Wyrok WSA z dnia 20 listopada 2025, sygn. III SA/Wa 1884/25

Na tą decyzję Skarżący, wniósł skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. W skardze z 22 lipca 2025 roku Skarżący wniósł o uchylenie w całości decyzji z [...] czerwca 2025 roku oraz decyzji organu pierwszej instancji z [...] marca 2025 roku a także o zasądzenie na Jego rzecz kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego. Zaskarżonej decyzji zarzucił naruszenie:

- art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.o.f. w związku z art. 75 § 2 w związku z art. 72 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. (t.j. Dz. U. z 2025 r., poz. 111, dalej O.p.) poprzez błędną wykładnię tych przepisów polegającą na uznaniu, że przez wydatki na nabycie udziałów w spółce przekształconej należy rozumieć wydatki poniesione historycznie na nabycie udziałów w spółce przekształcanej, podczas gdy za wydatki na nabycie udziałów na gruncie art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.o.f w związku z art. 22 ust. 1 u.p.d.o.f należy uznać wartość bilansową spółki przekształcanej z dnia jej przekształcenia przypisaną Skarżącemu proporcjonalnie do udziałów objętych w spółce z o.o. w ramach przekształcenia, co skutkowało nie właściwym zastosowaniem wskazanych przepisów O.p. polegającym na zaakceptowaniu przez organ odwoławczy odmowy stwierdzenia i zwrotu nadpłaty i utrzymaniu w mocy decyzji organu pierwszej instancji,

- art. 121 § 1 O.p. poprzez dokonanie kontroli decyzji organu pierwszej instancji z pominięciem ugruntowanego orzecznictwa sądów administracyjnych, w tym Naczelnego Sądu Administracyjnego, które Skarżący powołał w toku postępowania, co doprowadziło do utrzymania w mocy decyzji organu pierwszej instancji z naruszeniem zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych,

- art. 2a O.p. poprzez rozstrzygnięcie sprawy wbrew zasadzie in dubio pro tributario i przyjęcie, że treść przepisów mających zastosowanie w sprawie nie budzi wątpliwości, podczas gdy o istnieniu takich wątpliwości świadczą liczne spory wynikłe na tle art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.o.f. rozstrzygane przez sądy administracyjne jednoznacznie na korzyść podatników, co doprowadziło do wyboru wykładni najmniej korzystnej dla Skarżącego i utrzymania w mocy decyzji organu pierwszej instancji,

- art. 210 § 4 O.p. poprzez zaakceptowanie wadliwego uzasadnienia decyzji organu pierwszej instancji i powielenie analogicznych błędów w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, w którym brak jest wskazania podstaw prawnych i argumentów uzasadniających stanowisko przyjęte przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. a takie uzasadnienie nie spełnia funkcji informacyjnej i nie przekonuje strony do trafności wydanego rozstrzygnięcia.

W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko zaprezentowane w zaskarżonej decyzji.

Pismem z dnia 4 listopada 2025 r. Skarżący uzupełnił uzasadnienie zarzutów skargi i odniósł się do odpowiedzi na skargę DIAS.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, zważył co następuje:

skarga zasługiwała na uwzględnienie.

Sąd administracyjny w ramach kontroli działalności administracji publicznej, przewidzianej w art. 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r.- Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U.2024.935 – dalej "p.p.s.a."), uprawniony jest do badania, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia przepisów prawa materialnego i przepisów postępowania, nie będąc przy tym związanym granicami skargi (art. 134 p.p.s.a.). Wady skutkujące koniecznością uchylenia decyzji lub postanowienia wskazane są w przepisie art. 145 § 1 p.p.s.a. W wypadku zaś nieuwzględnienia skargi sąd, w myśl art. 151 p.p.s.a., skargę oddala. Dokonując kontroli zaskarżonej decyzji organu odwoławczego oraz poprzedzającej ją decyzji organu I instancji w oparciu o wyżej opisane zasady, sąd doszedł do przekonania, że skarga podatnika zasługuje na uwzględnienie.

W rozpoznawanej sprawie przedmiotem sporu jest zasadność odmowy przez Naczelnika Urzędu Skarbowego W. jak i organ wyższego stopnia stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2018 rok z tytułu przychodów z odpłatnego zbycia udziałów (akcji). W toku postępowania organy uznały, że wydatkiem poniesionym na nabycie udziałów S w rozumieniu art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.o.f. jest wydatek historycznie poniesiony przez Skarżącego na nabycie udziałów w Spółce komandytowej. W ocenie Skarżącego, stanowisko przedstawione w zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji I instancji narusza prawo i jest niezgodne z bogatym i utrwalonym od lat orzecznictwem sądów administracyjnych. Problem prawny istotny dla sprawy dotyczy zatem wykładni art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.o.f. Sąd w niniejszym sporze przyznał rację Skarżącemu. Wbrew wykładni prezentowanej przez Organy, kosztem uzyskania przychodu z tytułu sprzedaży udziałów w spółce przekształconej powinna być wartość bilansowa spółki przekształcanej z dnia ustania jej bytu prawnego, będąca jednocześnie wartością bilansową spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z dnia rozpoczęcia jej bytu prawnego. Wartość ta stanowi wydatek na nabycie udziałów spółki przekształconej w proporcji odpowiadającej udziałom Skarżącego objętym w spółce przekształconej. Jest tak dlatego, że udziały w spółce z o.o. powstałej z przekształcenia spółki komandytowej powstały w momencie zmiany formy prawnej tej spółki i zostały objęte przez Skarżącego "na nowo" w proporcji ustalonej planem przekształcenia. Tym samym wydatki stanowiące koszt uzyskania przychodu z tytułu sprzedaży takich udziałów przez Skarżącego także należy ustalić na nowo, tj. według ich wartości z dnia przekształcenia.

Zgodnie z art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.f. wydatki na nabycie udziałów są kosztem uzyskania przychodów z odpłatnego zbycia tych udziałów. Przy czym koszty te wyznacza wartość środków poniesionych dla uzyskania majątku spółki komandytowej, który w dacie ustania bytu prawnego tej spółki, a zatem w dacie powstania spółki z ograniczoną odpowiedzialnością równy był początkowej wartości majątku spółki z ograniczoną odpowiedzialnością. Krótko mówiąc, że kosztem uzyskania przychodu powinna być wartość bilansowa spółki komandytowej z dnia ustania jej bytu prawnego, będąca jednocześnie wartością bilansową spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z dnia rozpoczęcia owego bytu. Podnieść zatem należy, że w momencie zbycia przez Skarżącego udziałów spółki z ograniczoną odpowiedzialnością spółka komandytowa w której był komandytariuszem już nie istniała. Tym samym wartość wydatków jakie poniósł na wkłady w spółce komandytowej, jest bez znaczenia, bo tych wkładów już nie było. Istotna jest natomiast wartość majątku spółki komandytowej na dzień jej przekształcenia w spółkę z o.o. W przypadku bowiem tworzenia spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z przekształcenia spółki komandytowej, przejście wspólnego majątku wspólników na spółkę przekształconą pełni analogiczne funkcje do wniesienia wkładu a poszczególnym wspólnikom przypisać należy przypadającą na nich – w sensie ekonomicznym – określoną wartościowo część wspólnego majątku wspólników tj. "udział" o którym mowa w art. 558 § 1 pkt 2 k.s.h. Ponieważ w myśl art. 555 k.s.h. do przekształcenia spółki stosuje się odpowiednio przepisy dotyczące powstania spółki przekształconej, należy więc sięgnąć do przepisów k.s.h. normujących powstanie spółki z o.o. tj. art. 166 pkt 3 i art. 167 § 2 k.s.h.. W konsekwencji od wartości nominalnej udziałów należy odróżnić ich wartość rynkową i bilansową.

Kwestie związane z zaliczeniem wydatków na nabycie udziałów normuje art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.f. który stanowi, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodu wydatków na objęcie lub nabycie udziałów albo wkładów w spółdzielni, udziałów (akcji) w spółce mającej osobowość prawną oraz innych papierów wartościowych, a także wydatków na nabycie tytułów uczestnictwa lub jednostek uczestnictwa w funduszach kapitałowych; wydatki takie są jednak kosztem uzyskania przychodu z odpłatnego zbycia tych udziałów (akcji), wkładów oraz innych papierów wartościowych, w tym z tytułu wykupu przez emitenta papierów wartościowych, a także z odkupienia tytułów uczestnictwa lub jednostek uczestnictwa w funduszach kapitałowych, albo umorzenia jednostek uczestnictwa, tytułów uczestnictwa oraz certyfikatów inwestycyjnych w funduszach kapitałowych, z zastrzeżeniem ust. 3e.

Z przytoczonego przepisu wynika m.in., że wydatki na objęcie (nabycie) udziałów w spółce mającej osobowość prawną stanowią koszty uzyskania przychodu przy ustalaniu dochodu z odpłatnego zbycia tych papierów wartościowych. Ustawodawca nie zdefiniował pojęcia "wydatki na objęcie lub nabycie papierów wartościowych". Nie wymienił również, chociażby przykładowo, wydatków mogących być zaliczonymi do tej kategorii kosztów. W orzecznictwie przyjmuje się, że przez wydatki na nabycie udziałów (akcji), innych papierów wartościowych, o jakich mowa w art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.f., należy rozumieć dokonane przez podatnika wydatki bezpośrednio związane z nabyciem udziałów (akcji), innych papierów wartościowych a w szczególności cenę nabycia, opłaty notarialne, prowizje biura maklerskiego, itp. (np. wyrok WSA w Warszawie z 21 października 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 2329/09). Zgodnie z art. 552 k.s.h. spółka przekształcana staje się spółką przekształconą z chwilą wpisu spółki przekształconej do rejestru (dzień przekształcenia). Jednocześnie sąd rejestrowy z urzędu wykreśla spółkę przekształcaną. Tym samym wartość wydatków, jakie ponieśli wspólnicy na wkłady w spółce cywilnej, przekształconej następnie w spółkę komandytową już się zdezaktualizowała, ponieważ znaczenie prawne i faktyczne ma wartość majątku spółki komandytowej w momencie (na dzień) jej przekształcenia w spółkę z o.o. Z przepisów art. 555 § 1 w związku z art. 166 § 1 pkt 3 i art. 167 § 2, a także art. 558 § 1 pkt 1, 2 i § 2 pkt 3 i 4 k.s.h., wynika zaś nie tylko obowiązek ustalenia wartości bilansowej majątku spółki przekształcanej, ale także obowiązek sporządzenia dla celów przekształcenia sprawozdania finansowego na dany dzień w miesiącu poprzedzającym przedłożenie wspólnikom planu przekształcenia, które to dane podlegają badaniu przez biegłego rewidenta w zakresie poprawności i rzetelności. Przepis art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.f. czasowo wyłącza z kosztów uzyskania przychodów określone wydatki, przy czym uznaje je za koszty uzyskania przychodów w okresie późniejszym, tj. w dacie odpłatnego zbycia udziałów. Innymi słowy, wydatki na objęcie udziałów w spółce z o.o. nie stanowią kosztów uzyskania przychodów w dacie objęcia, są jednak kosztem podatkowym w dacie ich odpłatnego zbycia. Koszty te wyznacza przy tym wartość środków poniesionych dla uzyskania majątku spółki komandytowej, który w dacie ustania bytu prawnego tej spółki, a zatem w dacie powstania spółki z o.o., równy był początkowej wartości majątku spółki z o.o. W konsekwencji kosztem uzyskania przychodu powinna być wartość bilansowa spółki komandytowej z dnia ustania jej bytu prawnego, będąca jednocześnie wartością bilansową spółki z o.o. z dnia rozpoczęcia owego bytu.

Ustawodawca nie łączy bowiem przedmiotowych wydatków z okresem historycznym, ale odnosi je do momentu przekształcenia, a nie na dzień poniesienia wydatków na wkłady w spółce cywilnej, przekształconej następnie w spółkę komandytową.

W konsekwencji za zasadny uznać należało zarzut skargi dotyczący naruszenia przez organy art. 23 ust. 1 pkt 38 w zw. z art. 22 ust. 1 u.p.d.f. poprzez ich błędną wykładnię i uznanie, że kosztem uzyskania przychodu ze zbycia przez nich udziałów w spółce z. o.o. powstałej z przekształcenia spółki komandytowej jest wartość wkładu pieniężnego wniesionego przez podatników do spółki komandytowej, podczas gdy kosztem uzyskania przychodu ze zbycia takich udziałów powinna być wartość bilansowa spółki komandytowej na moment przekształcenia, proporcjonalna do ich udziałów w zyskach jako wspólników. Skoro bowiem ustawodawca zadecydował mocą art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.f. o czasowym wyłączeniu z kosztów uzyskania przychodów m.in. wydatków na nabycie udziałów w spółce a jednocześnie brak jest regulacji prawnej, z której można byłoby wyprowadzić normę prawną odwołującą się do wartości historycznej owych wydatków, to brak było podstaw do dokonywania wykładni tego przepisu w taki sposób jak w zaskarżonej decyzji organu odwoławczego i poprzedzającej ją decyzji organu podatkowego.

Zgodzić należało się również z zarzutem skarżących, że dokonanie przez organy błędnej wykładni art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.f. doprowadziło do niewłaściwego zastosowania art. 17 ust. 1 pkt 6 lit. a w zw. z art. 17 ust. 2 w zw. z art. 19 ust. 1 w zw. z art. 30b ust. 1, art. 30b ust. 2 pkt 4. art. 22 ust. 1 oraz art. 23 ust. 1 pkt 38 u.p.d.f. i określenia Skarżącemu kosztu uzyskania przychodu w zaniżonej wysokości, a tym samy naruszenia przepisów regulujących zasady stwierdzenia nadpłaty podatku. Skoro bowiem kosztem uzyskania przychodu powinna być wartość bilansowa spółki komandytowej z dnia ustania jej bytu prawnego, będąca jednocześnie wartością bilansową spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z dnia rozpoczęcia jej bytu prawnego, to taka też kwota powinna być odjęta od wykazanego przez skarżących przychodu z dokonanej przez nich sprzedaży ich udziałów w spółce z ograniczoną odpowiedzialnością.

Przychylić należało się także do zarzutu naruszenia art. 121 § 1 O.p. Jakkolwiek bowiem orzeczenia sądowe rzeczywiście wiążą organ podatkowy tylko w sprawie, w której zostały wydane, to jednak powołanie ich w innej sprawie powoduje, że argumentacja sądu na temat wykładni konkretnego przepisu staje się argumentacja podatnika właśnie w sprawie rozpatrywanej. Jeżeli więc organ podatkowy nie podziela wspomnianej argumentacji, powinien odnieść się do uzasadnienia wyroku sądowego i ustosunkować się do wyrażonych tam poglądów, wyjaśniając, dlaczego je odrzuca. Wiąże się to z regułą, która według Naczelnego Sądu Administracyjnego oznacza powinność wyczerpującego odniesienia się do wszystkich wysuniętych przez odwołujący się podmiot zarzutów i żądań (wyrok NSA z 30 października 2001 r., III SA 1409/00, Lex Polonica)". Innymi słowy, owszem orzeczenia sądów w tym sądów administracyjnych w polskim porządku konstytucyjnym nie są co do zasady źródłami prawa powszechnie obowiązującego jak podnosi Dyrektor niemniej orzeczenia sądów są źródłami poznania prawa. Jednakże organ uzasadniając wydaną decyzję nie może ignorować ich wpływu na analogiczny stan prawny i faktyczny, a w szczególności ugruntowaną linię orzeczniczą.

Mając na uwadze powyższe Sąd uwzględnił skargę i działając na podstawie na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. orzekł jak w pkt. I sentencji wyroku. Podstawą uchylenia decyzji organu pierwszej instancji był natomiast art. 135 p.p.s.a, który stanowi, że sąd stosuje przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia.

Rozpoznając sprawę ponownie organy stosownie do dyspozycji art. 153 p.p.s.a. badając kwestie powstania nadpłaty w podatku dochodowym winny uwzględnić przedstawioną w niniejszym orzeczeniu ocenę prawną sądu. O zwrocie kosztów postępowania orzeczono w pkt II wyroku na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a.