3.5. W wyroku z 13.10.2022 r. w sprawie MC, C-1/21, ECLI:EU:C:2022:788, TSUE wskazał, że "pobór odsetek za zwłokę w przypadku niezapłacenia VAT w wiążących terminach ustanowionych w przepisach [dyrektywy Rady 2006/112/WE z 28.11.2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, Dz.U. 2006, L 347, s. 1 ze zm.; "dyrektywa 2006/112/WE"] przyczynia się do zapewnienia prawidłowego poboru tego podatku zgodnie z art. 273 tej dyrektywy" (pkt 88) – ponieważ "pozwala (...) na wyrównanie szkody poniesionej przez skarb państwa w wyniku braku możliwości dysponowania kwotami VAT zapłaconymi po terminie za okres od dnia, w którym kwoty te stały się należne, do dnia ich rzeczywistego uiszczenia (zob. analogicznie wyroki: z 19.7.2012 r., Littlewoods Retail i in., C-591/10, EU:C:2012:478, pkt 25, 26; a także z 28.2.2018 r., Nidera, C-387/16, EU:C:2018:121, pkt 25)" – pkt 89. Następnie "pobór odsetek za zwłokę skłania również zainteresowane osoby do zapłaty VAT w wiążących terminach ustanowionych w przepisach dyrektywy [2006/112/WE] lub możliwie jak najszybciej po upływie tych terminów" – pkt 90. Orzekł więc, że "zapłata odsetek za zwłokę może stanowić odpowiednią sankcję w wypadku niezapłacenia VAT w wiążących terminach, o ile sankcja ta nie wychodzi poza to, co jest konieczne do osiągnięcia celu polegającego na zapewnianiu prawidłowego poboru VAT i zapobieganiu oszustwom podatkowym (zob. podobnie wyroki: z 12.7.2012 r., EMS-Bulgaria Transport, C-284/11, EU:C:2012:458, pkt 75; z 17.7.2014 r., Equoland, C-272/13, EU:C:2014:2091, pkt 46)" – pkt 91. Ostatecznie zdaniem Trybunału "pobór odsetek za zwłokę przyczynia się do zwalczania niepłacenia w wyznaczonych terminach zadeklarowanych kwot VAT, zgodnie z ciążącym na państwach członkowskich, w szczególności na mocy art. 273 dyrektywy [2006/112/WE] i art. 325 ust. 1 TFUE, obowiązkiem podjęcia wszelkich legislacyjnych i administracyjnych kroków mogących zapewnić pełny pobór VAT na ich terytorium i zwalczanie przestępczości podatkowej" – pkt 92.
3.6. Zatem naliczanie odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej podlega ocenie z punktu widzenia art. 273 dyrektywy 2006/112/WE. Trybunał identyfikuje znane także polskiej doktrynie funkcje tego środka: kompensacyjną, prewencyjną i represyjną. W ich świetle stwierdza, że obciążenie zaległości podatkowej koniecznością zapłaty przez podatnika (dodatkowo do tej zaległości podatkowej) oprocentowania (odsetek za zwłokę) jest co do zasady dopuszczalne – z tym tylko zastrzeżeniem, że sposób jego naliczania i wynikająca z tego sposobu dolegliwość muszą być proporcjonalne do celu.
3.7. Tak też przyjmuje się w orzecznictwie sądów administracyjnych (por. wyrok NSA z 16.12.2009 r., I FSK 1172/08; z 24.02.2010 r., I FSK 2035/08; z 9.06.2011 r., I FSK 914/10; z 31.8.2011 r., I FSK 1195/10; z 19.10.2011 r., I FSK 1095/10; z 6.3.2012 r., I FSK 666/11; 14.05.2014 r., I FSK 832/13; w nowszym orzecznictwie wyrok NSA z 31.1.2023 r., I FSK 2006/19; przywołany w skardze wyrok NSA z 7.12.2023 r., I FSK 512/23; wyroki WSA w Gdańsku z: 16.11.2021 r., I SA/Gd 907/21; 30.11.2022 r., I SA/Gd 833/22; wyrok WSA w Warszawie z 16.7.2025 r., III SA/Wa 878/25; wyroki prawomocne).
3.8. Z powyższymi poglądami Sąd w pełni się utożsamia (podziela je w całej rozciągłości) – i zgadza się ze Skarżącą, że przytoczone wyżej argumenty zachowują aktualność nie tylko w identycznych stanach faktycznych, lecz też w innych, w których występuje błąd w rozliczeniu podatku od towarów i usług, a uszczerbek finansowy po stronie związku publicznoprawnego (czyli wspólnoty) nie wystąpił wcale lub wystąpił tylko w ograniczonym stopniu (por. wyrok WSA w Warszawie z 29.8.2018 r., III SA/Wa 3403/17, prawomocny).
Zgadza się również, że taka sytuacja wystąpi również, gdy "do tego uszczerbku nie doszło z uwagi na przyjęty sposób rozliczeń po dwóch stronach tej samej transakcji - tj. dostawcy i nabywcy" (s. 8 skargi).
W efekcie błędne jest stanowisko DIAS, że "[p]rzedmiotem rozstrzygania w (...) sprawie muszą być działania lub zaniechania [p]odatnika, niemożliwe jest więc kreowanie sytuacji [s]trony w oparciu o stan faktyczny u innego podatnika podatku od towarów i usług" (s. 11 zaskarżonej decyzji).
3.9. W sprawie do uszczerbku finansowego Skarbu Państwa (wspólnoty) nie doszło wcale albo doszło wprawdzie, lecz w niewielkim tylko wymiarze, a wadliwość rozliczenia podatkowego wynikała z technicznego błędu (co do czego strony są zgodne – por. s 9 zaskarżonej decyzji).
Sąd zgadza się ze Skarżącą, że obciążenie jej (w opisanych okolicznościach) niebagatelną kwotą prawie 5,5 mln zł tytułem odsetek za zwłokę za cały okres opóźnienia w zadeklarowaniu podatku należnego (od dnia jego wymagalności do dnia korekty deklaracji) stanowi dolegliwość "wysoce nieproporcjonaln[ą] do wagi naruszeń (...)" (s. 11 skargi) – skoro gdyby tego błędu nie popełniono, kontrahent Spółki odliczyłby podatek należny jako naliczony.
3.10. Zastrzeżenie wyrażone powyżej przez słowo "zasadniczo" bierze się stąd, że mogły wystąpić okresy, w których krótkotrwale Skarb Państwa stracił na tym, że strony transakcji nie rozliczyły jej właściwie.
Uzmysławia to kalkulacja przedstawiona przez Spółkę m.in. w skardze, tzn. wyliczenie hipotetycznego oprocentowania, jakie przysługiwałoby A. za okres, gdy Skarb Państwa "efektywnie dysponował" (s. 12 skargi) kwotą zwrotu wykazaną przezeń w deklaracjach za lipiec i sierpień 2024 r., w których został odliczony VAT naliczony wynikający z transakcji ze Skarżącą.
Zdaniem Sądu trzeba rozważyć, czy podobny efekt finansowy, lecz o przeciwnym "znaku", wystąpiłby wcześniej, gdyby obie strony transakcji sprzedaży prawidłowo ją rozliczyły. Teoretycznie, mogło być tak, że gdyby Spółka wykazała podatek należny, rzutowałby on na wymiar podatku do zapłaty (w terminie 25. dnia następnego miesiąca), natomiast ten sam podatek – jako naliczony – zostałby odzyskany przez A. dopiero z upływem 60 dni od złożenia deklaracji (por. art. 87 ust. 2 ustawy z 11.3.2004 r. o podatku od towarów i usług; t.j. Dz.U. z 2011 r. Nr 177 poz. 1054 ze zm.). Tak stałoby się, gdyby kontrahent Spółki pozostawał w "pozycji zwrotu": wykazałby nie podatek do zapłaty, lecz podatek do zwrotu.
W konsekwencji termin płatności przez Spółkę podatku od towarów i usług za dany okres rozliczeniowy mógł wypadać przed terminem zwrotu zadeklarowanego w rozliczeniu za ten okres przez kontrahenta.
Wtedy – gdyby strony transakcji rozliczyły je właściwie – Skarb Państwa korzystałby ze środków pieniężnych między 25. dniem miesiąca następującego po powstaniu obowiązku podatkowego u Skarżącej a dniem zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na rachunek podatkowy A..
3.11. Aby odpowiedzialnie stwierdzić, jaki efekt finansowy miał błąd stron transakcji dla Skarbu Państwa, należy prześledzić "losy" każdej błędnie zakwalifikowanej transakcji i "pozycje podatkowe" stron transakcji w poszczególnych okresach rozliczeniowych.
W każdym razie jednak ze względu na mechanizm opodatkowania podatkiem od wartości dodanej efekt ten nie mógł być tak istotny, by odsetki za zwłokę obliczone za cały okres: od dnia upływu pierwotnego terminu zapłaty do dnia zapłaty zaległości podatkowej były odpowiednie do jego skompensowania i proporcjonalne do wagi naruszenia prawa.
En gros można stwierdzić, że uszczuplenie należności publicznoprawnych – o ile w ogóle wystąpiło – mogło mieć tylko charakter przejściowy. Tymczasem wymiar odsetek za zwłokę obliczonych w tej sprawie odpowiada sytuacji, gdy podatkowi należnemu w ogóle nie odpowiadałby podatek naliczony podlegający odliczeniu i tylko do takiej sytuacji jest (byłby) adekwatny.
3.12. W takim razie nie można też podzielić zapatrywania DIAS, że zasada proporcjonalności jest w polskim porządku prawnym realizowana satysfakcjonująco i wyczerpująco (co do jej treści normatywnej i potencjału aplikacyjnego) w art. 54 § 1 O.p.
Sytuacja Spółki nie jest objęta żadnym z przypadków określonych w art. 54 § 1 O.p.; mimo to zasada proporcjonalności sprzeciwia się naliczeniu odsetek za zwłokę w podany wyżej sposób (za podany okres) i w podanym wyżej wymiarze.
Taka postać odsetek za zwłokę jest w realiach tej sprawy niesłuszna.
3.13. Ocena, jaka część odsetek za zwłokę będzie należna jako proporcjonalna sankcja związana z błędnym rozliczeniem dostaw krajowych, uwzględniająca wszystkie okoliczności sprawy, należy do organu podatkowego.
Z praktycznego punktu widzenia warto dokonać tej oceny we współpracy ze Skarżącą. Spółka na etapie postępowania podatkowego (por. pismo z 26.5.2025 r.) złożyła propozycję zapłaty tytułem odsetek kwoty 878.257 zł. Jej zdaniem "jest to maksymalna wysokość [o]dsetek, która mogłaby (...) zostać uznana za spełniającą wymogi (...) zasady proporcjonalności" (tamże s. 10). Skarżąca przedstawiła też sposób kalkulacji tej kwoty; kalkulacja ta nie uwzględnia jednak możliwego opisanego powyżej efektu finansowego "na niekorzyść" Skarbu Państwa.
Do propozycji tej DIAS odniósł się jedynie przez stwierdzenie, że "nie może [jej] uznać" (s. 12 zaskarżonej decyzji) – wychodząc z błędnego założenia, że miarkowaniu odsetek za zwłokę stoi na przeszkodzie zasada legalizmu.
To jednak na gruncie zasady legalizmu zasadę proporcjonalności, która stanowi zasadę prawa Unii i zasadę konstytucyjną ujętą w art. 31 ust. 3 Konstytucji RP, należy uznać za determinującą dla rozstrzygnięcia tej sprawy.
3.14. Ostatecznie do dokonania oceny, jaki wymiar odsetek za zwłokę jest w tej szczególnej sprawie proporcjonalny, kompetentny pozostaje organ podatkowy. Skarżąca powinna jednak współdziałać z nim przez prezentację okoliczności sprawy, zwłaszcza przedstawienie efektu finansowego błędu (w rozbiciu na poszczególne okresy rozliczeniowe i z uwzględnieniem możliwego odstępu w czasie między momentem "realizacji podatkowej": podatku należnego u Skarżącej i podatku naliczonego u A. – por. powyżej).
3.15. Nie budzi zastrzeżeń Sądu tryb, w jakim toczyło się postępowanie w sprawie: jako wszczęte wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w zakresie odsetek za zwłokę. Sąd nie podziela zapatrywania DIAS (wyrażonego m.in. na rozprawie), że Skarżąca powinna była wystąpić z wnioskiem o zastosowanie ulgi w spłacie: umorzenie tych odsetek w całości lub w części.
Przede wszystkim przepisy procedury podatkowej nie przewidują szczególnego trybu właściwego do stwierdzania (dokonywania wymiaru) należnych odsetek za zwłokę czy też ubiegania się o ich zwrot. Dopuszczalne jest w tym względzie między innymi wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty – jeżeli odsetki za zwłokę zostały zapłacone w całości lub w części nienależnie (niezgodnie z prawem; w tym przypadku – niezgodnie z zasadą proporcjonalności).
Z prawnego i pragmatycznego punktu widzenia natomiast wskazane wyżej tryby (stwierdzenie i zwrot nadpłaty oraz ulga w spłacie zobowiązań) nie są równoważne; preferencja Skarżącej dla trybu "nadpłatowego" jest zrozumiała.
Omawiane tryby różnią się kryterium oceny. Decyzję w przedmiocie zastosowania jednej z ulg wymienionych w art. 67a § 1 O.p. organy podatkowe podejmują w ramach tzw. uznania administracyjnego: mają możliwość (nie obowiązek) umorzenia należności publicznoprawnej w przypadku spełnienia jednej z przesłanek zawartych w tym przepisie ("ważnego interesu podatnika" lub "interesu publicznego"). Nie dysponują natomiast taką swobodą w przypadku zasady proporcjonalności: która jest "standardem twardym" i – w tej sprawie – wymusza stwierdzenie, że odsetki za zwłokę są w spornej kwocie nienależne.
Także z punktu widzenia praw i interesów Skarżącej bardziej korzystne było zainicjowanie postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w odsetkach za zwłokę, które Skarżąca (wraz z zaległościami podatkowymi) zapłaciła, by (jak to określiła w skardze – s. 5) "dopełnić wszelkich formalności" i – jak można przypuszczać – nie generować dalszych odsetek. Aby możliwe było procedowanie nad wnioskiem o umorzenie odsetek z zwłokę, Skarżąca musiałaby powstrzymać się przed wystąpieniem z takim wnioskiem od uregulowania zaległości podatkowych (nie da się bowiem nie zapłacić samych odsetek). Taki sposób działania byłby z punktu widzenia jej interesu ekonomicznego nieopłacalny, z punktu widzenia jej bezpieczeństwa podatkowego – ryzykowny.
3.16. Zaskarżona decyzja narusza:
- zasadę proporcjonalności przez błędną wykładnię: uznanie, że zasada proporcjonalności jest w odniesieniu do odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych satysfakcjonująco i wyczerpująco realizowana przez art. 54 § 1 O.p. – co wyklucza odstąpienie od naliczenia odsetek za zwłokę w każdym innym przypadku;
- art. 122 O.p. przez zaniechanie oceny, jaka kwota odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych Spółki w VAT za okresy od października 2019 r. do czerwca 2024 r. jest proporcjonalna do charakteru naruszenia prawa jako spowodowanego technicznym błędem i do wymiaru jego skutków finansowych dla Skarbu Państwa;
- art. 75 § 1 O.p. w zw. z art. 72 § 2 pkt 1 O.p. i zasadą proporcjonalności przez odmowę stwierdzenia nadpłaty w zakresie, w jakim odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych Spółki w VAT za okresy od października 2019 r. do czerwca 2024 r. są nieproporcjonalne do charakteru naruszenia prawa jako spowodowanego technicznym błędem i do wymiaru jego skutków finansowych dla Skarbu Państwa.
3.17. Sąd uchylił zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) ustawy z 30.8.2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; "p.p.s.a.").
3.18. W ponownie prowadzonym postępowaniu podatkowym organ odwoławczy oceni z uwzględnieniem wszystkich okoliczności sprawy, w tym ustalonych we współdziałaniu ze Skarżącą, jaki wymiar odsetek za zwłokę jest proporcjonalny do popełnionego przez Skarżącą naruszenia prawa, biorąc pod uwagę zwłaszcza: funkcję kompensacyjną, prewencyjną i represyjną odsetek za zwłokę, wymiar uszczerbku finansowego Skarbu Państwa (lub jego per saldo brak) i charakter naruszenia prawa (jako wynikającego z technicznego błędu, skorygowanego z własnej inicjatywy podatnika).
3.19. Na podstawie art. 200 p.p.s.a. Sąd zasądził na wniosek Skarżącej i na jej rzecz zwrot kosztów postępowania sądowego w kwocie 79.828 zł, na którą składały się: wartość wpisu wniesionego od skargi w kwocie 54.811 zł, koszty zastępstwa procesowego w kwocie 25.000 zł i opłata skarbowa od złożenia dokumentu pełnomocnictwa w kwocie 17 zł.