5. Dyrektor IAS po przeanalizowaniu okoliczności faktycznych i prawnych niniejszej sprawy oraz zarzutów podniesionych w odwołaniu, decyzją z [...] września 2025 r. utrzymał w mocy decyzję organu pierwszej instancji z [...] lipca 2025 r. Organ odwoławczy wyjaśnił na wstępie, że w niniejszym postępowaniu odwoławczym ocenie podlega decyzja Dyrektora IAS z [...] lipca 2025 r. w sprawie odmowy wznowienia postępowania zakończonego ostateczną decyzją Dyrektora IAS z [...] października 2023r., utrzymującą w mocy decyzję Naczelnika [...] z [...] marca 2021 r., określającą wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 r. w kwocie 27.649.287,00 zł. Dyrektor IAS uznał, że nie są zasadne podnoszone przez Stronę w odwołaniu z 14 sierpnia 2025 r. zarzuty naruszenia art. 121 oraz art. 122 w zw. z art. 240 § 1 pkt 4 oraz art. 241 § 2 pkt 1 O.p., zarzuty naruszenia art. 243 § 3 w zw. z art. 240 § 1 pkt 4 w zw. z art. 241 § 2 pkt 1 O.p. w zw. art. 2, art. 31, art. 42 ust. 3 Konstytucji RP oraz w zw. z art. 6 ust. 1 Konwencji i art. 47 i 48 ust. 1 i 2 Karty. Dyrektor IAS podkreślił również, że zgodnie z art. 120 O.p. organy podatkowe działają na podstawie przepisów prawa. Mający zastosowanie w niniejszej sprawie przepis art. 241 § 2 pkt 1 O.p. wprost stanowi, że wznowienie postępowania z przyczyny wymienionej w art. 240 § 1 pkt 4 O.p. następuje tylko na żądanie strony, wniesione w terminie miesiąca od dnia powzięcia wiadomości o wydaniu decyzji. W przepisie tym mowa jest o powzięciu informacji o wydaniu decyzji, a nie innego pisma, np. pisma Prokuratury. Nieuzasadnione są również zarzuty naruszenia art. 240 § 1 pkt 4 w zw. z art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 124 O.p. W jego ocenie zaskarżona decyzja zawiera wszystkie elementy wymienione w art. 210 § 1 O.p., a jej uzasadnienie jest wyczerpujące i spełnia wymogi określone w art. 210 § 4 O.p. W zaskarżonej decyzji organ I instancji zawarł uzasadnienie faktyczne (organ wskazał fakty, które uznał za udowodnione, przedstawiając dowody, na których się oparł) oraz uzasadnienie prawne (organ wskazał podstawę prawną podjętego rozstrzygnięcia, przytaczając konkretne przepisy prawa). W zaskarżonej decyzji organ pierwszej instancji przedstawił wykładnię przepisów prawa mających zastosowanie w niniejszej sprawie, która doprowadziła do zastosowania określonych przepisów do ustalonego stanu faktycznego i wyjaśnił, w jaki sposób przepisy prawa procesowego wpłynęły na treść rozstrzygnięcia.
6. Nie zgodziwszy się ze stanowiskiem organów podatkowych Skarżąca - pismem z 27 października 2025 r. - wniosła do tutejszego Sądu skargę na decyzję organu odwoławczego z [...] września 2025 r., zarzucając jej naruszenie:
1) Przepisów postępowania, tj.:
a) art. 243 § 3 w zw. z art. 240 § 1 pkt 4 w zw. z art. 241 § 2 pkt 1) O.p. w zw. art. 2, art. 31, art. 42 ust. 3 Konstytucji RP oraz w zw. z art. 6 ust. 1 Konwencji i art. 47 i 48 ust. 1 i 2 Karty, poprzez uznanie, że zasadne jest utrzymanie w mocy decyzji organu I Instancji odmawiającej wznowienia postępowania, a w konsekwencji odmowę uchylenia decyzji ostatecznej, co podyktowane było błędnym uznaniem, że w sprawie nie jest spełniona przesłanka uzasadniająca jej uchylenie, gdyż Spółka w ocenie organu nie zachowała miesięcznego terminu do złożenia wniosku, o którym mowa w art. 241 § 2 pkt 1) O.p., tj. złożyła przedmiotowy wniosek o wznowienie postępowania 26 czerwca 2025 r. (dalej "Wniosek"), podczas gdy decyzja ostateczna została Spółce doręczona 18 października 2022 r. i to od tej daty Spółka winna liczyć bieg terminu do złożenia Wniosku, w sytuacji gdy w momencie doręczenia decyzji ostatecznej, Spółka nie miała jeszcze wiedzy, że w ramach postępowań podatkowych nie może składać wniosków o przeprowadzenie dowodów z dokumentów pochodzących z akt Śledztwa, prowadzonego przez Prokuraturę, ani ujawniać informacji z nich wynikających, wobec czego należy uznać, że niniejsza sprawa winna zostać rozpoznana z pominięciem obowiązku dochowania miesięcznego terminu na złożenie żądania liczonego od dnia wydania decyzji, gdyż bieg miesięcznego terminu, o którym mowa w art. 241 § 2 pkt 1) O.p. powinien być w takiej sytuacji zawieszony i termin ten powinien rozpocząć bieg nie w momencie wydania decyzji ostatecznej, a w momencie gdy Spółka dowiedziała się o okoliczności, przez którą nie mogła uczestniczyć w postępowaniu, bowiem przepisy prawa krajowego nie mogą być skonstruowane w sposób wykluczający możliwość zastosowania przepisów prawa wspólnotowego, z których wynika prawo Spółki do rzetelnego procesu, wnoszenia skutecznych środków prawnych czy prawa do obrony;
b) art. 240 § 1 pkt 4) w zw. z art. 210 § 1 pkt 6) i § 4 w zw. z art. 124 O.p., poprzez brak merytorycznego rozpoznania Wniosku na skutek błędnego uznania, że Wniosek ten został złożony z pominięciem terminu warunkującego wznowienie postępowania, podczas gdy w sytuacji kolizji przepisów krajowych z przepisami wspólnotowymi zapewniającymi Spółce prawo do rzetelnego procesu i skutecznej obrony swych praw, organ winien był rozpoznać złożony przez Spółkę Wniosek merytorycznie, z pominięciem art. 241 § 2 pkt 1) O.p. i w konsekwencji uchylić decyzję ostateczną;
c) art. 121 oraz art. 122 w zw. z art. 240 § 1 pkt 4) oraz art. 241 § 2 pkt 1) O.p. poprzez nieuprawnione przyjęcie przez organ, że Wniosek został złożony z uchybieniem terminu, a taka wykładnia art. 240 § 1 pkt 4) i związanego z nim art. 241 § 2 pkt 1) O.p. wyklucza prawo Spółki do wznowienia postępowania, bowiem na moment wydania decyzji ostatecznej Spółka nie miała wiedzy o braku możliwości posługiwania się materiałami pochodzącymi ze Śledztwa - dowiedziała się o tym dopiero wraz z otrzymaniem pisma Prokuratora, a zatem warunek wznowienia postępowania w ciągu miesiąca od dnia powzięcia informacji o wydaniu decyzji ostatecznej ze wskazanej przyczyny nie był możliwy do spełnienia.
d) art. 121 § 1, art. 122, art. 123 § 1, art. 187 § 1, art. 191 i art. 200 § 1 O.p. - poprzez wydanie decyzji bez uprzedniego wyznaczenia Spółce siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się co do zebranego materiału dowodowego i zgłoszonych żądań, co w konsekwencji pozbawiło Spółkę możliwości zaoferowania nowych dowodów, czym organ naruszył zasadę czynnego udziału strony w postępowaniu podatkowym oraz zasadę budzenia zaufania do organów podatkowych, a tym samym pozbawił Spółkę prawa do przedstawienia swojego stanowiska i dowodów, co mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
e) art. 2a oraz art. 121 § 1 i art. 124 O.p., poprzez naruszenie zasady rozstrzygania wątpliwości przepisów prawa podatkowego na korzyść podatnika, polegające na odmowie wznowienia postępowania w związku z uznaniem, że Wniosek nie spełnia przesłanki dopuszczalności wznowienia, tj. żądanie zostało wniesione po upływie terminu, o którym mowa w art. 241 § 2 pkt 1 O.p., podczas gdy w sytuacji, gdy organ powziął wątpliwość co do prawa Spółki do wznowienia postępowania z uwagi na sposób liczenia miesięcznego terminu pozwalającego na wznowienie postępowania, to powinien uznać ze termin ten liczony powinien być od momentu kiedy Spóła pozyskała wiedzę o braku możliwości posługiwania się materiałami pochodzącymi ze Śledztwa, a nie od terminu wydania decyzji ostatecznej.
Mając na względzie powyższe zarzuty, Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości, uchylenie decyzji ostatecznej oraz poprzedzającej ją decyzji Naczelnika [...] z [...] marca 2021 r. w całości oraz o umorzenie postępowania prowadzonego wobec Spółki w sprawie rozliczeń podatkowych w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r., bądź ewentualnie o uchylenie decyzji organu odwoławczego w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania przez organ I instancji. Jednocześnie Skarżąca wniosła o zasądzenie na rzecz Skarżącej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych,
7. W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
skarga nie zasługiwała na uwzględnienie.
8. Kontrola aktów lub czynności z zakresu administracji publicznej dokonywana jest pod względem ich zgodności z prawem materialnym i przepisami procesowymi. Oznacza to, że kontrola ta sprowadza się do badania, czy organ administracji wydając zaskarżony akt nie naruszył prawa. W wyniku kontroli sądu administracyjnego decyzja lub postanowienie mogą zostać uchylone w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności naruszających prawo i przez to mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej "P.p.s.a.") lub też wystąpiło naruszenie prawa będące podstawą stwierdzenia ich nieważności (art. 145 § 1 pkt 2 P.p.s.a.). Stosownie zaś do treści art. 134 P.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Sąd nie może przy tym wydać orzeczenia na niekorzyść strony skarżącej, chyba że dopatrzy się naruszenia prawa skutkującego stwierdzeniem nieważności zaskarżonego aktu lub czynności.
9. W analizowanej sprawie przedmiotem kontroli Sądu jest decyzja odmawiająca wznowienia postępowania zakończonego ostateczną decyzją Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z [...] października 2022 r., utrzymującą w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w L. z [...] marca 2021 r. w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 rok. Organ odmówił wznowienia postępowania z tej przyczyny, iż w jego przekonaniu skarżąca spółka złożyła wniosek o wznowienie z naruszeniem terminu ustawowego.
10. W toku postępowania sądowego Skarżąca zmodyfikowała swoje stanowisko wskazując, że 5 listopada 2025 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok o sygn. akt II FSK 387/24, w którym po rozpatrzeniu skarg kasacyjnych Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. oraz A. sp. z o.o. z siedzibą w W. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 31 października 2023 r., sygn. akt III SA/Wa 2822/22, w sprawie ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] października 2022 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2013 r. oddalił skargi kasacyjne. To oznacza, że uprawomocnił się powołany powyżej wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie; natomiast we wskazanym wyroku WSA w Warszawie, po rozpoznaniu sprawy ze skargi A. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2013 r. uchylił zaskarżoną decyzję. Oznacza to w konsekwencji, że decyzja, której miał dotyczyć wniosek Skarżącej o wznowienie postępowania, została wyeliminowana z obrotu prawnego.
11. Jak stanowi art. 240 § 1 O.p., w sprawie zakończonej decyzją ostateczną wznawia się postępowanie, jeżeli wystąpi któraś z przesłanek wskazanych w tym przepisie. Nie może zatem budzić jakichkolwiek wątpliwości, że postępowanie nadzwyczajne, o którym mowa w tym przepisie, może być zainicjowane wyłącznie w tych sprawach, w których mamy do czynienia z decyzją ostateczną. Organ podatkowy przed wszczęciem postępowania w sprawie wznowienia postępowania obowiązany jest rozpoznać dopuszczalność wznowienia postępowania. Jest to pierwszy etap postępowania w sprawie wznowienia postępowania. Etap ten ma szczególne znaczenie, gdy wszczęcie postępowania następuje na wniosek strony. Jeżeli czynności wstępne badające dopuszczalność wznowienia postępowania przyniosą wynik pozytywny, to organ podatkowy wydaje postanowienie o wznowieniu postępowania, w razie wyniku negatywnego, decyzją organ odmawia wznowienia postępowania. Wydanie decyzji odmawiającej wznowienia postępowania może nastąpić wyłącznie w przypadku stwierdzenia niedopuszczalności wznowienia postępowania. Niedopuszczalność wznowienia postępowania występuje z przyczyn przedmiotowych i podmiotowych. Niedopuszczalne jest wznowienie postępowania również wtedy, gdy żądanie strony o wznowienie postępowania na podstawie art. 240 § 1 pkt 4 O.p. zostało wniesione po upływie miesiąca od dnia powzięcia wiadomości o wydaniu decyzji.
12. W analizowanej sprawie, jak wynika z akt sprawy, organ uznał, że nie może wznowić postępowania, bowiem Skarżąca uchybiła terminowi ustawowemu, który wynika z art. 241 § 2 O.p. Zgodnie z tym przepisem, wznowienie postępowania z przyczyny wymienionej w art. 240 § 1 pkt 4 następuje tylko na żądanie strony wniesione w terminie miesiąca od dnia powzięcia wiadomości o wydaniu decyzji. Sąd podziela stanowisko organu, iż treść art. 241 § 2 pkt 1 O.p. nie daje możliwości odnoszenia terminu w nim wskazanego do okoliczności innej, niż powzięcie wiadomości o wydaniu decyzji ostatecznej. Termin określony w art. 241 § 2 pkt 1 O.p. jest terminem zawitym i nie podlega przywróceniu. W wyroku z dnia 24 listopada 2009r., sygn. akt SK 36/07 Trybunał Konstytucyjny uznał, że wskazany przepis "jest zgodny z art. 2, art. 32 ust. 1 i art. 190 ust. 4 Konstytucji RP oraz nie jest niezgodny z art. 64 ust. 2 Konstytucji RP". Zatem prawidłowe zastosowanie art. 241 § 2 pkt 1 o.p. w realiach niniejszej sprawy zasadnie doprowadziło do wydania decyzji na podstawie art. 243 § 3 O.p., w której organ odmówił wznowienia postępowania i nie rozpatrywał merytorycznie sprawy. Jak natomiast okazało się następczo, decyzja wymiarowa, której wniosek spółki dotyczył, została wyeliminowana z obrotu, co także musiało skutkować uznaniem, że wznowienie postępowania w tej sprawie było niedopuszczalne i musiało prowadzić do wydania kierunkowo tożsamej decyzji, a zatem decyzji o odmowie wznowienia postępowania. Nie może budzić zatem żadnych wątpliwości, że zaskarżona decyzja musiała się ostać. W konsekwencji nie było podstaw prawnych do tego, by wskutek wyroku NSA z 5 listopada 2025 r., II FSK 2208/23, uwzględnić wniosek spółki o uchylenie decyzji o odmowie wznowienia postępowania i o umorzenie postępowania prowadzonego wobec spółki, bowiem wskutek wydania tych decyzji do wszczęcia postępowania nie doszło.
13. W kontekście wątpliwości formułowanych przez skarżącą w piśmie procesowym Sąd podkreśla, że dopiero stwierdzenie, że wniosek o wznowienie postępowania złożony został w terminie, przez właściwy podmiot i wskazano w nim prawidłowo przesłankę wznowienia (tj. wymienioną w katalogu przesłanek wznowieniowych), możliwym czyni wznowienie postępowania, w toku którego dopiero badaniu podlega okoliczność, czy w sprawie rzeczywiście przesłanka ta wystąpiła. To postanowienie w sprawie wznowienia postępowania wszczyna postępowanie, zaś w jego treści można jedynie wskazywać powołane przez stronę czy też dostrzeżone z urzędu przesłanki uzasadniające wznowienie. Natomiast stwierdzenie czy przesłanki te rzeczywiście wystąpiły w sprawie i jaki mogą mieć wpływ na jej rozstrzygnięcie, może być wyłącznie efektem postępowania przeprowadzonego po wydaniu postanowienia i musi być zawarte w decyzji, o jakiej mowa w art. 245 § 1 i § 2 O.p. Decyzję o odmowie wznowienia postępowania wydaje się tylko i wyłącznie wtedy, gdy wznowienie postępowania jest niedopuszczalne z przyczyn formalnych. Chodzi o przypadki, gdy wniosek złożyła osoba nie będąca stroną w sprawie lub nie mająca zdolności do czynności prawnych, wniosek został złożony po upływie terminu do wznowienia postępowania, dotyczy on decyzji nie będącej decyzją ostateczną lub nie został oparty o jedną z przesłanek wznowienia postępowania określonych w art. 240 O.p. W decyzji takiej organowi nie wolno badać, czy wskazywana we wniosku przesłanka wystąpiła.
14. Zatem nie są zasadne obawy spółki, że w toku postępowania wymiarowego organ mógłby uznać, że przesłanki (okoliczności) wskazywane przez spółkę jako podstawa wznowienia, zostały ocenione jako nieistotne dla sprawy, z tego powodu, że organ wydał decyzję o odmowie wznowienia postępowania. Należy powiedzieć więcej, organ w decyzji o odmowie wznowienia postępowania z powodu przekroczenia terminu ustawowego do wznowienia w przypadku przesłanki, na którą powołuje się Skarżąca, nie mógł badać, czy przesłanka ta wystąpiła, a jeśli tak, to jaki jest jej wpływ na wynik sprawy. Jak wynika z decyzji, która jest przedmiotem kontroli Sądu w tej sprawie, organ prawidłowo kwestii tych nie badał i nie wypowiadał się na ich temat. Zatem analiza ewentualnego wpływu przedstawianych przez Skarżącą okoliczności na wynik sprawy wymiarowej pozostaje otwarta, bowiem ani organ, ani Sąd w niniejszym wyroku, do okoliczności tych odnieść się nie mógł z powodu braku wszczęcia postępowania wznowieniowego. Poza zakresem tego postępowania pozostaje także kwestia możliwości podnoszenia okoliczności wskazywanych jako przyczyna wznowienia w postępowaniu główny, z uwagi na fakt, iż sprawa będzie rozpatrywana ponownie po wyroku WSA i NSA.
15. Podsumowując, Sąd nie mógł w niniejszej sprawie uchylić decyzji o odmowie wznowienia postępowania, bowiem niewątpliwie istniały przeszkody do jego wznowienia, choćby z tego powodu, iż decyzja, której postępowanie to dotyczyło, została wyeliminowana z obrotu. Co więcej, Sąd nie mógł umorzyć postępowania wznowieniowego, bowiem nie zostało ono wszczęte. W ocenie Sądu organy zasadnie w niniejszej sprawie uznały, że nie zostały spełnione warunki formalne do wznowienia postępowania, wskutek czego zasadnie odmówiły wznowienia postępowania podatkowego.
16. Mając na uwadze powyższe, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. skargę oddalił.
17.