Ponadto skarżąca wniosła o dopuszczenie i przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z dokumentu, tj. decyzji Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście z dnia 3 lutego 2017 r. w przedmiocie odmowy zmiany decyzji poprzez odroczenie terminu zapłaty należności w podatku od towarów i usług za IV kwartał 2015 r. do dnia 31 marca 2017 r. - na fakt dobrej wiary skarżącej i przyczyn niewpłacenia podatku w pełnej wysokości.
W uzasadnieniu skargi zauważono między innymi, że w sprawie zastosowanie ma bezwzględna zasada zakazu nadużyć uregulowana w art. 5 ust. 4 ustawy o VAT. Przepis ten jasno wskazuje, że w przypadku wystąpienia nadużycia prawa dokonane czynności, o których mowa w art. 5 ust. 1 ustawy, wywołują jedynie takie skutki podatkowe, jakie miałyby miejsce w przypadku odtworzenia sytuacji, która istniałaby w braku czynności stanowiących nadużycie prawa. Ponieważ sporna transakcja uznana została w całości jako stanowiąca nadużycie prawa, to nie powinna wywoływać jakichkolwiek skutków na gruncie ustawy o VAT. Tymczasem organ podatkowy uznaje, że skutki powinny w całości wystąpić, a sporna transakcja została prawidłowo opodatkowana i zafakturowana. Jeżeli byłoby tak jak twierdzi organ, że korekta podatku powinna nastąpić wyłącznie po stronie nabywcy, wówczas art. 5 ust. 4 ustawy o VAT byłby zbędny, a zbędność przepisów w systemie prawa wyklucza zasada racjonalnego ustawodawcy. Odwołując się do wyroku TSUE z dnia 22 listopada 2017 r., Edward Cussens i in. przeciwko T.G. Brosman, C-251/16, EU:C:2017:881, skarżąca podniosła, że zadaniem organów podatkowych oraz sądów administracyjnych jest przedefiniowanie transakcji, które stanowią nadużycie prawa, a zastosowanie właściwych przepisów w dziedzinie VAT nie ma zastosowania do transakcji, które stanowią nadużycie. Opodatkowaniu podlegają tylko te transakcje, które nie stanowią nadużyć. W sprawie spornej faktury wystawionej na kontrahenta Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście przedefiniował transakcję u ww. kontrahenta, co wymaga również przedefiniowania u skarżącej i ma charakter bezwzględny.
Skarżąca wskazała dalej, że w dacie dokonania transakcji w ustawie o VAT nie było w ogóle pojęcia "nadużycia prawa". Obecnie pojęcie to uregulowane jest w art. 5 ust. 5 ustawy o VAT. Pojęcie to jest nieostre i stwarza wiele możliwości interpretacyjnych, a także ocennych. Na dzień dokonania transakcji skarżąca nie miała żadnych konkretnych ustawowych kryteriów oceny, czy usługę sprzedaży prawa do znaku towarowego opodatkować stawką podstawową, czy też wystawić fakturę bez VAT, traktując swoje świadczenie jako czynność nadużywającą prawa podatkowego. Ponadto w październiku 2015 r., gdy transakcja miała miejsce, nie było żadnych interpretacji ani wyroków sądów administracyjnych w zakresie kryteriów oceny, czy sprzedaż prawa do zgłoszenia znaku towarowego stanowi nadużycie prawa podatkowego, czy też nie, a jeśli tak to w jakich warunkach. Wówczas obrót prawami do zgłoszenia znaków towarowych opodatkowany był stawką podstawową, co było powszechną praktyką podatników jak i organów podatkowych. Powołując się na wyrok TSUE z dnia 18 marca 2021 r., UAB "P" przeciwko Dyrektorowi Izby Skarbowej w B., C-48/20, EU:C:2021:215, skarżąca stwierdziła, że wystawca faktury, który działał w dobrej wierze, winien mieć możliwość korekty podatku nienależnie wykazanego na fakturze zgodnie z procedurą ustaloną przez dane państwo członkowskie.
Dalej skarżąca wskazała, że państwa członkowskie są uprawnione do wydania przepisów służących zapewnieniu prawidłowego poboru podatku i zapobieganiu oszustwom podatkowym (choć w niniejszej sprawie mamy do czynienia tylko z nadużyciem), o tyle przepisy te nie powinny wykraczać poza zakres konieczny do osiągnięcia zamierzonych celów, a zatem nie mogą być wykorzystywane w sposób, który podważałaby neutralność VAT, stanowiącą fundamentalną zasadę wspólnego systemu VAT ustanowionego w przepisach prawa Unii w tej dziedzinie. Tymczasem w niniejszej sprawie w oczywisty sposób dochodzi do naruszenia zasady neutralności VAT, albowiem dotychczasowe działanie organów podatkowych prowadzi wprost do przysporzenia Skarbu Państwa o kwotę 460 000 zł, która nigdy do kasy Skarbu Państwa trafić nie powinna i w całości obciąża podatników VAT. Celem art. 203 dyrektywy VAT jest to, aby Skarb Państwa na oszustwach podatkowych czy nadużyciach podatkowych nie tracił wpływów, ale jednocześnie nie uprawnia do dodatkowych wpływów podatkowych, których koszt mają ponosić podatnicy VAT.
Przechodząc do uzasadnienia zarzutu naruszenia art. 108 ust. 1 ustawy o VAT, spółka wskazała, że faktura wystawiona przez nią nie była "pustą fakturą". Dokumentowała ona rzeczywisty obrót gospodarczy, co zresztą potwierdził sam organ podatkowy w zaskarżonej decyzji. Zdaniem skarżącej fakt wydania ostatecznych decyzji wobec odbiorcy faktur fikcyjnych nie stanowi jeszcze o wyeliminowaniu ryzyka uszczuplenia dochodów podatkowych. Podatnik musi udowodnić, że odliczony przez jego kontrahenta VAT został zwrócony do budżetu państwa w postaci zapłaty podatku określonego w decyzji. I choć w niniejszej sprawie nie mamy do czynienia z fikcyjną fakturą, lecz fakturą dokumentującą rzeczywistą transakcję, która jednak nie powinna podlegać opodatkowaniu z uwagi na zasadę zakazu nadużyć, to jej korekta jest możliwa, jeśli kontrahentowi ostatecznie odmówiono odliczenia i kontrahent ten zapłacił podatek wynikający z decyzji. W niniejszej sprawie kontrahent skarżącej w całości zapłacił podatek wynikający z decyzji określającej, a więc "odpowiedni czas", o którym pisze organ w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, nie jest limitowany do czasu rozpoczęcia weryfikacji organu podatkowego u kontrahenta.
Kolejno skarżąca zarzuciła również organowi podatkowemu błąd w ustaleniach faktycznych przyjętych za podstawę zaskarżonej decyzji. Organ ustalił bowiem, że skarżąca w całości nie wyeliminowała ryzyka uszczupleń podatkowych, bowiem zapłaciła 300 488 zł VAT z tytułu spornej faktury a nie 460 000 zł. Tymczasem, jak wynika z decyzji wydanej w stosunku do kontrahenta, jego zobowiązanie podatkowe, po wyeliminowaniu spornej faktury, określono na kwotę 83 656 zł. Zatem uszczuplenie wpływów podatkowych mogło nastąpić jedynie do kwoty 83 656 zł, a skarżąca zapłaciła do organu 300 488 zł, zatem ponad 3,5 razy więcej. Przyjąć należało więc, że ryzyko zostało wyeliminowane w całości.
Końcowo wskazano na dobrą wiarę skarżącej. Skarżąca uwzględniła bowiem w swoich rejestrach VAT sporną fakturę, a następnie ujęła ją w deklaracji VAT za IV kwartał 2015 r. i odprowadziła znaczną część podatku należnego, tj. 300 448 zł z 460 000 zł. Różnicy w kwocie 159 552 zł nie odprowadziła, ponieważ nie otrzymała zapłaty tegoż podatku VAT od kontrahenta, albowiem organ podatkowy właściwy dla kontrahenta bezprawnie wstrzymał zwrot tego podatku, co zostało potwierdzone prawomocnymi orzeczeniami sądów administracyjnych, tj. Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego (vide: III SA/Wa 2622/17, III SA/Wa 2090/18, I FSK 1257/19, III SA/Wa 1501/18, I FSK 1666/19). Zasada podatku VAT jest przecież taka, że podatek wykazany w fakturze sprzedaży jest płacony przez nabywcę do sprzedawcy, a następnie sprzedawca odprowadza ten podatek do organu podatkowego. Tymczasem w niniejszej sprawie, bezprawne działania organu podatkowego kontrahenta uniemożliwiły płatności podatku od kontrahenta do skarżącej, a w konsekwencji skarżąca wyłożyła z własnych środków aż 300 448 zł i dobrowolnie wpłaciła je do organu podatkowego. W pozostałej części, tj. 159 552 zł żądała od organu podatkowego odroczenia terminu płatności podatku, jednak bezskutecznie. Decyzją z dnia 3 lutego 2017 r. Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście odmówił skarżącej zmiany decyzji w przedmiocie odroczenia terminu zapłaty należności w podatku od towarów i usług za IV kwartał w kwocie 161 367 zł. Skarżąca działała w dobrej wierze, a organy podatkowe wiedziały nie tylko o spornej transakcji, ale również i o przepływach finansowych koniecznych do uregulowania zobowiązania. W konsekwencji powyższego zasadny staje się zarzut naruszenia przez organ podatkowy art. 188 o.p. poprzez odmowę przeprowadzenia wnioskowanych dowodów, bowiem powyższe okoliczności miały istotne znaczenie z punktu widzenia dobrej wiary skarżącej oraz winy Naczelnika Urzędu Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście w zakresie braku płatności pozostałej kwoty podatku.
W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko zawarte w zaskarżonej decyzji. Organ odwoławczy stwierdził, że kwestia uregulowania przez kontrahenta skarżącej w całości zobowiązania podatkowego, wynikającego z decyzji Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego Warszawa-Śródmieście z dnia 22 marca 2018 r. nie była podważana, co zostało szczegółowo opisane w decyzji organu odwoławczego na str. 16-17. Jednakże powyższa okoliczność nie ma w rozpatrywanej sprawie decydującego znaczenia, bowiem istotne jest, że wystawienie korekty spornej faktury przez skarżącą nie nastąpiło w odpowiednim czasie. Ponadto, w ocenie DIAS, skarżąca, podnosząc zarzut bezzasadnej odmowy przeprowadzenia dowodów, wskazała na okoliczności, które dotyczą innego podmiotu (choć reprezentowanego, tak jak i skarżąca przez D. D.). Wskazana przez skarżącą kwestia odnosi się do okoliczności przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT za IV kwartał 2015 r. u kontrahenta skarżącej i ich domniemanego wpływu na uregulowanie przez skarżącą jedynie części podatku VAT za IV kwartał 2015 r. Natomiast rozpatrywana sprawa dotyczy wniosku o stwierdzenie nadpłaty złożonego przez skarżącą. W niniejszej sprawie bezspornie ustalono wysokość zobowiązania skarżącej za IV kwartał 2015 r., wynikającą z deklaracji VAT-7K, oraz wysokość kwoty, która została uregulowana Organ nie widzi związku pomiędzy wskazanymi okolicznościami a prawidłowym ustaleniem stanu faktycznego rozpatrywanej sprawy.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu postanowieniem z dnia 14 września 2023 r. (I SA/Wr 38/23) zawiesił postępowanie sądowe w sprawie z uwagi na toczące się przed Naczelnym Sądem Administracyjnym postępowania ze skarg kasacyjnych od wyroków Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie: z dnia 27 czerwca 2019 r. (III SA/Wa 2568/18) oraz z dnia 18 sierpnia 2021 r. (III SA/Wa 76/21). Zażalenie skarżącej spółki na to postanowienie zostało oddalone przez Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 20 grudnia 2023 r. (I FZ 328/23).
Postanowieniem z dnia 2 lipca 2025 r. (I SA/Wr 38/23) Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu podjął postępowanie sądowe z urzędu. Sąd wziął pod uwagę, że Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z dnia 7 grudnia 2023 r. (I FSK 2277/19) oddalił skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 27 czerwca 2019 r. (III SA/Wa 2568/18), a wyrokiem z dnia 16 kwietnia 2025 r. (I FSK 2356/21) oddalił skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 18 sierpnia 2021 r. (III SA/Wa 76/21).
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 3 § 2 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej: p.p.s.a.) kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje między innymi orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne. Na podstawie art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, które to zastrzeżenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie. W myśl art. 145 § 1 p.p.s.a. sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie: 1) uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy; 2) stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia w całości lub w części, jeżeli zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach; 3) stwierdza wydanie decyzji lub postanowienia z naruszeniem prawa, jeżeli zachodzą przyczyny określone w Kodeksie postępowania administracyjnego lub w innych przepisach.
Dalej należy wskazać, że zgodnie z art. 72 § 1 o.p., za nadpłatę uważa się kwotę: 1) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku; 2) podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej; 3) zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta, jeżeli w decyzji, o której mowa w art. 30 § 4 o.p., określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej; 4) zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej. Stosownie do art. 73 § 1 pkt 1 o.p., nadpłata powstaje z dniem zapłaty przez podatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej. Według art. 75 § 1 o.p., jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku.
W realiach niniejszej sprawy strona skarżąca upatruje powstania nadpłaty w podatku od towarów i usług z racji zapłaty podatku VAT należnego od transakcji, która została uznana za dokonaną w celu nadużycia prawa do odliczenia VAT naliczonego. Uznanie transakcji za dokonaną celu nadużycia prawa wynika z prawomocnych wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego, przywołanych wcześniej, które wiążą Sąd w niniejszej sprawie na mocy art. 170 p.p.s.a.
Podkreślenia wymaga, że Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w swoim orzecznictwie precyzuje, jakie są skutki wystąpienia nadużycia prawa. Podkreślić przy tym należy, że powinnością organów państwa członkowskiego Unii Europejskiej, w tym organów podatkowych właściwych w zakresie VAT, jest stosowanie prawa Unii Europejskiej, w tym przepisów ustawy o VAT stanowiącej implementację przepisów dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.Urz. UE z 11 grudnia 2006 r. Nr L 347, s. 1 ze zm.; dalej: dyrektywa VAT), z uwzględnieniem wykładni przepisów tejże dyrektywy wynikającej z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (zob. wyrok WSA we Wrocławiu z dnia 22 lutego 2024 r., I SA/Wr 713/23 – orzeczenia sądów administracyjnych są dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych: Orzeczenia.nsa.gov.pl). W omawianym zakresie należy w szczególności odwołać się do wyroku TSUE z dnia 21 lutego 2006 r., Halifax i in., C-255/02, EU:C:2006:121, w którym Trybunał przypomniał, że stwierdzenie istnienia nadużycia nie może prowadzić do sankcji, dla której niezbędna byłaby jasna i jednoznaczna podstawa prawna, lecz do obowiązku zwrotu jako zwykłej konsekwencji tego stwierdzenia, jako powodującego, iż odliczenia naliczonego podatku VAT stają się w części lub w całości nienależne (pkt 93 oraz przywołany tam wyrok TSUE z dnia 14 grudnia 2000 r., Emsland-Stärke GmbH, C-110/99, EU:C:2000:695, pkt 56). W związku z powyższym, w opinii Trybunału, transakcje, których dokonanie stanowi nadużycie, powinny zostać przedefiniowane w taki sposób, aby odtworzyć sytuację, która istniałaby, gdyby nie dokonano transakcji stanowiących wspomniane nadużycie. Trzeba też zwrócić uwagę na utrwalone w judykaturze stanowisko, że takie przedefiniowanie nie powinno wykraczać poza to, co jest konieczne do zapewnienia prawidłowego poboru podatku od wartości dodanej i uniknięcia oszustw podatkowych (zob. ww. wyrok TSUE w sprawie Halifax i in., C-255/02, pkt 92, a także wyrok TSUE z dnia 22 grudnia 2010 r., Weald Leasing, C-103/09, EU:C:2010:804, pkt 52). W szczególności nie mogłoby ono zostać wykonane w sposób, który podważałby neutralność podatku od wartości dodanej, stanowiącą podstawową zasadę wspólnego systemu VAT, ustanowionego przez przepisy unijne w przedmiotowej dziedzinie.
Dalej trzeba wskazać, że skutkiem stwierdzenia nadużycia prawa będzie zastosowanie właściwych przepisów w odniesieniu do przedefiniowanej sytuacji, co może oznaczać konieczność zwrotu odliczonego podatku lub zapłaty podatku nieuiszczonego. Trzeba jednak wskazać, że ten obowiązek rozliczenia podatku jest wyłącznie konsekwencją przedefiniowania sytuacji, a nie nałożeniem jakiegoś dodatkowego zobowiązania (zob. wyroki TSUE: z dnia 14 grudnia 2000 r., Emsland-Stärke GmbH, C-110/99, EU:C:2000:695, pkt 56; z dnia 21 lutego 2006 r., Halifax i in., C-255/02, Halifax i in., EU:C:2006:121, pkt 93). W tym zakresie organy podatkowe są upoważnione do domagania się z mocą wsteczną zwrotu kwot wynikających z każdej transakcji, w odniesieniu do której stwierdzono, iż w związku z zaistnieniem nadużycia prawa doszło do odliczenia podatku naliczonego lub do nieuiszczenia podatku należnego (zob. wyrok TSUE z dnia 3 marca 2005 r., Fini H, C-32/03, EU:C:2005:128, pkt 33). Podkreślić trzeba, że organ podatkowy, żądając od podatnika zwrotu, powinien pomniejszyć wysokość wymaganych kwot o cały podatek należny obciążający dokonane transakcje, do którego zapłaty podatnik został w sposób sztuczny zobowiązany w ramach schematu wykorzystującego nadużycie prawa. Wskazuje się, że w niektórych sytuacjach może nawet dojść do konieczności zwrotu przez administrację nadwyżki tego "sztucznie" należnego podatku nad podatkiem "realnie" należnym (zob. B. Rogowska-Rajda, T. Tratkiewicz, Stosowanie klauzuli nadużycia prawa w VAT, "Przegląd Podatkowy" 2018 nr 1, s. 12). Podkreśla się, że Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej wielokrotnie akcentował, że stwierdzenie istnienia nadużycia nie może prowadzić do sankcji, dla której niezbędna byłaby jasna i jednoznaczna podstawa prawna, lecz do obowiązku zwrotu będącego zwykłą konsekwencją tego stwierdzenia jako powodującego, że odliczenia podatku naliczonego stają się w części lub w całości nienależne. Z powyższego wynika, że transakcje, których dokonanie stanowi nadużycie, powinny zostać przedefiniowane w taki sposób, aby odtworzyć sytuację, która istniałaby, gdyby nie dokonano transakcji stanowiących wspomniane nadużycie. Organy podatkowe mają w tym zakresie nie tylko uprawnienia, ale i obowiązki. Przede wszystkim są one upoważnione do domagania się z mocą wsteczną zwrotu kwot wynikających z każdej transakcji, w odniesieniu do której stwierdzono, że prawo do odliczenia zostało wykonane w sposób stanowiący nadużycie. W tym samym czasie organy są jednak zobowiązane pomniejszyć go o cały podatek należny obciążający dokonane transakcje, do którego zapłaty podatnik został w sposób sztuczny zobowiązany w ramach schematu, i w razie potrzeby powinny dokonać zwrotu całej nadwyżki (zob. S. Adamczyk-Kaczmara, Nadużycie prawa a zasada neutralności VAT, Warszawa 2022, s. 444).
Zdaniem Sądu organy obu instancji w sposób nieprawidłowy oparły swoje rozstrzygnięcia na poglądach orzecznictwa dotyczących tzw. "pustych faktur", podczas gdy okoliczności sprawy nie dotyczą takiego przypadku, tj. oszustwa podatkowego. Pamiętać należy bowiem, że oszustwo i nadużycie prawa to dwie odmienne konstrukcje. Co się tyczy oszustwa, zgodnie z utrwalonym orzecznictwem należy odmówić prawa do odliczenia nie tylko wtedy, gdy oszustwo w zakresie VAT zostało popełnione przez samego podatnika, lecz również wówczas, gdy zostanie wykazane na podstawie obiektywnych okoliczności, że podatnik, któremu towary lub usługi służące za podstawę prawa do odliczenia zostały dostarczone lub wyświadczone, wiedział lub powinien był wiedzieć, że poprzez nabycie tych towarów lub usług uczestniczy w transakcji związanej z takim oszustwem (zob. podobnie wyroki TSUE: z dnia 6 grudnia 2012 r., Bonik, C‑285/11, EU:C:2012:774, pkt 40; z dnia 11 listopada 2021 r., Ferimet, C‑281/20, EU:C:2021:910, pkt 48; z dnia 1 grudnia 2022 r., Aquila Part Prod Com, C‑512/21, EU:C:2022:950, pkt 27). W odniesieniu do nadużycia prawa z utrwalonego orzecznictwa wynika, że stwierdzenie występowania praktyki stanowiącej nadużycie w zakresie VAT zakłada, po pierwsze, że sporne transakcje, pomimo spełnienia wymogów formalnych określonych w odpowiednich przepisach dyrektywy VAT oraz we wdrażających ją przepisach krajowych, skutkują osiągnięciem korzyści podatkowej, której przyznanie byłoby sprzeczne z celem, jakiemu służą te przepisy, oraz po drugie, że z ogółu okoliczności obiektywnych wynika, iż zasadniczym celem owych transakcji było jedynie osiągnięcie omawianej korzyści podatkowej (zob. wyroki TSUE: z dnia 21 lutego 2006 r., Halifax i in., C‑255/02, EU:C:2006:121, pkt 74-75; z dnia 17 grudnia 2015 r., WebMindLicenses, C‑419/14, EU:C:2015:832, pkt 36; z dnia 15 września 2022 r., HA.EN., C‑227/21, EU:C:2022:687, pkt 35).
Trzeba podkreślić, że nietrafnie DIAS argumentował co do oceny zachowania strony skarżącej w kontekście zapobieżenia uszczupleniu dochodów budżetu państwa, ponieważ uszczupleniu temu zapobiegło działanie organów podatkowych. Podkreślenia wymaga, że z cytowanych wyżej wyroków NSA wynika, że zakwestionowano prawo strony do wystawienia faktury korygującej dotyczącej spornej transakcji, zatem DIAS nietrafnie wywodził, że strona ową fakturę korygującą wystawiła zbyt późno. Trzeba w tym kontekście podkreślić, że zgodnie z art. 203 dyrektywy VAT każda osoba wykazująca VAT na fakturze jest zobowiązana do zapłaty podatku wykazanego na tej fakturze. W tym względzie TSUE wyjaśnił, że przepis ten ma na celu eliminację ryzyka uszczuplenia wpływów podatkowych, jakie może powodować prawo do odliczenia przewidziane w tej dyrektywie (zob. wyrok TSUE z dnia 11 kwietnia 2013 r., Rusedespred, C‑138/12, EU:C:2013:233, pkt 24). W tym kontekście należy przypomnieć, że o ile państwa członkowskie są uprawnione do wydania przepisów służących zapewnieniu prawidłowego poboru podatku i zapobieganiu oszustwom podatkowym, o tyle przepisy te nie powinny wykraczać poza zakres konieczny do osiągnięcia zamierzonych celów, a zatem nie mogą być wykorzystywane w sposób, który podważałby neutralność VAT, stanowiącą fundamentalną zasadę wspólnego systemu VAT ustanowionego w przepisach prawa Unii w tej dziedzinie (zob. wyrok TSUE z dnia 11 kwietnia 2013 r., Rusedespred, C‑138/12, EU:C:2013:233, pkt 28, 29 i przytoczone tam orzecznictwo). Jeśli chodzi o zasadę neutralności VAT, ma ona na celu całkowite uwolnienie podatnika od ciężaru VAT w ramach prowadzonej przez niego działalności gospodarczej. System ów zapewnia w ten sposób całkowitą neutralność opodatkowania każdej działalności gospodarczej – niezależnie od jej celu lub wyników – pod warunkiem, że co do zasady podlega ona sama opodatkowaniu VAT (zob. wyrok TSUE z dnia 2 lipca 2020 r., Terracult, C‑835/18, EU:C:2020:520, pkt 25 i przytoczone tam orzecznictwo).
W kontekście powyższego należy stwierdzić, że strona skarżąca uiściła część podatku VAT należnego, jednak z uwagi na podjęte przez organy podatkowe decyzje kontrahent utracił prawo do odliczenia VAT naliczonego. Tym samym wyeliminowane zostało ryzyko uszczuplenia dochodów budżetu państwa. Co za tym idzie, wobec stwierdzenia, że transakcja została dokonana w celu nadużycia prawa, to jej przeformułowanie, z uwzględnieniem zasady neutralności, winno prowadzić do konkluzji, że VAT zapłacony przez spółkę stanowi w istocie nadpłatę. Skoro bowiem wyeliminowano prawo do odliczenia VAT u kontrahenta skarżącej, zapłata podatku przez skarżącą przestała realizować cel w postaci eliminacji ryzyka uszczuplenia wpływów podatkowych, jakie mogłoby spowodować skorzystanie przez kontrahenta spółki z prawa do odliczenia. Na marginesie można jedynie dodać, że do faktury VAT wystawionej w celu udokumentowania transakcji stanowiącej nadużycie prawa nie ma zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT (zob. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 22 sierpnia 2024 r., III SA/Wa 1193/24).
Mając na uwadze powyższe, Sąd stwierdził, że zaskarżona decyzja i poprzedzająca ją decyzja organu I instancji zostały wydane z mającym istotny wpływ na wynik sprawy naruszeniem art. 72 § 1 pkt 1 o.p. poprzez jego błędną wykładnię, która nie uwzględniła rozumienia nadpłaty wynikającego z uznania transakcji za stanowiącą nadużycie prawa w VAT. Organy naruszyły również art. 5 ust. 4 ustawy o VAT, który stanowi, że w przypadku wystąpienia nadużycia prawa dokonane czynności, o których mowa w art. 5 ust. 1, wywołują jedynie takie skutki podatkowe, jakie miałyby miejsce w przypadku odtworzenia sytuacji, która istniałaby w braku czynności stanowiących nadużycie prawa. Skoro powinnością organów było odtworzenie sytuacji, która istniałaby w braku czynności stanowiących nadużycie prawa, to skoro kontrahent skarżącej finalnie nie odliczył VAT, to podatek ten uiszczony przez skarżąca konsekwentnie nie powinien być uwzględniany. W konsekwencji organy podatkowe naruszyły art. 120 o.p., który stanowi, że organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. W ocenie Sądu naruszono tym samym art. 121 § 1 o.p., zgodnie z którym postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. Nie podzielił natomiast Sąd zarzutów skargi co do naruszenia art. 188 o.p., który stanowi, że żądanie strony dotyczące przeprowadzenia dowodu należy uwzględnić, jeżeli przedmiotem dowodu są okoliczności mające znaczenie dla sprawy, chyba że okoliczności te stwierdzone są wystarczająco innym dowodem. W ocenie Sądu brak było podstaw do przeprowadzania żądanych przez stronę dowodów, bowiem nie miały one znaczenia dla rozpoznania wniosku spółki o stwierdzenie nadpłaty, co trafnie ustalił DIAS.
Reasumując, zaskarżona decyzja i poprzedzająca ją decyzja podlegały uchyleniu na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c w związku z art. 135 p.p.s.a. Przywołany art. 135 p.p.s.a. stanowi, że sąd stosuje przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia. W ocenie Sądu rozstrzygnięcie wydane w I instancji naruszało prawo w takim samym zakresie jak zaskarżona decyzja. Z kolei przy ponownym rozpoznaniu sprawy konieczne jest zapewnienie realizacji zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego (art. 127 o.p.), co gwarantuje właśnie rozstrzygnięcie uchylające decyzje organów obu instancji.
Rozpoznając ponownie wniosek strony skarżącej o stwierdzenie nadpłaty, właściwy organ winien ocenić występowanie w sprawie owej nadpłaty z uwzględnieniem oceny prawnej dokonanej przez Sąd w niniejszym uzasadnieniu i z zachowaniem zasad wynikających z art. 120 o.p. i art. 121 § 1 o.p.
O kosztach postępowania Sąd postanowił w pkt II sentencji wyroku na podstawie art. 200 oraz art. 205 § 2 p.p.s.a., zasądzając na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw, obejmujący zwrot uiszczonego wpisu sądowego od skargi (3005 zł) oraz opłaty od pełnomocnictwa (17 zł), a także wynagrodzenie pełnomocnika strony skarżącej będącego adwokatem (10 800 zł) wynikające z § 2 pkt 7 w związku z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności adwokackie (Dz.U. z 2023 r. poz. 1964 ze zm.). Uwzględniając przesłanki wynikające z § 15 ust. 3 przywołanego rozporządzenia oraz okoliczność, że pełnomocnik strony skarżącej jest jednocześnie prezesem zarządu komplementariusza skarżącej spółki, Sąd nie znalazł podstaw, by zasądzić koszty postępowania w stawce przewyższającej stawkę minimalną.
Mając na uwadze poczynione rozważania, Sąd orzekł jak w sentencji.