W postępowaniu sądowym wszczętym skargą na bezczynność organu lub na przewlekłe prowadzenie postępowania sąd nie bada zgodności z prawem określonego aktu lub czynności organu administracji, lecz poddaje kontroli ich brak w sytuacji, gdy organ miał obowiązek podjąć działanie w danej formie i w określonym przez prawo terminie, a także ocenia, czy działania podejmowane przez organ administracji w trakcie prowadzonego postępowania zmierzały do jej merytorycznego załatwienia. Kognicja sądu administracyjnego ogranicza się tu zatem do badania czy organ miał wynikający z przepisów prawa obowiązek wydania aktu lub podjęcia czynności i czy dokonał tego w terminie wynikającym z przepisów prawa materialnego, a także czy czynności organu podejmowane w ramach prowadzonego postępowania były zasadne i adekwatne do okoliczności sprawy.
W piśmiennictwie zwraca się uwagę na to, że celem rozszerzenia kognicji sądów administracyjnych o badanie przewlekłości postępowania/bezczynności przed organem administracji publicznej w sprawach indywidualnych było zdyscyplinowanie organów administracji w celu nadawania sprawnego biegu sprawom, a więc zrealizowania interesu publicznego (sprawnego funkcjonowania aparatu administracji publicznej), przy jednoczesnym polepszeniu sytuacji prawnej obywatela - przyznanie dodatkowego instrumentu prawnego służącego osiągnięciu jego interesu prawnego (por. P. Kornacki, Intertemporalne aspekty orzekania sądu administracyjnego w przedmiocie skargi na przewlekłość postępowania przed organem administracji publicznej, Zeszyty Naukowe Sądownictwa Administracyjnego rok VII nr 5 (38)/2011 r., s. 48). Nie oznacza to jednak, że jest to instrument do przymuszania organu do załatwienia sprawy zgodnie z oczekiwaniem strony.
Ordynacja podatkowa nie zawiera definicji bezczynności organu lub przewlekłego prowadzenia postępowania. W tym względzie w doktrynie i judykaturze powoływane są więc definicje legalne tych pojęć zawarte w ustawie – Kodeks postępowania administracyjnego jako adekwatne także na gruncie postępowań podatkowych. Zgodnie z definicją zawartą w art. 37 § 1 pkt 1 k.p.a., stan bezczynności zachodzi wówczas, gdy nie załatwiono sprawy w terminie określonym w art. 35 lub przepisach szczególnych ani w terminie wskazanym zgodnie z art. 36 § 1. W tym ujęciu dochowanie przez organ ustawowego terminu załatwienia sprawy, względnie jego sukcesywne przedłużanie z zachowaniem aktów staranności, wyklucza możliwość skutecznego postawienia organowi zarzutu bezczynności. W orzecznictwie podnosi się, że bezczynność ma miejsce wówczas, gdy organ w terminach określonych przepisami prawa, nie podejmuje żadnych czynności w sprawie lub wprawdzie prowadzi postępowanie, ale pomimo istnienia ustawowego obowiązku, nie zakończył go wydaniem w terminie decyzji, postanowienia lub też innego aktu, lub nie podjął stosownej czynności (por. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 25 lipca 2012 r., sygn. akt III SAB/Gl 3/12). Ustawowy obowiązek orzekania zachodzi zaś wówczas, gdy w sprawie obiektywnie zgromadzony został zupełnym materiał dowodowy. Bezczynność z natury rzeczy obejmować będzie również zawinione nieskuteczne, przewlekłe działania organu, w wyniku których doszło do niezałatwienia sprawy w terminie.
Przez pojęcie przewlekłego prowadzenia postępowania należy rozumieć natomiast sytuację prowadzenia postępowania w sposób nieefektywny poprzez wykonywanie czynności w dużym odstępie czasu bądź wykonywanie czynności pozornych powodujących, że formalnie organ nie jest bezczynny, ale podejmuje czynności dowodowe lub inne czynności ponad potrzebę wynikającą z istoty sprawy (por. J. P. Tarno, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, Komentarz, Warszawa 2012, str. 44; J. Drachal J. Jagielski, R. Stankiewicz, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, Komentarz pod red. R. Hausera i M. Wierzbowskiego, Warszawa 2011, str. 69-70). Organ podejmuje zatem działania, ale robi to opieszale lub skuteczność podejmowanych czynności jest wątpliwa. Ponadto o przewlekłości może świadczyć i to, że podejmowane przez organ czynności procesowe nie charakteryzują się koncentracją niezbędną w świetle art. 125 O.p., czy też organ nie dochowuje należytej staranności w takim zorganizowaniu postępowania administracyjnego, aby zakończyło się ono w rozsądnym terminie (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego: z 24 maja 2018r., sygn. akt II OSK 349/18, z 28 października 2016 r. sygn. akt I FSK 277/15).
W niniejszej sprawie skarżąca sformułowała zarzut bezczynności organu i w tym zakresie skarga strony ma charakter wiążący i wyznacza ramy sprawy podatkowej, zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a. Analiza skargi oraz akt sprawy prowadzi do wniosku, że w rozpoznawanej sprawie nie zaistniały okoliczności uzasadniające stwierdzenie bezczynności organu.
Kluczową kwestią wymagającą rozstrzygnięcia w sprawie pozostawało to, czy organ – wydając wyeliminowane w kontroli instancyjnej postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania – był zobligowany do zakończenia postępowania podatkowego w okresie 6 miesięcy od dnia złożenia wniosku o zwrot podatku, czyli od 30 maja 2025 r. (czego niewątpliwie nie uczynił), czy też – jak twierdzi organ – termin załatwienia sprawy winien być liczony od dnia zwrotu akt organowi pierwszej instancji po dokonanej kontroli instancyjnej wspomnianego postanowienia, a co za tym idzie – nie został on dotychczas przekroczony (upływa bowiem z 23 sierpnia 2026 r., bowiem jest na nowo liczony od daty zwrotu akt przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, co miało miejsce w dniu 23 lutego 2026 r.). Kolejnym zagadnieniem jest to, czy dotychczasowa aktywność organu, sprowadzająca się najpierw do wydania postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania podatkowego, a następnie – po zwrocie akt z postępowania zażaleniowego – do dwukrotnego wezwania strony o uzupełnienie wniosku, jest uzasadniona w świetle stanu sprawy i przepisów prawnomaterialnych stanowiących podstawę zwrotu podatku u źródła, czy też – jak twierdzi skarżąca – są to wyłącznie czynności pozorowane, pozostające nieistotnymi dla rozstrzygnięcia lub bezpodstawnie dublowanymi.
W ocenie Sądu, w tak zarysowanym sporze, pomimo zasadnie formułowanych przez stronę wątpliwości natury procesowej, rację przyznać należy organowi. O ile bowiem bezpodstawne jest stwierdzenie, że termin do załatwienia sprawy biegnie na nowo od chwili zwrotu akt z kontroli instancyjnej (jest to przecież ciągle ta sama sprawa podatkowa, którą zainicjował wniosek strony z 30 maja 2025 r.), o tyle nie można uznać, że organ pozostaje bezczynny, nawet przy założeniu wadliwości wydanego przez niego w dniu 24 października 2025 r. (a więc po 5 miesiącach od dnia złożenia wniosku) postanowienia o odmowie wszczęcia.
Bezpośredni związek z zasadą szybkości postępowania podatkowego ma art. 139 O.p., który wyznacza organom podatkowym terminy na załatwienie spraw, nawet tych szczególnie skomplikowanych i w ten sposób stanowi środek dyscyplinujący organy podatkowe, prowadzące dane postępowanie. Stosownie do art. 139 O.p., załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej – nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy niniejszej ustawy stanowią inaczej (§ 1). Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawianych przez stronę łącznie z żądaniem wszczęcia postępowania lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie (§ 3). Do terminów określonych w § 1-3 nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnień spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (§ 4). W razie, gdy organ nie załatwia sprawy we właściwym terminie (tj. w terminie określonym w art. 139 O.p.), to w myśl art. 140 § 1 O.p., ma obowiązek zawiadomić stronę, podając przyczyny niedotrzymania terminu i wskazując nowy termin załatwienia sprawy. Oczywiście art. 140 O.p. powinien być odczytywany w powiązaniu z art. 121 O.p. Ten ostatni przepis stanowi zaś, że postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (§ 1), a organy podatkowe w postępowaniu podatkowym obowiązane są udzielać niezbędnych informacji i wyjaśnień o przepisach prawa podatkowego pozostających w związku z przedmiotem tego postępowania (§ 2).
Szczególną procedurę związaną ze zwrotem podatku pobranego na zasadzie art. 26 ust. 2e u.p.d.o.p. (a taką właśnie treść ma wniosek strony, który wyznacza granice sprawy; nie jest to wniosek o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, który opiera się na zupełnie innej podstawie faktycznej i prawnej), reguluje przepis art. 28b tej ustawy. W ust. 5 przepis ten wskazuje, że w sprawie zwrotu organ wydaje decyzję. Jak z kolei stanowi art. 28b ust. 10 u.p.d.o.p., jeżeli wniosek o zwrot podatku nie budzi wątpliwości, organ podatkowy niezwłocznie dokonuje zwrotu kwoty wskazanej we wniosku bez wydania decyzji. Zwrot podatku, z zastrzeżeniem art. 28b ust. 7 u.p.d.o.p., następuje bez zbędnej zwłoki, nie później jednak niż w terminie 6 miesięcy od dnia wpływu wniosku o zwrot podatku. Przepis art. 139 § 4 O.p. stosuje się odpowiednio. Termin określony w zdaniu pierwszym biegnie na nowo od dnia wpływu zmienionego wniosku o zwrot podatku. Natomiast, zgodnie z art. 28b ust. 7 u,p.d.o.p., jeżeli posiadane informacje wskazują na wysokie prawdopodobieństwo niezasadności zwrotu oraz wyczerpano możliwości uzyskania informacji przesądzających o zasadności zwrotu na podstawie przepisów prawa krajowego, wskutek czego weryfikacja zasadności zwrotu nie jest możliwa w terminie 6 miesięcy od wpływu wniosku o zwrot, organ podatkowy może przedłużyć wskazany termin zwrotu podatku do czasu zakończenia weryfikacji wniosku o zwrot podatku w ramach kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego, w tym kontroli dokonywanej w państwie siedziby podatnika (przez odwołanie do ust. 9 tego przepisu). W zakresie nieuregulowanym w art. 28b ust. 1-15, 17 i 18 u.p.d.o.p. stosuje się odpowiednio przepisy art. 130, art. 131, art. 135, art. 140, art. 141, art. 143 oraz działu IV rozdziałów 1, 3a, 516, 17-20, 22 i 23 O.p. (art. 28b ust. 16 u.p.d.o.p.).
Z powyższego wynika, że ustawodawca odmiennie uregulował termin załatwienia sprawy, której przedmiotem jest zwrot pobranego podatku na podstawie art. 28b ust. 1 u.p.d.o.p. Termin ten (mający – co należy podkreślić – charakter instrukcyjny) został wydłużony do 6 miesięcy i biegnie na nowo od dnia wpływu zmienionego wniosku o zwrot podatku. Niezależnie od tego ustawodawca wskazał na niezbędne elementy wniosku, obowiązki dowodowe wnioskodawcy (art. 28b ust. 3 i 4 ustawy), ale też na możliwość i podstawę przedłużenia terminu wydania decyzji w związku z koniecznością weryfikacji wniosku. Jak wynika z art. 28b ust. 12 u.p.d.o.p., jeżeli do wniosku o zwrot podatku nie dołączono dokumentacji, o której mowa w ust. 4 (a ten obowiązek obciąża wnioskodawcę), organ podatkowy wzywa wnioskodawcę do usunięcia braków, z pouczeniem, że nieusunięcie tych braków spowoduje pozostawienie wniosku o zwrot podatku bez rozpatrzenia. W sprawie pozostawienia wniosku o zwrot bez rozpatrzenia wydaje się postanowienie, na które służy zażalenie. Zgodnie natomiast z art. 28b ust. 7 u.p.d.o.p., jeżeli posiadane informacje wskazują na wysokie prawdopodobieństwo niezasadności zwrotu oraz wyczerpano możliwości uzyskania informacji przesądzających o zasadności zwrotu na podstawie przepisów prawa krajowego, wskutek czego weryfikacja zasadności zwrotu nie jest możliwa w terminie, o którym mowa w ust. 6, organ podatkowy może przedłużyć wskazany termin zwrotu podatku do czasu zakończenia weryfikacji wniosku o zwrot podatku w ramach kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego, w tym kontroli, o której mowa w ust. 9. W celu weryfikacji zwrotu organ podatkowy niezwłocznie po otrzymaniu wniosku o zwrot podejmuje działania polegające w szczególności na: 1. wystąpieniu z wnioskiem o udzielenie informacji podatkowych do właściwego organu innego państwa, w tym w zakresie spełniania przez podatnika warunków będących przedmiotem oświadczeń, o których mowa w ust. 4 odpowiednio w pkt 4-6; 2.weryfikacji zgodności danych wskazanych we wniosku oraz danych posiadanych przez organ podatkowy lub uzyskanych na wniosek, o którym mowa w pkt 1, z warunkami niepobrania podatku, zastosowania zwolnienia lub stawki podatku, wynikającymi z przepisów szczególnych lub umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, których stroną jest Rzeczpospolita Polska, oraz na ustaleniu czy podatnik, o którym mowa w art. 3 ust. 2, prowadzi rzeczywistą działalność gospodarczą w kraju, w którym ma siedzibę dla celów podatkowych, przy czym przepis art. 26 ust. 1h stosuje się odpowiednio (art. 28b ust. 8 u.p.d.o.p.). Zgodnie z kolei z art. 28b ust. 9 ustawy, w przypadku gdy uzasadniają to okoliczności sprawy, w szczególności gdy pomimo podjętych działań nie zostały wyjaśnione wątpliwości dotyczące spełniania przez podatnika warunków niepobrania podatku, zastosowania zwolnienia lub stawki podatku, wynikających z przepisów szczególnych lub umów o unikaniu podwójnego opodatkowania, weryfikacja zasadności wniosku o zwrot podatku może obejmować również przeprowadzenie kontroli podatkowej na terytorium państwa siedziby podatnika dla celów podatkowych. Z powyższego wynika, że prawidłowa weryfikacja wniosku jest obowiązkiem organu, który posiada w tym celu określone uprawnienia. Podejmowane czynności mogą też bez wątpliwości wpłynąć na bieg i czas trwania postępowania.
Naczelny Sąd Administracyjny m.in. w wyroku z dnia 1 września 2020r., sygn. akt I FSK 845/20 podkreślił, że kompetencja do wskazania nowego terminu załatwienia sprawy, o której stanowi art. 140 O.p., może być realizowana tylko i wyłącznie na warunkach i zasadach określonych tym przepisem. Istocie tej kompetencji, determinowanej art. 120 i art. 125 O.p., sprzeciwia się jej nadużywanie wyrażające się w braku podstaw do jej wykonywania lub częstotliwości sięgania po nią, bez wskazania jasnych, racjonalnych i przekonujących argumentów. W związku z tym, w każdym przypadku wskazywania przyczyny niezałatwienia sprawy, a w szczególności w przypadku wielokrotnego przedłużania terminów załatwienia sprawy, obowiązkiem organu jest wskazanie na konkretne okoliczności i przesłanki, konkretne czynności dowodowe, które powinny być przeprowadzone w postępowaniu. Takie rozumienie powyższego przepisu (poprzez wskazanie konkretnych okoliczności) z jednej strony usprawiedliwia niezałatwienie przez organ sprawy w terminie, a z drugiej strony, co równie istotne, powinno powodować, iż dla strony postępowania czytelne są przesłanki warunkujące konieczność przedłużenia terminu załatwienia sprawy.
W niniejszej sprawie organ nie wydał postanowienia we wskazanym trybie, bowiem uznał, że termin do załatwienia sprawy jeszcze nie upłynął, tym samym nie podlega też przedłużeniu. Prezentowana koncepcja nie jest prawidłowa, bowiem – jak wskazano powyżej – sprawa została zainicjowana wnioskiem strony z 30 maja 2025 r. i powinna zostać zakończona w terminie 6 miesięcy od tej daty. Nie zmienia tego w żadnym razie wydanie postanowienia formalnie kończącego postępowanie podatkowe, skoro postanowienie to zostało wyeliminowane z obrotu prawnego. Okoliczność ta natomiast nie pozwala na stwierdzenie, że organ pozostawał bezczynny. W terminie wskazanym na załatwienie sprawy rozstrzygnął bowiem sprawę, choć przyjęta przez niego koncepcja prawna nie znalazła akceptacji organu wyższej instancji. Po zwrocie akt z postępowania instancyjnego termin do załatwienia sprawy biegł dalej. Organ bez wątpliwości nie dochował tych warunków terminowości zakończenia postępowania, bowiem po zwrocie akt przez organ odwoławczy dwukrotnie wystąpił do strony – wezwaniami z dnia 27 marca 2026 r. i 2 czerwca 2026 r. – o uzupełnienie wniosku. Jednocześnie zaniechał obowiązku związanego z zagwarantowaniem uprawnień strony do informacji o planowanych przez organ czynnościach i terminie, w którym sprawa będzie zakończona. Ma to szczególne znaczenie z punktu widzenia zasady zaufania, jak też z uwagi na wysokość kwoty zwrotu. Organ jest zobowiązany zawiadomić stronę o każdym przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie i podać przyczyny jego niedotrzymania ze wskazaniem nowego terminu załatwienia sprawy (art. 140 § 1 O.p.). Błędne przekonanie o tym, że organ pozostaje nadal w terminie do załatwienia sprawy nie sprawia, że jest zwolniony z tego obowiązku. Jego niedotrzymanie ma zatem charakter naruszenia przepisów procesowych. W niniejszej sprawie termin trwania postępowania bezspornie przekroczył więc czas wskazany w art. 28b ust. 6 u.p.d.o.p.. Od chwili wniesienia podania o zwrot do dnia ponaglenia upłynęło ponad 9 miesięcy, zaś postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania wydane zostało w okresie niemal 5 miesięcy od wpływu wniosku do organu. Nawet więc uwzględniając fakt trwania postępowania odwoławczego do 23 lutego 2026 r. (data zwrotu akt do organu pierwszej instancji), przyjąć należy, że postępowanie powinno zakończyć się do końca marca 2026 r. Na termin załatwienia sprawy bez wątpliwości miały jednak wpływ takie okoliczności, jak wystąpienia organu o uzupełnienie wniosku przez stronę. W pierwszym z nich – z dnia 27 marca 2026 r.- organ wezwał skarżącą do przedstawienia graficznej struktury grupy wraz z powiązaniami i wielkością udziałów w poszczególnych podmiotach powiązanych. Wbrew aktualnie prezentowanemu stanowisku spółka nie uznała tego działania za niecelowe, ale w zakreślonym terminie (9 kwietnia 2026 r.) złożyła stosowne wyjaśnienia. Kolejne wezwanie (pismo z 2 czerwca 2026 r.) zostało wystosowane przez organ w związku ze stwierdzonymi rozbieżnościami w sprawozdaniu finansowym za 2024 r. w wersji złożonej przez stronę i uzyskanej z rejestru LBR (Luksemburg Business Registers). Co prawda organ pierwszej instancji uprzednio wydał postanowienie z dnia 23 kwietnia 2026 r. w trybie art. 200 § 1 O.p. i wezwał stronę do wypowiedzenia się w przedmiocie zebranego materiału dowodowego (na co spółka stosownie zareagowała w piśmie z 12 maja 2026 r.), jednak dokumenty w postaci sprawozdań finansowych spółki za 2023 r. i 2024 r., pochodzące z rejestru LBR, przekazał Dyrektor Administracji Skarbowej przy piśmie z dnia 14 maja 2026 r. Organ pierwszej instancji był więc zobligowany do dokonania oceny tych nowości dowodowych, a stwierdzając niedokładności lub rozbieżności z materiałem dotychczas dostępnym, nie tylko mógł, ale też musiał je przy udziale strony wyjaśnić. Szczególnie, że dane sprawozdawcze stanowią zasadniczy materiał dowodowy w sprawie, w której dokonuje się oceny przesłanek zwolnienia podatkowego i decyduje o zwrocie podatku u źródła. Dane pochodzące z takich dokumentów stanowią podstawę rekonstrukcji istotnych w sprawie faktów oraz ocen organu. Wbrew zatem stanowisku strony, działania organu nie były motywowane wyłącznie chęcią przedłużenia postępowania, ale miały swoje uzasadnienie w zasadzie kompletności materiału dowodowego, wyrażonej w art. 122 i art. 187 § 1 O.p.
W ocenie Sądu, organ w przedstawionych realiach nie dopuścił się zarzucanej mu przez stronę bezczynności. Jakkolwiek nie wydał decyzji w terminie przewidzianym w ustawie podatkowej (6 miesięcy od daty złożenia wniosku), nie wydał też postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu załatwienia sprawy, to jednak równocześnie nie można uznać za zasadne twierdzeń skarżącej, że organ nie podejmował czynności procesowych zmierzających bezpośrednio do wyjaśnienia sprawy, pozorował jedynie aktywność, która nie była uzasadniona z punktu widzenia przedmiotu sprawy oraz zebranych w niej dowodów. Nie sposób zatem podzielić stanowiska, że były to czynności zbędne, pozornie podejmowane przez organ, który w ten sposób unikał jedynie wywiązania się z obowiązku wydania orzeczenia. Tym samym nie odpowiada prawdzie, że organ pozostawał w sprawie bezczynny. Podejmował bowiem uzasadnione okolicznościami czynności procesowe, szczególnie w okresie po zwrocie akt z kontroli instancyjnej. W tym względzie także dynamika tych czynności nie wzbudza wątpliwości, czego nie można już powiedzieć o początkowym etapie postępowania, bowiem organ przez okres niemal 5 miesięcy analizował materiał dowodowy przedstawiony przez stronę wraz z wnioskiem po to, by wydać następnie postanowienie kończące sprawę formalnie. Postanowienie to wydane zostało jednak przed upływem terminu do załatwienia sprawy, zaś jego wadliwość i sposób rozstrzygnięcia przez organ odwoławczy (przy zachowaniu procedury dwuinstancyjności postępowania) nie mogą – w ocenie Sądu – stanowić o zasadności argumentacji strony o bezczynności. W sprawie tej nie ocenia się natomiast dynamiki działań organu, co charakteryzuje sprawę o przewlekłość.
Mając na uwadze powyższe okoliczności, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. orzekł jak w wyroku.