Uzasadnienie
Przedmiotem skargi wywiedzionej przez B. Sp. z o.o. z siedzibą w L. (dalej jako: "skarżąca", "spółka" lub "strona") jest postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. (dalej: "organ II instancji" lub "Dyrektor IAS") z [...] czerwca 2025 r., znak [...], którym utrzymano w mocy postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w R. (dalej: "Naczelnik US" lub "organ I instancji") z [...] marca 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. w kwocie 3.296.679,00 zł.
Dyrektor IAS wyjaśnił, że skarżąca złożyła zeznanie CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r., w którym zadeklarowała: 1) przychody w wysokości 188.112.620,41 zł; 2) koszty uzyskania przychodów w wysokości 166.134.759,09 zł; 3) dochód w wysokości 21.977.861,32 zł; 4) podatek należny w wysokości 3.296.679,00 zł.
Wnioskiem z 27 grudnia 2024 r., skarżąca wystąpiła o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za wspomniany wyżej rok podatkowy w kwocie 3.296.679,00 zł. We wniosku tym skarżąca podniosła, że spółka osiągała dochody pochodzące z udziału w transparentnej podatkowo spółce luksemburskiej, tj. E. SCS (dalej: "spółka luksemburska"), która z kolei osiągała dochody pochodzące z działalności gospodarczej dwóch polskich transparentnych spółek komandytowych, tj. E. S.A. Sp.k. oraz E. Sp. z o.o. Sp.k. Strona podniosła, że dochód osiągnięty przez nią powstał m.in. zgodnie z przepisami art. 5 ust. 1-3 oraz art. 12 ust. 3 i 3a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2019 r., poz. 865 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p.") (na zasadzie memoriału). W związku z tym w pierwotnym zeznaniu podatkowym CIT-8 wykazano m.in. przypadający na spółkę dochód, powstały na poziomie powołanych operacyjnych spółek komandytowych, stosownie do swego udziału w zysku ww. spółki luksemburskiej. Akcje spółki luksemburskiej Spółka nabyła od C. Fundusz Inwestycyjny Zamknięty Aktywów Niepublicznych (dalej: "fundusz"). Dodatkowo spółka wyjaśniła, że z informacji, które posiada, wynika, że Szef Krajowej Administracji Skarbowej (dalej: "Szef KAS") wydał dla funduszu:
1) decyzję z [...] grudnia 2023 r., nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r. w kwocie 15.853.919,00 zł. W związku z tym strona stwierdziła, że z powyższego wynika, że przychód podatkowy nie powstał po stronie spółki, lecz w funduszu, skoro to w stosunku do funduszu wydano decyzję z zastosowaniem art. 119a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2025 r., poz. 111, dalej: "o.p."). Strona wskazała, że wynika z tego również, że jeżeli organ podatkowy zakłada, że spółka w ogóle nie osiągnęła przychodu, to tym samym wykazała i zapłaciła podatek nienależnie, bo nie będąc dla celów podatkowych wspólnikiem spółki luksemburskiej, nie mogła być podatnikiem podatku dochodowego od dochodów polskich transparentnych spółek komandytowych, których spółka luksemburska była komandytariuszem;
2) decyzję z [...] listopada 2024 r., nr [...] określającą zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 r. w kwocie 11.118.691,00 zł.
Tak więc, wedle strony, z powyższych decyzji Szefa KAS wynika, że zbycie akcji spółki luksemburskiej na rzecz skarżącej nie wywarło skutków podatkowych. W rezultacie Szef KAS uznał, że to ww. fundusz osiągał dochody z udziału w spółce luksemburskiej, a tym samym z udziału w polskich operacyjnych spółkach komandytowych.
Spółka podsumowała, że jako uczestnik czynności, której skutki podatkowe określono w ww. decyzjach, w świetle treści tych decyzji oraz wyroku WSA w Warszawie (wyrok z 29 maja 2024 r., sygn. III SA/Wa 344/24) nadpłaciła podatek dochodowy od osób prawnych, bo dochody w spółce osobowej, w myśl powołanych wyżej decyzji, opodatkowano w funduszu, w związku z czym konieczne i uzasadnione było złożenie przez spółkę wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty wraz z korektą zeznania CIT-8. W korekcie tej (za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r.) skarżąca wykazała: 1) przychody w wysokości 138.905.052,00 zł; 2) koszty uzyskania przychodów w wysokości 166.134.759,09 zł; 3) stratę w wysokości 27.229.707,10 zł.
Naczelnik US postanowieniem z [...] marca 2025 r. odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. w kwocie 3.296.679,00 zł. W ocenie organu I instancji wniosek skarżącej został złożony przed rozpoczęciem biegu terminu, o którym mowa w art. 119j § 3 o.p., a więc był przedwczesny, a wszczęcie postępowania podatkowego w sprawie stwierdzenia i zwrotu nadpłaty oceniono jako niedopuszczalne.
Pismem z 24 marca 2025 r. skarżąca złożyła zażalenie, wnosząc o uchylenie postanowienia organu I instancji w całości i przekazanie sprawy Naczelnikowi US do ponownego rozpatrzenia. Spółka podniosła zarzut naruszenie art. 165a § 1 o.p. w związku z art. 119j § 1 - § 3 o.p. oraz art. 75 § 3 oraz art. 81 § 2 i art. 81b § 2a o.p. w związku z art. 27 ust. 1c u.p.d.o.p.
Strona wskazała, że stanowisko organu I instancji jest błędne, ponieważ w sprawie nie znajdują zastosowania art. 119j § 1 - § 3 o.p. W jej ocenie Szef KAS nie będzie mógł w sposób skuteczny zawiadomić jej o możliwości złożenia korekty deklaracji lub wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Skarżąca wyjaśniła, że zgodnie z art. 79 § 2 o.p. prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Termin przedawnienia zobowiązania podatkowego spółki w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2017 r. do 30 września 2019 r. upłynął z dniem 31 grudnia 2024 r. Ustawodawca nie przewidział wyjątku takiego jak uregulowany w art. 79 § 4 o.p., który czyniłby dopuszczalnym wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w oparciu o postanowienie Szefa KAS, o którym mowa w art. 119j § 2 o.p. Wyjaśniono, że upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego spowodował, że materialnoprawne uprawnienie spółki do wystąpienia z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wygasło z dniem 31 grudnia 2024 r. Po upływie tego terminu, z uwagi na wyraźne brzmienie przepisu art. 79 § 2 o.p., Szef KAS nie mógłby już zastosować trybu określonego w art. 119j o.p. Gdyby nawet z takim wnioskiem spółka wystąpiła, to wówczas właściwy organ podatkowy uznałby ten wniosek za niedopuszczalny w świetle art. 79 § 2 o.p.
Spóła zarzuciła również, że bezpodstawna jest teza postanowienia, jakoby złożenie korekty zeznania CIT-8 w formie papierowej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty powodowało, iż korekta nie wywołała skutków prawnych. Strona stoi na stanowisku, że korekta zeznania podatkowego jest załącznikiem do wniosku o stwierdzenie nadpłaty, który może być złożony w formie papierowej, więc bezpodstawna jest sugestia, jakoby stanowiąca załącznik do tego "papierowego" wniosku "papierowa" korekta nie wywoływała skutków prawnych. Ponadto strona podkreśliła również, że z art. 27 ust. 1c u.p.d.o.p. nie wynika, aby korekta zeznania CIT-8 nie złożona za pomocą środków komunikacji elektronicznej, była korektą prawnie bezskuteczną.
Zaskarżonym postanowieniem Dyrektor IAS utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika US z [...] marca 2025 r.
Organ II instancji podniósł, że uprawnienie do wydania postanowienia o odmowie wszczęcia postępowania podatkowego istnieje wyłącznie wówczas, gdy w sposób oczywisty brak było podstaw do prowadzenia postępowania. Dyrektor IAS zgodził się z organem I instancji, że spółka złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty przed rozpoczęciem biegu terminu do jego złożenia, wynikającego z przepisów Ordynacji podatkowej. W takiej sytuacji wszczęcie postępowania w sprawie było niemożliwe.
Wskazano, że Szef KAS wydał dla funduszu decyzję z [...] maja 2023 r. w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r. Następnie decyzją z [...] grudnia 2023 r. utrzymał w mocy ww. decyzję. Ponadto Szef KAS wydał dla funduszu decyzję z [...] listopada 2024 r. określającą zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2018 rok. Dyrektor IAS zwrócił także uwagę, że WSA w Warszawie wyrokiem z 29 maja 2024 r. sygn. III SA/Wa 344/24, uchylił decyzję Szefa KAS utrzymującą w mocy decyzję w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r. W przedmiotowym wyroku WSA podzielił ustalenia organu, wskazujące na to, że działania funduszu nosiły w tej sprawie znamiona sztuczności, zaś ich celem było przede wszystkim osiągnięcie korzyści podatkowej. Sąd stwierdził jednak, że spółkę luksemburską należało uznawać za spółkę niebędącą osobą prawną, to w myśl przepisu art. 5 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. przychody podatkowe i koszty podatkowe rozpoznane w związku z działalnością tej spółki należało przypisać skarżącemu funduszowi proporcjonalnie do posiadanego prawa do udziału w zysku (udziału). Zamiast tego w decyzji posłużono się metodą kwotową, która w żaden sposób nie wynika z art. 5 u.p.d.o.p. W rezultacie faktycznie otrzymane przez fundusz środki z tytułu obligacji nie stanowiły przychodu, lecz ich otrzymanie czy nieotrzymanie było irrelewantne podatkowo.
Wskazano, że Sąd zwrócił uwagę również, że bez wpływu na wynik sprawy jest okoliczność, że podatek, którego zapłaty strona uniknęła, został wykazany i zapłacony przez inny podmiot biorący udział w zespole czynności. Okoliczność ta będzie mogła mieć znaczenie w kontekście ewentualnego zastosowania art. 119j o.p., bowiem zgodnie z tym przepisem, podmiot inny niż strona postępowania zakończonego decyzją wydaną w sprawie, uczestniczący w czynności, której skutki podatkowe określono w tej decyzji, może skorygować swoją deklarację, uwzględniając treść decyzji, a także wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty lub zwrot podatku, jeżeli decyzja jest ostateczna, a w przypadku złożenia skargi - jeżeli sąd administracyjny prawomocnie oddalił skargę na tę decyzję, oraz decyzja ta została wykonana w całości. Po ostatecznym ukształtowaniu stanu prawnopodatkowego funduszu w podatku dochodowym od osób prawnych za 2017 r., rozliczenia podatkowe nowych wspólników mogą zostać oparte na hipotetycznym (odpowiednim) stanie faktycznym przyjętym w decyzji i w ten sposób nastąpi zsynchronizowanie skutków podatkowych wszystkich uczestników zidentyfikowanego zespołu czynności. Nie dojdzie tym samym do podwójnego opodatkowania za ten okres rozliczeniowy.