Wojewódzki sąd administracyjny, zgodnie z art. 3 § 1 p.p.s.a., sprawuje kontrolę działalności administracji publicznej i stosownie do art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (tekst jedn. Dz. U. z 2019 r. poz. 2167, ze zm.), kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem (legalności), jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. W wyniku takiej kontroli decyzja/postanowienie mogą zostać uchylone w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a), b) i c) p.p.s.a.).
Uwzględnienie skargi może nastąpić również poprzez stwierdzenie nieważności decyzji lub postanowienia – w wypadku ustalenia, że zaskarżony akt jest dotknięty jedną z wad wymienionych w art. 156 § 1 k.p.a. lub w innych przepisach, np. w art. 247 § 1 o.p. (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.). Rozstrzygnięcie sądu nie wymaga w tym wypadku wcześniejszego ustalenia, że ujawniona wada miała wpływ na wynik sprawy.
Z przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. wynika z kolei, że Sąd badając legalność zaskarżonego aktu nie jest związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a. (który w niniejszej sprawie nie ma zastosowania). Nie może przy tym wydać orzeczenia na niekorzyść strony skarżącej, chyba że dopatrzy się naruszenia prawa skutkującego stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności. Wykładnia powołanego wyżej przepisu wskazuje, że Sąd ma prawo, ale i obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został w skardze podniesiony.
Spór w sprawie dotyczy wykładni art. 14e §1a pkt 2 O.p., a dokładniej zakresu, w jakim konieczne jest stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w sytuacji, gdy jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym zachodzi jedynie w przypadku części (nie wszystkich) wskazanych w interpretacji indywidualnych zagadnień.
Zdaniem Dyrektora każdorazowo konieczne jest stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, w szczególności w sytuacji, gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zagadnień, a jedynie jedno z nich jest sprzeczne ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej, interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości.
Wedle Skarżącej natomiast w takiej sytuacji zasadne jest stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji jedynie w zakresie sprzecznym ze stanowiskiem zawartym w interpretacji indywidualnej.
Na tle tak zdefiniowanego sporu rację należy przyznać Skarżącej wskazując, że wskazana kwestia była już przedmiotem analizy w orzecznictwie sądów administracyjnych.
Zgodnie z dyspozycją art. 14a § 1 O.p. minister właściwy do spraw finansów publicznych dąży do zapewnienia jednolitego stosowania przepisów prawa podatkowego przez organy podatkowe, w szczególności poprzez dokonywanie ich interpretacji z urzędu lub na wniosek (interpretacje ogólne), uwzględniając przy tym orzecznictwo sądów, Trybunału Konstytucyjnego lub Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Według art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Potrzeba wydania z urzędu interpretacji ogólnej uzasadniona jest szczególnie wtedy, gdy w tożsamych stanach faktycznych wydawane są rozbieżne interpretacje indywidualne lub zapadają rozbieżne wyroki sądów, bądź też wydawane interpretacje są sprzeczne z utrwaloną linią orzeczniczą sądów. Interpretacja ogólna staje się narzędziem pozwalającym wówczas na wyeliminowanie z obrotu tych interpretacji indywidualnych, które są sprzeczne z taką utrwaloną linią orzeczniczą, poprzez stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej niezgodnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym.
Z treści art. 14e ust. 1a pkt 2 O.p. wynika, że organ może (nie musi – ustawodawca pozostawił w tym zakresie luz decyzyjny) stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej przy spełnieniu łącznie dwóch przesłanek: jeżeli interpretacja ta jest niezgodna z interpretacją ogólną i jeżeli ta ostatnia wydana została w takim samym stanie prawnym. W postępowaniu dotyczącym stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie ww. przepisu organ zobowiązany jest porównać treść interpretacji indywidualnej i ogólnej pod kątem stanu prawnego oraz tożsamości zagadnień podatkowych (por. wyrok NSA z 20 kwietnia 2023 r., sygn. akt II FSK 2732/20, czy też wyrok WSA w Poznaniu z 13 sierpnia 2020 r., sygn. akt I SA/Po 332/20).
Jak zauważył NSA w wyroku z 20 czerwca 2024 r., II FSK 268/24, brak jest podstaw do wniosku, że jakakolwiek (każda) niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną nawet nieistotna z punktu widzenia racjonalnego ustawodawcy dotycząca innych sfomułowań użytych w tych aktach, które to różnice same w sobie nie wskazują na sprzeczność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - stanowi podstawę do zastosowania art. 14e §1a pkt 2 O.p. Musi to być, jak stwierdził NSA niezgodność znacząca (o charakterze istotnym) uzasadniająca pozbawienie podatnika praw nabytych, tj. ochrony przewidzianej w art. 14k O.p. Przepis ten nie może być zatem stosowany przez Dyrektora KIS w sposób dowolny, a przy tym niekorzystny dla podatnika, bez jednoznacznego wykazania przez organ działający z urzędu w ramach uznania administracyjnego, że zaistniały wszystkie przesłanki wymienione w jego treści.
W tym miejscu przypomnieć należy, czym jest interpretacja indywidualna. Na podstawie art. 14b § 1 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, na wniosek zainteresowanego, wydaje, w jego indywidualnej sprawie, interpretację przepisów prawa podatkowego (interpretację indywidualną). Z uwagi na treść art. 14c § 1 O.p., interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie.
Nie może budzić wątpliwości istota wydanej przez Ministra Finansów interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r., DD8.8203.1.2021. Minister, uwzględniając orzecznictwo sądów administracyjnych, przyjął w niej korzystną wykładnię art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. i art. 18d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p. w zakresie możliwości zaliczania do kosztów kwalifikowanych ulgi na działalność badawczo-rozwojową, poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, za czas urlopów i innych usprawiedliwionych nieobecności pracownika oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. Minister uznał, że należy się zgodzić ze stwierdzeniem prezentowanym w orzecznictwie, że zarówno czas urlopu jak i czas zwolnienia chorobowego, za które przysługuje wynagrodzenie chorobowe, nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są czasem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające z zatrudnienia, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane, czy to z wypłatą wynagrodzenia, czy z odprowadzaniem składek z tytułu zatrudnienia. W świetle powyższego, nie ma zatem podstaw prawnych do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należności poniesionych przez pracodawcę, stanowiących, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, przychód pracownika realizującego działalność badawczo-rozwojową, a uzyskanych, gdy nie świadczy on pracy z powodu usprawiedliwionej nieobecności.
Jak wynika z akt sprawy, wniosek spółki o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczył kilku zagadnień. Mianowicie, spółka pytała:
1) Czy prace realizowane w ramach działalności Wnioskodawcy, rozpoznawane wewnętrznie przez Spółkę jako Działalność B+R, stanowią działalność badawczo-rozwojową, w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT, a w konsekwencji, czy Koszty kwalifikowane tych prac objęte są ulga opisaną w art. 18d ust. 1 ustawy o CIT ("Ulga B+R")?
2) Czy wynagrodzenia Pracowników bezpośrednio wykonujących prace w ramach Działalności B+R wraz z ich pochodnymi, w tym premie zadaniowe, wynagrodzenie za nadgodziny, nagrody uznaniowe, nagrody regulaminowe, koszty benefitów i świadczeń o charakterze niepieniężnym (takie jak karnety sportowe, dofinansowanie do prywatnej opieki medycznej), ekwiwalentny za niewykorzystany urlop, składki PPK, nagrody jubileuszowe, odprawy zwalnianego oraz czy wynagrodzenia Współpracowników (z wyłączeniem zaliczonych do kosztów uzyskania przychodów w 2016 r. i 2017 r.) bezpośrednio wykonujących prace B+R, wraz z ich pochodnymi, w tym premie, nagrody i składki PPK, a także sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o SUS w odniesieniu do Pracowników i Współpracowników, stanowią Koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 oraz pkt la ustawy o CIT ("Koszty kwalifikowane")?
3) Czy wynagrodzenia Pracowników sprawujących funkcje kierownicze nad Działalnością B+R wraz z ich pochodnymi, w tym premie zadaniowe, wynagrodzenie za nadgodziny, nagrody uznaniowe, nagrody regulaminowe, koszty benefitów i świadczeń o charakterze niepieniężnym (takie jak karnety sportowe, dofinansowanie do prywatnej opieki medycznej), ekwiwalentny za niewykorzystany urlop, składki PPK, nagrody jubileuszowe, odprawy zwalnianego, a także sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o SUS w odniesieniu do Pracowników, stanowią Koszty kwalifikowane?
4) Czy amortyzacja podatkowa komputerów użytkowanych przez Pracowników oraz Współpracowników na potrzeby prowadzonej Działalności B+R stanowi Koszty kwalifikowane?
Dyrektor KIS wydał Interpretację, w której stwierdził, że stanowisko przedstawione przez Spółkę jest prawidłowe. Innymi słowy, Dyrektor KIS uznał, że kosztami kwalifikowalnymi są wszystkie ponoszone przez Spółkę koszty związane z:
• działalnością B+R uznaną za działalność badawczo-rozwojową zgodnie z art. 4a pkt 26 u.p.d.o.p.;
• wynagrodzeniami Pracowników i Współpracowników bezpośrednio realizujących prace B+R, w tym m.in. premie, świadczenia niepieniężne, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i składki PPK;
• wynagrodzeniami Pracowników sprawujących funkcje kierownicze nad Działalnością B+R, wraz z ich pochodnymi;
• amortyzacją komputerów użytkowanych na potrzeby Działalności B+R.
W przekonaniu Sądu, w przypadku interpretacji, które oprócz zagadnienia będącego przedmiotem analizy w interpretacji ogólnej, dotyczą także szeregu innych zagadnień, nie ma przeszkód, by organ wydał postanowienie o wygaśnięciu interpretacji w części. Sąd nie podziela poglądu, że właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. powinna prowadzić do wniosku, iż organ nie miał prawa stwierdzić wygaśnięcia tylko części interpretacji indywidualnej. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Nieracjonalne byłoby, gdyby za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ miałby stwierdzić jej wygaśnięcie w całości. Ze wskazanych wyżej przyczyn zastosowanie reguł wykładni systemowej i funkcjonalnej prowadzi do wniosku, że przepis art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej umożliwia stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części, jeżeli interpretacja ogólna dotyczy tylko części zagadnień wyjaśnionych w interpretacji indywidualnej.
Przesłanką zastosowania wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jest jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Gdyby przyjąć, że interpretacja indywidualna jest niezgodna z ogólną tylko w części, a organ zobligowany jest stwierdzić jej wygaśnięcie w całości - to orzekałby o wygaśnięciu interpretacji również w części prawidłowej, w zakresie, w jakim interpretacja indywidualna daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony. Skoro organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do jej części (por. wyrok NSA z 8 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 1158/21). Stanowisko organu interpretacyjnego w zakresie konieczności wygaszenia spornej interpretacji w całości narusza w przekonaniu Sądu zasadę proporcjonalności, bowiem zmusza spółkę do ponownego składania wniosku o wydanie interpretacji, jak wniosek złożony uprzednio, pozbawia ją ochrony prawnej wynikającej z wydanej interpretacji i naraża na koszty.
Dodać należy, że w orzecznictwie sądów administracyjnych szeroko prezentowany jest pogląd o możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidulanej w części (por. np. wyroki NSA: z 13 lipca 2023 r., sygn. II FSK 224/21, z 8 sierpnia 2023 r. sygn. II FSK 1157/21 oraz II FSK 1158/21, wyrok WSA we Wrocławiu z 6 lutego 2025 r., sygn. I SA/Wr 746/24).
Mając na uwadze powyższe należy stwierdzić, że w niniejszej sprawie doszło do naruszenia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. poprzez jego niewłaściwą wykładnię i zastosowanie (co stanowi naruszenie prawa materialnego), w efekcie czego doszło również do naruszenia przepisów postępowania (wadliwego zastosowania ww. przepisu, braku uchylenia zaskarżonego postanowienia zgodnie z art. 233 § 2 w zw. z art. 239, art. 14e § 3 oraz art. 14h O.p.). Organ interpretacyjny błędnie uznał, że każdorazowo konieczne jest stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, w szczególności w sytuacji, gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zagadnień, a jedynie jedno z nich jest sprzeczne ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej, interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości.
Ponownie rozpoznając sprawę organ uwzględni ocenę prawną wynikającą z niniejszego wyroku, co w szczególności oznaczać będzie konieczność uznania, że organ na podstawie art. 14e §1a pkt 2 O.p. stwierdza wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w takiej części (zakresie), w jakim jest ona niezgodna z interpretacją ogólną.
Mając powyższe na uwadze, Sąd uchylił zaskarżone postanowienie na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit c p.p.s.a., jak również postanowienie je poprzedzające – na podstawie art. 135 p.p.s.a. O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 i § 4 p.p.s.a.