Powyższe skutkowało uznaniem przez Dyrektora, że twierdzenie strony, że wniosek o wznowienie został złożony w terminie wynikającym z art. 241 § 2 pkt 1 o.p., który, jej zdaniem, winien być liczony od 26 maja 2025 r. (doręczenie pełnomocnikowi pisma Prokuratury Regionalnej w L. z 21 maja 2025 r., sygn. [...]), nie znajduje uzasadnienia. Wskazano, że spełnienie przesłanki zachowania ustawowego terminu do złożenia wniosku o wznowienie postępowania podatkowego jest niezbędne do skutecznego uruchomienia procedury wznowieniowej, zatem jej niespełnienie skutkuje odmową wznowienia postępowania. Z uwagi na niedopuszczalność wznowienia postępowania zakończonego decyzją ostateczną, Dyrektor IAS wyjaśnił, że zobowiązany był, na podstawie art. 243 § 3 o.p., do wydania decyzji w sprawie odmowy wznowienia ww. postępowania.
W związku z tym za nieuzasadnione uznano podniesione przez stronę w odwołaniu z 14 sierpnia 2025 r. zarzuty, bowiem organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Mający zastosowanie w niniejszej sprawie przepis art. 241 § 2 pkt 1 o.p. wprost stanowi, że wznowienie postępowania z przyczyny wymienionej w art. 240 § 1 pkt 4 o.p. następuje tylko na żądanie strony, wniesione w terminie miesiąca od dnia powzięcia wiadomości o wydaniu decyzji. W przepisie tym mowa jest o powzięciu informacji o wydaniu decyzji, a nie innego pisma, np. pisma Prokuratury. Ponadto zwrócono również uwagę, że zaskarżona decyzja zawiera wszystkie elementy wymienione w art. 210 § 1 o.p., a jej uzasadnienie jest wyczerpujące i spełnia wymogi określone w art. 210 § 4 o.p. W zaskarżonej decyzji organ zawarł uzasadnienie faktyczne oraz uzasadnienie prawne. W zaskarżonej decyzji organ przedstawił wykładnię przepisów prawa mających zastosowanie w niniejszej sprawie, która doprowadziła do zastosowania określonych przepisów do ustalonego stanu faktycznego. Wyjaśnił, w jaki sposób przepisy prawa procesowego wpłynęły na treść rozstrzygnięcia.
Powyższą decyzję organu odwoławczego z 12 września 2025 r. strona zaskarżyła do tutejszego sądu. W skardze z 27 października 2025 r. skarżąca podniosła zarzut naruszenia:
1) Przepisów postępowania:
a) art. 243 § 3 o.p. w zw. z art. 240 § 1 pkt 4 w zw. z art. 241 § 2 pkt 1) o.p. w zw. art. 2, art. 31, art. 42 ust. 3 Konstytucji RP oraz w zw. z art. 6 ust. 1 Konwencji i art. 47 i 48 ust. 1 i 2 KPP, poprzez uznanie, że zasadne jest i utrzymanie w mocy Decyzji organu I instancji odmawiającej wznowienia postępowania, a w konsekwencji odmowę uchylenia decyzji ostatecznej, co podyktowane było błędnym uznaniem, że w sprawie nie jest spełniona przesłanka uzasadniająca jej uchylenie, gdyż spółka w ocenie organu nie zachowała miesięcznego terminu do złożenia wniosku, o którym mowa w art. 241 § i 2 pkt 1) ordynacji podatkowej, tj. złożyła przedmiotowy wniosek o wznowienie postępowania w dniu 26 czerwca 2025 r., podczas gdy decyzja ostateczna została spółce doręczona 13 czerwca 2023 r. i to od tej daty spółka winna liczyć bieg terminu do i złożenia wniosku, w sytuacji gdy w momencie doręczenia decyzji ostatecznej, spółka nie miała jeszcze wiedzy, że w ramach postępowań podatkowych nie może składać wniosków o przeprowadzenie dowodów z dokumentów pochodzących z akt postępowania karnego i prowadzonego pod sygn. akt [...], (dalej: "śledztwo"), prowadzonego przez Prokuraturę Regionalną w L., (dalej: "Prokuratura") ani ujawniać informacji z nich wynikających, wobec czego należy uznać, że niniejsza sprawa winna zostać rozpoznana z pominięciem obowiązku dochowania miesięcznego terminu na złożenie żądania liczonego od dnia wydania decyzji, gdyż bieg miesięcznego terminu, o którym mowa w art. 241 § 2 pkt 1) o.p. powinien być w takiej sytuacji zawieszony i termin ten powinien rozpocząć bieg nie w momencie wydania decyzji ostatecznej, a w momencie gdy spółka dowiedziała się o okoliczności, przez którą nie mogła uczestniczyć w postępowaniu, bowiem przepisy prawa krajowego nie mogą być skonstruowane w sposób wykluczający możliwość zastosowania przepisów prawa wspólnotowego, z których wynika prawo spółki do rzetelnego procesu, wnoszenia skutecznych środków prawnych czy prawa do obrony;
b) art. 240 § 1 pkt 4) w zw. z art. 210 § 1 pkt 6) i § 4 w zw. z art. 124 o.p., poprzez brak merytorycznego rozpoznania wniosku na skutek błędnego uznania, że wniosek ten został złożony z pominięciem terminu warunkującego wznowienie postępowania, podczas gdy w sytuacji kolizji przepisów krajowych z przepisami wspólnotowymi zapewniającymi spółce prawo do rzetelnego procesu i skutecznej obrony swych praw, organ winien był rozpoznać złożony przez spółkę wniosek merytorycznie, z pominięciem art. 241 § 2 pkt 1) o.p. i w konsekwencji uchylić decyzję ostateczną;
c) art. 121 oraz art. 122 o.p. w zw. z art. 240 § 1 pkt 4) oraz art. 241 § 2 pkt 1) o.p., poprzez nieuprawnione przyjęcie przez organ, że wniosek został złożony z uchybieniem terminu, a taka wykładnia art. 240 § 1 pkt 4) i związanego z nim art. 241 § 2 pkt 1) o.p. wyklucza prawo spółki do wznowienia postępowania, bowiem na moment wydania decyzji ostatecznej spółka nie miała wiedzy o braku możliwości posługiwania się materiałami pochodzącymi ze śledztwa - dowiedziała się o tym dopiero wraz z otrzymaniem pisma Prokuratora, a zatem warunek wznowienia postępowania w ciągu miesiąca od dnia powzięcia informacji o wydaniu decyzji ostatecznej ze wskazanej przyczyny nie był możliwy do spełnienia;
d) art. 121 § 1, art. 122, art. 123 § 1, art. 187 § 1, art. 191 i art. 200 § 1 o.p., poprzez wydanie decyzji bez uprzedniego wyznaczenia spółce siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się co do zebranego materiału dowodowego i zgłoszonych żądań, co w konsekwencji pozbawiło spółkę możliwości zaoferowania nowych dowodów, czym organ naruszył zasadę czynnego udziału strony w postępowaniu podatkowym oraz zasadę budzenia zaufania do organów podatkowych, a tym samym pozbawił Spółkę prawa do przedstawienia swojego stanowiska i dowodów, co mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy;
e) art. 2a oraz art. 121 § 1 i art. 124 o.p., poprzez naruszenie zasady rozstrzygania wątpliwości przepisów prawa podatkowego na korzyść podatnika, polegające na odmowie wznowienia postępowania w związku z uznaniem, że Wniosek nie spełnia przesłanki dopuszczalności wznowienia, tj. żądanie zostało wniesione po upływie terminu, o którym mowa w art. 241 § 2 pkt 1 Ordynacji podatkowej, podczas gdy w sytuacji, gdy Organ powziął wątpliwość co do prawa Spółki do wznowienia postępowania z uwagi na sposób liczenia miesięcznego terminu pozwalającego na wznowienie postępowania, to powinien uznać ze termin ten liczony powinien być od momentu kiedy Spóła pozyskała wiedzę o braku możliwości posługiwania się materiałami pochodzącymi ze Śledztwa, a nie od terminu wydania Decyzji Ostatecznej.
W oparciu o powyższe zarzuty, skarżąca spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości, o uchylenie decyzji ostatecznej oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika ŁUCS z dnia [...] grudnia 2019 r. w całości oraz o umorzenie postępowania prowadzonego wobec spółki w sprawie rozliczeń podatkowych w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2011 rok. Ewentualnie zawnioskowano o uchylenie decyzji w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez organ w I instancji. Dodatkowo zawarto wniosek o zasądzenie na rzecz skarżącej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych, a także o rozpoznanie sprawy na rozprawie.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor wniósł o jej oddalenie.
W piśmie a 19 maja 2026 roku skarżąca spółka podtrzymała i uzupełniła argumentację przedstawioną w skardze.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.
Skarga nie jest zasadna.
Na wstępie sąd wyjaśnia, że zgodnie z treścią art. 184 Konstytucji RP w związku z art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Innymi słowy, kontrola aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej dokonywana jest pod względem ich zgodności z prawem materialnym i przepisami procesowymi, nie zaś według kryteriów słuszności. Oznacza to, że kontrola ta sprowadza się do zbadania, czy organ administracji nie naruszył prawa.
Z kolei przepis art. 3 § 2 pkt 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 roku Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (dalej jako: "ppsa") stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie, z wyłączeniem postanowień wierzyciela o niedopuszczalności zgłoszonego zarzutu oraz postanowień, przedmiotem których jest stanowisko wierzyciela w sprawie zgłoszonego zarzutu. Powyższa kontrola dokonywana jest według stanu faktycznego i prawnego na dzień wydania zaskarżonego aktu administracyjnego, na podstawie materiału dowodowego zebranego w toku postępowania administracyjnego. W wyniku takiej kontroli postanowienie może zostać uchylone w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a), b) i c) ppsa).
Uwzględnienie skargi może nastąpić również poprzez stwierdzenie nieważności postanowienia - w wypadku ustalenia, że zaskarżony akt jest dotknięty jedną z wad wymienionych w art. 156 § 1 k.p.a. lub w innych przepisach, np. w art. 247 § 1 ordynacji podatkowej (art. 145 § 1 pkt 2 ppsa). Rozstrzygnięcie sądu nie wymaga w tym wypadku wcześniejszego ustalenia, że ujawniona wada miała wpływ na wynik sprawy.
Jednakże, zgodnie art. 134 § 1 ppsa, sąd administracyjny rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Natomiast w myśl art. 135 ppsa, sąd stosuje przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego jej załatwienia. Przytoczone wyżej przepisy art. 134 i 135 ppsa dopuszczają zatem możliwość objęcia sądową kontrolą legalności nie tylko zaskarżonego aktu (postanowienia), ale również wszystkich innych aktów lub czynności, które zostały wydane w ramach tego samego stosunku administracyjnoprawnego, ponieważ użyty w obu tych przepisach termin "sprawa" występuje w znaczeniu materialnym, a nie procesowym. Granice tej bowiem sprawy administracyjnej wyznaczają zakres sądowej kontroli działalności administracji publicznej, o której stanowi art. 1 ppsa, która to kontrola sprawowana jest pod względem zgodności z prawem.
W analizowanej sprawie przedmiotem kontroli sądu jest decyzja odmawiająca wznowienia postępowania zakończonego ostateczną decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z [...] lipca 2023 r., utrzymującą w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w L. z [...] grudnia 2020 r. w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2012 rok w kwocie 21.476.152,00 zł. Organ odmówił wznowienia postępowania z tej przyczyny, iż w jego przekonaniu skarżąca spółka złożyła wniosek o wznowienie z naruszeniem terminu ustawowego.
Wskazać należy, że 5 listopada 2025 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok o sygn. akt II FSK 522/24, w którym po rozpatrzeniu skarg kasacyjnych Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. oraz A. sp. z o.o. z siedzibą w W. od wspomnianego wyżej wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 12 grudnia 2023 roku, sygn. akt III SA/Wa 1780/23, w sprawie ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2011 r., oddalił skargi kasacyjne. To oznacza, że uprawomocnił się wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 12 grudnia 2023 r., sygn. akt III SA/Wa 1780/23; natomiast we wskazanym wyroku WSA w Warszawie, po rozpoznaniu sprawy ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z [...] czerwca 2023 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2011 r. uchylił zaskarżoną decyzję.
Powyższe oznacza, że decyzja, której miał dotyczyć wniosek skarżącej o wznowienie postępowania, została wyeliminowana z obrotu prawnego.
Analogiczna w treści skarga wniesiona przez stronę skarżącą była przedmiotem rozpoznania przez tutejszy sąd w wyroku z 26 marca 2026 roku w sprawie sygn. akt III SA/Wa 2535/25 (dotyczącej wniosku o wznowienie postepowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 roku). W dalszej części niniejszego uzasadnienia, sąd posłuży się argumentacją przedstawioną w powołanym wyroku, przyjmując ją za własną.
Jak stanowi art. 240 § 1 o.p., w sprawie zakończonej decyzją ostateczną wznawia się postępowanie, jeżeli wystąpi któraś z przesłanek wskazanych w tym przepisie. Nie może zatem budzić jakichkolwiek wątpliwości, że postępowanie nadzwyczajne, o którym mowa w tym przepisie, może być zainicjowane wyłącznie w tych sprawach, w których mamy do czynienia z decyzją ostateczną.
Organ podatkowy przed wszczęciem postępowania w sprawie wznowienia postępowania obowiązany jest rozpoznać dopuszczalność wznowienia postępowania. Jest to pierwszy etap postępowania w sprawie wznowienia postępowania. Etap ten ma szczególne znaczenie, gdy wszczęcie postępowania następuje na wniosek strony. Jeżeli czynności wstępne badające dopuszczalność wznowienia postępowania przyniosą wynik pozytywny, to organ podatkowy wydaje postanowienie o wznowieniu postępowania, w razie wyniku negatywnego, decyzją organ odmawia wznowienia postępowania. Wydanie decyzji odmawiającej wznowienia postępowania może nastąpić wyłącznie w przypadku stwierdzenia niedopuszczalności wznowienia postępowania. Niedopuszczalność wznowienia postępowania występuje z przyczyn przedmiotowych i podmiotowych. Niedopuszczalne jest wznowienie postępowania również wtedy, gdy żądanie strony o wznowienie postępowania na podstawie art. 240 § 1 pkt 4 o.p. zostało wniesione po upływie miesiąca od dnia powzięcia wiadomości o wydaniu decyzji.
W analizowanej sprawie, jak wynika z akt sprawy, organ uznał, że nie może wznowić postępowania, bowiem skarżąca uchybiła terminowi ustawowemu, który wynika z art. 241 § 2 o.p. Zgodnie z tym przepisem, wznowienie postępowania z przyczyny wymienionej w art. 240 § 1 pkt 4 następuje tylko na żądanie strony wniesione w terminie miesiąca od dnia powzięcia wiadomości o wydaniu decyzji.
Sąd zgadza się ze stanowiskiem organu, że treść art. 241 § 2 pkt 1 o.p. nie daje możliwości odnoszenia terminu w nim wskazanego do okoliczności innej, niż powzięcie wiadomości o wydaniu decyzji ostatecznej. Termin określony w art. 241 § 2 pkt 1 o.p. jest terminem zawitym i nie podlega przywróceniu. W wyroku z dnia 24 listopada 2009 r., sygn. akt SK 36/07 Trybunał Konstytucyjny uznał, że wskazany przepis "jest zgodny z art. 2, art. 32 ust. 1 i art. 190 ust. 4 Konstytucji RP oraz nie jest niezgodny z art. 64 ust. 2 Konstytucji RP". Zatem prawidłowe zastosowanie art. 241 § 2 pkt 1 o.p. w realiach niniejszej sprawy zasadnie doprowadziło do wydania decyzji na podstawie art. 243 § 3 o.p., w której organ odmówił wznowienia postępowania i nie rozpatrywał merytorycznie sprawy.
Jak natomiast okazało się następczo, decyzja wymiarowa, której wniosek spółki dotyczył, została wyeliminowana z obrotu, co także musiało skutkować uznaniem, że wznowienie postępowania w tej sprawie było niedopuszczalne i musiało prowadzić do wydania kierunkowo tożsamej decyzji, a zatem decyzji o odmowie wznowienia postępowania. Nie może budzić zatem żadnych wątpliwości, że zaskarżona decyzja musiała się ostać. W konsekwencji nie było podstaw prawnych do tego, by wskutek wyroku NSA z 5 listopada 2025 r., II FSK 522/24, uwzględnić wniosek spółki o uchylenie decyzji o odmowie wznowienia postępowania i o umorzenie postępowania prowadzonego wobec spółki, bowiem wskutek wydania tych decyzji do wszczęcia postępowania nie doszło.
W świetle aktualnych okoliczności sprawy (która będzie ponownie rozpoznawana przez organ odwoławczy) skarżąca spółka będzie miała zagwarantowany rzeczywisty udział w postępowaniu i pełną w nim aktywność.
Należy zauważyć, że organ w decyzji o odmowie wznowienia postępowania z powodu przekroczenia terminu ustawowego do wznowienia w przypadku przesłanki, na którą powołuje się skarżąca, nie mógł badać, czy przesłanka ta wystąpiła, a jeśli tak, to jaki jest jej wpływ na wynik sprawy. Jak wynika z decyzji, która jest przedmiotem kontroli sądu w niniejszej sprawie, organ prawidłowo kwestii tych nie badał i nie wypowiadał się na ich temat. Zatem analiza ewentualnego wpływu przedstawianych przez skarżącą okoliczności na wynik sprawy wymiarowej pozostaje otwarta, bowiem ani organ, ani sąd w niniejszym wyroku, do okoliczności tych odnieść się nie mógł z powodu braku wszczęcia postępowania wznowieniowego. Poza zakresem tego postępowania pozostaje także kwestia możliwości podnoszenia okoliczności wskazywanych jako przyczyna wznowienia w postępowaniu głównym, z uwagi na fakt, iż sprawa będzie rozpatrywana ponownie po wyroku WSA i NSA.
Podsumowując, sąd nie mógł w niniejszej sprawie uchylić decyzji o odmowie wznowienia postępowania, bowiem niewątpliwie istniały przeszkody do jego wznowienia, choćby z tego powodu, iż decyzja, której postępowanie to dotyczyło, została wyeliminowana z obrotu.
Podsumowując, organy zasadnie w niniejszej sprawie uznały, że nie zostały spełnione warunki formalne do wznowienia postępowania, wskutek czego zasadnie odmówiły wznowienia postępowania podatkowego.
Mając na uwadze powyższe, sąd uznał, że zaskarżona decyzja odpowiada prawu i na podstawie art. 151 ppsa skargę oddalił, o czym orzekł w sentencji wyroku.
Orzeczenia powołane w niniejszym uzasadnieniu są opublikowane w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych (CBOSA) pod adresem internetowym http://orzeczenia.nsa.gov.pl.