Zasadność zastosowania w niniejszej sprawie art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT, wynika przede wszystkim z poniższych okoliczności. Obligacje zaliczają się do papierów wartościowych o charakterze dłużnym.
W ocenie Dyrektora KIS przywołany powyżej przepis art. 16 ust. 1 pkt 39 wyraża zasadę, zgodnie z którą strat z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności nie uważa się za koszty uzyskania przychodów. W dalszej części przepisu zawarty jest wyjątek, zgodnie z którym kosztem uzyskania przychodów może być strata z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności, jeżeli wierzytelność ta uprzednio, została zarachowana jako przychód należny do wysokości uprzednio zarachowanej jako przychód należny. Wolą ustawodawcy, który dokonał w tym przepisie swoistego podziału na zbycie wierzytelności uprzednio zarachowanych jako przychód należny i zbycie pozostałych wierzytelności, tylko w tym pierwszym przypadku strata powstała przy zbyciu wierzytelności może stanowić koszt uzyskania przychodów.
Organ wskazał, że główną funkcją wprowadzania do obrotu papierów dłużnych jest pozyskanie kapitału przez emitenta i odpowiednie ulokowanie nadwyżek finansowych przez nabywającego. Innymi słowy, emisja dłużnych papierów wartościowych stanowi jedną z metod pozyskiwania zewnętrznych źródeł finansowania działalności emitenta. Mogą mieć one różne podstawy prawne, a w związku z tym można wśród nich wyróżnić: weksle inwestycyjne, obligacje, bony komercyjne, bony handlowe, itd.
W wyniku emisji obligacji emitent uzyskuje, często długoterminowe źródło finansowania swojej działalności, nabywca zaś lokuje środki pieniężne w celu uzyskania korzyści o charakterze pieniężnym lub niepieniężnym. Istota tych papierów polega bowiem na tym, że emitent poprzez sprzedaż uzyskuje od nabywców określoną kwotę pieniężną, którą jest zobowiązany zwrócić w terminie oznaczonym na danym papierze wartościowym (w sposób i w terminach określonych w warunkach emisji) oraz zapłacić nabywcy papieru wartościowego, określoną kwotę dyskonta lub procent za korzystanie z pieniędzy.
Zdaniem Organu, nie ulega wątpliwości, że obligacje zaliczają się do papierów wartościowych (art. 4 ust. 1 ustawy o obligacjach). Ustawodawca jednoznacznie wskazuje, że jedną z form zbycia papierów wartościowych, a więc także obligacji, jest ich wykup przez emitenta.
Zgodnie z art. 4 ust. 1 ustawy o obligacjach, obligacja jest papierem wartościowym emitowanym w serii, w którym emitent stwierdza, że jest dłużnikiem właściciela obligacji, zwanego dalej "obligatariuszem", i zobowiązuje się wobec niego do spełnienia określonego świadczenia. W wyniku emisji obligacji emitent uzyskuje, często długoterminowe, źródło finansowania swojej działalności, nabywca zaś lokuje środki pieniężne w celu uzyskania korzyści o charakterze pieniężnym lub niepieniężnym. Istota tych papierów polega bowiem na tym, że emitent poprzez sprzedaż uzyskuje od nabywców określoną kwotę pieniężną (pewnego rodzaju pożyczkę), którą jest zobowiązany zwrócić w terminie oznaczonym na danym papierze wartościowym (w sposób i w terminach określonych w warunkach emisji) oraz zapłacić nabywcy papieru wartościowego, określoną kwotę dyskonta lub procent za korzystanie z pieniędzy.
Organ wyjaśnił, że obligacja jest więc nierozerwalnie związana z długiem. Jest to papier wartościowy, który poświadcza istnienie długu. To właśnie szczególna forma – papieru wartościowego – odróżnia ją od pożyczki, która jest również zaciągnięciem długu. Wierzycielem emitenta staje się każdy kolejny posiadacz (nabywca) obligacji. Tym samym, Organ stwierdził, że obligacja ma charakter pożyczkowy, zatem wierzytelność inkorporowana w obligacji jest wierzytelnością pożyczkową i mieści się w pojęciu wierzytelności wymienionej w art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT.
Dyrektor KIS wskazał, że zgodnie z art. 720 § 1 ustawy z dnia 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 1071), zgodnie, z którym przez umowę pożyczki dający pożyczkę zobowiązuje się przenieść na własność biorącego określoną ilość pieniędzy albo rzeczy oznaczonych tylko co do gatunku, a biorący zobowiązuje się zwrócić tę samą ilość pieniędzy albo tę samą ilość rzeczy tego samego gatunku i tej samej jakości. Jakkolwiek z literalnego brzmienia ww. przepisu wynika, że do essentialia negotii umowy pożyczki należy zobowiązanie biorącego pożyczkę do zwrotu tej samej kwoty pieniędzy, to prawo cywilne dopuszcza możliwość zawarcia takiej umowy pod tytułem odpłatnym, a odpłatność może być wyrażana w dowolny sposób.
Zdaniem Organu, w świetle powyższego, nie można się zgodzić ze stanowiskiem, że: "(...) analizując skutki podatkowe sprzedaży wcześniej nabytych lub objętych Obligacji należy odrzucić stanowisko o jednoczesnym stosowaniu art. 16 ust. 1 pkt 8 wraz z art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT. Analizy skutków podatkowych należy dokonać wyłącznie na gruncie art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT, z którego wynika, że wydatek poniesiony na objęcie lub nabycie Obligacji stanowi koszt uzyskania przychodu w momencie sprzedaży Obligacji na rzecz podmiotu trzeciego. Wnioski dotyczące skutków podatkowych sprzedaży skarbowych papierów wartościowych przyjęte przez Ministra Finansów w Interpretacji Ogólnej należy zastosować również w odniesieniu do obligacji innych niż obligacje skarbowe z uwagi na ich tożsamy charakter".
Organ wskazał, że przy ustalaniu wysokości kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT, Skarżąca musi mieć na względzie także przepis art. 16 ust. 1 pkt 39 ww. ustawy, co oznacza, że strata powstała w wyniku sprzedaży obligacji czy wykupu przez emitenta obligacji nie będzie stanowiła kosztu uzyskania przychodów. Kosztem może być tylko ta część wydatku na nabycie obligacji, która odpowiada wysokości przychodu uzyskanego z ich zbycia. Ustawodawca nie przewidział w tym zakresie żadnego wyjątku, który mógłby wyłączać zastosowanie przepisu art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT w zależności od przyczyn powstania straty.
Wobec wyżej wymienionych przepisów prawa podatkowego oraz przedstawionego opisu sprawy Dyrektor KIS stwierdził, że stanowisko Strony w zakresie przyjęcia, że Spółka w związku ze sprzedażą Obligacji będzie uprawniona do rozpoznania wydatków na objęcie/nabycie tychże Obligacji jako kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT jest nieprawidłowe.
Pismem z dnia 11 grudnia 2025 r. Skarżąca wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na powyższą interpretację, wnosząc o jej uchylenie w całości. W skardze zawarto wniosek o zwrot kosztów postępowania.
Zaskarżonej interpretacji zarzucono:
1. Naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:
I. art. 15 ust. 1, art. 16 ust. 1 pkt 8 w zw. z art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT poprzez:
a. ich błędną wykładnię i w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie podlegające na przyjęciu, że określenie wysokości kosztów uzyskania przychodów podlegających potrąceniu w związku z uzyskaniem przychodów ze zbycia obligacji emitowanych przez osoby prawne i spółki komandytowo-akcyjne (dalej: "Obligacji") na rzecz podmiotu trzeciego lub wykupie obligacji przez ich emitenta powinno nastąpić z zastosowaniem dyspozycji art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT, podczas gdy prawidłowa wykładnia ww. przepisów prawa materialnego prowadzi do wniosku, że przepis ten nie znajduje zastosowania przy określaniu wysokości kosztów uzyskania przychodów podlegających potrąceniu w związku z uzyskaniem przychodu ze zbycia Obligacji na rzecz podmiotu trzeciego lub wykupie Obligacji przez ich emitenta, jako że w takiej sytuacji oprócz art. 15 ust. 1 zastosowanie znajduje wyłącznie art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT obejmujący swoją hipotezą papiery wartościowe;
b. uznanie, że określenie papiery wartościowe należy uznać za pojęcie jednoznaczne z pojęciem wierzytelności, co stoi w sprzeczności, z systemowym podejściem do papierów wartościowych, w stosunku, do których ustawodawca przewiduje przepisy szczególne, poprzez wyodrębnienie zasad rozliczeń podatkowych związanych z papierami wartościowymi, w tym w szczególności w odniesieniu do obligacji, a w konsekwencji poprzez niewłaściwe zastosowanie art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT do obligacji, podczas gdy przepis ten nie powinien mieć zastosowania;
II. Naruszenie przepisów postępowania, tj.:
1. art. 14c § 1 i § 2 w zw. z 121 § 1 w zw. z art. 14h ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. 2025 r., poz. 111 ze zm., dalej: "Ordynacja podatkowa") poprzez:
a. brak uzasadnienia prawnego oceny stanowiska Strony, przedstawionego we wniosku o wydanie zaskarżonej interpretacji, w zakresie argumentacji opartej na tezach zawartych w interpretacji ogólnej Ministra Finansów Funduszy i Polityki Regionalnej z 26 kwietnia 2021 r. w zakresie ustalenia kosztów uzyskania przychodów z odpłatnego zbycia skarbowych papierów wartościowych na gruncie podatku dochodowego od osób prawnych (sygn. SP4.8203.2.2020; dalej: "Interpretacja Ogólna"), a które to tezy potwierdzają stanowisko wnioskodawcy w zakresie ustalania wysokości kosztów uzyskania przychodów podlegających potrąceniu w związku z uzyskaniem przychodu ze zbycia Obligacji na rzecz podmiotu trzeciego lub wykupie Obligacji przez ich emitenta, co w konsekwencji prowadzi do nierównego traktowania podatników wobec prawa, i nie może być uznana za kompletne uzasadnienie prawne;
b. brak uzasadnienia prawnego w zakresie argumentacji dotyczącej charakteru Obligacji oraz obligacji skarbowych emitowanych przez Skarb Państwa, tj. ich tożsamego charakteru polegającego na tej samej konstrukcji obligacji, co w konsekwencji prowadzi do nierównego traktowania podatników wobec prawa;
2. art. 2a w zw. z art. 121 § 1 w zw. z art. 14h i w zw. z art. 14a § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa poprzez:
a. niezastosowanie zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika (in dubio pro tributario) w sytuacji, gdy istnieją poważne wątpliwości interpretacyjne co do zakresu zastosowania art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT do odpłatnego zbycia Obligacji, a jednocześnie w obrocie prawnym funkcjonuje Interpretacja Ogólna, która potwierdza stanowisko Skarżącej w zakresie analogicznych instrumentów finansowych (obligacji skarbowych);
b. pominięcie w uzasadnieniu interpretacji indywidualnej argumentacji oraz tez zawartych w Interpretacji Ogólnej, mimo że - zgodnie z zasadami logiki i jednolitości wykładni prawa - argumentacja ta powinna znaleźć zastosowanie również do Obligacji, ze względu na ich tożsamy charakter konstrukcyjny i funkcjonalny z obligacjami skarbowymi;
c. wydanie interpretacji indywidualnej, która - wbrew zasadzie budowania zaufania do organów podatkowych - prowadzi do rozbieżności w traktowaniu podatników znajdujących się w analogicznej sytuacji prawnej i faktycznej, co budzi uzasadnione wątpliwości co do przewidywalności i jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe;
d. nieuwzględnienie, że powstałe wątpliwości interpretacyjne, w szczególności w zakresie zakresu pojęcia "wierzytelność" oraz "papier wartościowy" na gruncie ustawy o CIT, powinny - zgodnie z art. 2a Ordynacji podatkowej - zostać rozstrzygnięte na korzyść podatnika, zwłaszcza w sytuacji, gdy istnieje oficjalne stanowisko Ministra Finansów potwierdzające prezentowaną przez Skarżącą wykładnię;
e. w konsekwencji, brak zastosowania zasady in dubio pro tributario oraz zasady budowania zaufania do organów podatkowych, co skutkuje naruszeniem przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, gdyż prowadzi do nieuzasadnionego pogorszenia sytuacji podatnika w warunkach istniejących wątpliwości interpretacyjnych.
W odpowiedzi na skargę Organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując swoje stanowisko zawarte w zaskarżonej interpretacji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
Zgodnie z treścią art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Z kolei przepis art. 3 § 2 pkt 4a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143 dalej jako: ppsa), stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg (m.in.) na pisemne interpretacje przepisów prawa wydawane w indywidualnych sprawach.
Na podstawie art. 146 § 1 ppsa, uwzględniając skargę na akt lub czynności, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4 i pkt 4a, sąd uchyla ten akt lub interpretację albo stwierdza bezskuteczność tej czynności, a art. 145 § 1 pkt 1 stosuje się odpowiednio. Art. 145 § 1 pkt 1 ppsa stanowi zaś, że sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Podkreślenia wymaga, że specyfika postępowania w sprawie wydania pisemnej interpretacji polega między innymi na tym, że organ interpretacyjny rozpatruje sprawę tylko i wyłącznie w ramach zagadnienia prawnego zawartego w pytaniu podatnika, stanu faktycznego przedstawionego przez niego oraz wyrażonej przez podatnika oceny prawnej (stanowisko podatnika). Organ nie przeprowadza
w tego rodzaju sprawach postępowania dowodowego, ograniczając się do analizy okoliczności podanych we wniosku. W stosunku tylko do tych okoliczności wyraża następnie swoje stanowisko, które winno być ustosunkowaniem się do stanowiska prezentowanego w danej sprawie przez wnioskodawcę, a w razie negatywnej oceny stanowiska wyrażonego we wniosku - winno wskazywać prawidłowe stanowisko z uzasadnieniem prawnym (art. 14b § 3 i art. 14c § 1 i § 2 ordynacji podatkowej).
Kontrola sądu administracyjnego w swojej istocie polega na ocenie, czy za podstawę udzielonej interpretacji podatkowej posłużył stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe przedstawione przez podatnika we wniosku o interpretację, jeśli tak, to czy organ prawidłowo zinterpretował przepisy prawa.
Trzeba również wyjaśnić, że zgodnie z art. 57a ppsa skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie, opinię zabezpieczającą i odmowę wydania opinii zabezpieczającej może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną. W doktrynie podkreśla się, że w świetle przytoczonego przepisu sąd bada prawidłowość zaskarżonej interpretacji indywidualnej tylko z punktu widzenia zarzutów skargi i wskazanej w niej podstawy prawnej. W szczególności sąd nie może podjąć żadnych czynności zmierzających do ustalenia innych, poza wskazanymi w skardze, naruszeń prawa. W wypadku zaś ustalenia takich wad w toku kontroli przeprowadzonej w granicach wyznaczonych skargą, nie może ich uwzględnić przy formułowaniu rozstrzygnięcia w sprawie (por. A. Kabat, Komentarz do art. 57 (a) ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, w: B. Dauter, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Wydanie VI Wolters Kluwer, wyd. elektr.; zob. też S. Babiarz (red.), K. Aromiński, Postępowanie sądowoadministracyjne w praktyce, publ. Lex 2015).
Istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do oceny czy wydatki na nabycie/ objęcie obligacji korporacyjnych mogą stanowić dla Spółki koszty uzyskania przychodów w pełnej wysokości na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT.
W ocenie Strony skarżącej wydatki poniesione na objęcie lub nabycie obligacji będą stanowiły koszt uzyskania przychodu w rozumieniu art. 16 ust. 1 pkt 8 ustawy o CIT, możliwy do potrącenia z chwilą sprzedaży tych obligacji na rzecz podmiotu trzeciego w pełnej wysokości.
Odmiennego zdania jest Organ interpretacyjny. Wywodzi on, iż w przypadku sprzedaży obligacji czy też wykupu obligacji przez emitenta za cenę niższą niż cena ich nabycia Skarżąca nie będzie miała prawa do zaliczenia do kosztów podatkowych całej kwoty, za którą nabyła obligacje. Na przeszkodzie temu stoi bowiem przepis art. 16 ust. 1 pkt 39 ustawy o CIT, zgodnie z którym nie uważa się za koszty uzyskania przychodów strat z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności, w tym w sposób określony w art. 12 ust. 1 pkt 7, z wyjątkiem wierzytelności lub jej części, które uprzednio zostały zarachowane jako przychód należny do wysokości uprzednio zarachowanej jako przychód należny.
Rację w tym sporze przyznać należy DKIS.
Odnosząc się do ram prawnych wyjaśnić należy, iż w świetle art. 16 ust.1 pkt 8 ustawy o CIT nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków na objęcie lub nabycie udziałów albo wkładów w spółdzielni, udziałów (akcji) oraz papierów wartościowych, a także wydatków na nabycie tytułów uczestnictwa w funduszach kapitałowych; wydatki takie są jednak kosztem uzyskania przychodu z odpłatnego zbycia tych udziałów w spółdzielni, udziałów (akcji) oraz papierów wartościowych, w tym z tytułu wykupu przez emitenta papierów wartościowych, a także z odkupienia albo umorzenia tytułów uczestnictwa w funduszach kapitałowych, z zastrzeżeniem ust. 7e, w części niezaliczonej w jakiejkolwiek formie do kosztów uzyskania przychodów.
W świetle zaś art. 16 ust. 1 pkt 39 nie uważa się za koszty uzyskania przychodów strat z tytułu odpłatnego zbycia wierzytelności, w tym w sposób określony w art. 12 ust. 1 pkt 7, z wyjątkiem wierzytelności lub jej części, które uprzednio zostały zarachowane jako przychód należny - do wysokości uprzednio zarachowanej jako przychód należny.
Problematyczne jest zatem czy sporne obligacje są wierzytelnościami, o których mowa w powyższej normie prawnej.
Sąd w składzie niniejszym podziela pogląd zawarty w wyroku NSA z dnia 26 stycznia 2023 r., sygn. akt II FSK 1460/20 i posłuży się zawartą tam argumentacją celem uzasadnienia kierunku rozstrzygnięcia niniejszej sprawy.
W przypadku obligacji, emitent stwierdza, że jest dłużnikiem właściciela obligacji - oznacza, że pomiędzy emitentem a obligatariuszem zawiązuje się stosunek zobowiązaniowy. Nie może być wątpliwości, co do tego że, umowa emisji obligacji spełnia cechy kredytu, co czyni ją zbliżoną do umowy pożyczki pieniężnej.
Podobne stanowisko wyraził Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 27 czerwca 2015 r., prezentując tezę, iż "skoro obligacja ma charakter pożyczkowy, to tym samym wierzytelność inkorporowana w obligacji jest wierzytelnością pożyczkową, którą ta obligacja potwierdza (inkorporuje) i mieści się w pojęciu wierzytelności o jakiej mowa w art. 16 ust. 1 pkt 39 u.p.d.o.p. (sygn. akt II FSK 1143/13)
Treść omawianego przepisu wskazuje jednoznacznie na to, że odnosi się on do wszelkiego rodzaju wierzytelności, niezależnie od tego, jaką formę one przybrały, czy też - z jakiego stosunku zobowiązaniowego się wywodzą.
Obligacja inkorporuje w sobie wierzytelność. Tak więc analizowany przepis odnosi się do wszelkich wierzytelności nie ograniczają zakresu jego stosowania jedynie do zobowiązań o charakterze stricte pożyczkowym.
Sąd zatem aprobuje wykładnię spornych przepisów przyjętą przez DKIS. Analizowany przepis dotyczy również straty z tytułu zbycia wierzytelności (inkorporowanej w formie obligacji). Nie znajdują, więc uzasadnienia wątpliwości strony wskazującej na przesłanki wynikające z zastosowania art. 16 ust. 1 pkt 8 u.p.d.o.p w sytuacji przyjęcia, iż obligacja jest papierem wartościowym o charakterze dłużnym (skoro właśnie taki charakter dokumentu odpowiada wierzytelności w rozumieniu art. 16 ust. 1 pkt 39 tej ustawy).
Co do zarzutu opartego na naruszeniu art. 2a O.p., nakazującego rozstrzygać niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego na korzyść podatnika, w rozpoznanej sprawie nie zaistniały takie wątpliwości, których nie dałoby się usunąć w drodze wykładni (językowej, celowościowej, systemowej). Naruszenie zasady in dubio pro tributario miałoby natomiast miejsce w sytuacji, gdyby żadna z hipotez interpretacyjnych nie była przekonująca, a mimo to sąd wybrałby opcję niekorzystną dla podatnika. Innymi słowy, naruszenie wspomnianej zasady to nierespektowanie w takich warunkach wyboru przez podatnika hipotezy interpretacyjnej (spośród kilku możliwych) najbardziej dla niego korzystnej (szerzej: B. Brzeziński, O wątpliwościach wokół zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika. PP nr 4/2015, s. 17 i n.). Taka sytuacja ostatecznie w rozpoznanej sprawie nie miała miejsca.
Mając na uwadze powyższe, Sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. skargę oddalił. Zarzuty w niej sformułowane okazały się bowiem niezasadne.