Organ stwierdził, że z uwagi na powołane przepisy, aby podatnikowi podatku dochodowego od osób prawnych przysługiwało prawo odliczenia w zeznaniu podatkowym kosztów kwalifikowanych poniesionych w danym roku podatkowym powinny być łącznie spełnione następujące warunki:
1. podatnik poniósł koszty na działalność badawczo-rozwojową,
2. koszty na działalność badawczo-rozwojową stanowiły dla podatnika koszty uzyskania przychodów w rozumieniu ustawy o CIT,
3. koszty na działalność badawczo-rozwojową mieszczą się w zamkniętym katalogu kosztów kwalifikowanych określonym przepisami art. 18d ust. 2-3 ustawy o CIT,
4. ww. koszty uzyskania przychodów stanowiły koszty kwalifikowane w rozumieniu ustawy o CIT, przy czym, jeżeli koszty kwalifikowane zostały poniesione w ramach badań podstawowych, badania te były prowadzone na podstawie umowy lub porozumienia z jednostką naukową w rozumieniu odrębnych przepisów,
5. jeżeli w roku podatkowym podatnik prowadził działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia/decyzji o wsparciu, prawo do odliczenia przysługuje jedynie w odniesieniu do kosztów kwalifikowanych, które nie są przez podatnika uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie zezwolenia/decyzji o wsparciu,
6. w ewidencji, o której mowa w art. 9 ust. 1b ustawy o CIT, podatnik wyodrębnił koszty działalności badawczo-rozwojowej,
7. podatnik wykazał w zeznaniu podatkowym koszty kwalifikowane podlegające odliczeniu,
8. kwota odliczonych kosztów kwalifikowanych nie przekroczyła limitów określonych w ustawy o CIT,
9. koszty kwalifikowane nie zostały zwrócone podatnikowi w jakiejkolwiek formie lub nie zostały odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym.
Dyrektor KIS stwierdził, że w stosunku do kosztów prac rozwojowych ustawodawca zawarł w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych specyficzne regulacje normujące moment rozpoznania tych kosztów na cele podatkowe.
Organ przytoczył treść art. 15 ust. 4a i art. 16b ust. 2 pkt 3 ustawy o CIT i stwierdził, że zgodnie z wyborem podatnika, w przypadku prowadzenia prac rozwojowych ich koszty mogą być przez podatnika rozpoznawane jako koszty podatkowe w trakcie trwania tych prac albo jednorazowo na moment ich zakończenia, albo też podatnik może rozpoznawać koszty tych prac poprzez odpisy amortyzacyjne od wartości niematerialnych i prawnych, o których mowa w art. 16b ust. 2 pkt 3. Ustawodawca nie narzucił przedsiębiorcom formy podziału/ wyodrębnienia kosztów. Wybór sposobu udokumentowania tych wydatków pozostawiony został podatnikom, którzy prowadzą działalność badawczo-rozwojową. Dlatego wskazane jest, aby dla celów dowodowych, podatnik korzystający z ulgi prowadził ewidencję czasu pracy, poświęconego przez pracowników na działalność badawczo-rozwojową oraz innych kosztów ponoszonych na tę działalność.
Dodatkowo organ wskazał, że w komunikacie Ministerstwa Finansów z dnia 18 maja 2017 r. o Uldze B+R zostało wyraźnie wskazane, że (...) prowadzenie tego rodzaju ewidencji przewidziane jest wprost w propozycji legislacyjnej przedstawionej w "projekcie ustawy o zmianie niektórych ustaw w celu poprawy otoczenia prawnego działalności innowacyjnej". Ustawodawca proponuje tam, aby wynagrodzenia i składki stanowiły koszty kwalifikowane (stanowiące bazę do wyliczenia ulgi B+R) - w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracownika (...).
Dalej, odnosząc się do pytania nr 2 postawionego we wniosku o wydanie interpretacji, organ przytoczył treść art. 18d ust. 2 pkt 2 ustawy o CIT i stwierdził, że wobec braku definicji pojęcia surowce na gruncie przepisów podatkowych i rachunkowych, dla celów stosowania ulgi należy posłużyć znacznie tego pojęcia funkcjonującym w języku potocznym.
Z kolei w zakresie interpretacji pojęcia "materiały" – zdaniem Dyrektora KIS - należy odwołać się do definicji tego pojęcia funkcjonującej na gruncie przepisów ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (t. j. Dz.U. z 2023 r., poz. 120 ze zm., dalej: "uor"). W świetle art. 3 ust. 1 pkt 19 uor materiały to składniki majątku zużywane na własne potrzeby. surowcami i materiałami w znaczeniu przywołanym powyżej mogą być w istocie aktywa bezpośrednio związane z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową.
Przedstawiając swoje stanowisko w zakresie dotyczącym pytania nr 3 organ odwołał się do treści art. 18d ust. 2 pkt 1 oraz art. 18d ust. 2 pkt 1a ustawy o CIT. Przytoczył też treść art. 12 ust. 1 i i art. 13 pkt 8 lit. a ustawy o PIT.
Organ stwierdził, że przepisy podatkowe dają możliwość uznania za koszty kwalifikowane m.in. należności z tytułu wynagrodzeń pracownika, który realizuje wskazany cel, tj. wykonuje prace badawczo-rozwojowe. Istotne jest, aby pracownik wykonywał zadania będące realizacją prac badawczo-rozwojowych, wówczas wynagrodzenie takiego pracownika oraz koszty świadczeń poniesionych na jego rzecz będą mogły stanowić dla skarżącej spółki koszt kwalifikowany w całości. W przypadku, gdy pracownik w ramach świadczonej pracy wykonuje obowiązki nie tylko związane z działalnością badawczo-rozwojową, zasadnym jest wyodrębnienie (wyłączenie z ulgi badawczo-rozwojowej) tej części wynagrodzenia oraz świadczeń wypłaconych pracownikom zajmującym się działalnością badawczo-rozwojową, a także składek od tych przychodów, określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych, która nie jest związana z realizacją działalności badawczo-rozwojowej.
W ocenie organu również poniesione koszty z tytułu zatrudnienia osób w oparciu o umowy zlecenia/o dzieło mogą stanowić koszty kwalifikowane, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1a updop, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na wykonanie usługi w zakresie działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w całości czasu przeznaczonego na wykonanie usługi na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło w danym miesiącu.
Odnosząc się do kwestii będącej przedmiotem pytania nr 4, organ interpretacyjny stwierdził, że przepis art. 18d ust. 3 ustawy o CIT dotyczy zaliczania do kosztów uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych wykorzystywanych w prowadzonej działalności badawczo-rozwojowej, co oznacza, że możliwość zaliczenia wydatków do tej kategorii kosztów kwalifikowanych wymaga dalszego prowadzenia przez Spółkę prac badawczo-rozwojowych z wykorzystaniem wytworzonych przez WNIP.
Jednocześnie – stwierdził Dyrektor KIS - art. 18d ust. 2a ustawy o CIT dotyczy odpisów amortyzacyjnych od prac rozwojowych dokonywanych w proporcji, w jakiej w jej wartości początkowej pozostają koszty wymienione w art. 18d ust. 2 pkt 1-4a lub ust. 3a pkt 2 ustawy o CIT. Tym samym art. 18d ust. 2a ustawy o CIT nie umożliwia ujmowania we wskazanej w nim kategorii kosztów kwalifikowanych wydatków, o których mowa w art. 18d ust. 3 – stwierdził organ interpretacyjny.
W dalszej części interpretacji Dyrektor KIS stwierdził, że aby podatnikowi podatku dochodowego od osób prawnych przysługiwało prawo odliczenia w zeznaniu podatkowym kosztów kwalifikowanych poniesionych w danym roku podatkowym powinny być łącznie spełnione warunki, o których mowa powyżej, w tym warunek, że koszty na działalność badawczo-rozwojową stanowiły dla podatnika koszty uzyskania przychodów w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.
Dyrektor KIS zwrócił uwagę, że w stosunku do prac rozwojowych ustawodawca zawarł w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych specyficzne regulacje normujące moment rozpoznania tych kosztów na cele podatkowe, a mianowicie art. 15 ust. 4a ustawy o CIT. Użycie przez ustawodawcę w art. 15 ust. 4a updop, sformułowania "mogą" (przy wskazaniu sposobu rozliczenia kosztów prac rozwojowych), przy jednoczesnym braku dodatkowych wskazań, kiedy dany sposób ujęcia kosztów prac rozwojowych może być zastosowany, prowadzi do konkluzji, że podatnik posiada swobodę wyboru zastosowania poszczególnych sposobów podatkowego rozliczania kosztów prac rozwojowych.
W powołanym powyżej przepisie, wskazując trzy różne sposoby rozliczenia kosztów prac rozwojowych, użyto ponadto spójnika "albo" (alternatywa rozłączna). Oznacza to, że spółka, według własnego uznania, może wybrać jeden z trzech sposobów rozliczania kosztów prac rozwojowych. Zatem, na podstawie powołanego wyżej przepisu, podatnicy mają wybór, co do sposobu zaliczania do kosztów uzyskania przychodów kosztów prac rozwojowych w rozliczeniu podatku dochodowego od osób prawnych. W rezultacie, zgodnie z wyborem podatnika, w przypadku prowadzenia prac rozwojowych ich koszty mogą być przez podatnika rozpoznawane jako koszty podatkowe w trakcie trwania tych prac bądź jednorazowo na moment ich zakończenia, albo też podatnik może rozpoznawać koszty tych prac poprzez odpisy amortyzacyjne od wartości niematerialnych i prawnych, o których mowa w art. 16b ust. 2 pkt 3 – wyjaśnił Dyrektor KIS.
Tym samym – stwierdził Dyrektor KIS - wybór sposobu (metody) ujęcia wydatków prac rozwojowych w kosztach uzyskania przychodów, określonego (określonej) w art. 15 ust. 4a ustawy o CIT uniemożliwia jednoczesne skorzystanie z możliwości zaliczenia części wydatków tych samych prac rozwojowych do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.
Odnosząc powyższe na grunt rozpatrywanej sprawy w kontekście pytań nr 2, 3 i 4, organ stwierdził, że spółka ma prawo do zaliczenia kosztów prac rozwojowych Projektu do kosztów uzyskania przychodów przy zastosowaniu jednego ze sposobów wskazanych w art. 15 ust. 4a ustawy o CIT, bez względu na sposób ujęcia przedmiotowych kosztów dla celów bilansowych.
Organ zaznaczył, że art. 15 ust. 4a ustawy o CIT nie przewiduje możliwości wyboru różnych metod w ramach jednego projektu, tj. stosowania do poszczególnych kosztów kwalifikowanych projektu stanowiącego prace rozwojowe różnych metod zaliczenia ich do kosztów uzyskania przychodów.
Wobec powyższego – zdaniem organu interpretacyjnego - z uwagi na ujęcie/zamiar ujęcia przez spółkę kosztów prac rozwojowych w postaci wynagrodzeń pracowników zatrudnionych w oparciu o umowy o pracę oraz osób współpracujących ze Stroną na podstawie umów zlecenia / o dzieło, kosztów materiałów i surowców, kosztów "usług zewnętrznych" oraz kosztów amortyzacji środków trwałych i wartości niematerialnych jednocześnie – w ramach realizacji jednego projektu – w różnych punktach art. 15 ust. 4a ustawy o CIT tj. dwojako, zarówno zgodnie z art. 15 ust. 4a pkt 1, jak i art. 15 ust. 4a pkt 3 updop, nie sposób uznać, że spółka może opisane we wniosku koszty zaliczyć do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej. Jednoczesne zakwalifikowanie ww. wydatków według różnych metod ujmowania kosztów uzyskania przychodów i – co należy jeszcze raz podkreślić – poniesionych w ramach jednego projektu – jest działaniem nieprawidłowym w świetle możliwości skorzystania z ulgi B+R.
Zdaniem Dyrektora KIS, w sytuacji, w której ww. koszty zostałyby przez spółkę ujęte podatkowo jako koszty uzyskania przychodów tylko według jednej metody (jednego punktu art. 15 ust. 4a ustawy o CIT), jako spełniające warunki wskazane w art. 18d ustawy o CIT, mogłyby stanowić koszty kwalifikowane ulgi B+R.
Organ interpretacyjny podkreślił, że warunkiem skorzystania z ulgi B+R jest właściwe ujęcie ww. kosztów w kosztach uzyskania przychodów, tj. według jednego punktu art. 15 ust. 4a pkt 1-3 ustawy o CIT w sytuacji, w której prace rozwojowe dotyczą jednego projektu.
Pismem z dnia 11 września 2025 r. Skarżąca wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na powyższą interpretację, wnosząc o jej uchylenie w części (z zakresie stanowiska Dyrektora KIS w odpowiedzi na pytania nr 2-3), względnie o przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia. W skardze zawarto również wniosek o zasądzenie na rzecz skarżącej zwrotu kosztów postępowania sądowego, zgodnie z właściwymi przepisami.
Zaskarżonej interpretacji zarzucono naruszenie przepisów prawa procesowego:
- art. 14b § 2 i art. 14c § 1 ordynacji podatkowej przez wydanie interpretacji indywidualnej sprzecznej z opisem stanu faktycznego zawartym we wniosku skarżącej, w tym przekroczenie zakresu pytań 2-4 i stanowiska skarżącej w zakresie pytań 2-4,
- art. 14c § 1 i 2 w zw. z art. 120 w związku z art. 121 § 1 w zw. z art. 14h oraz art. 14b - art. 14h O.p. oraz art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej w zw. z przepisami art. 15 ust. 4 pkt 1-3), w związku z art. 18d ust. 2 i 2a ustawy o CIT - poprzez przekroczenie zakresu zapytania objętego wnioskiem, w tym brak wskazania w uzasadnieniu interpretacji prawidłowej materialno-prawnej podstawy jej rozstrzygnięcia, w tym błędną wykładnię i dokonanie niewłaściwej oceny do zastosowania przepisu prawa materialnego, w tym uznanie stanowiska skarżące za nieprawidłowe w zakresie pytania nr 2-4, pomimo tego, iż przedstawiony stan faktyczny oraz prawny potwierdza prawidłowość stanowiska skarżącej - a mianowicie, że:
- skarżąca prowadzi działalność badawczo-rozwojową (pytanie nr 1) - co zostało potwierdzone w interpretacji przez Dyrektora, .
- skarżący jest uprawniona do ujęcia w uldze B+R kosztów poniesionych bezpośrednio na rzecz surowców i materiałów w uldze B+R na podstawie art. 18d ust. 2 pkt 2) ustawy CIT oraz wynagrodzeń na podstawie art. 18d ust. 2 pkt 1-1 a ustawy CIT,
- skarżąca jest uprawniony do ujęcia w uldze B+R odpisów amortyzacyjnych WNIP poniesionych na rzecz działalności badawczo-rozwojowej związanej z budową Prototypu na podstawie art. 18d ust. 2a ustawy CIT.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje stanowisko zawarte w zaskarżonej interpretacji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.
Zgodnie z treścią art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Z kolei przepis art. 3 § 2 pkt 4a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143 dalej jako: ppsa), stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg (m.in.) na pisemne interpretacje przepisów prawa wydawane w indywidualnych sprawach.
Na podstawie art. 146 § 1 ppsa, uwzględniając skargę na akt lub czynności, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4 i pkt 4a, sąd uchyla ten akt lub interpretację albo stwierdza bezskuteczność tej czynności, a art. 145 § 1 pkt 1 stosuje się odpowiednio. Art. 145 § 1 pkt 1 ppsa stanowi zaś, że sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Podkreślenia wymaga, że specyfika postępowania w sprawie wydania pisemnej interpretacji polega między innymi na tym, że organ interpretacyjny rozpatruje sprawę tylko i wyłącznie w ramach zagadnienia prawnego zawartego w pytaniu podatnika, stanu faktycznego przedstawionego przez niego oraz wyrażonej przez podatnika oceny prawnej (stanowisko podatnika). Organ nie przeprowadza
w tego rodzaju sprawach postępowania dowodowego, ograniczając się do analizy okoliczności podanych we wniosku. W stosunku tylko do tych okoliczności wyraża następnie swoje stanowisko, które winno być ustosunkowaniem się do stanowiska prezentowanego w danej sprawie przez wnioskodawcę, a w razie negatywnej oceny stanowiska wyrażonego we wniosku - winno wskazywać prawidłowe stanowisko z uzasadnieniem prawnym (art. 14b § 3 i art. 14c § 1 i § 2 ordynacji podatkowej).
Kontrola sądu administracyjnego w swojej istocie polega na ocenie, czy za podstawę udzielonej interpretacji podatkowej posłużył stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe przedstawione przez podatnika we wniosku o interpretację, jeśli tak, to czy organ prawidłowo zinterpretował przepisy prawa.
Trzeba również wyjaśnić, że zgodnie z art. 57a ppsa skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie, opinię zabezpieczającą i odmowę wydania opinii zabezpieczającej może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. W doktrynie podkreśla się, że w świetle przytoczonego przepisu sąd bada prawidłowość zaskarżonej interpretacji indywidualnej tylko z punktu widzenia zarzutów skargi i wskazanej w niej podstawy prawnej. W szczególności sąd nie może podjąć żadnych czynności zmierzających do ustalenia innych, poza wskazanymi w skardze, naruszeń prawa. W wypadku zaś ustalenia takich wad w toku kontroli przeprowadzonej w granicach wyznaczonych skargą, nie może ich uwzględnić przy formułowaniu rozstrzygnięcia w sprawie (por. A. Kabat, Komentarz do art. 57 (a) ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, w: B. Dauter, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Wydanie VI Wolters Kluwer, wyd. elektr.; zob. też S. Babiarz (red.), K. Aromiński, Postępowanie sądowoadministracyjne w praktyce, publ. Lex 2015).
Kontrola zaskarżonej interpretacji indywidualnej (w zaskarżonym zakresie) we wskazanych wyżej granicach prowadzi do wniosku, że interpretacja ta narusza prawo w stopniu uzasadniającym jej wyeliminowanie z obrotu prawnego.
Przedmiotem sporu w niniejszej sprawie była możliwość odliczenia przez skarżącą spółkę jako kosztów kwalifikowanych należności, o których mowa w we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej i będących przedmiotem pytań nr 2-4. Poza sporem pozostaje natomiast w sprawie niniejszej, że opisana we wniosku działalność skarżącej spółki w zakresie budowy opisanego we wniosku Prototypu, spełnia wskazaną w art. 4a pkt 26 ustawy o CIT definicję działalność badawczo - rozwojowej; takie stanowisko skarżącej spółki zostało uznane przez Dyrektora KIS za prawidłowe.
W ocenie sądu, w odniesieniu do spornej w sprawie części interpretacji (dotyczącej pytań nr 2-4), skarżąca spółka trafnie zarzuca organowi interpretacyjnemu naruszenie przepisów postępowania, wskazując, że Dyrektor KIS przekroczył zakres pytań postawionych we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej i nie wskazał materialnoprawnej podstawy przedstawionego rozstrzygnięcia.
Odnosząc się do powyższego, należy wskazać, że zgodnie z treścią art. 14c § 1 ordynacji podatkowej, interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego oraz ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Można odstąpić od uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. W razie negatywnej oceny stanowiska wnioskodawcy interpretacja indywidualna zawiera wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym (§ 2).
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w wyroku z 2 czerwca 2023 r., sygn. I SA/Kr 253/23, trafnie podkreślił, że "wówczas gdy organ negatywnie ocenia stanowisko wnioskodawcy, z art. 14c § 2 O.p. expressis verbis wynika obowiązek zawarcia w interpretacji indywidualnej wskazania prawidłowego - według organu - stanowiska oraz przedstawienia jego uzasadnienia prawnego. W tym zakresie uzasadnienie prawne organu musi być wyczerpujące i w kompleksowy sposób odnosić się do poszczególnych elementów stanu faktycznego oraz zagadnień i argumentów prawnych przywołanych przez wnioskodawcę. (...) brak uzasadnienia prawnego może polegać nie tylko na całkowitym braku argumentacji prawnej, ale również na przytoczeniu w interpretacji jedynie ogólnych tez dotyczących wykładni analizowanego przepisu, a także na braku stanowiska co do całości przedstawionego we wniosku problemu".
Rację ma skarżąca, że ocena przedstawiona przez organ interpretacyjny jest niepełna. Z treści interpretacji nie sposób wywieść jaki tok rozumowania doprowadził Dyrektora KIS do sformułowanych (bądź sugerowanych) wniosków. Tym samym organ naruszył przepisy art. 14c § 1 i § 2 ordynacji podatkowej.
Przypomnieć należy, że postanowione we wniosku pytania (w zaskarżonym zakresie) dotyczyły możliwości odliczenia w ramach ulgi B+R kosztów kwalifikowanych – wydatków na materiały i surowce, niezależnie od tego, czy prototyp zostanie sprzedany (pytanie 2.), ustalenia czy wydatki związane z zatrudnieniem pracowników (w tym sprawujących funkcje nadzorcze i kierownicze) mogą stanowić koszt kwalifikowany (pytanie 3.) oraz przysługującego spółce uprawnienia do odliczenia w ramach ulgi odpisów amortyzacyjnych od WNiP w postaci prac B+R (pytanie 4.)
W zaskarżonej interpretacji indywidualnej, w końcowej jej części Dyrektor KIS udzielił "zbiorczej" odpowiedzi na ww. trzy sporne pytania skarżącej spółki. Odwołał do treści art. 15 ust. 4a ustawy o CIT. Wyjaśnił, że w świetle tego przepisu, w przypadku prowadzenia prac rozwojowych, wszystkie koszty związane z tymi pracami powinny zostać rozliczone w ramach jednej z trzech metod określonych w ww. przepisie.
Dalej organ interpretacyjny stwierdził, że z uwagi na ujęcie/zamiar ujęcia przez skarżącą wskazanych kosztów prac rozwojowych według zasad określonych "w różnych punktach" art. 15 ust. 4a ustawy o CIT, nie sposób uznać, że skarżąca może zaliczyć opisane we wniosku koszty do kosztów kwalifikowanych (w ramach ulgi).
Dyrektor KIS podkreślił, że w sytuacji, w której prace rozwojowe dotyczą jednego projektu, warunkiem skorzystania z ulgi B+R jest właściwe ujęcie ww. kosztów w kosztach uzyskania przychodu, tj. według jednego punktu art. 15 ust. 4a ustawy o CIT. Organ interpretacyjny dodał, że w sytuacji, gdy prace rozwojowe zostały zakończone sukcesem (skarżąca wytworzyła bowiem WNiP) koszty prac rozwojowych należy traktować całościowo. Ich ujęcie powinno nastąpić w ramach jednej z metod z art. 15 ust. 4a ustawy o CIT, a nie – w części – na podstawach ogólnych, zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT.
Odnosząc się do takiego stanowiska Dyrektora KIS skarżąca spółka podniosła, że nie zwracała się z zapytaniem "o potwierdzenie prawidłowości księgowania kosztów przez podatnika", tyko przedstawiła konkretny stan faktyczny, z którego wynika, że dane wydatki stanowią koszty bezpośrednio poniesione i koszty ujęte w formie WNiP.
Zgodzić się należy ze skarżącą, że powyższa odpowiedź Dyrektora KIS w sposób oczywisty nie odnosi się do zagadnień, które były przedmiotem postawionych we wniosku (spornych) pytań.
W kontekście powyższego należy rozważyć na ile organ interpretacyjny może odnosić się do kwestii, o które bezpośrednio nie był pytany. Zdaniem sądu, to czy organ interpretacyjny powinien mieć na uwadze okoliczności wskazane we wniosku, ale nie będące przedmiotem postawionych pytań (i odnieść się do nich), czy też winien skoncentrować się i udzielić wyłącznie odpowiedzi na postawione pytania, wymaga rozważenia w jaki sposób – w danym przypadku – najlepiej zrealizują się funkcje interpretacji indywidualnej. Są nimi zarówno funkcja informacyjna jak i ochronna. W tym względzie z jednej strony można argumentować, że organ analizując opis sprawy i dostrzegając jakieś nieprawidłowości winien reagować i odnosić się do tego. W przeciwnym razie mogłoby się okazać, że źle (w niepełny sposób) poinformuje wnioskodawcę o jego prawach i obowiązkach, a ten ostatni nie będzie korzystać z ochrony. Z drugiej jednak strony trudno odmówić wnioskodawcy prawa do uzyskania informacji w konkretnej interesującej go kwestii i – w konsekwencji - zawężania zakresu pytania (o ile tylko podmiot wnioskujący o wydanie interpretacji jest świadomy ograniczonego zakresu ochrony z tego wynikającego). Zauważyć przy tym należy, że jak wskazano w uzasadnieniu postanowienia siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 20 stycznia 2020 r., sygn. akt I FPS 3/19 "w postępowaniu o wydanie interpretacji indywidualnej wnioskodawca według własnego uznania podejmuje swobodną decyzję co do tego, o jaką kwestię podatkową pyta i w otoczeniu jakich okoliczności (zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego) do tej kwestii się odnoszących. W konsekwencji "to samo" jednym razem jest tylko elementem stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego, a innym razem może być już ważną częścią prawną interpretacji indywidualnej, w której wnioskodawca oczekuje oceny swojego stanowiska w ramach merytorycznej wypowiedzi organu podatkowego".
W sprawie takiej jak rozpoznawana, gdzie po pierwsze, Skarżąca zwróciła się z pytaniami bezpośrednio w zakresie kwalifikacji kosztów na tle art. 18d ustawy o CIT (i z wniosku nie wynikało, ażeby było jej zamiarem uzyskanie informacji na temat zagadnienia prawidłowej kwalifikacji kosztów na tle art. 15 ust. 4a ustawy o CIT), po drugie, samo zagadnienie kwalifikacji kosztów na tle art. 15 ust. 4a ustawy o CIT w tego rodzaju działalności jak prowadzi Skarżąca (liczne projekty, różne efekty, rozciągnięcie projektów w czasie itd.) jest zagadnieniem na tyle złożonym, że z pewnością mogłoby być przedmiotem odrębnego wniosku Skarżącej (o ile takie byłoby jej życzenie), organ winien był po prostu wezwać Skarżącą do tego, czy treścią jej pytań obejmowała kwestię kwalifikacji kosztów na tle art. 15 ust. 4a ustawy o CIT (ewentualnie w interpretacji zastrzec, że stanowisko oparto na założeniu o prawidłowości kwalifikacji kosztów na tle art.15 ust. 4a ustawy o CIT).
W konsekwencji, dokonując kwalifikacji kosztów na tle art. 15 ust. 4a ustawy o CIT w sytuacji, gdy Skarżąca o to nie wnosiła (i nie weryfikując, czy taka kwalifikacja byłaby zgodna z wnioskiem Skarżącej) i wywodząc z tego skutki co do kwalifikacji kosztów jako kwalifikowanych na tle art. 18d ustawy o CIT, organ interpretacyjny naruszył przepis art. 14b § 2 i art. 14c § 1 O.p. przekraczając zakres pytań, o które zwróciła się Skarżąca.
Niezależnie od powyższego należy zauważyć, że organ interpretacyjny – jak wyżej wskazano – przyjął istnienie "warunku" skorzystania z ulgi, jakim jest prawidłowe (w świetle art. 15 ust. 4a ustawy o CIT) rozliczenie kosztów. Taka jednoznaczna teza przedstawiona w ramach podsumowania stanowiska organu interpretacyjnego, jawi się jednak jako arbitralna. Poglądu takiego Dyrektor KIS w żaden sposób bowiem nie uzasadnił.
We wstępnej części rozważań, odwołując się do zacytowanych wcześniej przepisów art. 18d ustawy o CIT, Dyrektor KIS wskazał warunki, których łączne spełnienie powoduje powstanie po stronie podatnika prawa odliczenia kosztów kwalifikowanych w zeznaniu podatkowym. Organ interpretacyjny m. in. wskazał – jako warunek – poniesienie przez podatnika kosztów na działalność badawczo – rozwojową oraz okoliczność, że koszty na działalność badawczo – rozwojową stanowiły dla podatnika koszty uzyskania przychodu. Jako warunku prawa do odliczenia kosztów kwalifikowanych Dyrektor nie wskazał "prawidłowego" rozliczenia takich kosztów uzyskania przychodów.
Wobec powyższego nie sposób wywieść z argumentacji przedstawionej w zaskarżonej interpretacji, w oparciu o które przepisy ustawy o CIT (czy innych regulacji) Dyrektor KIS wywodzi, że dopiero w sytuacji gdy koszty prac rozwojowych byłyby rozliczone według jednej metody spośród wskazanych w art. 15 ust. 4a ustawy o CIT, mogłyby stanowić koszty kwalifikowane ulgi B+R. Takiego wyjaśnienia nie zawarł ani w ramach podsumowania stanowiska, ani też innych częściach interpretacji.
Z wyrażonego w zaskarżonej interpretacji indywidualnej stanowiska zdaje się wynikać, że Dyrektora KIS stawia niejako znak równości pomiędzy kosztami kwalifikowanymi (o których mowa w art. 18d ust. 1 ustawy o CIT) i kosztami prac rozwojowych (o których mowa w art. 15 ust. 4a ustawy o CIT). W tym kontekście należy wskazać, że z treści art. 18d ust. 1 ustawy o CIT wynika, że kosztami kwalifikowanymi są koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo – rozwojową, które zostały zdefiniowane w ust. 2 i nast. art. 18d ustawy o CIT. W świetle przepisów ustawy o CIT, nie sposób uznać, że mówiąc o kosztach kwalifikowanych, mamy do czynienia z takimi samymi kosztami, do których odnosi się art. 15 ust. 4a ustawy o CIT.
Na potwierdzenie powyższego należy wskazać, że w art. 15 ust. 4a ustawy o CIT jest mowa o kosztach prac rozwojowych. Definicja pojęcia "prace rozwojowe" zawarta jest w pkt 28 słowniczka (art. 4a ustawy o CIT), zgodnie z którym ww. pojęcie oznacza prace rozwojowe w rozumieniu art. 4 ust. 3 ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce. Zaś pojęcie "działalności badawczo – rozwojowej", do którego odnosi się art. 18d ust. 1 ustawy o CIT, zostało zdefiniowane w pkt 26 słowniczka ustawy o CIT. Stanowi on, że działalność badawczo – rozwojowa oznacza działalność twórczą obejmującą badania naukowe lub prace rozwojowe, podejmowaną w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania zasobów wiedzy do tworzenia nowych zastosowań. Zauważyć też należy, że o odliczeniu kosztów kwalifikowanych (sposobie i zasadach) mowa jest w art. 18d ust. 8 ustawy. Przepis ten stanowi, że odliczenia (kosztów kwalifikowanych) dokonuje się w zeznaniu za rok podatkowy, w którym poniesiono koszty kwalifikowane. W przypadku gdy podatnik poniósł za rok podatkowy stratę albo wielkość dochodu podatnika jest niższa od kwoty przysługujących mu odliczeń, odliczenia - odpowiednio w całej kwocie lub w pozostałej części - dokonuje się w zeznaniach za kolejno następujące po sobie sześć lat podatkowych następujących bezpośrednio po roku, w którym podatnik skorzystał lub miał prawo skorzystać z odliczenia. Dokonując odliczenia, o którym mowa w zdaniu drugim, uwzględnia się kwoty pomniejszeń, o których mowa w art. 18db ust. 1.
Mając na uwadze powyższe, w ocenie sądu, tak jak prima facie nie ma prostego przełożenia pomiędzy kosztami prac rozwojowych, a kosztami kwalifikowanymi z art. 18d ustawy o CIT, tak prima facie nie jest dostrzegalne proste przełożenie między rozliczeniem na podstawie art. 15 ust. 4a ustawy o CIT a rozliczeniem z art. 18d ust. 1 ustawy o CIT. Tezy przeciwnej, wskazującej na istnienie takiego swoistego "przejścia" organ interpretacyjny nie uzasadnił. W szczególności Dyrektor KIS nie wyjaśnił, jak należy rozumieć zasady odliczenia kosztów kwalifikowanych wynikające z art. 18d ust. 8 ustawy o CIT, w kontekście stawianego przez niego (dodatkowego) "warunku" dotyczącego prawidłowego stosowania art. 15 ust. 4a ustawy o CIT. Pomimo, że przepis art. 18d ust. 8 ustawy o CIT został zacytowany w interpretacji indywidualnej w obu wersjach, tj. obowiązującej do końca roku 2021, jak i od 1 stycznia 2022 roku, organ nie wskazał, czy ma on zastosowanie w sprawie niniejszej (a jeśli tak – to w jaki sposób), czy też (i dlaczego) nie może być stosowany w okolicznościach przedstawionych we wniosku.
W konsekwencji stwierdzić należy, że doszło również do naruszenia art. 14c § 1 i 2 w zw. z art. 120 w związku z art. 121 § 1 w zw. z art. 14h poprzez sporządzenie wadliwego uzasadnienia zaskarżonej interpretacji, w szczególności uzasadnienia, która nie zawiera prawidłowej materialno-prawnej podstawy rozstrzygnięcia przyjętego stanowisko.
Mając na uwadze powyższą argumentację, należało uchylić zaskarżona interpretację indywidualną w zaskarżonej jej części. Jak to wskazano na wstępie, i co zasadnie zarzuca skarżąca spółka, interpretacja ta narusza przepisy postępowania, a naruszenie to ma niewątpliwy wpływ na wynik postępowania w sprawie.
Ponownie wydając interpretację indywidualną, Dyrektor KIS uwzględni stanowisko (i ocenę prawną) wynikającą z niniejszego uzasadnienia. Oznaczać to będzie w szczególności, że organ przyjmie, że celem Skarżącej nie było i nie jest (co obecnie jednoznacznie wynika ze stanowiska Skarżącej) zagadnienia prawidłowej kwalifikacji kosztów na tle art. 15 ust. 4a ustawy o CIT oraz o ile uzna, że istnieje współzależność między rozliczeniem na podstawie art. 15 ust. 4a ustawy o CIT a rozliczeniem z art. 18d ust. 1 ustawy o CIT i uzna, że kwestia ta winna być wskazana w interpretacji, to szczegółowo odniesie się do przepisów prawnych, z których ta współzależność występuje (wyjaśniając je), w tym do treści art. 18d ust. 8 ustawy o CIT.
Mając powyższe na uwadze orzeczono, jak w punkcie pierwszym wyroku, na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) ppsa.
O kosztach postępowania orzeczono w punkcie drugim sentencji wyroku, na podstawie art. 200, art. 205 § 2 ppsa w związku z § 14 ust.1 pkt 1 lit. c) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych. Łączną kwotę 697 zł zasądzoną z tego tytułu na rzecz skarżącej spółki stanowią: wpis od skargi - 200 zł, koszty zastępstwa prawnego 480 zł oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa – 17 zł.
Orzeczenia sądów administracyjnych powołane w niniejszym uzasadnieniu, dostępne są w internetowej Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych CBOSA pod adresem http://orzeczenia.nsa.gov.pl