Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
skarga nie zasługiwała na uwzględnienie.
8. Spór w sprawie dotyczył zarzutu nieistnienia obowiązku objętego tytułem wykonawczym w zakresie wysokości odsetek za zwłokę naliczonych i wskazanych w tytule wykonawczym z pominięciem okresu, w którym odsetki nie powinny być naliczone tj. za okres trwania kontroli celno-skarbowej. W sprawie podstawę prawną dochodzonego obowiązku stanowi decyzja z [...] grudnia 2024 r., którą Szef Krajowej Administracji Skarbowej uchylił decyzję Szefa Krajowej Administracji Skarbowej z [...] sierpnia 2024 r. i określił Skarżącemu wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r. w kwocie 2.901.732,00 zł. Sporne w sprawie jest również rozstrzygnięcie, czy do kontroli celno-skarbowej zastosowanie znajduje art. 54 § 1 pkt 7 O.p. Zdaniem organów, działający na podstawie i w granicach prawa wierzyciel nie miał żadnych podstaw prawnych do zastosowania przerw za okres trwania kontroli celno-skarbowej przy naliczaniu odsetek za zwłokę na dzień wystawienia tytułu wykonawczego. Zdaniem organów sytuacja podatników różni się z tego powodu, że możliwość nienaliczania odsetek za zwłokę była zależna od rodzaju organu prowadzącego postępowanie. W ocenie natomiast Skarżącego wszczęcie i prowadzenie postępowania egzekucyjnego nastąpiło wobec nieistniejącego obowiązku, którego tytuł wykonawczy dotyczył, kwoty odsetek za okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej, które nie powinny zostać naliczone ze względu na przekroczenie przez kontrolujących ustawowego terminu prowadzenia tej kontroli. Rację w sporze w powyższym zakresie należało przyznać organom egzekucyjnym.
9. Zgodnie z art. 51 § 1 Ordynacji podatkowej, podatek niezapłacony w terminie płatności stanowi zaległość podatkową. W myśl art. 53 § 1 Ordynacji podatkowej, od zaległości podatkowych naliczane są odsetki za zwłokę. Przy czym – jak stanowi art. 53 § 4 Ordynacji podatkowej, odsetki za zwłokę naliczane są od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności podatku. Termin płatności podatku dochodowego od osób prawnych za 2018 roku upływał 1 kwietnia 2019 r. (poniedziałek). Stosownie bowiem do 27 ust. 1 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U.2022.2587, dalej: "ustawa o CIT"), podatnicy są obowiązani składać urzędom skarbowym zeznanie, według ustalonego wzoru, o wysokości dochodu osiągniętego (straty poniesionej) w roku podatkowym - do końca trzeciego miesiąca roku następnego i w tym terminie wpłacić podatek należny albo różnicę między podatkiem należnym od dochodu wykazanego w zeznaniu a sumą należnych zaliczek za okres od początku roku. Podstawę prawną dochodzonego obowiązku stanowi decyzja z [...] grudnia 2024 r., którą Szef Krajowej Administracji Skarbowej uchylił decyzję Szefa Krajowej Administracji Skarbowej z [...] sierpnia 2024 r. i określił Skarżącemu wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r. w kwocie 2.901.732,00 zł. Sąd wskazuje, że niewypełnienie obowiązków w terminie i we właściwej (przewidzianej przepisami prawa) wysokości uzasadnia wydanie decyzji przez organ podatkowy na podstawie art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 9 grudnia 2020 roku w sprawie o sygn. akt II FSK 2066/18). Zgodnie natomiast z art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej, jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, albo powstałego zobowiązania nie wykazano, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Wydanie decyzji przez Szefa KAS nie zmienia okoliczności prawnej, że zobowiązanie (w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2018 r.) powstało wcześniej i powinno zostać wykonane w terminach i wysokości przewidzianej w przepisach prawa. Brak zapłaty przez Skarżącego podatku w terminie do 1 kwietnia 2019 r uzasadniało naliczenie odsetek od 2 kwietnia 2018 r.
10. Sąd orzekający w sprawie nie podziela stanowiska Skarżącego, zgodnie z którym wszczęcie i prowadzenie postępowania egzekucyjnego nastąpiło wobec nieistniejącego obowiązku, którego tytuł wykonawczy dotyczył, a mianowicie kwoty odsetek za okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej, które nie powinny zostać naliczone ze względu na przekroczenie przez kontrolujących ustawowego terminu prowadzenia tej kontroli. Odnośnie do podnoszonej w skardze możliwości zastosowania na podstawie art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej przerw w naliczaniu odsetek, Sąd także podzielił stanowisko organów. Organy orzekające prawidłowo bowiem uznały, że w obowiązującym stanie prawnym nie ma podstaw do zastosowania powyższego przepisu w kontroli celno–skarbowej. Zgodnie z treścią art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej, odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. W oparciu o ten przepis, w sprawie niniejszej została zastosowana przerwa w naliczaniu odsetek za czas trwania postępowania podatkowego, tj. od 10 czerwca 2024 r. (data wszczęcia postępowania podatkowego przez Szefa KAS) do 10 września 2024 r. (data doręczenia stronie decyzji Szefa KAS jako organu I instancji); od 25 listopada 2024 r. (dzień następny po upływie 2 miesięcy od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy) do 25 grudnia 2024 r. (data doręczenia stronie decyzji Szefa KAS jako organu I instancji). W myśl art. 54 § 1 pkt 2, 3 i 7 O.p., odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 227 § 1, do dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy; za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego, jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3; za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.
11. Stanowisko Skarżącego zasadniczo sprowadzało się do tego, że skoro w poprzednio funkcjonującej kontroli skarbowej TK w wyroku z 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10 uznał, że art. 31 ust. 1 ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 Ordynacji podatkowej jest niezgodny z Konstytucją RP - a od 1 lipca 2010 r. weszła w życie nowelizacja art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, na mocy której postanowiono, że art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej będzie znajdował zastosowanie także do postępowania kontrolnego – to za zastosowaniem art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej także do kontroli celno-skarbowej uregulowanej w ustawie o KAS od 1 stycznia 2017 r., przemawiają zarówno rezultaty wykładni dokonywanej z uwzględnieniem unormowań konstytucyjnych, jak również względy celowościowe. W skardze do Sądu Fundusz powołał się w tym zakresie na wyrok WSA w Krakowie z 19 października 2022 r., sygn. akt I SA/Kr 594/22. Należy zauważyć, że ten pogląd podzielił także m.i.n. WSA w Łodzi w wyroku z 7 marca 2024 r., sygn. akt I SA/Wa 3/24.
12. Sąd orzekający w tej sprawie powyższego poglądu natomiast nie podziela. W stanie prawnym obowiązującym w sprawie nie było podstawy aby przepisem art. 54 § 1 pkt 7 O.p. obejmować kontrolę celno-skarbową. Kontrolę celno-skarbową należy bowiem traktować jak odpowiednik kontroli podatkowej, uregulowanej w Rozdziale VI Działu IV Ordynacji podatkowej. Przekroczenie czasu prowadzenia tej kontroli nie skutkuje nienaliczaniem odsetek za zwłokę. Na powyższe trafnie wskazał WSA w Białymstoku w wyroku z 17 kwietnia 2024 r., o sygn. akt I SA/Bk 60/24. Sąd orzekający w tej sprawie w pełni podziela argumentację przytoczoną w powyższym wyroku WSA w Białymstoku o sygn. akt I SA/Bk 60/24, uznając ją za własną, i wykorzystując ją poniżej na potrzeby analizowanego zagadnienia w niniejszej sprawie. I tak, przepis art. 54 Ordynacji podatkowej wprowadza wyjątki od zawartej w art. 53 § 1 Ordynacji podatkowej zasady naliczania odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych. Wyłączenia zostały wymienione w sposób enumeratywny. Przepis art. 54 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej wskazuje na okres postępowania odwoławczego, jeśli postępowanie to nie zostanie zakończone w odpowiednim terminie, zaś podnoszony w sprawie przepis art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej wyłącza z naliczania odsetek okres prowadzonego postępowania podatkowego, jeśli decyzja nie zostanie doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Zarówno postępowanie odwoławcze, jak i postępowanie podatkowe to procedury, które zostały nazwane i uregulowane w Ordynacji podatkowej (dział IV został nazwany Postępowanie podatkowe, a w dziale tym znajduje się Rozdział XV, który reguluje postępowanie odwoławcze). Ustawodawca tylko w przypadku postępowania podatkowego i postępowania odwoławczego uznał za właściwe, w przypadku przekroczenia przez organ terminów ich prowadzenia, nienaliczanie za cały okres trwania tych postępowań odsetek za zwłokę. Zapisu takiego nie wprowadził do żadnej z procedur kontrolnych, w szczególności kontroli podatkowej czy kontroli celno-skarbowej. W przypadku tych procedur skutkiem przekroczenia terminu ich prowadzenia jest jedynie to, że dokumenty dotyczące czynności kontrolnych dokonanych po upływie tego terminu nie stanowią dowodu w postępowaniu podatkowym (art. 284b § 3 Ordynacji podatkowej, art. 63 ustawy o KAS). Na podkreślenie zasługuje to, że przepis art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej wyraźnie w stanie prawnym obowiązującym w sprawie odnosi się wyłącznie do postępowania podatkowego i nie obejmuje swym zakresem ani kontroli podatkowej, ani kontroli celno-skarbowej. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej słusznie zauważył, że wskazany przepis nie został wymieniony w art. 94 ust. 1 ustawy o KAS, odsyłającym do stosowania w kontroli celno-skarbowej w zakresie nieuregulowanym w ustawie o KAS przepisów Ordynacji podatkowej. Tym samym żaden przepis prawa nie uprawnia do wyłączenia odsetek za zwłokę okresu obejmującego czas trwania kontroli celno-skarbowej.
13. Konkluzji tej nie zmienia przywoływany przez Skarżącego wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r., sygn. SK 2/10. Wyrok ten został wydany na gruncie nieobowiązującej już ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r., Nr 41, poz. 214 i Nr 53, poz. 273). Trybunał stwierdził w nim, że art. 31 ust. 1 wymienionej ustawy w brzmieniu nadanym ustawą z 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302), w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, ze zm.), jest niezgodny z art. 84 w związku z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji RP. TK uznał, że przyjęta w kwestionowanej regulacji zasada naliczania odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji także wtedy, gdy nie została ona doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe, w stosunku do których odsetki nie są za wymienione okresy naliczane. Różnicowanie, w kwestionowanym przepisie, sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy. Podkreślić należy natomiast, że powyższy wyrok TK zapadł w innym stanie prawnym, gdy postępowanie kontrolne prowadzone przez urząd kontroli skarbowej kończyło się wydaniem decyzji i nie było wyodrębnionego postępowania podatkowego. Sytuacja podatników różniła się z tego powodu, że możliwość nienaliczania odsetek za zwłokę była zależna od rodzaju organu prowadzącego postępowanie. W niniejszej sprawie kontrolę celno-skarbową prowadził w oparciu o przepisy ustawa o KAS, a nie przepisy ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. 2016, poz. 720 ze zm.), która przestała obowiązywać 1 marca 2017 r., a do której przepisu art. 31 ust. 1 odnosił się bezpośrednio wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10. Zgodnie natomiast z przepisami mającymi zastosowanie w niniejszej sprawie, tj. art. 94 ust. 1 pkt 1-3 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2023 r. poz. 615zezm.: dalej: "ustawa o KAS"), w zakresie nieuregulowanym do kontroli celno-skarbowej stosuje wskazane przepisy Ordynacji podatkowej. Naczelnik urzędu celno-skarbowego po zakończeniu czynności kontrolnych dokonanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, sporządza wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno- skarbową. W myśl art. 83 ust. 1 ustawy o KAS, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe. Do tego postępowania podatkowego, stosownie do art. 94 ust. 2 ustawy o KAS, mają odpowiednie zastosowanie przepisy Ordynacji podatkowej, w tym również przepis art. 54 § 1 pkt 7 tej ustawy. Kontrolę celno-skarbową należy aktualnie traktować jak odpowiednik kontroli podatkowej uregulowanej w Rozdziale VI Działu IV Ordynacji podatkowej. Przekroczenie czasu prowadzenia tej kontroli nie skutkuje nienaliczaniem odsetek za zwłokę. Powyższej oceny prawnej nie zmienia okoliczność, że w tych sprawach, w których ustalone zostaną okoliczności wskazujące na możliwość wydania decyzji z zastosowaniem art. 119a Ordynacji podatkowej, Naczelnik MUS występuje do Szefa KAS o przejęcie kontroli celno–skarbowej (jak w sprawie niniejszej). Szef KAS bowiem przejmuje kontrolę celno-skarbową, która może przekształcić się w postępowanie podatkowe. Kontrola celno–skarbowa nie kończy się zatem wydaniem decyzji, ustawodawca wyodrębnił po jej zakończeniu kolejny etap postępowania jakim jest postępowanie podatkowe. Odstąpienie od naliczania odsetek za czas trwania postępowania kontrolnego jakim jest kontrola celno-skarbowa wymagałoby zmiany ustawodawczej. W sprawie nie ma więc podstawy prawnej do tego, aby zapisy art. 54 § 1 pkt 7 O.p. rozciągać na czas trwania kontroli celno-skarbowej. Przyjęcie przez sąd administracyjny, że wskazany przepis art. 54 § 1 pkt 7 O.p. znajduje zastosowanie również w postępowaniach kontrolnych oznaczałoby wkraczanie przez sąd w kompetencje władzy ustawodawczej, co należy uznać za niedopuszczalne. Z powyżej przytoczonych względów sąd orzekający w sprawie niniejszej nie podzielił zapatrywań WSA w Krakowie wyrażonych w wyroku z 19 października 2022 r., sygn. akt I SA/Kr 594/22, jak i poglądu WSA w Łodzi wyrażonego w wyroku z 7 marca 2024r., sygn. akt I SA/Łd 3/24. Mając na uwadze powyższe, sąd doszedł do przekonania, że zaskarżone postanowienie w pełni odpowiada prawu. W rezultacie nie zasługiwały na uwzględnienie także zarzuty skargi dotyczące naruszenia art. 33 § 2 pkt 1 u.p.e.a. w związku z art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej oraz art. 32 ust. 1 w związku z art. 84 oraz art. 64 ust. 1 i 2, a także art. 2, art. 31 ust. 3 Konstytucji RP, poprzez naliczenie odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej za okres kontroli celno-skarbowej.
14. Należy także zauważyć, że na podstawie przepisów ustawy z 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (Dz. U poz. 1414) od 4 listopada 2025 r., odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych nie będzie naliczać się w przypadku niezakończenia kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej w terminie 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia - za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia jej zakończenia.
15. Z tym wyjątkiem, że do tego terminu i tego okresu nie wlicza się: terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności; okresów zawieszenia kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej, z wyjątkiem: okresu zawieszenia przejętej przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej, jeżeli w sprawach określonych w art. 119g § 1 Ordynacji podatkowej może być wydana decyzja dotycząca unikania opodatkowania – w sytuacji gdy Szef Krajowej Administracji Skarbowej umorzył postępowanie podatkowe w przypadku unikania opodatkowania i przekazał organowi podatkowemu zawieszoną kontrolę podatkową lub kontrolę celno-skarbową, okresu zawieszenia kontroli podatkowej związanego z nieustaleniem danych identyfikujących kontrolowanego; okresów opóźnień spowodowanych z winy strony lub jej przedstawiciela albo z przyczyn niezależnych od organu. Zgodnie z treścią przepisu przejściowego znowelizowane przepisy stosuje się również do kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej, wszczętej w okresie 6 miesięcy przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy i niezakończonej przed tym dniem. W ocenie Sądu powyższa zmiana legislacyjna, która weszła w życie dopiero 4 listopada 2025 r. w sposób jednoznaczny reguluje okresy powstania prawa do odsetek; potwierdzając tym samym, że przed nowelizacją takiej woli ustawodawcy co do okresów naliczania odsetek nie było. Powyższe potwierdza, że stanowisko organów w rozpoznawanej sprawie było zgodne z prawem. Na podkreślenie zasługuje także to, że Sąd nie dopatrzył się w sprawie jednoznacznej niekonstytucyjności uprzedniego milczenia ustawodawcy w spornej kwestii, uznając, że istnieją równie zasadne argumenty wskazujące na brak prawa do odsetek przy kontroli celno skarbowej jak i argumenty przemawiające za takim postulatem.
16. W tym stanie sprawy orzeczono jak w sentencji wyroku na podstawie art. 151 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U.2023.1634 ze zm.). Podstawą rozpoznania skargi w trybie uproszczonym był art. 119 pkt 3 p.p.s.a.