W skardze do WSA w Warszawie Strona, reprezentowana przez pełnomocnika, wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego je postanowienia NUS. Zaskarżonemu postanowieniu Strona zarzuciła naruszenie:
1) art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej w związku z art. art. 87 ust. 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów usług {Dz.U. z 2025 r. poz. 775, z późn. zm.), dalej jako ustawa o VAT poprzez utrzymanie w mocy postanowienia wydanego przez organ pierwszej instancji pomimo, że:
- postanowienie organu pierwszej instancji zostało wydane mimo wyeliminowania z obrotu prawnego poprzednio wydanego postanowienia w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r., a w efekcie wydanie rozstrzygnięcia przez organ pierwszej instancji mimo przerwania ciągłości przedłużeń terminu zwrotu podatku
- postanowienie organu pierwszej instancji zostało oparte przede wszystkim na odesłaniach do rozliczeń za kwiecień - czerwiec 2020 r. i ustaleń poczynionych w decyzji NUS z [...].09.2024 r., tj. rozstrzygnięciu, które zostało uchylone na podstawie decyzji DIAS z [...].02.2025 r.,
- postanowienie organu pierwszej instancji zostało wydane mimo, iż decyzja NCBiR
opisująca rzekome nieprawidłowości związane z realizacją przez Stronę projektu badawczego pt. "Innowacyjna technologia wytwarzania materiałów ceramicznych
z odzyskiem energii z termicznego przetwarzania zagęszczonych osadów ściekowych", która to decyzja stanowiła podstawę do stwierdzenia nieprawidłowości w rozliczeniach podatkowych Strony, została uchylona,
- organ pierwszej instancji w wydanym postanowieniu dokonał nieuzasadnionego przekroczenia terminu przedłużenia zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i w konsekwencji ustalenie stanu faktycznego, w którym podatek VAT przestaje być neutralny,
- przedłużenie terminu zwrotu VAT zostało dokonane bez wskazania wątpliwości organu podatkowego, które wymagają dodatkowej weryfikacji, a więc przedłużenie terminu zwrotu VAT nie ze względu na skonkretyzowaną potrzebę weryfikacji rozliczenia, lecz w celu ustalenia, czy taka potrzeba w ogóle istnieje co przejaśnia się w użytym w uzasadnieniu skarżonego postanowienia twierdzeniu o istnieniu konieczności "dalszej weryfikacji" rozliczenia,
- przedłużenie terminu zwrotu VAT nastąpiło bez wskazania wątpliwości organu podatkowego, które wymagają dodatkowej weryfikacji, a jedynie z powodu prowadzenia wobec Spółki postępowania za inne okresy rozliczeniowe,
2) art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 121 § 1, art. 212, art. 219 Ordynacji podatkowej, poprzez utrzymanie w mocy postanowienia Organu I instancji, w sytuacji gdy organ ten wprowadził do obrotu prawnego postanowienie mimo wyeliminowania z obiegu prawnego poprzednio wydanego postanowienia w przedmiocie terminu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r., co prowadzi do wniosku, że organ działał bez podstawy prawnej, czym naruszył zasadę zaufania do organów podatkowych.
3) art. 210 §, art. 217, art. 219 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 87 ust 2 ustawy o VAT poprzez przekroczenie uznania administracyjnego, a także brak wskazania konkretnych przyczyn, rzeczywiście uzasadniających odmowę dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym.
4) art. 121 § 1 w zw. z art. 125 § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej poprzez prowadzenie
postępowania w sposób niebudzący zaufania podatnika do organów podatkowych i
wyrażenie aprobaty dla dokonania przez organ I instancji kolejnego w sprawie przedłużenia terminu zwrotu VAT, pomimo braku zaistnienia przesłanek do przedłużania terminu zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za wrzesień 2023 r.
DIAS w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. Nr 153, poz. 1269 ze zm.) sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem. Ocenie sądu podlega zgodność aktów, w tym kończących postępowanie lub podlegających zaskarżeniu zażaleniem postanowień wydanych w postępowaniu administracyjnym lub egzekucyjnym, z prawem procesowym i materialnym, obowiązującym w dacie wydania postanowienia. Zgodnie natomiast z art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143, dalej "P.p.s.a."), sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (z zastrzeżeniem nieistotnym dla sprawy).
Skarga nie zasługiwała na uwzględnienie.
Przedmiotem sporu w sprawie jest zasadność przedłużenia 60-dniowego terminu do dokonania zwrotu nadwyżki podatku od towarów i usług naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2023 r.
W tym miejscu zauważyć należy, że chronologia istotnych prawnie zdarzeń niniejszej sprawy wskazuje, że zaskarżone postanowienie jest siódmym postanowieniem przedłużającym termin podatku VAT za ww. okres.
W rozpoznanej sprawie skutku nie mogą wywrzeć zarzuty Strony odnoszące się do przerwania ciągłości przedłużeń, z uwagi na wyroki NSA uchylające wyroki WSA o uchyleniu wcześniejszych przedłużeń zwrotu, jak również zaskarżenie przez Organ wyroków o uchyleniu wcześniejszych przedłużeń zwrotu.
Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o VAT w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika.
Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika, dokonywanego w ramach wymienionych w przepisie procedur.
Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca podatnikowi należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
W świetle art. 87 ust. 2 ustawy o VAT postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT może zostać wydane, gdy:
1) termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął;
2) weryfikacja rozliczenia podatnika odbywa się w ramach jednego z postępowań wskazanych w przepisie (tj. w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej, postępowania podatkowego); a zarazem
3) stwierdzenie przez organ, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, opiera się na co najmniej uprawdopodobnionych przesłankach.
Postanowienia spełniają te przesłanki.
W orzecznictwie sądowoadministracyjnym wskazuje się, że zastosowanie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT opiera się na uznaniu administracyjnym, przy czym jest ono limitowane okolicznością w postaci stwierdzenia, że zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Stwierdzenie to powinno być dokonywane w oparciu o co najmniej uprawdopodobnione przesłanki. Przewidziany warunek zakłada, że przed upływem ustawowego terminu zwrotu podjęte zostały czynności zmierzające do zweryfikowania jego zasadności, lecz nie dały one jeszcze rezultatu lub jest on niejednoznaczny (por. wyrok Naczelnego Sadu administracyjnego z 5 października 2016 r., sygn. akt I FSK 87/15, dost. CBOiS).
W przekonaniu Sądu, wydając zaskarżone postanowienia organ wykazał, że zasadność spornego zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. O konieczności dodatkowej weryfikacji świadczy to, że ustalone dotychczas okoliczności dotyczące rzeczywistego przebiegu transakcji, bowiem organy powzięły wątpliwości dotyczące prawidłowości transakcji mających wpływ na wysokość kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, m.in. transakcji zawieranych przez Spółkę z G. Sp. z o.o., F. oraz innych faktur związanych z realizacją projektu pod nazwą "Innowacyjna technologia wytwarzania materiałów ceramicznych z odzyskiem energii z termicznego przetwarzania zagęszczonych osadów ściekowych".
Jak wskazał DIAS w zaskarżonym postanowieniu w toku kontroli wszczętej wobec Spółki 12.01.2024 r. w zakresie podatku VAT za okres od lipca 2020 r. do września 2023 r. stwierdzono, że wykazana do zwrotu kwota wynika głównie z nadwyżki podatku naliczonego nad należnym przenoszonej przez Spółkę od deklaracji VAT-7 za czerwiec 2020 r. Spółka nie złożyła korekt deklaracji za okres od lipca 2020 r. do września 2023 r., mimo stwierdzonych wcześniej nieprawidłowości. postanowieniem z 29.01.2025 r. wszczęto postępowanie podatkowe obejmujące okres od lipca 2020 r. do września 2023 r. Ponadto wobec Spółki prowadzone jest również inne postępowanie podatkowe za wcześniejsze okresy (od IV kwartału 2017 r. do czerwca 2020 r.), w którym stwierdzono nieprawidłowości dotyczące projektu badawczego "Innowacyjna technologia wytwarzania materiałów ceramicznych z odzyskiem energii z termicznego przetwarzania zagęszczonych osadów ściekowych", współfinansowanego przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (dalej jako NCBiR). W ramach tego postępowania zakwestionowano prawo Spółki do odliczenia podatku naliczonego z faktur związanych z realizacją tego projektu.
W toku postępowania obejmującego okresy od lipca 2020 r. do września 2023 r., NUS wystosował zapytanie z 5.03.2025 r. skierowane do NCBiR o podjęte przez Spółkę działania po otrzymaniu decyzji rozwiązującej umowę o dofinansowanie realizowanego projektu. Wszczęcie przez Stronę trybu odwoławczego w przedmiotowej sprawie było kwestią pozostającą w ścisłym związku z weryfikacją zasadności zwrotu podatku VAT, ponieważ rozwiązanie umowy o dofinansowanie projektu stanowi jeden z kluczowych argumentów podważających zamiar rzeczywistego prowadzenia przez Podatnika działalności gospodarczej w zakresie objętym dotacją. Odpowiedź udzielona przez NCBiR wpłynęła 31.03.2025 r.
W trakcie postępowania 28.05.2025 r. wpłynęło pismo pełnomocnika Spółki z 23.05.2025 r. z załączonymi protokołami zeznań osób, które składały wyjaśnienia w ramach postępowania przed Sądem Okręgowym w W. w sprawie o sygn. akt [...] prowadzonej z powództwa cywilnego R.W. oraz Spółki przeciwko NCBiR. W związku ze stwierdzeniem przekazania przez Podatnika niekompletnych dokumentów, organ pierwszej instancji wezwaniem z 9.07.2025 r. zwrócił się do Spółki o przesłanie pełnych zeznań W.B., G.K. oraz P.T. Uzupełniona dokumentacja wpłynęła 11.08.2025 r.
Z kolei w ramach postępowań podatkowych dotyczących okresów poprzedzających lipiec 2020 r. NUS pismem z 30.04.2025 r., zwrócił się do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w B. z wnioskiem o wezwanie i przesłuchanie świadka prof. dr hab. J.B. - projektanta przedstawionej przez Podatnika opinii technicznej zgodnie z zaleceniem zawartym w decyzji kasatoryjnej DIAS z [...].02.2025 r. Protokół przesłuchania świadka wpłynął do organu pierwszej instancji 26.06.2025 r. Materiał dowodowy pozyskany od Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w B. organ pierwszej instancji włączył do akt postępowania dotyczącego okresów od lipca 2020 r. do września 2023 r. postanowieniem z [...].08.2025 r.
Pismem z 29.10.2025 r. NUS wystąpił do NCBiR m.in. o przesłanie materiałów z przeprowadzonej wobec Spółki kontroli w zakresie realizacji projektu pod nazwą "[...]". Odpowiedź do organu pierwszej instancji wpłynęła 24.11.2025 r.
Pismem z 6.11.2025 r. organ pierwszej instancji zwrócił się do Naczelnika [...] Urzędu Celno - Skarbowego w W. z prośbą o udzielenie informacji w zakresie prowadzonego postępowania karnego skarbowego oraz o przesłanie zgromadzonych w sprawie dowodów w szczególności przesłuchań świadków. Do chwili wydania postanowienia przez organ pierwszej instancji odpowiedź nie została udzielona.
Należy również wskazać, że NUS w decyzji z [...] września 2024 r. dotyczącej okresów od kwietnia do czerwca 2020 r. zakwestionował prawo Strony do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z faktur związanych z ww. projektem badawczym.
Tym samym uznać należało, że organy miały podstawę do tego aby w ramach analizy uzyskanych od Strony materiałów przedłużyć termin zwrotu kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym wykazanej w deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7 za wrzesień 2023 r. w wysokości 365.541 zł do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia Strony w zakresie zasadności zwrotu w ramach postępowania podatkowego za okres od IV kwartału 2017 r. do czerwca 2020 r.
Okoliczność uchylenia przez organ odwoławczy ww. decyzji NUS z [...] września 2024 r. nie wpływa na powyższą ocenę. Organ odwoławczy w decyzji kasatoryjnej nie zaprzeczył istnieniu okoliczności wskazujących na nieprawidłowości w rozliczeniu podatku VAT. Na zasadność zaskarżonego postanowienia nie wpływa również decyzja Ministerstwa Funduszu i Polityki Regionalnej z [...] października 2025 r. o uchyleniu decyzji NCBiR opisującej nieprawidłowości związane z realizacją przez Spółkę ww. projektu badawczego, która stanowiła podstawę do stwierdzenia nieprawidłowości w jej rozliczeniach podatkowych. Wskazana decyzja Ministerstwa Funduszu i Polityki Regionalnej nie umorzyła prowadzonego postępowania, lecz przekazała sprawę do ponownego rozpatrzenia.
Z przedstawionych względów za niezasadne należało uznać zarzuty naruszenia wskazanych w skardze przepisów art. 87 ust. 2 ustawy o VAT.
W świetle zarzutów skargi należy wskazać, że wbrew twierdzeniom Skarżącej, uzasadnienia wydanych w sprawie postanowień zostały prawidłowo skonstruowane, a argumentacja organów przemawiająca za koniecznością dodatkowej weryfikacji spornego zwrotu podatku jest spójna, logiczna i czytelna. Organy odwołały się do konieczności przeprowadzenia określonych czynności i analizy pozyskanych materiałów, a fakt podjęcia konkretnych działań znajduje oparcie w aktach spraw.
Co istotne, należy się zgodzić z organem odwoławczym, że weryfikacja zasadności zwrotu podatku była konieczna, a jej celem była przede wszystkim ochrona interesów budżetu Skarbu Państwa, które mogłyby ucierpieć wskutek prób wyłudzenia nienależnych nadwyżek podatku naliczonego nad należnym. Jak zaznaczono już na wstępie niniejszych rozważań, wobec Skarżącej pozostają w toku liczne postępowania dotyczące zwrotu podatku naliczonego nad należnym za okresy od lipca 2020 r. do września 2023 r., jak również niezakończone postępowania podatkowe za okresy od IV kwartału 2017 r. do czerwca 2020 r. Dodatkowo uzasadnia to konieczność dokładnej weryfikacji zadeklarowanej przez Spółkę znacznej kwoty.
Instytucja przedłużenia terminu zwrotu VAT, uregulowana w art. 87 ust.2 ustawy o VAT, ma na celu przeciwdziałanie wyłudzeniom nienależnego zwrotu podatku od towarów i usług, a jednocześnie uwzględnia interesy rzetelnego podatnika, bowiem jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Zaskarżone postanowienie nie narusza prawa. Argumentacja organów podatkowych wskazuje na istnienie potrzeby dodatkowego badania i weryfikowania zasadności zwrotu podatku, co uzasadniało zastosowanie wobec skarżącej art. 87 ust. 2 ustawy o VAT. Organy wyjaśniły zasadność przesłanek, którymi kierowały się przy załatwianiu sprawy. Natomiast obowiązek działania szybkiego postrzegać trzeba jako skorelowany z obowiązkiem podejmowania działań wnikliwych, prowadzących do realizacji zasady prawdy materialnej. Realizowanie zasady szybkości postępowania nie może stać w sprzeczności z zasadą wnikliwości. Wskazania także wymaga, że strona skarżąca nie zwalczała przysługującymi jej środkami prawnymi zarzucanej na etapie skargi nadmiernej długotrwałości postępowania.
Biorąc powyższe pod uwagę należy stwierdzić, że zaskarżone postanowienia oraz poprzedzające je rozstrzygnięcia organu I instancji nie naruszają prawa, dlatego Sąd, na podstawie art. 151 P.p.s.a., oddalił skargi. Podstawą rozpoznania skargi w trybie uproszczonym był art. 119 pkt 3 P.p.s.a.