W uzasadnieniu skargi wywiedziono w pierwszym rzędzie, że wbrew sentencji zaskarżonej decyzji, nie odnosi się ona do odmowy stwierdzenia nadpłaty, lecz odmowy wypłaty oprocentowania nadpłat/zwrotu; wysokość samej nadpłaty/zwrotu pozostaje bezsporna, zatem strona nie ma "przekonania, że organ rzetelnie rozpoznał sprawę", tj. istnieją wątpliwości, "czy rozstrzygnięcie dotyczy jej indywidualnej sprawy". Odnosząc się do istoty sporu organ "winien dojść do przekonania, że decyzja organu podatkowego I instancji uchybia przepisom materialnym i postępowania", opisanym w odwołaniu. Tym samym doszło do naruszenia ww. przepisów procesowych (s. 4 skargi). Co do istoty wskazano natomiast, że z art. 4 ww. noweli wynika, że do oprocentowania nadpłat/zwrotu skarżącej powinien mieć zastosowanie art. 78 Ordynacji podatkowej w brzmieniu sprzed 1 maja 2025 r., a tym samym należało uwzględnić, że § 4 ww. artykułu stosuje się "z zastrzeżeniem § 5 pkt 2". Owo zastrzeżenie znajduje tymczasem zastosowanie do spółki co wynika z literalnej wykładni tego przepisu, skoro nadpłata/zwrot powstała w związku z orzeczeniem Trybunału Sprawiedliwości; jednocześnie z przepisu tego nie wynika, jak twierdzi organ, by miał on zastosowanie wyłącznie do przypadków zwrotu bezpośredniego. Przepis ten nakazuje naliczanie oprocentowania, zgodnie z wolą skarżącej, do 30. dnia od publikacji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości, zatem nie wiąże daty końcowej z dniem zaliczenia nadpłaty/zwrotu na poczet zaległości. Tym samym ww. § 4 art. 78 nie znajdował zastosowania do skarżącej. Strona podkreśliła, że przeciwne stanowisko organu uchybia nie tylko językowej wykładni ww. regulacji, ale i jej prawu do kompensaty za dysponowanie środkami podatnika niezgodnie z prawem (s. 5-8 skargi).
Organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, nie znajdując podstaw do zmiany dotychczasowej oceny (zob. zwłaszcza s. 8 i n.).
Na rozprawie przed tut. Sądem pełnomocnik organu wnosił i wywodził jak dotychczas; w imieniu skarżącej nikt się nie stawił.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.
W punkcie wyjścia wskazać należy, że dostrzeżony przez skarżącą błąd polegający na wskazaniu w komparycji sentencji zaskarżonej decyzji, że dotyczy ona "odmowy stwierdzenia nadpłaty", należy traktować w kategorii oczywistej omyłki. Jak zauważa sama skarżąca na s. 3 in fine skargi, zasadniczo organy rozstrzygały w przedmiocie "odmowy wypłaty oprocentowania". Do tej też kwestii odnosi się ocena prawna wyrażona w spornej decyzji (vide s. 14 i n. decyzji). Wątpliwości co do przedmiotu rozstrzygnięcia mają tym samym charakter pozorny, co notabene potwierdza sama skarżąca podejmując w dalszej części skargi polemikę ze stanowiskiem organu odnośnie do okresu naliczania oprocentowania od przedmiotowych nadpłat/zwrotu. Stąd nie sposób traktować zarzuty procesowe skargi jako mające istotny wpływ na wynik sprawy w rozumieniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy procesowej.
Nie jest też dla Sądu czytelny zarzut naruszenia art. 4 ustawy nowelizującej, bowiem w zaskarżonej decyzji zdystansowano się od argumentu historycznego, tj. by art. 78 § 5 pkt 2 Ordynacji podatkowej nie miał zastosowania z uwagi na to, że został uchylony. Organ, co nawiasem mówiąc nie umknęło skarżącej, oparł się bowiem zasadniczo na twierdzeniu, że przepis ten – choć co do zasady znajdujący zastosowanie w okresie dokonania zwrotu na rzecz skarżącej – nie dotyczy spółki, m.in. jako odnoszący się wyłącznie do zwrotu dokonywanego na rachunek bankowy podatnika (s. 20 decyzji).
Istota sporu koncentruje się więc na relacji § 4 i § 5 pkt 2 art. 78 Ordynacji podatkowej; ściślej, jak należy rozumieć "zastrzeżenie" zawarte w § 4 in fine, co w praktyce oznacza pytanie o to, czy ww. § 5 pkt 2 znajduje do spółki zastosowanie niezależnie od tego, że nadpłata/zwrot miały miejsce przed dniem publikacji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości, a to w ramach zaliczenia na poczet zaległości podatkowych. Nie jest bowiem sporne między stronami, że choć o owym zaliczeniu orzeczono postanowieniem z [...] maja 2023 r., to miało ono charakter deklaratoryjny i do wygaśnięcia nadpłaty/zwrotu doszło przez zaliczenie, tj. z upływem terminu płatności zobowiązań spółki za niektóre okresy rozliczeniowe lat 2018-2020. Skarżąca nie kwestionuje, innymi słowy, że zwrot nastąpił pośrednio (przez zaliczenie na poczet zaległości) przed orzeczeniem Trybunału Sprawiedliwości.
Argumentacja spółki została zbudowana w istocie na zarzucie wykładni per non est; wskazuje bowiem, że organ pomija zastrzeżenie § 4 in fine, z którego wprost wynika wyjątek od reguły, że oprocentowanie przysługuje m.in. do dnia zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości. Wyjątek ów, zdaniem skarżącej znajduje zastosowanie w każdym przypadku powstania nadpłaty/zwrotu w związku z publikacją sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości (art. 77 § 1 pkt 4a Ordynacji podatkowej), tzn. niezależnie od tego, czy wygasła ona przed ową publikacją, jak też niezależnie od tego, w jaki sposób jej dokonano; w szczególności nie ma znaczenia akcentowana przez organ kwestia formy zwrotu (na rachunek bankowy podatnika).
Sąd zauważa wobec tego, że wprawdzie trafnie kontestuje skarżąca zapatrywanie organu, jakoby art. 78 § 5 pkt 2 Ordynacji podatkowej znajdował zastosowanie tylko w sytuacji zwrotu nadpłaty na rachunek bankowy; nic takiego nie wynika z ww. unormowania i nie sposób doszukać się w decyzji uzasadnienia prawnego dla wskazanego poglądu. Zasadnie też odnotowano w skardze, że przepis powyższy nie wiąże daty końcowej naliczania oprocentowania z dniem jej zwrotu, w przeciwieństwie do § 5 pkt 1, jak też § 4 (s. 7 skargi). Prima facie redakcja § 4 in fine ww. artykułu przemawia zatem za wnioskiem zbieżnym ze stanowiskiem skargi. Argument językowy przemawiający za stanowiskiem spółki w ocenie Sądu uchyla jednakże systematyczne odczytanie ww. przepisu, a to w kontekście przywołanych w skardze pkt 1-2 § 5. Przepisy te stanowiły (w brzmieniu znajdującym zastosowanie w sprawie) o naliczaniu oprocentowania:
1) od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu - pod warunkiem złożenia przez podatnika wniosku o zwrot nadpłaty przed terminem albo w terminie 30 dni od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części akt normatywny;
2) od dnia powstania nadpłaty do 30 dnia od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części akt normatywny - jeżeli wniosek o zwrot nadpłaty został złożony po upływie 30 dni od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części ten akt.
Z przepisów tych wynika, że prawodawcy chodziło w nich o uzależnienie okresu naliczania oprocentowania od czasu złożenia wniosku "nadpłatowego"; jako datę graniczną wskazano 30. dzień publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości w stosownym dzienniku urzędowym. Jak wiadomo, wskazany warunek formalny został uznany za niezgodny z prawem UE (por. wyrok w sprawie C-322/22). Sąd przypomina o tym na marginesie; rzecz bowiem w tym, że przepisy te wyrażają intencję prawodawcy związaną z ograniczeniem okresu naliczania oprocentowania. W tym właśnie kontekście normatywnym należy postrzegać zastrzeżenie, o którym mowa w § 4 art. 78, tzn. że ustawodawcy chodziło o wykluczenie sytuacji, w której zwrot/zaliczenie na poczet zaległości, tj. zastosowanie reguły ogólnej, powodowałoby naliczanie oprocentowania za okres dłuższy, aniżeli do 30. dnia od publikacji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości. Omawiane zastrzeżenie nie dotyczyło więc, a taki efekt postuluje spółka, wydłużenia okresu naliczania oprocentowania ponad efektywny (bezpośredni lub pośredni) zwrot nadpłaty, lecz wręcz przeciwnie, skrócenia tego okresu z uwagi na ww. warunek formalny (czas złożenia wniosku "nadpłatowego"). Rzeczony wyjątek od ogólnej reguły, że oprocentowanie jest należne za czas, w którym fiskus dysponuje środkami podatnika, strona czyta więc niejako na wspak; jak bowiem zauważono, ustawodawcy nie chodziło o bezwzględny nakaz naliczania oprocentowania do czasu publikacji sentencji wyroku Trybunału Sprawiedliwości, lecz ów przypadek powiązano czasem złożenia wniosku nadpłatowego (przed albo po wspomnianym, 30-dniowym terminie.
Również celowościowo rzecz ujmując, narracja interpretacyjna spółki jest nie do utrzymania. Przewrotnie bowiem, choć zarazem niejako blankietowo (bo przy pomocy ogólnych formuł jurydycznych) argumentuje strona za realizacją kompensacyjnej funkcji oprocentowania w jej przypadku. Nie sposób przecież tracić z pola widzenia, że efektywnie fiskus dysponował środkami strony w okresie od powstania nadpłaty/zwrotu, do powstania zaległości, na poczet której tę nadpłatę/zwrot zaliczono. Zatem kompensata powinna dotyczyć tego okresu, tzn. odnosić się do momentu "zbilansowania" należności skarżącej i Skarbu Państwa. Tymczasem skarżąca domaga się w istocie naliczenia oprocentowania również za okres, w którym – czego, co ponownie Sąd podkreśla strona nie kwestionuje – nie przysługiwała jej nadpłata/zwrot podatku, bowiem te wygasły wcześniej w stosownych datach płatności zobowiązań podatkowych (zaległości, na poczet których je zaliczono).
W związku z powyższym również braki uzasadnienia prawnego spornej decyzji w zakresie przyjętej przez organ wykładni art. 78 § 4-5 Ordynacji podatkowej Sąd potraktował jako niemające wpływu na wynik sprawy. Stanowisko organu co do istoty jest bowiem prawidłowe, jakkolwiek dopiero systematyczne i celowościowe odczytanie ww. przepisów pozwala na wyjaśnienie niespójności ujawniających się na tle językowego ich rozumienia w przedmiotowym stanie faktycznym (interpretatio cessat in claris).
W tym stanie rzeczy oddalono skargę. Podstawę prawną wyroku stanowił art. 151 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.