Uzasadnienie
Przedmiotem skargi A. sp. z o.o. sp. k. z siedzibą w S. (dalej: skarżąca, strona, spółka) jest decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we Wrocławiu (dalej: organ drugiej instancji, organ odwoławczy, DIAS) z 12 sierpnia 2025 r., znak 0201-IOV-11.4103.38.2025 utrzymująca w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Strzelinie (dalej: organ pierwszej instancji, NUS) z 26 czerwca 2025 r., znak 0218-SPV.4033.38.2025 odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za czerwiec, wrzesień, grudzień 2024 r. i określającą rozliczenie w podatku od towarów i usług za wrzesień i grudzień 2024 r.
Postępowanie przed organami.
W ww. decyzji organ pierwszej instancji wyjaśnił, że skarżąca skorygowała deklaracje VAT-7 za czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r. zwiększając deklarowane zakupy związane ze sprzedażą opodatkowaną VAT i tym samym zwiększając podatek naliczony do odliczenia. W korekcie zadeklarowała także zwiększoną sprzedaż we wrześniu i grudniu 2024 r. i tym samym większy zwiększony podatek należny związany z tymi transakcjami. Rozliczając skorygowany podatek naliczony i należny zawnioskowała o stwierdzenie nadpłaty.
Organ pierwszej instancji nie uznał wniosku skarżącej stwierdzając, że pomimo wezwania skarżąca nie przedłożyła faktur VAT dokumentujących nabycia generujące zwiększony podatek naliczony. Z tego powodu odmówił stwierdzenia wnioskowanej nadpłaty. Jednocześnie określił stronie zobowiązanie w VAT wskazując na ujawnioną zwiększoną sprzedaż opodatkowaną.
Organ pierwszej instancji w sentencji decyzji:
1. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług:
– za czerwiec 2024 r. w kwocie 111,00zł;
– za wrzesień 2024 r. w kwocie 189,00 zł;
– za grudzień 2024 r. w kwocie 571,00 zł;
2. określił wysokość zobowiązania podatkowego:
– za wrzesień 2024 r. w kwocie 211,00 zł;
– za grudzień 2024 r. w kwocie 133,00 zł.
w zakresie transakcji sprzedaży dla kontrahenta L. S.A. NIP [...] (objętych wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty) z dowodów sprzedaży:
– [...] z 26 września 2024 r.;
– [...] z 26 września 2024 r. ;
– [...] z 16 grudnia 2024 r.
Organ drugiej instancji, powołując art. 233 § 1 pkt 1, art. 72 § 1 pkt 1, art. 75 § 1 i § 2 oraz art. 75 § 4a ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r., poz. 111, ze zm.; dalej o.p.) w związku z art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1, art. 8 ust. 1, art. 29a ust. 1 oraz art. 86 ust 1 i 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2024 r., poz. 361, ze zm.; dalej uVAT), decyzję organu pierwszej instancji utrzymał w mocy.
Wskazał, że 10 kwietnia 2025 r. do organu pierwszej instancji wpłynęło pismo skarżącej, w którym poinformowano, że skarżąca złożyła korekty plików JPK VAT, w związku z którymi powstała nadpłata w VAT i zawnioskowała o pokrycie z nadpłaty zaległości podatkowych za luty 2024 r. oraz zwrot pozostałej kwoty nadpłaty na rachunek bankowy. Na wezwanie NUS, 30 kwietnia 2024 r. skarżąca przesłała korekty deklaracji VAT -7 za czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r.
Pismem z 6 maja 2024 r. NUS wezwał skarżącą do przedłożenia faktur VAT, raportów z kasy fiskalnej lub innych dowodów oraz pisemnego wskazania przyczyn złożenia korekt deklaracji. W odpowiedzi, w piśmie z 19 maja 2025 r., skarżąca stwierdziła, że organ podatkowy jest w posiadaniu wszelkich informacji. Nie przedłożyła także żadnych dokumentów.
Organ odwoławczy podobnie jak organ pierwszej instancji uznał, że skarżąca nie wykazała, że poniosła wydatki generujące zwiększony podatek naliczony, uzasadniające wnioskowane stwierdzenie nadpłaty. Wyjaśnił, że na podatniku ciąży obowiązek wykazania za pomocą faktur lub ich duplikatów prawa do odliczenia podatku naliczonego. Jakkolwiek w postępowaniu podatkowym ciężar dowodu spoczywa na organie podatkowym, to od reguły tej przewidziano szereg istotnych wyjątków. Istnieją bowiem sytuacje, gdy we własnym interesie inicjatywę dowodową powinna przejąć sam podatnik. Dotyczy to w szczególności okoliczności, kiedy podatnik korzysta z uprawnień, ulg czy zwolnień. Dla prawa do odliczenia podatku naliczonego istotnym jest, czy w momencie korzystania z tego prawa, w ramach składanej deklaracji podatkowej, podatnik dysponował stosownymi oryginałami faktur dokumentujących podatek naliczony, co powinno wynikać z dokumentacji źródłowej podatnika. Skutki nieprowadzenia lub utraty przez podatnika jego dokumentacji księgowej w sytuacji braku niezwłocznych działań podatnika zmierzających do jej odtworzenia, nie mogą obciążać organów podatkowych, poprzez obligowanie ich do działań zmierzających do odtworzenia tej dokumentacji, której posiadanie przez podatnika jest niezbędne dla udokumentowania jego uprawnienia podatkowego. Obowiązek przechowywania dokumentacji księgowej oraz jej odtwarzania w celach dowodowych w przypadku jej utraty ciąży na podatniku, a w przypadku stwierdzenia przez organ podatkowy, w ramach toczącego się postępowania, zwłoki w tym zakresie, skutkującej trudnościami w pozyskaniu stosownych duplikatów utraconych dokumentów, nie przeradza się w obowiązek ciążący na tym organie. Podatnik ma obowiązek wykazania za pomocą odpowiednich dowodów, że służy mu prawo od odliczenia podatku naliczonego wykazanego w deklaracjach VAT-7 złożonych za okresy objęty postępowaniem podatkowym. W sprawie, organ pierwszej instancji dążąc do ustalenia prawdy obiektywnej, skierował do strony wezwanie celem przedłożenia stosownych dokumentów potwierdzających jego prawo do stwierdzenia nadpłaty w podatku VAT za czerwiec, wrzesień i grudzień 2024 r. Strona takich dokumentów nie przedstawiła.
Organ odwoławczy zauważył, że skarżąca w odpowiedzi na wezwanie organu pierwszej instancji nie wskazała, z jakiego powodu nie zostały przez nią złożone dokumenty, które potwierdzałyby powstanie nadpłaty.
W zakresie określenia zobowiązania DIAS wyjaśnił, że kwestia określenia stronie zobowiązania w VAT za wrzesień i grudzień 2024 r. nie jest przedmiotem odwołania od decyzji NUS. Organ ten korzystając z dyspozycji zawartej w art. 75 § 4a o.p. określił skarżącej zobowiązanie w VAT za wskazane powyżej miesiące. W postępowaniu nadpłatowym, w którym organ stwierdza nadpłatę oraz odmawia jej stwierdzenia w pozostałym zakresie, obligatoryjnym elementem rozstrzygnięcia jest określenie wysokości zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości w takim zakresie, w jakim powstanie nadpłaty jest związane ze zmianą wysokości zobowiązania podatkowego (art. 75 § 4a o.p). Za wrzesień i grudzień 2024 r. skarżąca zwiększyła kwoty podatku należnego. Rozstrzygnięcie to oparcie ma w przywołanych wcześniej przepisach art. 5 ust. 1 i 2, art. 7 ust. 1 oraz art. 29a ust. 1 uVAT.
W zakresie korekty za luty 2024 r. DIAS zauważył, iż zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Za luty 2024 r. nie wystąpiła nadpłata, w związku z powyższym kwota deklaracji za ten miesiąc nie była przedmiotem prowadzonego postępowania. Rozstrzygnięcie w zakresie VAT ma charakter miesięczny (lub kwartalny) i jego poprawność należy rozpatrywać w kontekście poszczególnych okresów rozliczeniowych.
Postępowanie przed Sądem administracyjnym.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu skarżąca wnosząc o uchylenie decyzji DIAS i zasądzenie od organu na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania sądowego, zarzuciła naruszenie:
1. art 75 § 4a, art. 121 § 1, art. 122, art. 126 § 1, art. 187 § 1 i § 3, art. 191 oraz art. 210 § 4 o.p. poprzez:
– określenie wysokości zobowiązania podatkowego w decyzji dotyczącej postępowania o stwierdzenie nadpłaty w VAT;
– nieustalenie w sposób wystarczający stanu faktycznego, tym samym rozstrzygnięcie niejasności czy też wątpliwości na niekorzyść podatnika;
– przyjęcie wadliwych ocen i wyciągnięcie błędnych wniosków z zebranego materiału dowodowego w zakresie stwierdzenia, że podatnik nie dysponuje fakturami uprawniającymi go do odliczenia podatku naliczonego;
– dokonanie dowolnej oceny zebranego materiału dowodowego poprzez uwzględnienie wykazanych faktur sprzedaży przy jednoczesnym nieuwzględnieniu faktur zakupowych dodanych do raportów JPK_VAT-7M;
– stwierdzenie, że podatnik nie przesłał do NUS dowodów w sprawie oraz przyczyn złożenia korekty mimo wielokrotnych wezwań ignorując fakt, iż podatnik otrzymał tylko jedno wezwanie, na które odpowiedział; podatnik przesłał do NUS raport JPK_VAT-7M, który to zawierał wszystkie faktury z których wynikała korekta oraz przyczynę złożenia korekt;
– niepoinformowanie podatnika, że udzielona przez niego odpowiedź na otrzymane wezwanie była dla organu podatkowego niewystarczająca oraz wymagała doprecyzowania, czy też uzupełnienia co oznacza brak chęci oraz dążenia do dokładnego ustalenia stanu faktycznego;
– wzywanie podatnika do przedłożenia dokumentów podczas rozmowy telefonicznej bez podania podstawy prawnej, mimo iż podatnik bazując na dotychczasowych negatywnych doświadczeniach z Urzędem Skarbowym wielokrotnie informował Urząd Skarbowy aby wszelki kontakt odbywał się za pośrednictwem pism;
– wzywanie podatnika do okazywania skanów faktur które zostały dodane, zmienione lub usunięte w przesłanych korektach raportów JPK_VAT-7M, tym samym przerzucając na podatnika całości ciężaru dowodowego wymaganego do rozstrzygnięcia sprawy;
– przyjęcie założenia, że tylko podatnik dysponuje dowodami w sprawie (fakturami) ignorując fakt, że są to dokumenty otrzymane od kontrahentów podatnika, tym samym faktury te uwzględnione są również w ewidencjach przesyłanych do organów podatkowych, którym podlegają kontrahenci podatnika (wystawcy faktur);
2. art. 86 ust. 1 uVAT w zw. z art. 168 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE.L. z 2006 r., nr 347, str. 1, ze zm.), poprzez zakwestionowanie prawa do odliczenia podatku naliczonego względem faktur dodanych do raportu JPK_VAT-7M.
W odpowiedzi organ podtrzymał stanowisko przedstawione w zaskarżonej decyzji i wniósł o oddalenie skargi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Skarga jest w części zasadna.
Na wstępie należy wskazać, że – zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r., poz. 1267, ze zm.) – sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Na mocy art. 3 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r., poz. 143; dalej: p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne (art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a.). Wskutek takiej kontroli decyzja może zostać uchylona, w całości albo w części, w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego, w sposób który miał wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, ewentualnie w razie naruszenia prawa w sposób dający podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.). W przypadku kwalifikowanego naruszenia prawa sąd stwierdza nieważność decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, które to ograniczenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie. W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części, sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części, na podstawie art. 151 p.p.s.a.