W dniu 7.08.2025r., DKIS wydał zaskarżoną interpretację indywidualną, w której uznał stanowisko Skarżącej, przedstawione we wniosku za nieprawidłowe.
Zdaniem DKIS do kwestii poruszonych we wniosku o interpretacje Ministerstwo Finansów odniosło się w objaśnieniach podatkowych z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie o WNI. W ocenie organu w przedsiębiorstwach korzystających ze zwolnienia podatkowego z tytułu realizacji nowej inwestycji na podstawie decyzji o wsparciu nie wystarczy standardowa ewidencja kosztów z rozróżnieniem kosztów w rozumieniu prawa bilansowego i kosztów uzyskania przychodów w rozumieniu ustawy o CIT (str. 47 objaśnień). DKIS powołał się na akapit nr 79 Objaśnień podatkowych, w którym wskazano, że: "W przypadku, gdy zwolnienie wynika jedynie z zezwoleń (podatnik nie posiada decyzji albo nie rozpoczęła się realizacja inwestycji w ramach decyzji), albo zwolnienie wynika jedynie z decyzji o wsparciu (podatnik nie posiada zezwoleń), dochód podlegający zwolnieniu ustalany jest na podstawie skumulowanych przychodów oraz kosztów wynikających z działalności określonych w tych zezwoleniach albo decyzjach o wsparciu. W przypadku, gdy zwolnienie podatkowe wynika zarówno z zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej w SSE oraz z decyzji o wsparciu podatnik wyodrębnia te dwa źródła dochodów zwolnione z opodatkowania. Wykazaniu w zeznaniu podatkowym podlegają wyłącznie dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł. W przypadku, gdy z jednego z tych źródeł podatnik osiągnie stratę, nie podlega ona wykazaniu w zeznaniu podatkowym, w tym również poprzez przychody i koszty generujące tą stratę". W ocenie DKIS niezbędne jest zatem, by na podstawie prowadzonej ewidencji rachunkowej, możliwe było ustalenie przychodów, kosztów, dochodu/straty odrębnie z obu zwolnionych źródeł dochodów, korzystających odpowiednio ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 lub art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT.
Zdaniem organu Spółka nie może, tym samym prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na podstawie Zezwoleń oraz na podstawie Decyzji o wsparciu. Tym samym, Spółka powinna prowadzić odrębną ewidencję dla działalności prowadzonej na podstawie Zezwoleń oraz odrębną dla działalności prowadzonej na podstawie Decyzji o wsparciu. Tym samym DKIS uznał, że stanowisko Strony w zakresie pytania nr 1 jest nieprawidłowe.
Następnie organ zauważył, że w sytuacji, gdy przedsiębiorca (podatnik) posiada zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej oraz decyzję o wsparciu nowej inwestycji, dochody osiągnięte z tych dwóch źródeł zwolnionych z opodatkowania nie podlegają łączeniu. Dla właściwego zastosowania ww. art. 13 ust. 6 ustawy o WNI (odniesienia kwoty pomocy publicznej wykorzystanej w roku podatkowym do limitu określonego w danym zezwoleniu/decyzji) należy zsumować wykorzystaną w danym roku podatkowym pomoc publiczną z nowej inwestycji z pomocą publiczną z działalności w SSE - tak ustaloną sumę należy uwzględnić w dostępnym limicie pomocy publicznej (str. 21, akapit 33 objaśnień).
Dlatego DKIS uznał stanowisko Spółki w zakresie pytania nr 2 za nieprawidłowe.
Postępowanie przed Sądem.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu Skarżąca, zaskarżyła w/w interpretację indywidualną w całości.
Spółka zarzuciła organowi:
1. Naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:
- art. 9 ust. 1 ustawy o CIT w zw. z art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 ustawy o CIT w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT w zw. z art. 17 ust. 6a i 6aa ustawy o CIT oraz art. 12 ust. 1 i 2 w zw. art. 16 ust. 1 ustawy o SSE i art. 3 ust. 1 ustawy o WNI, poprzez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że brak jest możliwości prowadzenia jednej, wspólnej ewidencji rachunkowej dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, to jest wspólnej ewidencji rachunkowej dla zezwoleń oraz dla decyzji o wsparciu,
- art. 12 ust. 2 ustawy o SSE oraz art. 13 ust. 6-8 ustawy o WNI poprzez ich błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwą ocenę co do zastosowania, polegające na nieuznaniu za prawidłowe stanowiska Spółki przewidującego możliwość chronologicznego wykorzystania najpierw limitu dostępnej pomocy publicznej przyznanej w ramach posiadanych zezwoleń, a po jego przekroczeniu, w ramach decyzji o wsparciu, w kolejności ustalonej chronologicznie zgodnie z datami wydania zezwoleń i decyzji o wparciu, przy czym przysługująca pomoc publiczna powinna być wyliczona łącznie dla działalności zwolnionej, tj. objętej zezwoleniami strefowymi oraz decyzją o wsparciu,
2. Naruszenie przepisów postępowania w stopniu mogący mieć istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
- art. 14c §1 i §2 w zw. z art. 121 § 1 w zw. art. 120 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 z późn. zm., dalej: Ordynacja podatkowa, O.p.) poprzez brak szczegółowej oceny stanowiska Strony oraz uzasadnienia prawnego tej oceny, jak i uzasadnienia prawnego odmiennego stanowiska organu, co przejawia się w szczególności przedstawieniem przez organ tez powziętych wprost z objaśnień podatkowych Ministra Finansów z dnia 6 marca 2020 r. dotyczących sposobu ustalania dochodu zwolnionego z opodatkowania podatkiem dochodowym, osiągniętego z działalności gospodarczej określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (dalej jako: objaśnienia podatkowe), przy jednoczesnym nieprzedstawieniu z jakich przepisów prawa one wynikają, ani uzasadnienia dla takiego rozumienia, wykładni tych przepisów, co narusza zasadę legalizmu oraz zasadę pogłębiania zaufania do organów podatkowych, które to są zobowiązane do działania na podstawie i w granicach prawa,
- art. 14c §1 i §2 w zw. z art. 121 §1 w zw. z art. 14h Ordynacji podatkowej poprzez nieuwzględnienie w Interpretacji orzecznictwa sądów administracyjnych i interpretacji indywidualnych przepisów prawa podatkowego wydanych w analogicznych sprawach, skutkujące dokonaniem dowolnej oceny stanowiska Skarżącej, czym organ naruszył zasadę pogłębiania zaufania do organów podatkowych.
W związku z powyższymi zarzutami Strona wniosła o:
1) uchylenie zaskarżonej pisemnej interpretacji przepisów prawa podatkowego w całości;
2) zasądzenie od DKIS na rzecz Skarżącej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa prawnego, według norm przepisanych.
W odpowiedzi na skargę organ podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko i wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje.
Skarga jest zasadna.
Na wstępie należy wskazać, że zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267, z późn. zm.; dalej: u.p.s.a.) sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Na mocy art. 3 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935, z późn. zm.; dalej: p.p.s.a.) sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na pisemne interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach (art. 3 § 2 pkt 4a p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a. W myśl art. 57a p.p.s.a. skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Stosownie do treści art. 146 § 1 p.p.s.a. sąd, uwzględniając skargę na akt lub czynność, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4 i 4a, uchyla ten akt, interpretację, opinię zabezpieczającą lub odmowę wydania opinii zabezpieczającej albo stwierdza bezskuteczność czynności. Stosując odpowiednio art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. sąd uchyla interpretację w całości albo w części jeżeli stwierdzi (a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, (b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego lub (c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W przypadku nie stwierdzenia podstaw do uwzględnienia skargi na interpretację, skarga podlega oddaleniu na podstawie art. 151 p.p.s.a.
Strona kwestionując zgodność z prawem zaskarżonej interpretacji indywidualnej sformułowała zarzuty dotyczące zarówno przepisów prawa procesowego, jak i materialnego.
Po dokonaniu oceny ich zasadności Sąd stwierdził, że na uwzględnienie zasługują zarówno zarzuty dotyczące naruszenia przepisów prawa procesowego: art. 14c § 1 i 2 O.p. oraz art. 14h O.p. w zw. z art. 120 O.p. i art. 121 § 1 O.p., jak i prawa materialnego: art. 13 ust. 6 i 7 ustawy WNI, art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT w związku z art. 12 ust. 1, ust.2 i art. 16 ust. 1 ustawy SSE w związku z art. 9 ust. 1, art. 7 ust. 3 pkt 1 i 3 oraz art.17 ust. 6a i 6aa ustawy o CIT.
Zgodnie z art. 13 ust. 6 i 7 ustawy o WNI w przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwie decyzje o wsparciu, rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydania decyzji o wsparciu (ust. 6). W przypadku gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej na podstawie decyzji o wsparciu oraz na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych, dla rozliczenia łącznej pomocy publicznej przyznanej temu przedsiębiorcy przepis ust. 6 stosuje się odpowiednio (ust. 7).
Według art. 12 ust. 1, 2 i art. 16 ust. 1 ustawy o SSE dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy w ramach zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne lub osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą są zwolnione od podatku dochodowego, odpowiednio na zasadach określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób prawnych lub w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zwolnienie to stanowi pomoc publiczną, przy czym wielkość tej pomocy nie może przekroczyć jej maksymalnej wielkości określonej w przepisach wydanych na podstawie art. 4 ust. 4 (art. 12 ust. 1). Gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, o których mowa w art. 16 ust. 1, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń (art. 12 ust. 2). Podstawą do korzystania z pomocy publicznej, udzielanej zgodnie z ustawą, jest zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie danej strefy uprawniające do korzystania z pomocy publicznej, zwane dalej "zezwoleniem" (art. 16 ust. 1).
Jak stanowi art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy o CIT dochody, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (...), przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami (pkt 34). Dochody podatników, z zastrzeżeniem ust. 4-6d, z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (...), i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami (pkt 34a).
Przepis art. 7 ust. 1 i ust. 3 pkt 1 ustawy o CIT stanowi, że przedmiotem opodatkowania podatkiem dochodowym jest dochód stanowiący sumę dochodu osiągniętego z zysków kapitałowych oraz dochodu osiągniętego z innych źródeł przychodów. W przypadkach, o których mowa w art. 21, art. 22 i art. 24b, przedmiotem opodatkowania jest przychód (ust. 1). Przy ustalaniu dochodu, o którym mowa w ust. 1, stanowiącego podstawę opodatkowania nie uwzględnia się przychodów ze źródeł przychodów położonych na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej lub za granicą, jeżeli dochody z tych źródeł nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym albo są wolne od podatku (ust.3 pkt 1). W myśl art. 9 ust. 1 ustawy o CIT podatnicy są obowiązani do prowadzenia ewidencji rachunkowej, zgodnie z odrębnymi przepisami, w sposób zapewniający określenie wysokości dochodu (straty), podstawy opodatkowania i wysokości należnego podatku za rok podatkowy, a także do uwzględnienia w ewidencji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych informacji niezbędnych do obliczenia wysokości odpisów amortyzacyjnych zgodnie z przepisami art. 16a-16m.
Z art. 17 ust. 4 ustawy o CIT wynika, że zwolnienia podatkowe, o których mowa w ust. 1 pkt 34 i 34a, przysługują podatnikowi wyłącznie odpowiednio z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu lub z tytułu dochodów uzyskanych z realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w decyzji o wsparciu.
Jednocześnie art. 14c § 1 i 2 o.p. stanowi, że (§1) interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. (§ 2) W razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym.
Ponadto art. 120 O.p. i 121 O.p. stwierdzają, że organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. Organy podatkowe w postępowaniu podatkowym obowiązane są udzielać niezbędnych informacji i wyjaśnień o przepisach prawa podatkowego pozostających w związku z przedmiotem tego postępowania. Przepis art. 14h.o.p. stanowi zaś, że w sprawach dotyczących interpretacji indywidualnej stosuje się odpowiednio przepisy art. 120, art. 121 § 1, art. 125, art. 126, art. 129, art. 130, art. 135, art. 140, art. 143, art. 165 § 3b, art. 165a, art. 168, art. 169 § 1-2 i 4, art. 170, art. 171, art. 208, art. 213 w zakresie uzupełniania lub sprostowania co do skargi do sądu administracyjnego, art. 214, art. 215 § 1 i 3 oraz przepisy rozdziałów 3a, 5, 6, 7, 10, 14, 16 i 23 działu IV.
Istota sporu w niniejszej sprawie dotyczy możliwości prowadzenia wspólnej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku CIT, prowadzonej na podstawie posiadanych w danym okresie zezwoleń i decyzji o wsparciu oraz chronologicznego sposobu rozliczania dostępnej pomocy publicznej wynikającej z udzielonych zezwoleń i decyzji o wsparciu.
W zaskarżonej interpretacji indywidualnej organ (uznając stanowisko spółki za nieprawidłowe) stwierdził, że Wnioskodawca nie może prowadzić łącznej ewidencji dla celów działalności zwolnionej prowadzonej na terenie SSE na podstawie zezwoleń, a także decyzji o wsparciu. Nie zgodził się również ze stanowiskiem Spółki, że dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na podstawie zezwoleń i decyzji o wsparciu powinien podlegać zwolnieniu z opodatkowania CIT chronologicznie.
Zdaniem Sądu orzekającego w sprawie, stanowisko DKIS zaprezentowane w zaskarżonej interpretacji nie znajdują odzwierciedlenia w obowiązujących przepisach prawa. Nie budzi wątpliwości, że zwolnienie podatkowe przysługuje wyłącznie z tytułu działalności prowadzonej na terenie SSE i na terenie określonym w decyzji o wsparciu.
Obowiązujące przepisy nie nakładają jednak takiego obowiązku wyodrębnienia w odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu. Z pewnością za takie przepisy nie mogą być uznane powołane przez organ objaśnienia MF z 6 marca 2020 r. (por. wyroki: WSA Gorzowie Wielkopolskim z 15 czerwca 2022 r., sygn. akt I SA/Go 150/22; WSA w Łodzi z 23 marca 2023 r. sygn. akt I SA/Łd 122/23). Sąd nie kwestionując ich znaczenia dla zapewnienia jednolitego stosowania przepisów prawa podatkowego i możliwości uwzględniania ich przy wydawaniu interpretacji indywidualnych, zauważa jednakże, że nie mają one mocy wiążącej i nie stanowią przepisów powszechnie obowiązujących a tylko takie mogą stanowić podstawę prawną przyjętego rozstrzygnięcia. Tym bardziej, że DKIS może działać zgodnie z prawem i w jego granicach. Z tego względu objaśnienia te nie mogą stanowić wyłącznego uzasadnienia (a tak było de facto w tej sprawie) dla zakwestionowania stanowiska Wnioskodawcy (zważywszy na treść interpretacji zawartej na str. 11-13, gdzie DKIS wyraźnie opiera swoje stanowisko na tym dokumencie odwołując się do konkretnych jego części).
Zasadnie zatem Spółka uznała, że brak jest jakiejkolwiek podstawy prawnej, która nakładałaby na przedsiębiorców obowiązek dokonywania wydzielania organizacyjnego działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia strefowego oraz decyzji o wsparciu. Skoro zatem przedmiotowy obowiązek nie został bezpośrednio sformułowany przez ustawodawcę, nie można go domniemywać i wymagać jego wypełniania przez przedsiębiorców (jak zrobił to organ interpretacyjny w tej sprawie). Jak zauważył NSA w wyroku z 4 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 78/21: "(...) skoro Skarżący we wniosku o interpretację wskazał, że prowadzi działalność na terenie strefy i poza tym na terenie określonym w decyzji o wsparciu, nie ma obowiązku wyodrębniania organizacyjnego, o którym mowa w powołanych przepisach, odniesieniu do działalności zwolnionej na podstawie posiadanych zezwoleń i z tytułu decyzji o wsparciu." ( por. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z dnia 19 grudnia 2023 r. sygn. akt I SA/Ol 416/23).
Sąd podkreśla, że obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej, wynikający z art. 9 ust. 1 ustawy o CIT zapewnić ma możliwość obliczenia dochodu (straty), kosztów uzyskania przychodów i obliczenie należnego podatku. Nie odnosi się on zatem do ewidencji dotyczącej przychodów i kosztów ich uzyskania, pochodzących ze źródeł, z których dochód podlega zwolnieniu. Nie ma zatem zastosowania do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej zezwoleniem lub prowadzonej na podstawie decyzji o wsparciu. Nie budzi jednak wątpliwości, że ewidencję dotyczącą działalności prowadzonej w ramach czy to zezwolenia, czy to na podstawie decyzji o wsparciu podatnik jest obowiązany prowadzić, aby możliwe było ustalenie zakresu i prawidłowości wykorzystania pomocy publicznej. Obowiązek taki można wyprowadzić z art.12a ust. 1 ustawy o SSE oraz z art. 19 ustawy o WNI. Przepisy te nakazują przedsiębiorcy prowadzenie ksiąg podatkowych, nie wymagają jednak, aby prowadzone one były odrębnie dla działalności prowadzonej na podstawie każdego zezwolenia i każdej decyzji o wsparciu. Nie wynika z nich także zakaz prowadzenia jednej ewidencji dla działalności prowadzonej na podstawie zezwolenia i na podstawie decyzji o wsparciu. Przepis ten odnosi się bowiem do określenia przedmiotu zwolnienia (mają to być dochody uzyskane wyłącznie z działalności na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu), a nie do prowadzenia ewidencji lub sposobu rozliczania pomocy publicznej. Nie ma przy tym także znaczenia w tym zakresie przepis art.17 ust. 6a ustawy o CIT, który nakazuje organizacyjne wydzielenie działalności prowadzonej na terenie strefy lub na terenie określonym w decyzji o wsparciu od działalności gospodarczej prowadzonej przez tego przedsiębiorcę również poza terenem specjalnej strefy ekonomicznej określonym w zezwoleniu lub terenem określonym w decyzji o wsparciu, oraz określenie wielkość zwolnienia w oparciu o przychody i koszty uzyskania przychodów jednostki organizacyjnej prowadzącej działalność określoną w zezwoleniu lub w decyzji o wsparciu. Również zatem ten przepis nie odnosi się do prowadzenia ewidencji dotyczącej działalności, której dochód objęty jest zwolnieniem, a jedynie wskazuje na obowiązek wydzielenia organizacyjnie takiej jednostki i uwzględniania tylko jej kosztów i przychodów przy obliczaniu wielkości pomocy publicznej (por. wyrok WSA w Szczecinie z dnia 19 listopada 2025 r. sygn. akt I SA/Sz 531/25).
Odnosząc się natomiast do sposobu wykorzystywania udzielonej pomocy publicznej w postaci zezwoleń strefowych i decyzji o wsparciu (czyli możliwości chronologicznego rozliczania dostępnej pomocy publicznej wynikającej z udzielonego zezwolenia i decyzji o wsparciu, o którym mówi strona a organ interpretacyjny tego stanowiska nie akceptuje), to należy wskazać na regulacje art.12 ust 2 ustawy o SSE oraz art. 13 ust. 6 i ust.7 ustawy o WNI.
W orzecznictwie sądowoadministracyjnym utrwalona jest już linia orzecznicza, zgodnie z którą zasadne jest rozliczanie pomocy zgodnie z chronologią wydanych zezwoleń, przy uwzględnieniu dochodu ustalanego łącznie z całej działalności gospodarczej prowadzonej przez podatnika na terenie specjalnej strefy ekonomicznej w oparciu o wszystkie posiadane przez niego zezwolenia, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach (por. wyroki NSA: z 19 lipca 2016 r., sygn. akt II FSK 1849/14; z 14 września 2018 r., sygn. akt II FSK 2233/16; z 20 marca 2018 r., sygn. akt II FSK 696/16, czy też wyroki: WSA w Gliwicach z 25 sierpnia 2020 r., sygn. akt I SA/Gl 15/20; WSA w Gdańsku z 19 lutego 2019 r., sygn. akt I SA/Gd 49/19).
Sąd aprobuje powyższy pogląd i zauważa równoczesnie, że unormowania prawne dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Ponadto, brzmienie art. 13 ust. 7 ustawy WNI wprost stanowi o takiej sytuacji (jak ma miejsce w tej sprawie), gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanego zezwolenia, jak i decyzji o wsparciu. W świetle powyższych wywodów i powołanych orzeczeń trzeba uznać prawidłowość stanowiska Skarżącej w kwestii interpretacji omawianych przepisów i prawidłowości proponowanej przez nią metodologii chronologicznego rozliczania przyznanej pomocy, tak jak wskazano to w uzasadnieniu wniosku o udzielenie interpretacji indywidualnej. W tym miejscy na szczególną uwagę zasługuje wyrok NSA z 4 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 78/21, który stwierdził, że: "Naczelny Sąd Administracyjny podzielił argumentację (...), że uregulowanie dotyczące sposobu rozliczania pomocy publicznej przyznanej na podstawie decyzji o wsparciu są analogiczne do tych, które dotyczą zezwoleń. Wbrew stanowisku organu prezentowanego w skardze kasacyjnej, świadczy o tym treść art. 13 ust. 7 ustawy o WNI, regulujący sytuację, gdy przedsiębiorca korzysta ze zwolnienia zarówno na podstawie wydanych zezwoleń, jak i decyzji o wsparciu." (też wyroki: WSA w Olsztynie z 13 października 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 538/21; WSA w Łodzi z 23 marca 2023 r., sygn. akt I SA/Łd 122/23).
Obowiązujące uregulowania w tym przedmiocie wprost zatem wskazują na taki właśnie sposób rozliczenia pomocy w przypadku posiadania co najmniej dwóch zezwoleń (art. 12 ust. 2 ustawy o SSE) lub co najmniej dwóch decyzji o wsparciu (art. 13 ust. 6 ustawy o WNI), natomiast brzmienie art. 13 ust. 7 ustawy o WNI przesądza, zdaniem sądu o odpowiednim stosowaniu tych zasad również do sytuacji, gdy przedsiębiorca korzysta z pomocy publicznej zarówno na podstawie zezwolenia, jak i decyzji o wsparciu.
W ocenie Sądu postulowana przez organ konieczność odrębnego rozliczania wyniku podatkowego dla każdego zezwolenia i dla każdej decyzji osobno powodowałoby pozbawienie art. 12 ust. 2 ustawy SSE oraz art. 13 ust. 6 ustawy o WNI treści normatywnej, czyniąc normy wyrażone w tych przepisach pustymi. Odnosi się to również do art. 13 ust. 7 ustawy o WNI.
Sąd zwrócił równocześnie uwagę, że organ jedynie zdawkowo w zaskarżonej interpretacji odniósł się do przywołanego przez stronę orzecznictwa, chociaż stanowiło ono istotny element jej stanowiska. Jak zaś stwierdził WSA w Krakowie w wyroku z 27 kwietnia 2021 r., sygn. akt I SA/Kr 1147/20: "Gdy strona powołuje stanowisko sądu administracyjnego stanowiące istotny element wykładni prawa, mające zastosowanie do przedstawionego stanu faktycznego, będące jednocześnie elementem stanowiska strony, obowiązkiem organu w myśl art. 14c § 1 O.p. jest dokonanie oceny tego stanowiska."
W ocenie Sądu zasadny jest też zarzut skargi dotyczący naruszenia art. 14c § 1 i 2 O.p. W rozpoznawanej sprawie DKIS zakwestionował prawidłowość stanowiska Spółki, jednak w uzasadnieniu powołał się wyłącznie na tezy zawarte w Objaśnieniach MF, które - jak wyżej wskazano - nie stanowią przepisów powszechnie obowiązujących, ani też do takich przepisów się nie odwołują. Trudno bowiem doszukać się w konkluzji przyjętego stanowiska organu oparcia na przepisach powszechnie obowiązującego prawa. Trudno też przyjąć, że uzasadnienie interpretacji ma charakter wyczerpujący. W ocenie Sądu zaś uzasadnienie powinno być na tyle wyczerpujące, aby wynikało z niego, że organ ocenił wszystkie istotne dla sprawy argumenty Wnioskodawcy. Powinno także przedstawiać wywód prawny (a tego tutaj zabrakło), z którego będzie można w sposób jednoznaczny wywnioskować, dlaczego stanowisko Wnioskodawcy uznano za nieprawidłowe i jakie względy przemawiają za przyjęciem stanowiska organu. Uzasadnienie zaskarżonej interpretacji jest w istocie lakoniczne, a w kluczowych kwestiach hasłowe, a w rezultacie organ nie wyjaśnił należycie powodów, które legły u podstaw uznania stanowiska Spółki za nieprawidłowe. Również oparcie się w przeważającej części na ww. objaśnieniach MF nie wyczerpuje przywołanej wyżej normy prawnej w zakresie w jakim dotyczy to wskazania przez organ prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym. Ponadto, organ interpretacyjny odniósł się jedynie lakonicznie i ogólnikowo do stanowiących istotny element stanowiska skarżącej orzeczeń sądów administracyjnych. Nie można zatem uznać, że uzasadnienie zaskarżonej interpretacji spełnia wymagania określone w art. 14c § 1 i 2 O.p. Wobec powyższego również zarzut naruszenia art. 120 i 121§ 1 O.p. okazał się w pełni zasadny.
Mając na uwadze powyższe, Sąd orzekł o uchyleniu zaskarżonej interpretacji indywidualnej na podstawie art. 146 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a.
Przy ponownym rozpatrzeniu wniosku o udzielenie interpretacji organ podatkowy będzie zobowiązany, na podstawie art. 153 p.p.s.a., do uwzględnienia przedstawionej wykładni przepisów prawa.
O kosztach postępowania sądowego (697 zł) Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a. uwzględniając uiszczony wpis od skargi (200 zł), opłatę skarbową od dokumentu stwierdzającego udzielenie pełnomocnictwa (17 zł) oraz wynagrodzenie profesjonalnego pełnomocnika – doradcy podatkowego (480 zł) ustalone na podstawie § 2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. poz. 1687).