Zatem, zdaniem DIAS:
1) rozliczenie Strony w VAT za II kwartał 2010 r. przedawniło się 29.10.2025 r. (ustawowy termin przedawnienia: 31.12.2015 r. + 3 589 dni zawieszenia),
2) rozliczenia Strony w VAT za I, II i III kw. 2011 r przedawni się 29.10.2026 r. (ustawowy termin przedawnienia: 31.12.2016 r. + 3 589 dni zawieszenia),
3) rozliczenie Strony w VAT za IV kw. 2011 r. przedawni się 29.10.2027 r. (ustawowy termin przedawnienia: 31.12.2017 r. + 3 589 dni zawieszenia).
W konsekwencji organ odwoławczy przyjął, że zobowiązanie Strony w podatku od towarów i usług od I kwartału 2011 r. do IV kwartału 2011 r. nie uległo przedawnieniu. Zobowiązanie Strony w podatku od towarów i usług za II kwartał 2010 r. przedawniło się z dniem 29.10.2025 r.
Dalej organ II instancji wyjaśnił, że:
- zobowiązany był uchylić decyzję NUS w zakresie rozliczenia w VAT za II kwartał 2010 r. i umorzyć postępowanie w tym zakresie.
- rozliczenie Strony w podatku od towarów i usług za IV kwartał 2010 r. przedawniło się z dniem 1.01.2017 r., bowiem zmienione zarządzenie zabezpieczenia z 22.03.2016 r., dotyczące IV kwartału 2010 r., zostało nieprawidłowo doręczone Stronie, zamiast pełnomocnikowi ustanowionemu przez opiekuna prawnego, zatem nie wywołało skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Tym samym organ zobowiązany był uchylić decyzję NUS także w zakresie rozliczenia w VAT za IV kwartał 2010 r. i umorzyć postępowanie w tym zakresie.
DIAS argumentował, iż Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w prawomocnym wyroku z 13.08.2020 r. sygn. akt I SA/Wr 970/19, wydanym w sprawie, podzielił ocenę organów podatkowych w kwestii prawidłowości doręczenia opiekunowi prawnemu Strony zarządzeń o zabezpieczeniu, dotyczących II kwartału 2010 r. oraz I, II, III i IV kwartału 2011 r., cyt.: prawidłowa jest ocena, że bieg terminu przedawnienia tych zobowiązań podatkowych (za wyjątkiem zobowiązania za IV kwartał 2010 r.) został zawieszony na skutek doręczenia zarządzeń o zabezpieczeniu.
W sprawie wydane zarządzenia o zabezpieczeniu zostały doręczone w dniu 30.11.2015 r. a więc przed upływem terminu przedawnienia, opiekunowi prawnemu Skarżącej."
Dalej organ odwoławczy odwołał się do treści uchwały NSA z 16.06.2025 r. sygn. III FPS 1/25, w której wskazano, iż doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w trybie art. 155b § 1 ustawy z dnia 17.06.1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2025, poz. 132) w wykonaniu decyzji o zabezpieczeniu, o której mowa w art. 33 § 2 w zw. z art. 33 § 1 O.p., powinno nastąpić do rąk pełnomocnika ustanowionego i zgłoszonego przez podatnika w postępowaniu podatkowym (kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej). Podkreślił, że opiekun prawny Strony w toku kontroli podatkowej, 16.07.2015 r. ustanowił pełnomocnika. Natomiast zarządzenia zabezpieczenia, dotyczące rozliczenia Strony za II kwartał 2010 r. oraz od I kwartału 2011 r. do IV kwartału 2011 r. doręczono opiekunowi prawnemu Strony 30.11.2015 r. Zdaniem DIAS przeniesienie ww. treści uchwały na okoliczności niniejszej sprawy, powinno spowodować uznanie, że przedmiotowe zarządzenia zabezpieczenia zostały doręczone nieprawidłowo i nie wywołały skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia rozliczeń Strony w VAT za II kwartał 2010 r. i od I kwartału 2011 r. do IV kwartału 2011 r. Jednakże, w ocenie DIAS, biorąc pod uwagę zarówno ocenę prawną zawartą w prawomocnym wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, który jednoznacznie stwierdził, iż prawidłowa jest uznanie, że bieg terminu przedawnienia ww. zobowiązań podatkowych (za wyjątkiem zobowiązania za IV kwartał 2010 r.) został zawieszony na skutek doręczenia zarządzeń o zabezpieczeniu oraz art.153 i art.170 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143; dalej: p.p.s.a.), w sprawie doszło do stanu prawnego stworzonego przez prawomocne orzeczenie sądowe, które powoduje, że niedopuszczalne jest ponowne rozpatrywanie sprawy (naruszenie zasady powagi rzeczy osądzonej).
W zakresie rozliczenia VAT za okres od I do IV kwartału 2011 r. DIAS wskazał (str.9-17), że zaistniały przesłanki do wydania decyzji kasacyjnej z art.233 § 2 O.p. Organ odwoławczy wyjaśnił, że w ponownie rozpatrywanej sprawie organ I instancji powinien również podjąć spójne działania w zakresie oceny dotychczas zgromadzonego i ewentualnie dodatkowo uzupełnionego materiału dowodowego. DIAS zwrócił uwagę, iż organ I instancji w wydanej decyzji uwzględnił w jednym przypadku uwierzytelnione kserokopie faktur mimo braku adnotacji "duplikat" (tj. w przypadku kontrahenta W. sp. j.), podczas gdy również pozostali kontrahenci przesyłali organowi uwierzytelnione kserokopie faktur VAT (np. R., P. sp. j., R., P.(1), a G. — faktury z oznaczeniem "kopia"), ale tych faktur nie uwzględnił i nie wyjaśnił powodu takiej oceny tych dokumentów. Zatem kwestia ta wymaga jednoznacznego wyjaśnienia. DIAS podkreślił, że organ I instancji winien również zbadać, które z faktur, dokumentujących nabycie towarów i usług były wykorzystywane do czynności opodatkowanych przez Stronę i dają Jej prawo do odliczenia podatku naliczonego, a które nie umożliwiają prawa do odliczenia, a także przyporządkować poszczególne faktury VAT do właściwych okresów rozliczeniowych. Wyeliminowanie wskazanych wyżej nieprawidłowości wymaga przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części, które nie może zostać dokonane w trybie art. 229 Ordynacji podatkowej.
Zdaniem DIAS pominięcie uprzedniej oceny dowodów przez organ I instancji stanowiłoby naruszenie zasady dwuinstancyjności postępowania określonej w art. 127 Ordynacji podatkowej.
Postępowanie przed Sądem.
W skardze do Sądu Podatnik zaskarżył decyzję organu II instancji w części dotyczącej punktu 1 decyzji .
Zarzucił:
1. naruszenie art. 233 § 2 Ordynacji podatkowej poprzez jego niewłaściwe zastosowanie i wydanie decyzji kasacyjnej mimo braku przesłanek do jej zastosowania, podczas gdy organ odwoławczy był zobowiązany do merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy,
2. naruszenie art. 153 p.p.s.a poprzez niezastosowanie się do oceny prawnej i wskazań zawartych w prawomocnym wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 13.08.2020 r., sygn. akt I SA/Wr 970/19,
3. naruszenie art. 121 §1 Ordynacji podatkowej poprzez prowadzenie postępowania w sposób naruszający zasadę zaufania do organów podatkowych,
4. naruszenie art. 122 Ordynacji podatkowej poprzez niewyjaśnienie w sposób wyczerpujący wszystkich okoliczności sprawy i przerzucenie ciężaru prowadzenia postępowania dowodowego ponownie na organ pierwszej instancji,
Strona wniosła o:
- uchylenie zaskarżonej decyzji DIAS w zaskarżonej części,
- zasądzenie zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych.
W uzasadnieniu skargi Strona wniosła również zarzut przedawnienia zobowiązań podatkowych.
W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując dotychczasowe stanowisko.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje:
Skarga okazała się zasadna.
Stosownie do art. 1 § 1 ustawy z dnia 25.07.2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę administracji publicznej. Kontrola, o której mowa w § 1 sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej (§ 2 art. 1 tej ustawy). Zgodnie z art. 3 § 1 p.p.s.a., sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Z wyżej powołanych przepisów wynika, że sąd bada legalność zaskarżonego aktu, czy jest on zgodny z prawem materialnym, określającym prawa i obowiązki stron oraz z prawem procesowym, regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej. W wyniku takiej kontroli decyzja może zostać uchylona w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a), b) i c) p.p.s.a.). W myśl art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, który nie miał w sprawie zastosowania.
Oceniając zaskarżoną decyzję według podanych kryteriów stwierdzić należy, że narusza ona – tak jak i poprzedzająca ją decyzja organu I instancji - prawo w stopniu nakazującym wyeliminowanie ich z obrotu prawnego.
Zdaniem Sądu na uwzględnienie zasługuje najdalej idący zarzut dotyczący przedawnienia rozliczenia VAT za okres od I do IV kwartału 2011 r. W ocenie Sądu w w dacie wydania zaskarżonej decyzji to jest w dniu 29.01.2026 r. ww. zobowiązania podatkowe w VAT za okres od I do IV kwartału 2011 r. uległy już przedawnieniu.
Nie jest sporne w sprawie, że upływ ustawowego terminu przedawnienia, o którym mowa w art.70 § 1 O.p., w stosunku do zobowiązań podatkowych w podatku VAT za okres:
- od I kwartału 2011 r. do III kwartału 2011 r. nastąpił w dniu 31.12.2016 r.,
- za IV kwartał 2011 r. nastąpił 31.12.2027 r.
W zaskarżonej decyzji DIAS wskazał, że przed upływem w/w terminów przedawnienia miało miejsce zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania w VAT.
DIAS powołał się na zawieszenie biegu terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 4 pkt O.p. Zgodnie z tym przepisem, bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem doręczenia postanowienia o przyjęciu zabezpieczenia, o którym mowa w art. 33d § 2, lub doręczenia zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.
Organ odwoławczy wskazał na doręczenia zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji w dniu 30.11.2015 r. opiekunowi prawnemu Strony.
Zdaniem DIAS bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w VAT Strony za sporny okres został skutecznie zawieszony w dniu 30.11.2015 r. DIAS wskazał także, że WSA we Wrocławiu w prawomocnym wyroku z 13.08.2020 r. sygn. akt I SA/Wr 970/19 podzielił stanowisko organów podatkowych w kwestii prawidłowości doręczenia opiekunowi prawnemu Strony zarządzeń zabezpieczenia w dniu 30.11.2015 r.
Jednocześnie DIAS dostrzegł, że doręczenie ww. zarządzeń zabezpieczenia było wadliwe i bezskuteczne prawnie, bo Podatnik w toku kontroli podatkowej w 16.07.2015 r. ustanowił pełnomocnika – adwokata A. O. a zatem zarządzenia zabezpieczenia winny być doręczone pełnomocnikowi. Takie stanowisko wynika z uchwały składu 7 sędziów NSA z dnia 16.06.2025 sygn. akt III FPS 1/25. Jednak, w ocenie DIAS, z uwagi na art.153 i art.170 p.p.s.a. związany jest w sprawie oceną prawną zawartą w prawomocnym wyroku WSA we Wrocławiu z 13.08.2020 r. sygn. akt I SA/Wr 970/19.
W ocenie Sądu stanowisko DIAS jest niezgodne z prawem, bowiem pozostaje w sprzeczności z ww. uchwałą składu 7 sędziów NSA z 16.06.2025 r. o sygn. akt III FPS 1/25. Zgodnie z sentencją tej uchwały: Doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w trybie art. 155b § 1 ustawy z dnia 17.06.1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracj, w wykonaniu decyzji o zabezpieczeniu, o której mowa w art. 33 § 2 w zw. z art. 33 § 1 O.p., powinno nastąpić do rąk pełnomocnika ustanowionego i zgłoszonego przez podatnika w postępowaniu podatkowym (kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej).
Zdaniem Sądu, w świetle tej uchwały, w sprawie nie doszło w dniu 30.11.2015 r. do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania Skarżącej z tytułu VAT za sporny okres, w oparciu o dyspozycję art. 70 § 6 pkt 4 O.p., albowiem zarządzenia zabezpieczenia, nie zostały doręczone do rąk pełnomocnika, ustanowionego w toku kontroli podatkowej – adwokat A. O.
Sąd w składzie orzekającym akcentuje, że w sprawie wystąpiła kolizja norm prawnych wynikających z art.153 i art.170 p.p.s.a. (powołanych przez DIAS) oraz art.269 § 1 p.p.s.a. Zgodnie z art.269 § 1 p.p.s.a. jeżeli jakikolwiek skład sądu administracyjnego rozpoznający sprawę nie podziela stanowiska zajętego w uchwale składu siedmiu sędziów, całej Izby albo w uchwale pełnego składu Naczelnego Sądu Administracyjnego, przedstawia powstałe zagadnienie prawne do rozstrzygnięcia odpowiedniemu składowi. Przepis art. 187 § 1 i 2 stosuje się odpowiednio.
Sąd podkreśla, że ogólna moc wiążąca uchwał konkretnych i abstrakcyjnych nie pozwala na samodzielne rozstrzygnięcie przez jakikolwiek skład sądu administracyjnego sprawy w sposób sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w uchwale i przyjęcie wykładni prawa odmiennej od tej, która została przyjęta przez skład poszerzony Naczelnego Sądu Administracyjnego (por. wyrok NSA z 5.11.2025 r. sygn. akt I OSK 2054/24, CBOSA).
Innymi słowy, podjęcie uchwały przez poszerzony skład NSA ma ten skutek, że swoiście wiąże ona sądy administracyjne, co wynika z art. 269 § 1 p.p.s.a., zgodnie z którym jeżeli jakikolwiek skład sądu administracyjnego rozpoznający sprawę nie podziela stanowiska zajętego w uchwale składu siedmiu sędziów, całej Izby albo w uchwale pełnego składu NSA, przedstawia powstałe zagadnienie prawne do rozstrzygnięcia odpowiedniemu składowi. Przepis ten, pośrednio, nie pozwala również organom administracji rozstrzygnąć danej sprawy w sposób sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w uchwale i przyjmować wykładni prawa odmiennej od tej, która została przyjęta przez skład poszerzony NSA (zob. wyrok WSA w Lublinie z 14.11.2024 r. sygn. akt II SA/Lu 667/24, CBOSA).
W kontrolowanej sprawie, Sąd w składzie orzekającym podziela stanowisko zajęte w ww. uchwale składu 7 sędziów NSA z dnia 16.06.2025 r. sygn. akt III FPS 1/25. W konsekwencji zaskarżona decyzja oraz decyzja NUS zostały wydane z naruszeniem art.70 § 1 w związku z art. 70 § 6 pkt 4 pkt O.p.
W ocenie Sądu, w rozpatrywanej sprawie pierwszeństwo przed przepisami art.153 i art.170 p.p.s.a., należy przyznać art. 269 § 1 p.p.s.a. i w konsekwencji uchwale składu 7 sędziów NSA sygn. akt III FPS 1/25 z 16.06.2025 przed prawomocnym wyrokiem tut. Sądu z 13.08.2020 r. sygn. akt I SA/Wr 970/19. Takie same stanowisko, w bardzo zbliżonym zagadnieniu prawnym, zajął NSA w uchwale z 30.06.2008 r. sygn. akt I FPS 1/08 orzekając że Naczelny Sąd Administracyjny przy rozpatrywaniu ponownej skargi kasacyjnej obowiązany jest - w związku z art. 269 § 1 p.p.s.a. - odstąpić od zastosowania art. 190 tej ustawy, z uwagi na podjęcie uchwały przez Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów, zawierającej stanowisko dotyczące wykładni prawa odmienne od wyrażonego w poprzednim wyroku NSA, do którego to stanowiska zastosował się wojewódzki sąd administracyjny. Sąd w składzie orzekającym podziela stanowisko zajęte w tej uchwale przez NSA i uznaje, że tezy tej uchwały mają w pełni zastosowanie do kolizji norm prawnych, która zaistniała w rozpoznawanej sprawie. Sąd podkreśla, że moc wiążąca stanowiska przedstawionego w uchwale NSA nie ma oczywiście charakteru bezwzględnego. Zgodnie bowiem z art. 269 § 1 p.p.s.a., jeżeli jakikolwiek skład sądu administracyjnego rozpoznający sprawę nie podziela stanowiska zajętego w uchwale składu siedmiu sędziów, całej Izby albo w uchwale pełnego składu Naczelnego Sądu Administracyjnego, przedstawia powstałe zagadnienie prawne do rozstrzygnięcia odpowiedniemu składowi. Jak z tego wynika, alternatywą dla zastosowania się do uchwały przez rozpoznający skargę skład orzekający tut. Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego jest uruchomienie procedury uregulowanej w art. 269 § 1 p.p.s.a. w celu przełamania wyrażonego w niej stanowiska. W kontrolowanej sprawie Sąd nie dostrzegł podstaw do zastosowania ww. procedury, podzielając stanowisko przedstawione w uchwale.
Z tych też powodów w sprawie nie nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych w VAT za okres od I do IV kwartału 2011 r. w dniu 30.11.2015 r., co oznacza, że zobowiązania te uległy przedawnieniu odpowiednio w dniu 31.12.2016 r. (kwartał I-III) i w dniu 31.12.2017 r. (IV kwartał).
W związku z upływem terminu przedawnienia, brak było podstaw do wydania decyzji kasacyjnej w oparciu o art. 233 § 2 O.p.
Z uwagi na przedawnienie spornych zobowiązań podatkowych, WSA we Wrocławiu, w oparciu o art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c), § 3 w związku z art.135 p.p.s.a. uchylając decyzję DIAS i NUS w zakresie VAT za okres od I do IV kwartału 2011 r. również umorzył postępowanie podatkowe.
Sąd jednocześnie zauważa, że z akt sprawy nie wynika także wystąpienie (przed upływem podstawowego terminu przedawnienia) innej, niż określona w art. 70 § 6 pkt 4 O.p. przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia ww. zobowiązań podatkowych, ani też, że bieg tego terminu uległ przerwaniu. Na okoliczności takie organy podatkowe nie powoływały się również w decyzjach wydanych w I i II instancji. Okoliczności te nie wynikają z akt sprawy w oparciu o które Sąd I instancji orzekał na podstawie art. 133 § 1 p.p.s.a.
W konsekwencji za bezprzedmiotowe należało uznać formułowanie wobec organu podatkowego wytycznych co do dalszego postępowania, skoro postępowanie podatkowe zostało umorzone.
Biorąc pod uwagę to, co wyżej przedstawiono, Sąd orzekł jak w pkt I sentencji wyroku. O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 p.p.s.a. w pkt II sentencji wyroku.