Od powyższej decyzji strona wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu, zarzucając naruszenie:
1) art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w związku z art. 4 pkt 1 ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym (Dz.U. z 2017 r., poz. 2117 ze zm., dalej u.t.k.) oraz załącznikiem nr 1 do u.t.k oraz w związku z art. 107 ust. 1 oraz art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE przez bezpodstawną odmowę przyznania Spółce zwolnienia z podatku od nieruchomości w stosunku do posiadanych przez Skarżącą obiektów wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów u.t.k., podlegających zwolnieniu z opodatkowania podatkiem od nieruchomości (bezsporne), z uwagi na fakt, iż - w ocenie organu - zastosowanie wskazanego zwolnienia stanowiłoby niedozwoloną pomoc publiczną, w sytuacji gdy taka wykładnia przepisów nie znajduje uzasadnienia w treści przepisów prawa, art. 7 ust. 1 pkt 1a u.p.o.l. w związku z art. 4 pkt 1 u.t.k. oraz załącznikiem nr 1 do u.t.k. w związku z art, 7 i 217 Konstytucji RP oraz art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2022 r., poz. 2651 ze zm., dalej O.p.) przez bezpodstawne rozszerzenie przesłanek zwolnienia z podatku od nieruchomości w odniesieniu do posiadanych przez spółkę obiektów wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów u.t.k oraz brak zastosowania powszechnie obowiązujących przepisów u.p.o.l. w związku z przepisami u.t.k., tj. wbrew wynikającej wprost z art. 7 Konstytucji zasadzie praworządności, zgodnie z którą organy władzy publicznej działają na podstawie i w granicach prawa, odzwierciedlonej również wprost w art. 120 O.p., co doprowadziło do nieuzasadnionej odmowy przyznania Spółce zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., pomimo zmaterializowania się wszystkich przesłanek wymienionych w tym przepisie,
2) art. 210 § 1 pkt 6 O.p. w związku z art. 210 § 4 O.p. oraz w związku z art. 124.O.p. przez brak odniesienia się w rozstrzygnięciu do ukształtowanej linii orzeczniczej sądów administracyjnych, w której sądy nie dokonywały rozszerzenia ustawowych przesłanek zastosowania art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l, jak również nieuwzględnienie kształtującej się linii orzeczniczej wprost potwierdzającej prawidłowość stanowiska Spółki co do możliwości zastosowania przepisu art. 7 ust.1 pkt 1 lit. a u.p.o.l wobec spełnienia przesłanek przewidzianych w tym przepisie, czemu nie sprzeciwia się regulacja dotycząca pomocy publicznej; naruszenia te skutkowały wadliwością uzasadnienia prawnego decyzji oraz doprowadziły do naruszenia zasady przekonywania strony; - art. 75 § 1 i 4a w związku z art. 72 § 1 pkt 1 O.p. przez błędne uznanie, że wnioskowana przez Spółkę nadpłata w podatku od nieruchomości nie powstała, co doprowadziło do bezzasadnej odmowy stwierdzenia nadpłaty w tym zakresie.
Strona wniosła o zmianę zaskarżonej decyzji przez uwzględnienie nadpłaty w podatku od nieruchomości za wnioskowany rok, ewentualnie o uchylenie zaskarżonej decyzji SKO oraz poprzedzającej ja decyzji Prezydenta.
W odpowiedzi na skargę SKO wniosło o oddalenie skargi, podtrzymując w całości argumentację zawartą w zaskarżonej decyzji.
Na rozprawie z dnia 19 marca 2024 r., Sąd postanowił zawiesić postępowanie sądowe na podstawie art. 125 § 1 pkt 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r., poz. 935, ze zm.; dalej: p.p.s.a.) w związku z tym, że rozstrzygnięcie sprawy zależało od wyniku toczącego się postepowania przez Trybunałem Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej TSUE) w sprawie sygn. akt: C-453/23. Postanowieniem z dnia 17 czerwca 2025 r., Sad podjął postepowanie sadowe w związku z wydaniem w dniu 29 kwietnia 2025 r. wyroku przez TSUE ww. sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu zważył, co następuje:
Skarga zasługuje na uwzględnienie.
Na wstępie należy wskazać, że – zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r., poz. 1267, ze zm.) – sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej. Kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Na mocy art. 3 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r., poz. 935, ze zm.; dalej: p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. Kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne (art. 3 § 2 pkt 1 p.p.s.a.). Wskutek takiej kontroli decyzja może zostać uchylona, w całości albo w części, w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, ewentualnie w razie naruszenia prawa w sposób dający podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.). W przypadku kwalifikowanego naruszenia prawa sąd stwierdza nieważność decyzji (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, które to ograniczenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie. W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części, sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części, na podstawie art. 151 p.p.s.a.
Merytoryczna kwestia sporna w sprawie dotyczy uznania, czy zwolnienie przyznane na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa) i jako takie, może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską. Dla rozstrzygnięcia zawisłego sporu kluczowy jest wyrok z dnia 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23, (ECLI:EU:C:2025:285), w którym TSUE orzekł, że "Artykuł 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści".
W sentencji ww. wyroku został zastosowany wprawdzie tryb przypuszczający, jednakże już w uzasadnieniu tego wyroku Trybunał Sprawiedliwości wyraził kategorycznie pogląd, w którym przyjął, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74). W uzasadnieniu ww. wyroku Trybunał Sprawiedliwości - powołując się obszernie na dotychczasowe orzecznictwo - wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TFUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny, zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomia przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku). W uzasadnieniu ww. wyroku TSUE również wskazał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się - w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu - w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44). Według TSUE, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w sprawie, której dotyczy pytanie prejudycjalne (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 ustawy u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W rezultacie TSUE stwierdził, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. W konsekwencji wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
W nawiązaniu do rozstrzygnięcia i argumentacji Trybunału Sprawiedliwości, należy, więc zaakcentować, że zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TFUE.
Konkludując, Wojewódzki Sąd Administracyjny stoi na stanowisku, że skarżąca błędnie została pozbawiona możliwości skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. Organy w sposób nieuzasadniony przyjęły, że ww. zwolnienie ma charakter pomocy publicznej przez przyznawanie selektywnej korzyści oraz zakłócenie konkurencji, co doprowadziło organy do błędnego wniosku, że pomoc w tej formie nie może być, zgodnie z klauzulą zawieszającą, stosowana.
W konsekwencji w sprawie zaistniały podstawy do uchylenia w całości zaskarżonej decyzji oraz decyzji ją poprzedzającej, o czym orzeczono w wyroku, na podstawie przepisów art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i art. 135 p.p.s.a.
Przy ponownym rozpoznaniu sprawy Organy powinny zastosować się do wykładni ww. przepisów zaprezentowanej przez Sąd oraz powołanego wyroku TSUE w sprawie C-453/23.
O kosztach postępowania sądowego (1 715,00 zł) Sąd orzekł na podstawie art. 200 p.p.s.a..