W toku postępowania pojawiła się rozbieżność dotycząca umocowania osoby wskazanej jako prowadząca sprawę, tj. jeszcze przed datą udzielenia jej formalnego upoważnienia do prowadzenia postępowania. Budzi to wątpliwości co do prawidłowości organizacji i prowadzenia postępowania przez organ I instancji.
Skarżąca zarzuciła brak podjęcia czynności zmierzających do realizacji tych wskazań oraz ograniczenie się do wydawania kolejnych zawiadomień o przedłużeniu terminu załatwienia sprawy. Z dokumentów zgromadzonych w aktach sprawy wynika, że po przekazaniu sprawy do ponownego rozpatrzenia przez Dyrektora IAS, organ I instancji nie podejmował czynności zmierzających do wyjaśnienia sprawy zgodnie ze wskazaniami zawartymi w decyzji organu odwoławczego. Działania organu sprowadzały się w szczególności do wydawania kolejnych postanowień o przedłużeniu terminu załatwienia sprawy oraz czynności o charakterze formalnym i technicznym (adnotacje urzędowe, zmiany upoważnień), kierowania pism o charakterze pomocniczym, które nie prowadziły do ustalenia stanu faktycznego sprawy. Istotne czynności dowodowe, w tym wnioski o przeprowadzenie przesłuchań, zostały podjęte dopiero 26 lutego 2026 r. Jednocześnie w tej dacie organ wydał postanowienie wydłużające termin załatwienia sprawy, wskazując jako przyczynę konieczność przeprowadzenia przesłuchań. Wskazuje to, że czynności dowodowe zostały zainicjowane dopiero w momencie przedłużenia postępowania, a nie były prowadzone w sposób ciągły i planowy. W konsekwencji wskazana przyczyna przedłużenia postępowania nie wynika z rzeczywistego toku prowadzonego postępowania dowodowego, lecz ma charakter wtórny wobec uprzedniego braku podejmowania czynności.
Skarżąca wskazała, że wniosek o pomoc prawną z 5 marca 2026 r. skierowany do Naczelnika US o przeprowadzenie dowodu z zeznań strony nie zawierał żadnych wytycznych co do sposobu przeprowadzenia przesłuchania. Brak etapu pytań kierunkowych, a także dyspozycji w piśmie procesowym o udzielenie pomocy prawnej o sposobie prowadzenia postępowania (osoby przeprowadzające przesłuchanie nie dysponowały aktami sprawy ani wiedzą o postępowaniu), powoduje, że czynność miała charakter wyłącznie formalny i nie realizuje funkcji dowodowej. Ta sama sytuacja została powielona odnośnie przesłuchania strony. Powyższe działanie wskazuje, że czynność procesowa nie miała na celu działania wyjaśniającego, nie podjęto próby ustalenia konkretnych faktów istotnych dla sprawy, jednocześnie tym sposobem kwestionując wytyczne Dyrektora IAS sformułowane w decyzji.
Organ I instancji nie realizuje obowiązku i wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy w sposób wyczerpujący, ani obowiązku zebrania i rozpatrzenia całego materiału dowodowego. Przesłuchanie strony i świadka nie miały charakteru rzeczywiście wyjaśniającego, ponieważ nie obejmowały pytań odnoszących się do konkretnych okoliczności faktycznych sprawy ani nie prowadziły do konfrontacji z materiałem dowodowym zgromadzonym w aktach. Tym samym stronie została ograniczona możliwość czynnego udziału w postępowaniu, w tym odniesienia się do konkretnych ustaleń organu oraz przedstawienia wyjaśnień w sposób odpowiadający rzeczywistym zarzutom. Prowadzone przez organ I instancji postępowanie jest w sprzeczności z zasadą prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych oraz zasadą prowadzenia postępowania bez zbędnej zwłoki.
Końcowo Skarżąca stwierdziła, że w jej ocenie organ I instancji ogranicza się do czynności formalnych, nie podejmując rzeczywistych działań zmierzających do wykonywania wskazań zawartych w decyzji organu II instancji oraz do wyjaśnienia istotnych okoliczności sprawy. Powyższe prowadzi do naruszenia prawa strony do rzetelnego postępowania oraz podważa prawidłowość dalszych ustaleń faktycznych dokonywanych przez organ.
Skarżąca wskazała, że jak wynika z art. 6 ust. 1 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności, sporządzonej w Rzymie 4.11.1950 r. (Dz.U. z 1993 r. Nr 61, poz. 284 ze zm.) przysługuje jej prawo do rozpoznania sprawy w rozsądnym terminie, a postępowanie wobec niej wszczęto w 2022 r. Podejmowanie czynności pozornych, z którymi mamy do czynienia w przedmiotowym postępowaniu nie może być uznane za spełniające kryterium "prawidłowości".
3. W odpowiedzi na skargę Naczelnik UCS stwierdził, że argumentacja Strony nie zasługuje na uwzględnienie, albowiem zarzuty bezczynności oraz przewlekłego prowadzenia postępowania pozostają całkowicie bezzasadne i sprzeczne ze zgromadzonym w sprawie materiałem dowodowym. Przywołując wskazane w decyzji organu odwoławczego czynności do wykonania przez Naczelnika UCS, organ ten podkreślił, że akta sprawy zostały mu zwrócone 17 września 2025 r. i obejmują łącznie 26 tomów. Organ podejmował szereg następujących po sobie czynności procesowych i dowodowych, zmierzających do wyjaśnienia wszystkich istotnych okoliczności sprawy oraz wykonania zaleceń organu odwoławczego: wystąpił o pomoc prawną celem przesłuchania świadka, wystąpił o przeprowadzenie dowodu z przesłuchania Skarżącej, analizował materiał dowodowy, podejmował kontakt z prokuratorem prowadzącym śledztwo, sporządził zestawienia sum transakcji Strony i jej kontrahentów, uzyskał zgodę na dostęp do akt śledztwa oraz możliwość wykorzystania materiałów dowodowych zgromadzonych w postępowaniu przygotowawczym, rozpoznał wniosek pełnomocnika, realizował i realizuje obowiązki informacyjne, sporządził zestawienia faktur zakupu i sprzedaży w rozbiciu na poszczególne okresy, sporządził zestawienie faktur z transakcji zakupowych i sprzedażowych w podziale na poszczególnych kontrahentów podatnika, pozyskuje informacje z Prokuratury Regionalnej w Rzeszowie, poddaje analizie dane dotyczące transakcji zakupowych i sprzedażowych Strony oraz zapoznał się z materiałem dowodowym zgromadzonym w trakcie śledztwa, wystąpił do Prokuratury Regionalnej w Rzeszowie o przekazanie aktu oskarżenia oraz materiału dowodowego z akt zgromadzonych w trakcie śledztwa. Zdaniem Naczelnika UCS podejmowane czynności miały charakter merytoryczny i pozostawały bezpośrednio związane z koniecznością ponownego i wyczerpującego ustalenia stanu faktycznego sprawy, zgodnie ze wskazaniami zawartymi w decyzji organu odwoławczego. Z akt sprawy wynika ciągłość podejmowanych działań procesowych i dowodowych, których realizacja była uzależniona także od terminów czynności wykonywanych przez inne organy administracji oraz prokuraturę. Przyczyny przedłużenia terminu załatwienia sprawy miały charakter obiektywny. Sam czas trwania postępowania nie przesądza o przewlekłości, jeżeli organ prowadzi postępowanie w sposób aktywny, podejmuje kolejne czynności dowodowe oraz realizuje obowiązki wynikające z przepisów prawa. Organ zwrócił uwagę, że przebieg postępowania determinowany był nie tylko zakresem koniecznych czynności dowodowych, lecz również intensywnością aktywności procesowej Strony.
Skarżąca pismem z dnia 24 czerwca 2026 r. złożyła replikę na odpowiedź na skargę.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
4.1. Skarga na przewlekłe prowadzenie postępowania jest zasadna.
Podstawą kognicji tut. Sądu jest art. 3 § 2 pkt 8 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143, dalej "p.p.s.a."), z którego wynika, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadkach określonych w pkt 1-4 lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadku określonym w pkt 4a. Wskazać należy, że pkt 1 przepisu art. 3 § 2 p.p.s.a. odnosi się do decyzji administracyjnych. Stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a (niemającego zastosowania w rozpatrywanej sprawie).
Sąd rozpoznał sprawę w postępowaniu uproszczonym na posiedzeniu niejawnym. Zgodnie bowiem z art. 119 pkt 4 p.p.s.a. sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania. Skargę na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania można wnieść po wyczerpaniu środków zaskarżenia, jeżeli służyły one skarżącemu w postępowaniu przed organem właściwym w sprawie (art. 52 § 1 p.p.s.a.). Z akt sprawy wynika, iż Skarżąca wyczerpała wymóg ustawowy warunkujący wniesienie przedmiotowej skargi, wnosząc uprzednio ponaglenie do Dyrektora IAS na podstawie art. 141 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 111 ze zm., dalej "O.p.").
Zgodnie z art. 149 § 1 p.p.s.a. sąd, uwzględniając skargę na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania przez organy w sprawach określonych w art. 3 § 2 pkt 1-4 albo na przewlekłe prowadzenie postępowania w sprawach określonych w art. 3 § 2 pkt 4a: 1) zobowiązuje organ do wydania w określonym terminie aktu, interpretacji albo do dokonania czynności; 2) zobowiązuje organ do stwierdzenia albo uznania uprawnienia lub obowiązku wynikających z przepisów prawa; 3) stwierdza, że organ dopuścił się bezczynności lub przewlekłego prowadzenia postępowania.
Jednocześnie sąd stwierdza, czy bezczynność organu lub przewlekłe prowadzenie postępowania przez organ miały miejsce z rażącym naruszeniem prawa (art. 149 § 1a p.p.s.a.). Sąd, w przypadku, o którym mowa w § 1 pkt 1 i 2, może ponadto orzec o istnieniu lub nieistnieniu uprawnienia lub obowiązku, jeżeli pozwala na to charakter sprawy oraz niebudzące uzasadnionych wątpliwości okoliczności jej stanu faktycznego i prawnego (art. 149 § 1b p.p.s.a.). Sąd, w przypadku, o którym mowa w § 1, może ponadto orzec z urzędu albo na wniosek strony o wymierzeniu organowi grzywny w wysokości określonej w art. 154 § 6 lub przyznać od organu na rzecz skarżącego sumę pieniężną do wysokości połowy kwoty określonej w art. 154 § 6 (art. 149 § 2 p.p.s.a.).
4.2. Należy zwrócić uwagę, że ustawodawca w powołanym wyżej art. 3 § 2 pkt 8 p.p.s.a. posługuje się odrębnymi sformułowaniami: "bezczynność" i "przewlekłe prowadzenie postępowania", zatem odwołując się do jednej z dyrektyw wykładni językowej, tj. zakazu wykładni synonimicznej, zgodnie z którą różnym zwrotom nie należy nadawać tego samego znaczenia) należy uznać, że mamy do czynienia z różnymi sytuacjami.
Z "bezczynnością organu" mamy do czynienia wówczas, gdy w prawnie ustalonym terminie organ administracji publicznej nie podejmuje żadnych czynności lub wprawdzie prowadzi postępowanie w sprawie, ale mimo istnienia ustawowego obowiązku, nie kończy go wydaniem w terminie decyzji, postanowienia lub innego aktu lub też nie podejmuje przewidzianej prawem czynności.
Z "przewlekłym prowadzeniem postępowania" mamy do czynienia w razie prowadzenia postępowania niezmierzającego do bezpośredniego załatwienia sprawy. "Przewlekłe prowadzenie postępowania" ma miejsce wówczas, gdy organ podejmuje wprawdzie działania, ale robi to opieszale lub skuteczność podejmowanych czynności jest wątpliwa. Dotyczy to także sytuacji, gdy organ podejmuje czynności niezgodnie z procedurą, nie zmierzając wprost i skutecznie do finalnego załatwienia sprawy. Będą to zatem przypadki prowadzenia postępowania jeszcze przed upływem terminu do załatwienia sprawy, tyle że w sposób nieefektywny, przez wykonywanie czynności w dużym odstępie czasu, bądź wykonywanie czynności pozornych, powodujących, że formalnie organ nie jest bezczynny, ewentualnie mnożenie przez organ czynności dowodowych ponad potrzeby wynikające z istoty sprawy. W konkretnym przypadku mogą wystąpić jednocześnie obie postacie opieszałości. Gdy organ prowadzi postępowanie w sposób nieefektywny, niesprawny powodując jego przewlekłość, a w związku z tym nie dotrzymuje terminów załatwienia sprawy, popadając w bezczynność.
O przewlekłym prowadzeniu postępowania można mówić wówczas, gdy organowi będzie można skutecznie przedstawić zarzut niedochowania należytej staranności w takim zorganizowaniu postępowania administracyjnego, aby zakończyło się ono w rozsądnym terminie, względnie zarzut przeprowadzania czynności (w tym dowodowych) pozbawionych dla sprawy jakiegokolwiek znaczenia. Przewlekłość postępowania zachodzi zatem, gdy jest ono długotrwałe, prowadzone rozwlekle i trwa ponad konieczność wyjaśnienia okoliczności faktycznych i prawnych niezbędnych do finalnego rozstrzygnięcia. Ocena, czy postępowanie trwa dłużej niż to konieczne, dokonywana musi być przy tym jednak na podstawie zarówno analizy charakteru podejmowanych czynności, jak i stanu faktycznego sprawy. Pojęcie przewlekłości postępowania obejmować będzie więc opieszałe, niesprawne i nieskuteczne działanie organu, w sytuacji, gdy sprawa mogła być załatwiona w terminie krótszym, jak również nieuzasadnione przedłużanie terminu załatwienia sprawy.
W judykaturze wskazuje się, że - oceniając zwłokę organu w załatwieniu konkretnej sprawy administracyjnej - nie można abstrahować od jej indywidualnego charakteru. Zatem rozsądny termin postępowania musi zostać określony w świetle wszystkich okoliczności danej sprawy oraz w oparciu o takie kryteria jak: złożoność sprawy, postawę strony i właściwych organów, znaczenie przedmiotu postępowania dla strony. W efekcie w sprawach o skomplikowanym stanie faktycznym, w których zachodzi konieczność przeprowadzenia wielu dowodów, obowiązkiem organu jest sprawne, co nie oznacza, że zawsze szybkie, prowadzenie postępowania dowodowego, zmierzające do ustalenia stanu faktycznego pozwalającego na prawidłowe rozstrzygnięcie sprawy. Pojęcie "przewlekłość postępowania" obejmuje opieszałe, niesprawne i nieskuteczne działanie organu, w sytuacji, gdy sprawa mogła być załatwiona w terminie krótszym, jak również nieuzasadnione przedłużanie terminu załatwienia sprawy (por. wyrok NSA z dnia 7 marca 2013 r. sygn. akt II OSK 34/13, wszystkie przywołane orzeczenia dostępne w CBOSA, www. orzeczenia.nsa.gov.pl).
Można zatem stwierdzić, że z przewlekłym prowadzeniem postępowania mamy do czynienia nie tylko wtedy, gdy organ nie podejmuje żadnych czynności ale również wówczas, gdy podejmuje nieefektywne działania, które nie zmierzają do zebrania niezbędnego materiału dowodowego, nie wyjaśniają istotnych okoliczności i nie prowadzą do zakończenia postępowania. Ponadto wtedy, gdy między poszczególnymi czynnościami organu występują nieusprawiedliwione okresy przerw, które w sumie prowadzą do znaczącego i nieakceptowanego z punktu widzenia zasad ekonomiki procesowej wydłużenia czasu trwania postępowania. Jedną z naczelnych zasad postępowania podatkowego, wyrażoną w art. 125 § 1 O.p., jest bowiem zasada jego szybkości. Istota tej zasady sprowadza się do konstatacji, że organy podatkowe powinny działać w sprawie nie tylko wnikliwie, ale i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia.
Wskazać należy, że art. 139 § 1-3 O.p. stanowi rozwinięcie ww. zasady, zobowiązując organy podatkowe do załatwienia sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego bez zbędnej zwłoki, nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej – nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Niezwłocznie zaś winny być załatwione sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę łącznie z żądaniem wszczęcia postępowania lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie.
O każdym przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie organ podatkowy jest obowiązany zawiadomić stronę, podając przyczyny niedotrzymania terminu i wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1 O.p.). Ten sam obowiązek ciąży na organie podatkowym również w przypadku, gdy niedotrzymanie terminu nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu (art. 140 § 2 O.p.). Niezałatwienie sprawy w terminie narusza zasadę sformułowaną w art. 120 O.p., zgodnie z którą organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Odnosi się to również do przestrzegania terminów wyznaczonych do załatwiania spraw (art. 139 O.p.), przy czym pozostaje w bezpośrednim związku z zasadą prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie obywateli do organów podatkowych - art. 121 § 1 O.p.
4.3. Przenosząc powyższe rozważania na grunt rozpoznawanej sprawy należy stwierdzić, że mamy w niej do czynienia z tak rozumianą przewlekłością postępowania, o czym przesądza zebrany w sprawie materiał dowodowy. Materiał ten potwierdza, że sprawa rozliczenia Skarżącej w podatku od towarów i usług za 2020 r., skierowana do ponownego rozpatrzenia przez Naczelnika UCS na skutek uchylenia przez Dyrektora IAS decyzją z dnia 8 sierpnia 2025 r. decyzji organu pierwszej instancji z dnia 23 kwietnia 2025 r., oczekuje na rozstrzygnięcie przez okres, którego długość nie znajduje uzasadnienia ani w przepisach prawa ani w stopniu skomplikowania sprawy.
Akra sprawy, raz już rozpatrzonej przez Naczelnika UCS, wpłynęły do tego organu w dniu 17 września 2025 r. Decyzja organu odwoławczego precyzyjnie wskazywała czynności, które należy dokonać w celu uzupełnienia zgromadzonego materiału dowodowego. Większość ze wskazanych czynności stanowiła dokonanie ponownej analizy, jednoznacznej oceny danych dowodów, porównanie okoliczności czy wyjaśnienie powziętych przez organ drugiej instancji wątpliwości. Jako dowody do przeprowadzenia w ponownym postępowaniu podatkowych Dyrektor IAS wprost wskazał jedynie przesłuchanie świadka D.K. i strony skarżącej oraz pozyskanie wyjaśnień od A.S.. Pozostałe czynności sprowadzały się do powzięcia określonych działań na podstawie uprzednio zgromadzonego w przeprowadzonym postępowaniu materiału dowodowego, znanego organowi. Rację należy przyznać Skarżącej, że pierwsze istotne czynności w sprawie (skierowanie wniosku o pomoc prawną w zakresie przesłuchania świadka) zostały podjęte dopiero po upływie 5 miesięcy od wpływu akt do organu, zaś większość przywołanych przez organ i podejmowanych w sprawie czynności miała charakter techniczno-organizacyjny (korespondencja z innymi organami, sporządzanie notatek, zestawień, wydruków, wydawanie postanowień o przedłużeniu terminu rozpatrzenia sprawy, odpowiadanie na wnioski strony, wyłączenia jawności dokumentów). Zakres podejmowanych przez organ czynności nie uzasadnia długości trwania ponownie prowadzonego postępowania. Również korzystanie przez stronę z przysługujących jej uprawnień (do składania wniosków, przeglądania akt) czy konieczność wymiany korespondencji z innymi organami administracyjnymi nie mogą być uznane za usprawiedliwienie opieszałości organu.
4.4. Mając na uwadze powyższe Sąd ocenił, że wniesiona przez Skarżącą skarga zasługuje na uwzględnienie, bowiem Naczelnik UCS dopuścił się przewlekłego prowadzenia postępowania w sprawie Skarżącej w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres od 1 stycznia do 31 grudnia 2020 r. Wobec braku informacji o wydaniu aktu kończącego postępowanie w sprawie, Sąd na podstawie art. 149 § 1 pkt 1 p.p.s.a. zobowiązał Naczelnika UCS do załatwienia sprawy w terminie 2 miesięcy od otrzymania odpisu prawomocnego wyroku. Sąd na podstawie art. 149 § 1a p.p.s.a. stwierdził jednocześnie, że przewlekłość w postępowaniu organu nie miała miejsca z rażącym naruszeniem prawa.
W orzecznictwie sądów administracyjnych wskazuje się, że rażącym naruszeniem prawa będzie stan, w którym - bez żadnej wątpliwości i wahań - można stwierdzić, że naruszono prawo w sposób oczywisty. Kwalifikacja naruszenia jako rażącego musi posiadać pewne dodatkowe cechy w stosunku do stanu określanego jako zwykłe naruszenie prawa. Rażącym naruszeniem prawa jest więc naruszenie ciężkie, które nosi cechy oczywistej i wyraźnej sprzeczności z obowiązującym prawem, to naruszenie niepozwalające na zaakceptowanie w demokratycznym państwie prawa i wywołujące dotkliwe skutki społeczne lub indywidualne. Dla uznania rażącego naruszenia prawa nie jest wystarczające samo przekroczenie przez organ ustawowych obowiązków, czyli także terminów załatwienia sprawy, gdyż przekroczenie to musi być znaczne i niezaprzeczalne. Rażącym naruszeniem prawa będzie stan, w którym bez żadnej wątpliwości i wahań, bez potrzeby odwoływania się do szczegółowej oceny okoliczności sprawy można powiedzieć, że naruszono prawo w sposób oczywisty (por. wyrok NSA z dnia 17 listopada 2015 r. sygn. akt II OSK 652/15, wyroki: WSA w Białymstoku z dnia 11 maja 2017 r. sygn. akt II SAB/Bk 38/17, WSA w Łodzi z dnia 20 kwietnia 2017 r. sygn. akt II SAB/Łd 13/17, WSA w Krakowie z dnia 22 marca 2017 r. sygn. akt II SAB/Kr 35/17). Rażące naruszenie prawa oznacza zatem wadliwość o szczególnie dużym ciężarze gatunkowym i ma miejsce w razie oczywistego lekceważenia wniosku strony i jawnego natężenia braku woli załatwienia sprawy, jak i w razie ewidentnego niestosowania przepisów prawa.
Sąd orzekający w przedmiotowej sprawie stoi na stanowisku, że orzeczenie rażącego naruszenia prawa jest zastrzeżone dla najbardziej jaskrawych przypadków długotrwałej bierności organów (por. wyrok NSA z dnia 22 października 2024 r., sygn. akt III OSK 1783/24). Kierując się przedstawionymi wyżej kryteriami Sąd stwierdził, że przewlekłość postępowania organu w tej sprawie nie podlega takiej podwyższonej kwalifikacji.
O kosztach postępowania Sąd orzekł, na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a., zasądzając na rzecz Skarżącej kwotę 580 zł odpowiadającą łącznie wysokości uiszczonego wpisu sądowego (100 zł) oraz wynagrodzenia pełnomocnika (480 zł).