Naczelny Sąd Administracyjny wskazał zatem, iż niewątpliwie w stanie prawnym obowiązującym do końca 2008 r. wynikającym z przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych taka czynność cywilnoprawna, jak podwyższenie kapitału zakładowego spółki kapitałowej na skutek wniesienia wkładu pieniężnego przez Skarb Państwa, w następstwie zastosowania odliczenia od podstawy opodatkowania wartości tego podwyższenia (na podstawie obowiązującego do 31 grudnia 2008 r. przepisu art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c.), nie byłaby efektywnie opodatkowana podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Natomiast taka sama czynność prawna dokonana przez skarżącą po dniu 1 stycznia 2009 r. już podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, ponieważ przepis przewidujący możliwość odliczania od podstawy opodatkowania wartości wkładu wniesionego przez Skarb Państwa już nie obowiązywał, jeżeli przedmiotem działalności spółki, do której Skarb Państwa wniósł wkład pieniężny, nie było świadczenie usług użyteczności publicznej. NSA uznał, iż prawidłowo ocenił WSA, że zmiana dokonana z dniem 1 stycznia 2009 r. wprowadziła efektywne opodatkowanie takiej czynności (podwyższenie kapitału spółki nie świadczącej usług użyteczności publicznej w drodze objęcia go przez Skarb Państwa), która w stanie prawnym sprzed tej nowelizacji efektywnie nie byłaby opodatkowana.
NSA podniósł także, iż jak słusznie wskazał sąd pierwszej instancji, nie można podzielić zapatrywania organu, że art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. nie powodował skutku nienaliczania podatku kapitałowego, a jedynie w określony sposób zawężał obowiązek podatkowy, bowiem pomimo niewyłączenia stosowania ustawy podatkowej do czynności podwyższania kapitału zakładowego spółek kapitałowych wkładami pieniężnymi, dokonywanych – między innymi – przez Skarb Państwa, podatek od gromadzenia kapitału (w rozumieniu dyrektywy) w dniu 1.01.2006 r. nie był jednak
w Polsce efektywnie pobierany, nie był więc naliczany (w rozumieniu dyrektywy).
W ocenie NSA, sąd pierwszej instancji trafnie wskazał, że intencją i ratio legis dyrektywy Rady 2008/7/WE jest zniesienie, a w krótszej perspektywie ograniczenie opodatkowania gromadzenia kapitału na obszarze Unii Europejskiej, z naciskiem na zakaz wprowadzania powtórnego opodatkowania tych czynności i zdarzeń,
z opodatkowania których już wcześniej zrezygnowano. Ma rację WSA, że użycie
w tekście dyrektywy zwrotu "naliczanie podatku" wskazuje na najbardziej ogólne, syntetyczne ujęcie zagadnienia opodatkowania, co uprawnia do rozumienia tego zwrotu jako efektywny pobór podatku. W konsekwencji przez wyeliminowanie naliczania podatku należy rozumieć sytuację, w której podatek nie jest efektywnie pobierany niezależnie od tego, jaka konkretna konstrukcja prawna prowadzi do tego rezultatu; nienaliczanie podatku ma więc miejsce także wtedy, gdy jest wynikiem odliczenia od podstawy opodatkowania określonych wartości. Nowelizacja ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych z mocą od dnia 1 stycznia 2009 r. wprowadziła więc opodatkowanie podatkiem od czynności cywilnoprawnych czynności wniesienia wkładu pieniężnego przez Skarb Państwa do spółki kapitałowej, której przedmiotem działalności nie jest świadczenie usług użyteczności publicznej, która to czynność przed tą datą, a w szczególności w dniu 1 stycznia 2006 r., nie była efektywnie opodatkowana. Doszło zatem do naruszenia zasady stałości (stand-still), co stoi
w sprzeczności z deklarowanymi w Dyrektywie jej celami, jak też z konkretnymi postanowieniami Dyrektywy 2008/7. NSA podniósł, iż należy tu wskazać zwłaszcza pkt 6 in fine ("Państwo członkowskie, które podejmie decyzję o nienakładaniu podatku kapitałowego na wszystkie lub niektóre operacje objęte niniejszą dyrektywą, nie powinno mieć możliwości ponownego wprowadzenia takich podatków.") i pkt
8 preambuły ("Należy utrzymać surowe warunki dotyczące sytuacji, w których państwa członkowskie w dalszym ciągu nakładają podatek kapitałowy, w szczególności
w odniesieniu do zwolnień i obniżenia jego wymiaru" oraz art. 7 ust. 2 ("Jeżeli
w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przestanie naliczać podatek kapitałowy, nie może go ono ponownie wprowadzić."). Naczelny Sąd Administracyjny wskazał także, iż nie zasługuje na akceptację pogląd, że rezygnacja
z naliczania podatku winna być rozumiana ściśle, jako całkowite wyłączenie określonych czynności cywilnoprawnych z zakresu przedmiotowego opodatkowania,
a więc jako wskazanie sytuacji, która pomimo zaistnienia stanu faktycznego lub prawnego powodującego powstanie obowiązku podatkowego, obowiązek ten nie przekształca się w zobowiązanie podatkowe oraz że wyłączenie winno trwale ograniczać zakres stosowania ustawy podatkowej - w przeciwieństwie do zwolnienia, które oznacza jedynie ograniczenie przedmiotowego lub podmiotowego zakresu opodatkowania. Takie różnicowanie prawnych przesłanek doprowadzających do braku efektywnego opodatkowania określonej czynności czy zdarzenia, a więc do braku naliczania podatku w rozumieniu Dyrektywy Rady 2008/7/WE, nie jest uprawnione.
W pkt 8 preambuły Dyrektywy 2008/7 zaakcentowano konieczność utrzymania surowych warunków dalszego naliczania podatku kapitałowego przez państwa członkowskie; z tego wywodzić należy zakaz poszerzania przedmiotu i podstawy opodatkowania podatkiem kapitałowym, a do takiego właśnie – zabronionego – rezultatu doprowadziła nowelizacja ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2009 r. Niezależnie od oceny, czy uchylony
z dniem 31 grudnia 2008 r. art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. stanowił prawidłową implementację art. 8 dyrektywy 69/335 oraz art. 13 lit. a i lit. b dyrektywy 2008/7, jego uchylenie niewątpliwie powoduje zabronione przez te dyrektywy wprowadzenie opodatkowania wkładów wnoszonych przez Skarb Państwa do spółek kapitałowych
o określonym przedmiocie działalności, która to czynność prawna przed datą wejścia
w życie tej nowelizacji, a zwłaszcza w dniu 1 stycznia 2006 r., faktycznie nie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Czynność ta była bowiem
w okresie poprzedzającym wskazaną nowelizację faktycznie zwolniona
z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych, jako że taki skutek wywoływał zastosowany w tej ustawie mechanizm odliczenia wartości wkładu od podstawy opodatkowania. Tym samym, wobec braku faktycznego opodatkowania takiej czynności, podatek nie był naliczany w znaczeniu nadanym temu terminowi
w Dyrektywie, podczas gdy w stanie prawnym ukształtowanym nowelizacją podatek ten już był naliczany. Naczelny Sąd Administracyjny uznał zatem, że zarzuty skargi kasacyjnej nie mają usprawiedliwionych podstaw.
W wyniku ponownie przeprowadzonego postępowania Naczelnik US, powołaną na wstępie decyzją z 11 kwietnia 2025 r. stwierdził nadpłatę w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 44.437,00 zł pobranym przez płatnika z tytułu uchwalonej
31 marca 2021 r. zmiany umowy Spółki w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego oraz przyznał oprocentowanie stwierdzonej nadpłaty podatku w kwocie 44.437,00 zł od 8 marca 2023 r. do dnia zwrotu.
W odwołaniu od tej decyzji pełnomocnik strony zarzucił naruszenie art. 78 Ordynacji podatkowej poprzez niewłaściwe zastosowanie w przedmiotowej sprawie
§ 3 pkt 3 lit. b) zamiast § 5 i wniósł o jej uchylenie w części dotyczącej przyznania oprocentowania nadpłaty i w tym zakresie orzeczenie co do istoty sprawy poprzez przyznanie oprocentowania nadpłaty od dnia jej powstania, tj. od 31 marca 2021 r., do dnia jej zwrotu.
Dyrektor IAS, wskazaną na wstępie i zaskarżoną w niniejszej sprawie decyzją
z 4.09.2025r., utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.
Na wstępie swojego rozstrzygnięcia przypomniał dotychczasowy przebieg postępowania w sprawie, zarzuty, wnioski i argumentację odwołania.
Wskazał, że przedmiotem sporu w sprawie jest to, czy stronie przysługuje oprocentowanie nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych, uiszczonego
w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego przez wniesienie wkładu pieniężnego przez P. G. Z. [...]. od dnia jej powstania, tj. od 31 marca 2021 r., do jej zwrotu.
Przytoczył następnie treść przepisów: art. 78 § 1 – 5 O.p. wskazując, iż zgodnie
z art. 78 § 5 O.p. w brzmieniu obowiązującym w dacie wydania skarżonej decyzji oraz wniesienia odwołania, w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 4 i 4a O.p. oprocentowanie przysługuje za okres:
od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu - pod warunkiem złożenia przez podatnika wniosku o zwrot nadpłaty przed terminem albo w terminie 30 dni od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części akt normatywny;
od dnia powstania nadpłaty do 30 dnia od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części akt normatywny - jeżeli wniosek o zwrot nadpłaty został złożony po upływie 30 dni od dnia wejścia w życie orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub publikacji sentencji orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej lub od dnia, w którym uchylono lub zmieniono w całości lub w części ten akt.
DIAS zauważył, że przepis ten został uchylony 1 maja 2025 r. na mocy art. 1 pkt 3 ustawy z dnia 4 kwietnia 2025 r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2025 r., poz. 497; dalej: "ustawa zmieniająca"). Jednocześnie, na podstawie art. 1 pkt 1 tej ustawy wprowadzono do Ordynacji podatkowej art. 78 § 3 pkt 3a, który stanowi, że w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 4 i 4a oprocentowanie przysługuje od dnia powstania nadpłaty. Zatem obecnie ten przepis obowiązujący w miejsce art. 78 § 5 Ordynacji podatkowej reguluje kwestię okresu naliczania oprocentowania nadpłat powstałych w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
W myśl art. 4 ustawy zmieniającej z 4 kwietnia 2025 r., do oprocentowania nadpłat, o których mowa w art. 74 Ordynacji podatkowej, niezwróconych lub niezaliczonych na poczet zaległości podatkowych albo bieżących zobowiązań podatkowych przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy, stosuje się przepisy art. 78 § 3 pkt 3a i § 4 Ordynacji podatkowej, w brzmieniu nadanym ustawą zmieniającą.
Następnie organ odwoławczy, powołując się na zasadę legalizmu wyrażoną
w treści art. 120 O.p. wskazał, że właściwy w sprawie organ podatkowy musi rozpoznać sprawę co do jej istoty na podstawie obowiązującego prawa mającego zastosowanie
w konkretnym stanie faktycznym. Organy podatkowe, tak jak inne organy państwa, mają obowiązek stosowania przepisów prawa, a więc również dokonywania jego wykładni. Zasada ta, jest powtórzeniem konstytucyjnej zasady praworządności wyrażonej w art. 7 Konstytucji, zgodnie z którą organ władzy publicznej działa na podstawie i w granicach prawa.
Przepis ten ustanawia fundamentalną w państwie prawa zasadę legalizmu, która w sferze stosowania prawa podatkowego sprowadza się do tego, że aby mówić
o decyzji odpowiadającej jej wymogom, organ podatkowy, który ją wydaje, musi posiadać ustawowo określoną kompetencję do działania w danym zakresie, musi działać zgodnie z odpowiednimi procedurami, a treść jego postanowień musi być zgodna z przepisami prawa materialnego zawartego w ustawach i wydanych na ich podstawie aktach wykonawczych. Do aktów prawnych regulujących system prawa
w Polsce należą również akty prawa wspólnotowego.
Tak ukształtowana zasada legalizmu oznacza w konsekwencji, że organ z jednej strony nie może podejmować żadnych decyzji bez podstawy prawnej, z drugiej zaś strony nie może unikać podejmowania decyzji, jeśli wiążące normy prawne nakładają na niego taki obowiązek (por. wyrok WSA w Krakowie z 20.10.2009 r., sygn. akt I SA/Kr 1202/09). Organ podatkowy nie ma natomiast możliwości takiej modyfikacji obowiązujących norm prawnych, aby zastosować dany przepis do sytuacji nim nieobjętych.
W ocenie organu odwoławczego, w przedmiotowej sprawie nie mamy do czynienia z żadną z okoliczności wymienionych w obecnie już nieobowiązującym art. 78 § 5 Ordynacji podatkowej, którego zastosowania w sprawie żąda w złożonym odwołaniu strona. Jednocześnie, nie mamy także do czynienia z żadną z okoliczności, do których zastosowanie znajduje obecnie obowiązujący w miejsce art. 78 § 5 przepis art. 78 § 3 pkt 3a tej ustawy. Zauważenia wymaga bowiem fakt, że organy podatkowe nie są organem władnym orzekać o niezgodności jakiegokolwiek przepisu z Konstytucją RP, umową międzynarodową czy prawem wspólnotowym, a tylko niezgodność przepisu
z Konstytucją - stwierdzona wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego - bądź prawem unijnym - stwierdzona orzeczeniem TSUE - prowadząca do jego uchylenia lub zmiany
w całości lub części stanowi element niezbędny do zastosowania § 5 art. 78 Ordynacji podatkowej.
W obiegu prawnym nie ma orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego ani TSUE, które stwierdzałoby taką niezgodność (z Konstytucją bądź prawem wspólnotowym)
w odniesieniu do przepisów polskiej ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, które skutkują opodatkowaniem wkładów kapitałowych wnoszonych przez Skarb Państwa w ramach podwyższenia kapitału zakładowego spółki kapitałowej.
Ponadto, organ odwoławczy podzielił wnioski płynące z orzeczeń TSUE
w zakresie związania zasadą pierwszeństwa prawa Unii nie tylko sądów krajowych, ale również organów administracji państw członkowskich, jednocześnie zauważył, że organy podatkowe nie są uprawnione do tworzenia nowych przepisów i muszą działać w granicach prawa. Również polskie sądy administracyjne zwracają uwagę na fakt, że w polskim porządku prawnym brak jest regulacji w zakresie oprocentowania nadpłaty powstałej wskutek niezgodności prawa krajowego z prawem unijnym, która nie wynika
z konkretnego orzeczenia TSUE (por. wyroki NSA: sygn. akt II FSK 1891/20 i sygn. akt II FSK 880/18).
Reasumując DIAS stwierdził, że organy podatkowe działają na podstawie przepisów i w granicach obowiązującego prawa podatkowego. Tym samym skoro niezgodność z Konstytucją RP bądź prawem unijnym przepisów polskiej ustawy
o podatku od czynności cywilnoprawnych, nie została stwierdzona odpowiednim orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego bądź Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, to zasadnie uznał Naczelnik US w zaskarżonej decyzji, że nie miał podstaw prawnych do zastosowania art. 78 § 5 O.p., a obecnie art. 78 § 3 pkt 3a tej ustawy.
Tym samym Spółce, na podstawie przepisu art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) i § 4 Ordynacji podatkowej, przysługuje oprocentowanie od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty do dnia jej zwrotu.
Pismem z dnia 6 października 2025 r. P. G. Z. [...] działaniem pełnomocnika wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie skargę na powyższą decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W.. W skardze pełnomocnik postawił zarzuty:
naruszenie przepisów prawa materialnego:
art. 72 § 1 pkt 2, 73 § 1 pkt 2, art. 74 pkt 2),3), art. 74a oraz art. 77 § 1 pkt 4-4a, art. 78 § 1 oraz art. 78 § 3 pkt 3a Ordynacji podatkowej w związku z wyrokiem TSUE
z dnia 8 czerwca 2023 r. w sprawie C-322/22, wyrokiem TSUE z dnia 19 lipca 2012 r.
w sprawie Littlewoods Relail Ltd (C-591/10) oraz wyrokiem TSUE z dnia 18 kwietnia 2013 r. w sprawie Mariana Irimie (C-565/11) oraz art. 267 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (dalej: TFUE) i art. 4 ust. 3 Traktatu o Unii Europejskiej poprzez błędną wykładnię prowadzącą do niewłaściwego zastosowania poprzez uznanie, że skarżącej na podstawie art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) i § 4 O.p. przysługuje oprocentowanie od dnia następującego po dniu złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty do dnia jej zwrotu,
art. 72 § 1 pkt 2, 73 § 1 pkt 2, art. 74 pkt 2),3), art. 74a oraz art. 77 § 1 pkt 4-4a, art. 78 § 1 oraz art. 78 § 3 pkt 3a O.p. w związku z wyrokiem TSUE z dnia 8 czerwca 2023 r. w sprawie C-322/22, wyrokiem TSUE z dnia 19 lipca 2012 r. w sprawie Littlewoods Retail Ltd (C-591/10) oraz wyrokiem TSUE z dnia 18 kwietnia 2013 r.
w sprawie Mariana Irimie (C-565/11) oraz art. 267 TFUE i art. 4 ust. 3 Traktatu o Unii Europejskiej w związku z art. 7 ust. 1-2, 5, art. 1 lit. a, art. 2 ust. 1 lit. a) w związku z pkt 21 (i) Załącznika I, art. 3 lit. c), art. 13 lit. a i b, art. 15 Dyrektywy 2008/7 w związku
z art. 7 ust. 1 i 2 oraz art. 3 ust. 1, art. 4 ust. 1 lit. c, ust. 2, art. 8 Dyrektywy 69/335 oraz art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, art. 1 ust. 2 pkt 1, art. 1 ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a) i b), art. 7 ust. 1 pkt 9, art. 9 pkt 11 lit. d ustawy o PCC obowiązującej w 2019 r. w związku z art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k, art. 1 ust. 1 pkt 2, art. 1 ust. 2 pkt 1, art. 1 ust. 3 pkt 1 i 2, art. 1a pkt 1 i 2, art. 4 pkt 9, art. 7 ust. 1 pkt 9, art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. a) i b), art. 6 ust. 9 pkt 4 ustawy w związku z art. 8 pkt 5 PCC obowiązującej w okresie 2004-2006 i Ustawy o PCC obowiązującej w okresie 2006-2008 oraz art. 1 pkt 4 lit. b) i pkt 5 lit. b) ustawy z dnia 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych oraz art. 9 pkt 11 lit. d ustawy o PCC 2009,
- które to naruszenia prawa materialnego przez stronę przeciwną miały wpływ na wynik sprawy;
naruszenie przepisów postępowania, tj.:
- art. 120 O.p. w zw. z art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) i § 4 O.p. poprzez stwierdzenie, iż skarżącej przysługuje oprocentowanie od dnia następującego po dniu złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty do dnia jej zwrotu.
W związku z powyższym wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz decyzji organu I instancji, w zakresie, w jakim organ ten odmówił wypłaty oprocentowania stwierdzonej nadpłaty podatku w kwocie 44.437,00 zł za okres od jej powstania, tj. od 31 marca 2021 r. do dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, tj. do 7 marca 2023 r. oraz o zasądzenie na rzecz strony skarżącej kosztów postępowania, w tym zastępstwa procesowego wg norm przepisanych.
W odpowiedzi na skargę, Dyrektor IAS wniósł o oddalenie skargi.
Postanowieniem z dnia 11 grudnia 2025 r. ogłoszonym na rozprawie Sąd na podstawie art. 111 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r., poz. 935; dalej "p.p.s.a.") połączył sprawę niniejszą i sprawę sygn. akt VIII SA/Wa 798/25 do wspólnego rozpoznania
i odrębnego rozstrzygnięcia.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje:
Kontrola sądowa zaskarżonych decyzji, postanowień bądź innych aktów wymienionych w art. 3 § 2 p.p.s.a. stosownie do art. 1 ustawy z dnia 25 lipca 2002r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. Nr 2024, poz. 1267), sprawowana jest w oparciu o kryterium zgodności z prawem. W związku z tym, aby wyeliminować
z obrotu prawnego akt wydany przez organ administracyjny konieczne jest stwierdzenie, że doszło w nim do naruszenia bądź przepisu prawa materialnego
w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, bądź przepisu postępowania w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, albo przepisu prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) – c) p.p.s.a.). Przy czym, zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną,
z zastrzeżeniem art. 57a, który w niniejszej sprawie nie ma zastosowania.
Dokonując oceny zgodności z prawem zaskarżonej decyzji Sąd doszedł do przekonania, że skarga zasługuje na uwzględnienie.
Sporem w sprawie objęta prawidłowość przyjęcia przez organy podatkowe daty, od której należy liczyć oprocentowanie nadpłaty stwierdzonej decyzją organu I instancji z dnia 11 kwietnia 2025 r. Naczelnik [...] M. Urzędu Skarbowego
w W. decyzją z dnia 11 kwietnia 2025 r. stwierdził bowiem nadpłatę w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 44.437,00 zł pobranym przez płatnika
z tytułu uchwalonej 31 marca 2021 r. zmiany umowy Spółki w związku
z podwyższeniem kapitału zakładowego oraz przyznał oprocentowanie stwierdzonej nadpłaty w ww. kwocie od dnia 8 marca 2023 r. do dnia zwrotu. Kwota stwierdzonej nadpłaty jest zgodna ze wskazaną we wniosku o stwierdzenie nadpłaty złożonym
w dniu 8 marca 2023 r. Oprocentowanie nadpłaty zostało przyznane od dnia złożenia wniosku do dnia zwrotu nadpłaty z zastosowaniem art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) i § 4 Ordynacji podatkowej. Organ odwoławczy utrzymując decyzję organu I instancji w mocy uznał za zasadne zastosowanie w sprawie art. 78 § 3 pkt 3 lit. b) i § 4 Ordynacji podatkowej
i przyznanie oprocentowania od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty do dnia jej zwrotu. Wskazał jednocześnie, że organ I instancji nie miał podstaw do zastosowania art. 78 § 5, a obecnie art. 78 § 3 pkt 3a Ordynacji podatkowej, albowiem w sprawie nie zaistniały okoliczności wymienione w tych przepisach. W obiegu prawnym brak jest bowiem orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, jak i TSUE, które stwierdzałyby niezgodność z Konstytucją lub prawem wspólnotowym w odniesieniu do przepisów polskiej ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, które skutkują opodatkowaniem wkładów kapitałowych wnoszonych przez Skarb Państwa w ramach kapitału zakładowego spółki kapitałowej.
Zdaniem skarżącej wbrew twierdzeniom organów podatkowych oprocentowanie stwierdzonej nadpłaty powinno być ustalone na podstawie art. 78 § 3 pkt 3a O.p. Wobec tego, że Ordynacja podatkowa nie reguluje wprost kwestii oprocentowania nadpłat powstałych wskutek naruszenia prawa unijnego, aby zapełnić lukę należałoby stosować odpowiednio przepisy dotyczące oprocentowania nadpłat powstałych
w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Odnosząc się do tak zakreślonego przedmiotu sporu przypomnieć należy, iż decyzja organu I instancji o stwierdzeniu nadpłaty i przyznaniu oprocentowania od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty została wydana w wyniku ponownego rozpoznania sprawy po wydaniu wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego
w Warszawie z dnia 11 stycznia 2024 r. w sprawie sygn. akt VIII SA/Wa 715/23 oraz wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 4 grudnia 2024 r. w sprawie sygn. akt III FSK 449/24. Zgodnie z wykładnią prawa wskazaną w tych wyrokach wprowadzenie z mocą od dnia 1 stycznia 2009 r. wskutek wyeliminowania z polskiego porządku prawnego art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych czynności wniesienia wkładu pieniężnego przez Skarb Państwa do spółki kapitałowej, której przedmiotem działalności nie jest świadczenie usług użyteczności publicznej, która to czynność przed tą datą, a w szczególności w dniu
1 stycznia 2006 r., nie była efektywnie opodatkowana podatkiem od gromadzenia kapitału, pozostaje w sprzeczności zarówno z założeniami (celami), jak i literą dyrektywy 2008/7/WE w postaci pkt 8 jej preambuły oraz art. 7 ust. 1, ust. 2 i ust. 5. Uprawnia to zatem skarżącą do bezpośredniego powołania się na te przepisy oraz zasadę stałości (stand-still) celem uniknięcia naliczenia podatku od gromadzenia kapitału od tej czynności cywilnoprawnej, czyli opodatkowania jej na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k oraz art. 7 ust. 1 pkt 9 i przy zastosowaniu art. 6 ust. 9 u.p.c.c.
Do powstania nadpłaty doszło zatem wskutek naruszenia prawa unijnego.
Wskazania zatem wymaga, iż w świetle orzeczeń Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 8 marca 2001 r. w sprawie C-397/98 i C-410/98, EU:C:2001:134, pkt 87-89; z 12 grudnia 2006 r. w sprawie C-446/04, EU:C:2006:774, pkt 205; z 19 lipca 2012 r. w sprawie C591/10, EU:C:2012:478, pkt 25; z 27 września 2012 r. w sprawach
C-113/10, C-147/10 i C-234/10, EU:C:2012:591, pkt 65 oraz z 18 kwietnia 2013 r.
w sprawie C-565/11, EU:C:2013:250, pkt 21, dla realizacji standardów wspólnotowych wynikających z tych orzeczeń, w tym w obszarze oprocentowania nadpłat, powstałych na skutek niezgodności prawa krajowego z prawem wspólnotowym, sąd krajowy uprawniony jest do odpowiedniej modyfikacji zastanej procedury krajowej, jeżeli nie zapewnia ona realizacji tych standardów.
Powyższe stanowisko potwierdził wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 8 czerwca 2023 r. w sprawie C-322/22 (opublikowany: www.eur-lex.europa.eu oraz LEX nr 3566593) wyjaśniając, że zasadę skuteczności w związku
z zasadą lojalnej współpracy należy interpretować w ten sposób, że stoi ona na przeszkodzie uregulowaniu krajowemu, które w przypadku gdy wniosek o zwrot nadpłaty podatku został złożony po upływie 30 dni od opublikowania w Dzienniku Urzędowym Unii Europejskiej wyroku Trybunału, z którego wynika stwierdzenie sprzeczności rozpatrywanego opodatkowania z prawem Unii, ogranicza oprocentowanie nadpłaty należne danemu podatnikowi do trzydziestego dnia po tej publikacji, a nawet wyklucza wszelkie oprocentowanie w przypadku, gdy owa nadpłata została poniesiona przez podatnika po upływie tego trzydziestego dnia (por. pkt 57 oraz sentencja).
Trybunał zwrócił też uwagę, iż okoliczność, że opodatkowanie stosowane przez państwo członkowskie okazuje się sprzeczne z prawem Unii w świetle wyroku Trybunału, nie oznacza, że podatnik będzie mógł zapobiec poborowi tego podatku. Podkreślił, że trudność podatnika w zapobieżeniu zapłacie podatku jest jeszcze większa, gdy owa zapłata należy – tak jak w niniejszej sprawie – do osoby trzeciej "płatnika" odpowiedzialnej osobiście za pobór podatku i za jego zapłatę na rzecz skarbu państwa, a płatnik ten informuje podatnika dopiero po fakcie o dokonanym poborze,
z opóźnieniem w czasie. Ewentualna okoliczność, że płatnik ten mógł sam spróbować sprzeciwić się zapłacie, nie ma wpływu na to stwierdzenie.
Analiza treści powyższych orzeczeń prowadzi zatem do wniosku, że Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej konsekwentnie przyjmuje, że celem naliczenia odsetek od podatków pobranych niezgodnie z prawem wspólnotowym (unijnym) jest zapewnienie podatnikowi odszkodowania z tytułu straty spowodowanej niedostępnością nienależnie zapłaconej kwoty oraz z zastrzeżeniem przestrzegania zasad równoważności i skuteczności (wyrok z 18 kwietnia 2013 r. w sprawie C-565/11, EU:C:2013:250, pkt 21).
Wskazania także wymaga, że Naczelny Sąd Administracyjny, w wyroku z 29 marca 2023 r., sygn. akt I FSK 2248/19 (dostępny w internetowej bazie orzeczeń sądów administracyjnych: orzeczenia.nsa.gov.pl – dalej CBOSA) podkreślił, że ponieważ
w Ordynacji podatkowej nie ma określonych zasad zwrotu nadpłaty z oprocentowaniem w sytuacji, gdy podatek został zapłacony na podstawie niezgodnego z prawem unijnym krajowego przepisu, nadpłaty powstałe wskutek naruszenia prawa unijnego podlegają zwrotowi z oprocentowaniem nawet wtedy, gdy krajowe przepisy nie przewidują oprocentowania nadpłat.
Przyjął, że występująca luka konstrukcyjna powinna być wypełniona w celu zrealizowania zasady skuteczności, ale także równoważności prawa UE, a ponadto winna być wypełniona w sposób najbardziej odpowiadający modelowi funkcjonalnemu oraz celowi instytucji prawnej oprocentowania nadpłaty. Lukę tę należy wyeliminować przez odpowiednie zastosowanie art. 74 oraz art. 77 § 1 pkt 4 i 4a, a w zakresie oprocentowania – art. 78 § 5 Ordynacji podatkowej (analogicznie wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 lutego 2018 r., sygn. akt II FSK 342/17, dostępny CBOSA oraz LEX 2457439).
Jak wskazał NSA w wyroku z dnia 26 lutego 2019 r. sygn. II FSK 644/17 (dostępny CBOSA oraz LEX 2646122) wydanym w sprawie także dotyczącej naliczenia odsetek od nadpłaty w PCC stwierdzonej ze względu na naruszenie prawa unijnego,
z utrwalonego orzecznictwa TSUE wynika, że państwa członkowskie obowiązane są do zwrotu podatków pobranych z naruszeniem prawa UE. Podkreślono także, że państwa członkowskie zobowiązane są nie tylko do zwrotu bezprawnie pobranego podatku, ale także kwot zapłaconych na rzecz tego państwa lub zatrzymanych przez państwo
w bezpośrednim związku z podatkiem.
W świetle powyższych wywodów wskazać należy, iż instrumentem krajowym, który umożliwia podatnikowi zwrot podatku pobranego niezgodnie z prawem unijnym wraz ze stosownymi odsetkami za zwłokę jest art. 74 O.p., który wprowadza odrębny tryb postępowania w sprawie nadpłat, które powstają w wyniku orzeczenia TSUE, a nie w warunkach określonych w art. 73 O.p. W ocenie Sądu, w przypadku pobrania podatku z naruszeniem prawa UE, także w sytuacji, gdy naruszenia tego prawa nie stwierdza wyrok TSUE, ale jest ono oczywiste, niedopuszczalne jest ograniczenie oprocentowania powstałej w ten sposób nadpłaty do okresu następującego po zgłoszeniu wniosku
o stwierdzenie nadpłaty. Dla realizacji standardów wspólnotowych, wynikających
z orzeczeń TSUE, w tym w obszarze oprocentowania nadpłat powstałych na skutek niezgodności prawa krajowego z prawem UE, sąd krajowy uprawniony jest do odpowiedniej modyfikacji zastanej procedury krajowej, jeżeli realizacji tych standardów ona nie zapewnia (por. wyrok NSA z dnia 8 lutego 2018 r., sygn. akt IIFSK 342/17).
Należy dodać, że podatek od czynności cywilnoprawnych jest podatkiem kapitałowym w rozumieniu dyrektywy Rady Nr 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969 r.
w sprawie podatków pośrednich od gromadzenia kapitału, a także dyrektywy
Nr 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008 r. Regulacje krajowe dotyczące tego podatku,
w szczególności w zakresie czynności wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego, powinny być więc zgodne z prawem wspólnotowym. Przepisy te podlegają bowiem harmonizacji, tak jak przepisy dotyczące podatku od wartości dodanej. Normy europejskie mają zatem pierwszeństwo przed polskimi regulacjami w takim zakresie
w jakim regulacje krajowe nie stanowią prawidłowej implementacji norm unijnych (wyrok NSA z dnia 8 stycznia 2020 r., sygn. II FSK 368/18).
Zdaniem Sądu, należy stwierdzić, że w sytuacji złożenia przez podatnika wniosku o wypłatę oprocentowania, na podstawie art. 75 § 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 2 O.p., będącego w bezpośrednim związku z pobraniem przez płatnika podatku z naruszeniem prawa unijnego, podatnikowi będzie przysługiwało oprocentowanie od dnia powstania nadpłaty, czyli z dniem pobrania przez płatnika podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej. W sytuacji tej organ I instancji wydając w dniu 11 kwietnia 2025 r. decyzję o stwierdzeniu nadpłaty zobowiązany był zatem nie tylko do zwrotu podatku, na podstawie art. 77 § 1 pkt 4 O.p., lecz również do zwrotu oprocentowania, przy zastosowaniu art. 78 § 5 O.p. Art. 78 § 5 O.p. został uchylony od dnia 1 maja 2025 r. na mocy art. 1 pkt 3 ustawy z dnia 4 kwietnia 2025 r. o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2025 r., poz. 497), zaś na podstawie art. 1 pkt 1 tej ustawy wprowadzono do Ordynacji podatkowej art. 78 § 3 pkt 3a, zgodnie z którym w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 4 i 4a oprocentowanie przysługuje od dnia powstania nadpłaty. Zgodnie zaś z art. 4 ustawy zmieniającej do oprocentowania nadpłat, o których mowa w art. 74 ustawy zmienianej w art. 1, niezwróconych lub niezaliczonych na poczet zaległości podatkowych albo bieżących zobowiązań podatkowych przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej, stosuje się przepisy art. 78 § 3 pkt 3a i § 4 ustawy zmienianej w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą. Tym samym w okolicznościach, o których mowa w art. 4 ustawy zmieniającej do oprocentowania, o którym mowa w niniejszej sprawie zastosowanie mają obowiązujące od dnia 1 maja 2025 r. przepisy art. 78 § 3 pkt 3a w zw. z art. 77 § 1 pkt 4 O.p.
Zdaniem Sądu, okoliczność, że przepisy krajowe wiążą powstanie oprocentowania nadpłaty z wyrokiem TSUE albo zmianą przepisów prawa krajowego nie oznacza, że w tym zakresie przepisy krajowe posiadają cechę zgodności z prawem unijnym. Konstrukcja przepisów prawa krajowego odnosząca się jedynie do wyroków TSUE wskazuje, że pomijają one jedną z podstawowych zasad stosowania prawa unijnego, jaką jest rozproszona kontrola stosowania prawa unijnego czyli obowiązek zapewniania przez sądy krajowe efektywności prawa unijnego poprzez weryfikację zgodności prawa krajowego z prawem unijnym przez sąd krajowy oraz związaną z tym powinność braku stosowania przepisów prawa krajowego sprzecznych z prawem unijnym. Naturalną konsekwencją tego jest możliwość stwierdzania przez sąd krajowy
o niezgodności danego przepisu z prawem krajowym.
Z powyższego, zdaniem Sądu, wynika, że organ administracji publicznej może samodzielnie stwierdzić niezgodność z prawem unijnym przepisu prawa krajowego nawet jeśli w podobnej sprawie nie zapadł wyrok sądu krajowego ani TSUE. Stwierdzone w ten sposób naruszenia prawa unijnego także powinno uprawniać jednostkę do żądania oprocentowania.
Zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 22.02.2024 r. w sprawie C-674/22 Gemeente Dinkelland "naruszenie prawa Unii" dające uprawnienie do oprocentowania nadpłaty występuje, gdy zasady tego obliczenia podatku, na których podstawie pobrano kwotę nadpłaty, są niezgodne z prawem Unii ze względu na mające zastosowanie przepisy krajowe lub wymóg organu podatkowego. Z powyższego wynika, że nie została sformułowana przesłanka podmiotowa dotycząca podmiotu, który ma stwierdzić istnienie ww. naruszenia prawa unijnego, lecz wystarcza zaistnienie takiego stanu (por. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 16 września 2025 r. sygn. akt I SA/Gd 559/25, dostępny CBOSA i LEX nr 3920095).
W niniejszej sprawie bezspornym jest, że wskazana w decyzji organu I instancji nadpłata powstała w wyniku naruszenia prawa unijnego. Oznacza to, że oprocentowanie jest należne od dnia powstania nadpłaty, czyli od dnia poboru podatku przez notariusza tj. od dnia 31 marca 2021 r.
Rozpoznając sprawę ponownie, organ odwoławczy zobowiązany będzie do uwzględnienia powyższego stanowiska.
Mając zatem na uwadze podane okoliczności, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję, orzekając jak w punkcie 1 wyroku.
O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200, art. 205 § 1 i 2, art. 209 p.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a w zw. z § 2 pkt 5 Rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j. Dz. U. z 2023 r. poz. 1935 ze zm.). Wskazana w punkcie 2 wyroku kwota obejmuje 400 zł uiszczonego wpisu sądowego od skargi, 3.600 zł wynagrodzenia pełnomocnika oraz 17 zł opłaty od pełnomocnictwa.