Jak podkreślił DIAS, wydane w dniu 4 listopada 2016 r. przez organ finansowy postępowania przygotowawczego, postanowienie o zawieszeniu śledztwa do czasu zakończenia postępowań kontrolnych i uzyskania ostatecznych decyzji wymiarowych wobec Spółki w zakresie VAT za lata 2011-2015 i CIT za lata 2010-2015 zostało w dniu 14 listopada 2016 r. również zatwierdzone przez Prokuratora Prokuratury Okręgowej we W. W ocenie organu odwoławczego także i sam fakt zawieszenia postępowania karnego skarbowego do czasu rozstrzygnięcia sprawy podatkowej, nie może świadczyć o instrumentalnym wszczęciu tego postępowania. Na powyższe wskazuje bowiem treść wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 17 lipca 2012 r. o sygn. akt P 30/11, w którym nie zdecydowano się na powiązanie skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z dokonaniem konkretnej czynności procesowej, czy też z prowadzeniem konkretnej fazy postępowania, kładąc jednak nacisk na obowiązek poinformowania podatnika o fakcie zawieszenia biegu terminu przedawnienia.
DIAS podzielił też ustalenia i ocenę NDUCS w pozostałym zakresie, obejmującym szczegółową analizę poszczególnych transakcji i zdarzeń gospodarczych pod kątem prawnopodatkowym.
2. Postępowanie przed Sądem pierwszej instancji.
2.1. W skardze do tutejszego Sądu na powyższe rozstrzygnięcie organu odwoławczego, wnosząc o uchylenie decyzji organów obu instancji i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania sądowego, Strona zarzuciła naruszenie:
1) art. 70 § 6 pkt 1 O.p. w związku z art. 70 § 1 O.p. w związku z art. 120 O.p. w związku z art. 121 § 1 O.p. – poprzez wydanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, bez skutecznego przerwania lub zawieszenia jego biegu;
2) art. 153 p.p.s.a. w związku z art. 120 O.p. w związku z art. 121 §1 O.p., polegające na nieuwzględnieniu przy ponownym rozpoznaniu sprawy oceny prawnej i wytycznych wyrażonych przez Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku rozstrzygającym skargę w niniejszej sprawie;
3) art. 233 § 1 pkt 1 O.p. w związku z art. 121 § 1 O.p. w związku z art. 122 O.p. w związku z art. 187 § 1 O.p. w związku z art. 191 O.p. – poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji, mimo uniemożliwienia Skarżącej przez ów organ zapoznania się z całym materiałem dowodowym stanowiącym podstawę dokonywania ustaleń faktycznych, to jest poprzez oparcie ustaleń faktycznych na dokumentach włączonych z akt postępowania przygotowawczego, które nie zostały udostępnione Skarżącej;
4) art. 233 § 1 O.p. w zw. z art. 210 § 1 pkt 5 O.p. w zw. z art. 127 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu I instancji, mimo że nie zawierała ona wyrzeczenia o całości nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za marzec 2011 r., przy czym DIAS przyznał, że takie wyrzeczenie powinno się znaleźć w decyzji pierwszej instancji, próbując jego brak uzupełnić w drodze (niedopuszczalnego tutaj) postanowienia o sprostowaniu oczywistej omyłki pisarskiej dotyczącego jednak decyzji organu odwoławczego;
5) art. 233 § 1 pkt 1 O.p. w zw. z art. 210 § 1 pkt 5 O.p. w zw. z art. 121 § 1 O.p. w zw. z art. 124 O.p. poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu I instancji, mimo że stan faktyczny przedstawiony w uzasadnieniu decyzji organu I instancji jest nieczytelny, gdyż na podstawie tabel zawartych w uzasadnieniu organu I instancji (str. 35-38) niezwykle trudno (jeżeli w ogóle można) ustalić, czym są tak naprawdę różnice pomiędzy ustaleniami decyzji a złożonymi deklaracjami VAT-7 (tj. kiedy organ dokonuje korekt na korzyść podatnika z kiedy obciąża go dodatkowym zobowiązaniem); organ w zdecydowanie różnych sytuacjach wskazuje zawsze dodatni wynik kontroli, np. zarówno kiedy obniża kwotę podatku należnego jak i kiedy go podwyższa w stosunku do złożonej deklaracji; o nieczytelności ustaleń świadczy choćby fakt, iż sam organ odwoławczy nie był w stanie ustalić rozpoznając odwołanie, czy skarżącej przysługuje zwrot na rachunek bankowy czy też nie przysługuje i zrobił to dopiero już po wydaniu decyzji, w drodze sprostowania oczywistej omyłki pisarskiej i to w taki sposób, że chociaż decyzja II instancji utrzymuje w mocy decyzję organu I instancji, to jednak ją zmienia;
6) art. 120 O.p., art. 121 § 1 O.p., art. 122 O.p. – poprzez rozstrzyganie niedających się usunąć wątpliwości co do faktów na niekorzyść Skarżącej;
7) art. 233 § 1 pkt 1 O.p. w związku art. 121 § 1 O.p., 123 § 1 O.p., art. 129 O.p. – poprzez wydanie decyzji mimo, że nie został jeszcze rozpoznany wniosek Skarżącej z dnia 18 lipca 2025 r., co w konsekwencji doprowadziło do uniemożliwienia Skarżącej należytej obrony, w szczególności zgłaszania wniosków dowodowych w odniesieniu do przedmiotowej dokumentacji, uniemożliwienia Skarżącej czynnego udziału w sprawie oraz naruszenia zasady jawności i zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych;
8) art. 21 § 2 O.p. i art. 99 ust. 12 ustawy o VAT w zw. z art. 121 § 1 O.p. poprzez zastosowanie stawki podstawowej VAT do sprzedaży wody źródlanej.
2.2. W odpowiedzi DIAS wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko.
3. Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje.
3.1. Zgodnie z art. 145 § 1 p.p.s.a., sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie: 1) uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy; 2) stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia w całości lub w części, jeżeli zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach; 3) stwierdza wydanie decyzji lub postanowienia z naruszeniem prawa, jeżeli zachodzą przyczyny określone w Kodeksie postępowania administracyjnego lub w innych przepisach. Przy tym w myśl art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a., które nie ma zastosowania w niniejszej sprawie.
3.2. Skarga okazała się zasadna. Sąd, dokonując kontroli zaskarżonej w niniejszej sprawie decyzji, doszedł do przekonania, że organy obu instancji –wykonując zalecenia zawarte w prawomocnym wyroku z dnia 28 września 2023 r. o sygn. akt I SA/Wr 256/21, nie oceniły odpowiednio powodu wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe, a tym samym całego zagadnienia przedawnienia zobowiązania określonego w zaskarżonej decyzji.
3.3. Bezsporna jest w sprawie kwestia, że zasadniczy termin przedawnienia zobowiązania podatkowego Spółki za miesiące od lutego do listopada 2011 r. upłynął z dniem 31 grudnia 2016 r., zaś za grudzień 2011 r. z dniem 31 grudnia 2017 r. (art. 70 § 1 O.p.). Organy w sprawie twierdzą, że bieg terminu przedawnienia uległ zawieszeniu na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p., zgodnie z którym bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Bezsporne jest też w sprawie, że przed upływem zasadniczego terminu przedawnienia wszczęte zostało postępowanie o przestępstwo skarbowe, które – zgodnie z treścią postanowienia o jego wszczęciu – wiąże się z określonym w zaskarżonej decyzji zobowiązaniem Skarżącej. Strona domaga się jednak od Sądu uznania, że postępowanie o przestępstwo skarbowe zostało wszczęte instrumentalnie, wyłącznie w celu zawieszenia biegu, zbliżającego się ku końcowi terminu przedawnienia zobowiązania.
W tym aspekcie przypomnieć należy, że w uchwale NSA z dnia 24 maja 2021 r. o sygn. akt I FPS 1/21 wskazano, iż sądy administracyjne są uprawnione do badania tej okoliczności. Jak bowiem wyjaśniono w jej tezie: "W świetle art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych oraz art. 1-3 i art. 134 § 1 p.p.s.a. ocena przesłanek zastosowania przez organy podatkowe przy wydawaniu decyzji podatkowej art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c O.p. mieści się w granicach sprawy sądowej kontroli legalności tej decyzji". W uzasadnieniu ww. uchwały wyjaśniono, między innymi, że sądy administracyjne pierwszej instancji w ramach zakreślonych przez art. 134 § 1 p.p.s.a. mają obowiązek badać czy proceduralna czynność wszczęcia postępowania karnego skarbowego w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie została wykorzystana tylko w celu nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Przeprowadzenie takiego badania jest w istocie możliwe na gruncie sprawy podatkowej. Dopiero bowiem w świetle wszechstronnej analizy okoliczności konkretnej sprawy podatkowej, związanych najczęściej ze zbliżającym się upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, podejmowanymi wcześniej w postępowaniu podatkowym czynnościami dowodowymi i aktywnością prowadzącego je organu podatkowego, można ustalić czy instytucji wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie wykorzystano jedynie do instrumentalnego wywołania skutku w postaci nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki wniosek może potwierdzić fakt wszczęcia tego postępowania w sytuacji, gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 k.k.s.) lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 ustawy z dania 6 czerwca 1997 r. Kodeks postępowania karnego (Dz.U. z 2026 r., poz. 490 ze zm.; dalej k.p.k.), jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. O braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania. Przyjęcie w takich przykładowo opisanych stanach faktycznych, że poprzez samo wydanie postanowienia o wszczęciu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe (przy zaistnieniu pozostałych przesłanek wymienionych wyżej) nastąpił skutek przewidziany w art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c Ordynacji podatkowej, stanowiłoby nadużycie tej instytucji, godzące w zasadę zaufania do organów państwa, a także zasadę praworządności, wynikające z art. 2 i art. 7 ustawy zasadniczej (por. B. Brzeziński, "O zjawisku nadużycia prawa podatkowego przez administrację podatkową", Kwartalnik Prawa Podatkowego z 2014 r. Nr 1 s. 9 -16).
3.4. W związku z powyższym tutejszy Sąd w ww. wyroku kasatoryjnym z dnia 28 września 2023 r., sygn. akt I SA/Wr 256/21, polecił organom wyjaśnić i uzasadnić dwie kwestie.
Po pierwsze, w zaleceniach zwrócono uwagę, że wszczęcie postępowania o przestępstwo skarbowe poprzedzone było wystąpieniem z dnia 21 marca 2016 r. w tej sprawie przez odpowiedniego pracownika. Przy czym pism związanych z tym wystąpieniem nie umieszczono w aktach administracyjnych. Z treści innych pism natomiast wynika, że wystąpienie z dnia 21 marca 2016 r. nie dotyczyło podatku za 2011 r. Sąd dostrzegł wówczas, że brak wyjaśnienia dlaczego w opisanych okolicznościach wszczęto postępowania karne skarbowe w zakresie wykraczającym poza sformułowane w piśmie z dnia 21 marca 2016 r. żądanie, potęguje wątpliwości dotyczące instrumentalnego wykorzystania instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych. Zważywszy, że wystąpienia tego nie było w aktach sprawy, nie wiadomo więc, co legło u podstaw inicjatywy wszczęcia postępowania karnego skarbowego dotyczącego zobowiązań za 2012 r. Nie wiadomo również z jakich powodów, mimo tego, że zawiadomienie dotyczyło wyłącznie zobowiązań za 2012 r., wszczęto postępowanie karne skarbowe dotyczące zobowiązań z tytułu VAT za poszczególne miesiące 2011 r. Z tych powodów Sąd polecił w ponownym postępowaniu poddać analizie i ocenie moment wszczęcia postępowania karnego skarbowego w zakresie odnoszącym się do zobowiązań podatkowych z tytułu VAT oraz okoliczności wszczęcia śledztwa.
Po drugie, wskazując na treść ww. uchwały NSA z dnia 24 maja 2021 r., w ww. wyroku kasatoryjnym polecono także zbadać późniejszy tok postępowania karnego skarbowego, a zwłaszcza realną aktywność organów postępowania przygotowawczego po jego wszczęciu.
3.5. W myśl art. 153 p.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. Ani organ, ani sąd nie mogą inaczej i na nowo sformułować oceny prawnej, która już raz została sformułowana w sprawie i są zobowiązane podporządkować się jej w pełnym zakresie. Co więcej, sąd ponownie orzekający jest zobowiązany wskazać, czy organ do tej oceny się zastosował, co jest warunkiem legalności zachowania organu w sprawie (tak też wyrok NSA z dnia 8 maja 2019 r. o sygn. akt II FSK 1087/17).
3.6. W ocenie Sądu w składzie obecnie rozpoznającym sprawę, organy obu instancji, przedstawiając w obu kwestionowanych decyzjach analizę nakazanych w ww. wyroku kasatoryjnym z dnia 28 września 2023 r. o sygn. akt I SA/Wr 256/21, doszły do wadliwych wniosków.
Z zaskarżonych w niniejszej sprawie decyzji oraz uzupełnionych akt administracyjnych wynika bowiem ocena, że we wrześniu 2016 r. (wszczęcie postępowania o przestępstwo skarbowe) finansowemu organowi postępowania przygotowawczego były znane okoliczności uprawdopodabniające, że możliwe zaniżenie należności Skarbu Państwa wiązało się z przestępstwem, a nie – jak w większości sporów z podatnikami – z odmiennej oceny prawnej zdarzeń gospodarczych, względnie niedbałości w dokumentacji. Sąd wskazuje ponownie, że wszczęte śledztwo dotyczy popełnienia umyślnego przestępstwa skarbowego w postaci oszustwa podatkowego z art. 56 § 1 i § 2 k.k.s. penalizującego złożenie organowi podatkowemu deklaracji lub oświadczenia, w których składający świadomie i celowo podaje nieprawdę lub zataja prawdę przez co naraża podatek na uszczuplenie. Zgodnie z art. 4 § 1 k.k.s. przestępstwo skarbowe można popełnić tylko umyślnie; nieumyślnie, zaś wyłącznie w sytuacji, jeżeli kodeks tak stanowi. Zgodnie z art. 4 § 2 k.k.s. czyn zabroniony popełniony jest umyślnie, jeżeli sprawca ma zamiar jego popełnienia, to jest chce go popełnić albo przewidując możliwość jego popełnienia, na to się godzi.
W swojej decyzji NDUCS, w zakresie okoliczności uzasadniających wszczęcie postępowania w sprawie umyślnego przestępstwa skarbowego, ogranicza się do lakonicznego wskazania na dokonane analizy ksiąg podatkowych i sprawozdań finansowych Spółki. Zdarzeniem, które spowodowało wszczęcie postępowania o przestępstwo skarbowe, jak wynika z decyzji NDUCS, miało być wystąpienie z dnia 21 marca 2016 r. i lakoniczna sugestia pracownika. Organ pierwszej instancji uzasadniał, że: "21 marca 2016 r. do Oddziału Postępowań Przygotowawczych Urzędu Kontroli Skarbowej we Wrocławiu złożona została karta informacyjna w sprawie Strony, sporządzona przez inspektora kontroli skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej we Wrocławiu Ośrodek Zamiejscowy w Jeleniej Górze (...) wraz z wnioskiem o wszczęcie postępowania przygotowawczego i dokonanie czynności przeszukania w związku z podejrzeniem nierzetelnego prowadzenia przez Spółkę ksiąg oraz podejrzenia prowadzenia podwójnej ewidencji księgowej. Z ww. dokumentu wynika m.in., iż dotychczasowe ustalenia i analiza sprawozdań finansowych dały podstawę do twierdzenia, że Spółka w poszczególnych miesiącach 2011 r. zaniżyła podatek należny VAT o co najmniej 200.000 zł".
NDUCS spłyca swoją analizę, nie odnosząc się do konkretnych zdarzeń i faktów mogących potwierdzać, że sprawa Skarżącej – w dniu wszczęcia postępowania o przestępstwo skarbowe – była odmienna niż inne sprawy podatkowe, w których organy administracji skarbowej uznają, że podatnik prowadzi księgi niedbale lub w sposób sprzeczny z przepisami lub w których to firmy księgowe obsługujące podatnika obiektywnie nie dopełniają zachowań określonych w przepisach, rozumiejąc je inaczej niż organy, a zatem że różniła się od zwykłych spraw, w których podatnicy wykładają przepisy inaczej niż organ, ze świadomością lub bez takiej świadomości, że mogą wejść z organami podatkowymi w spór prawny, co przecież niekoniecznie może uzasadniać uruchamianie sankcji karnych skarbowych. Oczywistą jest rzeczą, że sankcja karna służyć ma do zwalczania przypadków oczywistego i rażącego naruszenia norm prawa oraz zapobiegania im na przyszłość.
NDUCS, analizując moment wszczęcia postępowania o przestępstwo skarbowe, uznał za wystarczające do wdrożenia sankcji karnej skarbowej powołane wyżej pismo z dnia 21 marca 2016 r. oraz zasygnalizowane w nim wątpliwości co do prawidłowości rozliczenia przez Stronę VAT za poszczególne miesiące 2011 r.
Uzasadnienie zaskarżonej decyzji w tym zakresie jest równie nieprzekonujące. DIAS wskazał w nim, że (cyt.):
"Treść zaskarżonej decyzji wskazuje, że organ I instancji w ponownie prowadzonym postępowaniu, kierując się zaleceniami Sądu, pozyskał od Prokuratury Okręgowej we W. dokumenty zgromadzone w śledztwie prowadzonym wobec Strony pod nr [...] i włączył je jako dowód do akt postępowania kontrolnego (karty akt 1659-2005 wyłączone z jawności dla Strony). Organ I instancji uzupełnił zatem materiał dowodowy o m.in. wystąpienie z 21 marca 2016 r. skierowane do Oddziału Postępowań Przygotowawczych Urzędu Kontroli Skarbowej we Wrocławiu, którego brak został wskazany w ww. wyroku. Następnie, zgodnie z uchwałą NSA z dnia 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21, organ I instancji opisał działania procesowe podjęte po wszczęciu postępowania karnego skarbowego oraz dokonał analizy i oceny dowodów zgromadzonych w toku prowadzonego śledztwa, pod kątem tego, czy w sprawie doszło, czy też nie, do instrumentalnego zastosowania instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia" (str. 24 decyzji DIAS)
oraz że (cyt.):
"wszczęte 15.09.2016 r. śledztwa w sprawie o przestępstwo skarbowe polegało na podaniu przez Spółkę nieprawdy w deklaracjach podatkowych VAT-7 za poszczególne miesiące 2011 r., 2013 r., 2014 r. i 2015 r. a przez to narażeniu na uszczuplenie podatku od towarów i usług za 2011 r. w łącznej kwocie co najmniej 200.000, 00 zł, co wiązało się z czynami określonymi w art. 56 § 1 k.k.s. w zw. z art. 6 § 2 i art. 37 § 1 pkt 1 k.k.s." (str. 19 zaskarżonej decyzji).
Z powyższego wynika, że DIAS, rozpoznając sprawę, ograniczył się w tym zakresie do stwierdzenia, że NDUCS włączył do akt sprawy kluczowy dokument z dnia 21 marca 2016 r., a jego treść stanowiła podstawę do zawiadomienia o możliwości popełnienia przestępstwa skarbowego, skoro następnie organ finansowy postępowania przygotowawczego uznał je za dostateczne do zainicjowania sprawy karnej skarbowej. Z zaskarżonej decyzji wynika przy tym, że jest to dokument, z którym Strona nie może się zapoznać z uwagi na tajemnicę śledztwa i wynikający stąd interes publiczny w wyłączeniu jego jawności wobec Spółki. Wskazać zatem w tym zakresie należy, że skoro dokument ten ma kluczowe znaczenie dla oceny kwestii przedawnienia, to organy obu instancji powinny były przeprowadzić bardziej pogłębioną analizę, zapewniając Stronie realną możliwość oceny, czy wnioski wyciągnięte na jego podstawie są logiczne i spójne z pozostałym materiałem dowodowym, a następnie podjęcia ewentualnej rzeczowej polemiki. Jedynie takie uzasadnienie może odpowiadać wymogom stawianym organom w świetle zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów (art. 121 § 1 O.p.) oraz zasady przekonywania (art. 124 O.p.). Zgodnie z art. 178 § 1 O.p. strona ma prawo wglądu w akta sprawy, sporządzania z nich notatek, odpisów oraz sporządzania kopii przy wykorzystaniu własnych przenośnych urządzeń. Prawo to przysługuje również po zakończeniu postępowania. Stosownie zaś do treści art. 179 § 1 O.p., przepisów art. 178 nie stosuje się do znajdujących się w aktach sprawy dokumentów zawierających informacje niejawne, a także do innych dokumentów, które organ podatkowy wyłączy z akt sprawy ze względu na interes publiczny.
Sąd wskazuje, że przepisy te nie mogą jednak usprawiedliwiać sytuacji, kiedy organ przesądza sprawę na podstawie materiału, którego zawartości strona w ogóle nie mogła poznać, choćby poprzez jego odpowiednie streszczenie ze wskazaniem istotnych okoliczności obiektywnie uzasadniających jego stanowisko, jeśli został on wyłączony z jawności ze względu na tajemnicę śledztwa. Z zaskarżonej decyzji wynika natomiast, że taka właśnie sytuacja miała miejsce w niniejszej sprawie.
3.7. W tym stanie rzeczy, podobnie jak w sprawie I SA/Wr 256/21, Sąd stwierdza, że stanowisko DIAS zawarte w zaskarżonej decyzji, iż nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p., zostało przyjęte arbitralnie oraz przedwcześnie. Organ odwoławczy nie wykazał tego stosownymi dowodami i wywiedzioną na ich podstawie argumentacją. Oznacza to, że w sprawie ponownie doszło do naruszenia normy prawa materialnego zawartej w tym przepisie, a przez to jednocześnie do naruszenia zasady działania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych ujętej w art. 121 § 1 O.p. Nadto w opisanych wyżej okolicznościach sprawy naruszony został przepis prawa procesowego zawarty w art. 210 § 4 O.p., a naruszenie to miało niewątpliwie istotny wpływ na wynik sprawy. Zgodnie z dyspozycją tego przepisu uzasadnienie faktyczne decyzji zawiera w szczególności wskazanie faktów, które organ uznał za udowodnione, dowodów, którym dał wiarę, oraz przyczyn, dla których innym dowodom odmówił wiarygodności, uzasadnienie prawne zaś zawiera wyjaśnienie podstawy prawnej decyzji z przytoczeniem przepisów prawa.
3.8. W związku z powyższym organ odwoławczy naruszył także art. 153 p.p.s.a., zgodnie z którym ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie. W ocenie Sądu organy obu instancji faktycznie uchyliły się bowiem od nakazanej im analizy okoliczności wszczęcia postępowania o przestępstwo skarbowe, stwarzając w praktyce jedynie jej pozór i poprzestając na lakonicznym przybliżeniu treści wystąpienia z dnia 21 marca 2016 r. (NDUCS) lub poprzestając na stwierdzeniu, że dokument ten został włączony do akt administracyjnych bez udostępnienia go Stronie oraz na stwierdzeniu, że samo wadliwe w opinii organów rozliczenie – jak to ujął organ odwoławczy "stwierdzone uszczuplenie" – uzasadniało wszczęcie postępowania karnego skarbowego.
W zaskarżonych w sprawie decyzjach nie wyjaśniono choćby w przybliżeniu, jakie nieprawidłowości – powodujące uszczuplenie w rozliczeniu Skarżącej przed wszczęciem postępowania o przestępstwo skarbowe – dostrzeżono oraz co wskazywało, że były to działania umyślne w rozumieniu k.k.s. Tylko takie okoliczności z kolei potwierdzałyby, że cel wszczęcia postępowania karnego był samoistny i nie był związany z postępowaniem podatkowym.
3.9. Obszernie zaś relacjonowały organy obu instancji czynności dokonane w okresie blisko 2 miesiące aktywnej fazy postępowania karnego (od wszczęcia śledztwa w dniu 15 września 2016 r. do jego zawieszenia w dniu 4 listopada 2016 r.), przede wszystkim w samej liczbie tych czynności, jak się wydaje, upatrując poparcia dla tezy o braku instrumentalności wszczęcia postępowania o przestępstwo skarbowe.
Sąd w tym miejscu zauważa, że niewielka aktywność organu po wszczęciu postępowania o przestępstwo skarbowe, została wymieniona w ww. uchwale NSA tylko przykładowo jako okoliczność mogąca świadczyć o instrumentalności wszczęcia postępowania karnego. Jak wcześniej już przytoczono, zdaniem NSA, (cyt.) "o braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania". NSA w uzasadnieniu uchwały wskazywał w tym aspekcie na poszukiwanie dowodów instrumentalności w postaci miernej aktywności w postępowaniu karnym. W niniejszej sprawie organy obu instancji powołują się na niestwierdzenie takiego dowodu.
3.10. Powyższej oceny Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą skargę nie podziela. W sprawie brak jest bowiem dowodów na podjęcie odpowiedniej aktywności przez finansowy organ postępowania przygotowawczego, a przede wszystkim na dokonanie samodzielnej bieżącej analizy zasadności najpierw wszczęcia, a następnie kontynuowania, śledztwa. Z akt sprawy wynika bowiem, że przez blisko 2 miesiące organ prowadzący postępowanie karne gromadził materiały w sposób zasadniczo tożsamy ze zwykłym sposobem działania organów podatkowych, po czym zaprzestał działania, zawieszając postępowanie karne.
Sąd zapoznał się z materiałem dowodowym uzyskanym przez organy od organów ścigania, a niejawnym dla Strony. Wynika z niego, że organ ścigania ograniczył się do gromadzenia dokumentów oraz oceny możliwości technicznej ich kopiowania (zasięgnięcie opinii biegłego z zakresu informatyki) oraz przesłuchania świadków, którzy mogli być przesłuchani w kontroli podatkowej. Po czym uznał, że postępowania dowodowego prowadzić dalej nie będzie. Brak jest w sprawie dowodów na istnienie przeszkody w kontynuowaniu postępowania karnego i realizowania jego celów. Przeszkodą taką nie może być sam brak wydania decyzji podatkowych, bo – logicznie rzecz biorąc – taka przeszkoda zachodziła również w momencie wszczęcia śledztwa, co powinno skutkować odmową jego zainicjowania na skutek wniosku (zawiadomienia) organu podatkowego z dnia 21 marca 2016 r., dokonanego przecież w oparciu o ustalenia kontroli poczynionej na podstawie materiałów dotyczących roku 2012 r.
3.11. Wprawdzie z perspektywy celów postępowania karnego skarbowego, okoliczność krótkiej aktywności, sama w sobie, nie zawsze musi przesądzać o sztuczności wszczęcia tego postępowania. Tak samo zresztą, jak o braku sztuczności nie zawsze musi przesądzać aktywność zintensyfikowana, ponieważ zależy to od całościowej analizy okoliczności danej sprawy. W tym aspekcie zaznaczyć wypada, że również ograniczona czasowo, ilościowo lub jakościowo aktywność organów ścigania w postępowaniu karnym skarbowym wcale nie musi uzasadniać tezy o instrumentalnym wszczęciu postępowania karnego, a więc dokonanym tylko (głównie) na użytek postępowania podatkowego. Postępowań karnych skarbowych nie można wszczynać bowiem "na zapas", według założenia, że a nuż się coś na podatnika znajdzie, a jak nie – to się je potem umorzy. Takie działanie stanowiłoby pogwałcenie konstytucyjnej zasady domniemania niewinności oraz konstytucyjnej zasady legalizmu. Organy państwowe nie mogą traktować podatników, których rozliczenia kwestionują, jako potencjalnych oszustów skarbowych. Nawet sam fakt wszczęcia i zakończenia kontroli podatkowej lub celno-skarbowej, których ustalenia kwestionują prawidłowość rozliczeń dokonanych przez podatnika w jego deklaracjach podatkowych na zasadzie samoobliczenia, nie jest dostateczną podstawą dla angażowania w sprawie skarbowego aparatu ścigania w celu ścigania domniemanych oszustw. Tym bardziej – jak w niniejszej sprawie – nie znajduje dostatecznych podstaw wnioskowanie przez organ podatkowy o wszczęcie postępowania karnego skarbowego za okresy rozliczeniowe wykraczające poza zakres czasowy i przedmiotowy dopiero co zakończonej kontroli za rok 2012, z której ustaleniami podatnik się nie zgadza, do czego ma zresztą pełne prawo, prezentując przy tym stanowisko i dowodząc swoich racji w sposób, który – w późniejszych rozstrzygnięciach podatkowych za poszczególne okresy rozliczeniowe – znajduje następnie potwierdzenie w całości lub w znacznej części.
Widać to dobitnie na przykładzie niniejszej sprawy, chociażby w aspekcie kwotowym na tle wydawanych w niej rozstrzygnięć organów obu instancji w ujęciu chronologicznym. Pierwsza decyzja NDUCS z dnia 15 marca 2019 r., określała Stronie wysokość zobowiązania podatkowego w VAT za miesiące luty, marzec, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, sierpień i wrzesień oraz podatek do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy o VAT za grudzień 2011 r., natomiast w decyzji z dnia 31 marca 2025 r. organ pierwszej instancji przyjął zobowiązanie jedynie za luty ( w kwocie 18 448 zł w miejsce 48 954 zł) oraz zobowiązanie na podstawie art. 108 ustawy o VAT za grudzień 2011 r. Natomiast w CIT za 2011 r. organ pierwszej instancji określił zobowiązanie w wysokości 127.294,00 zł; a uchylająca ją i orzekająca reformatoryjnie decyzja DIAS z dnia 12 listopada 2020 r. – w kwocie 102.930,00 zł. W rezultacie uchylenia tego ostatniego rozstrzygnięcia prawomocnym wyrokiem tutejszego Sądu z dnia 26 września 2023 r., NDUCS określił Stronie stratę w CIT za 2011 r. w wysokości 276.018,78 zł (decyzja z dnia 31 lipca 2025 r.) i to właśnie rozstrzygnięcie DIAS końcowo utrzymał w mocy zaskarżoną decyzją z dnia 12 stycznia 2026 r. Oznacza to, że w odniesieniu do przepisanej do ww. postanowienia kwoty uszczuplenia w wysokości co najmniej 200.000,00 zł, wyszła ostatecznie strata podatkowa w rozmiarze około 276.000,00 zł (określona decyzją NDUCS z dnia 31 lipca 2025 r.). Z kolei z tytułu CIT za 2012 r., z przepisanej z zawiadomienia z dnia 21 marca 2016 r. do ww. postanowienia o wszczęciu śledztwa kwoty uszczuplenia w wysokości co najmniej 700.000,00 zł, wprawdzie – decyzją NDUCS z dnia 19 lipca 2019 r. – określono zobowiązanie w wysokości 402.730,00 zł, lecz została ona następnie (ostateczną decyzją DIAS z dnia 18 października 2019 r.) uchylona, a postępowanie w sprawie umorzone wobec wygaśnięcia zobowiązania z uwagi na upływ terminu przedawnienia spowodowany wadliwym doręczeniem zawiadomienia o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia w związku z wszczęciem postępowania karnego skarbowego (Stronie zamiast jej pełnomocnikowi). Okoliczności tych organ finansowy postępowania przygotowawczego dotychczas w ogóle nie uwzględnił, mimo że kwota uszczuplenia z 1,6 miliona zł zmniejszyła się o 1,1 miliona zł, co przecież nie pozostaje bez wpływu na prawną kwalifikację czynu opisanego w postanowieniu o wszczęciu śledztwa. Z dotychczasowego przebiegu postępowania można wnioskować, że koncentracja materiału dowodowego nastąpiła w jego początkowej fazie przed jego zawieszeniem, gdy odebrano i zatrzymano dokumenty pozyskane w trakcie przeszukania, dopuszczono dowód z opinii biegłego informatyka w celu odtworzenia zawartości dokumentacji zgromadzonej na nośnikach informatycznych oraz przesłuchano kilku świadków, po czym śledztwo zawieszono i w takim stanie znajduje się ono do chwili obecnej. Następnie jeszcze w 2018 r. przesłuchano trzech świadków w trybie zabezpieczenia materiału dowodowego. Przez 10 lat trwania śledztwa nie postawiono w nim nikomu żadnych zarzutów.
W kontekście celów, jakim miało rzeczywiście służyć wszczęcie rzeczonego śledztwa, należy również zauważyć, że organ podatkowy, zawiadamiając o możliwości popełnienia przestępstwa skarbowego z art. 56 § 1 k.k.s. także w odniesieniu do VAT za poszczególne miesiące 2011 r., pismem z dnia 21 marca 2016 r., posiadając jedynie ustalenia kontroli w zakresie roku 2012 r., zasadniczo mógł dysponować wyłącznie materiałem zgromadzonym za badany wówczas rok podatkowy. Nie wiadomo zatem na podstawie czego i jak wyliczono uszczuplenie w VAT za dwa poprzednie lata. Zresztą, jak była już o tym mowa wcześniej, wysokość tych uszczupleń była na przełomie kolejnych lat korygowana na korzyść Spółki kwestionującej ustalenia organów obu instancji, szczególnie za lata 2010-2012, zmniejszając się z początkowo przyjętej łącznie kwoty 1,6 miliona do aktualnej około 0,5 miliona zł, czyli o około 70 %. Nie znalazło to jednak żadnego oddźwięku w sposobie kwalifikacji czynu w zawieszonym od ponad 9 lat śledztwie. Co istotne, w odniesieniu do zobowiązania Strony z tytułu VAT za poszczególne miesiące 2011 r., śledztwo wszczęte zostało 15 września 2016 r. zaś postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego z dnia 8 września 2016 r. w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania VAT za ten rok podatkowy doręczono Stronie w dniu 14 września 2016 r. Wydanie decyzji do upływu nominalnego terminu przedawnienia za miesiące od lutego do listopada 2011 r. (31 grudnia 2016 r.) było w świetle obszernego materiału dowodowego praktycznie niemożliwe, a decyzję w tej sprawie, NDUCS wydał dopiero po ponad dwóch latach od upływu terminu przedawnienia (15 marca 2019 r.). Zawieszenie postępowania karnego skarbowego dwa miesiące po wszczęciu postępowania kontrolnego i dwa miesiące po wszczęciu tegoż postępowania (4 listopada 2016 r.), a następnie pogrążenie się w biernym oczekiwaniu na wydanie ostatecznej decyzji w tym zakresie, co trwa do chwili obecnej, bez bieżącej analizy zdarzeń mających istotny wpływ na kwalifikację prawną czynu a następnie na możliwość postawienia zarzutów potencjalnemu sprawcy (śmierć M.J.), dowodzenia ich słuszności przed sądem karnym (spadek przydatności osobowych źródeł dowodowych po upływie 16 lat od badanego okresu podatkowego) i ewentualnego doprowadzenia do skazania (w kontekście upływu terminów przedawnienia karności czynu, na co wpływ ma także mniejsza wartość potencjalnego uszczuplenia) przemawiają za tym, że organom prowadzącym i nadzorującym śledztwo w rzeczywistości nie zależało i nie zależy na osiągnięciu celów postępowania karnego skarbowego, o których mowa w art. 2 § 1 k.p.k. i art. 114 § 1 k.k.s.
Zgodnie bowiem z pierwszym z powołanych artykułów (§ 1), przepisy niniejszego kodeksu (czyli k.p.k. – dopisek Sądu) mają na celu takie ukształtowanie postępowania karnego, aby:
1) sprawca przestępstwa został wykryty i pociągnięty do odpowiedzialności karnej, a osoba niewinna nie poniosła tej odpowiedzialności;
2) przez trafne zastosowanie środków przewidzianych w prawie karnym oraz ujawnienie okoliczności sprzyjających popełnieniu przestępstwa osiągnięte zostały zadania postępowania karnego nie tylko w zwalczaniu przestępstw, lecz również w zapobieganiu im oraz w umacnianiu poszanowania prawa i zasad współżycia społecznego;
3) zostały uwzględnione prawnie chronione interesy pokrzywdzonego przy jednoczesnym poszanowaniu jego godności;
4) rozstrzygnięcie sprawy nastąpiło w rozsądnym terminie.
Z kolei w myśl art. 297 § 1 k.p.k. celem postępowania przygotowawczego jest:
1) ustalenie, czy został popełniony czyn zabroniony i czy stanowi on przestępstwo;
2) wykrycie i w razie potrzeby ujęcie sprawcy;
3) zebranie danych stosownie do art. 213 i art. 214;
4) wyjaśnienie okoliczności sprawy, w tym ustalenie osób pokrzywdzonych i rozmiarów szkody;
5) zebranie, zabezpieczenie i w niezbędnym zakresie utrwalenie dowodów dla sądu.
Ww. przepisy mają odpowiednie zastosowanie w postępowaniu karnym skarbowym poprzez odesłanie zawarte w art. 113 § 1 k.k.s. Jak z kolei stanowi przepis art. 114 § 1 k.k.s., przepisy kodeksu mają ponadto na celu takie ukształtowanie postępowania w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe, aby osiągnięte zostały cele tego postępowania w zakresie wyrównania uszczerbku finansowego Skarbu Państwa, jednostki samorządu terytorialnego lub innego uprawnionego podmiotu, spowodowanego takim czynem zabronionym.
Jak się zresztą okazało w niniejszej sprawie, mimo że DIAS już dwukrotnie wydawał ostateczną decyzję w przedmiocie VAT za poszczególne miesiące 2011 r., zawieszone postępowanie karne skarbowe nie zostało jednak podjęte. Powyższe potwierdza tezę, że jedynymi celami, jakie wszczęcie tego śledztwa miało osiągnąć, były cele związane z postępowaniem prowadzonym przez organy podatkowe.
3.12. Dotychczas zgromadzony materiał dowodowy oraz treść zaskarżonych decyzji przemawia za tezą, że wszczęcie w sprawie postępowania o przestępstwo skarbowe było instrumentalne. Organy nie podały obiektywnie przekonującego powodu, dla którego we wrześniu 2016 r. musiało dojść do wszczęcia postępowania karnego skarbowego, zamiast jedynie postępowania kontrolnego, które wszczęto w tym samym miesiącu wrześniu 2016 r. Sam fakt skierowania zawiadomienia o możliwości popełnienia przestępstwa skarbowego również za inne lata niż rok 2012 r. – jako jedyny okres objęty wówczas wynikami kontroli zobowiązania Spółki z tytułu CIT, na podstawie których sformułowano następnie to zawiadomienie – obiektywnie nie stanowił bowiem takiego powodu. Trafnie przy tym zwrócono w skardze uwagę na fakt, że postępowanie karne skarbowe oraz kontrola podatkowa zostały wszczęte w komunikujących się ze sobą komórkach organizacyjnych tego samego organu.
Odnoszenie się do pozostałych zarzutów zawartych w skardze było z kolei na tym etapie postępowania przedwczesne.
3.13. Z tych względów Sąd uchylił w całości zaskarżoną decyzję oraz uchylił w całości poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c oraz art. 135 p.p.s.a.
3.14. Rozpoznając sprawę ponownie, organy obu instancji, o ile uznają, że są jeszcze w stanie obiektywnie obronić tezę o nieinstrumentalnym wykorzystaniu instytucji wszczęcia postępowania karnego skarbowego w niniejszym postępowaniu, wówczas – zgodnie z wytycznymi uzasadnienia ww. wyroku o sygn. akt I SA/Wr 256/21 – będą mogły przeanalizować przedstawiony w dniu 21 maja 2016 r. wzmiankowany w decyzjach wniosek o wszczęcie postępowania przygotowawczego (to jest pismo z dnia 18 marca 2016 r.) i dokonanie czynności przeszukania w związku z podejrzeniem nierzetelnego prowadzenia przez Spółkę ksiąg oraz podejrzenia prowadzenia podwójnej ewidencji księgowej, przez co uszczuplono podatek dochodowy od osób prawnych za 2012 r. w kwocie nie mniejszej niż 700.000,00 zł i podatek od towarów i usług w kwocie nie mniejszej niż 300.000,00 zł oraz kartę informacyjną w sprawie Skarżącej, sporządzoną przez inspektora kontroli skarbowej (złożone w dniu 21 marca 2016 r. do Oddziału Postępowań Przygotowawczych Urzędu Kontroli Skarbowej). Wyjaśnić, co w tych materiałach lub innych zgromadzonych do dnia 15 września 2016 r. (wszczęcie postępowania karnego) wskazywało, że Skarżąca mogła popełnić przestępstwo umyślne, a nie inaczej niż organ interpretować przepisy podatkowe lub dokonywać próby dozwolonej lub nawet sprzecznej z przepisami optymalizacji podatkowej. Przy czym, jak wcześniej wskazano, samo podejrzenie, że z prawnopodatkowego punktu widzenia po stronie Skarżącej istniała zaległość podatkowa, w szczególności wobec zbliżającego się terminu przedawnienia, nie może stanowić argumentu za brakiem instrumentalności wszczęcia postępowania karnego.
Organy będą zatem miały jeszcze możliwość przedstawienia takiej argumentacji i powołania takich dowodów, które obiektywnie wykażą istnienie poważnych przesłanek przemawiających za tym, że finansowy organ postępowania przygotowawczego we wrześniu 2016 r. istotnie, poza okolicznością samego podważania rozliczenia podatkowego strony przez pracownika organu podatkowego oraz poza podważaniem prawidłowości prowadzenia ksiąg przez firmy obsługujące księgowość strony (znaczna część decyzji obu instancji relacjonuje dyskusję organów z tymi właśnie podmiotami), dysponował danymi uzasadniającym podejrzenie popełnienia ww. przestępstwa umyślnego. Będą mogły przy tym wykazać, że ten konkretny stan faktyczny różnił się od innych typowych sporów z podatnikami, w stopniu nakazującym organowi finansowemu postępowania przygotowawczego wszcząć i prowadzić śledztwo w sprawie o przestępstwo karne skarbowe. W innym wypadku, o ile nie zachodzą inne przyczyny, które zawiesiły lub przerwały bieg terminu przedawnienia spornego zobowiązania podatkowego, czego wykazanie należy do organów obu instancji, powinny – w zależności od rozpatrującej sprawę instancji – umorzyć postępowanie podatkowe, stosując odpowiednio art. 208 § 1 O.p. lub art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) O.p.
3.15. O kosztach postępowania sądowego Sąd orzekł na podstawie art. 200 w związku art. 205 § 2 p.p.s.a.