Strona skarżąca powołała się przy tym na treść wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 17 czerwca 2021 r. sygn. akt I SA/Łd 247/21 i stwierdziła, że w świetle powyższego wyroku Naczelnik nawet nie wskazał, że prowadzi jakiekolwiek czynności, w celu ustosunkowania się do przedstawione stanowiska strony. Zdaniem Spółki, takie zachowanie godzi w nie tylko w interes podatnika, ale także w interes Skarbu Państwa, bowiem od rozwiązania takich sprawa jak ta, niejednokrotnie zależy dalszy los podmiotów prowadzących działalność gospodarczą, a nieustająco rosnące odsetki wpływają na uszczuplenie Skarbu Państwa. Po to więc istnieje zasada zawarta w art. 125 Ordynacji podatkowej, która nakazuje organom podatkowym działać szybko i wnikliwie posługując się najprostszymi środkami do załatwienia sprawy. W ocenie Spółki, w niniejszym sporze, w oparciu od dokonane dotychczas czynności, nie ma ani szybkości, ani też wnikliwości, nie wspominając już o najprostszych środkach, gdy nawet nie widnieje podstawa prawna określająca wątpliwość wobec właściwej stawki VAT. Podobne wnioski można wysnuć z wyroku Wojewódzkiego Sądu w Gliwicach w wyroku z dnia 19 kwietnia 2024 r. sygn. akt I SAB/Gl 1/24.
Strona skarżąca podniosła także, że oprócz wskazanych już uchybień, przywołać należy fakt, iż wniosła stosowane wyjaśnienia w sprawie w dniu 28 marca 2025 r., jednak od tamtej pory ze strony organu nie pojawił się żaden nawet najmniejszy sygnał, iż podjął jakiekolwiek czynności wyjaśniające.
Ponadto skarżąca Spółka wskazała, że oprócz sprawy zasadności zwrotu podatku VAT, z tytułu wspomnianych już korekt deklaracji JPK, organ wykazuje opieszałość w zwrocie podatku VAT, nie dotyczącym powyższej sprawy, jednocześnie blokując wszystkie przysługujące jej środki, a przy tym w tej kwestii Naczelnik, nie dokonał nawet wstępnych poczynań weryfikacyjnych dotyczących tego zwrotu.
Skarżąca Spółka powołała się także na treść wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 13 października 2022 r. sygn. akt I SA/Po 587/22 oraz wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2018 r. sygn. akt II OSK 349/18. Odnośnie tego ostatniego wyroku Spółka wskazała, że co prawda sprawa ta nie dotyczyła przewlekłości organu podatkowego, natomiast istota znajduje odzwierciedlenie również w niniejszej sprawie, NSA więc stwierdził, iż przez "przewlekłe prowadzenia postępowania" należy rozumieć sytuację prowadzenia postępowania w sposób nieefektywny, poprzez wykonywanie czynności w dużym odstępie czasu bądź wykonywanie czynności pozornych, powodujących, że formalnie organ nie jest bezczynny, ale podejmuje czynności dowodowe lub inne czynności ponad potrzebę wynikającą z istoty sprawy.
Wobec powyższego Spółka uważa, że organ podatkowy nie wskazując przesłanek do rozstrzygnięcia niniejszej sprawy narusza zasadę szybkości i prostoty postępowania podatkowego, prowadząc przedmiotowe postępowanie w sposób przewlekły, nie załatwiając sprawy w terminie, a jedynie go przedłuża o znamiona, które nie znajdują żadnego uzasadnienia.
W odpowiedzi na skargę Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie wniósł o oddalenie skargi. W uzasadnieniu organ opisał dotychczasowy przebieg postępowania i stwierdził, że przedstawiona chronologia zdarzeń potwierdza fakt, że działał w sprawie bez zbędnej zwłoki, podjął szereg działań w celu wyjaśnienia i zakończenia sprawy, a zarzuty stawiane przez Spółkę o bezczynność i przewlekłość są bezpodstawne.
Odpowiadając na zarzuty skargi organ stwierdził, że znaczna część argumentacji skarżącej Spółki sprowadza się do kwestionowania przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT. Dwa spośród trzech powołanych przez nią orzeczeń wojewódzkich sądów administracyjnych dotyczą skargi na postanowienia przedłużające termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Organ podkreślił, że wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi z dnia 17 czerwca 2021 r. sygn. akt I SA/Łd 247/21 został uchylony w całości wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 28 lutego 2025 r. sygn. akt I FSK 1780/21, a skarga została oddalona. Z kolei wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z dnia 19 kwietnia 2024 r. sygn. akt I SAB/GI 1/24 dotyczy skargi na bezczynność naczelnika urzędu skarbowego w przedmiocie zwrotu różnicy podatku od towarów i usług wynikającej z deklaracji podatkowych VAT-7 jest korzystny dla organu podatkowego. Sąd oddalając skargę wskazał bowiem m.in., że "organ nie uchylał się od przeprowadzenia stosownego postępowania w celu przesądzenia prawidłowości wykazanego w deklaracjach VAT-7 zwrotu podatku od towarów i usług."
Organ wskazał także, że na postanowienie o przedłużenie terminu zwrotu podatku służy zażalenie, a następnie skarga do sądu administracyjnego, a zatem skarga na bezczynność stanowi konkurencyjny środek zaskarżenia. Zdaniem organu, skutkuje to tym, że w skardze na bezczynność nie mieści się badanie zasadności przedłużenia przez organ podatkowy terminu zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym wykazanego w deklaracji podatnika. W przypadku postępowania w przedmiocie zwrotu nadwyżki podatku należnego nad naliczonym odrębne są kryteria i rozstrzygnięcia od przesłanek oceny co do bezczynności (np. wyrok NSA z dnia 19 lutego 2021 r. I FSK 1817/20). Organ wyjaśnił, że z bezczynnością organu podatkowego mamy do czynienia wówczas, gdy w ustalonym terminie organ ten nie podjął żadnych czynności w sprawie lub wprawdzie prowadził postępowanie w sprawie, ale - mimo istnienia ustawowego obowiązku - nie zakończył go wydaniem w terminie decyzji, postanowienia lub też innego aktu lub nie podjął stosownej czynności. Tak więc dla stwierdzenia przez sąd administracyjny bezczynności organu konieczne jest łączne spełnienie następujących przesłanek: istnienia ustawowego obowiązku podjęcia określonego działania oraz braku jego podjęcia w terminach określonych przepisami prawa, ewentualnie czy zaistniały jakieś okoliczności, które wyłączałyby stan bezczynności. Postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu zmienia termin dokonania czynności materialno-technicznej, jaką jest zwrot podatku. Zdaniem organu, w realiach niniejszej sprawy o bezczynności można by mówić w sytuacji stwierdzenia, że organ nie dokonał zwrotu podatku VAT, ani też nie przedłużył skutecznie terminu na jego dokonanie. Tymczasem Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie przedłużył termin dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2024 r. postanowieniem z dnia 10 grudnia 2024 r. do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika w trybie czynności sprawdzających, przewidywanej do 28 kwietnia 2025 r., oraz postanowieniem z dnia 11 kwietnia 2025 r. do dnia 30 czerwca 2025 r. w związku z wszczętą w dniu 7 kwietnia 2025 r. kontrolą podatkową. Zdaniem organu, z dotychczasowego przebiegu postępowania wynika, że podejmował czynności systematycznie, skrupulatnie i z odpowiednią dynamiką. Niedokonanie czynności zwrotu podatku w terminie wynikającym z ustawy o podatku od towarów i usług było bowiem uzasadnione prowadzeniem weryfikacji jego zasadności oraz znalazło odzwierciedlenie w wydanych postanowieniach o przedłużeniu terminu zwrotu. Organ wyjaśnił, że naczelnik urzędu skarbowego zgodnie z art. 87 ust. 2 tej ustawy ma prawo przedłużyć termin zwrotu podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Przepis ten nie ogranicza terminu, w jakim organ musi zakończyć weryfikację. Organ podkreślił, że podejmowane przez niego czynności zmierzające do weryfikacji zasadności zwrotu były niezbędne dla ustalenia stanu faktycznego sprawy, a ich podjęcie nastąpiło w sposób niezwłoczny.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje:
W pierwszej kolejności wskazać należy, że Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie skargę złożoną w niniejszej sprawie rozpoznał na posiedzeniu niejawnym w trybie uproszczonym, zgodnie z brzmieniem przepisu art. 119 pkt 4 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., zwanej dalej p.p.s.a.). Zgodnie z tym przepisem, sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania.
Przechodząc do merytorycznego rozpoznania skargi wyjaśnić należy, że stosownie do treści art. 3 § 2 pkt 8 p.p.s.a. sprawowana przez sądy administracyjne kontrola administracji publicznej obejmuje orzekanie w sprawach skarg na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadkach określonych w pkt 1-4 lub przewlekłe prowadzenie postępowania w przypadku określonym w pkt 4a.
Przedmiotem wniesionej w niniejszej sprawie skargi jest bezczynność Naczelnika Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie w zakresie niezałatwienie sprawy zwrotu podatku od towarów i usług. Wyjaśnić należy, że z bezczynnością organu mamy do czynienia wówczas, gdy w prawnie ustalonym terminie organ administracji publicznej nie podejmuje żadnych czynności lub wprawdzie prowadzi postępowanie w sprawie, ale mimo istnienia ustawowego obowiązku, nie kończy go wydaniem w terminie decyzji, postanowienia lub innego aktu lub też nie podejmuje przewidzianej prawem czynności.
Sąd rozpatrując skargę wniesioną na bezczynność organu administracji publicznej ogranicza się wyłącznie do ustalenia, czy organowi można przypisać lub nie - stan bezczynności. Dodać przy tym należy, że w postępowaniu wywołanym skargą na bezczynność nie jest możliwe badanie innych kwestii aniżeli obiektywny fakt pozostawania organu podatkowego w zwłoce. W konsekwencji kognicja sądu jest w tym postępowaniu ograniczona do kwestii bezczynności co wyklucza możliwość oceny poprawności postępowania związanego z wykonywaniem danego obowiązku publicznoprawnego pod innymi względami. Strona ma natomiast możliwość kwestionowania postępowania i poprawności wydanych w jego toku rozstrzygnięć w odrębnym postępowaniu. Sąd administracyjny rozpoznając sprawę ze skargi na bezczynność bada czy podejmowane czynności zmierzały do należytego i szybkiego załatwienia sprawy, w jakich odstępach czasu były podejmowane, a także czy czynności podejmowane przez organ nie miały charakteru pozornego.
Zgodnie z treścią art. 87 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2024 r. poz. 361 ze zm., zwanej dalej także u.p.t.u.), w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Zasady dokonywania zwrotu określa art. 87 ust. 2 tej ustawy, zgodnie z którym zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, sporządzonego na piśmie, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Zgodnie z art. 87 ust. 6 u.p.t.u. urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku, o której mowa w ust. 2, w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia, w przypadku gdy łącznie spełnione są następujące warunki: 1) kwoty podatku naliczonego, wykazane w deklaracji podatkowej, z wyłączeniem kwoty podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w ust. 1, nierozliczonej w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazanej w deklaracji, wynikają z: a) faktur dokumentujących kwoty należności, które zostały w całości zapłacone za pośrednictwem rachunku bankowego podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo rachunku podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazanego w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, b) faktur, innych niż wymienione w lit. a, dokumentujących należności, jeżeli łączna kwota tych należności nie przekracza 15.000 zł, c) dokumentów celnych, deklaracji importowej oraz decyzji, o których mowa w art. 33 ust. 2-3 oraz art. 34, i zostały przez podatnika zapłacone, d) importu towarów rozliczanego zgodnie z art. 33a, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca, lub dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, jeżeli w deklaracji podatkowej została wykazana kwota podatku należnego od tych transakcji, 2) kwota podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w ust. 1, nierozliczona w poprzednich okresach rozliczeniowych i wykazana w deklaracji nie przekracza 3000 zł, 3) podatnik złoży w urzędzie skarbowym, nie później niż w dniu złożenia deklaracji, potwierdzenie zapłaty należności, o których mowa w pkt 1 lit. a, 4) podatnik przez kolejne 12 miesięcy poprzedzających bezpośrednio okres, w rozliczeniu za który występuje z wnioskiem o zwrot w terminie 25 dni: a) był zarejestrowany jako podatnik VAT czynny, b) składał za każdy okres rozliczeniowy deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1-3 - przy czym przepisy ust. 2 zdanie drugie i trzecie, ust. 2a-2c oraz ust. 4a-4f stosuje się odpowiednio.
Wskazać należy, że bezczynność w zakresie zwrotu nadwyżki podatku VAT (nadwyżki podatku naliczonego nad należnym) zależy od tego, czy organ znajdował się w czasie, gdy termin zwrotu podatku VAT już minął, a on nie dokonał zwrotu stosownej kwoty, czy jeszcze pozostawał otwarty (nie upłynął), względem deklaracji wykazującej tego rodzaju zwrot i w tym zakresie niepodważonej wydaniem decyzji podatkowej (art. 99 ust. 12 u.p.t.u.) przed upływem terminu zwrotu. Zatem w przypadku zwrotu podatku VAT okolicznością wyłączającą stan bezczynności może być wydanie i pozostawanie w obrocie prawnym postanowień przedłużających termin zwrotu podatku. Ustanowione w art. 87 ust. 2 u.p.t.u. terminy są terminami prawa materialnego. Ich upływ wywołuje skutek w postaci nabycia przez podatnika prawa do zwrotu różnicy podatku w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej. Po upływie tych terminów organ podatkowy traci uprawnienie do przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku. Skuteczne przedłużenie terminu możliwe jest jedynie przed jego upływem.
Z treści art. 87 ust. 2 u.p.t.u. jednoznacznie wynika, że przedłużenie terminu zwrotu podatku wykazanego w deklaracji podatkowej może nastąpić najpóźniej do czasu zakończenia czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Przy czym data wydania przez organ I instancji decyzji wymiarowej stanowi faktyczną datę zakończenia procesu weryfikacji zwrotu, o którym mowa w ww. przepisie. Z tym samym momentem informacje wykazane w deklaracji złożonej przez podatnika tracą moc prawną na rzecz ustaleń dokonanych przez organ podatkowy w decyzji. Po wydaniu decyzji wymiarowej nie jest już dopuszczalne wydanie postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT, bowiem ma ono rację bytu tylko do czasu niezakwestionowania deklaracji. Podważenie wiarygodności deklaracji i zastąpienie jej wydaną przez organ decyzją określającą zobowiązanie podatkowe, czyni bezprzedmiotowym procedowanie w zakresie przedłużenia terminu zwrotu, który w takiej sytuacji już nie istnieje. Dotyczy to również sytuacji, gdy decyzją zostanie określona inna niż deklarowana kwota zwrotu (por. wyrok WSA w Gliwicach z dnia 2 czerwca 2020 r., sygn. akt I SA/Gl 273/20).
Orzekający w niniejszej sprawie Sąd podziela stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego wyrażone w wyroku z dnia z dnia 5 grudnia 2019 r. sygn. akt I FSK 1705/19, zgodnie z którym w postępowaniu wywołanym skargą na bezczynność, nie jest możliwe badanie kwestii innych niż obiektywny fakt pozostawania organu podatkowego w zwłoce w załatwieniu sprawy. Kognicja Sądu jest w tym postępowaniu ograniczona do kwestii bezczynności, co wyklucza możliwość oceny poprawności aktów związanych z wykonaniem danego obowiązku publicznoprawnego, w tym postanowienia przedłużającego termin zwrotu podatku. Oznacza to, że w postępowaniu takim nie mogą być skutecznie podnoszone zarzuty podważające prawidłowość postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku. Postanowienie takie podlega bowiem odrębnemu zaskarżeniu (por. wyrok NSA z dnia 27 października 2016 r. sygn. akt I FSK 229/15). Innymi słowy kwestia oceny przez Sąd prawidłowości postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku (w tym czasu jego doręczenia), nie może być dokonana w sprawie dotyczącej bezczynności organu podatkowego. Zatem, aby stwierdzić zarzucaną organowi podatkowemu bezczynność konieczne jest, aby organ ten miał ustawowy obowiązek podjęcia określonego działania i działania tego nie podjął w terminach określonych przepisami prawa. Sąd ma jednak obowiązek zbadać również, czy zaistniały jakiekolwiek okoliczności, które wyłączałyby stan bezczynności organu. W sprawie zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym taką okolicznością jest wydanie postanowienia przedłużającego ustawowy termin zwrotu tej nadwyżki. Uprawnienie organu podatkowego w tym zakresie wynika bowiem z treści art. 87 ust. 2 zdanie 2 u.p.t.u., który daje organowi możliwość przedłużenia terminu zwrotu w sytuacji, gdy jego zasadność wymaga dodatkowego zweryfikowania. Postanowienie przedłużające ustawowy termin zwrotu daje podstawę do niedokonania tego zwrotu, przy jednoczesnym uznaniu, że organ nie pozostaje w bezczynności przy wykonywaniu ustawowego obowiązku dokonania zwrotu w zakreślonym przez art. 87 ust. 2 u.p.t.u. terminie. Oznacza to, że w takiej sytuacji, przy rozpoznawaniu skargi na bezczynność, sąd administracyjny ustala jedynie, czy organ przedłużył termin do dokonania tej czynności. Jeżeli natomiast kontrola akt administracyjnych wykaże, że nie tylko zwrotu podatku w terminie zakreślonym przez art. 87 ust. 2 u.p.t.u. organ nie dokonał, ale równocześnie nie przedłużył terminu do dokonania tego zwrotu, wówczas dopiero można stwierdzić, że organ pozostaje w bezczynności.
Jak wynika z akt sprawy w dniu 18 października 2024 r. i 28 października 2024 r. skarżąca Spółka złożyła deklaracje korygujące za okres od października 2020 r. do sierpnia 2024 r., w których dokonała korekty sprzedaży opodatkowanej ze stawki 8% na 5%, co skutkowało wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym za sierpień 2024 r. Pismem z dnia 23 października 2024 r. Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie poinformował pełnomocnika Spółki o rozpoczęciu prowadzenia czynności sprawdzających mających na celu ustalenie stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami dotyczącymi prawidłowości rozliczenia podatku VAT za okres od października 2020 r. do sierpnia 2024 r. Postanowieniem z dnia 10 grudnia 2024 r. nr 1271-SAS-1.4033.700.2024.6 Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie przedłużył termin dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zadeklarowanego w deklaracji korygującej za sierpień 2024 r. do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika przewidywanej do 28 kwietnia 2025 r. Po rozpoznaniu zażalenia skarżącej Spółki, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Krakowie postanowieniem z dnia 13 marca 2025 r. nr 1201-IOP2-4.4033.1.2025 utrzymał w mocy postanowienie organu I instancji w sprawie przedłużenia terminu dokonania zwrotu podatku VAT za sierpień 2024 r. W dniu 7 kwietnia 2025 r. Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie wszczął kontrolę podatkową w skarżącej Spółce w zakresie podatku od towarów i usług za okres od października 2020 r. do sierpnia 2024 r., w tym w zakresie weryfikacji zasadności zadeklarowanego zwrotu VAT za sierpień 2024 r. Pracownicy organu podatkowego prowadzili czynności kontrolne w siedzibie Spółki w dniach 10, 11 i 25 kwietnia 2025 r. Planowany termin zakończenia kontroli został ustalony na dzień 30 czerwca 2025 r. Z kolei postanowieniem z dnia 11 kwietnia 2025 r. nr 1271-SAS-1.4033.700.2024.22 Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego w Krakowie ponownie przedłużył termin dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym zadeklarowanego w deklaracji korygującej VAT-7 za sierpień 2024 r. do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika przewidywanej do dnia 30 czerwca 2025 r. Ani z treści skargi ani z akt sprawy nie wynika by skarżąca Spółka wniosła zażalenie na postanowienie z dnia 11 kwietnia 2025 r.
Biorąc pod uwagę powyższe okoliczności Sąd uznał, że brak jest podstaw do uznania, że organ podatkowy pozostawał w bezczynność w sprawie zwrotu podatku. Jak już zostało powyżej wskazane art. 87 ust. 2 zdanie 2 u.p.t.u. daje organowi podatkowemu możliwość przedłużenia terminu do dokonania zwrotu różnicy podatku, jeżeli zasadność tego zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, przy czym przedłużenie to może nastąpić do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Organy podatkowe są zobowiązane do weryfikowania zasadności zwrotu nadwyżki podatku i z tego powodu przedłużenie terminu tego zwrotu jest dopuszczalne, choć nie powinno trwać ono dłużej, niż to konieczne do potwierdzenia zasadności lub braku zasadności tego zwrotu. Jeszcze raz należy podkreślić, że przedmiotem oceny Sądu nie jest sama zasadność zwrotu nadwyżki podatku VAT, bo ta kwestia nie została jeszcze rozstrzygnięta, lecz ocena, czy podane przez organ przyczyny uzasadniały podjęcie dalszych czynności w sprawie i czy czynności te charakteryzowała koncentracja wymagana zasadą szybkości postępowania.
Sąd nie dopatrzył się w działaniach organu podatkowego odległych odstępów czasu pomiędzy poszczególnymi czynnościami tego organu. Podejmował on bowiem szereg czynności, które niewątpliwie miały na celu ustalenie stanu faktycznego w sprawie i nie można tych czynności uznać za pozorne bądź opieszałe. Wszystkie te czynności, w ocenie Sądu, miały racjonalne uzasadnienie, były ukierunkowane na wyjaśnienie okoliczności, które stanowiły podstawę rozliczeń w podatku VAT. Nie można zatem zasadnie twierdzić, że były to czynności nie prowadzące do wyjaśnienia sprawy (zasadności zwrotu). Pomiędzy poszczególnymi czynnościami nie występowały znaczne przerwy czasowe, które mogłyby wskazywać na brak odpowiedniego planowania czynności i niepotrzebnego przedłużania postępowania. Każda kolejna czynność znajdowała oparcie w ustaleniach poczynionych w poprzednich czynnościach, istniał zatem związek przyczynowo-skutkowy w zakresie poszczególnych działań organu. Natomiast podnoszone przez skarżącą zarzuty kierowane do zasadności wydanych przez organ postanowień o przedłużeniu terminu zwrotu nie mogą być rozpoznane ani w postępowaniu dotyczącym bezczynności organu, ani przewlekłego prowadzenia postępowania, bowiem dotyczą one merytorycznej zasadności przedłużenia terminu zwrotu. Ta kwestia podlega natomiast kontroli w innym trybie.
Mając powyższe na względzie Sąd uznał, że skarga jest bezzasadna, gdyż w sprawie organ nie był w bezczynności, a w związku z tym na podstawie art. 151 p.p.s.a. orzekł jak w sentencji wyroku.