelnika urzędu skarbowego, naczelnika urzędu celno-skarbowego, dyrektora izby administracji skarbowej lub Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Z przedłożonych akt wynika również, że Spółka złożyła 29 stycznia 2026 r. wniosek o przywrócenie zarejestrowania podmiotu jako podatnika VAT, względem którego to wniosku Organ odmówił wszczęcia postępowania (postanowienie z 3 marca 2026 r. nr 0227-SKA-2.4002.49). Tego samego dnia tj. 29.01.2026 r. (jak wyżej wskazano) złożona została skarga na czynność wykreślenia Spółki przez Naczelnika Urzędu Skarbowego Wrocław-Stare Miasto z rejestru podatników podatku od towarów i usług (VAT i VAT UE).
W skardze zarzucono naruszenie art. 96 ust. 9 pkt 4 uVAT, poprzez wykreślenie Skarżącej z rejestru podatników podatku od towarów i usług, z uwagi na nie stawienie się na wezwanie NUS, gdy tymczasem Skarżąca nie była wzywana przez Organ do stawienia się, lecz do przedłożenia dokumentów. W skardze zawarto wniosek o stwierdzenie bezskuteczności zaskarżonej czynności i zasądzenie na rzecz Skarżącej kosztów postępowania według norm przepisanych, w tym kosztów zastępstwa procesowego. Wskazano, że Spółka w dniu 27.01.2026 r. uzyskała informację od kontrahenta o Jej wykreśleniu z rejestru podatników podatku od towarów i usług. W odpowiedzi na skargę Organ wniósł, w pierwszej kolejności o odrzucenie skargi, albowiem zdaniem NUS została ona złożona po upływie 30 dniowego terminu na jej wniesienie, w dalszej kolejności Organ wniósł o oddalenie skargi. W zakresie wniosku o odrzucenie skargi Organ wywodził, że zgodnie z art. 53 § 1, w związku z art. 53 § 2 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 143) – w skrócie jako p.p.s.a., skargę wnosi się w terminie 30 dni od dnia, w którym skarżący dowiedział się o podjęciu czynności. Organ nie dał wiary twierdzeniom Spółki, że o wykreśleniu z rejestru dowiedziała się Ona od swojego kontrahenta, albowiem istnieje rejestr w postaci tzw. białej listy podatników podatku od towarów i usług, który jest publicznie dostępny i pozwala na weryfikację statusu nie tylko kontrahentów podatnika, ale i własnej (podatnika) działalności gospodarczej. Nieprawdopodobnym zaś, wydaje się Organowi, twierdzenie Skarżącej, iż informację o wykreśleniu powzięła dopiero w dniu 27.01.2026 r., podczas gdy czynność wykreślenia z rejestru czynnych podatników VAT nastąpiła już w dniu 10.10.2025 r. W zakresie wniosku o oddalenie skargi NUS uznał, że nie należy przepisu art. 96 ust. 9 pkt 4 uVAT wykładać jedynie w sposób literalny lecz celowościowo. W szczególności wskazano, że bezpośredni kontakt organu z podatnikiem w dobie upowszechnienia usług elektronicznych, automatyzacji procesów, a także możliwości uwiarygodnienia tożsamości na odległość został zniwelowany. Żądanie przez organ podatkowy dokonania konkretnej czynności osobiście przez podatnika lub jego pełnomocnika, bez jednoczesnego umożliwienia dokonania tej czynności przy wykorzystaniu narzędzi elektronicznych, jest poczytywane jako nadmierny formalizm ze strony organów i ograniczenie swobód podatników. Przyjęcie, że przesłanka wykreślenia z rejestru podatników podatku od towarów i usług z art. 96 ust. 9 pkt 4 uVAT dotyczy wyłącznie osobistego stawiennictwa podatnika lub jego pełnomocnika, znacznie zawęża możliwość jej zastosowania. Ma to natomiast swój skutek w obstrukcji procedur prowadzonych przez organy podatkowe, w których podatnik nie podejmuje współpracy, nie przedstawia dokumentów, czy wyjaśnień, mimo wielokrotnie kierowanych próśb w tym zakresie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył co następuje.
Na podstawie art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2024 r. poz. 1267), sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości m.in. przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Dodatkowo zaakcentować należy, że kontrola sądowoadministracyjna w sprawach podatkowych, sprawowana jest pod względem legalności, tj. oceny działań administracji podatkowej pod kątem przestrzegania przepisów postępowania i prawidłowości stosowanej wykładni przepisów prawa. Rola sądu administracyjnego sprowadza się do badania i ewentualnego korygowania działania lub zaniechania organów administracji publicznej, a nie zastępowania ich w załatwianiu spraw przez wydawanie końcowego rozstrzygnięcia w sprawie. Sąd administracyjny ocenia zgodność z prawem zaskarżonego aktu organu administracji publicznej, lecz nie zastępuje go w czynnościach. Przejęcie przez sąd administracyjny kompetencji organu administracji do końcowego załatwienia sprawy stanowiłoby wykroczenie poza konstytucyjnie określone granice kontroli działalności administracji publicznej (wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23 października 2019 r. o sygn. akt II FSK 1556/19; wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 16 maja 2017 r., o sygn. akt1565/15; wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 21 lutego 2012 r., o sygn. akt II OSK 2320/10 - dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych - w skrócie CBOSA). W oparciu o przepis art. 146 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r. , poz. 143) – w skrócie jako p.p.s.a., Sąd uwzględniając skargę na akt lub czynność, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4-4b, uchyla ten akt, interpretację, opinię zabezpieczającą, opinię, o której mowa w art. 119zzl § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa, lub odmowę wydania tych opinii, opinię w sprawie opodatkowania wyrównawczego, opinię zabezpieczającą w sprawie opodatkowania wyrównawczego i odmowę wydania opinii zabezpieczającej w sprawie opodatkowania wyrównawczego albo stwierdza bezskuteczność czynności (przepis art. 145 § 1 pkt 1 stosuje się odpowiednio). Sąd administracyjny w oparciu o art. 134 § 1 p.p.s.a. rozstrzyga w granicach sprawy, nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a., które to ograniczenie nie ma zastosowania w rozpatrywanym przypadku (odnosi bowiem się do skarg dotyczących wydanych interpretacji indywidualnych).