Sąd nie podzielił na tym tle w pierwszym rzędzie zapatrywania skarżącej, że ww. uchwała straciła aktualność w bieżącym stanie prawnym. Nie przemawiają za tym w szczególności wskazane przez spółkę zmiany w Ordynacji podatkowej, a wprowadzające zasadę, że decyzja nieostateczna nie podlega wykonaniu (art. 239a Ordynacji podatkowej) (s. 13 i n. skargi). Pomijając już, że uchwała zapadła po wskazanej zmianie stanu prawnego, trzeba mieć na względzie, że żądanie strony prowadzi do problemów natury prakseologicznej, których rozwiązania Sąd nie dostrzega w obecnym stanie prawnym i w istocie nie wskazuje go sama skarżąca.
Przypomnieć należy, że po wydaniu powyższej uchwały w judykaturze ugruntowało się stanowisko, że nieaktualny jest pogląd, w świetle którego pomimo wygaśnięcia decyzji o zabezpieczeniu istnieje konieczność merytorycznego zbadania takiej decyzji (por. np. wyrok NSA o sygn. II FSK 449/19, CBOSA). Wskazuje się, że wprawdzie nie oznacza powyższe zakazu poddawania takiej decyzji kontroli sądowo-administracyjnej, lecz znacznie ogranicza zakres tej kontroli. Gdy przedmiotem zaskarżenia do wojewódzkiego sądu administracyjnego jest decyzja umarzająca postępowanie odwoławcze wydana w ww. warunkach, sąd nie ma możliwości zbadania, czy doszło do zrealizowania przesłanek zabezpieczenia i czy zostały one prawidłowo powołane w decyzji o zabezpieczeniu (wydanej w pierwszej instancji). Sąd ogranicza się do weryfikacji, czy zasadnie umorzono postępowanie odwoławcze, a zatem czy prawidłowo nie zajęto się merytorycznym rozpatrzeniem sprawy, obejmującym w szczególności istnienie przesłanek zabezpieczenia. Nawet bowiem gdyby założyć, że dalsze postępowanie doprowadzi do stwierdzenia uchybień, to i tak nie można już ich w tym postępowaniu skorygować, gdyż wygaśnięcie z mocy prawa decyzji o zabezpieczeniu powoduje brak prawnej i faktycznej podstawy orzekania w postępowaniu odwoławczym (spośród licznych vide np. wyrok NSA o sygn. I FSK 1679/18, CBOSA).
Nie jest wobec tego jasne, także na gruncie wywodu skargi, w jaki (inny) sposób miałby się zachować organ odwoławczy. Skoro bowiem decyzja organu pierwszej instancji o zabezpieczeniu wygasła, to ustał byt przedmiotu zaskarżenia w postępowaniu odwoławczym, ergo brak było podstaw prawnych i faktycznych ku temu, aby rozpoznać sprawę ponownie w postępowaniu przed organem drugiej instancji. Po wygaśnięciu decyzji zabezpieczającej organu pierwszej instancji możliwe byłoby jedynie zadeklarowanie, że została wydana z naruszeniem prawa. Jednakże tego rodzaju rozstrzygnięcia nie przewiduje art. 233 Ordynacji podatkowej. Jako retoryczna jawi się również w tym kontekście odpowiedź na pytanie o ewentualną możliwość korekty decyzji pierwszo-instancyjnej na poziomie uzasadnienia rozstrzygnięcia odwoławczego, zważywszy na treść sentencji (rozstrzygnięcia) decyzji wydawanej w trybie art. 233 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej.
Z kolei na poziomie kontroli sądowej do przedmiotowego przypadku nie mógłby znaleźć zastosowania art. 145 § 1 pkt 3 ustawy procesowej (jako przepis dedykowany innym sytuacjom). Sąd nie kontroluje też w granicach sprawy wyznaczonych skargą na decyzję wydaną w procedurze zabezpieczającej skutków zarządzenia zabezpieczenia unormowanych w art. 33 § 2 Ordynacji podatkowej. Jak zauważył Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale o sygn. III FPS 4/24 (CBOSA, pkt 4.3.13 uzasadnienia), regulacja ta jest logiczną konsekwencją celu, dla którego wydano decyzję zabezpieczającą, a celem tym jest zabezpieczenie wykonania zobowiązania podatkowego. Ustawowe przyczyny wygaśnięcia tej decyzji nie są zaś powiązane z wykonaniem obowiązku określonego w tym akcie. W związku z tym, zdaniem składu orzekającego, orzekanie w niniejszym przypadku na zasadzie art. 145 § 1 pkt 1-2 w zw. z art. 135 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, tzn. przez wyeliminowanie z obrotu prawnego decyzji wydanych w obu instancjach i ocena przesłanek zabezpieczających niejako w zastępstwie organu odwoławczego (czego oczekuje strona) należałoby postrzegać jako działanie ultra vires. W aktualnym stanie prawnym brak jest bowiem normy kompetencyjnej, która pozwalałaby tak organowi odwoławczemu, jak i sądowi administracyjnemu ingerować w treść decyzji zabezpieczającej, która wygasła na podstawie art. 33a § 1 Ordynacji podatkowej.
Poprzestać w rezultacie należało zasadniczo na stwierdzeniu zasadności umorzenia postępowania odwoławczego, tzn. poprawność takiego działania potwierdza tut. Sąd. Natomiast obiekcje skarżącej co do zaistniałego stanu rzeczy dotyczą w przekonaniu składu orzekającego w istocie nie tyle spornej decyzji, ile stanu prawnego, tzn. kierowane są do prawodawcy. Dano temu wyraz wprost na s. 15 (ab initio) skargi wskazując, że normy ustrojowe wymagają, "aby możliwa była instancyjna i sądowa kontrola działań organu I instancji, skoro skutki tych działań nadal trwają". Jednakże kierowanie się postulatami de lege ferenda nie mieści się we właściwości rzeczowej sądu, a to w optyce (przywołanego również w ramach zarzutów skargi) art. 184 Konstytucji, a także art. 1 § 2 Prawa o ustroju sądów administracyjnych. Perspektywa oceny aktu administracji "pod względem zgodności z prawem" zakłada bowiem zasadniczo poszukiwanie źródła kompetencji w akcie normatywnym, co notabene jest charakterystyczne dla europejskiej kultury prawnej ufundowanej na założeniach pozytywizmu prawniczego (szerzej np. M. Zirk-Sadowski, Tożsamość konstytucyjna a prawo europejskie, Analizy Natolińskie 2012/1, s. 4 i n.). Innymi słowy, sąd administracyjny nie jest władny oceniać aktu administracji publicznej poza granicami upoważnienia przyznanego mu na podstawie norm ustrojowych i procesowych.
Dostrzegając w związku z powyższym argumenty konstytucyjne, w oparciu o które strona formułuje zarzuty wobec działania organu odwoławczego, skład orzekający nie dostrzega przede wszystkim normy kompetencyjnej, która pozwalałaby mu skorygować kontestowane działanie. Również stanowisko strony nie jest w tym względzie konstruktywne; nie jest zwłaszcza klarowne w oparciu o jaką podstawę normatywną miałoby nastąpić uchylenie, a wręcz stwierdzenie nieważności decyzji zabezpieczającej (vide pismo strony z 6 maja 2025 r., s. 2, 20 i n.), która wygasła. Już tylko więc z tego powodu skarga nie mogła zostać uwzględniona. Przy czym operacjonalizacja (konstytucyjnych) zasad prawa na gruncie stanu faktycznego i prawnego sprawy nie jest, nawiasem mówiąc, tak oczywista, jak to przedstawia strona w złożonych pismach procesowych, zwłaszcza jeżeli uwzględnić dominującą (przywołaną wyżej) w zakresie przedmiotowego zapatrywania jurydyczną jego ocenę (w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego). Skład orzekający uznał za przedwczesne w tym stanie rzeczy inicjowanie jednej z procedur zmierzających do weryfikacji konstytucyjności (w szerokim sensie) bieżącego stanu prawnego i utrwalonej na jego gruncie praktyki orzeczniczej (w perspektywie Ustawy Zasadniczej, bądź zobowiązań traktatowych).
Należy ponadto zwrócić uwagę, że argumenty dotyczące nadużycia władzy strona formułuje przede wszystkim w odniesieniu do decyzji zabezpieczającej organu pierwsze instancji. Abstrahując więc już od krytyki możliwości zastosowania koncepcji instrumentalnego posłużenia się prawem do tego typu rozstrzygnięć (np. wyrok o sygn. I FSK 1699/22, CBOSA, pkt 5.4 i n. uzasadnienia) trzeba wziąć pod uwagę, że sporna w tym postępowaniu sądowym była decyzja organu odwoławczego umarzająca postępowanie w drugiej instancji. Do nadużycia prawa w zakresie stwierdzenia stanu bezprzedmiotowości postępowania skarżąca nawiązuje niejako pośrednio, poprzez domniemanie intencji organu pierwszej instancji w oparciu o chronologię podejmowanych przez ten organ czynności procesowych (s. 15 i n. skargi). Tymczasem w pierwszym rzędzie należałoby wykazać nadużycie prawa właśnie przez stwierdzenie bezprzedmiotowości postępowania odwoławczego. To, jak wskazano, nie wchodzi w rachubę, przede wszystkim z uwagi na wspomniany brak normy kompetencyjnej, która pozwalałaby na władczą ingerencję organu odwoławczego w wygasłe już rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji.
Z analogicznych przyczyn Sąd krytycznie odniósł się do wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji wydanych w obu instancjach z uwagi na uchybienie w kontrolowanym postępowaniu art. 153 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Po pierwsze, zarzut ten jest adresowany jak powyżej, w istocie do decyzji zabezpieczającej wydanej przez naczelnika urzędu skarbowego (por. zwłaszcza s. 17 pisma z 6 maja 2025 r.) i jako taki nie pozostaje w związku z granicami kognicji Sądu w tej sprawie, związanymi z oceną przesłanki, o której mowa w art. 233 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Po drugie, nie uwzględnia zmiany stanu faktycznego i prawnego tej sprawy wynikającej z wygaśnięcia rzeczonej decyzji zabezpieczającej organu pierwszej instancji. I wreszcie po trzecie, już niejako na marginesie i w związku z uchybieniem wskazaniom Naczelnego Sądu Administracyjnego w decyzji pierwszo-instancyjnej, strona nie uwzględnia że nie można domagać się stwierdzenia nieważności decyzji, która nie ma przymiotu ostateczności (vide art. 247 § 1 Ordynacji podatkowej). Skarżąca wiąże wprawdzie omawiany zarzut z przebiegiem postępowania w ramach ponownego rozpatrywania sprawy zabezpieczającej (tamże, s. 7 i n.), wywodząc stąd, że również postępowanie organu odwoławczego dotknięte jest wadą rażącego naruszenia prawa. W żadnym jednak razie nie zmienia powyższe tego, że organy zobligowane były w świetle wskazań NSA ocenić przesłanki zabezpieczenia (pkt 3.14 uzasadnienia wyroku o sygn. I FSK 247/23), do czego wobec wygaśnięcia decyzji zabezpieczającej organ odwoławczy nie był już upoważniony.
Z tych przyczyn skargę oddalono, stosownie do art. 151 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Sąd nie znalazł bowiem podstaw do uchylenia spornej decyzji, tak w związku z ww. zarzutami, jak i nie dopatrzył się takowych przyczyn z urzędu (art. 134 § 1 ww. ustawy).