Wyrok WSA z dnia 07 października 2025, sygn. I SA/Wr 433/25

W wyniku wydania przez Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu wyroku z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 DIAS wydał decyzję stanowiącą przedmiot zaskarżenia w niniejszej sprawie. W pierwszej kolejności DIAS odniósł się do kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego wskazując, że za analizowany okres nie doszło do przedawnienia prawa do wydania rozstrzygnięcia. Powołując się na orzecznictwo sądowoadministracyjna DIAS podniósł, że upływ okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego zawarty w art. 70 § 1 o.p. uniemożliwia orzekanie o innych elementach konstrukcyjnych podatku od towarów i usług. Należy to odnosić również do zwrotu różnicy podatku od towarów i usług. Ma to zastosowanie również do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy w podatku VAT przekształcił się w kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku. Następnie, DIAS odwołując się do art. 14 tzw. ustawy centralizacyjnej wskazał, że jeżeli wskutek złożenia korekt deklaracji podatkowych, o których mowa w art. 11 ust. 1 pkt 2 (korekty deklaracji podatkowych związane z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości), konieczne jest wydanie decyzji, o których mowa w art. 21 § 3 i 3a o.p., określających: wysokość zobowiązania podatkowego w podatku lub prawidłową wysokość zwrotu podatku, lub prawidłową wysokość nadwyżki kwoty podatku naliczonego nad kwotą podatku należnego, do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych — decyzje te można wydać także po upływie terminu przedawnienia. W myśl art. 23 tzw. ustawy centralizacyjnej w przypadku złożenia przez jednostkę samorządu terytorialnego przed dniem wejścia w życie ustawy korekt deklaracji podatkowych w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości za niektóre okresy rozliczeniowe, w których jednostki organizacyjne rozliczały odrębnie podatek, jednostka samorządu terytorialnego jest obowiązana, na wezwanie właściwego naczelnika urzędu skarbowego, w terminie 7 dni od dnia doręczenia tego wezwania, do złożenia informacji, w jakim terminie zobowiązuje się złożyć wszystkie korekty deklaracji podatkowych, licząc od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, za jaki została złożona korekta deklaracji podatkowej. Przepisy rozdziału 3 stosuje się odpowiednio. Art. 23 (zdanie drugie) ustawy centralizacyjnej pozwala uznać, że przepisy tej ustawy odnoszą się do wszelkich korekt deklaracji VAT-7 złożonych przed 1 października 2016 r., które dotyczą centralizacji rozliczeń jednostek samorządu terytorialnego na skutek orzeczenia TSUE w sprawie C-276/14. Ustawa centralizacyjna ma zastosowanie również w przypadku, gdy przed wejściem w życie ustawy centralizacyjnej podatnik skorygował wszystkie okresy rozliczeniowe i nie zachodzi potrzeba wezwania jednostki samorządu terytorialnego na podstawie art. 23 tej ustawy. Niezasadne jest różnicowanie możliwości stosowania ustawy centralizacyjnej w zależności od tego, czy dany podatnik przed 1 października 2016 r. skorygował wyłącznie część okresów rozliczeniowych i doszło do jego wezwania, czy też przed tym dniem skorygował wszystkie okresy rozliczeniowe. Organ odwoławczy zauważył, że rozliczenie podatku od towarów i usług za dany okres rozliczeniowy może mieć wpływ na rozliczenie w kolejnym okresie rozliczeniowym. Tym samym zasady rozliczeń przyjęte w ustawie centralizacyjnej należy odnieść do wszystkich korygowanych okresów rozliczeniowych. Strona w wyniku centralizacji rozliczeń z jednostkami organizacyjnymi złożyła w dniu 2 czerwca 2016 r. korekty deklaracji VAT-7 za okres od grudnia 2010 r. do grudnia 2013 r. wraz z wnioskami o stwierdzenie nadpłat oraz w dniu 6 lipca 2016 r. korekty deklaracji VAT-7 za okres od stycznia 2014 r. do kwietnia 2016 r. wraz z wnioskami o stwierdzenie nadpłat. Z uwagi na to, że Powiat złożył 6 lipca 2016 r. korektę deklaracji VAT-7 za styczeń 2015 r. odzwierciedlającą centralizację rozliczeń przed upływem okresu przedawnienia wynikającym z przepisów o.p., to względem tego rozliczenia ma zastosowanie ustawa centralizacyjna. Przepisy tej ustawy mają bowiem zastosowanie nawet wtedy, gdy korektę Strona złożyła przed 1 października 2016 r. Poprzez złożenie deklaracji VAT-7 za styczeń 2015 r., a także złożenie korekt deklaracji VAT-7 uwzględniających centralizację za grudzień 2010 r. oraz poszczególne miesiące 2011 r. - 2016 r. strona wyraziła wolę centralizacji swoich rozliczeń. Korekty rozliczeń zostały sporządzone zgodnie z warunkami wskazanymi w art. 11 ust. 1 pkt 2 ustawy centralizacyjnej. W związku z tym obligatoryjnie znalazły zastosowanie przepisy ustawy centralizacyjnej, w tym art. 14 cyt. ustawy (oraz pozostałe przepisy rozdziału 3 ustawy centralizacyjnej), uprawniający organ I instancji do wydania decyzji określającej wysokość rozliczenia podatkowego po upływie terminu przedawnienia. Następnie DIAS przytoczył wnioski i zalecenia zawarte w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 i wskazał, że dokonał oceny przeprowadzonego przez organ podatkowy I instancji postępowania, kompletności zgromadzonego materiału dowodowego, oraz weryfikacji rozliczeń strony z tytułu jej zobowiązań podatkowych przy uwzględnieniu stanowiska wynikającego z wyroku WSA z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20; wyroku NSA z 12 października 2023 r., I FSK 1438/21 oraz wyroku z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24. I tak, DIAS podniósł, że kwestią sporną pozostaje dokonana przez organy podatkowe ocena korekty podatku naliczonego od nabycia środków trwałych, tj. ocena uwzględnionego przez Powiat w rozliczeniu 10% podatku naliczonego wynikającego z 29 faktur VAT dokumentujących wydatki poniesione w latach 2007-2010 na inwestycję dotyczącą likwidacji ocieplenia z płyt azbestowych i termomodernizację kompleksu budynków Starostwa Powiatowego w . Organ odwoławczy w tym zakresie wskazał, że strona składając korektę deklaracji VAT-7 za styczeń 2015 r. i domagając się stwierdzenia nadpłaty, dokonała skutecznej korekty wcześniejszego rozliczenia. Wyrok TSUE w ww. sprawie stanowił podstawę do dokonania korekty deklaracji i wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w trybie art. 74 pkt 1 o.p. Powyższe orzeczenie TSUE przesądziło o nieprawidłowej dotychczas wykładni i niewłaściwym stosowaniu przepisów VAT w odniesieniu do zakładów budżetowych i jednostek budżetowych, uznając je za podatników VAT. Odnosząc się do kwestii możliwości skorzystania przez Powiat z odliczenia w ramach wieloletniej korekty 10% podatku naliczonego z tytułu poniesionych w latach 2007-2010 wydatków na nabycie środków trwałych organ II instancji dopiero w poprzedniej decyzji z 22 kwietnia 2024 r. uznał po raz pierwszy, że niezasadne jest powołanie się przez organy podatkowe w tej kwestii na przedawnienie prawa do rozliczenia ww. podatku naliczonego. W opinii organu odwoławczego dopiero 29 września 2015 r., kiedy TSUE wydał wyrok w sprawie C-276/14, w sposób ostateczny została wyjaśniona kwestia statusu prawnopodatkowego jednostek budżetowych, a tym samym Powiat powziął wiedzę i możliwość dokonania prawidłowego rozliczenia z uwzględnieniem swoich jednostek i skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego, w tym zakresie rozliczenia podatku naliczonego od wydatków inwestycyjnych. DIAS, biorąc pod uwagę czas konieczny na dokonanie konsolidacji rozliczeń z jednostkami organizacyjnymi uznał, że złożona 6 lipca 2016 r. korekta deklaracji za styczeń 2015 r. i wniosek o nadpłatę zostały złożone w stosownym czasie. Z kolei w decyzji organu I instancji z 21 stycznia 2019 r. oraz w poprzedniej decyzji organu II instancji z 6 marca 2020 r. (uchylonej wyrokiem z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20) stwierdzono, że takie prawo nie przysługuje. W opinii DIAS przyznanie Powiatowi możliwości skorzystania z prawa do odliczenia podatku z tytułu nabyć inwestycyjnych niezbicie świadczy o prawidłowym wykonaniu wyroku z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20. Przedmiotem sporu w sprawie I SA/Wr 272/20 było to, czy stronie skarżącej, z uwagi na przedawnienie, w ogóle przysługuje prawo do odliczenia podatku z tytułu nabyć inwestycyjnych poniesionych w latach 2007-2010, a nie sama wysokość odliczenia. Ani organ, ani WSA rozpatrując poprzednio sprawę, nie przesądzili, że odliczenie podatku naliczonego z tytułu wydatków inwestycyjnych powinno nastąpić w kwotach zadeklarowanych przez stronę skarżącą. Zagadnienie to nie stanowiło podstawy wyeliminowania poprzednich decyzji z obrotu prawnego, gdyż w ogóle nie było przedmiotem rozważań Sądu w wyrokach z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20 oraz z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24. Następnie DIAS wyjaśnił powód uchylenia decyzji organu I instancji na aktualnym etapie postępowania i wskazał, że istotna dla niniejszej sprawy jest okoliczność, że w dniu 8 maja 2019 r. TSUE wydał wyrok w sprawie C-566/17. Skoro w sprawie ustalono, że strona prowadziła oba zarówno działalność gospodarczą, jak i działalność niemającą charakteru gospodarczego, to celem zapewnienia zgodności rozliczenia podatku od towarów i usług za styczeń 2015 r. z prawem unijnym niezbędne będzie poczynienie ustaleń w przedmiocie wskaźnika podziału podatku naliczonego. Również WSA w wyroku z 14 stycznia 2021 r. zauważył w tym zakresie, że "Wskazane jednostki organizacyjne, czego nie kwestionują organy podatkowe, wykorzystywały i nadal wykorzystują budynki objęte inwestycją zarówno do świadczenia usług nie podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT, jak i do świadczenia usług opodatkowanych tym podatkiem." W związku z tym, jak wyjaśnił DIAS, wykładnia przepisów prawa dokonana przez TSUE w wyroku C- 566/17 znajdzie zastosowanie w niniejszej sprawie. Jednocześnie wskazał, że w jego ocenie taka wykładnia znalazłaby zastosowanie w sprawie również wówczas, gdyby Sąd stwierdził, rozpatrując poprzednio sprawę, że stronie przysługuje prawo do odliczenia podatku z tytułu nabyć inwestycyjnych w pełnej zadeklarowanej kwocie (w całości). Należałoby bowiem przyjąć, że takie stanowisko narusza prawo unijne, które ma pierwszeństwo zastosowania. Wówczas organ mógłby (na zasadzie wyjątku od zastosowania art. 153 p.p.s.a.) odstąpić od związania stanowiskiem prawnym wyrażonym w prawomocnym wyroku. Z uwagi na mieszany rodzaj prowadzonej przez stronę działalności z tytułu wydatków służących zarówno czynnościom opodatkowanym i niepodlegającym opodatkowaniu, strona nie może odliczyć podatku naliczonego związanego z nabyciami inwestycyjnymi budynków Starostwa Powiatowego, Powiatowego Zespołu Szkół w C., Domów Pomocy Społecznej w P. i L.(1) w pełnej (zadeklarowanej) wysokości. DIAS skonkludował, że zgodnie z prawomocnym wyrokiem WSA z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20 prawo strony do odliczenia podatku naliczonego od nabyć inwestycyjnych zostaje uznane. Jednakże, mając na uwadze wyżej wspomniany mieszany rodzaj wykonywania przez Powiat czynności, konieczne jest w ponownie prowadzonym postępowaniu ustalenie wskaźnika podziału podatku naliczonego, zwłaszcza że kwestia ta nie była jeszcze przedmiotem rozważań i oceny Sądu. W sprawie istnieją zatem zasadnicze braki i wątpliwości co do ustaleń faktycznych, których nie można wyjaśnić na etapie postępowania odwoławczego z uwagi na ich zakres. Organ l instancji w ponownie prowadzonym postępowaniu będzie musiał wyjaśnić w jakiej wysokości stronie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego ustalając wskaźnik podziału podatku naliczonego. Istotny w sprawie jest wyrok TSUE z 8 maja 2019 r., C-566/17, w którym Trybunał sprzeciwił się praktyce krajowej zezwalającej podatnikowi na pełne odliczenie podatku od wartości dodanej w związku z nabyciem przez niego towarów i usług w celu prowadzenia zarówno działalności gospodarczej, opodatkowanej tym podatkiem, jak i działalności niemającej charakteru gospodarczego, która nie wchodzi w zakres stosowania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług. Strona odliczyła po raz pierwszy podatek naliczony z wydatków inwestycyjnych dopiero w korekcie deklaracji VAT-7 za styczeń 2015 r. z 6 lipca 2016 r. Skoro więc nie dokonała odliczenia tego podatku do 31 grudnia 2015 r., kiedy brak było w systemie prawnym przepisów dotyczących kryteriów i metod podziału, umożliwiających podatnikowi określenie podlegającej odliczeniu części podatku naliczonego związanego z prowadzoną działalnością gospodarczą i określenie niepodlegającej odliczeniu części podatku naliczonego związanego z działalnością inną niż gospodarcza, to nie można uznać, że będzie ją chroniła zasada uzasadnionych oczekiwań. Strona powinna więc realizować prawo do odliczenia na zasadach zgodnych ze stanowiskiem TSUE w sprawie C-566/17. W postępowaniu należy zatem ustalić wysokość dopuszczalnej kwoty odliczenia podatku związanego z nabytymi inwestycjami poprzez wyliczenie wskaźnika podziału, badając przede wszystkim związek dokonanych przez stronę zakupów i wartości zadeklarowanego podatku naliczonego ze sprzedażą opodatkowaną (prewspółczynnik). DIAS odniósł się także do zarzutu wskazanego na stronie 13 wyroku WSA z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 dotyczącego niewskazania przez organ podmiotu, któremu przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z tytułu wydatków na inwestycję w przedmiocie likwidacji ocieplenia z płyt azbestowych połączonej z termomodernizacją kompleksu budynków: Starostwa Powiatowego, Powiatowego Zespołu Szkół w C., Domów Pomocy Społecznej w P. i L.(1) wskazując, że to Powiatowi będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego od tych wydatków.

Postępowanie przed Sądem.

Od powyższej decyzji skarżący wniósł skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu, podnosząc zarzuty:

1) art. 233 § 2 o.p., który stanowi, że organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, co w przypadku stanu faktycznego niniejszej sprawy nie ma miejsca, albowiem organ podatkowy przeprowadził już w zakresie będącym przedmiotem sporu kontrolę podatkową i postępowanie podatkowe, a w wyniku zaskarżenia decyzji organów obu instancji w przedmiotowej sprawie wypowiedział się Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu i Naczelny Sąd Administracyjny, tym samym Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu był, w ocenie Skarżącej, zobowiązany do określenia kwoty nadpłaty i nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jak również do orzeczenia w zakresie oprocentowania nadpłaty zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 8 czerwca 2023 r. w sprawie C-322/22;

2) art.120 o.p., który stanowi że organy podatkowe zobowiązane są działać w granicach prawa, natomiast organ podatkowy związany rozstrzygnięciem prawomocnego orzeczenia Sądu dokonuje rozszerzającej wykładni wskazując przy tym przepisy prawa obowiązujące od 2016 r., podczas gdy stan prawny dotyczący przepisów prawa materialnego obowiązujący w roku, którego dotyczy rozstrzygnięcie był inny niż wskazuje organ podatkowy. Skarżący złożył wniosek o stwierdzenie nadpłaty dokonując rozliczenia podatku naliczonego opierając się na rozstrzygnięciu i dokonanej wykładni prawa zawartej w uchwale NSA (7) z 24 października 2011 r. (I FPS 9/10) stanowiącej, że w świetle przepisów art. 86 ust. 1 oraz art. 90 ust. 1 i 2 u.p.t.u., czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 tej ustawy;

3) art. 121 o.p., w myśl którego postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, podczas gdy przez niemal 9 lat od złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty organy podatkowe w tym samym stanie faktycznym sprawy prezentowały różne stanowisko, niemniej jednak konsekwentnie zmierzając do pozbawienia Skarżącej prawa do odliczenia podatku naliczonego. Na początkowym etapie postępowania podatkowego powołując się na przepis art. 86 ust. 13 ustawy o VAT, po czym po rozstrzygnięciu Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego organy podatkowe zakwestionowały uprawnienie Powiatu L. do skorzystania z uprawnień wynikających z przepisu art. 91 ust.7 ustawy o VAT. W zaskarżonej decyzji Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu powołując się na wyrok TSUE z 8 maja 2019 r. w sprawie C-566/17 zobowiązuje Naczelnika Urzędu Skarbowego w Legnicy do wyliczenia prewskaźnika zgodnie z dyspozycją zawartą w wyroku TSUE, pomijając fakt że w dniu składania wniosku o stwierdzenie nadpłaty obowiązywały przepisy art. 86 ustawy o VAT bez wskazanego klucza alokacji, a także co szczególnie istotne w niniejszej sprawie, obowiązywała wykładnia dokonana przez NSA w składzie siedmiu sędziów. Ponadto organ podatkowy pomija fakt, że nastąpiło przedawnienie zobowiązań podatkowych i Skarżąca nie posiada dokumentów dotyczących zaskarżonego okresu. Jak bowiem stanowi art. 112 ustawy o VAT Podatnicy są obowiązani przechowywać ewidencje prowadzone dla celów rozliczania podatku oraz wszystkie dokumenty, w szczególności faktury, związane z tym rozliczaniem do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, z zastrzeżeniem art. 109b ust. 7, art. 130d ust. 3, art. 134 ust. 3, art. 138h ust. 3 i art. 138i ust. 8. Jak bowiem wskazał w wyroku z 2 lipca 2019 r. I FSK 119/17 wyrażone w art. 2 Konstytucji RP zasady demokratycznego państwa prawa oraz pewności prawa sprzeciwiają się temu, aby w przypadku okresów rozliczeniowych sprzed 1 stycznia 2016 r. podatnicy, którzy z uwagi na brak w stanie prawnym obowiązującym do 31 grudnia 2015 r. w u.p.t.u. uregulowań dotyczących kryteriów i metod podziału umożliwiających podatnikowi określenie podlegającej odliczeniu części naliczonego podatku od towarów i usług związanego z jego działalnością gospodarczą i z działalnością niemającą charakteru gospodarczego, dokonali pełnego odliczenia tego podatku zgodnie z wykładnią prawa wyrażoną przez NSA w uchwale tego Sądu (7) z 24 października 2011 r. (I FPS 9/10 ponosili tego konsekwencje i byli - z uwagi na zmianę wykładni art 86 ust. 1 u.p.t.u. w sposób określony w punkcie 1) - zobligowani do korekty rozliczeń tych okresów rozliczeniowych, co do których zobowiązania podatkowe nie uległy przedawnieniu;

4) art. 187 § 3 o.p., który stanowi że fakty znane organowi z urzędu nie wymagają udowodnienia. Stan faktyczny sprawy w kontekście odliczenia zadań inwestycyjnych przekazanych do jednostek podległych był przedmiotem szczegółowej analizy organu podatkowego, tj. Naczelnika Urzędu Skarbowego w Legnicy w trakcie kontroli podatkowej, która miała miejsce w siedzibie Starostwa Powiatowego w L. od 29 czerwca 2016 r. do 30 sierpnia 2016 r. na dowód czego powstał protokół kontroli podatkowej – nr kontroli wg systemu [...]. Pierwszym miesiącem, w którym Skarżąca uwzględniła korektę wieloletnią był styczeń 2011 r. i w tym zakresie ustalenia i stanowisko organu podatkowego zostało zaprezentowane na stronach od 75 - 80 protokołu kontroli z dnia 30 sierpnia 2011 r. Jak wskazał w wyroku z dnia TSUE 13 lipca 2023 r. w węgierskiej sprawie C-615/21 Napfeny-Toll Kft. przeciwko Nemzeti Adó- es Vamhivatal Fellebviteli Igazgatósaga, przepisy ustalające zasady zawieszenia terminu przedawnienia prawa administracji podatkowej do określenia wymiaru należnego VAT powinny być określone w sposób zapewniający równowagę między wymogami związanymi z zastosowaniem zasady pewności prawa, a wymogami umożliwiającymi rzeczywiste i skuteczne wdrożenie dyrektywy 2006/112, przy czym równowagę tę należy oceniać z uwzględnieniem wszystkich elementów krajowego reżimu przedawnienia. O ile uregulowanie kraj owe i praktyka administracyjna, opisane przez sąd odsyłający, których przewidywalność stosowania względem podmiotów prawa nie została zakwestionowana w sprawie rozstrzyganej w postępowaniu głównym, mogą wydłużyć bieg takiego terminu przedawnienia, o tyle nie mogą one jednak co do zasady prowadzić do kwestionowania sytuacji zainteresowanych podatników w nieskończoność;

5) art. 233 § 2 o.p., który stanowi że organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy, natomiast Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu takich okoliczności nie wskazał, a pełny zakres podstawy opodatkowania został zweryfikowany w trakcie kontroli podatkowej i postępowania podatkowego przeprowadzonego przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w Legnicy i zweryfikowany został przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu, a także WSA i NSA, tym samym stan faktyczny i prawny sprawy został przenalizowany i ustalony ponad wszelką wątpliwość. Podnieść przy tym należy, że wniosek został złożony w 2016 r. ido dnia dzisiejszego z uwagi na działania organów podatkowych Powiat L. pomimo korzystnych dla Niego rozstrzygnięć w WSA we Wrocławiu i NSA w Warszawie nadal zostaje pozbawiony kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i nadpłaty wraz z oprocentowaniem, pomimo, iż nadpłata i nadwyżka powstała w wyniku niezgodnych z przepisami unijnymi praktyk organów podatkowych. W uzasadnieniu decyzji Dyrektor Izby Skarbowej we Wrocławiu nie wskazał jakichkolwiek przesłanek, które nie były objęte zakresem kontroli Naczelnika Urzędu Skarbowego w Legnicy;

6) art. 19 ust. 1 i ust. 3 lit. b TUE poprzez jego niezastosowanie, a w konsekwencji błędne przyjęcie, że orzeczenie TSUE nie ma zastosowania do decyzji podatkowej odnoszącej się do tożsamej podstawy prawnej prawa unijnego, która była podstawą rozstrzygnięcia Trybunału w zakresie, w jakim TSUE orzekł o wykładni dyrektywy wspólnotowej stosującej się do podatku VAT za okres rozliczeniowy dotyczący podatków będących przedmiotem sprawy po wejściu Polski do Unii Europejskiej.

Skarżący wniósł o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji a także o zasądzenie od DIAS na rzecz skarżącego zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o oddalenie skargi. DIAS wyjaśnił, że mając na względzie art. 153 p.p.s.a. organ, wydając skarżoną decyzję, będąc związany prawomocnymi wyrokami Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20 oraz z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 to kwestią sporną w przedmiotowym postępowaniu jest dokonana przez organy podatkowe ocena korekty podatku naliczonego od nabytych środków trwałych, tj. ocena uwzględnionego przez Powiat L. w rozliczeniu 10% podatku naliczonego wynikającego z 29 faktur VAT dokumentujących wydatki poniesione w latach 2007-2010 na inwestycję dotyczącą likwidacji ocieplenia z płyt azbestowych i termoizolację kompleksu budynków Starostwa Powiatowego w .

W ocenie DIAS w niniejszej sprawie istnieją zasadnicze braki i wątpliwości co do ustaleń faktycznych, których nie można wyjaśnić na etapie postępowania odwoławczego z uwagi na ich zakres. Organ I instancji w ponownie prowadzonym postępowaniu będzie musiał wyjaśnić w jakiej wysokości stronie przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego ustalając wskaźnik podziału podatku naliczonego.

W piśmie z 25 września 2025 r. DIAS wyjaśnił, że w sprawie dotyczącej stycznia 2016 r. – w której DIAS wydał decyzję reformatoryjną - organ miał możliwość prowadzenia postępowania i wydania decyzji, ponieważ dysponował odpowiednim materiałem dowodowym. W tym postępowaniu wcześniej już zgromadzono materiały dowodowe umożliwiające dokonanie rozstrzygnięcia w zakresie określenia wartości prewspółczynników i w konsekwencji określenia ostatecznego rozliczenia. W sprawach będących przedmiotem skarg prowadzenie postępowania w tym zakresie byłoby na tyle obszerne, że organ mógł się narazić na zarzut naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania.

W piśmie z 2 października 2025 r. Powiat przytoczył obszerne fragmenty wyroku WSA we Wrocławiu z 11 maja 2023 r., I SA/Wr 453/22. W konkluzji wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji zgodnie z wnioskiem sformułowanym w złożonej skardze.

Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje.

Skarga jest zasadna.

Na wstępie należy wskazać, że – zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r., poz. 1267, ze zm.) – sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Na mocy art. 3 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r., poz. 935, ze zm.; dalej: p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne (art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a.). Wskutek takiej kontroli decyzja może zostać uchylona, w całości albo w części, w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, ewentualnie w razie naruszenia prawa w sposób dający podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.). W przypadku kwalifikowanego naruszenia prawa sąd stwierdza nieważność decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, które to ograniczenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie.

Zasadniczą kwestią sporną w niniejszej sprawie jest legalność decyzji kasacyjnej DIAS, wydanej w konsekwencji wyroku Sądu z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 oraz wcześniejszego wyroku z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20. Przedmiotem sporu jest więc to, czy w sprawie zaistniały przesłanki uregulowane w art. 233 § 2 o.p. uprawniające organ II instancji do uchylenia decyzji organu I instancji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia. Oceny tej należało dokonać w kontekście oceny prawnej wynikającej z wyroku uchylającego poprzednio wydaną w sprawie decyzję DIAS z 22 kwietnia 2024 r.

W prawomocnym wyroku z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20 WSA stwierdziwszy, że zaskarżona decyzja narusza prawo materialne, w sposób mający wpływ na wynik sprawy, stwierdził, że wystąpiła podstawa do uchylenia zaskarżonej decyzji DIAS, co Sąd uczynił na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit a) p.p.s.a. Sąd nie dostrzegł okoliczności uzasadniających zastosowanie w sprawie art. 135 p.p.s.a. i uchylenie decyzji organu I instancji. Sąd formując zalecenia zobowiązał DIAS, aby ponownie rozpoznając sprawę uwzględnił ocenę prawną zawartą w wyroku Sądu.

W kolejnym, prawomocnym wyroku z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 WSA uznał, że organ odwoławczy prowadząc ponownie postępowanie podatkowe, w kontekście zaleceń Sądu wynikających z wyroku z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20, naruszył art. 153 p.p.s.a. poprzez nieuprawnione uchylenie decyzji organu I instancji i przekazanie sprawy do ponownego jej rozpatrzenia z jednoczesnym sformułowaniem dla organu I instancji zaleceń wykraczających poza ocenę prawną dokonaną w wyroku z 12 stycznia 2021 r.

Jak wyjaśnił Sąd - a poglądy te podziela Sąd w składzie orzekającym w niniejszej sprawie - zgodnie z art. 233 § 2 o.p. organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub znacznej części. Analizując przesłanki zastosowania art. 233 § 2 o.p., należy mieć na względzie konstytucyjną (art. 78 Konstytucji RP) zasadę dwuinstancyjności postępowania, obowiązującą również w postępowaniu podatkowym (art. 127 o.p.). W myśl tej zasady, w razie wniesienia odwołania od decyzji wydanej przez organ pierwszej instancji, organ odwoławczy obowiązany jest ponownie rozpoznać i rozstrzygnąć sprawę co oznacza, że nie może ograniczyć się jedynie do kontroli zaskarżonej decyzji, ale obowiązany jest ponownie rozstrzygnąć sprawę merytorycznie. Innymi słowy, zainicjowanie postępowania odwoławczego powoduje konieczność powtórnego rozstrzygnięcia tej samej sprawy, a nie jedynie kontrolę zasadności argumentów podnoszonych przeciwko orzeczeniu organu pierwszej instancji.

Sąd wskazał, że wydanie decyzji kasacyjnej na podstawie art. 233 § 2 o.p. możliwe jest wyłącznie wtedy, kiedy nie istnieją podstawy do merytorycznego rozpatrzenia sprawy. Przewidziana w powyższym przepisie możliwość uchylenia przez organ odwoławczy zaskarżonej decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ pierwszej instancji stanowi odstępstwo od zasady szybkiego rozpatrzenia sprawy co do jej istoty przez organy podatkowe obu instancji (art. 125 i 127 o.p.) i może być stosowana jedynie wyjątkowo, gdy zaistnieją okoliczności, o których mowa w powołanym przepisie (wyrok NSA z 25 maja 1983 r., II SA 403/83, ONSA z 1983 r. Nr 1, poz. 38). Konieczność uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, niezbędna dla rozstrzygnięcia sprawy, powinna zostać szczegółowo uzasadniona w decyzji organu odwoławczego, który powinien także wskazać, jakie konkretne okoliczności należy wziąć pod uwagę przy ponownym rozpatrzeniu sprawy. W orzecznictwie wskazuje się, że zwrot "w znacznej części" użyty w art. 233 § 2 o.p. jest niedookreślony, ustalenie zatem tej przesłanki jest możliwe jedynie na tle okoliczności konkretnego wypadku (wyrok NSA w Katowicach z 19 września 2002 r., I SA/Ka 1410/01). Natomiast art. 229 o.p. upoważnia organ odwoławczy do przeprowadzenia dodatkowego postępowania w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie. Oznacza to, że kiedy zachodzi potrzeba przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego w całości lub znacznej części, organ odwoławczy powinien uchylić decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę temu organowi do ponownego rozpatrzenia.

Sąd wskazał również, że w decyzji, o której mowa w art. 233 § 2 o.p., organ odwoławczy ocenia przede wszystkim zastosowanie przez organ pierwszej instancji prawa procesowego, a w szczególności przepisów regulujących postępowanie dowodowe, w celu uzyskania uzasadnionej oceny: czy postępowanie to nie zostało bezpodstawnie zaniechane w określonej całości albo też znacznej części, w konsekwencji - czy ewentualne braki postępowania dowodowego będą mogły zostać w postępowaniu odwoławczym naprawione w trybie art. 229 o.p. Ocena stosowania przez organ pierwszej instancji prawa materialnego ma w tym aspekcie charakter pomocniczy, organ odwoławczy bada bowiem: czy zakres przeprowadzonego przez organ pierwszej instancji postępowania dowodowego jest adekwatny do przedstawionego w decyzji pierwszoinstancyjnej zastosowania prawa materialnego. "Przepis art. 233 § 2 o.p. dotyczy niedostatecznego zakresu przeprowadzonego przez organ podatkowy pierwszej instancji postępowania dowodowego, co uniemożliwia merytoryczne rozstrzygnięcie sprawy. Chodzi zatem o przeprowadzenie postępowania dowodowego w niewystarczającym wymiarze, bądź brak jego przeprowadzenia - co sprawia, że konieczne jest przeprowadzenie postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Wady te muszą być na tyle poważne, że nie jest możliwe ich sanowanie w trybie postępowania uzupełniającego, o którym mowa w art. 229 o.p." (wyrok NSA z 27 stycznia 2023 r., II FSK 1457/20).

Sąd wyjaśnił również, że organ odwoławczy, dokonując wyboru spośród sposobów postępowania przewidzianych w art. 229 o.p., czy też w art. 233 § 2 o.p., w istocie rozstrzyga o kolizji zachodzącej między zasadą dwuinstancyjności postępowania podatkowego (art. 127 o.p.) i zasadą szybkości (art. 125 § 1 o.p.) z jednej strony, a zasadą prawdy materialnej (art. 122 o.p.) z drugiej strony. Przepis art. 229 o.p. stanowi wyłącznie o "uzupełnieniu dowodów i materiałów". Uwzględniając treść art. 233 § 2 o.p. należy stwierdzić, że w art. 229 o.p. chodzi o taką sytuację, w której dla rozstrzygnięcia sprawy nie jest wymagane przeprowadzenie postępowania dowodowego w znacznej części. Oznacza to, że postępowanie wyjaśniające, do prowadzenia którego umocowany jest organ odwoławczy może być tylko i wyłącznie dodatkowym w stosunku do postępowania przeprowadzonego przez organ I instancji." (wyrok NSA z 10 czerwca 2022 r., I FSK 818/18.). Sąd ocenił, że w tym zakresie nie zachodzi konieczność przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części a okres za który toczy się postępowanie podatkowe (styczeń 2014 r.) czyni zasadnym przyznanie prymatu zasadzie szybkości postępowania.

W konkluzji uzasadnienia wyroku Sąd uznał, że organ odwoławczy wydając w okolicznościach sprawy decyzję kasacyjną naruszył art. 233 § 2 oraz art. 229 o.p. oraz zasadę zawartą w art. 121 § 1 o.p. tj. prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów, które to naruszenia miały istotny wpływ na wynik postępowania. W realiach niniejszej sprawy działania DIAS naruszyły ponadto unormowaną w art. 125 o.p. zasadę szybkości postępowania.

Mając na uwadze ustalony stan sprawy Sąd wyjaśnia, że zgodnie z dyspozycją art. 153 p.p.s.a., ocena prawna wyrażona w orzeczeniu sądu wiąże w tej sprawie ten sąd oraz organ, którego działanie było przedmiotem zaskarżenia. W tym miejscu podkreślić należy, że pojęcie "sprawa", o której mowa w powyższym przepisie, to sprawa w znaczeniu materialnym, a nie formalnym oraz, że pomimo użycia w art. 153 p.p.s.a. określenia "orzeczenie" chodzi w nim nie o samą sentencję wyroku, lecz także o jego uzasadnienie.

Ocena prawna rozstrzygnięcia wiąże się bowiem w pierwszym rzędzie z wykładnią prawa, a ta może mieścić się jedynie w uzasadnieniu wyroku. Ocena prawna, o której stanowi ww. przepis, może dotyczyć zarówno samej wykładni prawa materialnego i procesowego, jak i braku wyjaśnienia w kontrolowanym postępowaniu administracyjnym istotnych okoliczności stanu faktycznego. Zarówno organ administracji, jak i sąd, rozpatrując sprawę ponownie, obowiązane są zastosować się do oceny prawnej zawartej w uzasadnieniu wyroku, bez względu na poglądy prawne wyrażone w orzeczeniach sądowych w innych sprawach. Związanie samego sądu administracyjnego, w rozumieniu art. 153 p.p.s.a. oznacza, że nie może on formułować nowych ocen prawnych, które są sprzeczne z wyrażonym wcześniej poglądem, lecz zobowiązany jest do podporządkowania się mu w pełnym zakresie. W przypadku zaskarżenia rozstrzygnięcia wydanego w powtórnym postępowaniu prowadzonym po uchyleniu lub stwierdzeniu nieważności decyzji (postanowienia) albo stwierdzeniu bezskuteczności czynności wydanej w pierwotnym postępowaniu sądy administracyjne są związane uprzednią oceną prawną, jeśli nie zmieniły się okoliczności sprawy powodujące nieaktualność tej oceny. Naruszenie przez organy administracyjne postanowień art. 153 uzasadnia możliwość powtórnego zaskarżenia aktu lub czynności na tej podstawie i spowoduje jej uchylenie przez sąd administracyjny [por. wyrok NSA z dnia 10 listopada 1981 r., II SA 364/81, OSNPG 1983, nr 5, poz. 29, oraz A. Zieliński (w:) J. Borkowski i in., Komentarz, s. 313, i T. Woś (w:) T. Woś (red.), Postępowanie (2015), s. 388–389] – T. Woś (red.), Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. VI, 2016, - art. 153].

W tym miejscu przywołać należy brzmienie art. 170 p.p.s.a., który stanowi, że orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby. W orzecznictwie na tle przepisu art. 170 p.p.s.a. wskazuje się wręcz, że odstąpienia od już raz prawomocnie sformułowanej oceny prawnej nie mogą usprawiedliwiać nawet możliwe wady oceny prawnej zawartej w tymże poprzednim wyroku. Inne stanowisko, byłoby nie do pogodzenia z podstawowymi zasadami porządku prawnego, w tym zwłaszcza z art. 2 (zasada pewności prawa), art. 7 (zasada praworządności) oraz art. 178 ust. 1 Konstytucji RP (zasada związania sędziego Konstytucją i ustawą). Innymi słowy, rozstrzygnięcie zawarte w prawomocnym orzeczeniu stwarza stan prawny taki, jaki z niego wynika. Sądy rozpoznające między tymi samymi stronami inny spór muszą przyjmować, że dana kwestia prawna kształtuje się tak, jak przyjęto w prawomocnym, wcześniejszym wyroku (wyrok NSA z 12 lutego 2020 r., I OSK 1112/19).

Ponownie przypomnieć trzeba, że w prawomocnym wyrokiem z 14 stycznia 2021 r., I SA/Wr 272/20 WSA zobowiązał DIAS aby ponownie rozpoznając sprawę uwzględnił ocenę prawną zawartą w wyroku Sądu. W kolejnym prawomocnym wyroku z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 WSA przesądził, że w okolicznościach sprawy DIAS nie miał podstaw do zastosowania w sprawie art. 233 § 2 o.p. Podkreślić trzeba, że okoliczności sprawy ani stan prawny sprawy nie uległy żadnej zmianie po wydaniu ww. wyroku z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24. Z administracyjnych akt sprawy wynika, że po otrzymaniu 6 marca 2025 r. prawomocnego wyroku oraz akt sprawy, DIAS podjął zawieszone postępowanie postanowieniem z 3 kwietnia 2025 r. i nie dokonując żadnych nowych ustaleń skarżoną decyzją z 30 kwietnia 2025 r. zakończył postępowanie odwoławcze uchylając decyzję organu I instancji i przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia.

Skoro więc w wyrokowanej sprawie okoliczności tej sprawy ani przepisy prawa nie uległy zmianie, a w wyroku z 26 listopada 2024 r., I SA/Wr 538/24 Sąd ocenił, że organ odwoławczy wydając w okolicznościach sprawy decyzję kasacyjną naruszył art. 233 § 2 oraz art. 229 o.p. oraz zasadę zawartą w art. 121 § 1 o.p., tj. zasadę prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów a także unormowaną w art. 125 o.p. zasadę szybkości postępowania, to tą oceną prawną DIAS był związany i związany jest nią Sąd w składzie orzekającym w wyrokowanej sprawie.

W świetle powyższego Sąd uznał, że wydając skarżoną decyzję DIAS naruszył art. 153 p.p.s.a., bowiem wbrew ocenie prawnej dokonanej przez Sąd w prawomocnym wyroku, w niezmienionych okolicznościach sprawy, uchylił decyzję organu I instancji na podstawie art. 233 § 2 o.p. i skierował sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji. Tym samym DIAS naruszył również art. 233 § 2 oraz art. 229 o.p. oraz zasady wyrażone w art. 121 § 1 o.p. oraz w art. 125 o.p., tj. zasadę prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów oraz zasadę szybkości postępowania.

Ponownie rozpoznając sprawę DIAS będzie zobowiązany do uwzględnienia oceny prawnej zawartej w niniejszym uzasadnieniu wyroku.

Mając na względzie wszystkie przedstawione powyżej okoliczności, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a., uchylił zaskarżoną decyzję w całości. O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 ww. ustawy.